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Biology

Un nuevo enfoque para el análisis comparativo de Multiproteinas complejos basados ​​en Published: March 13, 2014 doi: 10.3791/51103

Summary

El enfoque descrito comparativa, cuantitativa proteómica tiene por objeto la obtención de conocimientos sobre la composición de los complejos multiproteicos bajo diferentes condiciones y se demuestra comparando genéticamente diferentes cepas. Para el análisis cuantitativo volúmenes iguales de diferentes fracciones de un gradiente de densidad de sacarosa se mezclan y se analizaron por espectrometría de masas.

Abstract

El protocolo introducido proporciona una herramienta para el análisis de complejos multiproteicos en la membrana tilacoide, mediante la revelación de conocimientos sobre composición compleja en diferentes condiciones. En este protocolo el enfoque se demuestra mediante la comparación de la composición de la proteína complejo responsable de flujo cíclico de electrones (CEF) en Chlamydomonas reinhardtii, aislado a partir de diferentes cepas genéticamente. El procedimiento comprende el aislamiento de membranas tilacoides, seguido por su separación en complejos multiproteicos por centrifugación en gradiente de densidad de sacarosa, SDS-PAGE, y la inmunodetección, espectrometría de masas cuantitativa comparativa (MS) basados ​​en el marcaje metabólico diferencial (14 N / 15 N) de la cepas analizadas. Membranas tilacoides solubilizados detergentes se cargan en gradientes de densidad de sacarosa en una concentración igual clorofila. Después de ultracentrifugación, los gradientes se separan en fracciones, que se analizan en masa-spectrometry basado en el mismo volumen. Este enfoque permite la investigación de la composición dentro de las fracciones de gradiente y, además, para analizar el comportamiento de la migración de diferentes proteínas, centrándose especialmente en ANR1, CAS, y PGRL1. Además, este método se demuestra mediante la confirmación de los resultados con inmunotransferencia y además, mediante el apoyo a los hallazgos de los estudios anteriores (la identificación y la migración PSI-dependiente de las proteínas que se describieron anteriormente para ser parte de la CEF-Supercomplejo tales como PGRL1, FNR, y cyt f). Cabe destacar que este enfoque es aplicable a abordar una amplia gama de preguntas para las que este protocolo se puede adoptar y, por ejemplo utilizado para los análisis comparativos de composición compleja multiproteico aislado de las condiciones ambientales distintas.

Introduction

Procesos fotosintéticos en las membranas tilacoides de plantas y algas pueden funcionar en un modo lineal y cíclica. Durante el flujo lineal de electrones (LEF) fotosistema I (PSI), fotosistema II (PSII) y citocromo b 6 / f en última instancia, la transferencia de electrones del agua al NADP + 1, que conduce a la generación de NADPH y ATP 2. En contraste, el flujo cíclico de electrones (CEF), que es conocido por ser inducida bajo diversas condiciones ambientales como el estado 2 3 y 4, las condiciones anaeróbicas en los resultados de la re-reducción de la ISP oxidado mediante la inyección de electrones de nuevo en la cadena de transporte de electrones. Este proceso puede llevarse a cabo en el lado del estroma del citocromo b 6 / f complejo 1 o en la piscina plastoquinona 5 y genera ATP, pero no NADPH 2.

El objetivo del protocolo presentado es demostrar una espectrometría de masas (MS) m basadaétodo para el análisis comparativo, cuantitativo de los complejos multiproteicos en las membranas tilacoides de Chlamydomonas reinhardtii que permite conocer mejor la composición de estos complejos en diferentes condiciones (ejemplificados mediante la comparación de cepas genéticamente diferentes). Este enfoque fue aplicado en una publicación de Terashima et al. En 2012 que muestra una Ca 2 +-dependiente de la regulación de la CEF en C. reinhardtii mediada por un complejo multiproteicos incluyendo las proteínas de CAS, ANR1 y PGRL1 6. El procedimiento se explica por comparativamente el análisis de la composición de la CEF-Supercomplejo en dos cepas genéticamente diferentes, aprovechando de este modo el etiquetado una de las dos cepas con nitrógeno pesado (15 N). Brevemente, el protocolo incluye la preparación de membranas tilacoides, seguido de la solubilización de detergente y fraccionamiento de complejos fotosintéticos en un gradiente de densidad de sacarosa. Después del fraccionamiento de la pendiente, seleccionado fracnes de dos cepas se mezclaron basan en un volumen igual, separadas por SDS-PAGE seguido de la digestión en gel y análisis por MS cuantitativa posterior.

Como se mencionó anteriormente, CEF es inducida bajo diferentes condiciones ambientales y una publicación a partir de 2010 demuestra el aislamiento de un CEF-Supercomplejo funcional de estado 2 celdas bloqueadas de C. reinhardtii 7, que se lleva a cabo mediante la separación de las membranas tilacoides solubilizadas en un gradiente de densidad de sacarosa durante la ultracentrifugación. A diferencia de Iwai et al. 7, el protocolo presentado describe el aislamiento de la CEF-Supercomplejo de anaeróbico crecido C. culturas reinhardtii siguiendo un procedimiento alternativo. Este comprende cambios en el protocolo de aislamiento de tilacoide así como las diferencias relativas a la etapa de solubilización y la separación de complejos de proteínas por ultracentrifugación. En el presente protocolo, las membranas tilacoidesestán aislados mediante la aplicación del procedimiento publicado por Chua y Bennoun 8, mientras que los tampones usados ​​para la preparación tilacoide por Iwai et al. contenida Mes 25 mM, 0,33 M de sacarosa, 5 mM de MgCl 2, 1,5 mM de NaCl (pH 6,5) como se describe 9. La solubilización se realizó con 0,7-0,8% de detergente (n-tridecilo-β-D-maltósido) durante 30 min en hielo en el caso de Iwai y compañeros de trabajo, mientras que el método de solubilización descrito aquí se basa en el uso de 0,9% de detergente (N -dodecil-β-D-maltósido (β-DM)) y se lleva a cabo por sólo 20 min en hielo. Ambos grupos utilizaron 0,8 mg de clorofila por ml para la solubilización con la respectiva detergente. Para la separación de los complejos fotosintéticos de las membranas tilacoides solubilizadas Iwai et al. Aplicado concentraciones de sacarosa entre 0,1-1,3 M, mientras que los autores de este protocolo utilizado concentraciones que van desde 0,4 hasta 1,3 M. La última diferencia es la velocidad de centrifugación, que es más baja en comparación A la cupublicación rlier.

La solubilización de las membranas tilacoides con detergentes no iónicos, seguido de fraccionamiento de gradiente de densidad de sacarosa ya se ha aplicado en numerosos estudios que van desde la década de 1980 hasta hoy 7, 9-14 y también la aplicación de marcaje metabólico de las proteínas es un método muy extendido en el campo de la proteómica. El enfoque descrito se aplica el etiquetado 15 N metabólica para una de las dos cepas en comparación mediante el cultivo en presencia de nitrógeno pesado como única fuente de nitrógeno en forma de 15 N NH4Cl, que se incorpora en todos los aminoácidos que conducen a una masa cambiar dependiendo de la secuencia de aminoácidos del péptido. Cuando el análisis de una mezcla de 14 N y 15 N dentro de una MS ejecuta, este cambio de masa se ​​puede utilizar para determinar el origen de la muestra para cada péptido y péptido relativa abundancia se puede calcular que representa la abundancia relativa para la correspondening proteína de 15.

Numerosos estudios de proteómica cuantitativa sobre C. reinhardtii están disponibles, que compara una cantidad definida de proteínas para analizar los cambios en el proteoma entre las condiciones experimentales (por ejemplo, cambios en el proteoma de nutrientes debido a la 16-19 o la luz de estrés 20,21). En comparación con los estudios, en el enfoque que actualmente se presenta se combinaron y analizaron volúmenes iguales de muestras. Esta configuración permite estudiar el comportamiento de la migración de las proteínas dentro del gradiente y, además, para analizar la composición de diferentes complejos con respecto a las cepas investigadas.

Este método se explicará mediante la concentración principalmente en tres proteínas: El primer candidato es la proteína sensor de calcio CAS-cloroplasto localizada, que ha demostrado estar implicado en la foto-aclimatación en C. reinhardtii 22. El calcio se considera que es una señal importanteción de iones de las vías que se activan debido a diferentes estreses bióticos y abióticos, finalmente, conduce a cambios en la expresión genética y la fisiología celular 23 y se propuso que los cloroplastos podrían contribuir a celular Ca 2 + señalización a través de la proteína CAS 22,24,25. La segunda proteína es ANR1 (respuesta anaeróbica 1 6), una proteína que ha demostrado ser inducida en condiciones de crecimiento anóxicas en C. reinhardtii 26. En particular, CAS, así como ANR1 se identificaron como subunidades de la CEF-Supercomplejo y por otra parte, mediante el uso de enfoques de genética inversa, se demostró que ambas proteínas contribuyen funcionalmente a CEF in vivo 6, apoyando su papel como subunidades funcionales de este complejo de proteínas. La tercera proteína es la proteína tilacoide PGR5-igual que 1 (PGRL1), que ha demostrado estar involucrados en CEF en Chlamydomonas 4,27, así como en Arabidopsis 5,28 y era también identified en la obra de Iwai et al. 7

Este enfoque será presentado por muestra los resultados de dos experimentos diferentes: de tipo salvaje (WT) versus (vs) una cepa ΔPSI 29, que presenta una deleción del gen PSAB, que codifica para un fotosistema esencial que la subunidad, que es también parte de la CEF-Supercomplejo y WT vs un pgrl1 ronda cepa 4. Para cada uno de esos experimentos la composición cuantitativa de la CEF-Supercomplejo entre un N-y una cepa 14 N-etiquetados se ha comparado 15.

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Protocol

1. El cultivo de Chlamydomonas

  1. La siguiente C. reinhardtii cepas fueron utilizadas en el presente estudio: PESO cc124, WT cw15-Arg7 (pared celular deficiente y arginina auxotroph), una cepa mutante ΔPSI 29 y un pgrl1 cepa ronda 4.
  2. Todas las cepas se cultivaron en Tris-Acetato-fosfato (TAP)-medio 30, a 25 ° C con una intensidad de luz continua de 20-50 E · / m 2 seg y agitación a 120 rpm. La cultura de ΔPSI debe ser envuelto con un poco de papel de seda para la exposición a la luz de <5 E · / m 2 s.
  3. Los cultivos de las cepas etiquetados (ΔPSI y WT cc124, respectivamente) contenían 7,5 mM 15 N NH 4 Cl, mientras que los cultivos de las cepas no marcado (WT-cw15 Arg7 y pgrl1, respectivamente) contenían 7,5 mM 14 N NH4Cl. Las células tienen que crecer por lo menos durante cuatro geiones para lograr el etiquetado completo y se deben mantener en la fase de crecimiento exponencial.
  4. En el día antes de comenzar el experimento y recuento de células diluidas hasta una densidad de 1 x 10 6 células / ml en un volumen de al menos 750 ml / cepa.

Tenga en cuenta que dos tipos de gradientes de densidad discontinuo de sacarosa se describen en el siguiente protocolo. Los gradientes de densidad de sacarosa de acuerdo con el fotosistema Takahashi et al. 9 se utilizan para separar los diferentes complejos de proteínas fotosintética de los tilacoides aisladas y solubilizados durante durante la noche centrifugación y tienen que ser preparado el día antes (véase el Protocolo 2) y los gradientes de densidad de sacarosa tilacoides 8 se aplican en el procedimiento de aislamiento tilacoide (ver Protocolo n º 3).

2. Preparación de los gradientes de densidad de sacarosa Fotosistema

  1. Para verter los gradientes son necesarios tres soluciones madre:
    1. 2 M de sacarosa
    2. 10% β-DM en H 2 O
    3. 0,5 M de Tricina, pH 8,0 (NaOH)
  2. El uso de estas poblaciones, se preparan las siguientes soluciones:
    Concentración: 1,3 M 1,0 M 0,85 M 0,7 M 0,65 M 0,4 M
    2 M de sacarosa 13 ml 10 ml 8,5 ml 7 ml 6,5 ml 4 ml
    10%46;-DM 100 l 100 l 100 l 100 l 100 l 100 l
    0,5 M de Tricina 200 l 200 l 200 l 200 l 200 l 200 l
    H 2 O 6,7 ml 9,7 ml 11,2 ml 12,7 ml 13,2 ml 15,7 ml
  3. Utilice tubos x 89 mm de centrífuga de 14 mm y verter los gradientes muy lentamente, comenzando con la solución más alta de densidad de sacarosa a la solución de menor densidad.
  4. Vierta sólo 1 ml de cada uno de los 1,3 y 1,0 M y 2 ml de soluciones para el resto de las soluciones.
  5. Deja gradientes de la noche en el cuarto frío.

3. Anaerobio Inducción y aislamiento de Thylakoid Membranas 8

  1. Antes de comenzar con el aislamiento de membranas tilacoides, inducir condiciones anaeróbicas por burbujeo con argón durante 4 h. El burbujeo se puede realizar a través de una pipeta de vidrio en el cultivo de matraces con mezcla constante de la cultura con una barra de agitación magnética.
  2. Comenzar con el aislamiento de las membranas tilacoides mediante sedimentación de las células durante 5 min a 2.500 xg, se resuspende en tampón H1 (0,3 M de sacarosa, 25 mM de HEPES (pH 7,5), 5 mM de MgCl 2).
    (Tenga en cuenta que cuando se empieza con el aislamiento de los tilacoides muestras membranas shOuld mantenerse en hielo para evitar la degradación de proteínas, todas las etapas de centrifugación se llevan a cabo a 4 º C y el trabajo con los guantes es muy recomendable para evitar la contaminación de la queratina.)
  3. Precipitar las células durante 5 min a 2.500 xg, se resuspende en tampón H1.
  4. Romper las células con dos pases a través de un nebulizador con una presión de nitrógeno de 1500 hPa (para las cepas sin pared celular hacer un solo paso).
  5. Centrifugar las células durante 7 min a 2500 x g.
    (Después de este paso, el sobrenadante debe ser de color verde claro, si no, la rotura celular no tuvo éxito.)
  6. Resuspender las células en tampón de H2 (0,3 M de sacarosa, 5 mM de HEPES (pH 7,5), EDTA 10 mM (pH 8,0)) y células de pellets durante 10 min a 32.800 x g.
  7. Resuspender las células en tampón de H3 (1,8 M de sacarosa, 5 mM de HEPES (pH 7,5), EDTA 10 mM (pH 8,0)) y homogeneizar de pellets con un alfarero (no hay partículas verdes deben permanecer en el extremo de este paso de trabajo).
  8. Preparar los gradientes de densidad de sacarosa tilacoides en la bañeraES (25 mm x 89 mm) comenzando en la parte inferior con una capa de 12 ml de tampón H3 con las células, se vierte una capa de medio de 12 ml de tampón de H4 (1,3 M de sacarosa, 5 mM de HEPES (pH 7,5), EDTA 10 mM ( pH 8,0)) y en la parte superior 12 ml de tampón H5 (0,5 M de sacarosa, 5 mM de HEPES (pH 7,5), EDTA 10 mM (pH 8,0)). Tenga cuidado al verter los gradientes y evitar la mezcla de las tres capas.
  9. Equilibrio con tampón H5 y los gradientes de densidad de sacarosa tilacoides de centrifugación durante 1 hora a 70.700 x g.
  10. Retire las bandas de tilacoides de los gradientes de densidad de sacarosa y los tilacoides diluir con un volumen de tampón apropiado H6 (5 mM de HEPES (pH 7,5) 10 mM EDTA (pH 8,0)).
  11. Centrifugar las células a 37.900 xg durante 20 min. Si la pastilla no está apretado, se requiere más memoria intermedia H6 para este paso de centrifugación.
  12. Resuspender tilacoides en un tampón H6 pequeño volumen y proceder con la determinación de la concentración de clorofila.

4. Determinación de la Concentración clorofila 31

  1. La determinación de la cantidad de clorofila se lleva a cabo con 80% de acetona.
  2. Mezclar 995 l 80% de acetona y 5 l de tilacoides en tampón H6 (dilución 1:200).
  3. Vortex durante varios segundos hasta que no haya partículas permanecen verdes y luego girar hacia abajo a 14,1 × g durante 5 min.
  4. Tome el sobrenadante y medir la extinción a 663.6 y 646.6 nm y 750 nm, respectivamente.
  5. Calcular la cantidad de clorofila usando las siguientes fórmulas:
    1. C Chl a [mg / ml] = (0,01225 * E 663,6-0,00255 * E 646,6) * factor de dilución
    2. C Chl b [mg / ml] = (0,02031 * E 646,6-0,00491 * E 663.6) * factor de dilución
    3. C Chl [mg / ml] = C Chl a + C Chl b

5. La carga de los gradientes de densidad de sacarosa Fotosistema

  1. Calcular las cantidades de los tilacoides, β-DM y el tampón H6 que se necesitanpara cada gradiente:
    1. Cada gradiente debe ser cargado con un volumen total de 700 l con 0,8 mg / ml de clorofila en el 0,9% β-DM (disolver β-DM en H 2 O), llenar el volumen restante con tampón H6.
  2. Para la solubilización preparar diferentes alícuotas con tilacoides, β-DM y tampón H6 para cada gradiente.
  3. Deja muestras durante 20 min en hielo con la mezcla regularmente (inversora) cada pocos minutos (etapa de solubilización).
  4. Se centrifuga a la velocidad máxima (14.000 xg) durante 10 min a 4 ° C.
    (Después de la centrifugación, el pellet debe ser pequeña y de color blanquecino, mientras que el sobrenadante es de color verde oscuro.)
  5. Cargar sobrenadante en los gradientes.
  6. Equilibrio con tampón H6 y girar utilizando ultracentrífuga a 134.470 xg durante la noche (14 horas) a 4 ° C.
    (Tenga en cuenta que la separación exitosa de complejos fotosintéticos utilizando gradientes de densidad de sacarosa fotosistema tal como se presenta en este protocolo sólo se logra cuando using recién aisladas tilacoides, desde una predicción para la solubilización y separación compleja es difícil de realizar cuando se trabaja con las membranas tilacoides que han sido congelados antes.)

6. El fraccionamiento de los gradientes de densidad de sacarosa Fotosistema

  1. Tome fotos de los gradientes.
  2. Perforar un agujero en la parte inferior del tubo utilizando una aguja y gradientes se fraccionan en tubos de 500 mL. Alternativamente, el fraccionamiento también se puede realizar mediante el uso de una placa de 96 pocillos (microplaca).
  3. Cuando se utiliza una microplaca, determinar la absorbancia de las diferentes fracciones de gradiente a 675 nm.
    (En este paso las muestras pueden ser almacenadas a -80 ° C durante unas semanas.)

7. SDS-PAGE e inmunodetección

(Tenga en cuenta que sólo para la comparación de PESO vs ΔPSI se ha realizado un análisis de Western blot para seleccionar las fracciones para su posterior MS-análisis. Para el experimento PESO vs pgrl1 fracciones fueron escogidos por medio de la absorbancia en las diferentes fracciones.)

  1. Separa 30 l de cada fracción de WT y ΔPSI gradiente en un gel de poliacrilamida SDS 13% 32.
  2. Realizar análisis de Western blot 33 utilizando los siguientes anticuerpos: ANR1 (TEF7) 26, PGRL1 34, CAS 6, el PSAD subunidad PSI 32 y el PSII D1 subunidad central. Utilice todos los anticuerpos con una dilución de 1:1.000 (para mejorar la técnica de detección de quimioluminiscencia), excepto para el anticuerpo D1, que se debe utilizar con una dilución de 1:10.000.
  3. Con base en los resultados de la inmunodetección, tome las fracciones de los picos de ANR1, PGRL1 y PSAD para WT y ΔPSI (aquí fracciones 6 y 13, respectivamente), mezclar 30 l de la fracción 6 de WT y ΔPSI y hacer lo mismo con la fracción 13 de ambas preparaciones y los separan de nuevo en un gel de poliacrilamida SDS al 13%.
  4. Para la comparación cuantitativa de PESO vs pgrl1 tomar la C-EF Supercomplejo fracciones como se determina mediante la medición de la absorbancia en las diferentes fracciones del gradiente y mezclar 30 l de ambas muestras seguido de la separación en un gel de poliacrilamida SDS al 13%.
  5. Tinción de las bandas de proteína con solución de Coomassie (ácido fosforoso 85%, sulfato de amonio 757 mM, 1,2% azul brillante de Coomassie, 20% de metanol) durante 2 horas a temperatura ambiente o durante la noche a 4 ° C.
  6. Para quitar manchas inespecífica, lavar varias veces con ddH 2 O.
  7. Cortar los carriles en 1 mm piezas de gel y proceder con la digestión en gel.
    (De forma alternativa, las muestras se pueden secar unos minutos en una centrífuga de vacío y se almacenan durante un par de semanas antes de continuar con la digestión en gel.)

8. En la digestión-gel (Modificado de Shevchenko et al. 35)

A tener en cuenta para preparar todos los tampones y soluciones poco antes de su uso y tomar botellas de vidrio para tampones que contienen acetonitrilo (ACN). <br /> ¡CUIDADO! Trabajar con ACN podría ser perjudicial, más información se puede descargar de: http://www.sciencelab.com/msds.php?msdsId=9927335 (2013).

  1. Lávese las piezas de gel con> 10 volúmenes de ddH2O (~ 200 l) durante 30 segundos.
  2. Incubar las piezas de gel con 300 l de 25 mM NH 4 HCO 3 de 15 min con agitación, eliminar el líquido.
  3. Incubar las piezas de gel con 300 l de 25 mM NH 4 HCO 3 en 50% de ACN (preparar mediante la mezcla de ACN y 50 mM NH 4 HCO 3 en una proporción de 1:01) durante 15 min con agitación, eliminar el líquido.
  4. Si las piezas de gel siguen azules, repita el NH 4 HCO 3 y NH 4 HCO 3 / ACN se lava hasta que la mayoría del Coomassie se retira.
    (Aunque la mayor parte de la tinción de Coomassie se debe quitar, no es necesario destain las piezas de gel completamente.)
  5. Añadir 100 l de ACN para deshidratar las piezas de gel durante 5 min. Las piezas de gel deben reducir unnd aspecto completamente blanco.
  6. Quite la mayor cantidad ACN como sea posible y continuar con la digestión con tripsina. Alternativamente, las muestras pueden ser almacenadas a -20 ° C durante unas pocas semanas.
  7. Añadir 10-20 l por banda de 20 ng / l de tripsina en 10% de ACN / 25 mM NH 4 HCO 3 (recién diluido), mantener las muestras en hielo.
  8. Después de 30 minutos, comprobar si toda la solución se absorbe y agregar más memoria intermedia tripsina, si es necesario. Piezas de gel deben estar completamente cubiertos con tampón de tripsina. Mantener las muestras en hielo.
  9. Deja piezas de gel durante otros 90 minutos en hielo para saturar con tripsina.
    (Paso crítico: el rendimiento de péptidos trípticos aumenta considerablemente con el aumento de los tiempos de incubación en hielo, probablemente a causa de la lenta difusión de la enzima en la matriz de poliacrilamida Es necesario contar con un pequeño exceso de solución que cubre las piezas de gel para evitar que las piezas. caer en seco durante la incubación durante la noche.)
  10. Digerir a 37 º C durante 4-6 horas. Para los experimentos que requierenrecuperación péptido máxima, digerir durante la noche.
  11. Después de la digestión de girar búfer condensada.
  12. Tubos déjelos en remojo durante 5 min para eluir los péptidos y centrifugar de nuevo.
  13. Recoger el sobrenadante y transferir a un tubo nuevo.
  14. Realizar la extracción de péptido con 80 l de 30% / 1% de ácido fórmico ACN (FA) en un baño de ultrasonidos durante 15 min.
  15. Realizar la extracción con 80 l de 30% de ACN / 1% FA en un baño de ultrasonidos durante 15 min.
  16. Realizar la extracción con 80 l de 70% de ACN / 1% FA en un baño de ultrasonidos durante 15 min.
  17. Se centrifuga de nuevo y la piscina sobrenadante con el eluido anterior.
    (FA sirve para inactivar la tripsina y aumentar la solubilidad del péptido.)
  18. Solución de péptido seco por completo en una centrífuga de vacío.
    (En este punto, las muestras pueden ser almacenadas por un par de semanas en -20 ° C antes de proceder con MS-análisis.)
  19. Péptidos Resuspender en 6 l MS tampón (5% ACN, 0,1 v / v FA, agua) y déjelos en remojo durante 2-5 min.
  20. Centrifugar las muestras a maximuVelocidad m durante 5 min para eliminar el material particulado.
  21. Utilice 4 l de sobrenadante para el análisis de espectrometría de masas.

9. MS-Análisis de Datos con "Proteomatic"

El análisis de los datos se realizó con el software de código abierto "Proteomatic" (que se puede descargar de la siguiente http://www.proteomatic.org/), una plataforma que permite la generación y terminación de MS / MS de las tuberías de evaluación de datos, mediante el uso de software libre y comercial 36. En pocas palabras, los ajustes se describen a continuación y la información más detallada se puede encontrar en 6,26.

  1. Identificación y cuantificación de datos MS-
    Identificación y cuantificación de proteínas a partir de los experimentos PESO vs ΔPSI se realizaron con OMSSA (versión 2.1.4 37) y qTrace 26, respectivamente, como se describe 6,26. Para el análisis de MS-datos del experimento PESO vs pgrl1 la siguiente tubería actualizado se utilizó:
    1. Además de OMSSA 37, las proteínas también se identificaron con X! Tandem (versión 1.2.2013 38). Ambos algoritmos se aplicaron mediante la búsqueda contra una base de datos generada por la combinación de la versión de la base de datos modelo de gen JGI Chlamydomonas 4.3 con la versión de la base de datos AUGUSTUS 10.2, así como contra una base de datos unido de la bases de datos NCBI BK000554.2 y NC_001638.1.
    2. MS 2 identificación de los péptidos se realizó mediante el uso de un enfoque de objetivo-señuelo 39. Un señuelo para cada proteína fue creado por azar revolver péptidos trípticos sin perder la redundancia de péptidos nonproteotypic.
    3. La validación estadística de los péptidos se realizó con el qvality software (versión 0.3.3 40) utilizando una probabilidad de error posterior (PEP) umbral de menos de 0,01 y los resultados se filtraron con una tolerancia de masa precursora de 5 ppm.
    4. Los péptidos de OMSSA y X! Carreras Tandem se unieron y se cuantificaron con qTrace 2, añadir nombres de las proteínas / información de grupo y requieren ambos péptidos hermanas.

Para investigar si la proteína ratios fueron significativamente diferentes el uno hacia el otro en las fracciones-CEF Supercomplejo mixtas de WT y pgrl1, se realizó un análisis estadístico vigente el software SPSS (versión 21). Las subunidades de la citocromo b 6 / f complejo se ensayaron frente a los demás, así como las proteínas FNR, FTSH2 y HCF136 contra las subunidades PSI. Las proporciones de péptido de cada número de exploraciones por la proteína de las cuatro réplicas se realizarán las pruebas de distribución normal mediante el test de Shapiro-Wilks. Dado que las poblaciones de péptidos no tenían distribución normal (p <0,001), se realizaron estadísticas no paramétricas. En primer lugar, se aplicó la prueba de Kruskal-Wallis evaluar una divergencia significativa entre los grupos. Sólo si esta prueba predijo diferencia significativas entre los grupos, se realizó un análisis adicional para predecir diferencias significativas entre los dos grupos independientes con la prueba de Mann-Whitney-U.

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Representative Results

El enfoque de la proteómica cuantitativa introducida tiene como objetivo caracterizar la composición de los complejos multiproteicos en las membranas tilacoides demostrados por el análisis comparativo de los componentes de CEF-Supercomplejo en diferentes genéticamente C. reinhardtii cepas. El método descrito con éxito ha sido aplicado por Terashima et al. 6 y comprende el aislamiento de membranas tilacoides de cultivos anaeróbicos crecido, seguido de la solubilización de detergente. Posteriormente, las muestras se cargaron en un gradiente de densidad de sacarosa basado en cantidad igual clorofila y complejos se fraccionaron mediante ultracentrifugación. Para el análisis cuantitativo de MS-volúmenes iguales de dos fracciones de gradiente de diferentes cepas se mezclan y se analizaron comparativamente (Figura 1). Los resultados presentados incluyen la comparación de la fracción-CEF Supercomplejo entre PESO CW15-Arg7 y ΔPSI así como PESO cc124 y pgrl1, respectivamente.

(Figuras 2A y 2B) fueron elegidos 6. La figura 3 muestra las proporciones de proteínas relativos como WT / ΔPSI (14 N / 15 N) para varias núcleo PSI y proteínas LHCI (proteínas de recolección de luz de la ISP también nombrado como proteínas LHCA), así como para las proteínas asignados con el CEF-Supercomplejo. Como era de esperar, las proteínas del núcleo PSI sólo se encuentran en muestras WT demostradas por relaciones de infinito en ambas fracciones. Lhca2 y Lhca9 se enriquecen en el WT, mientras Lhca4 -6 y -8 muestran una regulación diferente en ambas fracciones. Es importante tener en cuenta que las proteínas LHCI se sintetizan y acumulan normalmente en el mutante ΔPSI 41. La comparación polipéptido de la PSI-LHCIcomplejo de C. PESO reinhardtii con el complejo LHCI del mutante ΔPSI reveló que la mayoría de Lhca2, -3 y -9 parece ser sólo débilmente unido a LHCI y, además, que la presencia del núcleo PSI es necesario para una unión estable. En contraste, Lhca1, -4, -6 -7, y -8 forman un complejo independiente del conjunto de la ISP 14, lo que podría explicar la diferente regulación de Lhca4, -6 y -8 en el presente experimento.

Para las proteínas que se asignarán con el CEF-Supercomplejo, se puede distinguir entre los que son más abundantes en la fracción PESO 6 y la fracción 13 de la mutante ΔPSI, mostrando una fuerte migración PSI-dependiente que muestra relaciones más altas de uno para la fracción 6 y proporciones inferiores a uno o no se detecta en la fracción 13 (Lhcbm5, PGRL1, ANR1, CAS, PFD, HCF136 y cyt f) y los que no muestran una fuerte, pero sin embargo una localización PSI-dependiente (FNR, FTSH1, FTSH2 y ATPC tales ).

Con este experimento Terashima et al. 6 demostraron un comportamiento de migración PSI-dependiente para ANR1 y CAS (figuras 2A-D y Figura 3), revelando así como nuevas proteínas de la CEF-Supercomplejo, previamente no identificados 7. Las conclusiones de la MS-análisis también fueron confirmados por inmunodetección y apoyados por la aplicación de la genética inversa para confirmar un papel funcional de estas proteínas para CEF in vivo 6. Por otra parte, esta comparativa MS-enfoque apoya fuertemente los resultados de estudios anteriores, mediante la confirmación de las proteínas que ya se han comprobado que son parte de la CEF-Supercomplejo como PGRL1, cyt f y FNR 7, así como Lhcbm5 7,9 para mostrar una localización PSI-dependiente en el gradiente de densidad de sacarosa, que es comparable a ANR1 y CAS.

La comparación de la fracción 6 y 13 de anr1 y ΔPSI utilizando el mismo approach (véase la Figura S8 6) demostró una composición similar de la CEF-Supercomplejo en anr1 y la misma tendencia para las proteínas ANR1, CAS y PGRL1 como se revela en el experimento PESO vs ΔPSI. Cabe destacar que, aunque la proporción de proteína de ANR1 en la fracción 6 (anr1 vs ΔPSI) es comparable a la relación de el WT vs ΔPSI experimento, las cantidades de CAS y PGRL1 parecen ser más alto en el experimento anterior y podría ser un resultado de compensando la baja regulación de ANR1 6.

Además, el enriquecimiento de ANR1 y CAS en la fracción-CEF Supercomplejo uno también podría deducir la migración PSI-dependiente de varias otras proteínas de este experimento. Estos son dos metaloproteasas dependientes de ATP FTSH1 y FTSH2 que juegan un papel fundamental en la degradación de la PSII centro de reacción proteína D1 en los cloroplastos 42,43, una proteína que contiene prefoldin-dominio, el HCF136, que es un factor crucial para la estabilidad o assembLY del PSII 44 y la subunidad γ de la ATPasa. Mientras que para la tarde, las relaciones entre la fracción 6 y 13 no muestran una diferencia tan clara, más experimentos deben llevarse a cabo para verificar si las otras proteínas también podrían ser candidatos del CEF-Supercomplejo.

Como una prueba de concepto para este experimento enfoque comparativo, se analizó la composición-CEF Supercomplejo en dos cepas, que ambos tienen la ISP, lo que permite la formación de este complejo. Las fracciones respectivas se seleccionaron sobre la base de las mediciones de absorbancia de los gradientes fraccionadas. Las figuras 4A y 4B muestran los resultados para la comparación cuantitativa entre WT y una cepa knock-out pgrl1. Cabe señalar que ANR1 y CAS no se cambian notablemente entre WT y pgrl1. Curiosamente, HCF136 parece ser enriquecido en el WT, mientras FTSH2 parece ser enriquecido en pgrl1. A si estadísticamentediferencia gnificant para ambas proteínas antes mencionadas a todas las subunidades de la ISP (incluyendo las proteínas LHCI) se pudo confirmar.

Por otra parte, las citocromo b / f 6 subunidades complejos cyt f y Peto mostraron ser significativamente diferente a cyt b 6, 6 cyt b / f IV y PETC, respectivamente. Notablemente, cyt f parece ser hasta reguladas en pgrl1, mientras que cyt b 6 y cyt b 6 / f IV son ligeramente hacia abajo-regulado, aunque la regulación de la síntesis de cyt f implica probablemente cyt b 6 y cyt b 6 / f IV 45 . La codificada en el núcleo PETC, que también se conoce como proteína Rieske muestra una regulación similar a la cyt b 6 y cyt b 6 / f IV (es decir, una baja regulación en pgrl1). Esto llama la atención como una reducción o ausencia de la proteína Rieske todavía conducen a la acumulación de la othcyt b er 6 / subunidades f a ~ 60% de WT nivel en C. reinhardtii 46. Además, la sobre regulación de PETO en pgrl1 es importante tener en cuenta, ya que esta subunidad unido débilmente se muestra a acumularse a niveles reducidos en C. reinhardtii mutantes que carecen de cualquiera cyt b 6, 6 cyt b / f IV o PETC 47, que son menos abundantes en pgrl1 en comparación con el WT en el presente experimento.

Figura 1
Figura 1. Flujo de trabajo experimental, como se representa para el WT y ΔPSI. Las células se marcaron metabólicamente durante al menos cuatro generaciones, condiciones anaeróbicas son inducidos por burbujeo de argón durante 4 h y las membranas tilacoides son aisladas a través de la separación por gradiente. La isolaTED membranas se solubilizan utilizando β-DM, se cargó en un gradiente de densidad de sacarosa (para ambas cepas se aplican cantidades iguales de clorofila en este paso) y se centrifugó durante la noche. Las fracciones del gradiente se recogieron y se analizaron por SDS-PAGE, así como de inmunodetección para determinar la distribución de las proteínas en el gradiente. Para identificar las proteínas con una migración PSI-dependiente, volúmenes iguales de la fracción de CEF-Supercomplejo WT (fracción número 6) y la correspondiente fracción 15 N-etiquetados de la cepa ΔPSI se mezclaron y comparativamente analizadas. Lo mismo se hizo con la fracción del pico de ANR1 en la cepa ΔPSI (fracción número 13). Para el, cuantitativa MS-enfoque comparativo, las muestras de proteínas mixtas fueron separados por SDS-PAGE, las bandas de proteínas se tiñeron con solución de azul de Coomassie, seguido de digestión en gel antes de la MS-análisis. Haz clic aquí para ver más grande image.

Figura 2
Figura 2. ANR1 y CAS emigran a las regiones de baja densidad en la cepa ΔPSI. Un:. Gradientes de densidad de sacarosa de WT y ΔPSI tilacoides aisladas de condiciones anaeróbicas fueron separados en 20 fracciones B: inmunodetección de ANR1 en las 20 fracciones del gradiente de WT y ΔPSI. Mientras que esta proteína se localiza en la región de mayor densidad en el WT (fracción 6) es de hasta-desplaza a las regiones de baja densidad en la cepa ΔPSI (fracción 13) C:. Gradientes de densidad de sacarosa de WT y ΔPSI tilacoides aisladas de condiciones anaeróbicas fueron separados en 27 fracciones D:. Inmunodetección de CAS en las 27 fracciones del gradiente de WT y ΔPSI. Mientras que esta proteína se localiza to la región de mayor densidad en el WT (horas pico alrededor de la fracción 7) que está actualizado, se desplazó a las regiones de baja densidad en la cepa ΔPSI (en horas pico alrededor fracción 19). (Esta cifra se ha modificado desde Terashima et al. 6). Haga clic aquí para ver la imagen más grande.

Figura 3
Figura 3. Relativa proporciones de proteínas determinadas en la fracción 6 y 13 de WT y ΔPSI por espectrometría de masas cuantitativa. Las fracciones 6 y 13 de WT se han comparado con las respectivas fracciones de la cepa ΔPSI 15 N-etiquetados. Las proporciones relativas de proteínas que representan dos réplicas biológicas y tres MS-corre se representan como WT / ΔPSI (14N / 15 N) para ambos analizaron las fracciones con la excepción de cyt f, que sólo fue identificado en la fracción 6. Esta cuantificación comparativa revela que ANR1 y CAS muestran una migración PSI-dependiente en el gradiente de densidad de sacarosa (esta cifra se ha modificado desde Terashima et al. 6). Haga clic aquí para ver la imagen más grande.

Figura 4
Figura 4. Proteína ratios relativos determinados en la fracción-CEF Supercomplejo de WT y pgrl1 por espectrometría de masas cuantitativa. R: Los gradientes de densidad de sacarosa de WT y tilacoides pgrl1 aisladas de condiciones anaeróbicas B:. Proteína ratios relativos between la fracción CEF-Supercomplejo derivada de cuatro réplicas diferentes representado como WT / pgrl 1 (14 N / 15 N). En este experimento ANR1 y CAS no se cambian notablemente, mientras FTSH2 y HCF136 muestran diferencias significativas en comparación con todas las subunidades de la ISP (p ≤ 0,001, como se indica con *** en rojo; HCF136: 1.900 <U <58127; FTSH2: 2.117 <U <164 197). Además, los cyt b 6 / f complejo subunidades CYT fy PETO mostraron ser significativamente diferentes de cyt b 6, cyt b 6 / f IV y PETC, respectivamente (p ≤ 0,001, como se indica con *** en azul; cyt f : 2.684 <U <11535; PETO:. 4.700 <U <23663) Haga clic aquí para ver la imagen más grande.

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Discussion

Diferentes estudios proteómicos cuantitativos utilizando el etiquetado de isótopos estables se han publicado en los últimos años. En estos experimentos se comparan generalmente de dos muestras diferentes, de las cuales una muestra se marca con un isótopo estable. A partir de entonces las proteínas o péptidos de las dos muestras se combinan en una proporción igual y procesados ​​adicionalmente juntos 48. Estos estudios a menudo tienen la intención de comparar los compartimentos definidos aislados celulares (por ejemplo, cloroplastos, mitocondrias, o membranas tilacoides) expuestos a diferentes condiciones de estrés 26,34,49 para investigar la altura o baja regulación de proteínas específicas. El enfoque descrito comparativa, cuantitativa proteómica pretende analizar la composición de los complejos multiproteicos en la membrana tilacoide y, en contraste con los estudios mencionados anteriormente, se basa en mezclar el mismo volumen de muestras después de la separación de densidad de sacarosa de las membranas tilacoides cargado en concentración igual clorofila antes ultracentrifugación. Este método se aplicó de manera efectiva por Terashima et al. 6 que comparativamente analizó la composición de la CEF-Supercomplejo aislado de un WT y una cepa ΔPSI para identificar las proteínas que migran PSI-dependiente en un gradiente de densidad de sacarosa.

El logro de esta estrategia se demuestra por el hecho de que los MS-resultados son apoyados además por inmunodetección. Además, Terashima et al. Podría confirmar los hallazgos de los estudios anteriores (es decir, la migración de identificación y PSI-dependiente de las proteínas ya descritos para ser parte de la CEF-Supercomplejo, tales como PGRL1, FNR, y cyt f 7). La identificación de ANR1 y CAS como nuevos componentes de la CEF-máquinas 6 revela este enfoque como una herramienta muy potente y eficiente. Cabe destacar que el aislado CEF-Supercomplejo exhibido actividad in vitro, lo que demuestra la purificación exitosa de una funcióncional multiproteico complejo 6. La aplicabilidad de este enfoque también para dos cepas de que tanto formar un CEF-Supercomplejo se demuestra por la comparación entre el WT y pgrl1.

En general, este método se puede utilizar para estudiar composiciones de complejos en diferentes cepas o condiciones según lo revelado por la identificación de proteínas no identificadas previamente que se copurificadas con la fracción-CEF Supercomplejo (es decir, el enriquecimiento de FTSH1, FTSH2, PFD, y en el HCF136 fracción CEF Supercomplejo). Ya sea que estas proteínas son posibles nuevos candidatos de este complejo y para mejorar nuestra comprensión de la regulación diferente de FTHS2, HCF136, así como para los cyt b / 6 subunidades f según lo revelado por la comparación de WT y pgrl1, se requieren más experimentos.

Además de las ventajas descritas de este enfoque, hay Severcol pasos críticos que necesitan ser considerados cuidadosamente cuando se trabaja con este protocolo: La ruptura de las células con el nebulizador es el primer paso importante. Si la apertura de las células no se lleva a cabo de una manera adecuada, el rendimiento de los tilacoides aisladas será más bien baja y podría resultar en casi cualquier detección de la CEF-Supercomplejo después de centrifugación durante la noche. La interrupción con éxito de células se puede deducir de la color verde claro del sobrenadante después de la centrifugación. En contraste, si la presión durante la interrupción de la célula es demasiado alta, las partes de la Supercomplejo pueden desintegran y cofactores importantes se pueden perder. Otro paso influir en el rendimiento de los tilacoides es la resuspensión de las células con un alfarero. Esto tiene que ser llevado a cabo cuidadosamente y al final de este paso sólo pocas partículas verde debe permanecer. Además, para la preparación de la gradientes de densidad de sacarosa el día antes, así como para la solubilización de complejos de membrana, es muy importanteseguir precisamente este protocolo en términos de la concentración de β-DM, ya que esto es crucial para obtener tilacoides completamente solubilizados 50 y por lo tanto también para la purificación de la CEF-Supercomplejo. La etapa de solubilización se ha realizado con éxito si se observa una pequeña, sedimento blanquecino después de la etapa de centrifugación posterior. Otro punto crítico que debe ser mencionado aquí es el momento de más noches ultracentrifugación. Los gradientes de densidad de sacarosa deben ser centrifugadas durante al menos doce horas para conseguir la separación completa de los complejos fotosintéticos.

A pesar de que el protocolo se demuestra usando C. reinhardtii para el análisis comparativo de la composición CEF-Supercomplejo en dos cepas genéticamente diferentes, es fácilmente adaptable también a una amplia gama de otras cuestiones, tales como los análisis comparativos de composición compleja multiproteico aislado de distinta ambiental / experimentalcondiciones o mediante el uso de otros tipos de fraccionamiento. Los únicos requisitos de este enfoque son que el organismo modelo puede ser cultivado en cultivo celular, es capaz de usar amonio como fuente de nitrógeno y complejos de proteínas se pueden separar por gradientes de densidad de sacarosa, lo que demuestra una amplia aplicación de este método. Para futura aplicación de este enfoque de SDS-PAGE fraccionamiento de los mixtos 14 N / 15 N muestras y la posterior digestión en gel podría ser sustituido por la aplicación de la preparación de la muestra del filtro con ayuda de método (FASP). Este método incluye la aplicación de detergentes fuertes para la solubilización con el objetivo de "limpiar" el proteoma antes de la digestión y para obtener péptidos purificados, la prevención de las desventajas del enfoque de la digestión en gel que puede inhibir la recuperación de péptidos, aunque se debe considerar que en gel digestión es descrito como robusto a contaminaciones que podrían interferir con la digestión 51.

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Disclosures

Los autores declaran no tener ningún interés financiero en competencia.

Acknowledgments

MH reconoce el apoyo de la "Deutsche Forschungsgemeinschaft" (DFG). Autor contribuciones: MH diseñado investigación; KT, JS y MT realiza investigación y analizó los datos; KT y MH escribió el documento.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Chemicals
Acetic acid AppliChem A0662 http://www.applichem.com/home/
Acetone AppliChem A2300 http://www.applichem.com/home/
Acetonitrile Optigrade für LC-MS Diagonal 9340 Harmful, work with gloves. See protocol text for further precautions.

https://www.diagonal.de/

Ammonium chloride 15N Cambridge Isotope Laboratories 39466-62-1 http://www.isotope.com/cil/index.cfm
Ammonium chloride 14N AppliChem A0988 http://www.applichem.com/home/
Ammonium hydrogen phosphate  AppliChem A3583 http://www.applichem.com/home/
Ammonium sulfate  AppliChem A3598 http://www.applichem.com/home/
Coomassie brilliant blue R-250 Fisher Scientific 10041653 http://www.de.fishersci.com/index.php/deindex
n-Dodecyl-β-D-maltoside AppliChem A0819 http://www.applichem.com/home/
EDTA AppliChem A2937 http://www.applichem.com/home/
Formic acid   AppliChem A3858 http://www.applichem.com/home/
HEPES AppliChem A3724 http://www.applichem.com/home/
Magnesium chloride AppliChem A4425 http://www.applichem.com/home/
Methanol AppliChem A2954 http://www.applichem.com/home/
Phosphorous acid AppliChem A0989 http://www.applichem.com/home/
Dipotassium hydrogen phosphate  AppliChem A1042 http://www.applichem.com/home/
Potassium dihydrogen phosphate  AppliChem A1043 http://www.applichem.com/home/
Sodium hydroxide AppliChem A1551 http://www.applichem.com/home/
Sucrose AppliChem A1125 http://www.applichem.com/home/
Tricine AppliChem A3954 http://www.applichem.com/home/
Tris AppliChem A2264 http://www.applichem.com/home/
Trypsin (sequencing grade modified) and Trypsin buffer Promega V5111 http://www.promega.de/
Equipment
Nebulizer (BioNeb cell disruptor) Glas-Col http://www.glascol.com/product/subproduct/id/75
Centrifuge tubes (14 mm x 89 mm)  Beckman Coulter 331372 for preparation of Takahashi style gradients

http://www.beckmancoulter.de/

Centrifuge tubes 25 mm x 89 mm
Beckman Coulter 344058 for preparation of thylakoid isolation gradients.

http://www.beckmancoulter.de/

Coulter Avanti Centrifuge J-20 XP Beckman Coulter http://www.beckmancoulter.de/
Fuchs-Rosenthal cell couting chamber Diagonal 449/72 https://www.diagonal.de/
Homogenizer (Potter) 50 ml  Fisherbrand 10618242 http://www.de.fishersci.com/index.php/defisherbrand
Pistil for homogenizer Fisherbrand 105252220 http://www.de.fishersci.com/index.php/defisherbrand
Ultracentrifuge (Optima XPN-80 Ultracentrifuge) Beckman Coulter website: http://www.beckmancoulter.de/
Other
Antibodies  Agrisera http://www.agrisera.com/en/index.html

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Microbiología gradientes de densidad de sacarosa Chlamydomonas complejos multiproteicos, tilacoides
Un nuevo enfoque para el análisis comparativo de Multiproteinas complejos basados ​​en<sup&gt; 15</sup&gt; N metabólico Etiquetado y cuantitativa de Espectrometría de Masas
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Trompelt, K., Steinbeck, J., Terashima, M., Hippler, M. A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry. J. Vis. Exp. (85), e51103, doi:10.3791/51103 (2014).

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