Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
Click here for the English version

Biology

一种混合DNA提取方法细菌群落的定性和定量评估,从家禽生产样品

Published: December 10, 2014 doi: 10.3791/52161

Abstract

的DNA提取协议的功效可以是高度依赖于样品被调查的的类型和执行的下游分析的类型。考虑到采用新的细菌群落分析技术( 例如,microbiomics,宏基因组学)越来越流行在这些学科范围内的农业和环境科学等诸多环境样品可能是生理化学和微生物学的独特( 粪便和垫料/寝具样本家禽生产谱),适当和有效的DNA提取方法需要慎重选择。因此,一种新型的半自动混合DNA提取方法与环境家禽生产样品使用专门开发的。该方法是DNA提取的两种主要类型的组合:机械和酶。两步强烈的机械同质化的步骤(使用珠跳动专门针对环境下制定TAL样本)加入到“金标准”的酶的DNA提取方法的开始的粪便样品来增强去除细菌和DNA从样品基质和改善革兰氏阳性细菌的社区成员的恢复。一旦混合方法的酶法提取部分开始,剩下的净化过程是使用机器人工作站,以增加样品通量,降低样加工误差的自动化。在比较严格的机械和酶的DNA提取方法,这种新的混合方法加工的家禽粪便和垃圾样品时,考虑提供定量时(使用16S rRNA基因定量PCR)和定性(使用microbiomics)的总细菌群落的估计最佳的整体性能相结合。

Protocol

环境家禽生产样品1.机械同质化

  1. 在提取之前,设定一水浴中以95℃,并让水浴时间达到该温度。
  2. 称出0.33克土壤或粪便物质的到2ml裂解矩阵E管。
    1. 不超过0.33克在管样品的,因为这会导致以下的解决方案,以超过所述管的容量。
    2. 解冻冷冻样品RT之前称重。
    3. 为了共1克土壤/粪便进行分析,称出3复制0.33克样本为每个单独的环境样本。
    4. 商店样品在萃取前-20℃圆锥形基质管内,如果需要的话。
  3. 添加825微升磷酸钠缓冲液和275微升的PLS溶液到样品管中。混合使用涡旋为〜15秒,然后离心样品在14000×g离心5分钟。
  4. 倒出superna坦并加入700μlBuffer ASL的。混合使用涡旋5秒。
    1. 确保有顶部空间(〜10%总体积)在锥形管可用在这一点上。如果没有顶部空间,该管将有一种倾向在接下来的均化步骤可能导致交叉污染和/或样品损失泄漏。
  5. 将样品成FastPrep 24仪器,并且使样品均质化,在6.0米/秒,40秒的速度。
  6. 离心匀浆样品在14000×g离心5分钟。将上清液转移到一个无菌的2ml微量管中。
  7. 为了最大限度地提高来自样品的DNA回收率,重复步骤1.4至1.6,将上清液合并到同一无菌,加入2ml微量离心管中。

从样品匀浆抑制剂2.酶抑制

注:此协议使用的QIAamp DNA凳子套件。

  1. 孵育上清液在95℃水浴中5分钟,以最大化从上清液内的任何剩余的细胞中的DNA的恢复。
    1. 孵育在70℃下对含有大部分革兰氏阴性生物体的样本。然而,如果革兰氏阳性生物体存在(这是与家禽粪便样品的情况下),孵育在95℃。
    2. 使用在离心管塑料锁定夹以确保该管不会“弹出”开放式和可能丢失的样品体积作为压力可以在这些密封的离心管中建立起来的。
  2. 打开每个微量离心管中以释放压力,再盖的微量离心管,并混合使用涡旋15秒。
  3. 离心样品以14000×g离心1分钟,取出1.2上清液毫升,并将其放置到一个新的无菌的2ml微量管中。
  4. 加1 InhibitEx标签到每个样品中,并混合使用涡旋直到样品变得均匀白色/灰白色液体。
    1. 避免吨ouching所述InhibitEx标签而将其放入装有样品的离心管中。要做到这一点,将直接包含的标签在开放的离心管的泡罩包装,轻轻推离卡的泡罩包装,并移入离心管中。
  5. 孵育在室温(〜25℃)的样品1分钟,离心机在14000×g离心5分钟。
  6. 所有的液体转移到一个无菌的1.5 ml离心管和离心机在14000×g离心5分钟。
    1. 避免传输液体时可能已沉淀在离心管的底部,在步骤2.5的末端任何剩余的颗粒。

使用QIAcube工作站机器人工作站3.自动化DNA纯化

注:塑料消耗品的数量,在离心机内的样本转子适配器的结构中,和缓冲器/溶液的所需体积依赖于NUMBER是正在运行的样品。

  1. 加入洗脱管和过滤管的转子适配器中的适当插槽。对于每个样品,加入400微升至转子适配器的中间槽。根据被纯化的样本数将转子适配器在工作站离心机在正确安排。
    1. 确保所有的离心管盖子被正确地固定在转子适配器中因为不这样做可能会导致在的离心步骤的纯化方案之一剪切。
  2. 加入1000微升和200微升过滤提示所需数量的工作站,并填写所提供的缓冲瓶缓冲所需音量。
    注意:需要这种纯化方案(AL,AW1,AW2,和AE)的缓冲器都包含所述的QIAamp DNA粪便Mini试剂盒之内。用户需要提供所需要的AW BU的100%的乙醇ffers并且如在纯化过程中所用的溶液。
  3. 添加提供的蛋白酶K的解决方案所需要的量进入无菌1.5 ml离心管,并将其放置到工作站上插槽A。此外,添加所需数量(等于样本的数量被净化)2毫升安全锁的离心样品管的RB到工作站的摇床截面。
    1. 保证样品管的盖子被安全地放置在工作站上的相应插槽中,因为不这样做将导致一个错误,当机器开始扫描工作站,以确保所有需要的塑料和液体可用于要求运行。
  4. 使用触摸屏的工作站上,选择DNA凳 - 人类凳 - 病原体检测协议,并通过后续屏幕阅读,以确保工作站被正确加载。一旦所有的检查屏幕被传递,选择开始运行这个协议。
    1. 如果从超过12个样品中提取DNA,开始均质化处理(步骤1)为下一个组样品中,由于12个样本的运行花费〜72分钟,以完成在工作站上。
  5. 从转子适配器在-20℃,直到需要用于后续下游分析取出样品,帽他们,和地点。
    1. 在这一点上,结合了3个重复纯化用于使用离心分离/蒸发为基础的系统的个体的样品(总分析量= 1克)。结合的重复和重新洗脱至100微升的Tris-ETDA缓冲器的最终体积。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

在这项研究中,新鲜的粪便排泄物和垃圾样品从商业肉鸡舍(〜25000鸟)在美国东南部恢复。肉鸡( 鸡内金 )是柯布-500十字架,他们分别为59日龄,在采样的时间。新鲜的粪便和垃圾样本来自四个不同的区域恢复的房子内(靠近散热垫,附近的饮水器/馈线,在饮水器/馈线之间,靠近排风扇),并从这些地区的样本中含有5汇集样品从该区域内。从房子的四个方面的样本中提取定量/定性分别根据样品类型(粪便或枯枝落叶)进行分析。下面呈现的数据表示为整个房子两种环境样品类型的平均值。

总16S rDNA的丰度,包含在样品中的总细菌群落的估计,用先前公布确定编的qPCR协议20,和值使用的DNA的量从每一提取方法回收标准化(基于荧光分析先前21描述三种提取方法中, 图1示出了机械的方法提供一致的最高总细菌归基因丰估计双方的粪便和垃圾样本(5.85±0.16和5.56±0.08日志10 16S rDNA的副本纳克-1 DNA提取,分别);而酶法一直提供最低的粪便和垫料的估计值(4.83±0.54和4.61± 0.13日志10 16S rDNA的拷贝NG -1中提取的DNA,分别地)的新颖的混合的提取方法产生了被发现是显著(P≤0.05)比酶法更高,但在统计学上相似的机械方法,该归一化的16S rDNA的丰度无论是粪便和垃圾样本(5.50±0.16和5.23±0.14日志10 16S rDNA的拷贝纳克-1分别提取的DNA,)。因此,无论是机械的和混合的提取方法,这些样品比酶促方法中所提供的总细菌群落的较大的定性估计。

为了从每个样品类型和提取方法,将microbiomic工作流程在纳瓦斯-莫利纳等人审查,以评估定性的总细菌群落(2013年)22中。总之,在16S rRNA基因的V4区进行PCR扩增用含有MiSeq测序适配器引物和格雷条形码和测序的Illumina MiSeq平台23,24上。原始测序数据,然后在QIIME 1.7.0-dev的25,26,27使用默认参数进行处理。序列数据处理包括:优质的过滤; OTU集群(开放式参考的97%阈值)使用UCLUST 27;<0.005%22 OTU丰过滤级别,31日;使用RDP分类对Greengenes 13_5参考数据库28分类转让;序列比对与PyNAST 29对Greengenes核心组28;系统进化树使用FastTree 30。core_diversity_analyses.py脚本来运行所有α+β多样性指标和生成所有地块,图表和统计资料,在每个样品7865序列的测序深度。

所选择的DNA提取方法显示出对恢复粪便和垫料微生物组明确的影响。起始于门级( 表1),整体数据(占两者粪便和垫料样本)揭示的方法具有(高度破坏性匀化步骤(机械,混合式)典型地产生了社区的革兰氏阳性生物门更高的丰度98.0和97.49%,分别为)相对于所述酶法(81.74%)。相反地​​,革兰氏阴性门类代表整体的细菌群落的酶法(17.49%)相比,无论是机械(1.89%)或混合(2.38%)方法回收的更大的一部分。这对整体microbiomic型材差分提取效果和革兰氏阳性和革兰氏阴性生物体的患病率有效地在属水平证明( 图2)产生的相对类似microbiomic型材,而酶法微生物表明.The机械及混合方法不同的分布恢复类群的相对丰度。例如,spp.in粪便样品革兰氏阴性Alistipes(与A的红色块;总群落的7.71%),提取使用酶促方法被,在指纹为其他两种提取方法严重减少(红色箭头; 0.47 -0.81%),但革兰氏阳性杆菌属。 (用L大紫块)是更普遍降低使用恩茨时ymatic方法(42.71%)相比,机械或混合的方法(分别为57.22%和61.85%)。尽管如此,而类群的相对丰度呈现三个提取方法之间存在一些差异,类群发现的总数是相似的三种方法进行粪便垃圾(96 112个类群)(92 112个类群),无论是和。

酶法不断取得细菌群落以最大的丰富性,多样性和均匀度(使用超1,系统发育多样性和公平性指标,分别)为粪便和垃圾的样品,用机械的方法始终显示为这些生态的最低估计参数( 见表2)。混合方法一贯表现出的生态指标中介其他两种方法。在统计上,从所有样品的生态估计,无论萃取法的,被认为是相似的,尽管酶法并导致显著丰富(p值= 0.045)微生物分析所述垫料样品时相比,机械方法。而提取方法之间没有发现其他显著差异,是典型的酶和机械方法之间发现了生态参数之间的最大差异,与混合方法进行同样好于其他两种方法;类似这些萃取方法的定量评估( 图1)。

图1
图1.定性细菌群落的比较的基础上的DNA提取方法。柱代表平均值日志10 -transformmed 16S rRNA基因拷贝如通过qPCR确定归一对DNA的量从粪便(实心条)或回收的垃圾(虚线柱)样品(基于荧光法测定)。日用于获得这些值E的DNA提取方法标示在x轴上。误差线代表4重复样品之间的标准偏差。每个样品类型(粪便或屑),上述各列中的字母表示基于使用Tukey多重比较检验(P = 0.05)的单向方差分析显著不同的手段。

图2
的DNA提取方法图2.属级microbiomic比较。每一列代表类群恢复的平均总细菌群落(基于16S rRNA基因Illumina的MiSeq数据)每次提取方法粪便(前三栏)和垃圾(最后三列)的样本。每一列代表四种不同的样品来自不同领域的鸡舍内的平均。在列的底部的字母表示抽操作方法(M =机械,E =酶,H =混合)。不同颜色中的每一列表示为每个属整体社区内的一个属,并且颜色的相对丰度是相同的所有列。

表1
的DNA提取方法表1动物门级microbiomic比较,相对丰度(%总回复序列)为2革兰氏阳性(放线菌和厚壁菌门)的每个DNA提取方法和3革兰氏阴性(Bacteriodetes,变形菌,Tenericutes)门类从两个样品类型microbiomic分析回收。

表2
řichness表2.配对比较,对于这两种类型的样品,进行多样性和均匀度的估计基于属级microbiomic细菌群落分析使用QIIME三个DNA提取方法。两两比较的三种可能的提取方法的组合。评估总细菌群落参数包括丰富性(基于系统发育多样性统计β多样性)(基于超1统计α多样性),多样性和均匀度(基于公平性统计)。值代表的4个不同区域的样本均值(标准差)的鸡舍内,和α= 0.05的水平来确定两两比较的意义。 请点击这里查看此表的放大版本。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

所使用的DNA提取方法影响的定量和定性的总细菌群落估计为粪便和垃圾样本,配套样品分析的DNA提取方法依赖性质1,3,6以前见过。对于这两种粪便和垃圾样本的DNA提取方法的性能订的是定量(机械>混合>酶)和质(酶>混合>机械)总细菌群落的估计不同。而混合方法没有产生最高定量或定性的估计,在两种情况下,混合方法产生的统计学相似性能最高的提取方法( 图1,表2),由此产生的定性和定量的总的最佳组合的结果三种提取方法的细菌群落估计测试。应NE指出,细菌群落PROFILES可以通过DNA提取方法的强烈影响,如在此研究( 图2,表1),并使用环境样品4,5,8,9,11,12其他先前的研究结果可以看出,这些不同影响可能强烈影响的研究数据的分析和解释。认识到这一点,研究人员必须认真考虑适当的提取方法为他们的样品类型和实验目标的一项研究,通过学习基础。

一个关键步骤的新颖的混合方法的有效性是强大的均化步骤中,不仅大大地帮助细菌细胞的释放从复粪便/土壤基质,也能分解的革兰氏阳性社区成员的坚韧细胞壁。较高的定量估计( 图1)和微生物组两种提取方法是使用此均化步骤中的较高比例的革兰氏阳性和放线菌的厚壁菌门( 1,2,4-6,9改善社会分析粪便样品先前的研究一致。一旦所述细胞和/或DNA的解离/从这些矩阵释放,使用的混合方法中的“金标准”的酶促方法的高效率地净化从这些样品中的DNA。包含从混合萃取协议内的酶促方法的抑制剂结合的步骤允许更有效地除去在该研究中使用的复杂的环境样品中存在的抑制剂。这一步,​​它是从机械提取协议不存在。因此,混合提取方法,通过加入一个机械均质化步骤的结合酶purificat释放DNA的离子,是一种有效的方法,从环境家禽生产样品总细菌群落的评估。

这种方法,如上所述,包含一些特定的要求,其中的用户将需要知道。第一是采用一个高功率均化以及市售提取试剂盒的某些组件。以往的研究表明,其它机械珠跳动步骤或高倍均质提高DNA提取效率和产量4,5,9;因此,不同类型的机械​​均质化步骤的可以集成到混合的提取方法(尽管可能需要使用不同的专门的设备)。这里描述也混合方法使用珠跳动管专为均化设计和具体为环境样品中以前社区为基础的研究这个裂解基质从家禽样本15的成功是由于,31-33。最后,“金标准”的酶的DNA提取方法(的QIAamp DNA粪便Mini试剂盒)是所必需的混合协议中的样本DNA的酶纯化,因为它已被证明使用粪便样品时是最有效的酶的提取方法3,18,19。虽然不要求使用该机器人工作站(随试剂盒的说明可以用手来执行),利用机器人工作站的大大增加吞吐量,最小化的处理错误,并且导致较高质量的DNA用于进一步下游分析7。这种类型的自动化,使用现有的机械工具包是当前不可用,它代表了混合方法的另一个优点。

目前,在该协议中描述的机器人工作站被限制在72分钟的处理最多12个样品,但初步工作表明,这种方法在更高的吞吐量workstati同样适用上,可以处理在40分钟内96个样品(数据未显示)。这个高得多的吞吐量选项进行进一步的测试将大大提高混合方法的效率,因为更多的样品可以在一个半自动化的方式在一个典型的一天进行处理。此外,使用这种新的DNA提取方法的初步数据表明,它是有效的其他家禽相关的样品( 例如,皮肤/羽绒漂洗,胎体漂洗,盲肠内容匀浆),以及其他类型的环境样品( 例如,农业土壤的,猪的粪便,粪便马,羊粪便,牛粪)。因此,未来的研究需要从许多农业和环境样品确定用于DNA的提取此混合方法的功效。这种方法通过未来的研究进一步验证将可能允许一个更广泛地采用这种方法总细菌群落从各种农业和环境设置评估。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Lysing Matrix E tube MPBio 6914-050 Different sizes available and the last 3 numbers of the cat. No. indicate size (-050 = 50 tubes, -200 = 200 tubes, -1000 = 1,000 tubes)
Sodium Phosphate Solution MPBio 6570-205 Can be purchased individually, or also contained within the FastDNA Spin Kit for feces (Cat. No. 116570200)
PLS Buffer MPBio 6570-201
Buffer ASL (560 ml) Qiagen 19082
FastPrep 24 homogenizer MPBio 116004500 48 x 2 ml HiPrep adapter (Cat. No. 116002527) available to double throughput of mechanical homogenization step
QIAamp DNA Stool Mini Kit Qiagen 51504
QIAcube24 (110V) Qiagen 9001292 Preliminary results show that QIAcube HT (Cat. No. 9001793) can be used to improve throughput, but different consumables are required of this machine and more comparative work needs to be done.
Filter-Tips, 1,000 ml (1024) Qiagen 990352
Filter-Tips, 200 ml (1024) Qiagen 990332
QIAcube Rotor Adapters (10 x 24) Qiagen 990394 For 1.5 ml microcentrifuge tubes included with in the rotor adapter kit there is an alternative.  It is Sarstedt Micro tube 1.5 ml Safety Cap, Cat. No. 72.690
Sample Tubes RB (2 ml) Qiagen 990381 Alternative: Eppendorf Safe-Lok micro test tube, Cat. No. 022363352

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Maukonen, J., Simoes, C., Saarela, M. The currently used commercial DNA-extraction methods give different results of clostridial and actinobacterial populations derived from human fecal samples. FEMS microbiology ecology. 79, 697-708 (2012).
  2. Tang, J. N., et al. An effective method for isolation of DNA from pig faeces and comparison of five different methods. Journal of microbiological. 75, 432-436 (2008).
  3. McOrist, A. L., Jackson, M., Bird, A. R. A comparison of five methods for extraction of bacterial DNA from human faecal samples. Journal of microbiological. 50, 131-139 (2002).
  4. Ariefdjohan, M. W., Savaiano, D. A., Nakatsu, C. H. Comparison of DNA extraction kits for PCR-DGGE analysis of human intestinal microbial communities from fecal specimens. Nutrition journal. 9, 23 (2010).
  5. Carrigg, C., Rice, O., Kavanagh, S., Collins, G., O'Flaherty, V. DNA extraction method affects microbial community profiles from soils and sediment. Applied microbiology and biotechnology. 77, 955-964 (2007).
  6. Smith, B., Li, N., Andersen, A. S., Slotved, H. C., Krogfelt, K. A. Optimising Bacterial DNA Extraction from Faecal Samples: Comparison of Three Methods. The Open microbiology journal. 5, 14-17 (2011).
  7. Claassen, S., et al. A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples. Journal of microbiological. 94, 103-110 (2013).
  8. Scupham, A. J., Jones, J. A., Wesley, I. V. Comparison of DNA extraction methods for analysis of turkey cecal microbiota. Journal of applied microbiology. 102, 401-409 (2007).
  9. Salonen, A., et al. Comparative analysis of fecal DNA extraction methods with phylogenetic microarray: effective recovery of bacterial and archaeal DNA using mechanical cell lysis. Journal of microbiological methods. 81, 127-134 (2010).
  10. Peng, X., et al. Comparison of direct boiling method with commercial kits for extracting fecal microbiome DNA by Illumina sequencing of 16S rRNA tags. Journal of microbiological. 95, 455-462 (2013).
  11. Yuan, S., Cohen, D. B., Ravel, J., Abdo, Z., Forney, L. J. Evaluation of methods for the extraction and purification of DNA from the human microbiome. PloS one. 7, 33865 (2012).
  12. Qu, A., et al. Comparative Metagenomics Reveals Host Specific Metavirulomes and Horizontal Gene Transfer Elements in the Chicken Cecum Microbiome. PloS one. 3, 2945 (2008).
  13. Sekelja, M., et al. Abrupt temporal fluctuations in the chicken fecal microbiota are explained by its gastrointestinal origin. Applied and environmental microbiology. 78, 2941-2948 (2012).
  14. Oakley, B. B., et al. The Poultry-Associated Microbiome: Network Analysis and Farm-to-Fork Characterizations. PloS one. 8, 57190 (2013).
  15. Cook, K. L., Rothrock, M. J., Eiteman, M. A., Lovanh, N., Sistani, K. Evaluation of nitrogen retention and microbial populations in poultry litter treated with chemical, biological or adsorbent amendments. Journal of environmental management. 92, 1760-1766 (2011).
  16. Rothrock, M. J., Cook, K. L., Warren, J. G., Eiteman, M. A., Sistani, K. Microbial mineralization of organic nitrogen forms in poultry litters. Journal of environmental quality. 39, 1848-1857 (2010).
  17. Rothrock, M. J., Cook, K. L., Warren, J. G., Sistani, K. The effect of alum addition on microbial communities in poultry litter. Poultry science. 87, 1493-1503 (2008).
  18. Li, M., et al. Evaluation of QIAamp DNA Stool Mini Kit for ecological studies of gut microbiota. Journal of microbiological. 54, 13-20 (2003).
  19. Dridi, B., Henry, M., El Khechine, A., Raoult, D., Drancourt, M. High precalence of Methanobrevibacter smithii and Methanosphaera stadtmanae detected in the human gut using an improved DNA detection protocol. PloS one. 4, 7063 (2009).
  20. Harms, G., et al. Real-time PCR quantification of nitrifying bacteria in a municipal wastewater treatment plant. Environmental science and technology. 37, 343-351 (2003).
  21. Rothrock, M. J. Comparison of microvolume DNA quantification methods for use with volume-sensitive environmental DNA extracts. Journal of natural and environmental sciences. 2, 34-38 (2011).
  22. Navas-Molina, J. A., et al. Methods in Enzymology. DeLong Edward, F. 531, Academic Press. 371-444 (2013).
  23. Caporaso, J. G., et al. Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms. The ISME journal. 6, 1621-1624 (2012).
  24. Caporaso, J. G., et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 Suppl 1, 4516-4522 (2011).
  25. Caporaso, J. G., et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature methods. 7, 335-336 (2010).
  26. Edgar, R. C., Haas, B. J., Clemente, J. C., Quince, C., Knight, R. UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics. 27, 2194-2200 (2011).
  27. Edgar, R. C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST. Bioinformatics. 26, 2460-2461 (2010).
  28. DeSantis, T. Z., et al. Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB. Applied and environmental microbiology. 72, 5069-5072 (2006).
  29. Caporaso, J. G., et al. PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment. Bioinformatics. 26, 266-267 (2010).
  30. Price, M. N., Dehal, P. S., Arkin, A. P. FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments. PloS one. 5, 9490 (2010).
  31. Cook, K. L., Rothrock, M. J., Lovanh, N., Sorrell, J. K., Loughrin, J. H. Spatial and temporal changes in the microbial community in an anaerobic swine waste treatment lagoon. Anaerobe. 16, 74-82 (2010).
  32. Cook, K. L., Rothrock, M. J., Warren, J. G., Sistani, K. R., Moore, P. A. Effect of alum treatment on the concentration of total and ureolytic microorganisms in poultry litter. Journal of environmental quality. 37, 2360-2367 (2008).
  33. Lovanh, N., Cook, K. L., Rothrock, M. J., Miles, D. M., Sistani, K. Spatial shifts in microbial population structure within poultry litter associated with physicochemical properties. Poultry science. 86, 1840-1849 (2007).

Tags

分子生物学,第94,DNA提取,家禽,环保,粪便,垃圾,半自动化,microbiomics,定量PCR
一种混合DNA提取方法细菌群落的定性和定量评估,从家禽生产样品
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Rothrock Jr., M. J., Hiett, K. L.,More

Rothrock Jr., M. J., Hiett, K. L., Gamble, J., Caudill, A. C., Cicconi-Hogan, K. M., Caporaso, J. G. A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples. J. Vis. Exp. (94), e52161, doi:10.3791/52161 (2014).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter