Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Medicine
Click here for the English version

Medicine

Transcriptomic Analysis of Human Retinal Kirurgiske Prøver Bruke Journal

Published: August 14, 2013 doi: 10.3791/50375
Automatic Translation
1,2,3,4, 1,2,3, 1,2,3, 1,2,3, 4, 1,2,3, 1,2,3
1U968, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, 2UMR S 968, Université Pierre et Marie Curie, 3UMR 7210, Centre National de la Recherche Scientifique, 4Départment d'Ophtalmologie, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux

Summary

Vi brukte retinal prøver fra retinectomy for en transcriptomic analyse av netthinneavløsning. Vi har utviklet en fremgangsmåte som tillater RNA bevaring mellom de kirurgiske blokker og laboratoriet. Vi standardisert en protokoll for å rense RNA ved cesiumklorid-ultrasentrifugering for å sikre at de rensede RNA er egnet for mikroarray-analyse.

Abstract

Netthinneavløsning (RD) beskriver en separasjon av nevrosensorisk netthinnen fra retinal pigmentert epitel (RPE). RPE er viktig for normal funksjon av de lysfølsomme nerveceller, fotoreseptorene. Avløsning av netthinnen fra RPE skaper en fysisk gap som er fylt med ekstracellulær væske. RD initierer cellulære og molekylære uønskede hendelser som påvirker både nevrosensorisk netthinnen og RPE siden den fysiologiske utveksling av ioner og metabolitter er sterkt opprørt. Konsekvensen for syn er knyttet til varigheten av løsgjøring da rask reapposition av de to vev resulterer i gjenopprettelse av syn 1.. Behandlingen av RD er utelukkende kirurgisk. Fjerning av glasslegemet gel (vitrektomi) etterfølges av fjerning av ikke essensiell del av netthinnen rundt det frittliggende område for å favorisere netthinneavløsning. De fjernede netthinnens eksemplarer er res nullius (ingenting) og følgelig normalt forkastet.For å gjenopprette RNA fra disse kirurgiske prøver, har vi utviklet prosedyren tidsskrift som gjør at RNA bevaring under overføringen fra kirurgisk blokk til laboratoriet. Vi har også en standardisert protokoll for å rense RNA ved cesiumklorid-ultrasentrifugering for å sikre at de rensede RNA er egnet for global genekspresjon analyse. Kvaliteten av RNA ble validert både med RT-PCR-analyse og mikromatrise. Analyse av data viser en samtidig involvering av betennelse og fotoreseptor degenerasjon under RD.

Introduction

Den viktigste terapeutiske målet i netthinneavløsning (RD) er å finne en måte å begrense fotoreseptoren celleskader og retinal betennelse som resulterer fra separeringen av de fra de retinale fotoreseptorer pigmenterte epitel-celler. Under RD, er RPE celler aktiveres, migrere dedifferentiate, og sprer på overflaten av frittliggende netthinnen, øve kontraktile krefter som fører til komplikasjoner. Transcriptomics analyse av RD er en måte å identifisere målgener med modifisert uttrykket etter RD og dermed fremtidige terapeutiske molekyler som kan forbedre endelige visuelle resultatet i kombinasjon med kirurgi. Det er velkjent ribonukleinsyre (RNA) ikke er stabilt som er deoksyribonukleinsyre (DNA), idet sistnevnte er i utstrakt bruk for genetiske studier, eventuelt at stabiliteten tillates sekvensering av Neanderthal genomet fra paleontological prøver av mer enn 30.000 år 2.. Transkripsjon av DNA av genene fra genomet til messenger RNA er detstor prosess i genekspresjon, og det mRNA som er labil for å utgjøre et signal. RNA er meget hurtig degradert av RNAse-enzymer som avsluttes signalet. Når vev er isolert fra en organisme, de RNA er svært ofte degradert før uttrykket er studert i et forskningslaboratorium. Degradert RNA er ikke egnet for analyse av genuttrykk. Fordi laboratoriet ansatte ikke kan delta i operasjonen, har vi utviklet en prosedyre som er enkel og krever bare at kirurgen å gjenopprette vev i en egnet RNAse løsning. RNA av vevet er stabil og kan analyseres uten noen tegn på nedbrytning etter 72 timer ved romtemperatur og i denne løsningen. The RNAs fra prøver blir renset ved en standardisert metode som involverer en ultrasentrifugering på en cesiumklorid gradient etter å ha blitt overført til laboratoriet 3.. Deretter blir kvaliteten av RNAer vurdert ved agarose-gelelektroforese og ved RT-PCR. RNA rensing protokollen harFordelen med å separere molekyler i henhold til deres tetthet som er forskjellig for DNA og RNA, og sikrer at RNA ikke blir forurenset med DNA-molekyler som vil generere artifactual signaler i genekspresjon studier. I tillegg er transfer RNA (tRNA), som er de mest tallrike kvantitativt RNA i en celle, og er adskilt i henhold til den samme fysiske egenskapen fra det ribosomale RNA (rRNAs) og messenger RNA (mRNA), de to siste er den Sluttproduktet av renseprosessen. Fjerningen av tRNA fra preparatet er nyttig siden det meste av mikromatriser analytiske protokoller involverte bruk av omvendt transcriptases og RNA polymeraser som er hemmet av tRNA 4-6. De rensede RNA fra Kirurgiske prøver blir merket ved anvendelse av standard-protokoll og hybridisert til en mikroarray chip og resultatene er analysert ved hjelp av to komplementære metoder, den såkalte falske-tode, og ved hjelp av en ny fremgangsmåte basert på gjensidig informasjon og visualiseringszed på web-basert server Retinobase 7,8.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

En. Tidsskrift: Prosedyre for å gjenopprette de Prøvene fra Surgical Block

I laboratoriet

  1. Få en innførsel kontrakt fra ekspress rederiet.
  2. Fyll 10 (eller 25) frakt former med postadresse i laboratoriet viser kontaktperson i laboratoriet (telefonnummer og e-postadresse).
  3. Forbered 10 (eller 25) samples formene nummerert fra 1 til 10 (eller 25). Disse skjemaene inkluderer dedikerte områder for å informere om a) anonym identifikasjon av pasienten, b) dato for operasjonen, og c) eventuelle ytterligere merknader kirurgen ønsker å legge til. Forbered 10 (eller 25) polstrede konvolutter (150 x 210 mm).
  4. Utarbeidet etter RNAse-free reagenser 25 (eller 65) ml 6 M guanidin klorid i diethylpyrocarbonate (DEPC)-behandlet H 2 O (GHCl).
  5. Fyll 10 eller 25 nummerert 5 ml sterilt polyetylen-rør med rund bunn ble 2,4 ml GHCl løsning.
  6. Brukt argongass for å fylle den øvre del av disse rør, enn trykk TIghtly på hetten for å hindre oksydasjon av GHCl løsning i løpet av flere års lagring i det kirurgiske kabinettet.
  7. Introdusere hver 5 ml rør i en 50 ml steril polypropylen konisk bunn rør med skrukork. Bruk et stykke rent papir vev for å holde 5 ml tube i 50 ml tube, lukke røret.
  8. Plasser de 50 ml rør på en polystyren rack og stativet inn i en pappeske med de polstrede konvolutter, shipping skjemaer, prøvene former.
  9. Lim instruksjonene (se: 01.12 til 01.19) på innsiden av omslaget av pappesken å lette lesing.
  10. Send pappesken per post til kontaktperson på sykehuset.

På sykehuset

  1. Ta med pappesken fra det kirurgiske kabinett til det kirurgiske rommet. Forsiktig merk: hvis prosedyren innebærer en immun kompromittert pasient, skal papp ikke bli brakt til kirurgisk rom.
  2. Under operasjonen, plasserer retinal specimno inn i nummererte 5 ml sterilt polypropylen fylt med GHCl løsning. Lukke tett røret.
  3. Returnere røret kort.
  4. Plasser røret på blod røret rocker i 10 min.
  5. Fyll i den medfølgende sample nummerert skjema.
  6. Rapporter identifikasjonsnummeret til det tilsvarende nummerert 50 ml tube.
  7. Introduser 5 ml tube med kirurgisk prøven inn i 50 ml tube, erstatte papir vev og skru røret.
  8. Introduser røret og prøven fylles formen inn i det i ett av de vedføyde polstrede konvolutter. Lukke den.
  9. Ring uttrykkelig rederiet for henting.

2. RNA Rensing

I laboratoriet

  1. Homogenisere prøven i sin 5 ml rør polypropylen med GHCl løsning med en homogenisator i 1 min mens røret beveger seg opp og ned.
  2. Legg 270 pl av 2 M kaliumacetat pH 5,0. Rist kraftig i 10 min ved å plassere røret på en rister i denshorisontal stilling (420 min -1).
  3. Sentrifuger 10 min ved 5000 rpm (6500 xg) ved 20 ° C.
  4. Aspirer jevnt den løselige fraksjonen uten å forstyrre pelleten.
  5. Overføre til en 14 ml sterilt rør.
  6. Legg 5,3 ml av 100 mM Tris pH 8,0, N-Lauroylsarcosine 1%.
  7. Legg 3,2 g cesiumklorid (CsCl) og rør i røret ved å virvle.
  8. Legg 1,8 ml CsCl / etylendiamin-tetraeddiksyre (EDTA) i en steril 11 ml polyallomer sentrifugerør.
  9. Med en 10 ml steril Pasteur pipette ved å overføre RNA-løsning på 1,8 ml CsCl / EDTA ved å gli langsomt på kanten av røret for å unngå å forstyrre den tetthet pute.
  10. Plasser rørene (et andre rør som inneholder bufferne uten netthinnen om nødvendig) inn i rotoren.
  11. Sentrifuger 24 timer ved 32.000 rpm (225 000 xg) ved 20 ° C.
  12. Fjern den overlegne del av løsningen med en steril Pasteur-pipette, og kast den.
  13. Fjern gradvis mens du kontrollererøyeblikk når DNA (tyktflytende) er sugd opp med en annen steril Pasteur pipette, og kast den.
  14. Fjern den gjenværende løsningen tar seg ikke å frigjøre RNA pellet med en tredjedel steril Pasteur pipette.
  15. § i bunnen av røret med en skalpell flamme-steriliseres, og deretter sette den gjenværende del av røret er det opp-ned på en steril blikket.
  16. Reversere røret og skyll delikat med 160 ul av GHCl.
  17. La pellet tørke i 10 min.
  18. Resuspender pelleten i 150 pl (10 mM Tris pH 7,5 - 1 mm EDTA - 0,1% SDS).
  19. Overfør løsningen til et 2 ml sterilt mikrosentrifuge-rør, og deretter høste den gjenværende pellet med 30 ul (10 mM Tris pH 7,5 - 1 mm EDTA - 0,1% SDS).
  20. Tilsett 150 ul (10 mM Tris pH 7,5 - 1 mm EDTA).
  21. Tilsett 30 pl av 3 M natriumacetat, pH 5,0, vortex-røret.
  22. Legg 900 pl 100% etanol (-20 ° C), vortex-røret.
  23. Plasser røret 30 min i smeltende is.
  24. Centrifuge røret 30 minutter ved 15.000 rpm ved 4 ° C.
  25. Sug delikat den løselige fraksjonen, og kast den.
  26. Tilsett 500 ul 70% etanol (RT), vortex-røret.
  27. Sentrifuger røret 20 min ved 15.000 rpm (18.000 x g) ved 4 ° C.
  28. Gjenta skylletrinnet (70% etanol).
  29. Sentrifuge med kort og eliminere den resterende etanol med et P200 pipette.
  30. La pellet lufttørke i 10 min.
  31. Resuspender pellet i 50 mL DEPC-treated H 2 O.
  32. Bland kraftig ved å virvle.
  33. Inkuber 15 min ved 45 ° C i et vannbad.

3. RNA analyse ved gelelektroforese

  1. Hell en agarose gel inne i en kjemisk hette.
  2. I et sterilt 1,5 ml mikrosentrifugerør, tilsett 2 pl av RNA som skal analyseres, og 6,4 ul av prøven prep-buffer.
  3. I en andre 1,5 ml rør, tilsett 3 pl av RNA-standarder og 9,6 ul av prøven prep-buffer.
  4. Oppvarme rørene 15 min ved 65 ° C, Legg dem på is.
  5. Tilsett 1 mL etidiumbromid (EB) loading buffer uten fargestoff i RNA prøverøret og 1 ul buffer EB lasting med fargestoff i RNA-standarder røret.
  6. Kjør gelen i henhold til 80-100 V Innvendig en kjemisk hette i rennende buffer, inntil en av fargestoffer (bromfenolblå) når 2/3 av bunnen av gelen.
  7. Skyll gel to ganger 15 min med 250 ml de DEPC-treated 2x SSC.
  8. Ta et digitalisert bilde under UV lys.
  9. Beregn forholdet mellom det øvre båndet (23S rRNA) og det nedre bånd (16S rRNA).

4. Sluttrensing av RNA

  1. Juster volumet av RNA prøven til 100 pl med DEPC-behandlet H2O (om nødvendig).
  2. Tilsett 100 pl av Acid fenol (1 ml fenol mettet i DEPC-behandlet H2O + 130 pl av 50 mM natriumacetat, pH 5,2), vortex kraftig.
  3. Sentrifuger 10 min ved 13.000 rpm (15.000 x g) ved romtemperatur.
  4. Recover nøye og overføre den vandige fase (øvre fase) i en roman et sterilt 1,5 ml mikrosentrifugerør.
  5. Tilsett 10 pl av 3 M natriumacetat, pH 5,2 og 250 pl 100% etanol (-20 ° C).
  6. Inkuber røret 30 min inn i smeltende is.
  7. Sentrifuger røret 30 min ved 14.000 rpm (18.000 x g) ved 4 ° C.
  8. Aspirere nøye løselige fraksjonen, og kast den.
  9. Tilsett 500 ul av 70% etanol (romtemperatur), og vortex-røret.
  10. Sentrifuger røret 20 min ved 14 000 rpm (18.000 xg) ved 4 ° C.
  11. Gjenta skylletrinnet (70% etanol).
  12. Sentrifuge med kort og eliminere den resterende etanol med et P200 pipette.
  13. La lufttørke pellets i 10 min.
  14. Resuspender pelleten inn 50 pl DEPC-treated H 2 O.
  15. Inkuber deretter tube 15 min ved 45 ° C.
  16. Mål absorbansen (ABS) ved 260 nm og 280 nm på 2 pl av RNA-prøven. Beregnet forholdet Abs260/Abs280.
    17. <li> Butikk RNA prøven ved -80 ° C (stabilt i flere år).

5. Løsninger og rengjøring prosedyrer

  1. Kaliumacetat 2 M, pH 5,0: Oppløs 19,6 g kaliumacetat i 70 ml DEPC-behandlet H2O Rens pH-meter sonde ved å legge den inn i med 1 M NaOH i 15 min, fulgt av 5 skyllinger med DEPC-behandlet H2O Juster til pH 5,0 med eddiksyre og deretter justere volumet til 100 ml med DEPC-behandlet H2O
  2. Tris-HCl-100 mM, pH 8,0, N-Lauroylsarcosine 1%: Oppløs 2 g N-Lauroylsarcosine (under en hette) inn til 40 ml av 0,5 M Tris-base pH 8,0. Juster volumet til 200 ml med DEPC-behandlet H 2 O.) CsCl / EDTA: 96 g CsCl i 50 ml 10 mM EDTA pH 7,5 forberedt med DEPC-behandlet H 2 O. Autoklaver og justere volumet til 100 ml med DEPC-treated H 2 O. Sjekk for pH <7,5.
  3. Agarose gel 1%: Sett en g agarose i 62 ml DEPC-behandlet H 2 O. Kok i en mikrobølgeovn. Legg 18 ml på 12,3 Mformaldehyd, 20 ml 5 x MOPS. Hell i en kjemisk hette.
  4. Sample prep Buffer: Å være forberedt extemporary. Bland i en kjemisk hette 8 pl 5x mopper, 16 pl 12,3 M formaldehyd og 40 pl av formamidet.
  5. EB lasting buffer (uten fargestoff): Å være forberedt extemporary. Tilsett 4 mL 10 mg / ml etidiumbromid i 20 pl av 80% glycerol fremstilt med DEPC-behandlet H2O
  6. EB lasting buffer (med fargestoff): Å være forberedt extemporary. Tilsett 2 mL 10 mg / ml etidiumbromid i 10 pl 80% glyserol inneholdende 0,25% Xylen cyanol, 0,25% bromfenolblå med DEPC-behandlet H2O
  7. Running buffer: Til 60 ml 5x mopper, tilsett 54 ml på 12,3 M formaldehyd og 186 ml av DEPC-treated H 2 O.
  8. DEPC-behandlet H2O: Inkubering destillert vann med 0,1% volum / volum diethylpyrocarbonate i 2 timer ved 37 ° C under omrøring. Sterilisere etter Autoclave.
  9. Rengjøring homogenisatoren: Tilsett 25 ml rengjøringsmiddel (RBS) til en L av DEPC-behandlet H2O, og immerge aksen 1 min med omrøring. Inkuber 2 timer ved 60 ° C. Skyll grundig med DEPC-treated H 2 O Wrap instrumentet inn i aluminium og satt inn i instrumentet boksen. Pakk boksen. Sterilisere etter Autoclave.
  10. Rengjøring av elektroforese enhet: Vask apparat, brettet og 15-brønner kam. Inkuber 15 min i 3%-ig hydrogenperoksyd. Skyll en gang med 100% etanol. Lufttørke.
  11. Rengjøring av glass retter: Rengjør glass retter RBS 2% hele natten, og skyll med destillert vann før sterilisering ved 200 ° C.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Fremgangsmåten Journal (figur 1) gjør det mulig for oss å gjenopprette prøvestykker av retina fra det kirurgiske blokken til renset RNA, og å analysere transcriptome av netthinneavløsning. Netthinneavløsning resulterer i oppregulering av monocytt kjemotaktisk MCP1 genet CCL2, og i reduksjon i uttrykket av stangen fotoreseptoren transducing genet GNAT1, kortbølge kjegle opsin OPN1SW, og homeogene CRX (figur 2). Induksjon av CCL2 er som resulterer fra betennelse 9, mens den samtidig reduksjon av GNAT1, OPN1SW og CRX er resultatet av fotoreseptoren degenerasjon, begge stavene og tappene. Tapet av kjegler kan skyldes tap av uttrykk for NXNL1, som koder for en Rod-avledet Cone Livskraftig Factor 7,10, eller dets paralogue RdCVF2, som kodes av NXNL2 genet. Overraskende, NXNL2 messenger exists i to forskjellige versjoner. Versjon 1 (NM_001161625.1) er en kodende sekvens avledet fra fylogenetiske analyse, men har ikke tidligere blitt rapportert å bli uttrykt 11, mens versjon 2 (NM_145283.2), hvor flere samle såkalte er identifisert er en unormal mRNA som utelukker andre ekson av genet og inneholder et alternativt andre ekson, inneholdende en repeterende Alu-sekvens, som ligger mer enn 40 kb i 3 'retningen (figur 3a). Ved hjelp av RNA renset fra humane netthinnen, kan vi nå rapportert at de to versjonene av NXNL2 mRNA uttrykkes (figur 3b).

Figur 1
Figur 1. Bilde av pappesken som inneholder materiale fra Journal.

Figur 2
Figur 2. Representasjon av uttrykket av en undergruppe av gener ved hjelp Retinobase. For de genene som vises i disse radar grafer, CCL2, GNAT1, OPN1SW og CRX, tilsvarer den høyre delen av figuren til RNA fra prøver av retinal avdelinger (RD1-18), mens den venstre delen (NR1-18) er RNA fra age-matchet kontroller tilberedt med post-mortem netthinne. Radaren graf Metoden er beskrevet i 8..

Figur 3
Figur 3. Ekspresjon av de to versjon av NXNL2 genet i retina. en. Skjematisk fremstilling av NXNL2 genet på kromosom 9. NXNL2v1 har to eksoner som er spådd av flersekvenssammenstilling og fylogenetiske analyser. NXNL2v2 mangler som andre ekson og inkluderer en alternativ ekson 2 ', som ligger> 40 kb i 3' retning. Than pilene viser posisjonen av tennsatsen benyttes. b.. RT-PCR som viser ekspresjonen av både NXNL2v1 og NXNL2v2 i retina. De riktige baner tilsvarer reaksjonen i fravær av revers transkriptase. ACTB, cytoplasmisk aktin. Primere brukt: NXNL2v1: 5'-GCATGAGCTGAGGAAGAGGT-3 ', 5'-CTCA AACGGAGAAATTCTGGA-3', 5'-NXNLv2: TCTGCACCCCCACGTTTATT-3 ', 5'-AGGGCCTCCT TTTCCATCTA-3'.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Utviklingen av en prosedyre for utvinning vev fra det kirurgiske blokken har vært avgjørende for transkriptomet analyse av netthinneavløsning. Man bør legge merke til at denne type kirurgi er praktisert i krise og at øyeleger opererer har liten tid til å delta i et biologisk forskningsprogram når de opererer. Dette retinectomy er også utført stokastisk i hver enkelt tjeneste, slik at enklere måte å nå statistiske tall på er å arbeide med et nettverk. I et slikt nettverk, er standardisering av vev samling avgjørende å lykkes med biologisk analyse. Ved å gi et materiale, svært enkel å bruke og presise instruksjoner, som kan lagres i romtemperatur i en operasjon kabinett, nær kirurgisk blokk, har vi oppfordret kirurger til å delta i vår studie.

I tillegg ble standardisering av rensing av RNA oppnådd å få det beste av disse dyrebare clinical prøver. Samlinger av rene RNA kan lagres i årevis ved -80 ° C og ville bli brukt til videre studier som romanen genomikk teknologier dukker opp. Protokollen er gitt for retinal kirurgisk prøven, men kan også brukes med hell til å isolere RNA fra gnager netthinnen etter disseksjon. Dersom RNA brytes ned, a) kontroller pH-verdien i CsCl / EDTA-løsning. b) gjøre alle løsninger fra ubrukte kjemikalier. Den viktigste begrensning av teknikken er den mengde utgangsmateriale som skal tilsvare minst 50.000 celler.

Det som kjennetegner fremgangsmåten anvendt her fra de fleste kommersielle reagenser levert for å isolere total RNA er graden av renhet. RNA er utarmet i alle DNA-kontaminering noe som eliminerer behovet for å bruke DNAse behandling som kan være skadelig for noen ytterligere prosedyre. I tillegg er de totale RNA-preparater her utarmet i tRNA, som er kjent for å være kraftige inhibitorer av RNA-polymeraser som ofte brukes iforsterkning trinnet før hybridisering til microarray chips. Vi har observert at probene syntetisert fra disse RNA-preparater har en meget høy spesifikk aktivitet. Graden av renhet av RNA fremstilt ved å følge metoden som er beskrevet her er meget godt egnet for mikroarray hybridisering, men også for å konstruere et cDNA bibliotek av høy kvalitet og for RNA-sekvensering som vi har observert. Laboratoriet bør være RNAse gratis. PH i den CsCl / EDTA bør være sur for å unngå degradering av RNA ved alkalisk lysis. Tettheten av CsCl / EDTA bør nøye kontrollert for å ikke være for høy, og for å hindre sedimentering av RNA.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Forfatterne har ikke noe å avsløre.

Acknowledgments

Vi takker Sacha Reichman og Dominique Santiard-Baron for deres hjelp i å redigere RNA rensing protokollen.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Centrifuge Beckman Coulter Aventi J-E
Rotor Beckman Coulter JS-5.3
Ultracentrifuge Beckman Coulter LE 80K
Rotor Beckman Coulter SW41
Power supply Biorad Pac 3000
PolytronTM Kinematica PT 2100 Supplied with PT-DA 2105:2
Agarose gel electrophoresis device Biorad MiniGel Cell GT
Imaging System Biorad GelDoc-It Imager
5 ml sterile polyethylene tube Greiner 115261
Sterile polyallomer centrifuge tube Beckman Coulter 331372
Chemical reagents Sigma Molecular biology grade (RNase and DNase free products)
Cleaning Solution VWR RBS
Microarray chip Affymetrix Human U133 plus 2 array

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Mitry, D., Charteris, D. G., et al. The epidemiology of rhegmatogenous retinal detachment: geographical variation and clinical associations. The British Journal of Ophthalmology. 94 (6), 678 (2010).
  2. Green, R. E., Krause, J., et al. A draft sequence of the Neandertal genome. Science. 328 (5979), 710 (2010).
  3. Glisin, V., Crkvenjakov, R., et al. Ribonucleic acid isolated by cesium chloride centrifugation. Biochemistry. 13 (12), 2633 (1974).
  4. Van Gelder, R. N., von Zastrow, M. E., et al. Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (5), 1663 (1990).
  5. Cavalieri, L. F., Yamaura, I. E. coli tRNAs as inhibitors of viral reverse transcription in vitro. Nucleic Acids Research. 2 (12), 2315 (1975).
  6. Sawadogo, M. On the inhibition of yeast RNA polymerases A and B by tRNA and alpha-amanitin. Biochemical and biophysical research communications. 98 (1), 261 (1981).
  7. Delyfer, M. N., Raffelsberger, W., et al. Transcriptomic analysis of human retinal detachment reveals both inflammatory response and photoreceptor death. PloS ONE. 6 (12), e28791 (2011).
  8. Kalathur, R. K., Gagniere, N., et al. RETINOBASE: a web database, data mining and analysis platform for gene expression data on retina. BMC Genomics. 9, 208 (2008).
  9. Nakazawa, T., Hisatomi, T., et al. Monocyte chemoattractant protein 1 mediates retinal detachment-induced photoreceptor apoptosis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (7), 2425 (2007).
  10. Leveillard, T., Sahel, J. A. Rod-derived cone viability factor for treating blinding diseases: from clinic to redox signaling. Science Translational Medicine. 2 (26), 26ps16 (2010).
  11. Chalmel, F., Leveillard, T., et al. Rod-derived Cone Viability Factor-2 is a novel bifunctional-thioredoxin-like protein with therapeutic potential. BMC Molecular Biology. 8, 74 (2007).

Tags

Genetikk medisin molekylærbiologi Biomedical Engineering anatomi fysiologi nevrobiologi Neuroscience biokjemi Genomics transcriptomics Ophthalmology øyesykdommer nevrovitenskap netthinnen menneskelige vevsprøver RNA rensing microarray analyse microarray tidsskrift RNA DNA rensing gel elektroforese sekvensering kliniske anvendelser kliniske teknikker
Transcriptomic Analysis of Human Retinal Kirurgiske Prøver Bruke Journal
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Delyfer, M. N., Aït-Ali, N.,… More

Delyfer, M. N., Aït-Ali, N., Camara, H., Clérin, E., Korobelnik, J. F., Sahel, J. A., Léveillard, T. Transcriptomic Analysis of Human Retinal Surgical Specimens Using jouRNAl. J. Vis. Exp. (78), e50375, doi:10.3791/50375 (2013).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter