Produktion, oprensning og karakterisering af Cell-invasive DISC1 proteinarter

Summary

Den generation, oprensning og celleinvasion af intracellulære, cytoplasmatiske fuld længde DISC1 protein aggresomes fra cellekulturer og af en mærket, multimert rekombinant DISC1 proteinfragment i

Abstract

Proteinaggregering ses som en generelt kendetegn for kroniske, degenerative hjernesygdomme såsom for eksempel i neurodegenerative sygdomme Alzheimers sygdom (Ap, tau), Parkinsons sygdom (α-synuclein), Huntingtons sygdom (polyglutamine, huntingtin), og andre. Proteinaggregering menes at opstå på grund af forstyrret proteostasis, dvs ubalancen mellem opstår og nedbrydning af fejlfoldede proteiner. Det skal bemærkes, er de samme proteiner fundet sammen i de sporadiske former af disse sygdomme, som er mutant i sjældne varianter af familiær former.

Skizofreni er en kronisk fremadskridende hjernesygdom betingelse, at i mange tilfælde går sammen med en permanent og irreversibel kognitive underskud. I et kandidatgen fremgangsmåde, undersøgt om Forstyrret in skizofreni 1 (DISC1), et gen klonet i en skotsk familie med binding til kronisk mental sygdom ^{1, 2,} kunne findes som uopløselige aggregater i brain af sporadiske tilfælde af skizofreni ^3. Ved hjælp af SMRI CC, vi identificerede i cirka 20% af tilfældene med CMD men ikke normale kontroller eller patienter med neurodegenerative sygdomme sarkosyl-uopløselig DISC1 immunoreaktivitet efter biokemisk fraktionering. Efterfølgende undersøgelser in vitro viste, at aggregering tilbøjelighed DISC1 er påvirket af sygdom-associeret polymorfi S704C ^4, og at DISC1 aggresomes genereret in vitro var celle-invasiv ^5, ligner det, der var vist for Ap ^6, tau ^7-9, α -synuclein ^10, polyglutamine ¹¹ eller SOD1 aggregater ^12. Disse resultater fik os til at foreslå, at i det mindste en delmængde af tilfælde med CMD, kan dem med aggregeret DISC1 være protein konformationelle lidelser.

Her beskriver vi, hvordan vi genererer DISC1 aggresomes i mammale celler, rense dem på en sucrosegradient og bruge dem til celle-invasionsevne Studies. Ligeledes beskriver vi, hvordan vi genererer en udelukkende multimere C-terminal DISC1 fragment, etiket og rense det for celle invasionsevne undersøgelser. Anvendelse af de rekombinante multimerer af DISC1 vi opnå samme celle invasivitet som for et tilsvarende mærket syntetisk α-synuclein fragment. Vi viser også, at dette fragment optages in vivo, når stereotaktisk injiceret i hjernen hos recipientdyr.

Protocol

1. Fremstilling af Aggresome donorceller: Transfektion af Monomer Red Fluorescent Protein (mRFP) eller Enhanced Green Fluorescent Protein (EGFP)-tagged human fuld længde (FL) DISC1

1. Seed 1,5 x 10 ^6/10 cm parabol human neuroblastom NLF (NLF, Børnenes Hospital i Philadelphia, Philadelphia, PA) celler i ti 10 cm skåle og vokse natten over. NLF celler dyrkes i RPMI-1640 medium suppleret med 10% FBS, penicillin / Strepomycin, L-glutamin. Den næste dag, skal cellerne være på 70-80% konfluens.
2. Forbigående transficere hver 10 cm skål med 15 ug plasmid-DNA og Metafectene transfektionsreagens (Biontex, Martinsried, Tyskland). Kort sagt, for en 10 cm skål blev 15 ug plasmid-DNA og 30 pi Metafectene tilsat til 750 pi Opti-MEM, blandet og inkuberet ved stuetemperatur i 20 min. 5 retter blev transficeret med pcDNA3.1 mRFP / eGFP-mærkede humane (FL) DISC1 og 5 retter med EGFP-plasmidet alene.

2. AggresomeOprensning fra transficerede donorceller

Protokollen beskrevet her er en kombination af en metode til at rense Lewy-organer fra hjernevæv ¹³ og en protokol til at isolere store aggregater og aggresomes ^14. Da allerede eksisterende metoder er baseret på brugen af ​​detergenter, isolering af detergent-free protein til anvendelse i celle-invasionsevne assays er kritisk.

1. 48 timer efter transfektion overvåge ekspression af eGFP og mRFP/eGFP-DISC1 og bekræfte dannelsen af aggresomes under et fluorescensmikroskop (fig. 1).
2. Vask cellerne med PBS pH 7,4, skrab med 400 pi PBS hver, tilsættes 1X Protease Inhibitor Cocktail (Roche, Indianapolis, IN) og sprænge cellerne under anvendelse af en Precellys24 homogenisator (Bertin Technologies, France). Kort beskrevet tilsættes 1 ml cellesuspension til en 2 ml lysis rør og tilføje 10 keramiske kugler. Lysere cellerne med 3 x 60 sek pulser. Den mekaniske kraft af processen kanforøge temperaturen i prøven over 37 ° C, så skal sørges til nedkøling af prøven på is efter lyseprocedure.
3. Afkøle cellerne på is, og der tilsættes 10 _mM MgCI2, 40 U / ml DNase A og inkuberes i 60 minutter ved 37 ° C
4. Fremstille opløsninger af 80%, 50%, 20% saccharose (vægt / volumen) i PBS pH 7,4 (10 ml hver).
5. Forberede saccharosegradient i et 15 ml Falcon-rør, begyndende med 2 ml 80% saccharose, efterfulgt af 50% og 20%. Hæld gradient langsomt og være omhyggelig med ikke at forstyrre allerede hældt lag. Lag det fordøjede lysat på toppen af ​​gradienten og centrifuger i 15 minutter ved 1000 x g ved 4 ° C.
6. Omhyggeligt indsamle interfasen mellem 50-80% saccharose lag med en pipette og blandes med 5 volumener PBS, pH 7,4. Centrifuger i 15 minutter ved 1000 x g ved 4 ° C. Gentag vask to gange mere. I denne interfase, er aggresomes fluorescerende og kan visualiseres i et mikroskop under UV-lys.
7. Supernatanten fjernes, ogpellet resuspenderes i 250-500 pi PBS pH 7,4. Denne pellet indeholder det oprensede aggresomes (figur 2).

3. Behandling af Recipient SH-SY5Y Celler med mRFP/eGFP-DISC1 Aggresomes

1. Seed 5 x 10 ^{4 Modtager} SH-SY5Y humane neuroblastomceller konstitutivt udtrykker GFP-DISC1 (598-854) på sterile dækglas i hver brønd i en plade med 24 brønde. SH-SY5Y celle dyrkes i DMEM/F-12 medium suppleret med penicillin / streptomycin, ikke-essentielle aminosyrer (NEAA) og 10% FBS.
2. 24 timer senere tilsættes 10 gl til hver brønd og inkuberes i 48-72 timer.
3. Vask cellerne 3 x med PBS pH 7,4 og slukke ekstracellulære fluorescens med 0,04% trypanblåt i 5 minutter.
4. Fikseres cellerne med 4% PFA i PBS pH 7,4 i 10 minutter på is, vaskes en gang med sterilt _H2O og montere dækglassene på objektglas med forlænge guld med DAPI Mounting Medium (Invitrogen, USA).
5. Bekræft optagelsen /invasion af eksogent anvendte aggresomes ved colokalisering med rekrutterede proteiner udtrykt ved recipientceller i Z-stack billeder.

Alligevel kan optagelse / invasion af exogent protein ikke væsentligt påvises parallelt med rekruttering af værtscelleprotein. I vores eksempel mRFP-mærket DISC1 aggresomes rekrut opløseligt GFP-mærket DISC1 (598-854) protein udtrykt af værtscellen (se figur 3). Billeder blev taget på et Zeiss LSM 510 konfokal-eller en Zeiss AxioVision Apotome2 Microscope.

4. Fremstilling af rekombinant DISC1 (598-785)

I en tidligere publikation analyserede vi evnen hos forskellige DISC1 proteinfragmenter til selv interagerer baseret på tilstedeværelsen af ​​selvassociering domæner. Blandt alle proteinfragmenter testede humane DISC1 (598-785) viste den stærkeste multimerisering tilbøjelighed ⁴ (figur 4). Derfor blev human DISC1 (598-785) klonet ind i pET15b (nr.vagen, Madison, Wisconsin) indeholdende et N-terminalt 6-histidin-tag, udtrykt i E. coli BL21-(lDE3) Rosetta (Novagen, USA), og oprenset under denaturerende betingelser på 8 mol / l urinstof som beskrevet ^4. Kort sagt er protokollen beskrevet nedenfor.

1. BL21-(IDE3) Rosetta E. coli blev dyrket i 2 x 500 ml 2YT indeholdende 5 mM-arginin-HCI, 5 mM MgSO4, 100 ug / ml carbencillin, 35 ug / ml chloramphenicol op til _en OD600: 0,6-0,8 og DISC1 (598-785) ekspression blev induceret med 1 mM IPTG.
2. DISC1 (598-785) blev udtrykt i 4 timer ved 37 ° C, blev ekspressionen afsluttet ved at høste bakterierne ved centrifugering.
3. Den bakterielle pellet blev resuspenderet i 50 ml TE-buffer (50 mM TRIS-HCI pH 8,0, 5 mM EDTA) plus 2 mM PMSF, 1% TX-100, 250 ug / ml lysozym, 20 _mM MgCl2 og 400 U/50 ml DNase I. For at sikre fuldstændig lyse blev reaktionen inkuberet i 30 minutter ved stuetemperatur under forsigtig omrøring.
4. Tilsættes 10 mM β-mercaptoethanol (ME) og 500 mM NaCl og inkuberes i yderligere 30 minutter.
5. Spin ned bakterielle inklusionslegemer ved 20.000 g i 30 min ved 4 ° C.
6. Resuspender pellet i 50 ml ekstraktionsbuffer indeholdende 50 mM Tris pH 8,0, 5 mM imidazol, 500 mM NaCI, 8 M urea og 10 mM β-ME og fjerne nedbrudt materiale ved centrifugering ved 20,000 g i 30 min ved 4 ° C.
7. Vask Ni-NTA agarose matrix med ekstraktionsbuffer. Inkubér resuspenderede, klaret proteinekstrakt med Ni-NTA-matrix i 2 timer ved stuetemperatur.
8. Vask Ni-NTA-matrix med ekstraktionsbuffer indeholdende 12 mM imidazol.
9. Eluere proteinet langsomt med 15 ml elueringspuffer indeholdende 50 mM Tris, 500 mM NaCI, 300 mM imidazol, 8 M urinstof, 1 mM PMSF, 5 mM EDTA og 10 mM β-ME.
10. Dialyseres proteinet trinvist til PBS pH 7,4 indeholdende 10 mM β-ME.

Fra 1 L bakteriel starter kultur er det muligt at isolere op til 50 mg rekombinant DISC1 (598-785) protein.

α-synuclein refoldning

For eksperimenter med α-synuclein, 500 ug af det rekombinante protein (Sigma-Aldrich, USA) blev opløst i PBS ved en koncentration på 1 mg / ml. Til opnåelse af oligomerer, blev genfoldning udført natten over ved 37 ° C som beskrevet i en tidligere publikation ^10.

5. Mærkning af rekombinant DISC1 (598-785) med DyLight594

1. Før den efterfølgende etiketteringsprocessen, DISC1 (598-785) protein har blive befriet for β-ME. Derfor er det protein dialyseres 3 gange med PBS pH 7,4 ved en fortynding på 1:2000.
2. Label 1 mg DISC1 (598-785) med DyLight 594 maleimid (Thermo Scientific, USA) ifølge producentens anvisninger. Kort sagt, opløses 1 mg / ml protein i PBS pH 7,4, og der tilsættes 5 mM TCEP at genvinde frie thiolgrupper. Der tilsættes 20 ul af DMF opløste farvestof til reaktionsblandingen, og der inkuberes i 2 timer ved stuetemperatur.
3. Dialyseres proteinet 3 x med PBS pH7,4 ved et forhold på 1:2000 i 2 timer hver.

For yderligere at øge renheden af det mærkede protein et His _6-mærket baseret affinitets-oprensning på en Ni-NTA kolonne udføres.

4. Vask 1 ml Ni-NTA-matrix (Qiagen, Tyskland) med 10 ml PBS pH 7,4.
5. Anvende det mærkede, dialyserede protein til søjlen og lade den køre over kolonnen langsomt.
6. Vask proteinet med 3 x 20 ml PBS pH 7,4
7. Eluere proteinet med PBS pH 7,4, 500 mM imidazol dråbevis under overvågning af farvet bånd på Ni-NTA-søjle for at reducere eluatet volumen.
8. Dialysere eluatet 3 x med 10 mM NaPi pH 7,4 ved en fortynding på 1:2000 i 2 timer hver.
9. Bruge en steril 0,45 um sprøjte filter til at filtrere eluatet, alikvot på 5 x 100 pi prøver og snap fryser i flydende nitrogen. Den totale mængde af protein bør være fra 0,5 til 1 ug / ml i hver 100 pi aliquot.

valgfri concentration trin

10. For stereotactical rotte injektioner blev proteinet koncentreret 10-fold i en Speed-Vac (Eppendorf Concentrator 5301). Den endelige buffer betingelse var 100 mM NaPi.

α-synuclein Labeling

Mærkning og rensning (Ni-NTA-søjle) af det rekombinante α-synuclein blev udført parallelt med DISC1 (598-785). Den samlede udgangsmateriale var 500 ug i stedet for 1 mg til DISC1 (598-785).

6. Behandling af Recipient SH-SY5Y Celler med mærkede Rekombinant DISC1 (598-785) Protein

1. Frø 5x10 ^{4 Modtager} SH-SY5Y humane neuroblastomceller konstitutivt udtrykker GFP-DISC1 (598-854) på sterile dækglas i hver brønd i en plade med 24 brønde.
2. Læg mærkede protein til cellekulturmediet i en koncentration på 5 til 10 ug / ml og inkuberes i 48-72 timer.
3. Vask cellerne 3 x med PBS pH 7,4 og slukke udvindingellular fluorescens med 0,04% trypanblåt i 5 minutter.
4. Fikseres cellerne med 4% PFA i PBS pH 7,4 i 10 minutter på is, vaskes en gang med sterilt _H2O og montere dækglassene på objektglas med forlænge guld med DAPI Mounting Medium (Invitrogen, USA).
5. Bekræft optagelsen / invasion af eksogent anvendt rekombinant protein ved colokalisering med rekrutterede proteiner udtrykt ved recipientceller i Z-stack billeder, der genereres ved hjælp af laser konfokal mikroskopi. Alligevel kan rekruttering af endogent protein ikke i det væsentlige påvises parallelt med invasion af værtscelleprotein, kan Z-stack billeder bekræfter stadig invasive karakter af proteinet.

I vores eksempel rec. DISC1 (598-785) * i det mindste delvis rekrutter opløseligt GFP-mærket DISC1 (598-854) protein udtrykt af værtscellen (se figur 5A). For rekombinant α-synuclein invasion men ingen rekruttering er vist (figur 5B). Billeder blev tagetpå et Zeiss LSM 510 konfokal-eller et Zeiss AxioVision Apotome2 Microscope.

Injektionen af ​​det koncentrerede (ca. 4 pi af 2,5 pg / pl), mærket DISC1 (598-785) * i de mPFC resulterer i spredning af proteinet omkring injektionsstedet, der kan detekteres selv efter perfusion af dyret med 4% PFA i PBS pH 7,4 med en rhodamin filterset. I vores eksempel DISC1 (598-785) optages af et særskilt antal neuroner og kan overvåges med Z-stack billeddannelse (fig. 6).

Generelt har injektion af andre proteiner derefter dem der anvendes her ikke nødvendigvis føre til celle-invasion. Invasionen arrangement er i det væsentlige afhængig af naturen af ​​proteinet imidlertid en ren oprensning er en forudsætning for yderligere analyse.

7. Repræsentative resultater

Aggresomes bestående af rekombinant FL DISC1-eGFP oprenset fra NLF celler invaderede modtager SH-SY5Y ceLLS ved lav effektivitet (ca. 0,3% ^5), som set af colokalisering med konfokal mikroskopi (figur 3). Som tidligere rapporteret, DISC1 (598-785) udtrykt og oprenset fra E. coli dannede multimerer ⁴ var lige celle-invasiv ved en effektivitet på cirka 20% ⁵ (fig. 5A), der svarer til α-synuclein, der blev anvendt i parallel som positiv kontrol (figur 5B). Mærket rekombinant DISC1 (598-785) udtrykt og oprenset fra E. coli blev også celle-invasiv for neuroner in vivo, når det multimere protein blev stereotaktisk injiceret i den mediale præfrontale cortex hos en rotte (figur 6; Pum, Bader, Huston, Korth, ikke publiceret).

Figur 1.. NLF neuroblastomceller transient udtrykker FP-DISC1 (rød). Rød fluorescerende aggresomes kan være forværringCTED i cellerne.

Figur 2. Purified mRFP-mærket DISC1 aggresomes efter oprensning i en saccharosegradient.

Figur 3. Fluorescerende billede af invaderet aggresomes. mRFP-mærkede flDISC1 aggresomes blev oprenset og inkuberet med SH-SY5Y-neuroblastomaceller overudtrykker opløseligt GFP-mærket DISC1 (598-854). En optagelse af mærkede aggresomes overvåges af Z-stack imaging på en Laser-Scan mikroskop (Zeiss LSM 510).

Figur 4. SEC-profil rec. DISC1 (598-785), der indeholder S704 og C704 single nucleotide polymorphisms (SNP). Begge varianter viser en afbrydelse af bestilte oligomerisering og dannelsen af ​​højmolekylære multimers (rød pil). Dette billede er ændret fra offentliggørelsen af Leliveld et al., Biochemistry 2009.

Figur 5. Fluorescerende Z-stack billede af invasiv DyLight-mærket rekombinant DISC1 (598-785). SH-SY5Y-neuroblastomaceller udtrykker opløselig GFP-DISC1 (598-854) blev inkuberet med mærket, rekombinant protein i en koncentration på 5 ug / ml. (A) Røde aggregater viser invasionen af ​​rec. DISC1 (598-785) protein og gule prikker indikerer en rekruttering af opløselig GFP-DISC1 (598-854) til aggregater. (B) Rekombinant α-synuclein (rød) invaderer cellerne uden rekruttering med en frekvens på omkring 20%. se større tal .

Figur 6. Immunfluorescens billede afden injicerede mærket, rekombinant DISC1 (598-785) protein. Z-stack imaging bekræfter tilstedeværelsen af ​​rec. DISC1 (598-785) protein i rotte-corticale neuroner farvet med et antistof mod neuronal nuclei (Neun, grøn).

Discussion

I denne undersøgelse beskrives oprensningen af mRFP/eGFP-DISC1 aggresomes fra en transficeret neuroblastom-cellelinje, fremstilling og mærkning af et rekombinant DISC1 proteinart og deres anvendelse i celle-invasion eksperimenter recipientceller in vitro og in vivo.

Oprensningen af native mRFP/eGFP-DISC1 aggresomes blev udviklet fra protokoller til isolering af Lewy legeme-lignende strukturer og større aggregater ^{13, 14,} men modificeret til at undgå brugen af detergenter og at minimere risikoen for falsk positive celle-invasion, som kan forekomme på grund af detergent-faciliteret membrangennemtrængning.

En mulig fremtidig forbedring kan være i yderligere at øge renheden af ​​de aggresomes ved sonikering til helt adskilte tilbageværende membraner og cytoskeleton fra aggresomes. Ved at øge de samlede renhed, det samlede antal invasion begivenheder, der registreres for store aggresomes may forhøjes ^5. , Om den begrænsede definition af vores foreslåede 3-fase sucrose er tilstrækkelig til aggresomes af andet protein arter skal testes, i den forstand protokollen beskrevet her, bør betragtes som et udgangspunkt for individuel optimering. De oprensede aggresomes sig at være ganske robust i vores hænder, yderligere vasketrin (uden detergent) for at fjerne spor af saccharose ikke signifikant reducere det samlede udbytte.

I en tidligere publikation beskrev vi, at oligomer samling af DISC1 er afhængig af forskellige multimerisering domæner i den C-terminale ende ⁴ (figur 4). Vi valgte dette fragment for rekombinant opløselig ekspression i E. coli og efterfølgende og Ni-NTA-oprensning. For at overvåge sin multimerisering og sammenligne sin celle invasiv med en beskrevet celle-invasiv protein som α-synuclein, vi mærkede DISC1 (598-785) med det fluorescerende farvestof DyLight594, og sammenlignet sincelle-invasionsevne med den for lige mærket α-synuclein. Den celle-invasionsevne af det rekombinante DISC1 fragmentet blev dramatisk forøget sammenlignet med den for nativ, fuld længde DISC1 aggresomes, sandsynligvis på grund af deres mindre størrelse og større renhed. Igen, renhed synes at spille en afgørende rolle i celle-invasionsevne.

I vores eksempel de invasive aggresomes rekrutteret opløseligt homolog protein ifølge målcellelinie, der udtrykkes rekombinant i en opløselig, dvs celle-dispergeret form. Ekspressionen af et fluorescerende protein (f.eks GFP eller RFP) i modtagerens cellelinie er en fordel, eftersom den muliggør colokalisering af invasive aggresomes og rekombinante proteiner i recipientcellen grænse via Z-stack billeddannelse.

Celle-invasive DISC1 aggresomes og multimere fragmenter udtrykt og oprenset fra E. coli kunne være et definerende træk ved et protein konformationelle sygdomme i forbindelse med DISC1, DISC1opathies ^15.

Trouble shooting:

Lavt aggresome udbytte efter saccharosegradient oprensning:

Saccharosegradienten introduceres i denne protokol fungerer godt med eGFP/mRFP-DISC1 (FL) aggresomes. Aggresomes bestående af andre proteiner kan være af variable dimensioner derfor saccharose-koncentrationer bør optimeres af andre brugere.

Utilstrækkelig oprensning af rekombinant protein:

Eventuelle bakterielle forurenende stoffer i oprensningsprocessen for det rekombinante protein vil også mærkes i senere trin i protokollen. For at undgå kontaminering, køres proteinet på en SDS-PAGE og bekræfter, at det rekombinante protein er mindst 95% rent ved farvning med Coomassie-blå. At sikre den højeste kvalitet og udbytte, protokollen skal optimeres for hvert enkelt protein.

Lav mærkning eftet af rekombinante proteiner:

Eventuelle forureninger, der indeholder frie SH-grupper vil falde effektiv mærkning af proteinet. Derfor omfattende dialyse og Ni-NTA-baseret oprensning er obligatorisk.

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
RPMI 1640	Invitrogen	11875-093	Medium is dependent on the host cell line. The optimal recipient cell line should be determined by the user.
DMEM/F-12	Invitrogen	11320-033	Medium is dependent on the recipient cell line. The optimal recipient cell line should be determined by the user.
PBS	Invitrogen	14190-250
Metafectene	Biontex	T020-1.0	Other transfection reagents might work as well but were not tested with our protocol.
Ni-NTA agarose	Qiagen	30210	The experiments were done with Ni_NTA agarose from Qiagen, other suppliers should work as well.
DNase I	Roche	04716728001	There is no need for RNase free DNase in the process of aggresomes purification.
Sucrose	Sigma-Aldrich	S0389
Opti-MEM	Invitrogen	31985-062	Serum-free medium works as well
Penicillin/Streptomycin	Invitrogen	15140122	Supplement for SH-SY5Y and NLF medium
Non-essential-amino-acids (NEAA)	Sigma-Aldrich	M7145	Supplement for SH-SY5Y medium
Trypan Blue 0.4%	Sigma-Aldrich	T8154	Toxic reagent
DyLight 594 Maleimide	Thermo-Fisher Scientific	46608	Reduced cysteine reactive dye to form stable thi–ther bonds. Also available in other colors.
ProLong Gold with DAPI	Invitrogen	P36935	This antifade liquid mountant gave superior results in our hands.
Protease Inhibitor cocktail	Roche	11873580001	Dissolve 1 table in 500 μl H2O for 100X solution.
Synthetic a-synuclein	Sigma	S7820	Refold as described in text.
Table of specific reagents.
Precellys 24	Bertin Technologies	03119.200.RD000	We have not tested other mechanical homogenizers other than this. Other detergent free homogenization method might work as well, but have not been tested for this protocol.
5301 Concentrator (speedvac)	Eppendorf	5301 000.210	Only necessary if protein has to be concentrated.
LSM 510 and Axiovision Apotome2	Zeiss	See manufacturers catalog	Both microscopes harbor the ability to perform Z-stack imaging. This is a prerequisite for solid and serious evaluation of invasion events.
Cell culture plastic material	Nunc	10 cm dishes #172958, 24-well plates #142475	The use of different plastic material might influence the interaction of recombinant proteins or aggresomes and the plastic surfaces. We have not tested materials other than the ones described here.
Table of specific material and equipment.
Number Buffer name content Comments 1. Bacterial growth medium 16 g/l Bacto Tryptone, 10 g/l Bacto Yeast extract, 5 g/l NaCl, 5 mM-arginine-HCl, 5mM MGSO4, 100 μg/ml carbencillin, 35 μg/ml chloramphenicol Grow bacteria to OD600: 0.6-0.8 induce expression with 1 mM IPTG. 2. Bacterial resuspension buffer 50 mM TRIS-HCl pH 8.0, 5 mM EDTA, 2 mM PMSF, 1% TX-100, 250 μg/ml lysozyme, 20 mM MgCl2 and 400 U/50 ml DNase I Resupend bacterial pellet from 1 L overnight culture in 50 ml resuspension buffer. 3. Protein extraction buffer 50 mM Tris pH 8.0, 5 mM imidazole, 500 mM NaCl, 8 M urea and 10 mM b-ME 4. Ni-NTA column wash buffer 50 mM Tris pH 8.0, 5 mM imidazole, 500 mM NaCl, 8 M urea and 10 mM b-ME, 12 mM imidazole Modified extraction buffer with 12 mM imidazole added. 5. Ni-NTA column elution buffer 50 mM Tris, 500 mM NaCl, 300 mM imidazole, 8 M urea, 1 mM PMSF, 5 mM EDTA and 10 mM b -ME The elution buffer contains 10 mM b -ME, which is dialyzed later on. 6. PBS 8 g/l NaCl, 0.2 g/l KCl, 1.44 g/l Na2HPO4, 0.24 g/l KH2PO4, adjust to pH 7.4 7. Labeling buffer PBS containing 5 mM TCEP Table of recipes.