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Summary
一个简单的狭缝杂交方法被开发用于流感病毒的血凝素和使用针对其最保守的序列，通过生物信息学分析确定的普遍抗体神经氨酸酶的量化。这种创新的方法可以提供一个有用的替代所有病毒的血凝素和神经氨酸酶的定量测定。
Abstract
血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）是流感病毒，这是众所周知的发挥重要作用，在病毒的生命周期和诱导免疫反应的保护1,2两个表面蛋白。由于中和抗体的主要目标，房委会是目前使用的流感疫苗的效力标记和测量单向免疫扩散法（SRID）3 。然而，提供相应的亚型特异性血清的SRID的依赖，导致延迟2-3个月的最低，为每一个新的疫苗版本。此外，尽管有证据表明，娜也诱导保护性免疫，NA的流感疫苗数量，由于缺乏适当的试剂或分析方法5尚不规范。因此，简单的量化HA和NA抗原的替代方法是可取的快速释放和更好的流感疫苗的质量控制。
在所有可用的A型流感HA和NA序列普遍保守区域确定了生物信息学分析6-7。只有在普遍保守的HA，抗原表位的融合肽的6的，而两个保守序列neuraminidases，一靠近酶的活性部位（HCA - 2）和一个序列（UNI - 1）被确定其他接近的N -端（HCA - 3）7。这些氨基酸序列的肽合成和用于免疫家兔抗体的产生。对房委会的UNI - 1的抗原表位的抗体能够绑定到13亚型的A型流感HA（H1 - H13），而对HCA - 2和HCA - 3地区的NA的抗体能够有约束力的全部9个NA亚型。所有的抗体对检测尿囊蛋白无交叉反应的观察证明，病毒序列显示了显着的特异性。这些普遍的抗体，然后用于发展狭缝杂交分析，量化而不需要特定抗血清 7,8的HA和NA在A型流感疫苗。疫苗样本应用到PVDF膜的使用以及与不同浓度稀释到的参考标准插槽印迹装置。医管局检测，样品和标准，先稀释在Tris缓冲液（TBS）含有4M尿素，而NA的测量他们的TBS稀释含有0.01％Zwittergent这些条件显着提高了检测的灵敏度。按照各自的普遍抗体免疫印迹的HA和NA抗原的检测，密度测量信号强度进行了量化。 HA和NA在疫苗的数额，然后使用标准曲线的建立与使用引用不同浓度的信号强度计算。
鉴于这些抗体结合在HA或NA普遍抗原表位，有兴趣的研究者可以作为研究工具使用，他们在其他免疫仅比狭缝杂交。
Protocol
1。制备试剂和仪器
- 在开始狭缝杂交过程之前，准备的Tris缓冲液（20毫米的Tris，137 mM氯化钠，pH值7.6）公司（TBS）的血凝素，或房委会，狭缝杂交，或0.01％20_mls Zwittergent 4M尿素溶液20_mls在TBS的神经氨酸酶，或NA，狭缝杂交的解决方案。 4M尿素要新鲜，每次准备，10％的DH 2 O Zwittergent原液稳定，在室温下至少6个月，因此可以被摊薄的TBS每次检测前的0.01％。
- 准备2000毫升的洗涤液加入Tween - 20的一个TBS的解决方案，以终浓度为0.1％。脱脂奶粉（印迹级非脱脂奶粉）溶解在洗涤液的终浓度为5％W / V的准备封闭液80毫升。
- 激活的PVDF膜在甲醇15秒（9 × 12厘米大小的预切），其次是2分钟， 在DDH 2 O冲洗浸泡在TBS膜，直到使用。预湿生物点在TBS电视台SF滤纸3张，直到使用。
2。流感疫苗样品的制备和参考标准房委会的狭缝杂交
流感疫苗预先确定相应的被测试的疫苗株的HA含量的参考标准，生物制品评价和研究中心（CBER / FDA，美国）或国家生物标准和控制研究所（NIBSC，英国）的中心，并获得用于狭缝杂交医管局量化。研究人员也可以自己准备的抗原标准，如在参考文献9日和10中所述的既定程序。
- 对于房委会参考抗原和测试疫苗样品稀释4M尿素/ TBS电视台的“房委会参考抗原股票以下浓度：0，0.0938，0.1875，0.375，0.75，1.5，3和6微克房委会/毫升。拌匀。然后，淡化测试获得疫苗生产商或4M尿素/ TBS电视台在内部用于科研目的的人类使用的疫苗样品，并拌匀。虽然可以运行参考抗原和疫苗样本重复，一式三份是首选。准备每个样品稀释液（相差2倍），使样品的浓度范围内标准曲线。每个参考的抗原或疫苗试验样品稀释运行重复或一式三份，分别准备450μL或650μL。单价A型流感疫苗可以与此狭缝杂交方法进行测试。参考抗原HA含量是以前使用的SRID这是目前使用的流感疫苗制剂的标准测试。 HA含量的SRID确定被用来作为初始参考抗原HA浓度股票为编制狭缝杂交标准曲线的稀释。
3。 NA狭缝杂交流感疫苗样品和参考标准的准备工作
流感疫苗的参考标准，相应的被测试的疫苗株取自生物制品评价和研究中心（CBER / FDA，美国），或为国家生物标准和控制（英国NIBSC，）研究所为中心，为NA量化使用狭缝杂交。这些参考样本NA含量deglycosylated样品经SDS - PAGE分析，结合光密度扫描分析确定，如前所述9，与10个细微的修改。简言之，deglycosylated疫苗的参考样本（5微克）与样品缓冲液混合，并装上凝胶。凝胶运行约90分钟，直到跟踪染料用完的凝胶，SYPRO染色，在20 mA。光密度定量的蛋白质进行了使用氟化凝胶的文件系统（阿尔法INNOTECH公司）。 NA的金额是确定的NA蛋白的比例，用Lowry法测定总蛋白的基础上。使用这种方法制备的参考样本，然后可以使用狭缝杂交疫苗样品中Na的含量从疫苗生产厂家进行量化。
- NA参考抗原和测试疫苗样本：NA参考抗原股票Zwittergent / TBS以下浓度：0，0.039，0.078，0.1562，0.3125，0.625，1.25，2.5，5和10μgNA /毫升稀释0.01％。拌匀。然后，淡化测试获得疫苗生产商或0.01％Zwittergent / TBS电视台在内部用于科研目的的人类使用的疫苗样品，并拌匀。虽然可以运行参考抗原和疫苗样本重复，一式三份是首选。准备每个样品稀释液（相差2倍），使样品的浓度范围内标准曲线。每个参考的抗原或疫苗试验样品稀释运行重复或一式三份，分别准备450μL或650μL。单价流感疫苗可以测试机智h本狭缝杂交方法。
4。 PVDF膜生物点SF微滤设备和样品的杂交大会上
- 组装以前清洁和干燥的生物点SF微滤设备。放入真空歧管垫片支撑板和3蘸生物点SF过滤器在垫片的纸页上top.Place的密封垫片的地方，其次是预先浸泡PVDF膜。将膜和使用对角交叉的方式，在膜表面的压力，以确保统一应用的四个螺丝用手拧紧顶部的示例模板。
- 验证3单向阀设置为只公开之前，转向泵和连接真空的真空歧管的真空源。
- 打开泵和连接点生物仪器。确保以下步骤样品样品的快速和适当的排水井的水平以下的位置，流量阀。
- 重复使用斜穿模式的螺丝拧紧步。拧紧螺丝，而真空应用，确保了更严格的密封，防止井之间的交叉污染。
- 改变流量阀揭露真空歧管，空气和关闭泵。
- 将100μL的TBS使用多通道移液器的所有油井，补充水分膜，从而保证了统一的具有约束力的抗原。必须小心，以避免形成泡沫，并申请在井中间的解决方案，尽可能接近底部，以均匀覆盖的插槽。突发无意中用移液器尖推出任何气泡。
- 改变流量阀歧管暴露在空气和真空，打开泵，暴露在空气中的端口，以规管的真空量将超过一个手指轻轻地漏井的缓冲区。
- 改变流量阀歧管暴露在空气中，只要缓冲区已经完全从所有的井排水。关闭泵或断开真空。
- 应用的每个标准或样品稀释疫苗，每孔200μL。一次，在每口井的中心，吸取样品，接近底部尽可能照顾，以避免引入气泡。突发无意中用移液器尖推出任何气泡。将200μL样品稀释缓冲液中未使用的水井（4M尿素/ TBS电视台或0.01％Zwittergent / TBS电视台），以确保适当的真空中使用的水井。
- 调节流量阀，暴露在空气和真空歧管。打开泵（或重新连接真空），并轻轻地使样品完全由一个比暴露在空气中的端口手指控制的真空量从井漏。删除从港口的手指释放真空，只要所有的样品都倒掉。
- 立即加入200μL的TBS到每口井用多通道移液器。应用温和的真空排水和洗井，由一个比暴露在空气中的端口手指控制的真空量。
- 重复步骤4.11所述的清洗步骤。只要井已完全耗尽，样本模板的螺丝松动，关闭真空，以避免overdrying井。立即进行删除膜。
- 膜放入封闭液，孵育过夜在4 ° C，温和的摇摆。使用足够的封闭液完全覆盖膜。
5。 HA和NA的免疫抗原
- 在封闭液孵育过夜，洗膜5分钟，两次TBS/0.1％Tween - 20的洗涤液。对于所有的洗涤和孵化，确保膜完全覆盖解决方案。
- 孵化膜对HA（如UNI - 1）或NA（如HCA - 2或HCA - 3）的普遍兔抗体稀释于5％W / V BSA洗一小时，在室温下的缓冲区，用温柔摇摆。需要确定每个抗体股票的最佳抗体浓度。兔抗血清1:4000的稀释了上述抗体的最佳结果。
- 洗膜3次，每次15分钟的温和的摇摆在室温下，以消除任何未绑定的主要抗体。
- HRP标记的抗兔二抗孵育膜。使用1:5稀释的热ImmunoPure山羊抗兔IgG，过氧化物酶标记的抗体阻止缓冲区，并在室温孵育30分钟温和的摇摆。
- 洗膜3次，摇摆每次15分钟，洗涤液在室温下，以消除任何未绑定的二级抗体。
- 膜用TBS洗5分钟温和的摇摆，从膜表面去除剩余吐温20洗涤剂。
- 准备用3毫升每个R基板eagent从Supersignal西杜拉的工期顺延Thermo Scientific和拌匀基板套件。
- 将膜在干燥的纸巾，轻轻地清除多余的TBS缓冲液。
- 膜转移到干燥的容器中，并添加基材，以覆盖整个膜。在室温下孵育5分钟，温和的摇摆。
- 纸巾轻轻印迹膜中删除多余的基板。
- 化学发光膜的膜暴露。曝光的长度，将需要优化，以避免信号饱和，但通常会范围从10秒到10分钟。
- 执行氟化凝胶的文件系统（阿尔法INNOTECH公司）制造商的指示使用凝胶成像装置上发展起来的薄膜的光密度分析。每个参考抗原和测试疫苗样本重复设置的密度值，然后取平均值。虽然可重复运行的抗原标准和疫苗样本，一式三份是首选。为复制的密度值应非常相似。复制之间存在显着差异表明可能在手术过程中的技术问题。浓度依赖性标准曲线的建立与HA或NA抗原的参考标准，在每个插槽的数量（NG）绘制的平均密度值。在免疫中使用适当的校准曲线拟合是HA和NA准确地量化的关键。线性回归，绘制响应（Y）与浓度（X）的响应曲线（Y = MX + B）的线性部分获得的是最简单的方法分析物的定量。如果更广泛的分析物浓度计算认为，目前接受免疫的四个参数物流（4PL）模型应该被使用。各种软件是供有兴趣的研究者考虑。在所描述的狭缝杂交检测情况下，x轴的值转换成数比例允许的曲线，以适应4 - PL模式和使用一个变量的斜坡非线性回归，计算HA和NA的抹杀金额因此，可以测试的疫苗样本。因此，我们经常使用这个模型，我们的分析。无论是4M尿素/ TBS电视台或0.01％Zwittergent / TBS电视台前膜涂抹上，由于测试疫苗样品稀释，每个样品的稀释倍数，需要加以考虑，以确定房委会及Na含量的原始测试疫苗样本。这是建议，每个测试疫苗样本是在为了一套密度值运行在三个不同稀释度（相差2倍），属于标准曲线。密度值比标准曲线范围内的所有测试的疫苗样本稀释高，需要进一步进行准确的HA或NA量化摊薄。如果密度值低于最低的曲线结束，测试样品应在一个较低的稀释倍数稀释。
6。代表性的成果：
所有可用的A型流感房委会序列的生物信息学分析证实了N -末端的HA2亚基（融合肽）医管局作为唯一的保守区域。图1显示了每个所确定的共识序列的氨基酸位置的保护率。确定了两个变化在位置2（L ->）和12（G -> N）的N -端的14个氨基酸的HA2，但这种差异不影响抗体和肽的6变种之间的绑定。 UNI - 1的抗原表位（GLFGAIAGFIEGGW）被选为发展对医管局的一种普遍的抗体。这种抗体对病毒序列表现出显着的特异性和13不同亚型的A型流感HA（H1 - H13），（图2）结合的能力。
使用类似的方法，两个普遍保守的序列被确定在所有流感一个不适用的，一个比较接近的酶活跃网站（HCA - 2）（图3A）和在Ñ -总站（HCA - 3）其他（图3B） 。这些氨基酸序列的多肽作为抗原，产生对NA普遍抗体。对两个抗原决定簇的抗体能够绑定到9所有的NA亚型，并表现出非常小的交叉反应，尿囊或细胞的蛋白质，从而表现出高特异性病毒NA序列（图4）。
图5显示了流感HA和NA的量化的狭缝杂交方法的概述。
HA和NA抗原槽blot分析的例子，在图6和图7所示。图6A和6C显示后，代表房委会在流感疫苗的参考标准和疫苗样本分别抗原检测结果。运行一式两份，每份样品（标准或疫苗）在相邻井。重复应该显示similař强度以下检测。取决于所用的抗体，抗体稀释液，孵化和曝光时间的优化可能需要。
房委会从疫苗的参考标准样品的不同浓度的检测获得一个典型的标准曲线的一个例子是在图6b所示。狭缝杂交化学发光检测后的HA抗原的浓度是成正比的信号强度，适合这个浓度范围（0.0938至6微克/毫升医管局）4 PL曲线拟合模型。
图7显示了代表流感疫苗的参考标准，并在疫苗样本NA抗原的检测结果。密度分析表明，各种稀释疫苗的参考标准由狭缝杂交NA抗原检测得到的信号强度成正比浓度的NA（图7A）。由此产生的标准曲线拟合一个4 - PL这个浓度范围（0.039至10微克NA /毫升）的模型，如图7b所示。图7C显示流感疫苗样本中的Na含量的狭缝杂交分析的一个例子。一式两份，每份样品检测相邻井。
图1融合肽区域的A型流感房委会UNI - 1的抗原表位的保护率。
生物信息学分析所有可用的A型流感HA序列融合肽（的HA2亚基的N -末端位于）证实，只有普遍保守的地区医管局。请注意，在位置2的变化（L ->我）和12（G -> N）的被发现，不影响抗体结合6。一个普遍的抗体具有约束力的13个不同的亚型的A型流感HA（H1 - H13），能够被开发使用UNI - 1抗原表位（GLFGAIAGFIEGGW）。
图2 13亚型HA对房委会的普遍抗体的检测。
13亚型的A型流感病毒的尿囊液在鸡胚中传播，在SDS - PAGE分割，其次是房委会的使用对房委会的UNI - 1的抗原表位的通用抗体蛋白的检测。 NP蛋白装载控制使用多克隆NP特异性抗体检测。阴性对照组（ - ）是来自未受感染的鸡蛋尿囊液。来自英国NIBSC，阳性对照（+），是H1的参考标准
图3。酶的活性部位和N -末端附近的A型流感NA的序列同源性。
两个普遍保守序列被确定在A型流感NA生物信息学的，位于附近的酶的活性部位（HCA - 2）（A组），其他的N -端（HCA - 3）（B组）。这些保守的氨基酸序列的肽合成和用于生成对NA普遍抗体。
图4 9亚型的NA NA抗体的检测。
在鸡胚尿囊九NA A型流感病毒亚型的体液传播，在SDS - PAGE电泳分馏，通过检测的NA使用HCA - 2（A组）和HCA - 3（B组）抗体的蛋白质。 NP蛋白检测为装载控制使用多克隆NP特异性抗体（C组）。阴性对照组（ - ）是来自未受感染的鸡蛋尿囊液。阳性对照（+），尿囊液，添加/新喀里多尼亚RNA1，并与相应的抗血清检测。
图5的HA和NA抗原的流感疫苗的定量狭缝杂交程序流程图。
先准备样品稀释，洗涤和阻塞狭缝杂交膜以及所需的缓冲区和聚偏氟乙烯膜生物点SF微滤设备的组装所需的滤纸预先浸泡。流感疫苗和参考标准样品稀释HA或NA狭缝杂交检测的最佳缓冲区。根据制造商的说明和样本应用到PVDF膜生物点SF微滤设备组装。 HA和NA抗原的检测普遍对每个抗原抗体。 HA和NA的定量获得被测样品的化学发光信号进行光密度分析。
图6。医管局抗原检测在流感疫苗样本，并参考ENCE标准。
A组有代表性的杂交，获得以下的HA抗原的免疫检测。房委会参考抗原稀释到房委会/ ml和疫苗稀释4M尿素/ TBS的HA /毫升0.375微克的浓度，然后被应用到PVDF膜与生物点SF微滤设备从0到6微克的浓度。 HA抗原检测使用UNI - 1抗体普遍。 B组显示疫苗的参考标准，医管局各浓度检测信号得到标准曲线的一个例子。信号强度是成正比的HA浓度和曲线拟合一个4 - PL模式。
图7的流感疫苗样品和参考标准NA抗原的检测。
小组A和B代表信号获得NA的流感疫苗为NA浓度在0.01％Zwittergent / TBS和由此产生的4 - PL以下光密度分析的标准曲线范围从0到10微克NA /毫升稀释的参考标准检测。典型的化学发光法检测到信号后的NA抗原的狭缝杂交分析，在流感疫苗样本的一个例子是在面板C.流感疫苗样品稀释在0.01％Zwittergent / TBS的HA /毫升浓度为1μg，并涂抹上一个PVDF膜使用生物点SF微滤设备。相应的疫苗的参考标准，范围从0到2.5微克NA /毫升的浓度，稀释，以建立一个NA抗原的疫苗样品的定量标准曲线相同的印迹。 NA抗原的检测与HCA - 2抗体普遍对NA和获得是进行化学发光信号的密度分析。可以计算出每种疫苗样本量的Na与NA疫苗的参考标准浓度绘制信号强度值对4 - PL标准曲线。
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Discussion
流感病毒的HA和NA的定量测定疫苗的研究和开发的关键，因为这两个表面蛋白是最重要的诱导免疫反应6-11的病毒成分。此前报道的免疫学方法对这些蛋白质的检测需要应变的特异性抗体。简单，重复性好，快速的狭缝杂交的方法来量化这里描述的HA和NA抗原是适用于所有A型流感病毒的HA和NA蛋白抗体识别只有普遍保守的抗原决定簇 6-8 。在这个方法感兴趣的调查的唯一的困难可能是他们在内部没有这样的通用抗体。然而，这些作为抗原肽抗体的生成是一个例行程序。虽然感兴趣的科学家可以使抗体自己描述的步骤，因为变种肽互相竞争同样绑定在一个竞争ELISA 6-8肽，他们也可能接触的HA和NA抗体作者用在他们的探索性研究。
至于插槽blot分析而言，它是相当简单，只有几步之需要特别注意，如上所述。虽然HA和NA可能在未经处理的样品检测，提高了灵敏度达到治疗前的样品。
尽管简便，快速和可重复性的优势，通用抗体为基础的狭缝杂交方法有一定的局限性。例如，它们不是设计来区分不同的HA或NA亚型，因此，在过程中的质量控制和/或单价疫苗制剂的分析可能更合适。因此SRID的检测仍然是首选的方法，以确定流感疫苗3病毒HA亚型。
总之，高度保守的HA和NA序列已被选中，生成单特异性抗体，可用于定量分析的几乎任何流感病毒的HA和NA菌株。而详细的槽与这些普遍对HA和NA抗体的杂交过程这里介绍，有兴趣的研究者可以在其他类型的免疫分析法的基本研究工具使用，没有检测到的交叉反应，他们表现出显着的抗病毒序列特异性与尿囊或细胞蛋白。另外值得注意的是，普遍对房委会的抗体可以检测天然构象房委会在病毒感染的细胞培养12，其中突出了这些抗体的应用范围更广泛的基础研究工具。
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Disclosures
没有利益冲突的声明。
Acknowledgments
作者想感谢夫人莫尼卡Tocchi编辑对稿件的审查。支持AMH是由阿卜杜勒阿齐兹国王大学的奖学金，在加拿大通过沙特阿拉伯文化局。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Bio-Dot SF Microfiltration Apparatus | Bio-Rad | 170-6542 | |
| Bio-Dot SF Filter paper | Bio-Rad | 162-0161 | |
| Immobilon-FL transfer membrane (PVDF) | EMD Millipore | IPFL00010 | |
| Vacuum pump | EMD Millipore | WP6111560 | |
| Chemiluminescence BioMax Light Film | Kodak | 178 8207 | |
| FluorChem Gel Documentation System | Alpha Innotech | 29-008-1896X | |
| Universal rabbit antibodies against HA and NA antigens | Uni-1 (HA)HCA-2, HCA-3 (NA) | Antibodies are available through MTA or can be generated by interested investigators according to the procedures previously described6,7. | |
| Influenza vaccine reference antigen | CBER/FDA or NIBSC | ||
| Influenza vaccine samples | Commonly available in most countries | ||
| Urea | Sigma-Aldrich | U1250 | |
| Zwittergent 3-14 Detergent | Calbiochem | 693017 | |
| Tween-20 | Fisher Scientific | BP337-500 | |
| Blotting Grade Blocker Non-fat dry milk | Bio-Rad | 170-6404 | |
| ImmunoPure Goat Anti-Rabbit IgG, (H+L), Peroxidase Conjugated | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 31460 | |
| SuperSignal West Dura Extended Duration Substrate | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 34075 |
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Tags
免疫学杂志，50期，病毒学，流感血凝素，神经氨酸酶，量化的，普遍的抗体Erratum
Formal Correction: Erratum: Quantitative Analyses of all Influenza Type A Viral Hemagglutinins and Neuraminidases using Universal Antibodies in Simple Slot Blot Assays
Posted by JoVE Editors on 11/13/2012.
Citeable Link.
An author's affiliation was omitted from the publication of Quantitative Analyses of all Influenza Type A Viral Hemagglutinins and Neuraminidases using Universal Antibodies in Simple Slot Blot Assays. A third affiliation was added for Anwar M. Hashem:
Microbiology Department, Faculty of Medicine, King Abdulaziz University
