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Bioengineering

Una rapida e quantitativa metodo fluorimetrico per lo screening di stupefacenti piccole molecole di proteine ​​Targeting

Published: October 16, 2015 doi: 10.3791/53261

Abstract

Si dimostra un nuovo metodo di screening di farmaci per determinare l'affinità di legame di piccole molecole farmaceutiche per una proteina bersaglio formando nanocluster fluorescenti oro (Au NC) all'interno della proteina-droga caricata, sulla base del segnale di fluorescenza emessa dal differenziale Au NC. Proteine ​​albumina come l'albumina sierica umana (HSA) e albumina sierica bovina (BSA) sono selezionati come le proteine ​​modello. Quattro piccole farmaci molecolari (ad esempio, l'ibuprofene, il warfarin, fenitoina, e sulfanilamide) di diverse affinità di legame alle proteine ​​albumina sono testati. Si è constatato che il tasso di formazione di fluorescenti Au CN all'interno farmaco caricata albumina in condizioni denaturanti (cioè, 60 ° C o in presenza di urea) è più lenta di quella formata nella proteina intatta (senza farmaci). Inoltre, l'intensità fluorescente del CN ​​come formata è risultato essere inversamente correlato alle affinità di legame di questi farmaci alle proteine ​​albumina. In particolare,maggiore è l'affinità di legame farmaco-proteina, più lenta è la velocità di formazione Au NC, e quindi una minore intensità di fluorescenza della risultante Au NC viene osservata. L'intensità di fluorescenza della risultante Au NC fornisce quindi una misura semplice della forza di legame relativa di diversi farmaci testati. Questo metodo è anche estensibile per misurare la costante legame specifico farmaco-proteina (K D) semplicemente variando il contenuto droga precaricato nella proteina ad una concentrazione proteica fissa. I risultati misurati corrispondono bene con i valori ottenuti con altri metodi di prestigio ma più complicati.

Introduction

Albumine siero come albumina sierica umana (HSA) e albumina di siero bovino (BSA) sono la proteina più abbondante nel plasma e svolgono un ruolo fondamentale nel mantenimento della pressione osmotica del comparto sangue. Sono inoltre riconosciuti come proteine ​​di trasporto per le piccole molecole di bassa solubilità in acqua, come gli steroidi, acidi grassi, ormoni tiroidei, e una vasta gamma di farmaci. L'associazione di proprietà (ad esempio, siti di legame, affinità o la forza vincolante) di queste molecole di siero albumine costituisce un tema importante nella farmacocinetica. 1-4 diversi metodi analitici sono stati sviluppati per studiare le proprietà di legame dei farmaci diversi per siero albumine, come ad esempio cristallografia a raggi X, risonanza magnetica nucleare 5,6 (NMR), 7-11 e risonanza plasmonica superficiale (SPR), 12,13 etc. Tuttavia, questi metodi sono vincolate mediante un processo di analisi noioso e che richiede tempo (ad esempio, la crescita del monocristallo per X-ray Crystallostudio grafico), requisito di attrezzature specializzate e costose (SPR), o che necessitano di marcatura isotopica costosi (NMR) per la rilevazione. E 'quindi altamente auspicabile sviluppare modalità alternative per lo screening piccolo farmaco molecolare in un modo veloce, straight-forward, ed economicamente efficiente.

Nanocluster oro (Au NC) sono un tipo speciale di nanomateriali, che contengono diverse decine di atomi di metallo con dimensioni inferiori a 2 nm. 14-17 hanno attirato ampi interessi di ricerca a causa della loro struttura elettronica discreta e dimensione-dipendente, 18, 19 e molecolare come assorbimenti ed emissioni. 20-23 Tali proprietà materiali unici, in particolare una forte fluorescenza, hanno trovato diverse applicazioni come il rilevamento e l'imaging in sistemi biologici. 24-32 Ultrasmall fluorescente Au NC può essere sintetizzato utilizzando proteine ​​funzionali, quali albumine siero, come modello. 33 In una tipica sintesi delle proteine-su modelli di Au NC, una certa quantità di sali Au vengono prima incapsulati all'interno della proteina e successivamente ridotta di proteina stessa. La capacità riducente della proteina è attribuita a costituente residui amminoacidici funzionali (ad esempio, tirosina) che possono essere attivati ​​aumentando il pH della soluzione ad alcalino. Dispiegarsi della struttura delle proteine ​​è considerato come un passo fondamentale per la formazione di Au NC. Questo perché in una proteina unfolded, più gruppi funzionali riducenti possono essere esposti ai sali Au incapsulati. Protein dispiegarsi può essere ottenuto mediante trattamento termico o esposizione ad agenti denaturanti. Introduzione di piccoli farmaci molecolari può anche interessare il processo di svolgimento, cioè modificando la temperatura di denaturazione punto medio e l'entalpia di svolgimento. 34,35 L'effetto di tutti questi fattori, a sua volta può essere riflessa dalla cinetica di formazione dei fluorescenti Au NC e si manifesta in l'intensità di fluorescenza di risultanti Au NC. 36

e_content "> Questo video illustra il metodo di selezione della droga sintetizzando Au NC in proteine ​​albumina droga caricata ad una temperatura superiore (60 ° C) o in presenza di agenti denaturanti (ad esempio, urea). L'intensità di fluorescenza della risultante Au CN è la lettura del segnale. Innanzitutto, Au NC sono sintetizzati nei modelli HSA e BSA trattati a 60 ° C o in presenza di urea per mostrare come proteina dispiegarsi (indotta mediante trattamento termico o denaturanti) influenza la cinetica di formazione di Au NC. In secondo luogo, Au NC sono sintetizzati nei modelli di proteine ​​precaricato con diversi farmaci, e l'effetto della droga carico sui intensità di fluorescenza relativi dei risultante Au NC è studiato, che forniscono la misura della forza vincolante relativa. Infine, il protocollo di screening Au NC-farmaco viene modificato per misurazione quantitativa di farmaco-proteina legante costante (K D) variando il contenuto di farmaco precaricato nella proteina di una concentrazione fissa.

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Protocol

Attenzione: consultare le schede di sicurezza (SDS) di tutte le sostanze chimiche coinvolte prima dell'uso. L'esperimento screening di stupefacenti prevede la sintesi e la manipolazione dei nanomateriali, che possono avere rischi aggiuntivi rispetto alla loro controparte massa. Si prega di verificare le misure di controllo necessarie per essere praticato tutto l'esperimento, compreso l'uso di controlli tecnici (cappa) e dispositivi di protezione individuale (DPI, ad esempio, i pantaloni di lunghezza di sicurezza, scarpe chiuse, guanti resistenti ai prodotti chimici, e occhiali di protezione).

1. Preparazione dei reagenti chimici per lo screening Drug

  1. Precursori per la sintesi Au NC
    1. Disciogliere 30 mg di soluzione di oro (III) cloruro (99,99% base oligometalli, 30 wt.% In HCl diluito) in 6,9 ml di acqua ultrapura per preparare 15 mM di oro (III) di cloruro. Attenzione: soluzione di cloruro d'oro è corrosivo e irritante. Indossare corretto DPI per evitare il contatto diretto con gli occhi e la pelle.
    2. Dissolve 74 mg di HSA o BSA in 1 ml di acqua ultrapura per preparare 74 mg / ml di proteine ​​soluzione madre.
  2. Soluzioni di droga
    1. Sciogliere la quantità desiderata di farmaco, per esempio, 1,9 mg per (a) ibuprofene, 2.8 mg di (b) warfarin, 2,3 mg di (c) fenitoina, e 1,5 mg per (d) sulfanilamide in 20 ml di DMSO per preparare 450 mM di soluzioni droga azionari.
      Nota: DMSO viene selezionato come solvente perché questi farmaci sono idrofobi e hanno scarsa solubilità in acqua.
  3. Altri reagenti
    1. Sciogliere 600 mg di pellet NaOH in 10 ml di acqua ultrapura per preparare 1,5 M di NaOH. Sciogliere 2.4 g di urea in 2 ml di acqua ultrapura per preparare 20 M di soluzione di urea.

2. Sintesi di proteine ​​Templated Au NC

  1. HSA-su modelli Au NC (HSA-Au NC)
    1. Inserire due fiale di vetro, ognuno contenente un micro ancoretta magnetica in esso, su due separata della temperatura controllabile ancoretta magneticaRERS.
    2. Impostare la temperatura di un agitatore magnetico a 60 ° C, ed etichetta la fiala di vetro su di essa come "60 ° C"; mentre l'altro agitatore magnetico viene mantenuta a temperatura ambiente (RT) in cui il flacone di vetro su di esso è etichettato come "RT".
    3. Aggiungere 200 ml di soluzione di HSA, 200 ml di acqua ultrapura, e 200 ml di soluzione di oro (III) cloruro di ciascuna fiala sotto agitazione costante (impostata come 360 ​​rpm se non diversamente specificato) per consentire l'incapsulamento di ioni Au all'interno del modello della proteina.
    4. 2 minuti più tardi, aggiungere 20 ml di soluzione di NaOH ad ogni flacone in modo da attivare la capacità di ridurre HSA nel formare Au NC e iniziare a registrare il tempo di reazione come 0 min.
    5. Ogni 20 minuti, 50 ml di disegnare soluzioni da ciascuno del campione ad una piastra nera 384 pozzetti e misurare lo spettro di emissione con un lettore di micropiastre. La configurazione tipica di scansione: λ = 370 nm ex, λ em = 410-850 nm.
    6. Arrestare il agitatore magnetico dopo 100 min.
    7. Raffreddare i flaconi di vetro sotto l'acqua corrente in un lavandino. Attenzione: le fiale di vetro sono caldi. Indossare guanti resistenti al calore per evitare di bruciare.
    8. Tracciare gli spettri di fotoemissione a tutto il tempo per ciascun campione di acquisire la cinetica di formazione di Au NC a diverse condizioni di temperatura.
  2. BSA-su modelli Au NC (BSA-Au NC)
    1. Inserire una fiala di vetro contenente un micro ancoretta magnetica sulla sommità di un agitatore magnetico. Lasciare la temperatura come temperatura ambiente.
    2. Miscelare 200 ml di soluzione di BSA, 200 ml di urea, e 200 ml di soluzione di oro (III) cloruro nel flaconcino di vetro sotto costante agitazione.
    3. 2 minuti più tardi, aggiungere 20 ml di soluzione di NaOH per attivare la capacità riducente di BSA per formare Au NC e iniziare a registrare il tempo di reazione come 0 min. Misurare lo spettro di fotoemissione della miscela di reazione oraria.
      Nota: Lo spettro di fotoemissione di BSA-Au NC è misuratameno frequentemente perché il tasso di formazione BSA-Au NC è più lenta di quella di HSA-Au alla stessa temperatura a causa della minore efficacia di urea a svolgersi proteina.
    4. Fermare l'agitatore magnetico dopo 7 ore. Tracciare gli spettri di fotoemissione a tutti il ​​tempo di vedere la cinetica di formazione dei Au NC da urea denaturazione.

Screening 3. Piccolo Drug molecolare

  1. Schermata relativa affinità di legame di diversi farmaci piccola molecolari per HSA
    1. Posizionare cinque fiale di vetro, ciascuna contenente una ancoretta magnetica in esso, in cima ad una temperatura controllabile multipunto agitatore magnetico. Etichettare queste fiale come a, b, c, d, rispettivamente, per ciascun farmaco, vale a dire l'ibuprofene, il warfarin, fenitoina, e sulfanilamide. Etichettare quello con HSA puro come controllo.
    2. Aggiungere 200 ml di HSA ad ogni flacone. Aggiungere 1 ml di soluzione medicinale ai quattro fiale corrispondenti. Aggiungere 1 ml di DMSO al controllo. Accendere l'agitatore e impostare la velocità di centrifuga a 360rpm e incubare per 1 ora per consentire il legame di HSA droga per completare.
    3. 1 ora dopo, aggiungere 200 ml di acqua Milli-Q e 200 ml di soluzione di oro (III) cloruro di ciascuna fiala sotto costante agitazione. Impostare la temperatura a 60 ° C sotto costante agitazione per 10 min. Aggiungere 20 ml di NaOH 1,5 M a ciascuna fiala e iniziare a registrare il tempo di reazione come 0 min.
    4. Disegnare rapidamente 50 ml di soluzione da ogni flaconcino a un piatto nero 384 pozzetti e misurare lo spettro di emissione (risultati etichettati come 0 min). Registra gli spettri di emissione di ciascun campione ogni 10 min. Raccogliere almeno quattro spettri a quattro tempi diversi, cioè 0, 10, 20 e 30 min.
    5. Ripetere i punti 3.1.1 - 3.1.4 più volte per ottenere risultati con un trend costante. Arrestare il agitatore magnetico.
    6. Tracciare la fotoemissione spettri risolta in tempo per ogni campione (a - d, e controllo). Identificare l'intensità massima di tutti i campioni e complotto contro il tempo per confrontare la cinetica di formazione dei Au NC a dimodelli di proteina-droga caricata fferent.
  2. Misurare la costante di legame di un farmaco specifico per HSA
    1. Ripetere i punti 3.1.1 - 3.1.4. Sostituire la soluzione farmaco con soluzioni ibuprofene a quattro diverse concentrazioni (tra cui un campione di controllo utilizzando HSA solo senza droga carico). Etichettare il flacone di vetro secondo la concentrazione di farmaco corrispondentemente.
    2. 10 minuti più tardi, raffreddare i flaconi di vetro sotto l'acqua corrente in un lavandino. Attenzione: le fiale di vetro sono caldi. Indossare guanti resistenti al calore per evitare di bruciare.
    3. Disegna 50 ml di soluzioni sopra di ogni fiala per un piatto nero 384 pozzetti e misurare lo spettro di emissione.
    4. Ripetere i punti 3.2.1 - 3.2.3 altre due volte per ottenere altre due serie di risultati a diverse concentrazioni del farmaco.
    5. Arrestare il agitatore magnetico. Tracciare gli spettri di fotoemissione e analizzare i risultati.
      1. Per i dati grezzi ottenuti in ciascun lotto, tracciare gli spettri di fotoemissione di ciascuncampione in software come software OriginPro e scoprire l'intensità di picco.
      2. Calcolare e tracciare l'intensità di fluorescenza relativa [(I 0 - I) / I 0] contro la concentrazione del farmaco, dove io e mi riferisco a 0 l'intensità di fluorescenza di ragazza NC formato in-droga caricato HSA e puro HSA, rispettivamente.
      3. Calcolare la costante di legame inserendo i dati in un unico luogo di modello di legame utilizzando l'equazione di Michaelis-Menten: Y = R max × C / (K D + C), dove R max indica il segnale di risposta massima, C è la concentrazione di ligando e K D è la costante di legame. Eseguire questo software come OriginPro. Selezionare il menu di analisi non lineare Montaggio Adattamento curva, quindi selezionare la funzione Hill Crescita / categoria sigmoidale. Nella Impostazioni: pagina di selezione funzione, fare clic su Adatta a mostrare i risultati a muro.

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Representative Results

Protein dispiegarsi un importante metodo per la formazione di proteina-templated Au NC perché gruppi funzionali più reattivi (per esempio, residui di tirosina di una proteina) possono essere esposti per ridurre gli ioni Au incapsulati e accelerare il tasso di formazione di Au NC così. Agenti di riscaldamento e di denaturazione esterno sono due mezzi comuni per promuovere il processo di svolgimento delle proteine. La Figura 1 mostra l'effetto di riscaldamento e l'aggiunta di agenti di denaturazione esterni sulla cinetica di formazione dei Au NC, usando HSA come modello di proteine. L'effetto del riscaldamento sulla cinetica di formazione di Au NC viene prima studiato misurando l'evoluzione corso tempo di spettri di fotoluminescenza (Figura 1A e 1B). Quando la reazione viene condotta a 60 ° C, rosso emettitori Au NC sono rapidamente formati in un breve periodo di tempo (100 min), come confermato dal picco evidente centrato a 670 nm della fotoemissione spettri 33,36 che aumenta Progressivamente con il tempo (Figura 1B). Come contrasto, senza picchi di emissione di Au NC a 670 nm sono osservate per reazioni condotte a temperatura ambiente nello stesso periodo di tempo (Figura 1A).

L'effetto di introdurre agenti denaturazione esterni sulla cinetica di formazione dei Au NC viene anche studiata utilizzando BSA come modello e l'urea come agente denaturazione. Figura 1C mostra l'evoluzione corso tempo di fotoluminescenza spettri del come-Au sintetizzato NC. È anche osservato il picco di emissione simile di CN Au a 670 nm, il che suggerisce che BSA è applicabile per la sintesi di fluorescenti Au NC in presenza di agente denaturante esterna anche. Tuttavia, l'intensità di fluorescenza risultante Au CN è molto inferiore a quello formato a 60 ° C anche dopo un prolungato periodo di tempo di reazione (7 ore). Questi risultati suggeriscono che la formazione di Au NC in presenza di urea è molto più lento rispetto a quello formato in60 ° C a causa di inefficienze di proteine ​​dispiegarsi indotta da un agente denaturante esterna a temperatura ambiente. Pertanto, il riscaldamento a 60 ° C è stata selezionata come il mezzo preferito di denaturazione per lo screening per le piccole farmaci molecolari in esperimenti successivi con considerazione di un tempo test rapidi.

La Figura 2 mostra i risultati dello screening farmaco basato sulla cinetica di formazione di Au con NC-droga caricata HSA. Come mostrato in Figura 2A, l'intensità di fluorescenza di Au CN formato con il modello puro HSA è sempre più alto per tutto il periodo di tempo di saggio (30 min), seguiti da quelli con sulfanilamide (d), fenitoina (c), warfarin (b ), e ibuprofene (a) in sequenza, il che suggerisce che il tasso di formazione di Au NC in diversi modelli segue l'andamento del controllo> d> c> b> a. Pertanto, per abbreviare il tempo di saggio, solo gli spettri di fotoemissione di tutti i risultanti Au NC a 10 min sono compared a determinare l'affinità di legame relativa di farmaci per HSA (Figura 2B). Molteplici percorsi di sperimentazione sono state effettuate per confermare la consistenza di questa tendenza (Figura 2C). La differenza intensità spettro può essere facilmente visualizzato dalle foto digitali della risultante Au NC come mostrato nella Figura 2C (inserto). Le intensità di fluorescenza differenziale della risultante Au NC in presenza di differenti modelli proteina-farmaco caricato è inversamente proporzionale alla forza di legame di questi farmaci per HSA come determinato in studi precedenti 36, il che suggerisce che il legame di farmaci migliorare la stabilità della proteina contro svolgersi durante la formazione di Au NC. Pertanto, le affinità di legame di questi farmaci a HSA possono essere facilmente differenziati confrontando l'intensità di fluorescenza di come formate Au NC con droga-caricato HSA.

Infine, corrente metodo di screening farmaco viene applicato per misurare il legamecostante di un farmaco specifico alla proteina. Ibuprofen è selezionata per dimostrare su come misurare la costante di legame di un farmaco piccolo molecolare di HSA. Soluzioni Ibuprofene di differenti concentrazioni (0 - 450 mM) sono pre-incubate con HSA (74 mg / ml, 200 ml) per formare template ibuprofene-HSA prima della sintesi di Au NC figura 3 mostra gli spettri di fluorescenza della Au NC formata. nel modello HSA precaricata con ibuprofene di diverse concentrazioni in un unico lotto a 10 min di tempo di reazione. Si può vedere che l'intensità di fluorescenza diminuisce con l'aumento della quantità di farmaco caricata al modello proteine. Per determinare la costante legame di ibuprofene alla proteina HSA, la fluorescenza relativa (I 0 -I) / I 0 di ciascun campione Au NC ottenuto da vari lotti diversi è calcolato, dove 0 è l'intensità di fluorescenza del NC sintetizzato in puro HSA e I è l'intensità di fluorescenza del Au NC sintetizzato in ibuprofene-caricato HSA (Tabella 1). Il (I 0 -I) / I 0 valori vengono tracciati contro la concentrazione di farmaco (Figura 4, linea tratteggiata). I dati sono inoltre montati a un modello unico sito di legame con l'equazione di Michaelis-Menten: Y = R max × C / (K D + C), dove R max indica il segnale di risposta massima, C è la concentrazione di ligando e K D è la costante di legame (Figura 4, linea continua). Questo raccordo dà un valore K D di ibuprofene per HSA di 0,74 ± 0,1 pM. Questo valore è molto vicino a quello (0,5 ± 1,0 mM) misurate mediante NMR tecnica 37 così conferma ulteriormente l'affidabilità del metodo corrente per misurare le costanti di legame del farmaco piccolo molecolare in soluzioni omogenee, senza l'utilizzo di attrezzature sofisticate.

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Figura 1. Effetto delle diverse condizioni di denaturazione sulla cinetica di formazione dei Au NC. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.

Tempo fotoemissione risolta spettri di Au NC formato in (A) HSA a temperatura ambiente, (B) HSA a 60 ° C, e (C) con BSA 6,4 M urea.

Figura 2
Figura 2. HSA-targeting di screening farmaco basato sulla intensità di fluorescenza di Au NC formate nei modelli proteina-droga caricato. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.

(A) cinetica di formazione di Au NC formate in (a) ibuprofene-HSA, (b) warfarin-HSA, (c) fenitoina-HSA, (d) sulfanilamide-HSA, e puro HSA (controllo). (B) fotoemissione spettri di HSA-Au NC preparato a 60 ° C in presenza di diversi farmaci: (a) ibuprofene-HSA, (b) warfarin-HSA, (c) fenitoina-HSA, (d) sulfanilamide-HSA, e puro HSA (controllo). (C) normalizzato intensità fotoemissione di HSA-droga-Au NC contro HSA-Au NC (controllo). Entrambi gli spettri e le foto digitali (riquadro C) sono stati prelevati a 10 min dopo l'aggiunta di NaOH a 60 ° C. 36 Riprodotto per gentile concessione di The Royal Society of Chemistry.

Figura 3
Figura 3. Concentrazione studio dipendente del carico di droga sulle proteine ​​HSA.

Fotoemissione spettri di Au NC formati in HSA caricato con ibuprofene a differenti concentrazioni in un unico lotto di oltre 10 minuti di tempo di reazione. 36 Adattato per gentile concessione di The Royal Society of Chemistry.


Figura 4. Determinazione della proteina-droga costante vincolante da dati sperimentali.

Il K D di legame HSA ibuprofene è stato determinato sulla base delle intensità di fluorescenza relativa di HSA-ibuprofene-Au NC sintetizzati a 60 ° C con l'aumentare quantità di farmaci. I dati sperimentali è stato montato un unico modello di sito di legame con l'equazione di Michaelis-Menten: Y = R max × C / (K D + C), dove R max indica il segnale di risposta massima, C è la concentrazione di ligando e K D è la costante vincolante. 36 Riprodotto per gentile concessione di The Royal Society of Chemistry.

Tabella 1
Tabella 1. Calcolo del relativointensità di fluorescenza di Au NC formate nei modelli della proteina con la droga di concentrazioni diverse.

Intensità di fluorescenza relativa [(I 0 - I) / I 0, I e I 0 riferiscono alla fluorescenza di ragazza NC formato in-droga caricato HSA e puro HSA rispettivamente] di ragazza NC formata in HSA carico di ibuprofene a diverse concentrazioni oltre 10 min di tempo di reazione. Numero di campione xy si riferisce al esimo campione y preparato nel x ° lotto. 36 Adattato per gentile concessione di The Royal Society of Chemistry.

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Discussion

Ci sono diversi passaggi critici che devono essere evidenziate in questo metodo. Nel protocollo di screening della affinità di legame relativo dei diversi farmaci molecolari piccoli passi 3.1.2, 3.1.3, 3.1.4 e sono fondamentali per ottenere buoni risultati mostrano tendenza coerente per la forza vincolante relativa. In queste fasi, le azioni di aggiunta di sostanze chimiche e disegno di soluzioni di reazione per la misura dovrebbe essere il più rapidamente possibile per minimizzare l'effetto ritardo e la stessa sequenza di aggiunta di sostanze chimiche e disegno di soluzioni di reazione per la misura dovrebbe essere praticata per garantire la coerenza. Nel protocollo di misurare la costante di legame di ibuprofene per HSA, Step 3.2.4 è molto importante per il successo della misura K D. Anche se è possibile selezionare più punti di concentrazione, l'effetto ritardo a causa di più campioni per misurare diventa più profondo. Per minimizzare l'effetto ritardo, la sintesi a diverse concentrazioni può essere separato in più differelotti nt in parallelo. In ogni lotto, un controllo senza farmaco deve essere incluso per garantire la coerenza ed eliminare i possibili errori di sistema.

In questo video, HSA viene selezionato come proteina modello per dirigere la sintesi di fluorescenti Au NC per lo screening di droga. Solo quattro diversi farmaci, cioè, (a) ibuprofene (b) warfarin, (c) fenitoina, e (d) sulfanilamide sono testati qui. È un dato di fatto, l'attuale metodo è generico e può essere modificato in diverse forme. Teoricamente, questo metodo può essere applicato ad altri farmaci, piccole molecole come steroidi, acidi grassi, ormoni tiroidei, e peptidi pinzati, purché queste molecole possono legarsi a HSA e migliorare la stabilità della proteina contro dispiegarsi in misura diversa. Altre proteine, non limitata alle albumine come HSA e BSA come mostrato qui, possono anche essere usati come modello funzionale per lo screening farmacologico, purché siano in grado di dirigere la sintesi di fluorescenza Au CN (inclusive di gruppi attivi funzionali per la formazione Au NC, come ad esempio residui di tirosina) senza influenzare i siti di legame di droga. Anche la scelta del metallo è flessibile; altre NC metallici come Ag NC possono anche essere usati come sonda fluorescenza per lo screening farmacologico.

In sintesi, attuale metodo è semplice, veloce ed economica rispetto ad altre tecniche più sofisticate come la cristallografia a raggi X e NMR per studiare le interazioni proteina-farmaco. Non richiede l'etichettatura degli isotopi e permette la rilevazione fluorescente diretta del legame in soluzione omogenea proteina-droga. In questo lavoro corrente, abbiamo dimostrato il concetto utilizzando esempi di farmaci vincolante per migliorare la stabilità della proteina. Potrebbe anche essere possibile estendere il metodo corrente per lo screening di farmaci che destabilizzano le proteine ​​dal legame come un argomento interessante per studi futuri.

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
Gold (III) chloride solution, 30% Sigma-Aldrich 484385 Corrosive, irritant
Human serum albumin, 96% Sigma-Aldrich A1887
Bovine Serum albumin, 96% Sigma-Aldrich A2153
Ibuprofen, 98% Sigma-Aldrich I4883 
warfarin, 98% Sigma-Aldrich A2250
phenytoin Sigma-Aldrich PHR1139
sulphanilamide, 99% Sigma-Aldrich S9251
dimethyl sulfoxide Sigma-Aldrich D8418
urea Sigma-Aldrich U5128
Sodium hydroxide Sigma-Aldrich 221465
Magnetic stirrer IKA RT5
Microplate reader Tecan Infinite M200
384-well plate Corning
5 ml air displacement pipette Eppendorf
1,000 μl air displacement pipette Eppendorf
100 μl air displacement pipette Eppendorf
5,000 μl Eppendorf tips
1,000 μl Eppendorf tips
100 μl Eppendorf tips
1.5 ml micro tube Eppendorf
20 ml glass vial with screw cap
4 ml glass vial with screw cap

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References

  1. Flarakos, J., Morand, K. L., Vouros, P. High-Throughput Solution-Based Medicinal Library Screening against Human Serum Albumin. Anal. Chem. 77, 1345-1353 (2005).
  2. Vuignier, K., Veuthey, J. -L., Carrupt, P. -A., Schappler, J. Global Analytical Strategy to Measure Drug–Plasma Protein Interactions: From High-Throughput to In-Depth Analysis. Drug Discov. Toda. 18, 1030-1034 (2013).
  3. Zsila, F. Subdomain Ib Is The Third Major Drug Binding Region of Human Serum Albumin: Toward The Three-Sites Model. Mol. Pharm. 10, 1668-1682 (2013).
  4. Dalvit, C., Fagerness, P. E., Hadden, D. T. A., Sarver, R. W., Stockman, B. J. Fluorine-NMR Experiments for High-Throughput Screening: Theoretical Aspects, Practical Considerations, and Range of Applicability. J. Am. Chem. Soc. 125, 7696-7703 (2003).
  5. Ghuman, J., Zunszain, P. A., Petitpas, I., Bhattacharya, A. A., Otagiri, M., Curry, S. Structural Basis of the Drug-binding Specificity of Human Serum. 353, 38-52 (2005).
  6. Mao, H., Hajduk, P. J., Craig, R., Bell, R., Borre, T., Fesik, S. W. Rational Design of Diflunisal Analogues with Reduced Affinity for Human Serum Albumin. J. Am. Chem. Soc. 123, 10429-10435 (2001).
  7. Dalvit, C., et al. High-Throughput NMR-Based Screening with Competition Binding Experiments. J. Am. Chem. Soc. 124, 7702-7709 (2002).
  8. Krenzel, E. S., Chen, Z., Hamilton, J. A. Correspondence of Fatty Acid and Drug Binding Sites on Human Serum Albumin: A Two-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance Study. Biochemistr. 52, 1559-1567 (2013).
  9. Lee, Y., Zeng, H., Ruedisser, S., Gossert, A. D., Hilty, C. Nuclear Magnetic Resonance of Hyperpolarized Fluorine for Characterization of Protein–Ligand Interactions. J. Am. Chem. Soc. 134, 17448-17451 (2012).
  10. Salvi, N., et al. Boosting the Sensitivity of Ligand–Protein Screening by NMR of Long-Lived States. J. Am. Chem. Soc. 134, 11076-11079 (2012).
  11. Zsila, F. Circular Dichroism Spectroscopic Detection of Ligand Binding Induced Subdomain IB Specific Structural Adjustment of Human Serum Albumin. J. Phys. Chem. 117, 10798-10806 (2013).
  12. Navratilova, I., Hopkins, A. L. Fragment Screening by Surface Plasmon Resonance. ACS Med. Chem. Lett. 1, 44-48 (2010).
  13. Wang, Y., et al. Investigation of Phase SPR Biosensor for Efficient Targeted Drug Screening with High Sensitivity and Stability. Sensor. Actuat. B-Che. 209, 313-322 (2015).
  14. Lu, Y., Chen, W. Sub-Nanometre Sized Metal Clusters: From Synthetic Challenges to The Unique Property Discoveries. Chem. Soc. Rev. 41, 3594-3623 (2012).
  15. Yu, Y., Yao, Q., Luo, Z., Yuan, X., Lee, J. Y., Xie, J. Precursor Engineering and Controlled Conversion for The Synthesis of Monodisperse Thiolate-Protected Metal Nanoclusters. Nanoscal. 5, 4606-4620 (2013).
  16. Jin, R. Quantum Sized, Thiolate-Protected Gold Nanoclusters. Nanoscal. 2, 343-362 (2010).
  17. Jiang, D. -e The Expanding Universe of Thiolated Gold Nanoclusters and Beyond. Nanoscal. 5, 7149-7160 (2013).
  18. Aikens, C. M. Electronic Structure of Ligand-Passivated Gold and Silver Nanoclusters. J. Phys. Chem. Lett. 2, 99-104 (2010).
  19. Gao, Y., Shao, N., Pei, Y., Chen, Z., Zeng, X. C. Catalytic Activities of Subnanometer Gold Clusters (Au16–Au18, Au20, and Au27–Au35) for CO Oxidation. ACS. ACS Nan. 5, 7818-7829 (2011).
  20. Negishi, Y., Nobusada, K., Tsukuda, T. Glutathione-Protected Gold Clusters Revisited: Bridging the Gap between Gold(I)−Thiolate Complexes and Thiolate-Protected Gold Nanocrystals. J. Am. Chem. Soc. 127, 5261-5270 (2005).
  21. Zhu, M., Aikens, C. M., Hollander, F. J., Schatz, G. C., Jin, R. Correlating the Crystal Structure of A Thiol-Protected Au25 Cluster and Optical Properties. J. Am. Chem. Soc. 130, 5883-5885 (2008).
  22. Yu, Y., et al. Identification of a Highly Luminescent Au22(SG)18 Nanocluster. J. Am. Chem. Soc. 136, 1246-1249 (2014).
  23. Jiang, J., et al. Oxidation at the Core–Ligand Interface of Au Lipoic Acid Nanoclusters That Enhances the Near-IR Luminescence. J. Phys. Chem. 118, 20680-20687 (2014).
  24. Zhu, Y., Qian, H., Jin, R. An Atomic-Level Strategy for Unraveling Gold Nanocatalysis from the Perspective of Aun(SR)m Nanoclusters. Chem. Eur. J. 16, 11455-11462 (2010).
  25. Niesen, B., Rand, B. P. Thin Film Metal Nanocluster Light-Emitting Devices. Adv. Mater. 26, 1446-1449 (2014).
  26. Shang, L., Dong, S. J., Nienhaus, G. U. Ultra-Small Fluorescent Metal Nanoclusters: Synthesis and Biological Applications. Nano Toda. 6, 401-418 (2011).
  27. Wu, X., He, X., Wang, K., Xie, C., Zhou, B., Qing, Z. Ultrasmall Near-Infrared Gold Nanoclusters for Tumor Fluorescence Imaging in Vivo. Nanoscal. 2, 2244-2249 (2010).
  28. Archana, R., et al. Molecular-Receptor-Specific, Non-Toxic, Near-Infrared-Emitting Au Cluster-Protein Nanoconjugates for Targeted Cancer Imaging. Nanotechnolog. 21, 055103 (2010).
  29. Yue, Y., Liu, T. Y., Li, H. W., Liu, Z. Y., Wu, Y. Q. Microwave-Assisted Synthesis of BSA-Protected Small Gold Nanoclusters and Their Fluorescence-Enhanced Sensing of Silver(I) Ions. Nanoscal. 4, 2251-2254 (2012).
  30. Liu, Y., Ai, K., Cheng, X., Huo, L., Lu, L. Gold Nanocluster Based Fluorescent Sensors for Highly Sensitive and Selective Detection of Cyanide in Water. 20, 951-1907 (2010).
  31. Liu, J., Yu, M., Zhou, C., Yang, S., Ning, X., Zheng, J. Passive Tumor Targeting of Renal-Clearable Luminescent Gold Nanoparticles: Long Tumor Retention and Fast Normal Tissue Clearance. J. Am. Chem. Soc. 135, 4978-4981 (2013).
  32. Negishi, Y., et al. Controlled Loading of Small Aun Clusters (n = 10–39) onto BaLa4Ti4O15 Photocatalysts: Toward an Understanding of Size Effect of Co-Catalyst on Water Splitting Photocatalytic Activity. J. Phys. Chem. C. , (2015).
  33. Xie, J., Zheng, Y., Ying, J. Y. Protein-Directed Synthesis of Highly Fluorescent Gold Nanoclusters. J. Am. Chem. Soc. 131, 888-889 (2009).
  34. Celej, M. S., Montich, G. G., Fidelio, G. D. Protein Stability Induced by Ligand Binding Correlates with Changes in Protein Flexibility. Protein Sci. 12, 1496-1506 (2003).
  35. Layton, C. J., Hellinga, H. W. Thermodynamic Analysis of Ligand-Induced Changes in Protein Thermal Unfolding Applied to High-Throughput Determination of Ligand Affinities with Extrinsic Fluorescent Dyes. Biochemistr. 49, 10831-10841 (2010).
  36. Yu, Y., New, S. Y., Xie, J., Su, X., Tan, Y. N. Protein-Based Fluorescent Metal Nanoclusters for Small Molecular Drug Screening. Chem. Commun. 50, 13805-13808 (2014).
  37. Shortridge, M. D. Nuclear Magnetic Resonance Affinity Screening Methods for Functional Annotation of Proteins and Drug Discover. , The University of Nebraska - Lincoln. (2010).

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