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Chemistry

对于DNA折纸分析和实验准备云母和硅衬底

doi: 10.3791/52972 Published: July 23, 2015

Introduction

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于2006年首次推出,脱氧核糖核酸折纸利用DNA寡核苷酸的自组装性质,以产生可设计和高度有序的纳米结构。1结构的无数已经报道,从笑脸到锁存三维盒2的DNA折纸可以被官能与各种生物分子和纳米结构,从而引起研究应用在纳米电子学,医学,和量子计算。3然而,分析和许多未来的应用不仅取决于结构设计,而且还取决于该DNA折纸纳米结构表面的粘合性。在这个手稿中描述的方法涉及的DNA折纸样品对两种类型的衬底的制备:云母和官能化的氧化硅。

云母是,选择的基板为脱氧核糖核酸折纸的研究,因为它是原子级平坦,有一层0.37高度毫微米±0.02纳米。4也EAS随手清理,使样品制备和原子力显微镜(AFM)的研究简单。白云母含有钾在各解理面的高密度,但这些离子扩散远离云母表面在水中时。以介导的DNA折纸的结合到云母基板, 离子被用来反转云母的负电荷和静电结合的DNA磷酸骨架到基板( 1A)。5混合物退火的DNA中的大的存在订书钉链过度给高覆盖和良好的图像上云母因为DNA的折纸与Mg 2+ -terminated表面的粘附力比单链寡核苷酸(短链)的粘合更强。其它带正电的离子,包括镍2+和Co 2+可以用来控制DNA对云母的粘合。6,7-改变在溶液中可以介导阿德一价和二价阳离子的浓度DNA的折纸锡永和表面扩散速率。8然而,该协议用 ​​于制备云母基板和沉积并冲洗折纸通常没有明确发表的手稿。9描述没有一个明确的协议,可重复的结果可能是很难获得的。

云母是绝缘体,因此它是不适合作为底物在纳米电子学的一些应用。硅钝化的薄同质氧化物具有所需的电特性,包括与现有互补金属氧化物半导体(CMOS)处理的兼容性来创建输入/输出结构和地形特征。存储在空中硅片与钝化无论是厚的热氧化物或薄的自然氧化膜是比较脏的,具有较高的微粒计数。氧化硅具有低得多的表面电荷密度比云母,和电荷密度是高度依赖于氧化物制备和历史。在镁离子浓度ABO已经150mM的,矩形的DNA折纸的良好覆盖范围(最多4个/μm2)可以在氧等离子体处理的硅衬底来实现;然而,该浓度和覆盖可以根据尺寸和纳米结构的设计被用来改变。10的另一种协议用 ​​于调谐表面电荷是3-氨基丙基硅烷(APTES)( 图1B)的阳离子自组装单层附着到氧化物。上APTES伯胺可以在低于9的pH值11对于APTES的完整单层可以成功存入被质子化,修改衬底的电荷和疏水性,对硅必须适当使用美国无线电公司(RCA)的协议清洁。这些协议包括在氢氧化铵和过氧化氢溶液(RCA1)处理以去除有机残留物和颗粒污染物。简要蚀刻在氢氟酸水溶液中移除沿与原生氧化层即坚持以任何氧化离子污染物。最后,将样品暴露于盐酸和过氧化氢 ​​溶液(RCA2)以除去金属和离子污染物,并形成薄,均匀的氧化层12最洁净室已指定罩在CMOS清洗协议,与什么可以使用严格的规定在这些区域。一个常见的问题出现在离子如钠,它可以通过创建midbandgap陷阱扰乱的CMOS结构的电子特性的形式。13离子常用于DNA的折纸制备和沉积缓冲器可能污染的CMOS浴和会导致使用其他研究者的问题洁净室。出于这个原因,我们组采用的是'脏'的CMOS清洗替补安排专门用于DNA折纸研究的小样本。这个过程是一个很好的替代传统的洁净室的设置和可以适于没有获得洁净室的CMOS长凳实验室。

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Protocol

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1.实验计划和备料

  1. 确定将在实验中使用的DNA折纸的设计,浓度,和功能性。14-16这里,我们使用在1×TAE制备/ 离子的溶液(40毫摩尔Tris-碱,20mM的一种DNA折纸矩形设计乙酸,2毫摩尔EDTA和12mM的乙酸镁,pH值8.0)。17
  2. 高压灭菌所有的提示,管和容器使用。这些材料都必须兼容釜。
  3. 准备无菌水供应用于冲洗。填写无菌罐约500毫升18MΩx厘米的水,放在一个烤盘,煮沸5分钟,盖关闭,并采取罐子离开烤盘中,放凉的盖子放置在容器上,但没有拧紧。存放在冰箱和每个月或在必要时准备一个新的供应。

2.准备云母基材

  1. 切割衬底,以适当的大小(1厘米×1cm的正方形),用剪刀。云母是薄和脆。可替换地,购买云母中,不需要切割圆盘形式。
  2. 切割用双面胶带的云母。云母是由矿物由嵌入离子分离的层,每一层可以当粘附到双面胶带上剥离。18
    1. 将云母正方形的双面胶带仍处于胶带分配器,确保它被牢固地附着于磁带上。小心地将云母和磁带之间的镊子,最上面的层将被删除,并保持在磁带上。立即拆除后,云母方将拥有干净的一面朝下。确保存储在容器之前翻转云母过来。
    2. 重复此三至四次,以确保完全除去最上层和充足的清洗。
  3. 可替代地,粘附云母到容器或台式用一块双面胶带和使用第二片送剔和剥离顶端最云母层。云母将在两种情况下被适当地清洁,虽然替代方法使沉积DNA和漂洗和干燥样品困难的,因为在第二粘附在载体上。

3.存入DNA折纸上云母

  1. 简要地说,使用涡旋混合器,以确保即使在溶液的纳米结构分散混合的DNA折纸的小瓶中。
  2. 吸管4微升溶液涂布的云母,确保枪头不接触衬底。留在云母的DNA折纸约10分钟,以确保足够的覆盖范围。沉积时间将根据DNA的折纸的使用,以及所期望的覆盖范围的浓度( 图23)会发生变化。
    1. 冲洗DNA折纸术的解决方案还是使用100微升无菌水通过水槽或其他液体容器云母基板。拿起用镊子云母。吸取上的水基材,具有朝向镊子的末端的液滴的流动。摇用锋利的运动向下的云母以除去多余的水。握住镊子直立,使得水将流向镊子,以避免样品污染。
  3. 干燥氮气源源不断(N 2),持续1分钟的基板上。确保任何多余的水被除去。一个额外的100微升无菌水反复冲洗。干燥用N 2衬底另外3分钟。完全干性基板是必要的成功原子力显微镜(AFM)分析( 图4)。
  4. 分析使用AFM或储存于密闭容器中的基板。

4. CMOS /硅清洁套装式

  1. 注意:当使用CMOS设置,使用个人防护装备在任何时候。该试剂包括强酸,强碱,氢氟酸(HF)和强氧化剂而CAn,其中废溶剂发生反应试剂,如果不妥善处理。坚持以下安全防范措施:
    1. 众议院CMOS板凳在化学罩,没有其他进程或调校。
    2. 使用CMOS替补席上的时候,要戴上丁腈手套,实验室外套,护目镜,大型工业丁腈手套,围裙溢出,并在任何时候都面罩。
    3. 用塑料桶作为二级防护解决方案时准备。
    4. 使用的惰性氟化聚合物测量烧杯用于处理浓HF。
    5. 使葡萄糖酸钙软膏可作为任何皮肤接触急救。
    6. 只允许经过适当培训的人员进行处理。
    7. 始终确保实验室的另一名成员是目前在紧急情况下。
    8. 保持MSDS信息引擎盖附近的所有化学品。
    9. 熟悉的机构或公司的化学品泄漏和暴露的政策。
      注:HF容易渗透皮肤并且是钙清道夫,如果发生接触骨骼的影响和损坏的神经。皮肤暴露于浓氢氟酸几毫升可能是危险的,甚至是致命的。建立必要的防范措施,以确保不发生接触。
  2. 在单独的电炉单独250ml玻璃烧杯进行RCA1和RCA2。每个烧杯中应该包含一个搅拌棒。监视使用温度计夹紧所以搅拌棒不爆炸到灯泡的溶液的温度。覆盖用表玻璃,以减少蒸发的影响的烧杯中。
  3. RCA1准备
    1. 放置加入50ml 18MΩx厘米水成使用测量烧杯指定RCA1烧杯中。
    2. 加入15mL浓氢氧化铵(NH 4 OH)的烧杯中。冲洗,用25毫升水的测量烧杯和漂洗水添加到RCA1烧杯中。
    3. 打开上热板的热量和搅拌器并使RCA1浴至70℃。 加入15mL 30%过氧化氢 ​​(H 2 O 2)至RCA1烧杯中。使用在1小时内的RCA1溶液中 H 2 O 2后已被添加。镀液可以三天的跨度内多次使用如果15毫升过氧化物每次加入到浴中。
    4. 用清水彻底冲洗测量烧杯中,将清洗液倒掉在适当的RCA1废液瓶。
  4. RCA2准备
    1. 加70毫升18MΩx厘米水使用彻底冲洗测量烧杯指定RCA2烧杯中。
    2. 添加15ml浓盐酸(HCl)的。冲洗用20毫升水的测量烧杯中,并把它添加到RCA2烧杯中。
    3. 增加热量,搅拌热板的速度,直到溶液达到70℃。
    4. 添加15毫升30%H 2 O 2的。像RCA1浴,使用该溶液在1小时内从当H 2 O 2的加入;另外,在浴可以三天的跨度内重复使用多次,如果将15ml的H 2 O 2的每次使用前加入。
  5. HF溶液的制备
    1. 放置50ml水在惰性含氟聚合物烧杯中。
    2. 措施4毫升的塑料测量烧杯浓氢氟酸(49%)的,并把它添加到惰性含氟聚合物烧杯中。
    3. 冲洗出来的塑料测量烧杯中总共50毫升的水,加入的清洗水,以高频烧杯中。用清水彻底洗出测量烧杯中,并丢弃在指定HF废弃物容器洗涤。

5.准备和清洁硅衬底

  1. 切割硅晶片到晶片
    1. 识别在硅晶片的平坦研磨面的垂直和平行晶格方向。这些方向来帮助裂解广场更容易。下面的说明适用于cleav荷兰国际集团的硅<110>,可能不适合于其他结晶取向。
    2. 放置在硅晶片上的软表面抛光的正面朝上,如卫生巾。使用钻石尖笔抄写,沿主平边晶圆轻轻缺口底部。放置一个小金属丝,例如回形针,下面的切口,并轻轻放置手指或镊子上切口的任一侧并压下压力施加到晶片。这样做将分开晶圆成两半沿着自然裂开方向晶格线。
    3. 在另一卫生巾,用铅笔和直尺,量出的平方的期望的宽度由在顶层和卫生巾的底部标示的点。连接这些点用直线。这将作为一个指导方针,甚至方形的形状。
    4. 放置晶片的一个半部边先测量的线之间的冲洗对线卫生巾和在步骤5.1.2重复将新鲜破碎垂直PIEC现在上课应的切割正方形的宽度。转晶片水平上的卫生巾。把它放在垂直线之间以及在步骤5.1.2重复这个过程。
    5. 存储新鲜切割晶圆芯片在干净的小瓶中装满去离子水,以防止刮伤。硅芯片可以无限期地存储,但在开始之前,实验应清洗。
  2. 硅CMOS清洁
    1. 当RCA1溶液达到适当的温度,用惰性含氟聚合物篮子“直径的2淹没八到十为1cm×4cm的硅晶片中的溶液中。氧的气泡将形成在芯片和烧杯壁。如果没有气泡产生时,H 2 O 2的劣化。离开芯片在10到20分钟的溶液中,搅拌该筐上下每隔几分钟,以保持芯片粘在一起。
    2. 提起含有硅芯片组成的篮子,沥干。移动篮下牛逼多Ø废物烧杯中,用18MΩx厘米的水彻底冲洗。沉浸在洗涤烧杯中,并轻摇上下持续20秒。排水篮下用清水彻底冲洗过的废烧杯中。清空废烧杯存入指定RCA1废液瓶,并重新注入水。
    3. 后RCA1清洗完成后,将篮放入1:50的HF烧杯为10至20秒。使用温和的向上和向下运动的混合芯片和高频。提起水桶扣篮让HF排完全离开。
      注:该芯片的表面应该是疏水的;水不会弄湿芯片,而是形成具有高的接触角的液滴。这表明,在氧化硅已被蚀刻掉,并在芯片现在由Si-H键终止。
    4. 将洗烧杯和冲洗烧杯在一个塑料桶,将篮子在漂洗烧杯中,用清水冲洗18MΩx厘米的水。浸没篮到洗涤烧杯并搅拌20秒。
    5. 完成第二漏极和RINSË周期18MΩx厘米的水。倾倒的洗涤水进入漂洗烧杯中,并重新填充洗涤烧杯中的水。倒入所有废物到指定的塑料HF废液瓶。
    6. 当RCA2溶液达到适当的温度,淹没用筐的硅芯片中的解决方案。留在10至20分钟的溶液中。现在该芯片将亲水由于薄(1-2纳米)的氧化膜的生长。
    7. 时间适量后删除并遵循同样的程序冲洗为RCA1。处置废弃物相应的RCA2废物容器中。从篮子用塑料镊子取出每块芯片,用清水冲洗干净,吹干氮气。
    8. 储屑在一个塑料晶片盒或以18MΩ的x厘米水的小瓶。当清洗后为3天左右储存在水中的硅将保持清洁。确保工作区域进行适当的清理和CMOS手套的外观已经冲。离开CM在引擎盖操作系统手套干燥。

6.存入DNA折纸上APTES官能硅

  1. 硅自组装单分子层形成
    1. 温馨APTES到RT开幕前。如果瓶子太冷,可能会出现冷凝,在储存期间引起APTES的水解。加入1980微升18MΩx厘米的水和20微升的APTES到一个干净的闪烁瓶和漩涡混合。立即使用此解决方案。
    2. 放置一个清洁的硅芯片的反射侧上放入闪烁瓶中,盖住它,并让坐20分钟。使用镊子取下芯片并冲洗用200μl水和干燥1分钟以N 2流。
  2. 沉积DNA折纸上APTES功能化硅
    注意:该步骤上官能硅沉积的DNA折纸类似于那些用于沉积在云母上。
    1. 简言之混合DNA折纸瓶和吸管4微升解决方案到硅衬底上。如果必要的话,增加用于覆盖整个衬底作为官能硅比云母基材更加疏水的DNA折纸溶液的体积。使用玻璃盖玻片按沉积溶液向下和防止在长期沉积的蒸发。
    2. 让该溶液静置的时间所必需的量为所用的浓度和期望的覆盖( 见图23的时间和浓度对表面覆盖的效果)。冲洗基板用100μl无菌18MΩ的x厘米水和干燥用N 2 1分钟。
    3. 重复该漂洗用另外100微升无菌水和干燥用N 2基板3分钟。
    4. 样品储存在一个干净的容器中,直到进一步的实验或成像可以执行。样品开始后约一到两周的存储,显示微粒积累取决于如何亩CH处理它们。

7. AFM成像和DNA折纸样品图像分析

  1. 在空气震动模式下成像的目的使用原子力显微镜。轻敲模式可以确保最小的力将被施加到脆弱纳米结构相比,接触模式。
    注意:摄像参数将取决于仪器。提出的所有图像采用多模纳秒示波器IIIa受体抓获。
  2. 选择AFM探针用于非接触/轻敲在空气模式,具有金反射涂层,〜300 kHz的谐振频率(标称值),力常数为40N / m和尖端半径<10纳米的。
  3. 处理和分析的NanoScope使用分析软件原子力显微镜图像。使用ImageJ执行覆盖率计算。19

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Representative Results

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两个变量决定了DNA折纸术的覆盖面在基板上:溶液浓度和接触时间。之前已经报道了DNA的折纸对云母的吸附特性和APTES官能硅氧化物13在沉积溶液和云母的最终覆盖范围的DNA折纸的浓度之间的关系总结于表1图2,示出浓度增加的结果在更大的覆盖范围。结合的时间依赖性见于图3。表面覆盖先前研究,以量化的DNA折纸云母的结合行为和改性氧化硅的表面。在12毫米的镁DNA折纸在1X TAE缓冲液有83.3%±3.1%的覆盖率在30分钟后吸收时间在表面上云母。在氧化硅最大覆盖改性APTES的SAM 60分钟,这是小于上云母的最大覆盖范围之后被观察到。一个需要更长的沉积时间,如果一个高表面覆盖上需要APTES官能硅氧化物。

有几个变量,可导致样品制备较差。最麻烦的是冲洗和干燥不足。如果缓冲溶液没有被正确清洗,大的聚集体形成在基板( 图4A)。 “DNA折纸术孤岛”当纳米结构坚持以镁盐的表面( 图4B)的补丁程序得到遵守。最后,覆盖率高的样品,也可以有多余的缓冲液成分的个DNA折纸( 图4C),这使得它很难区分使用原子力显微镜的纳米结构之间的桥接。这些结果可避免经过彻底冲洗和干燥协议为云母,硅等基板。

在氧化硅衬底APTES膜的形成可能会带来的问题也是如此。硅片有必须除去粗氧化硅层和改性,可以官能化之前更光滑,更薄的氧化硅层。一个正确清洗硅衬底示于图5A。在清洗硅晶片的,重要的是要确保的硅芯片的数量不太高,因为它有可能为两个芯片成为卡住彼此,阻断暴露于试剂( 图5B)。如果清洗硅已存储在18MΩ的x厘米水为一周以上,所述污染物层将改革和二次清理是必要的。该APTES供应量也可能会导致问题的样品制备。 APTES易于通过水解聚合,这是基础的单分子层形成。20这种聚合的程度依赖于水的APTES暴露于浓度。随着时间的推移和使用次数,有可能为水冷凝APTES瓶内并污染供电。所得聚合产生一个粘附到衬底( 图5C)大的聚集体。增加粗糙度和聚集的存在使得使用AFM难以识别的DNA纳米结构。这是很好的做法存储APTES瓶在一个塑料袋在冰箱里,并让APTES瓶加热到室温打开以避免水汽凝结之前。

图1
图1的示意性比较(A)上的云母和(B)的结合机构用于DNA折纸APTES官能硅氧化物(未按比例)。与云母结合是由二价阳离子,通常是离子的存在下介导的。质子化胺的单层终止3-氨是用来促进在氧化硅基材上的附着力。

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图2. AFM图像示出后的(A)中为2nM,(B)的4纳米,和(C)6纳米云母,高度尺度为所有图像为5nm 10分钟的沉积变量覆盖

图3
图3.趋势表面覆盖2纳米DNA折纸在1X TAE缓冲液,12毫米离子。MICA =紫线和圆圈标记,APTES =黄线和三角形标记。 N =在测定标准误差3。

图4
图4.差冲洗和干燥可引起(A)的溶液聚合在基板上,(B)的DNA的折纸岛屿,和(C)桥接纳米结构上在过量缓冲盐中存在高覆盖率的样品的高度规模对所有图片为5nm。

图5
图5(A)的清洁硅应具有的RMS粗糙度小于0.5埃以上1平方微米。一个完整的APTES SAM沉积在良好天然氧化物应具有的RMS粗糙度小于1埃以上1平方微米。(B)的 APTES上形成的不完全清洁的氧化硅用的2.29纳米超过1平方微米的RMS粗糙度的膜。 。注意APTES薄膜的缝隙和粗糙(C)APTES从表面污染APTES冷凝浪费的样本形成;水解在APTES瓶形成大颗粒。身高刻度所有图像为5nm。

云母基材与varyin 表1百分比覆盖测量微克DNA折纸的溶液浓度。所有的沉积时间是10分钟。

DNA折纸解决方案 在云母基材%的覆盖率
2纳米 8.49±2.67(N = 5)
4纳米 55.89±5.65(N = 3)
6纳米 77.44±1.89(n = 4)

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Discussion

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有迹象表明,需要强调的实现一致的和理想的结果几个步骤。对云母的样品,按照严格的和彻底的清洗和干燥制度,如在步骤3.3和3.4,将确保各DNA折纸的高品质的图片可使用原子力显微镜,而不在代表结果部分中概述的各种问题而获得。硅样品最重要的是在基片的清洁。继在深入细致的步骤概述5.2清洗程序将确保一个适当清洁氧化硅表面就会实现。此外,监测的质量和化学品,如过氧化氢,氢氟酸,和APTES的有效性,将确保过程顺利进行。

被描述的技术并不限于APTES仅水溶液。 APTES和氯化trimethylaminopropyltrimethoxysilyl(TMAC)的混合单层可我们编调谐硅表面电荷和促进可变DNA的折纸附着力。11 TMAC包含一个永久带电终端季胺-N(CH 3)3 +,相比于APTES的pH依赖性电荷。因为该溶液环境不会影响质子化状态或电荷TMAC的,改变溶液浓度的TMAC可调谐的混合单层的表面电荷,并影响在衬底和该DNA折纸之间的相互作用。最佳的DNA折纸结合被观察为具有0.75-1.5电荷/ nm 2的,其对应于自组装膜含有100%至40%TMAC浓度表面电荷单层。这种最佳表面电荷促使约110折纸/微米2 APTES地对空导弹及120折纸/微米2 TMAC地对空导弹DNA折纸覆盖范围。

硅的一个优点是它与光刻图形化工艺的兼容性。高镁浓度可以与等离子体处理过的硅氧化物被用于促进DNA折纸选择性结合的硅。从沉积溶液除去样品时避免漂洗镁离子远离该DNA折纸变形必须小心。共价连接的阳离子的氧化硅表面21,22的APTES过程的形式,所以洗涤或用缓冲液或者水不漂洗不损坏附着的DNA折纸。在“分子剥离”方法是构图的硅衬底和促进DNA折纸附着力另一种可能的途径。硅基板是使用电子束光刻图案化和APTES沉积在暴露的衬底上。下面的光致抗蚀剂的剥离,DNA的折纸可沉积在图案化的表面,优选结合于APTES 23

DNA的折纸与基板的相互作用改变其稳定性,开放的研究和应用新的途径。 DNA origam我粘附到云母无纳米结构的尺寸的可见改变和最小的化学变化可以被加热到150℃。24与此形成鲜明对比的DNA折纸在溶液中的脆弱性,其中所述纳米结构是完整的70℃以上25 dehybridized, 26这种稳定性被保持在加热的氧化硅衬底27,即使在不同的溶剂系统,如己烷,甲苯和乙醇,形状和覆盖的纳米结构被保持。 DNA的折纸的惊人的稳定性表示应用以前被认为不兼容,如等离子体增强的气相沉积,使用共同的光致抗蚀剂和溶剂,以及独特的化学沉积环境中,可以用DNA折纸一起使用。然而,DNA折纸是否维持其功能仍是未知的,可能会限制可能的应用。

虽然DNA的折纸在升高的温度的稳定性秒和在溶剂系统的有限数量的已确定的DNA折纸的衬底上的长期稳定性仍是未知的。使用无菌技术,必须避免可能的污染,但是这不能表面沉积之后被避免。成像和分析样品必须在样品制备后立即完成;如果样本被存储时间过长(大于一个星期)样品降解的各种实施例是通常鉴定,包括颗粒的积累和破碎的DNA纳米结构。可能的研究途径在纳米电子学,生物传感,和其他基于底物DNA折纸应用可以通过DNA的依赖于时间的不稳定的限制。识别这些技术的局限性,需要稳定时间较长的应用需要进一步调查。

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
Eppendorf epT.I.P.S. Reloads, capacity 2-200 μl VWR International, LLC 22491733 10 reload tray of 96 tips
Microcentrifuge Tubes, Polypropylene VWR International, LLC 87003-290 0.65 ml, natural
Research Plus Pippete - Single Channel - 20-200 μl A. Daigger & Company, Inc. EF8960F-3120000054 EACH Adjustable Volume
Research Plus Pippete - Single Channel - 2-20 μl A. Daigger & Company, Inc. EF8960D-3120000038 EACH Adjustable Volume
Scotch 237 Permanent Double-Sided Tape Office Depot, Inc. 602710 3/4" x 300", Pack of 2
Vortex Mixer Thermo Scientific M37610-33Q
Wafer container single, 2" (50 mm), 60 mm x 11 mm Electron Microscopy Sciences 64917-2 6 per pack
6" Wafer, P-type, <100> orientation, w/ primary flat Nova Electronic Materials, Ltd. GC49266
Powder-Free Nitrile Examination Gloves VWR International, LLC 82062-428 Catalog number is for size large
High Accuracy Noncontact probes with Au reflective coating K-Tek Nanotechnology, Inc. HA_NC/15
Autoclave Pan A. Daigger & Company, Inc. NAL692-5000 EF25341C
Sol-Vex II Aggressive Gloves, Size: 9-9.5; 15 mil, 13 inch - 1 dz Spectrum Chemical Mfg. Corp. 106-15055 Before use, rinse with water and scrub together until no bubbles form on the gloves.
Tweezers PTFE 200 mm Square Dynalon Corp. 316504-0002
Muscovite Mica Sheets V-5 Quality Electron Microscopy Sciences 71850-01 10 per pack
Mica Disc, 10 mm Ted Pella, Inc 50 Mica discs are optional
Scriber Diamon Pen for Glassware VWR International, LLC 52865-005
Scintillation Vials, Borosilicate Glass, with Screw Cap - 20 ml VWR International, LLC 66022-060 Case of 500, with attached polypropylene cap and pulp foil liner
4 x 5 Inch Top PC-200 Hot Plate, 120 V/60 Hz Dot Scientific, Inc. 6759-200
Straight-Sided Glass Jars, Wide Mouth VWR International, LLC 89043-554 Case of 254, caps with pulp/vinyl liner attached
Standar-Grade Glass Beaker, 250 ml Capacity VWR International, LLC 173506
Beakers, PTFE VWR International, LLC 89026-022 For use with HF
Shallow form watch glass, 3" VWR International, LLC 66112-107 Case of 12
Plastic Storage Container VWR International, LLC 470195-354 For secondary container
General-Purpose Liquid-In-Glass Thermometers VWR International, LLC 89095-564
High precision and ultra fine tweezers Electron Microscopy Sciences 78310-0
Polycarbonate Faceshield Fisher Scientific, Inc. 18-999-4542
Neoprene Apron Fisher Scientific, Inc. 19-810-609
Calcium Gluconate, Calgonate W.W Grainger, Inc. 13W861 Tube, 25 g
Hydrogen Peroxide 30% CR ACS 500 ml Fisher Scientific, Inc. H325 500 HARMFUL, TOXIC
3-Aminopropyltriethoxysilane Gelest Inc. SIA0610.0-25GM Let warm to room temperature before use.
Ammonium hydroxide, 2.5 L Fisher Scientific, Inc. A669-212 HARMFUL, TOXIC
Hydrochloric acid Fisher Scientific, Inc. A144-212 HARMFUL, TOXIC
Hydrofluoric acid Fisher Scientific, Inc. A147-1LB HARMFUL, TOXIC
MultiMode Nanoscope IIIa Veeco Instruments, Inc. Any AFM capable of tapping mode is suitable for analysis
Dunk basket Made in lab Made in lab The dunk basket was made using the bottom of a PTFE bottle with holes drilled in, PTFE handle, and all PTFE screws.

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References

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Pillers, M. A., Shute, R., Farchone, A., Linder, K. P., Doerfler, R., Gavin, C., Goss, V., Lieberman, M. Preparation of Mica and Silicon Substrates for DNA Origami Analysis and Experimentation. J. Vis. Exp. (101), e52972, doi:10.3791/52972 (2015).More

Pillers, M. A., Shute, R., Farchone, A., Linder, K. P., Doerfler, R., Gavin, C., Goss, V., Lieberman, M. Preparation of Mica and Silicon Substrates for DNA Origami Analysis and Experimentation. J. Vis. Exp. (101), e52972, doi:10.3791/52972 (2015).

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