Abstract
in situハイブリダイゼーション （DNA ISH） における DNAは、特定の染色体領域にシーケンスをマッピングするために一般的に使用される方法である。このアプローチは、計算上のアプローチが法外な課題に直面してヘテロクロマチン領域にマッピング高度反復配列に特に有効である。ここでは、他のDNA ISHプロトコルにおける標準手順ですホルムアミドの洗浄を回避するDNA ISHのための合理化されたプロトコルを記述します。我々のプロトコルは、効果的に異なる昆虫の組織タイプの数にわたって異質染色体領域内の反復DNA配列をマークする蛍光色素を担持する短い一本鎖DNAプローブとのハイブリダイゼーションのために最適化されている。しかし、アプリケーションは、単一コピーの大きいプローブおよび可視化（非反復）のDNA配列で使用するように拡張することができる。私たちは、 キイロショウジョウバエの神経細胞とキョウから押しつぶされた染色体に複数の異なる反復配列をマッピングすることにより、この方法を実証するvitripennis精母。我々は両方の小、商業的に合成されたプローブの比較のために、より大きなプローブのハイブリダイゼーションパターンを示している。この手順は、単純な実験室用品および試薬を使用し、DNA ISHを実施するとの経験がほとんどない研究者に最適です。
Introduction
in situハイブリダイゼーション （DNA ISH） における DNAは、特定の染色体領域にシーケンスをマッピングするために一般的に使用される方法である。長いDNA生成物1,2及びdeoxygeninの取り込みのニックトランスレーションまたは末端標識（DIG）を含む、ユークロマチン内の単一コピー領域へのプローブのアプローチの一握りを介して生成することができますが、多種多様を通じてヌクレオチドおよびそれらの認識を-attachedグループ標識抗体1-3。少数または単一のコピー数の真正染色質系列の可視化は、高い特異的活性または集合シグナルを増強複数の、より小さなプローブのカクテルを持つ単一の、大規模なプローブのいずれかを使用する必要があります。
彼らは通常、数万のブロックとして知られている単一の染色体領域に密集反復の千として存在しているのでこれとは対照的に、そのようなサテライトDNAとしてヘテロクロマチンに見られる高度反復配列は、DNA ISHのために簡単にターゲットである。転移因子はまた、であることができる明確な染色体遺伝子座2で高コピー数で発見。これらのケースでは、低い比活性を持つ単一のプローブは、効果的に複数のサイトで彼らのハイブリダイゼーションのためにヘテロクロマチン系列ラベルを付けることができます。反復配列に対するプローブは、市販の短いオリゴヌクレオチド（30-50 bp）を合成し、化学的に異なる複数の蛍光性基のいずれかと結合体化され得る。ゲノム配列決定技術を用いて、ヘテロクロマチン内の反復配列をマッピングすることにより、高度に反復的な衛星のブロック4-6,7内の建物の足場で遭遇する課題には困難である。現在、ISHは、サブ染色体レベルでのこれらの配列をマッピングする最も効果的な方法として表す。この戦略は、進行中のゲノム及びトランスクリプトーム配列決定研究によって明らかにされている反復配列の多数をマッピングするために重要である。
スライドマウント染色体上の反復配列のマッピングの効率および容易さがGREであろうatly DNA ISHのために単純化されたプロトコルによって強化。例えば、DNA ISHのための既存のプロトコルは、このようにマッピングシーケンスの所要時間と実質的に添加しても高価な試薬のための化学廃棄物を大量に産生する、ホルムアミド溶液中でハイブリダイズ2,8組織の複数回の洗浄を含む。ここでは、ホルムアミドの洗浄の必要性を回避し、基本的な実験装置および試薬を利用して修正されたDNA ISH方法について説明します。この方法は、本来の蛍光色素とコンジュゲートしている、商業的に合成されたオリゴを用いて、 ショウジョウバエ幼虫の神経芽細胞の異質領域において高度に反復DNA配列の迅速なマッピングのために設計された。しかし、この方法はまた、他の手段9,10を介して、複数の異なる組織及び染色体タイプにわたって合成された大きいプローブを使用して反復配列をマッピングするために働く。さらに、この方法は、より長いまたはmultip使用してユークロマチンシーケンスをマッピングするために使用することができるル、関心の真正染色質配列内に短いプローブ。
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1.組織解剖および固定（60分）
- ショウジョウバエの脳の場合は、1×PBS（リン酸緩衝生理食塩水）のドロップ第3齢幼虫を置く。積極的に過密でないバイアルまたはボトルからクロールされている大規模な第3齢幼虫を選択してください。
- 本体の長さ（ 図1A、B）の下2/3をつかむために、口のフックと、別のピンセットのペアのホールドをつかむために1超微細ピンセットのペアを使用してください。脳、腹側神経節、唾液腺と幼虫の消化管の一部が露出するように口のフックに慎重に引き抜いてください。プラスチックペトリプレート上1X PBT（Tweenでリン酸緩衝生理食塩水）の液滴中の他の組織および場所から脳と腹側神経節（ 図1A、B）を分離するためにピンセットを使用してください。
- キョウ精巣解剖のために、男性の3日齢の蛹（赤い目と黄色の体）を選択します。雄キョウが fに対する小翼パッドの長さを有する蛹（ 図1C）中にemales。
- 1ピンセットペアと胸部領域の近くに腹部の上部に蛹を持ち、他のピンセットのペアを使用して、腹部の非常に遠位先端をつかむと、涙形の精巣を引き出し（彼らは脂肪に囲まれて静かに振とうすることができます体; 図1D）。プラスチックペトリプレート上1X PBTの液滴に適切な押しつぶし、と場所を防ぐことができます精巣、からの外装ボディパーツを取り外してください。
- 各スライドについて、4つ、又は5つの組織サンプル（ すなわち 、 ショウジョウバエ幼虫の脳またはキョウ精巣 ）の合計を分析。
注：複数の5つのサンプルは、超満員の核および染色体につながる。 - 必要に応じて、低張液で組織を治療、有糸分裂染色体の真正染色質領域での姉妹染色分体のいくつかの分離を達成するために：5-10 0.5％クエン酸ナトリウムの低下に1X PBTからの脳を転送する（せいぜい10）分ない
NOTE：コルヒチン（有糸分裂阻害剤）中期11で有糸分裂像の数を増加させるために有用であることができる。それが否定的な染色体の解像度に影響を与えることができるので、非常に大きな健康な幼虫が広がり、形態、使用、さらに望ましくている場合は、その使用は不要である。 - クリーンシグマコート処理したカバースリップの表面上に固定液の液滴（〜20μL）（45％酢酸中2.5％パラホルムアルデヒド）を配置します。
注：各使用日の固定剤溶液は新鮮なことを確認します。 45パーセント酢酸中1.8-3.7％のパラホルムアルデヒドに至るまで固定液ソリューションは、魚のために最良の結果をもたらす。脳や精巣以外の組織を使用して、または免疫FISHのためにこのプロトコルを適応すると、別の固定剤を使って実験が必要な場合があり（異なる固定剤のリストについては、12を参照のこと）。 - 注意深く極細ピンセット、小指と固定液滴に解剖バッファー（1×PBT）から各組織サンプルを転送する固定液にバッファを解剖の転送をシュッ。彼らは一様に固定液滴内の互いに離間されるように、組織サンプルを置きます。室温で4分間固定液中で組織をインキュベートする。
- 組織とカバースリップ上にダウンポリリジンコートスライド顔を慎重に配置します。この時点で下に押し、その代わりにカバースリップ、スライドの下にスティックように、2つを軽く接触させないでください。カバースリップが上になるようにスライドを反転。
- ろ紙の折返し片内側スライド/組織/カバースリップを挟む。安定した表面には、非常にしっかりとまっすぐ下に直接カバースリップ上の位置に親指、プレスを使用。 （これは組織の汚れが発生します）カバースリップの滑り横を避けるように注意してください。
- 液体窒素中にスライド/組織/カバースリップ水没（ 図1E、Fで装置を参照）、および窒素が沸騰（長いをf停止するまで放置するINE）。スライドを削除し、すぐに（カミソリの刃で固定組織を傷つけない）上方向にカバースリップの角をフリックで新鮮なカミソリの刃でカバースリップをオフにスナップ。
- ドライアイスのブロックのスライド/組織/カバースリップを予冷、カバーが前に割れからスライドを防ぐことができます液体窒素中に沈めることに1〜2分間、最大スリップ。
- すぐに室温で100％エタノールを充填したコプリンジャーに組織にスライドを配置し、（必要に応じて、この時間を長くすることができる）は、少なくとも5分間放置する。
NOTE：冷100％エタノールを使用することもできる。 - 、組織とスライドを取り外します（固定組織に触れることなく）キムワイプと過剰のエタノールを逃がすし、1時間空気乾燥スライドを残す。
- ステップ2またはハイブリダイゼーションを実行する前に、数ヶ月に低湿度空気中または数週間のための乾燥室で乾燥スライドを維持するために直接進む。
図1：脳を解剖するための幼虫ダウン方法の口のフックをつかむためにどこにするために示された位置との（A） 第3齢ショウジョウバエ幼虫（右）、（*で示される）と2/3。 第3齢ショウジョウバエ幼虫（右）と、このの概略から解剖（左）同じ発達段階A幼虫の概略、幼虫の頭の中の脳の相対的な位置を示した。（B）は 、脳と腹側神経節蛹をつかむために示す位置に3日齢のキョウオス蛹（右）から解剖組織（左）。黄色のボディ·赤目の段階で（C）3日齢キ ョウ蛹 。（D）精巣組腹部の後部に（*で示される）と体の途中。 （左）は概略を描いた男性と女性だったp個の蛹。雄の蛹は、プロファイルを越えて延びる翼を有する雌とは対照的に、矢状プロファイル（黒矢印）を越えて延びない翼によって区別することができる。精巣ペアの相対位置は、雄蛹に示されている。液体窒素の容器中にスライドを浸漬するために使用されるペーパークリップ、及び（F）方法の（E）の装置列。複数のクリップ列が複数のスライドの同時浸漬のために使用することができる。
in situハイブリダイゼーション 2（1日目の30分、長いプローブ·オン2日のために1時間〜2.5時間）
- 1.1倍のハイブリダイゼーション緩衝液20μlに各プローブの1μL（100 NG）を追加します。固定組織の表面上にピペットプローブ/ハイブリダイゼーション緩衝液（組織には手を触れないでください）。
- 慎重にカバースリップが組織の真上に中央に配置されていることを確認して、プローブ/ハイブリダイゼーション緩衝液に直接カバースリップを配置。バッファが目に移行する必要があります気泡を残さず、カバースリップの電子外縁。
注：組織と接触しない小さな気泡がプロシージャに何の問題も引き起こさない。慎重にカバースリップの角を持ち上げ、慎重にスライドの上にバックドロップすることで、大きな気泡を除去します。 - 95°C（カバースリップ上）に予備加熱ブロックの表面上にスライド/組織/カバースリップを置きます。露光を防止するためにアルミホイルの大きなピースでカバー。スライドを5分間95℃でインキュベートしましょう。
注：チューブ用の穴を持つ典型的なヒートブロックがスライド/組織/カバースリップを配置する平坦な表面を提供するために裏返しすることができます。 - それは触ると暖かくなるまで、それは少し冷却させる、スライドを削除します。慎重に、その下に液体を密封するために、カバースリップに張架パラフィルムの一部を包む。
- 湿度チャンバ内の密封されたスライドを配置し、30℃に予熱インキュベーターにチャンバーを配置。 4時間一晩に30℃でインキュベートする。
- 下部に配置湿らせたキムワイプまたはペーパータオルで空の先端ボックスから湿度室または蓋付きタッパーウェアコンテナを作成します。
注：一本鎖DNAオリゴプローブは45-47℃の理論上の融解温度（T m）を達成するために、28〜33塩基であるように設計されている。これらの長さおよびT mの範囲は、我々が研究してきた多くの反復配列がATリッチであるため、非常に低いGC含量を有するという事実を反映する。より長いプローブは、おそらく、より高いT m値を有することになる。これは、30℃の標準的なハイブリダイゼーション温度で、より高いバックグラウンドハイブリダイゼーションを生じ得る。したがって、ハイブリダイゼーション温度を有するいくつかのトラブルが最良の結果を達成するために必要とされてもよい。段階的に、5℃で最高のハイブリダイゼーション温度、増加（または減少）温度を検索するには。
- 下部に配置湿らせたキムワイプまたはペーパータオルで空の先端ボックスから湿度室または蓋付きタッパーウェアコンテナを作成します。
- 慎重にスライドからパラフィルムを除去した後、丁寧にゆっくりと1コーナーを持ち上げてカバースリップを取り外します。ワ0.1×SSC緩衝液中でのshスライドを15分間3回洗浄。光の露出を最小限にするための洗浄中にアルミホイルでコプリンジャーをカバーしています。
- 長いビオチン化プローブを使用していない場合は、2.8に進みます。
- 長いビオチン化プローブを使用している場合は、組織自体に触れないように注意しながら、キムワイプで組織周辺を乾燥させます。組織上のブロッキング溶液を100μlを置き、トラップ気泡を避けるように注意しながら、カバーガラスで優しくカバーしています。パラフィルムでカバースリップ上にスライドをラップし、30分間37℃で配置します。
- 慎重にカバースリップを削除し、キムワイプで組織を中心にブロット。ピペットローダミン - アビジン希釈した1100μlの：組織上のSBTで千とトラップの泡を避けるように注意しながら、カバーガラスで優しくカバーすること。パラフィルムでカバースリップ上にスライドをラップし、30分間37℃で配置します。
- 慎重その後カバースリップを削除して、4倍SSCTで5分間ずつスライドを3回洗浄し、0.1×SSC中で5分間3回ずつ。
注：スライドをより長い期間にわたって洗浄することができる。
- （組織に触れないように）スライドを削除し、余分な緩衝液を除去するために乾燥したキムワイプを用いて組織を中心にブロット。 10〜15分間、または水分が完全に消散するまで、暗所でスライド組織側を上に置きます。
- のVectashieldマウンティング培地をピペットで11μlの（4 '、6-ジアミジノ-2-フェニルインドールDAPI）組織へ。慎重に直接封入剤と組織の中心部のきれいなカバースリップ（シグマコートで処理されていない）を配置します。封入剤は、カバースリップの端に向かって外側へゆっくりと移行する必要があります。
注：封入剤は、すべての側面にカバースリップの縁に到達するのに失敗した場合は、封入剤の追加の1-2μlの必要な体積を埋めるためにカバースリップの縁の一つの位置に適用することができる。この場合は、前のスライド表面から余分なメディアを離れて拭いてくださいシーリング。 - マニキュアでカバースリップの端をシール。組織サンプルの上にマニキュアを塗ることは避けてください。
- 暗い場所で直立スライドを置き、完全にハード（通常は30分以上）まで、ネイルポリッシュ乾燥させる。この時点で、画像後でイメージングのため最大1週間-20℃で組織またはストア。
バッファ/ソリューションのレシピ
10倍のPBS
- 80グラムのNaCl
- 2.0グラムのKCl
- 14.4グラムのNa 2 HPO 4
- 2.4グラムのKH 2 PO 4
- 7.4にpHを、H 2 Oに1 L
1X PBT
- 5ミリリットル10倍のPBS
- 45ミリリットルのH 2 O
- 0.1％のTween 20
20X SSC
- 175.3グラムのNaCl
- 88.2グラムクエン酸ナトリウム
- 800ミリリットルのH 2 O中
- 7のpHを、H 2 Oの1 L
4X SSCT
- 200ミリリットル20X SSC
- 799ミリリットルのH 2
- 0.1％のTween 20
0.1×SSC
- 5ミリリットル20X SSC
- 995ミリリットルのH 2 O
ハイブリダイゼーション混合物（20μL; 11から変更）
- 10μlのホルムアミド
- 4μlの50％のデキストラン硫酸
- 2μlの20X SSC
- 4μlのH 2 O
SBT 8（10ml）中
- 2ミリリットル20X SSC
- 0.01グラムのウシ血清アルブミン（BSA）
- 10μlのトゥイーン20
- 7.9ミリリットルのH 2 O
ブロッキング溶液8（10ml）中
- 0.3グラムのBSA
- 10μlのトゥイーン20
- 2ミリリットル20X SSC
- 8ミリリットルのH 2 O
パラホルムアルデヒド固定液（1ml）を
- 393.75μlのH 2 O（最初の水を追加）
- 450μlの氷酢酸
- 156.25μlの16％のパラホルムアルデヒド
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
いくつかの異なる組織からの染色体に、;この方法を実証するために、我々は、化学的に蛍光複合体（ 図2）と（ 図2B PCR産物のニックトランスレーションを通じて行わ）長いビオチン化プローブで修飾した小型の商業的に合成されたオリゴのセットをハイブリダイズタイプ（ 表1参照）。標的配列は、D.から有糸分裂染色体の動原体周囲（ヘテロクロマチン）領域に位置するサテライトリピートを含ま蛹Nから幼虫の神経芽細胞（ 図2A-C）、および減数分裂の染色体キイロvitripennis精巣（ 図2D）。これらの場合の各々でのハイブリダイゼーションは、サブ染色体領域に離散的なバンドパターンを明らかにした。言及する価値が一つのポイントは、Dにプローブということですキイロ 359 bpのサテライト反復は、X上で大規模なマルチメガベースのペアブロック、および第3染色体上の非常に小さい領域の両方を認識し、（ 図2A）。 レスポンダ衛星に対してより長いプローブはまた、比較的低い繰り返しコピー数（; 図2B〜700コピー）からなる繰り返しブロックを検出します。したがって、この方法は、非常に小型衛星ブロックの可視化を可能にする。染色体構造及び染色体の同定の助けを明らかにする手助けするためには、（ステップ1.5参照）、低張液で染色体を治療するのに有用であり得る。図形パネル2B及び2Cにおける組織は、それぞれ5および10分間の低張液で処理した。姉妹染色の分離がより長い処理（ 図2C）と大きいことに注意してください。
図2：D.から（A）幼虫の神経芽細胞の染色体へのin situハイブリダイゼーション DNA キイロ /D.シミュハイブリッド; D.から（B）及び（C）幼虫の神経芽細胞染色体（D）宝石WASP キョウvitripennisの蛹精巣組織から減数分裂の染色体、 キイロ低張液（解剖と固定工程1を参照）で処理した。 （A）は、緑の矢印は、D上AATAT衛星の小さな領域を示しD.上のAATATに緑色の矢印のポイントしばらく染色体番目の シミュ 4、 キイロ X染色体。赤矢印はDに359 bpの衛星の小さな領域を強調赤い矢印はXで359 bpの配列をマークしながらキイロ 第3染色体は、（A）のすべての衛星は短く、蛍光標識されたオリゴとハイブリダイズさせた。 （B）は、緑のシグナルはAAGAG衛星（合成されたオリゴ）に対応し、赤の信号が120 bpのレスポンダ衛星 （ビオチン化プローブであるマーク赤い矢印付き）。（C）短い蛍光標識したオリゴ（赤い矢印）と同じレスポンダ衛星 。 （D）では、赤い矢印はNの自然個体群に見られる非本質的な、過剰のB染色体で一意に父親の性比（PSR）染色体上に位置している衛星を、マーク緑色の矢印が正常な染色体の1に衛星を示しながら、13を vitripennis。このハイブリダイゼーションは、短い、蛍光標識されたオリゴを用いて行った。すべてのプローブは、表1に詳述されている。パネル内のスケールバー（A）は 10μmである。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。
| プローブ名 | プローブタイプ | オリゴ | |
| AAGAG衛星 | オリゴ | （AAGAG）7 | 5 '6-FAM（フルオレセイン） |
| AATAT衛星 | オリゴ | （AATAT）6 | 5'-Cy3を |
| 359-BP衛星 | オリゴ | TTT TCC AAA TTT CGG TCA TCA AAT AATのCAT | 5'-Alexa555 |
| PSR衛星 | オリゴ | TGTのAAC TGG AAA AGG AAA ATG TAT TAT TGA | 5'-Alexa555 |
| キョウの常染色体衛星 | オリゴ | AAT TTT GTG AAT TTT GGT GTC TCC ATC | 5'-Alexa633 |
| 応答者 | PCR | F-5 'GGA AAA TCA CCC ATT TTG ATC GC | ビオチン-14-dATPを |
| R-5 'CCG AAT TCA AGT ACC AGA C |
表1：図2で使用される種類のプローブ。
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
DNA ISHは、しばしば、染色体に特異的な配列をマッピングするために使用される。我々は、高コピー数、ヘテロクロマチンの配列のために最適化DNA ISHのための簡単な方法を記載している。むしろ、他の既存のDNA ISHプロトコールにおいて必要条件で、ホルムアミド溶液中での洗浄を使用するのではなく、我々は、DNAを変性させるために予め加熱されたブロックに直接組織に取り付けられたスライドを置く。この方法は、ホルムアミド、大量の使用を回避する。鮮明なハイブリダイゼーションシグナルを産生するための1つの重要な工程は、たて固定液を使用することである。これを行うには失敗（または1ヶ月以上オープンされているホルムアルデヒドで新しいソリューションを作成する）は、信号の解像度を減少させることができる。この方法の制限は、他のDNA ISHプロトコルのように、ハイブリダイゼーション温度は、標的外の配列に偽ハイブリダイゼーションを排除するために最適化を必要とし得る、ということである。
このプロトコルは、シングルfluoropとコンジュゲートしたssDNAプローブ敏感-短い分子当たりホア（ 例えば、700〜Rspが反復 ; 図2C）比較的低い反復コピー数と繰り返しのブロックを検出することができる。より少ない反復を有する衛星ブロックへ信号が高感度デジタルカメラを用いて、短い一本鎖DNAプローブを用いて可視化することができる。ここには示していないが、この方法はまた、ユークロマチン10における非反復配列をマッピングするのに有効である。長い、ビオチン化プローブを使用すると、信号の低コピー数の配列を検出する際に、柔軟性が高く、容易にビオチン化抗アビジンおよびローダミン-アビジン9の繰り返し処理により増幅することができる。シングルコピー配列を視覚化するために、配列にまたがる複数のプローブが必要となることがある。あるいは、目的の配列を含む細菌人工染色体（BAC）は、非反復配列10のためのプローブとして使用するために、ニックトランスレーション、ランダムプライミングを介して標識することができる。細かいスケール上の配列をマッピングするには、プローブがdifferenターゲットトン反復（異なる蛍光各）は、他のリピートと染色体上の構造のランドマークに対する標的配列の位置を取得するために同時に使用することができる。我々はここでは2つのプローブ（ 図2A、B、D）を使用しながら、プローブの数は、容易に利用可能な異なる顕微鏡蛍光フィルタの数に応じて、3 10以上にすることができる。このプロトコルは、他の組織、我々はプロトコルが唾液腺から多糸染色体スカッシュでうまく動作することを確認したにも拡張することができる。これは、この方法は、クロマチンタンパク質の免疫染色と結合させることが考えられる。しかしそれは免疫染色は、最初のステップとして実行され、DNA ISH中に抗体の損失を防ぐために、DNA ISH前にホルムアルデヒドで再固定が続くことをお勧めします。
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Poly-L-lysine coated slides (regular slides also can be used) | Sigma Aldrich | ||
| Ultrafine tweezers (5 gauge) | Dumont | ||
| 22 x 22 mm cover slips | Fisher | Sigmacote-treated by immersion for 15 sec, blotting dry, and wiping away all traces of Sigmacote so that cover slip is clear | |
| Sigmacote | Sigma | ||
| Filter paper | 75 - 150 mm | ||
| Paraffin wax paper | |||
| Heat block with thermometer | |||
| Dry incubator | |||
| Razor blades | |||
| Humidity chamber | empty pipette tip box or Tupperware, lined with moistened paper towels or Kimwipes | ||
| Coplin jars | with slide grooves | ||
| Aluminum foil | |||
| Pasteur pipettes | |||
| 1.5 ml microfuge tubes | |||
| Nail polish | clear or colored | ||
| P20 micropipette and plastic tips | |||
| Paperclips | 20 - 25 standard metal paperclips linked to form a chain | ||
| Reagents | |||
| 16% EM grade paraformaldehyde | Electron Microscopy Reagents | ||
| Acetic acid | Sigma | ||
| Liquid nitrogen | |||
| 100% Ethanol, chemical grade | |||
| Commercially synthesized, fluorescently labeled oligos | |||
| Long biotinylated probe | Invitrogen; Alternative steps 2.7.1-2.7.3 | e.g., nick translated and biotinylated with BioNick from Invitrogen | |
| Rhodamine-Avidin | Roche; Alternative steps 2.7.1-2.7.3 | for detection of long biotinylated probe | |
| Hybridization buffer | Recipe above | ||
| 4x SSCT | Recipe above | saline-sodium citrate + Tween | |
| 0.1x SSC | Recipe above | saline-sodium citrate | |
| Blocking solution | Recipe above | ||
| SBT | Recipe above | SSC, bovine serum albumin, Tween | |
| 1x PBT | Recipe above | phosphate-buffered saline + Tween | |
| 1x PBS | phosphate-buffered saline | ||
| Hypotonic solution | 0.5% sodium citrate in H2O | ||
| Formamide | Sigma Aldrich | ||
| Vectashield mounting medium with DAPI | Vector laboratories | ||
References
- Blattes, R., Kas, E. Fluorescent in situ hybridization (FISH) on diploid nuclei and mitotic chromosomes from Drosophila melanogaster larval tissues. Cold Spring Harbor Protocols. 2009 (9), (2009).
- Dimitri, P. Fluorescent in situ hybridization with transposable element probes to mitotic chromosomal heterochromatin of Drosophila. Methods in Molecular Biology. 260, 29-39 (2004).
- Pardue, M. L. In situ hybridization to polytene chromosomes in Drosophila using digoxigenin-labeled probes. Cold Spring Harbor Protocols. 2011 (8), 1003-1006 (2011).
- Hoskins, R. A., et al. Heterochromatic sequences in a Drosophila whole-genome shotgun assembly. Genome Biology. 3 (12), (2002).
- Hoskins, R. A., et al. Sequence finishing and mapping of Drosophila melanogaster heterochromatin. Science. 316 (58331), 1625-1628 (2007).
- Treangen, T. J., Salzberg, S. L. Repetitive DNA and next-generation sequencing: computational challenges and solutions. Nature Reviews Genetics. 13 (1), 36-46 (2012).
- He, B., et al. Mapping the pericentric heterochromatin by comparative genomic hybridization analysis and chromosome deletions in Drosophila melanogaster. Genome Research. 22 (12), 2507-2519 (2012).
- Pimpinelli, S., Bonaccorsi, S., Fanti, L., Gatti, M. Fluorescent in situ hybridization (FISH) of mitotic chromosomes from Drosophila larval brain. Cold Spring Harbor Protocols. 2010 (3), (2010).
- Larracuente, A. M., Noor, M. A., Clark, A. G. Translocation of Y-linked genes to the dot chromosome in Drosophila pseudoobscura. Molecular Biology and Evolution. 27 (7), 1612-1620 (2010).
- Ferree, P. M., Barbash, D. A. Species-specific heterochromatin prevents mitotic chromosome segregation to cause hybrid lethality in Drosophila. PLoS Biology. 7 (10), e1000234 (2009).
- Williams, B. C., Karr, T. L., Montgomery, J. M., Goldberg, M. L. The Drosophila l(1)zw10 gene product, required for accurate mitotic chromosome segregation, is redistributed at anaphase onset. The Journal of Cell Biology. 118 (4), 759-773 (1992).
- Gatti, M., Bonaccorsi, S., Pimpinelli, S. Looking at Drosophila Mitotic Chromosomes. Methods in Cell Biology. 44, 371-391 (1994).
- Werren, J. H., Stouthamer, R. PSR (paternal sex ratio) chromosomes: the ultimate selfish genetic elements. Genetica. 117 (1), 85-101 (2003).
