Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
Click here for the English version

Biology

חיטוט Microarrays חלבון פונקציונלי בצפיפות גבוהה לזיהוי חלבונים אינטראקציות

Published: August 2, 2015 doi: 10.3791/51872

Summary

באמצעות מערכי חלבון המכיל כמעט את כל ס proteome cerevisiae הוא חקר לחקירה משוחדת מהירה של אלפי אינטראקציות חלבון-חלבון במקביל. שיטה זו יכולה להיות מנוצלת למולקולת חלבון קטן, שינוי posttranslational, ומבחנים אחרים בתפוקה גבוהה.

Abstract

microarrays חלבון הפונקציונלי בצפיפות גבוהה המכיל ~ 4,200 חלבוני שמרי רקומביננטי נבחנים לאינטראקציות חלבון-חלבון קינאז באמצעות חלבון היתוך הזיקה מטוהרת השמרים קינאז המכיל תג V5-epitope לקריאה החוצה. קינאז המטוהר מתקבל באמצעות התרבות של זן שמרים מותאמים לייצור חלבון גבוה עותק מחסה פלסמיד המכיל היתוך קינאז-V5 לבנות תחת אמרגן מושרה GAL. השמרים הוא גדלו בתקשורת כובל עם מקור פחמן ניטראלי עבור 6 שעות אחרי אינדוקציה עם גלקטוז 2%. בשלב הבא, התרבות שנקטפו וקינאז הוא מטוהר באמצעות טכניקות chromatographic זיקה סטנדרטית להשיג קינאז חלבון נקי במיוחד לשימוש בassay. קינאז המטוהר מדולל עם חיץ קינאז לטווח מתאים עבור assay וmicroarrays החלבון חסום לפני הכלאה עם microarray החלבון. לאחר ההכלאה, המערכים מששו עם antib V5 חד שבטיody לזהות חלבונים מחויבים לחלבון קינאז-V5. לבסוף, המערכים נסרקים באמצעות סורק microarray סטנדרטי, והנתונים מופק לניתוח אינפורמטיקה במורד הזרם 1,2 לקבוע אמון גבוה שנקבע של אינטראקציות חלבון לאימות במורד הזרם in vivo.

Introduction

הצורך לבצע ניתוחים הגלובליים של ביוכימיה של חלבונים ומחייבים פעילות בvivo הביא לפיתוח שיטות החדשות לאפיון אינטראקציות בין חלבונים (PPIs) ולאחר translational השינויים של proteomes כל 1,3-8. microarrays חלבון מיוצרים כmicroarrays פונקציונלי חלבון באמצעות חלבונים פונקציונליים באורך מלא 4-6,8,9, או microarrays חלבון אנליטיים המכיל נוגדני 10,11. הם מתוכננים להכיל בצפיפות גבוהה של חלבונים ערוכים על גבי שקופיות מיקרוסקופ עם מגוון רחב של chemistries משטח כדי להקל על מגוון של תנאי ניסוי הנדרשים לביצוע ביוכימיים רחבים מנתחת 12. chemistries Nitrocellulose ומשטח אלדהיד לקובץ מצורף כימי באמצעות שיטות ליזין או קובץ מצורף זיקה כגון מגלשות chelated ניקל לחיבור חלבונים וגלוטתיון מתויג לקובץ מצורף זיקה בין יתר 13. השימוש בmicroarrays חלבון הפונקציונלי כדי לזהות אינטראקציות חלבון-חלבון דורש גישה לספריית חלבון פונקציונלי באיכות גבוהה 14. ס cerevisiae ניתנים להפקת ספרייה כגון דרך הזיווג של גבוה עותק זיקה מתויג מבני חלבון עם טכניקות טיהור chromatographic תפוקה גבוהה. הרוב המכריע של שמרי הגנום כבר רצף וכמעט כל proteome יכולה לבוא לידי ביטוי מגבוה עותק פלסמיד לטיהור וביוכימיים מנתחים 12. ברגע שהחלבונים מתקבלים וערוכים בפורמט 384 גם, הם מודפסים על גבי שקופית מיקרוסקופ המאפשרת ניתוח מהיר מקביל רב פרמטרית ביוכימיים וחקירה bioinformatic 8,14-16. microarrays החלבון שימש עבור מבחני האנזימטית ואינטראקציות עם חלבונים, שומנים, מולקולות קטנות, וחומצות גרעין בין יישומים רבים אחרים. הנגישות של חלבונים על פני השטח של proteomeמערכים להפוך אותם נוחים לסוגים שונים של זיהוי אנליטיים כוללים, חיסון-זיקה, משטח Plasmon תהודה, הקרינה ורבים טכניקות אחרות. יתר על כן, היא מאפשרת לבקרה טובה של תנאי הניסוי שבו זה יכול להיות קשה לעשות in vivo.

המטרה של פרוטוקול זה היא להדגים את השימוש המתאים של microarrays חלבון הפונקציונלי כדי לזהות אינטראקציות חלבון-חלבון. יישום זה מאפשר הניתוח ביוכימי המקביל תפוקה גבוהה של פעילות חלבון מחייב שימוש אנליטי נקי במיוחד (חלבון) של עניין. C-מסוף (carboxy מסוף) מתויג חלבון פיתיון V5-היתוך של העניין מופק מפלסמיד גבוה עותק בזן שמרים מותאמים לטיהור חלבונים. תיוג C-המסוף מבטיח כי החלבון באורך מלא תורגם. החלבון השתמש במחקר זה הוא קינאז חלבון היתוך Tda1-V5, אשר מטוהר באמצעות שרף זיקת ניקל באמצעות תג His6X. CONSTRUC היתוך Tda1-V5לא מטוהר באמצעות elution הסידורי באמצעות שיפוע imidazole לelute שבריר ביותר המועשר לשימוש בassay.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1. בדיקה הכנה

  1. תרבות ולטהר את בדיקות קינאז V5-היתוך משמשות לבחינת אינטראקציות עם חלבונים אחרים כדלקמן:
    1. השתמש Y258 זן שמרים טריים מפוספס (מאטה pep4-3, his4-580, ura3-53, leu2-3,112) המכיל חלבון V5-היתוך (הביע מפאי-DEST52 GATEWAY הווקטור). השתמש בחלבון המבודד כבדיקה על microarrays. צלחת השמרים על שלם-אורציל הסינתטי (SC-Ura) / 2% דקסטרוז / אגר ולגדול על 30 מעלות צלזיוס במשך 3 ימים מתרבות קפוא (° גליצרול מניית -80 מעלות).
    2. לחסן תרבויות המתנע (5-20 מיליליטר) ממושבה אחת ולגדול בין לילה בSC-Ura / 2% דקסטרוז על רועד פלטפורמה (220-250 סל"ד) או גלגל על ​​30 מעלות צלזיוס.
    3. למחרת בבוקר, לחסן 400 מיליליטר של SC-Ura 2% raffinose התרבות / עם תרבות המתנע מספיק כדי OD סופי 600 של 0.1.
    4. לגדול inoculums לOD 600 של 0.6 ואחריו האינדוקציה גלקטוז של פו V5-קינאזשיאון לבנות ביטוי על ידי הוספת פתרון של תמצית שמרי 3x / Peptone (כן) בתוספת 6% גלקטוז, על ידי הוספה מספיק כדי לדלל את תקשורת האינדוקציה בפקטור של 3, כך שהריכוז הסופי של גלקטוז הוא 2%.
    5. לגרום לתאים על 30 מעלות צלזיוס במשך 6 שעות על פלטפורמה רועדת. השתמש בבקבוק ליטר Erlenmeyer 2 כדי להבטיח אוורור מתאים.
    6. קציר תאים באמצעות JA-10 (או דומה) הרוטור על ידי ספינינג 400 מיליליטר של השעיה תא XG ב 1000 במשך 5 דקות על 4 מעלות צלזיוס.
    7. לשטוף את התאים פעם אחת עם 50 מיליליטר של קרח הקר PBS חיץ ולהעביר צינור חרוטי 50 מיליליטר. שטוף את הכדור שוב במאגר PBS קר כקרח (ללא חומרי ניקוי או תוספים אחרים) המשמשים לתמוגה והעברת 2 מיליליטר snap-כובע צינורות לתמוגה.
    8. ספין התאים ב 20,000 XG דקות 1 ב 4 ° C לגלולה ופיפטה משם למאגר.
    9. מניחים צינורות על קרח ולהמשיך בשלב תמוגה.
    10. Lyse התאים (גלולה 250-350 μl) עם 0.5 מ"מ חרוזים zirconia ב1: 1: 1 נפח תא גלולה, חרוזים, ונאגר מלוח פוספט (PBS) תמוגה חיץ ומערבולת התערובת באמצעות פלטפורמת תסיסה 3 פעמים ב 2 מרווחי דקות ב 4 מעלות צלזיוס.
    11. צנטריפוגה lysate ב -20,000 XG בmicrofuge שולחן במשך 10 דקות ב 4 מעלות צלזיוס.
    12. supernatant פיפטה לתוך צינור צנטריפוגות במהירות גבוהה פוליקרבונט ולהבהיר ידי ulracentrufugation למשך 30 דקות ב 150,000 XG ב 4 מעלות צלזיוס.
    13. העבר את lysate הבהיר לצינור המכיל שרף prewashed Ni 2 + זיקה (~ 100 μl) דגירה על nutator לשעה 2 ב 4 ° C כדי ללכוד היסטידין 6X (שלו) מתויג חלבון V5-היתוך.
    14. לשטוף את השרף שלוש פעמים במשך 10 דקות ב 4 מעלות צלזיוס עם הצפת לשטוף. גלולה השרף באמצעות צנטריפוגות בראש טבלה במשך 5 דקות XG ב 1000 ב 4 מעלות צלזיוס ולשאוב supernatant. הוסף חוצץ לשטוף טרי לכל אחד לשטוף ולהחזיר את הצינור לnutator תסיסה במהלך השטיפה.
    15. לאחר STE לשטוףנ.ב. שלמים, להחיל את השרף שטף לעמודת G-25 טרי לelution.
    16. החל 25 μl של חיץ elution באופן צעד חכם מתחיל עם 100 מ"מ Imidazole 500 מ"מ imidazole במרווחים של 50 מ"מ עבור הסכום כולל של 9 שברים.
    17. Assay השברים שנאספו באמצעות ג'ל polyacrylamide סולפט dodecyl נתרן (SDS-עמוד) וצביעת coomassie לזהות את השבר (ים) המועשר הגבוהה ביותר לשימוש בassay ולהוסיף גליצרול 30% ולאחסן ב -80 ° C עד שימוש ב assay.

2. גשוש מערכים

הערה: אנא ראה שלב 2.6 סעיף זה כדי להכין את פתרון הנוגדנים לפני תחילת assay.

  1. כדי לזהות אינטראקציות, לדלל את הנוגדן מצומדות V5-fluorophore (כלומר AlexaFluor 647) 260 / מיליליטר ng במאגר בדיקה ומערבבים היטב על ידי רועד.
    הערה: הכן פתרון 30 דקות לפני שימוש ומניח את הצינור על nutat זה נוגדןאו או גלגל כדי להבטיח ערבוב מלא והשעיה הומוגנית של נוגדן.
  2. לדלל את הבדיקה חלבון V5-היתוך על פני טווח ריכוז של 5-500 מיקרוגרם / מיליליטר.
    הערה: אופטימלי עבור כל assay אינטראקציה בין חלבונים, באמצעות חיץ בדיקה. אופטימיזציה כוללת הוספה עוד בדיקות כדי לבחון חיץ. בדרך כלל 10 מיקרוגרם / מיליליטר משמש כנקודת התחלה ומותאמת בהתאם מבוסס על עוצמת האות.
  3. הסר את microarrays החלבון מהמקפיא (-20 ° C) ומביא ל4 מעלות צלזיוס במקרר רק לפני השימוש.
  4. להוסיף חיץ חסימה ישירות לבעל השקופית המכיל את חלבון micorarrays ולכסות את החלק העליון עם parafilm כדי למנוע דליפה. לחסום את מערכי חסימת חיץ במשך שעה 1 על ידי רועד ב 50 סל"ד בשלב ב 4 ° C.
  5. לאחר החסימה, להעביר את המערכים לתא humidified המקורר עד 4 ° C, ולהוסיף 90 μl של בדיקה דילול ישירות על פני המערך. כיסוי ARRays עם תלוש מרים גדל ודגירת סטטי (לא רועד) בתא humidified ב 4 מעלות צלזיוס במשך 1.5 שעות.
  6. שטוף את המערכים 3 פעמים 1 דקות כל אחד בחיץ בדיקה בשלושה צינורות 50 מיליליטר חרוטי. הוסף את השקופיות לצינורות חרוטי המכילים מאגר בדיקה טרום צונן מספיק כדי המעטפה השקופית לחלוטין. לאפשר להחליק המרים להחליק בעדינות את של microarray החלבון (לא מכריח אותו כמו זה יכול לגרום נזק למשטח המערך).
  7. החל פתרון הנוגדן ישירות למערך מייד לאחר שסיים את השטיפה (שלב 2.5) והשכבה עם תלוש מרים גדל כמו קודם. דגירה המערכים למשך 30 דקות ב 4 מעלות צלזיוס בתא humidified.
  8. לבצע את אותה שלב לשטוף כמו קודם (דקות 3 פעמים 1 בחיץ בדיקה), וספין בצינור חרוטי 50 מיליליטר ב 800 XG בצנטריפוגה שולחן במשך 5 דקות בטמפרטורת חדר. אוויר יבש המערכים בהחזיק שקופיות בחושך במשך 30 דקות לפני סריקת המערך ב647 ננומטר.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

פעילות האינטראקציה בין חלבונים נצפתה באמצעות קורא שבבים סטנדרטי על מנת להעריך את היתוך החלבון kinase Tda1-V5 לבנות כחלבון פיתיון נגד microarray חלבון פונקציונלי שמרים המכיל כ -4,200 ס הייחודי חלבוני GST-היתוך cerevisiae. חקירה נוספת עם תוכנת GenePix גילתה שפע של אירועים מחייבים של עוצמות משתנות. הזיקה הייתה ללמוד מהעוצמת המדורגת של האות נגזרת מנוגדנים מצומדות V5-Fluorophore חד שבטיים חייבים היעד שלה (V5-קינאז). אלגוריתם ניקוד ProCat 2 שימש לזהות אינטראקציות חלבון-חלבון על פני שני microarrays חלבון נפרד לכל אחד מהחלבונים assayed בשני עותקים (כל חלבון הוא הבחין פעמיים במערך), ואז סף חתוך נקבע לפינה רחוקה האינטראקציות שנצפו.

על ידי השוואה בין שני מערכים אחד משיג 4 משכפל טכני (n = 4) שיכול להשתמש בו כדי לקבוע intהווריאציה א-assay באמצעות מתאם (R 2) של שתי נקודות עבור כל חלבון על המערכים. סך של 9 אינטראקציות חלבון-חלבון זוהו בין חלבון פיתיון Tda1-V5 והחלבונים על microarray באמצעות סף מוגדר מראש לזיהוי אינטראקציות חלבון kinase הייחודי 1. יתר על כן, אותם החלבונים הם הבחינו בעמדות שונות ברחבי המערכים כביקורת להעריך חפצי משטח שעשויה לתרום לתוצאות חיוביות שגויות. ההשוואה של פרופילים מחייבים מרובים של חלבוני היתוך קינאז-V5 שונים מאפשרת זיהוי של אינטראקציות חלבון-חלבון קינאז הספציפי לבדיקת in vivo.

בניסוי זה בדקנו את הפעילות המחייבת של Tda1-V5 וזיהיתי מספר PPIs המובהק סטטיסטי המבוסס על מדורג על ידי P-ערך בהשוואה לקינאז האחר שנבדק. מעניין במיוחד הוא Rim11, אשר זוהה כיעד פוספורילציה של Tda1 בים שפורסם קודם9 Tudy. ברגע שמטרות זוהו, הם יכולים להיבדק לפעילות ביוכימית והפונקציונלית in vivo 1.

איור 1
איור 1:. Tda1-V5 לעומת בקרת וקטור ריקה microarrays חלבון שמרים הבחין בשני עותקים ב~ 4,200 חלבון GST-היתוך באורך מלא הודגר עם שליטה או בדיקות Tda1-V5. פנל הבלעה משווה את האזור הזהה בשני המערכים. אינטראקציה בין חלבונים זוהתה (קופסות כחולות) בין Rim11 וTda1-V5.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

הפרוטוקול שהוצג במקור מבוצע באמצעות 85 חלבוני היתוך קינאז-V5 שמרי חלבון ייחודיים כדי להשוות פעילות מחייבת בין משפחות שונות וקשורות של קינאזות שמרי חלבון וכתוצאה מכך ההזדהות של רשתות האינטראקציה קינאז החדשות in vivo 1. כטכנולוגית פרופיל proteomic מתעוררים, הפיתוח של תפוקה גבוהה (HTP) הקרנת proteomes באמצעות מערכי חלבון הסתמך על ספריות פפטיד, ואורגניזמים מודל אוקריוטים ופרוקריוטים 8,17; מאוחר יותר, פלטפורמת assay זה הייתה מוחלת על אאוקריוטים גבוהים יותר כגון צמח ו5,7 האנושי. נכון לעכשיו אין מערך שמרי חלבון זמין מסחרי. עם זאת, רצף מאומת אוספי cDNA זמינים ממקורות מרובים

למרות שהטכניקה יכולה להיות חזקה, אזהרה אחת לזכור היא שassay נעשה במבחנה, ולכן תוצאות תהיה חיוביות שגויה. לפיכך, optimizinמצב assay גרם וערכת סינון אסטרטגית רצוי כדי לאחזר נתונים משמעותיים. טכנולוגיות microarray חלבון הדור הבא מכילות מספר גדול בהרבה של חלבונים פונקציונליים נקיים במיוחד לאנליזה ביוכימית פני מספר רב של אורגניזמים הכוללים א thaliana, ס cerevisiae, וההומו Sapien.

רמת התחכום שmicroarrays החלבון החדש מהונדסת לתוכם מאפשרת מגוון רחב של ניתוחים ביוכימיים שניתן לבצע. כמעט כל proteome כבר משובט ומטוהרת לס cerevisiae באמצעות ספרייה מתויגות C-מסוף כדי להבטיח שינוי לאחר translational התקין של החלבונים 14. יתר על כן, הניתוחים המקבילים מהירים מוצעים באמצעות מערכי חלבון מאפשר גישה בלתי משוחדת לאינטראקציה בין חלבונים ואפיון שינוי לאחר translational.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Petri Dishes VWR NC-10747 or comparable
Bacto yeast extract Difco 0217-17
Bacto peptone Difco 0118-17
Bacto agar Difco 0140-01
Dextrose Sigma D9434
Raffinose Sigma R0514
Galactose Sigma G0750
Sc-Ura drop out media MP Bio 114410622
Small Culture tubes VWR/Fisher
Large Erlenmeyer Flask VWR/Fisher
Centrifuge JA-10 rotor
Centrifuge tubes (500 ml)
Falcon tube (50 ml) VWR/Fisher 21008-951
PBS Tablets Sigma P4417
FastPrep Tubes (2 ml screw cap tube)
FastPrep Machine MP Biomedicals 116004500
Zircon Beads BioSpec 11079105
Triton X100 Sigma P4417
DTT Sigma D9779
MgCl2 Sigma M8266 
NaCl Sigma S3014 
Imidazole (pH = 7.4) Sigma I5513 
PMSF Sigma 93482
Complete Inhibitor Cocktail (EDTA Free) Roche 11873580001
Phosphatase inhibitor cocktail 1 sigma P2850
BSA Sigma A2153 
Tween-20 Sigma P1379 
ATP Sigma A1852 
Shaking Incubator (30 °C)
Nickel Affinity Resin Life Technologies R901-01
G25 column GE life sciences 27-5325-01 
Nutator VWR/Fisher
SDS-PAGE Gel (NuPage) Life Technologies
Coomassie Blue Stain Life Technologies
Monoclonal V5 Antibody Life Technologies R960-25
Alexa647 Tagged monoclonal V5 Antibody Life Technologies 451098
Protein Microarrays Kit Life Technologies PAH0525013
Genepix Scanner Molecular Devices
Lifter Slips Thomas Scientific http://www.thomassci.com/Supplies/Microscope-Cover-Glass/_/LIFTER-SLIPS/
Lysis Buffer: 0.1% Triton X-100, 0.5 mM DTT,
2 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 50 mM imidazole (pH 7.4), Complete protease inhibitor cocktail – EDTA-free, Phosphatase inhibitor Cocktail 1, 1 mM PMSF  (add just prior to use)
Add the reagents to 1x PBS (0.01 M phosphate buffer, 0.0027 M potassium chloride, 0.137 M sodium chloride; pH 7.4) to obtain the desired volume of lysis solution
Blocking Buffer: 1% bovine serum albumin (BSA), 0.1% Tween-20 Add the reagents to 1x PBS to obtain the desired volume of blocking buffer
Probe Buffer: 2 mM MgCl2, 0.5 mM DTT, 0.05% Triton X-100, 50 mM NaCl, 500 μM ATP (for kinases), 1% BSA Add the reagent to 1x PBS to obtain desired volume of probe buffer
Wash Buffer: 0.1% Triton X-100, 500 mM NaCl, 0.5 mM DTT, 50 mM imidazole (pH 7.4),2 mM MgCl2 Add the reagent to 1x PBS to obtain desired volume of probe buffer
Elution Buffer: 0.1% Triton X-100, 0.5 mM DTT, 2 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 50 – 500 mM imidazole (pH 7.4), Complete protease inhibitor cocktail – EDTA-free, Phosphatase inhibitor Cocktail 1, 1 mM PMSF (add just prior to use) Before you begin, it is important to note the concentration gradient of imidazole (50 – 500 mM) and to create separate tubes for each concentration (it is advisable to create the interval using 50 mM increments). Add the reagent to 1x PBS to obtain desired volume of probe buffer
3x YEP +6% galactose: Dissolve 30 g of yeast extract and  60 g of peptone in 700 ml of H2O, and autoclave. Add 300 ml of filter sterilized 20% galactose (wt/vol)  Galactose should not be autoclaved

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Fasolo, J., et al. Diverse protein kinase interactions identified by protein microarrays reveal novel connections between cellular processes. Genes. 25, 767-778 (2011).
  2. Zhu, X., Gerstein, M., Snyder, M. ProCAT: a data analysis approach for protein microarrays. Genome biology. 7, R110 (2006).
  3. Breitkreutz, A., et al. A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast. Science. 328, 1043-1046 (2010).
  4. Gavin, A. C., et al. Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes. Nature. 415, 141-147 (2002).
  5. Jeong, J. S., et al. Rapid identification of monospecific monoclonal antibodies using a human proteome microarray. Mol Cell Proteomics. 11 (6), (2012).
  6. Krogan, N. J., et al. Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Nature. 440, 637-643 (2006).
  7. Popescu, S. C., et al. Differential binding of calmodulin-related proteins to their targets revealed through high-density Arabidopsis protein microarrays. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 4730-4735 (2007).
  8. Zhu, H., et al. Global analysis of protein activities using proteome chips. Science. 293, 2101-2105 (2001).
  9. Ptacek, J., et al. Global analysis of protein phosphorylation in yeast. Nature. 438, 679-684 (2005).
  10. Haab, B. B. Antibody arrays in cancer research. Molecular & cellular proteomics. Mol Cell Proteomics. 4 (4), 377-383 (2005).
  11. Kopf, E., Zharhary, D. Antibody arrays--an emerging tool in cancer proteomics. The international journal of biochemistry & cell biology. 39, 1305-1317 (2007).
  12. Berrade, L., Garcia, A. E., Camarero, J. A. Protein microarrays: novel developments and applications. Pharmaceutical research. 28, 1480-1499 (2011).
  13. Balboni, I., Limb, C., Tenenbaum, J. D., Utz, P. J. Evaluation of microarray surfaces and arraying parameters for autoantibody profiling. Proteomics. 8, 3443-3449 (2008).
  14. Gelperin, D. M., et al. Biochemical and genetic analysis of the yeast proteome with a movable ORF collection. Genes & development. 19, 2816-2826 (2005).
  15. Fasolo, J., Snyder, M. Protein microarrays. Methods Mol. Biol. 548, 209-222 (2009).
  16. Im, H., Snyder, M., et al. Preparation of recombinant protein spotted arrays for proteome-wide identification of kinase targets. Current protocols in protein science. Coligan, J. E. 27, Unit 27 24 (2013).
  17. MacBeath, G., Schreiber, S. L. Printing proteins as microarrays for high-throughput function determination. Science. 289, 1760-1763 (2000).

Tags

ביולוגיה תאית גיליון 102 microarrays חלבון קינאז שמרים אינטראקציות בין חלבונים
חיטוט Microarrays חלבון פונקציונלי בצפיפות גבוהה לזיהוי חלבונים אינטראקציות
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Fasolo, J., Im, H., Snyder, M. P.More

Fasolo, J., Im, H., Snyder, M. P. Probing High-density Functional Protein Microarrays to Detect Protein-protein Interactions. J. Vis. Exp. (102), e51872, doi:10.3791/51872 (2015).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter