Summary
효모에서이 프로토콜에서 유전자 발현 (
Abstract
이 프로토콜에서는 효모 (Saccharomyces cerevisiae의)에서 유전자 발현이 변경됩니다 과산화수소의 추가 (H 2 O 2), 산화 대리인에 의해 유도된 산화 스트레스에 노출 후. 실험에서 효모는 배 포도당을 포함한 1/2X YPD의 국물에 48 시간 동안 성장합니다. 문화 제어 및 치료 그룹으로 분할됩니다. 실험 문화 0.5 MM 행크스의 H 2 O 2 치료하면 1 시간 (HBSS) 살린 버퍼. 컨트롤 문화는 HBSS로 처리됩니다. 총 RNA는 두 문화에서 추출되고 다단계 프로세스를 통해 비오틴 - 표시 cRNA 제품으로 변환됩니다. 최종 합성 제품은 UVM Microarray 핵심 설비로 이동 및 Affymetrix의 효모 GeneChips에 hybridized입니다. 그 결과 유전자 발현 데이터는 생물 정보학 데이터 분석 소프트웨어로 업로드됩니다.
Protocol
Discussion
Disclosures
이 비디오 문서의 생산은 EMD - Millipore 후원했다.
Acknowledgments
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Spetrophotometer | |||
| Thermocyler | |||
| Microcentrifuge | |||
| Vortex | |||
| Stir Plates (2) | |||
| P-10s pipettors | |||
| P-20's pipettors: | |||
| P-200's pipettors: | |||
| P-1000's pipettors: | |||
| Camera and transilluminator | |||
| E-Gel Apparatus | Invitrogen | G6000-08 | |
| E-Gels | Invitrogen | G6018-02 | |
| Axygen 1.7 ml. Clear | Krackeler Scientific, Inc. | 383-MCT175C | |
| Axygen 0.5 ml clear tubes | Krackeler Scientific, Inc. | 383-MCT060C | |
| Axygen 2ml capture tubes | Krackeler Scientific, Inc. | 383-MCT200NC | |
| boxes of P-10 ART tips: | CLP | BT10XL | |
| Boxes of P-100 ART tips: | CLP | BT200 | |
| Boxes of P-20 ART Tips: | CLP | BT20 | |
| Boxes of P-1000 ART Tips: | CLP | BT1000 | |
| Yeast Chips | |||
| 25 ml sterile disposable pipets- | |||
| 5ml sterile disposable pipets- | |||
| Microfuge tube racks | |||
| KimWipes: | |||
| Lab Coats | |||
| Stir Bars | |||
| Culture flasks | |||
| Innoculating loops | |||
| Sharpies | |||
| Gloves | |||
| Autoclave tape | |||
| Stirrer bars | |||
| 30% Hydrogen Peroxide |  EMD Millipore |
386790 | |
| HBSS without Ca, Mg, or dye | Sigma-Aldrich | H6648-100ml | |
| Qiagen Rneasy Mini Kit: | Qiagen | 74104 | |
| Qiagen DNase Kit: | Qiagen | 79254 | |
| Rnase Remover | Denville Scientific | D1180 | |
| Harleco Alcohol 100% | EMD Millipore |
65347 | |
| ENZO IVT Kit | Enzo Life Sciences | ENZ-42655-10 | |
| Lyticase: one bottle | VWR international | IC19012310 | |
| Water, Cell Culture grade | EMD Millipore |
4.86505 | |
| Yeast culture: | ATCC | 18824 | |
| YPD broth powder | EMD Millipore |
4.8504 | |
| D(+) Glucose, Anhydrous | EMD Millipore |
346351 | |
| Sorbitol | EMD Millipore |
56755 | |
| EDTA | EMD Millipore |
4005 | |
| SDS solution, 20% | EMD Millipore |
7990-OP | |
| Pellet Paint | EMD Millipore |
69049 | |
| PCI RNase DNase free (7 aliquots): | Fisher Scientific | AC32711-500 | |
| 7.5M NH4OAc | Fisher Scientific | ICN1987 5980 | |
| Fragmentation Buffer (200 mM Tris-Acetate, pH 8.1, 500 mM KOAc, 150 mM MgOA) | |||
| Trizma Base | Fiaher | 50-899-90034 | |
| KOAc | Fisher Scientific | NC9757725 | |
| MgOA | Fisher Scientific | NC9681042 | |
| Loading Dye | Invitrogen | 10482055 | |
| PCR Markers | EMD Millipore |
69278-3 | |
| Phase Lock Gels | Fisher Scientific | FP2302820 | |
| One-Cycle cDNA Kit | Invitrogen | A10752-030 | |
| Includes; | |||
| E. coli DNA Pol | |||
| dNTP's | |||
| T4 DNA Pol. | |||
| T-7 oligod(T) | |||
| 0.5ml EDTA pH 8.0 | |||
| First Strand Buffer | |||
| E. Coli RNaseH | |||
| Second Strand Buffer | |||
| E. Coli DNA ligase | |||
| SuperScript II | |||
| DTT |
References
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