Summary
SIVQ-एलसीएम लेजर कब्जा MICRODISSECTION (LCM) प्रक्रिया ड्राइव करने के लिए, एक कंप्यूटर एल्गोरिथ्म, spatially अपरिवर्तनीय सदिश परिमाणीकरण (SIVQ) harnesses कि एक नवीन दृष्टिकोण है. SIVQ-एलसीएम कार्यप्रवाह बहुत अनुसंधान और नैदानिक सेटिंग दोनों में आवेदन के साथ, microdissection की गति और सटीकता में सुधार.
Abstract
SIVQ-एलसीएम automates और अधिक परंपरागत, उपयोगकर्ता निर्भर लेजर विच्छेदन की प्रक्रिया को सुव्यवस्थित कि एक नई प्रणाली के लिए है. यह एक उन्नत, तेजी से अनुकूलन लेजर विच्छेदन मंच प्रौद्योगिकी बनाने के लिए करना है. इस रिपोर्ट में, हम ArcturusXT साधन पर छवि विश्लेषण सॉफ्टवेयर Spatially अपरिवर्तनीय सदिश परिमाणीकरण (SIVQ) के एकीकरण का वर्णन. ArcturusXT प्रणाली विशेष सेल या बड़े क्षेत्र dissections के लिए अनुमति देता है, एक अवरक्त (आईआर) और पराबैंगनी (यूवी) लेजर दोनों शामिल हैं. प्रमुख लक्ष्य गति, सटीकता, और नमूना throughput बढ़ाने के लिए लेजर विच्छेदन के reproducibility में सुधार है. इस उपन्यास दृष्टिकोण जानवर और अनुसंधान और नैदानिक वर्कफ़्लोज़ में मानव ऊतकों दोनों की microdissection की सुविधा.
Introduction
मूल रूप से 1990 के दशक में विकसित की है, लेजर कब्जा MICRODISSECTION (LCM) ठीक सूक्ष्म दृश्य 1, 2 के द्वारा एक ऊतकीय ऊतक अनुभाग से विशिष्ट कोशिकाओं या सेलुलर क्षेत्रों पर कब्जा करने के लिए उपयोगकर्ता सक्षम बनाता है. ऊतक scrapes बनाम एलसीएम की आणविक विश्लेषण की तुलना कई अध्ययनों विधि 3-12 के मूल्य को वर्णन. इसके अलावा, 13, 14 देखने के लिए उपलब्ध हैं कि प्रौद्योगिकी पर तीन वीडियो प्रोटोकॉल प्रकाशनों रहे हैं. ब्याज का लक्ष्य एक विषम ऊतक अनुभाग, या जब कोशिकाओं की संख्या में ऐसे प्रोटिओमिक्स के रूप में विशिष्ट बहाव के अनुप्रयोगों के लिए आवश्यक हैं में एक छितरी सेल की आबादी है लेकिन, जब उसके साबित मूल्य के बावजूद, एलसीएम थकाऊ और कठिन हो सकता है. मानव ऑपरेटर पर रखा बोझ एलसीएम प्रक्रिया 15 मार्गदर्शन करने के लिए एक शक्तिशाली छवि विश्लेषण एल्गोरिथ्म के संयोजन से एलसीएम के लिए एक अर्द्ध स्वचालित विच्छेदन दृष्टिकोण विकसित करने के लिए हमें का नेतृत्व किया.
<मिशिगन विश्वविद्यालय के सहयोग से पी वर्ग = "jove_content">, एनआईएच में हमारी प्रयोगशाला बढ़ाया पहले से विकसित करने के लिए और आंतरिक ऊतक चयन प्रक्रिया अर्द्ध स्वचालित करने के लिए यह अनुमति देने के लिए एक तरह से में spatially अपरिवर्तनीय वेक्टर परिमाणीकरण (SIVQ) एल्गोरिथ्म सूचना दी इस प्रकार मन में रोगविज्ञानी या वैज्ञानिक जीवन के साथ उपलब्ध एक उपकरण बनाने, microdissection निर्देशित. स्थानिक अपरिवर्तनीय वेक्टर परिमाणीकरण (SIVQ) उपयोगकर्ता केवल सांख्यिकीय सीमा का समायोजन, पूरे ऊतकीय छवि खोज करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है कि एक अंगूठी वेक्टर (विधेय छवि सुविधा) बनाने के लिए ब्याज की एक ऊतकीय सुविधा पर "क्लिक" करने की अनुमति देता है कि एक एल्गोरिथ्म है के रूप में 16-21 की जरूरत है. उसके एवज में गर्मी का नक्शा प्रारंभिक विधेय छवि की सुविधा के लिए मैचों की गुणवत्ता को प्रदर्शित करता है और बाद में एक ही रंग एलसीएम साधन में आयात किया जा सकता है कि (लाल) एनोटेशन मानचित्र में बदल जाती है. स्वचालित चयन सॉफ्टवेयर, AutoScanXT, तब आधारित एक नक्शा तैयार करने के लिए प्रयोग किया जाता हैSIVQ के एनोटेशन ऊतक के नमूने से लक्ष्य कोशिकाओं का कब्जा मार्गदर्शक पर. नीचे विस्तृत प्रोटोकॉल microdissection कार्यप्रवाह में SIVQ के कार्यान्वयन का वर्णन करता है.Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
वर्णित प्रोटोकॉल मानव ऊतकों के नमूनों के उपयोग पर एनआईएच नियमों के अनुसार नियोजित किया गया था.
1. ऊतक तैयारी
- पहले शुरुआत करने के लिए, संस्थागत समीक्षा बोर्ड (आईआरबी) के प्रोटोकॉल के अनुसार मानव ऊतक के नमूने प्राप्त.
- ऊतक / सेल ब्लॉक के प्रकार और इसी विधि प्रसंस्करण [जमी formalin-तय आयल एम्बेडेड (FFPE),, या इथेनॉल तय आयल एम्बेडेड (EFPE)] चुनें. Formalin निर्धारण इथेनॉल निर्धारण और फ्लैश जमे हुए, जिसके बाद इष्टतम ऊतक विज्ञान प्रदान करता है. हालांकि, निर्धारण और ऊतक प्रसंस्करण विधियों डीएनए, आरएनए और प्रोटीन की मात्रा और नीचे की ओर आणविक विश्लेषण के लिए गुणवत्ता को प्रभावित कर सकते हैं और विचार किया जाना चाहिए.
- चुनाव की स्लाइड प्रकार (ग्लास, झिल्ली गिलास, या धातु फ्रेम झिल्ली) पर ऊतक / सेल ब्लॉक वर्गों में कटौती. SIVQ विश्लेषण सभी तीन स्लाइड प्रकार पर समान रूप से अच्छी तरह से काम करता है. कृपया ध्यान दें कि छद्म coverslip विधि Xylenes और एतान के साथ (नीचे वर्णित)स्लाइड मंच पर औंधा किया जाना चाहिए क्योंकि राजभाषा धातु फ्रेम झिल्ली स्लाइड्स पर नहीं किया जा सकता है.
- पृष्ठभूमि से ब्याज की कोशिकाओं की पहचान करने के लिए एक रासायनिक या आईएचसी आधारित ऊतक दाग का चयन करें. कि धुंधला तरीकों में भी डीएनए, आरएनए और प्रोटीन की गुणवत्ता और ऊतक की मात्रा को प्रभावित कर सकते हैं. प्रोटोकॉल के साथ आगे बढ़ने से पहले biomolecules के आधारभूत गुणवत्ता का आकलन करने के लिए धुंधला के बाद ऊतक का परीक्षण करें. थपका 15, immunofluorescence, तेजी लाल, नए सिरे से लाल, नीली toluidine, और hematoxylin और eosin (एच एंड ई) (अप्रकाशित डेटा) के साथ immunohistochemistry (आईएचसी): SIVQ-एलसीएम के साथ दाग ऊतक / कोशिका विज्ञान स्लाइड पर प्रदर्शन किया गया है.
2. नमूना इमेजिंग
- लोड microdissection साधन की मोटर चालित मंच पर स्लाइड और संबंधित सॉफ्टवेयर लांच. भरी हुई स्लाइड्स की स्थिति निर्धारित करते हैं और कब्जा कर लिया छवि फ़ाइलें JPEG प्रारूप में बचाया जा रहे हैं यह सुनिश्चित करने के लिए चेक बॉक्स का चयन करें.
- Im का अनुकूलनउम्र मैनुअल ध्यान पहिया या विच्छेदन साधन के सॉफ्टवेयर के माध्यम से या तो उपयोग करते हुए, स्क्रीन पर छवि की चमक और ध्यान का समायोजन करके गुणवत्ता.
- विच्छेदन साधन के सॉफ्टवेयर के भीतर छवि उपकरण बॉक्स का उपयोग करना, उचित दीपक चमक और कैमरा लाभ निर्धारित किया है. उदाहरण मान विसारक के साथ, चमक = 60 और लाभ = 220 हैं.
- या तो स्वयं या सॉफ्टवेयर में autofocus सुविधा के साथ ध्यान दें.
- विच्छेदन की प्रक्रिया के लिए एक रूपरेखा प्रदान करने के लिए स्लाइड का थंबनेल अवलोकन छवि पर कब्जा.
- एक uncoverslipped स्लाइड के इष्टतम छवि गुणवत्ता के लिए, साधन पर कंडेनसर नीचे विसारक का उपयोग, या, आग रोक सूचकांक (छद्म coverslip) में सुधार करने के लिए इथेनॉल या Xylenes या तो की एक छोटी राशि (~ 30 μl) जोड़ें. Xylenes का उपयोग करते समय, एक धूआं हुड और सुरक्षा प्रयोगशाला कोट, आँख चश्मे, और दस्ताने के उपयोग सहित, वे विषाक्त और उचित सुरक्षा उपायों का इस्तेमाल किया जाना चाहिए वाकिफ हो रहे हैं.
- इथेनॉल या Xylenes समाधान पूरी तरह से मंजूरी दे दी है या टोपी पर बहुलक विकृत हो जाएगा जब तक स्लाइड पर एलसीएम टोपी जगह नहीं है.
- 10X, 20X, या 40X बढ़ाई विच्छेदित किया जाना है क्षेत्रों की स्लाइड और छवियों पर कब्जा नेविगेट. यदि आवश्यक हो, पहले 22 में वर्णित के रूप में इस तरह के (माइक्रोसॉफ्ट ऑफिस का चित्र प्रबंधक में) स्वत: सुधार के रूप में सॉफ्टवेयर के साथ छवि में वृद्धि. छवियाँ उन्हें स्वचालित चयन सॉफ्टवेयर में फिर से आयात करने के लिए अनुमति देने के लिए जेपीईजी प्रारूप में कब्जा कर लिया जाना चाहिए.
छवि का 3. एल्गोरिथ्म विश्लेषण
- स्थानांतरण SIVQ फ़ोल्डर में microdissection साधन से छवियों पर कब्जा कर लिया. स्थापित करें और विच्छेदन साधन से जुड़ी कंप्यूटर पर ArcturusXT, AutoScan और SIVQ सॉफ्टवेयर संकुल खुला. SIVQ सॉफ्टवेयर के उपयोग के लिए, डॉ. Ulysses Balis (ulysses@med.umich.edu) से संपर्क करें.
- ओपन SIVQ और कब्जा कर लिया छवि ब्याज की (JPEG) लोड. </ ली>
- रुचि के क्षेत्र में नेविगेट करें और / या प्रदर्शन खिड़कियां (व्यूपोर्ट 5 व 6) के आकार को समायोजित. SIVQ सॉफ्टवेयर में, व्यूपोर्ट 5 पूर्व प्रसंस्करण छवि से पता चलता है और व्यूपोर्ट 6 पोस्ट प्रसंस्करण छवि 16 से पता चलता है.
- अंगूठी वेक्टर और प्रयोग की जाने वाली छल्ले की संख्या का आकार चुनें.
- व्यूपोर्ट 6 में उस पर राइट क्लिक करके कब्जा होने की विधेय छवि सुविधा चुनें.
- छवि का विश्लेषण करने के लिए "स्कैन" पर क्लिक करें.
- दो रपट पट्टियों का उपयोग छवि मिलान के सांख्यिकीय संभावना को समायोजित करें. ऊपरी पट्टी समग्र वेक्टर विशिष्टता समायोजित कर देता है, और (चयनित "स्टेट" चर द्वारा परिभाषित के रूप में संवेदनशीलता के साथ) अत्यधिक शामिल क्षेत्र का प्रतिनिधित्व कर सकते कि प्रारंभिक स्कैन से क्षेत्र को छोड़ने के लिए प्रयोग किया जाता है. इसके विपरीत, कम स्लाइडर एक स्कैन किया जाता है के बाद एक मैच होने के रूप में वर्गीकृत किया गया है कि बढ़ती क्षेत्र के इरादे के साथ, संवेदनशीलता को बढ़ाने के लिए उपयोग किया जाता है. इन स्लाइडर नियंत्रण के दोनों यूटीआईप्रारंभिक आधारभूत संवेदनशीलता सीमा के रूप में Lize "स्टेट" चर.
- छवि बचाने के लिए, (छवि अब C :/ vq_test फ़ोल्डर / pics में सहेजा जाता है) "JPEG के रूप में बचाने" पर क्लिक करें.
- एल्गोरिथ्म के साथ छवि का विश्लेषण करें. एल्गोरिथ्म विश्लेषण के उत्पादन में यह SIVQ-एलसीएम में इस्तेमाल किया जा करने के लिए एक एनोटेट छवि में परिणाम की जरूरत है. वर्तमान में, SIVQ कोर इंजन के वर्तमान संस्करण पूर्ण उत्पादन संस्करण (उपलब्ध Q1 2014) का सरलीकृत एकीकरण के लिए एक पूर्ण सॉफ्टवेयर डेवलपमेंट किट (एसडीके) और एप्लीकेशन प्रोग्रामिंग इंटरफेस (एपीआई) को शामिल करेंगे कि उम्मीद के साथ बीटा संस्करण का परीक्षण में है उपयोगकर्ता जनित स्थानिक फिल्टर और कोर अंगूठी मिलान इंजन के साथ नीचे की ओर कार्यप्रवाह डेटा प्रसंस्करण कदम. इस एसडीके प्रलेखन के एक पूरे सेट के साथ वितरित किया जाएगा.
- SIVQ हीटमैप एक समान लाल रंग में बदल जाता है सुनिश्चित करें.
- छवि निर्यात. यह पी में स्थितीय निर्देशांक फिर से एम्बेड करने के लिए आवश्यक हैमूल विच्छेदन साधन छवि से फ़ाइल शीर्षक में चिपकाने के लिए एक हेक्स संपादक का उपयोग करके OST-विश्लेषण JPEG छवि. उपयुक्त डेटा "छवि के प्रारंभ" मार्कर (0xFF, 0xD8) और पहली "परिमाणीकरण टेबल परिभाषित करें" मार्कर (0xFF, 0xDB) के बीच पाया जा सकता है.
4. Microdissection
- छवियों SIVQ विश्लेषण के लिए कब्जा कर लिया गया है, जहां ब्याज के क्षेत्र, के केंद्र में एलसीएम टोपी रखें.
- जांचना और गुणवत्ता नियंत्रण (QC) यूवी / आईआर लेज़रों और बिजली, अवधि, लेजर स्थानों, और (निर्माता की सिफारिश के अनुसार) यूवी कटौती की गति सहित मापदंडों का अनुकूलन. विश्लेषण किया छवि को फिर से आयात करने से पहले इन calibrations प्रदर्शन करना.
- ओपन AutoScanXT (स्वचालित चयन सॉफ्टवेयर) और C :/ vq_test फ़ोल्डर / pics से विश्लेषण किया छवि आयात करते हैं.
- SIVQ एनोटेशन को समझते हैं और विच्छेदन नक्शा बनाने के लिए स्वचालित चयन सॉफ्टवेयर ट्रेन.
- एक ट्राई बनाने के लिएनिंग फ़ाइल, SIVQ विश्लेषण किया छवि के "लाल रंग" पर ("नीले हलकों" द्वारा चिह्नित) हित के चार क्षेत्रों का चयन करें.
- विच्छेदित करने के लिए नहीं कर रहे हैं कि ("लाल वर्गों" से चिह्नित) पृष्ठभूमि क्षेत्रों का चयन करें.
- बाद में उपयोग के लिए बचाया जा सकता है जो प्रशिक्षण फाइल उत्पन्न करने के लिए "विश्लेषण" बटन पर क्लिक करें.
- उचित अवरक्त (आईआर) और / या पराबैंगनी (यूवी) लेसरों का उपयोग microdissection प्रदर्शन करना.
- "जी" छवि पर चयनित क्षेत्रों कॉपी करें.
- "Microdissect" उपकरण बॉक्स में, उपयुक्त आईआर कब्जा या यूवी काटने बटन का चयन करें.
- विच्छेदन के बाद पूरा हो, नायब स्टेशन के एलसीएम टोपी ले जाने और विच्छेदित ऊतक / कोशिकाओं की एक छवि पर कब्जा. एक और दृष्टिकोण पूर्व नायब स्टेशन में जाने के लिए स्लाइड के एक रिक्त क्षेत्र पर टोपी की जगह नहीं है, यह उपयोगकर्ता विभिन्न magnifications में तस्वीरें लेने के लिए अनुमति देता है.
- आगे दक्षता उठाने का आकलन करने के लिए microdissection के बाद ब्याज की ऊतक क्षेत्र की एक छवि पर कब्जा.
- वांछित कोशिकाओं को सफलतापूर्वक विच्छेदित कर दिया गया है, ArcturusXT सॉफ्टवेयर में "वर्तमान अवस्था" बटन पर क्लिक करें और नीचे की ओर विश्लेषण के लिए आणविक निष्कर्षण प्रक्रिया आरंभ करने के लिए एलसीएम टोपी को हटा दें.
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Representative Results
एक FFPE मानव स्तन ऊतक अनुभाग एक मानक आईएचसी प्रोटोकॉल 23 का उपयोग AE1/AE3 cytokeratin के लिए immunostained गया था. धुंधला के बाद, ऊतक स्लाइड ArcturusXT मंच पर रखा गया था और जैसा कि ऊपर वर्णित SIVQ-एलसीएम प्रोटोकॉल शुरू किया गया था. ऊतक microdissection के लिए coverslipped नहीं किया जा सकता है, आईएचसी + दाग कोशिकाओं नेत्रहीन (चित्रा 1 ए) विचार करने के लिए मुश्किल हो सकता है. इस प्रकार, बेहतर सूचकांक मिलान और एक बेहतर छवि प्रदान करने के लिए, Xylenes एक छद्म coverslip 15 (चित्रा 1 बी) बनाने के लिए ऊतक अनुभाग में जोड़ा गया. एक JPEG छवि तो छद्म coverslipped क्षेत्र के कब्जा कर लिया और एल्गोरिथ्म विश्लेषण के लिए SIVQ में आयात किया गया था. उपयोगकर्ता द्वारा चयनित एक विधेय छवि सुविधा (डार्क ब्राउन थपका दाग) छवि (चित्रा 1C) का विश्लेषण करने के लिए SIVQ एल्गोरिथ्म शुरू की. SIVQ हीटमैप तो स्वचालित चयन सॉफ्टवेयर (चित्रा 1 से मान्यता प्राप्त है कि एक "लाल रंग" करने के लिए परिवर्तित कर दिया गयाडी). Xylenes लुप्त हो की अनुमति दी गई और SIVQ हीटमैप स्वचालित चयन सॉफ्टवेयर (चित्रा 1E) में आयात किया गया था और प्रकाश डाला कोशिकाओं आईआर लेजर के साथ विच्छेदित किए गए. एलसीएम टोपी तो ArcturusXT साधन की क्यूसी स्टेशन ले जाया गया और नेत्रहीन विच्छेदन दक्षता (चित्रा 1F) का आकलन करने के लिए निरीक्षण किया गया. शेष ऊतक भी निरीक्षण किया गया (चित्रा 1G) और SIVQ हीटमैप आगे microdissection दक्षता (चित्रा 1H) का आकलन करने के लिए फिर से आयात किया गया था.
आईएचसी की चित्रा 1. SIVQ-एलसीएम FFPE स्तन ऊतक दाग. पैनल ए के ए) cytokeratin AE1/AE3 की Uncoverslipped छवि FFPE स्तन ऊतक दाग. बी) Xylenes लेपित (छद्म coverslipped) छवि
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Discussion
हम FFPE मानव स्तन के ऊतकों से immunostained उपकला कोशिकाओं microdissect को SIVQ-एलसीएम के आवेदन के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं. ऐसे SIVQ रूप में एक छवि विश्लेषण एल्गोरिथ्म का उपयोग,, हाथों पर microdissection प्रक्रिया के लिए आवश्यक समय की मात्रा कम कर देता है. ऑपरेटर समय और प्रयास आम तौर पर ब्याज की कोशिकाओं की सटीक विच्छेदन के लिए दर सीमित कदम है के बाद से इस क्षेत्र के लिए एक संभावित महत्वपूर्ण अग्रिम है. यह संभावना के रूप में अच्छी तरह से अन्य व्यावसायिक रूप से उपलब्ध microdissection उपकरणों को SIVQ और अन्य एल्गोरिदम अनुकूलित करने के लिए संभव हो जाएगा, हालांकि वर्तमान प्रोटोकॉल में, हम विशेष रूप से, ArcturusXT साधन करने के लिए हमारी प्रक्रिया रूपांतरित किया. दक्षता में सुधार के अलावा, इस नए दृष्टिकोण गैर ऊतकविकृतिविज्ञानी विशेषज्ञ हैं जो उपयोगकर्ताओं microdissection प्रदर्शन करने की अनुमति दे सकता है. अंत में, microdissection प्रक्रिया ड्राइव करने के लिए एक एल्गोरिथ्म का उपयोग ओ पहचान कोशिकाओं में उपयोगकर्ता आत्मीयता को हटाने के द्वारा साइट के लिए साइट से अधिक से अधिक reproducibility सक्षम हो सकता है एफ ब्याज.
SIVQ ऊतक विज्ञान सहित छवि विषय के कई वर्गों, के लिए व्यापक अनुकूलन क्षमता को दर्शाती है, यह, यह एक सार्वभौमिक छवि प्रसंस्करण / विभाजन उपकरण के रूप में सेवा करने का इरादा नहीं है कि पहचान करने के लिए महत्वपूर्ण है, बल्कि एक उच्च दक्षता पहली पास अग्रभूमि चयन के रूप में उपकरण. इस क्षमता में इस्तेमाल किया, यह कल्पना विषय की एक विशेष वर्ग संख्यात्मक विभाजन के दृष्टिकोण के लिए उपयुक्त है या नहीं, भविष्यवाणी के लिए उच्च उपयोगिता है. एक) एक और अधिक परिष्कृत और लक्षित छवि विश्लेषण / विभाजन दृष्टिकोण अत्यधिक सफल हो सकता है और / या ख) एक अनुकूलित, मशीन चयनित SIVQ वेक्टर प्रतिपादन में प्रभावी हो जाएगा एक नैदानिक: SIVQ सफल होता है, तो उच्च भविष्यवाणी करने की शक्ति है कि वहाँ या तो है कार्यप्रवाह के लिए तैयार समाधान. परिस्थिति में या तो SIVQ का उपयोग अग्रभूमि segmentability के मामले में computationally विनयशील समाधान बन गया है कि कल्पना विषय वस्तु की पहचान करने के लिए एक प्रभावी triaging उपकरण के रूप में कार्य करता है.
हम पहले से ही mRNA अभिव्यक्ति माइक्रोएरे प्रयोगों 15 के लिए SIVQ-एलसीएम प्रोटोकॉल का उपयोग वर्णित जबकि ntent ">, हम प्रोटोकॉल सबसे नीचे की ओर आणविक assays के लिए लागू है, और कोशिकाओं की बड़ी संख्या की आवश्यकता है कि आणविक assays के लिए विशेष रूप से उपयोगी हो सकता है ऐसे प्रोटिओमिक्स के रूप में. इन अध्ययनों के लिए, कोशिकाओं की बड़ी मात्रा के कारण प्रोटीन बढ़ाना अक्षमता को प्राप्त किया जा करने की जरूरत है. इसके अलावा, इस तरह के अगली पीढ़ी अनुक्रमण (NGS) के रूप में नई प्रौद्योगिकियों, के आगमन के साथ शुरू करने की आवश्यकता पर जोर दिया संभव के रूप में एक नमूना की शुद्ध. दोनों रूपात्मक सुविधाओं और / या धुंधला गुणों के माध्यम से कोशिकाओं को अलग SIVQ-एलसीएम के लिए क्षमता और अधिक आसानी से शुद्ध सेल आबादी को अलग करने की क्षमता सक्षम हो सकता है.यह SIVQ विश्लेषण और microdissection दोनों के लिए प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य परिणामों के लिए ठीक से तैयार ऊतक के लिए महत्वपूर्ण है. एलसीएम के लिए इष्टतम स्थितियों के लिए यह एक कम नमी कमरे में dissects प्रदर्शन और ठीक से dehy बनाए रखने के लिए सबसे अच्छा हैऊतक drated. इसके अलावा, ऊतक का धुंधला प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य है कि यह सुनिश्चित करें. अंत में, विच्छेदन उपकरण के साथ परिचित सफल SIVQ-एलसीएम के लिए आवश्यक है.
यहाँ प्रस्तुत SIVQ-एलसीएम प्रोटोकॉल वर्तमान विच्छेदन तरीकों बड़े वर्कलोड से निपटने में आसानी से सक्षम नहीं हैं क्योंकि भविष्य नैदानिक परीक्षण में आवेदन कर सकते है जो अर्द्ध स्वचालित microdissection, की दिशा में पहला कदम है. संक्षेप में, हम SIVQ-एलसीएम स्वचालित microdissection के क्षेत्र में एक नई धावा है और जांचकर्ताओं और कलन विधि डेवलपर्स आगे प्रौद्योगिकी में सुधार कर सकते हैं, जिसमें से एक प्रारंभिक बिंदु प्रदान करता है.
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Disclosures
माइकल आर Emmert हिरन लेजर कब्जा MICRODISSECTION कवर एनआईएच से आयोजित पेटेंट पर एक आविष्कारक है और एनआईएच प्रौद्योगिकी हस्तांतरण कार्यक्रम के माध्यम से रॉयल्टी के आधार पर भुगतान प्राप्त करता है.
Acknowledgments
अध्ययन के राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान के अंदर का अनुसंधान कार्यक्रम, राष्ट्रीय कैंसर संस्थान, कैंसर रिसर्च के लिए केंद्र द्वारा समर्थित किया गया था.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Positive Charged Glass Slides | Thermo Scientific | 4951Plus-001 | |
| Xylenes, ACS reagent, ≥98.5% xylenes + ethylbenzene basis | Sigma Aldrich | 247642 | CAUTION: PLEASE USE PROPER SAFETY PROCEDURES. |
| Ethyl Alcohol, U.S.P. 200 Proof, Anhydrous | The Warner-Graham Company | 6.505E+12 | CAUTION: PLEASE USE PROPER SAFETY PROCEDURES. |
| Arcturus CapSure Macro LCM Caps | Life Technologies | LCM0211 | |
| ArcturusXT Laser Microdissection Instrument | Life Technologies | ARCTURUSXT | |
| AutoScanXT Software | Life Technologies | An optional image analysis program for the ArcturusXT Laser Microdissection Device. This is software is required for SIVQ-LCM. | |
| Spatially Invariant Vector Quantization (SIVQ) | University of Michigan | This tool suite is publicly available for academic collaborations. For access to the SIVQ algorithm, please contact Dr. Ulysses Balis [Ulysses@med.umich.edu] |
References
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