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Biology

세대와 인간의 INO80 염색질 리모델링 단지 및 서브 콤플렉스의 정화

doi: 10.3791/51720 Published: October 23, 2014

Abstract

INO80 크로 마틴 리모델링 복합체가 ATP에 의존하는 뉴 클레오 리모델링을 촉매에 의해 뉴 클레오 역학과 DNA의 접근성을 조절한다. 인간의 INO80 단지는 Ino80, 촉매 서브 유닛과 단지의 조립을위한 발판으로 두 역할을하는 SNF2 같은 ATPase를 포함하여 14 단백질 서브 유닛으로 구성되어 있습니다. 다른 서브 유닛의 기능과 그들이 INO80 단지의 크로 마틴 리모델링 활동에 기여하는 메커니즘은 가난으로 인해 인간의 세포 또는 이종 발현 시스템에 INO80 서브 어셈블리를 생성하는 도전에 부분적으로 이해 상태로 유지됩니다. 이 조브 프로토콜은 서브 유닛 또는 서브 유닛의 일부를 부족한 사람 INO80 염색질 리모델링 서브 콤플렉스의 정화를 할 수있는 절차를 설명합니다. N-말단에 FLAG 에피토프는 Ino80 cDNA를 안정적으로 인간 배아 신장 (HEK) FLP - 중재 재조합을 사용하여 293 세포주에 도입 태그. INO80 단지의 서브 유닛의 일부는 b에있는 경우에즉 하나는 해당 서브 유닛의 조립에 필요한 플랫폼이없는 대신 Ino80 돌연변이 단백질을 발현, 삭제. 경우 개별 서브 유닛이 고갈 될 안정적 FLAG을 표현 HEK 293 세포주에이 서브 유닛을 대상으로 한 transfects s​​iRNA를가 Ino80 ATPase의 태그가. 핵 추출물을 준비하고, FLAG의 면역은 Ino80 유도체를 포함하는 단백질 분획을 풍부하게하기 위해 수행된다. 정제 INO80의 서브 콤플렉스의 조성물은 이러한 면역 블로, 실버 염색 및 질량 분석 등의 방법을 사용하여 분석 할 수있다. 이 프로토콜에 따라 생성 및 INO80 INO80 서브 콤플렉스 더욱 정돈 첨부 된 프로토콜에서 설명되는 다양한 생화학 적 분석을 이용하여 분석 될 수있다. 여기에 설명 된 방법은 모든 포유 동물의 멀티 서브 유닛 염색질 리모델링의 구조 및 기능적 특성에 대한 연구 및 수정 단지에 적용 할 수 있습니다.

Introduction

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진화 적으로 보존 SNF2 가족 염색질 리모델링 복합체는 염색질 조직 및 DNA 접근성 하나의 주요 레귤레이터이다. 이러한 개조 착체는 항상 어떤 경우에는 다양한 액세서리 단백질과 조립 및 다중 서브 유니트 매크로 분자 어셈블리를 형성하고, 중앙 SNF2 같은 ATPase의 서브 유닛을 포함한다. ATP 의존적 크로 마틴 리모델링 과정의 상세 분자를 연구하기 위해,이 착물의 활동 서브 유닛 및 / 또는 도메인 구조의 주어진 서브 세트의 기여를 이해하는 것이 중요하다. 이러한 분석은 특히 단백질 소단위 또는 도메인 구조 부족 고순도 착체 돌연변이를 생성하는 능력을 요구한다.

ATP 의존적 크로 마틴 리모델링 단지의 이전 구조 기능 연구가 널리 (참고 문헌 1-4, 예를 들어, 참조)으로 인해 효모 게놈의 우수한 조작성에 효모 모델 시스템에 초점을 맞추고있다. 보존을 감안할 때orthologous 리모델링 단지 중 서브 유닛의 구성과 기능, 구조와 효모 리모델링 단지의 기능에 대한 연구는 더 높은 진핵 생물에서 그들의 대응에 중요한 통찰력을 제공하고 있습니다. 그럼에도 불구하고, 상당한 종 특이 리모델링 단지 사이에 차이가 이득이나 보존 서브 유닛의 보존 영역 내에서 종 특이 서브 유닛, 이득 또는 보존 서브 유닛의 종 - 특정 도메인의 손실 및 시퀀스 다양성의 손실 결과로 존재한다. 이러한 차이는 원칙적으로 높은 진핵 세포가 새로운 분자 세포 환경에 적응하기위한 필요에 의해 구동 될 수있다. 이뿐만 아니라 메커니즘에 대한 통찰력을 제공 할 수 있습니다 또한 ATP 의존적 크로 마틴 리모델링 과정의 기본 메커니즘을 조명하고 있지만, 때문에 따라서, 높은 진핵 리모델링 단지의 서브 유닛은 뉴 클레오 리모델링 과정에 기여하는 방법을 이해하는 것은 가치가있는 크로 마틴 구조에 의해 HIG의 유전자 발현그녀의 진핵 세포가 조절된다.

지금까지 단 생화학 적 정의 염색질 리모델링 건물 및 서브 콤플렉스를 얻기에 어려움으로 인해 일부 멀티 서브 유닛 포유 동물의 크로 마틴 리모델링 복합체의 구조 및 기능 연구를,이 제한되고있다. 우리는 부분적으로 면역 정제 안정적으로 N-말단에 FLAG 에피토프가 야생형 또는 Ino80 5-7의 돌연변이 버전 태그 발현 인간 세포에서 손상 INO80 또는 INO80 서브 콤플렉스를 제조하는데 사용되는 후술하는 절차에 이러한 어려움을 회피했다 (도 1) . 인간 세포에서 그대로 INO80 착물을 얻기 위해 중재하는 FLP 재조합 안정적 INO80 착체 8-10의 서브 유닛을 코딩 FLAG 에피토프 태그 된 cDNA를 발현하는 형질 전환 된 HEK293 세포주를 생성하는 데 사용된다. INO80 소단위의 과발현 다소 독성이있을 수 있기 때문에 분리 및 선택적 CO하에 클론 세포주를 유지하는 데 필요nditions 대규모 세포 배양의 확장에 필요한 많은 통로 중에 안정한 유전자의 발현을 확인한다. 서브 유닛의 서브 세트 만 포함 작은 INO80의 서브 콤플렉스를 얻으려면, 우리는 성공적으로이 방법을 사용했다 (그림 2A, B). 첫째, 우리는 안정적으로 특정 서브 유닛 (5)의 상호 작용에 필요한 도메인이 결여 Ino80 버전의 돌연변이를 발현하는 HEK293 FLP 인 세포주를 생성. 또한, siRNA를 매개 최저는 적절한 FLAG-태그 INO80 서브 유닛 (게시되지 않은 데이터)를 발현하는 세포에서 원하는 서브 유닛을 소모하는 데 사용됩니다. 마지막으로, 인간 INO80 착체를 정화, FLAG 아가 로스 기반 크로마토 11함으로써 효과적으로 정제 INO80 또는 INO80 서브 콤플렉스를 함유하는 최종 분획에 세포질 단백질 오염의 존재를 감소시키는, 핵 추출물에서 INO80 - 함유 분획을 풍부하게하기 위해 사용된다.

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Protocol

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1 세대와 전체 길이 또는 FLAG의 돌연변이 버전 표현 HEK293 안정 세포주의 문화 에피토프를 - 태그 Ino80 또는 기타 INO80 복잡한 서브 유닛

  1. 전체 길이 또는 돌연변이 인간 Ino80 ATPase의 또는의 프레임, N 단자 FLAG 에피토프 태그 포유 동물 발현 벡터 pcDNA5 / FRT로 다른 INO80 서브 유닛을 코딩하는 cDNA 클론.
  2. 진행하기 전에 DNA 시퀀싱에 의해 삽입 된 cDNA의 서열을 확인한다.
  3. 형질 감염을 수행하려면, DMEM (둘 베코 변형 이글 중간), 5 %의 글루타민을 함유하는 배지에서 10cm 조직 배양 접시에 HEK293 세포에서 FLP을 성장에, 10 % FBS (소 태아 혈청).
  4. 세포 ~ 70 % 컨 플루 도달하면, 전체 부피에서, 각각의 조직 배양 접시에 FuGENE6 형질 감염 시약 40 μL, 적절한 pcDNA5 / FRT 발현 플라스미드 0.5 μg 및 FLP 재조합 효소를 암호화 pOG44, 9.5 μg의 혼합물을 추가 800 μL의.
  5. 48 시간 후,를 Trypsinize와의PLIT 1시 반 (10)에 접시 형상의 비율로 세포를, 5 % 글루타민, 10 % FBS DMEM으로 그들을 성장하고, 3, 100 μg / ㎖ 하이 그로 마이신 B - 4 주. (- 5 일 일반적으로 매 3) 노란색으로 시작 때마다 배지를 변경합니다.
  6. FLAG-태그 된 단백질의 최고 레벨을 표현하는 포지티브 클론을 확인하기 위해, 개별적인 하이 그로 마이신 B 내성 콜로니를 선택하고, 24 웰 플레이트의 한 웰에 전송할.
    1. 세포를 5 분 동안 1,000 XG에서 원심 ~ 1 ml의 PBS 및 펠릿의 각 웰에서 80 % 컨 플루 수확 셀에 도달하면.
    2. 상등액을 제거한 후, SDS-PAGE 샘플 완충액 60 μL에서 세포 펠렛을 재현 탁.
    3. SDS 페이지와 FLAG의 발현을 모니터링하는 서양 모래 바닥에 재현 탁 세포 펠렛의 주제 절반 미끼 단백질을 태그; 향후 분석을 위해 나머지 절반을 저장합니다.
  7. 더 FLAG-태그 된 인간 Ino80 단백질은 세포 용 해물에서 검출되지 않으면, 초기 클론 세포를 확장 백성들이 란15cm 조직 배양 접시에 24 웰 플레이트의 한 우물에서 세포를 도금 더 만큼은.
    1. 15cm 요리, 50 ML 원뿔 튜브에 얼음 차가운 PBS에 합류 세포 근처에 resuspend 및 전송에서 세포를 수확합니다.
    2. 추가 PBS를 첨가하여 50 ㎖의 최종 부피로 준비한다.
    3. 펠릿을 5 분 동안 1,000 XG에 세포 및 상등액을 최대한 제거한다.
    4. Lys450 완충액 1 ㎖에서 세포 펠릿 (20 mM의 HEPES-NaOH를 pH를 7.9, 450 mM의 염화나트륨을 재현 탁, 0.5 % 트리톤-100, 10 mM의 KCl을 4 mM의 MgCl2를, 0.2 mM의 EDTA, 10 % 글리세롤, 1 mM의 DTT, 200 μM의 PMSF, 1 : 1000 프로테아제 억제제 칵테일).
      참고 : 여기와 다른 곳에서 항상 즉시 실험을 시작하기 전에 버퍼에 DTT, PMSF 및 프로테아제 억제제 칵테일을 추가합니다.
    5. 면역 침전 방지 FLAG 아가로 오스 겔의 20 μl를 사용하여 결과 전체 세포 용 해물에서 단백질을 FLAG는 - 태그 및 서부 블로 팅에 의해 FLAG 용출액을 분석 할 수 있습니다. [immun의 자세한 내용은oprecipitation 절차, 단계 5 참조]
  8. 원하는 클론 세포 라인 (12)의 냉동 주식을 준비하고 사용할 때까지 액체 질소에 보관합니다.

롤러 병에 2 성장 HEK293 세포주

INO80 단지의 대규모 준비를 위해, 배양 세포를 10 - 20 롤러 병; 각 롤러 병에서 전형적인 수율은 포장 세포의 ~ 1 ML입니다.

  1. 각 롤러 병으로, 하이 그로 마이신 B를하지 않고 200 ㎖의 DMEM 5 % 글루타민, 10 %의 혈청을 추가
  2. 각 롤러 병에 단일 근 합류 15cm 접시에서 세포를 모두 전송
  3. 장소 롤러 37 ° C 롤러 병 인큐베이터에 병은 0.2 rpm으로 회전합니다.
  4. 세포 ~ 70 %의 포화 상태에 도달하면, 부어 및 매체를 폐기합니다.
  5. 각 병에 ~ 얼음 50 ㎖의 차가운 PBS를 추가합니다. 병을 잡고 수평으로 부드럽게 세포 단일 층을 풀어 소용돌이 친다.
  6. 250 ml의 플라 스트에 재현 탁 세포로 이동IC 원뿔 병 및 얼음에 장소.
  7. 추가 PBS와 롤러 병을 씻어 병하는 병에서 순차적으로 전환하기. 세정액이 더이상 분명 (전형적으로는 약 5 병을 린스하기 위해 사용 된 후) 없을 때, 세포 현탁액에 추가.
  8. 를 10 분 동안 400 XG에 세포를 원심 분리에 의해 펠렛.
  9. 부드럽게 PBS로 세포를 재현 탁 한 250ml의 원추형 병로 결합하고, 추가 처리 될 때까지 얼음 상에 유지한다.

또 다른 FLAG-태그 INO80 서브 유닛을 발현하는 세포에서 INO80 서브 유닛의 3은 siRNA를 매개 넉다운

하나의 서브 유닛이 부족 INO80 서브 콤플렉스를 얻으려면 사용 FLAG-immunopurification 안정적으로 shRNA를 발현 siRNA를 처리 한 세포 또는 세포로부터 INO80 단지를 정화합니다. (작은 간섭 RNA) 형질 전환 프로토콜이 여기에 설명 된 "역"의 siRNA는 15cm 접시에서 성장 HEK293 세포에 최적화되어 있습니다. 프로토콜은 세포와의 소 단일 15cm 접시입니다ULD 필요한 세포의 수에 따라 적절하게 확장 할. siRNA를 처리 한 세포에서 INO80 단지의 생화학 적으로 유용한 금액을 준비하기 위해, 하나는 40 15cm 접시에서 자란 문화까지 확장한다 패킹 된 세포 펠렛을 4 ml의 -이 약 2를 수득한다.

  1. 안정적으로 15cm 요리에 가까운 포화 상태에 INO80 단지의 원하는 서브 유닛을 표현하는 HEK293 세포를 성장.
  2. 의 siRNA 재현 탁 완충액의 부피 추가 (20 mM의 KCl을, 6 mM의 HEPES pH가 7.5, 0.2 mM의 MgCl2를) 충분한 동결 건조 된 siRNA를 포함하는 siRNA를 튜브의 50 μM 원액을 제조 하였다. 솔루션을 위로 피펫 몇 번 아래로 siRNA를 완전히 용해하기 위해 실온에서 30 분 동안 nutator에 품어.
  3. siRNA를 형질 전환 및 시약을 포함하는 형질 전환 칵테일을 준비합니다. 매우 부드러운 혼합과 혈청 중 감소 32 ㎕의 리포 펙 타민 RNAiMAX로 50 μM의 siRNA 원액의 10 μl를 혼합하고 옵티-MEM의 4 ML에 추가; 알낮은 모든 시약은 사용 전에 실온으로 평형을 유지한다.
  4. 30 분 동안 RT에서 혼합물을 배양한다.
  5. 안정적으로 형질에 대해 원하는 INO80 서브 유닛을 표현 FLP-에서 HEK293 세포를 준비합니다.
    1. 단계 3.4의 배양 동안 RT PBS로 한번 15cm 접시에 세포를 씻으십시오.
    2. 그들은 판을 들어 올릴 시작 때까지만 PBS를 제거한 후, 1 ml의 트립신으로 세포를 취급합니다.
    3. 즉시 세포를 트립신 부드럽게 섞어 완전 배지 (DMEM + 5 % 글루타민 + 10 % FBS) 10 ㎖를 추가합니다. 실온에서 5 분 동안 1,000 XG에서 원심 분리하여 세포를 수집합니다.
    4. ~ 4 ml의 완전 배지에서 세포 펠렛을 재현 탁하고, 혈구 계를 사용하여 셀 재 부유 카운트.
    5. ~ 5.4 × 106 / ㎖의 농도로 완전 배지와 세포를 희석.
  6. 각 15cm 접시에, 4 ml의 형질 칵테일 다음 15 ㎖의 전체 문화 매체를 추가합니다. thoro있는 중간 형질 칵테일을 보장하기 위해 부드럽게 소용돌이ughly 혼합. 마지막으로, 세포를 균일하게 분산시키는 것이 부드럽게 소용돌이 다시 세포 현탁액 중 하나 mL를 넣고.
  7. 37 ° C, 5 % CO 2 배양기에서 배양 60 시간 후, 부드럽게 매체, 얼음 차가운 PBS에 재현 탁 세포를 제거하고 핵 추출물을 준비하는 즉시 진행합니다.

핵 추출물 (4) 준비

이 절차 (13)의 Dignam 프로토콜에서 수정 된 세포 펠렛을 시작 크기에 따라 상하 또는 축소 될 수있다. 일반적으로, 압축 된 세포 펠렛 수율 최종 핵 추출물 1 ㎖를 1 ㎖. 모든 버퍼는 차가운 얼음해야하고, 적당한 차가운 방을 사용할 수없는 경우 모든 단계는 추운 방에서 또는 얼음에서 수행해야합니다.

  1. 핵의 분리 :
    1. 조심스럽게 4 ° C에서 10 분 동안 1,000 XG에 (15 또는 50 ml)을 적절하게 크기에 세포를 원뿔 튜브와 스핀 졸업 전송할 수 있습니다.
    2. 상층 액을 제거하고 포장 세포 화소의 양을 측정할 수 있습니다. 포장 된 세포의 1 ㎖를 2 ~ 3 × 10 8 HEK293 세포에 해당합니다.
    3. 5 포장 셀 버퍼의 볼륨 (1,000 프로테아제 억제제 칵테일 10 mM의 HEPES, pH가 7.9, 1.5 mM의 MgCl2를, 10 mM의 KCl을 갓 1 mM의 DTT, 200 μM의 PMSF를 첨가하고, 1)를 추가합니다. 부드럽게 피펫 팅하여 세포 펠렛을 재현 탁.
    4. 정확히 10 분 동안 얼음에 품어.
    5. 4 ° C에서 10 분 동안 1,000 XG에 펠렛은 세포 상층 액을 제거합니다.
    6. 세포 펠렛의 크기는 버퍼 A.에서 배양시 2 배까지 증가해야
    7. 버퍼의 충전이 셀 볼륨에서 세포를 재현 탁하고, 적절한 크기의 다운스 균질 조직에 세포 현탁액을 전송. 패킹 세포 미만 2ml를 시작하면, 7 ㎖의 균질화를 사용; 2 - 4 ml의 포장 세포, 15 ㎖의 균질화를 사용; 및 포장 세포의 10 이상 ML를 들어, 40 ㎖의 균질화를 사용합니다.
    8. 다운스 균질 유엔의 LOOSE 유리와 유 봉, 세포 현탁액을 균질화세포의 90 % 참깨 1 % 트리 판 블루로 염색 긍정적.
    9. JA-17 또는 이와 유사한 회에서 4 ° C에서 20 분 동안 25,000 XG에 45 ㎖의 고속 원심 분리기 튜브와 스핀에 현탁액을 전송 (자재 / 장비의 표 참조).
    10. 핵 펠렛에서 세포질 단백질이나 분별 동안 핵 밖으로 누출 단백질을 포함하는 상층 액을 제거합니다.
  2. 소금 핵을 추출 :
    1. 추가 버퍼 C (를 20mM HEPES, 산도 7.9, 25 % 글리세롤, 1.5 mM의 MgCl2를, 0.2 mM의 EDTA, 갓 추가 한 mM의 DTT, 200 μM의 PMSF, 1 : 1000 프로테아제 억제제 칵테일) 핵 펠렛에; 포장 세포 부피 (~ 1 × 109 세포를) 시작하는 매 3 ㎖의 2.5 ml의 버퍼 C를 사용합니다.
    2. 유리로드 또는 피펫을 사용하여, 관의 벽에서 핵을 제거하고 펠릿을 적절한 크기의 다운스 균질 혼합물 전체에 옮긴다.
    3. 번째 균질화하여 핵을 재현 탁LOOSE 유 두 스트로크 전자 혼합물.
    4. 냉장 비커에 재현 탁 핵 부분을 전송합니다. 서스펜션 깊은 적어도 0.5 cm로 비커를 채울 것 같은 것을 비커를 선택합니다.
    5. 부드럽게 얼음에 피펫 또는 유리 막대로 현탁액을 교반하면서 염색질 또는 다른 불용성 구조에서 핵 단백질을 추출하려면, 서서히 5 M NaCl을 적가하여 0.42 M 염화나트륨으로 서스펜션의 소금 농도를 증가; 5 M NaCl을 모두 첨가 한 후, 용액은 매우 점성 또는 겔형이 될 것이다. M의 NaCl은 다음 식에 따라 0.42 M 염화나트륨의 최종 농도로 용액을 가지고 필요한 5의 체적을 계산한다 :
      식 (1)
    6. 조심스럽게 유형 45 티 O를위한 유형 70.1 티 로터에 10 ㎖의 폴리 카보네이트 튜브에 점성 현탁액을 전송 (또는 동급) 또는 70 ㎖의 폴리 카보네이트 병비슷한 로터 (자재 / 장비의 표 참조) r에. 70 ㎖의 병을 사용하는 경우 10 ㎖의 튜브를 사용하거나 캡 어셈블리 경우 파라 필름으로 단단히 밀봉합니다.
    7. 천천히 nutator를 사용하여 30 분 동안 4 ° C에서 밀봉 된 튜브 바위.
    8. 4 ° C에서 120,000 XG에 45 형 티 또는 30 분 동안 70.1 티 로터에 샘플을 스핀.
    9. 하나의 플라스틱 튜브 나 병에 뜨는을 전송합니다. 이 상층 액은 핵 추출물, 그리고 펠렛 염색질 및 기타 핵 파편이 포함되어 있습니다.
    10. 편리 크기 분취에 핵 추출물을 나누 액체 질소에 냉동 및 -80 ° C에서 보관하십시오.

인간 INO80 또는 INO80 서브 콤플렉스의 5 면역 정화

  1. 냉동 핵 추출물을 해동, 동결 물까지 손 사이의 벤치 탑 또는 롤 튜브 추출물을 포함하는 장소 튜브 슬러리된다. 추출물 완전히 t 될 때까지 얼음 또는 차가운 방에 튜브를 배치hawed.
  2. 동결 - 해동 사이클 동안 형성 할 수있는 어떤 침전물을 제거하는 유형 70.1 티 로터 또는 동급에서 4 ° C에서 20 분 동안 100,000 XG에서 해동 핵 10 ㎖의 폴리 카보네이트 초 원심 분리기 튜브에 압축 스핀을 전송합니다.
  3. 15 ML 원뿔 관에 뜨는을 전송합니다. 1000 프로테아제 억제제 칵테일 : 1 mM의 DTT, 200 μM의 PMSF, 그리고 하나의 최종 농도에 신선한 DTT, PMSF 및 프로테아제 억제제 칵테일을 추가합니다.
  4. , immunopurification에 대한 항-FLAG 아가로 오스를 준비 끝이 깨끗한 메스로 절단되어있는 팁 P200 또는 유사한 피펫을 사용하여 1.5 ml의 microcentrifuge 관에 안티-FLAG 아가로 오스 비즈의 50 % 슬러리 200 μl를 전송하려면 또는 면도날.
  5. 30 초 동안 8,000 XG에서 벤치 탑의 microcentrifuge에서 원심 분리하여 구슬을 펠렛. 상층 액을 제거하고, Lys450 버퍼의 1 ㎖에 구슬을 재현 탁하여 구슬을 세척하고, 30 초 동안 8,000 XG에 구슬을 펠렛. B를 세척두 번 더 EADS.
  6. 끝이 깨끗한 메스 또는 면도날과 같은 팁을 사용, 양도와 차단되어있는 팁 P200 또는 유사한 볼륨 조절 피펫을 사용하여 핵 추출물의 약 100 μL의 세척 방지 FLAG 아가로 오스 비즈를 재현 탁 추출물을 함유하는 15 ml의 원추형 튜브에 재현 탁 구슬. 구슬의 모두 15 ML 튜브로 전송 될 때까지 몇 번을 반복합니다.
  7. 실험실 회전에 느린 회전 4 ° C에서 4 시간 동안 추출 / 비드 혼합물을 품어. OPTIONAL : DNA 오염을 제거하기 위해 25 단위 / ml의 농도로 benzonase 포함한다.
  8. 4 ° C에서 5 분 동안 1,000 XG에서 원심 분리 FLAG 아가로 오스를 수집합니다.
  9. 10 ml의 Lys450에서 재현 탁은 씻어 부드러운가 nutator에 락과 4 ° C에서 5 분간 배양한다. 4 ° C에서 5 분 동안 1,000 XG에 구슬을 펠렛.
  10. 1.5 ml의 microcentrifuge 관에 Lys450 및 전송 비즈 150 μL - (100)에서 재현 탁. 공동모든 구슬이 microcentrifuge 관에 전송 될 때까지 Lys450 150 μL - ntinue 100과 15 ML 원뿔 튜브를 세척합니다.
  11. 마이크로 원심에서 4 ° C에서 30 초 동안 8,000 XG에 구슬을 스핀 다운. 1 ㎖의 EB100 버퍼 (10 mM의 HEPES pH가 7.9, 10 % 글리세롤, 100 mM의 염화나트륨, 1.5 mM의 MgCl2를, 0.05 %는 트리톤-100, 갓 추가 한 mM의 DTT, 200 μM의 PMSF 회 1 ml의 Lys450로 3 회 이상 세척하고 및 1 : 1000 프로테아제 억제제 칵테일).
  12. , 결합 된 단백질을 용출 0.25 ㎎ / ㎖ 1 배 FLAG 펩타이드를 포함하는 200 μL의 EB100 버퍼를 추가합니다. nutator에 4 ° C 각각에서 30 분을 품어.
  13. 마이크로 원심에서 4 ° C에서 30 초 동안 8,000 XG에 구슬을 펠렛. 새로운 microcentrifuge 관에 용출 INO80 복합체를 포함하는 상층 액을 전송합니다.
  14. 용출 네 번 이상 반복 한 하나의 튜브로 모든 상층 액을 풀.
  15. 용출 된 단백질 분획으로부터 잔여 FLAG-아가 로스 비드를 제거하려면,빈 스핀 칼럼을 통해 용출액을 전달합니다.
  16. 용출 된 단백질 분획을 농축 ~ 10 배의 초 원심 분리 필터 장치 (50,000 분자량 컷오프)을 사용.
  17. FLAG 펩티드를 제거하려면이 탈염 컬럼을 통해 농축 된 단백질 분획을 순차적으로 전달합니다.
  18. 액체 질소에 냉동 및 -80 ° C에서 보관, 20 ㎕의 분취 액으로 정제, 탈염 단백질 분획을 나눈다.
  19. 실버 스테인드 젤 또는 웨스턴 블롯에 의해 INO80 또는 INO80의 서브 콤플렉스의 서브 유닛의 구성을 분석하고 표준으로 알려진 농도의 재조합 INO80 서브 유닛의 준비를하여 반 정량적 웨스턴 블로 팅하여 농도를 추정한다.

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
Dulbecco's Modified Eagle Medium Cellgro 10-013-CV
Glutamax-I (stablized glutamine) Life Technologies 35050-079
Fetal Bovine Serum SAFC 12176C
FuGENE6 transfection reagent Promega E2312
Hygromycin B, sterile in PBS AG Scientific H-1012-PBS
pcDNA5/FRT vector Life Technologies V6010-20
Flp-In HEK293 cells Life Technologies R780-07
pOG44 Flp-Recombinase Expression Vector Life Technologies V600520
EZview Red ANTI-FLAG M2 Affinity Gel Sigma F2426
calf serum SAFC 12138C
TARGETplus SMARTsiRNA pool Dharmacon / Thermo Scientific various
5x siRNA resuspension buffer Dharmacon / Thermo Scientific #B-002000-UB-100
Lipofectamine RNAiMAX Life Technologies 13778
Opti-MEM Reduced Serum Medium Life Technologies 51985-091
PBS Cellgro 45000 VWR
TrypLE (trypsin) Life Technologies 12604
1x FLAG Peptide Sigma F3290
Micro Bio-Spin Chromatography Column Bio-Rad 737-5021
Amicon Ultra Centrifugal Filter Device (50k MWCO) Amicon UFC805024 Fisher Scientific
Zeba Desalting Columns Thermo Scientific 89882
Anti-FLAG M2 antibody, mouse Sigma F3165
Anti-FLAG M2 antibody, rabbit Sigma F7425
Protease Inhibitor Cocktail Sigma P8340
benzonase Novagen 70664
Equipment
JS-4.2 rotor in a J6 centrifuge Beckman-Coulter 339080
JA-17 rotor Beckman-Coulter 369691
10 ml polycarbonate tubes Beckman-Coulter 355630
70 ml polycarbonate bottles Beckman-Coulter 355655
Type 45 Ti rotor Beckman-Coulter 339160
Type 70.1 Ti rotor Beckman-Coulter 342184
BD Clay Adams Nutator Mixer BD Diagnostics 15172-203 VWR
Glas-Col Tube/Vial Rotator Glas-Col 099A RD4512
PCR thermal cycler PTC 200 MJ Research PTC 200
roller bottle incubator Bellco biotechnology 353348
Immobilon-FL Transfer Membrane 7 x 8.4 Millipore IPFL07810
lubricated 1.5 ml microcentrifuge tubes Costar 3207

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References

  1. Clapier, C. R., Cairns, B. R. The biology of chromatin remodeling complexes, Annual Review of Biochemistry. 78, 273-304 (2009).
  2. Szerlong, H., Hinada, K., Viswanathan, R., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Cairns, B. R. The HSA domain binds nuclear actin-related proteins to regulate chromatin-remodeling ATPases. Nature Struct. Mol. Biol. 15, (5), 469-476 (2008).
  3. Shen, X., Mizuguchi, G., Hamiche, A., Wu, C. A chromatin remodelling complex involved in transcription and DNA processing. Nature. 406, (6795), 541-544 (2000).
  4. Shen, X., Ranallo, R., Choi, E., Wu, C. Involvement of actin-related proteins in ATP-dependent chromatin remodelling. Mol. Cell. 12, 147-155 (2003).
  5. Chen, L., et al. Subunit organization of the human INO80 chromatin remodeling complex: an evolutionarily conserved core complex catalyzes ATP-dependent nucleosome remodeling. Journal of Biological Chemistry. 286, (13), 11283-11289 (2011).
  6. Sauer, B. Site-specific recombination: developments and applications. 5, (5), 521-527 (1994).
  7. Gorman, S., Fox, D. T., Wahl, G. M. Recombinase-mediated gene activation and site-specific integration in mammalian cells. Science. 251, (4999), 1351-1355 (1991).
  8. Jin, J., et al. A mammalian chromatin remodeling complex with similarities to the yeast INO80 complex. Journal of Biological Chemistry. 280, (50), 41207-41212 (2005).
  9. Cai, Y., et al. YY1 functions with INO80 to activate transcription. Nature Structural and Molecular Biology. 14, (9), 872-874 (2007).
  10. Yao, T., et al. Distinct Modes of Regulation of the Uch37 Deubiquitinating Enzyme in the Proteasome and in the Ino80 Chromatin-Remodeling Complex. Mol.Cell. 31, (6), 909-917 (2008).
  11. Brizzard, B. L., Chubet, R. G., Vizard, D. L. Immunoaffinity purification of FLAG epitope-tagged bacterial alkaline phosphatase using a novel monoclonal antibody and peptide elution, Biotechniques. 16, (4), 730-735 (1994).
  12. Barker, K. At the Bench: A Laboratory Navigator. 10, Cold Spring Harbor Laboratory Press. 207-245 (2005).
  13. Dignam, J. D., Lebovitz, R. M., Roeder, R. G. Accurate transcription initiation by RNA polymerase II in a soluble extract from isolated mammalian cell nuclei. Nucleic. Acids. Res. 11, (5), 1475-1489 (1983).
세대와 인간의 INO80 염색질 리모델링 단지 및 서브 콤플렉스의 정화
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Chen, L., Ooi, S. K., Conaway, R. C., Conaway, J. W. Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes. J. Vis. Exp. (92), e51720, doi:10.3791/51720 (2014).More

Chen, L., Ooi, S. K., Conaway, R. C., Conaway, J. W. Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes. J. Vis. Exp. (92), e51720, doi:10.3791/51720 (2014).

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