Introduction
Arenavirus son una familia de virus de ARN con envoltura de cadena simple, que se mantienen principalmente en los roedores en la naturaleza 1-3. Mientras que estos virus establecen típicamente una infección asintomática, persistente en los reservorios de roedores 1,2, que pueden causar una enfermedad grave en seres humanos 3. Especies patógenas importantes incluyen el virus Junín Nuevo Mundo (JUNV) 4 y el virus de Lassa 5 Viejo Mundo, que son los agentes etiológicos de la fiebre hemorrágica argentina en América del Sur y la fiebre de Lassa en África, respectivamente. Virus de la coriomeningitis linfocítica (LCMV), el virus prototípico de la familia de 6, tiene una distribución mundial y es responsable de una variedad de estados de enfermedad que incluyen meningitis aséptica en individuos inmunocompetentes 6, graves defectos congénitos en el feto en desarrollo 7, o de alta letalidad en inmunodeprimidos las personas siguientes de órganos sólidos 8,9 trasplante. La falta de Estados UnidosAdministración de Alimentos y Medicamentos (FDA): aprobado vacunas o antivirales eficaces para combatir estos virus pone de relieve la necesidad crítica de desarrollar nuevas estrategias para orientar terapéuticamente estos patógenos emergentes / reemergentes.
El genoma arenavirus se compone de dos segmentos de ARN de una sola hebra, el grande (L) (~ 7,2 kb) y pequeña (S) (~ 3,6 kb) 10 segmentos. El segmento S codifica la nucleoproteína viral (NP) y glicoproteína de la envuelta (GP) mientras que el segmento L codifica la polimerasa viral (L) y la proteína de matriz (Z). La L y S segmentos de ARN genómicos (ARNv) se empaquetan en viriones 10-12. El paso inicial de la infección por arenavirus es la unión de partículas virales a las células huésped a través de una interacción entre el GP viral y sus correspondientes receptores de células huésped que, por JUNV, incluye el receptor humano de la transferrina 1 (hTfR1) 13,14. Después de la unión, las partículas JUNV se toman en la célula a través de endocitosis mediada por clatrina 15.A continuación, las partículas de tráfico para el endosoma tardío en el que el bajo pH de este compartimiento desencadena la activación de GP 16,17. Una vez activado, los insertos de péptido de fusión GP-codificado en la membrana endosomal, iniciando la fusión entre las membranas virales y endosomales. resultados de fusión de éxito en la liberación de los viriones ARNv-envasados en el citoplasma, donde sirven como plantillas para la replicación del genoma y la transcripción. Cuando se generan cantidades suficientes de proteínas estructurales virales y ARNv, nuevas partículas se reúnen y brote de la célula infectada para completar el ciclo de vida 18.
Para facilitar el descubrimiento de nuevas estrategias para apuntar terapéuticamente los arenavirus patógenos, nuestro grupo ha centrado en la identificación de factores del huésped que son críticos para la propagación de virus, pero prescindible para el huésped. En este contexto, la definición de la etapa precisa (s) del ciclo de vida viral controlada por tales factores del huésped es necesario para guiar eldesarrollo de estrategias antivirales. En este documento, se describe un ensayo cuantitativo (q) basado en RT-PCR que se puede utilizar para medir la fijación de células arenavirus con el fin de identificar si las proteínas huésped seleccionadas y / o moléculas antivirales influyen en esta etapa inicial de la entrada viral 19. Los enfoques alternativos para medir la unión de células arenavirus han ofrecido viriones marcados con biotina 20, 21 tintes fluorescentes o isótopos radiactivos 22. Los inconvenientes de estos métodos pueden incluir el requisito de grandes cantidades de virus de entrada (por ejemplo, altas multiplicidades de infección (MOI)), el uso de la radiactividad, y / o etapas de manipulación adicionales para preparar virus de entrada (por ejemplo, concentración y / o el etiquetado de virus) . En particular, el uso de alta MOI hace que sea difícil distinguir productiva frente a eventos de unión no productivas 15,23. El ensayo basado en qRT-PCR descrito aquí puede detectar eventos de unión usando tan pocos como 20 para la placaunidades Ming (UFP) del virus, lo que se traduce en una MOI de 0,0004 para una placa de 48 pocillos. Por lo tanto, la fuerte sensibilidad del ensayo supera el requisito de alta MOI, así como las medidas de etiquetado virus o de concentración. Además, el ensayo puede ser i) adaptado para medir la endocitosis del virión, así como la liberación del genoma del virus en el citoplasma después de la fusión y ii) diseñados para usar con otros virus a través del desarrollo de reactivos QRT-PCR específica para el virus (por ejemplo, véase 24-27).
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Protocol
Nota: Es muy importante que el protocolo descrito llevarse a cabo utilizando una estricta técnica de pre-PCR (ver 28 para una excelente visión general sobre cómo montar un laboratorio de pre-PCR y cómo llevar a cabo experimentos utilizando una buena técnica de pre-PCR). Es imperativo que todos los reactivos y equipos están libres de ADN amplificado que contiene la secuencia diana qPCR y que los controles adecuados para detectar este tipo de contaminación. Una visión general del protocolo se muestra en la Figura 1.
1. Preparar los medios de comunicación y las células de semillas en placas de 48 pocillos
- Preparar 500 ml de completa de Eagle modificado por Dulbecco (DMEM) que contenía suero bovino fetal al 10%, 1% de penicilina-estreptomicina y 1% de HEPES (N-2-hidroxietilpiperazina-N-2-etano ácido sulfónico) solución tampón mediante la adición de 50 ml de suero fetal bovino inactivado por calor y 5 ml cada una de una solución tampón de 100x penicilina-estreptomicina y HEPES 100x a una botella de 500 ml de DMEM. Este reactivo puede almacenarse a 476; C durante meses.
- De semillas de 2,5 x 10 4 células Vero E6 por pocillo en una placa de cultivo de tejidos de 48 pocillos en un volumen final de 500 l de DMEM completo. Incubar la placa a 37 ° C en una incubadora humidificada que contiene 5% de CO2 durante 10 a 18 horas.
- Sembrar la placa al final de la jornada laboral. Pruebe cada muestra de virus, ya sea en pozos por duplicado o triplicado.
Nota: Si bien se describe una plataforma de bien a base de 48 para este ensayo, debería ser posible escalar el ensayo abajo para su uso en 96- o placas de 384 pocillos.
- Sembrar la placa al final de la jornada laboral. Pruebe cada muestra de virus, ya sea en pozos por duplicado o triplicado.
2. Llevar a cabo el Adjunto virus-célula
Nota: El virus utilizado en este protocolo, la cepa JUNV Candid # 1 (C # 1), se ha utilizado con éxito como una vacuna viva atenuada para la prevención de la enfermedad JUNV 29. JUNV C # 1 se deriva de la cepa XJ JUNV virulento a través de pases en serie tanto in vivo como in vitro y se diferencia de la cepa parental XJ por 12 aminoácidos 30. because JUNV C # 1 es un nivel de bioseguridad (BSL) -2-patógeno clasificado, el trabajo descrito para esta sección debe llevarse a cabo utilizando apropiadas BSL-2 31 prácticas. Esto incluye el uso de equipo de protección personal (por ejemplo, protección ocular, bata de laboratorio, guantes dobles), un gabinete de bioseguridad clase II, y asegurar que todo el personal haya recibido la formación institucional y autorizaciones necesarias para manejar con seguridad este organismo.
- Diluir la JUNV C # 1 muestra (s) a ensayar a la PFUs deseado o centrarse unidades formadoras en helado de DMEM completo y almacenar en hielo hasta el momento de añadir a cada pocillo.
Nota: Como alternativa a la realización de los estudios de unión con el virus diluido en DMEM completo, utilice un medio mínimo que contenía PBS con una concentración reducida de suero (2%) y un tampón apropiado para establecer si el suero puede causar interferencia con la unión del virus. protocolos de fijación similares para los virus alternativos han reportado el uso de RPMI 1640 sin bicarbonate que contiene 0,2% de albúmina de suero bovino, 10 mM (2- (morfolino) etanosulfónico), y 10 mM HEPES, pH 6,8 32. Este medio de unión pueden ser superiores para evitar cambios de pH que podrían ocurrir cuando los medios se elimina de la CO 2 -Medioambiente de la incubadora.- Inocular pozos con PFUs que van desde 200 a 2000 para limitar los eventos de unión no productivas. Como se muestra en la Figura 2, este ensayo es capaz de detectar de fijación usando tan pocos como 20 PFU (o tanto como 2 x 10 6 PFU).
- Crear una mezcla maestra del virus a las células para la inoculación. Cada muestra de virus se inoculó en pocillos por duplicado en un volumen de 50 l por pocillo. Por lo tanto, si se desea la adición de 2.000 UFP de virus por pocillo, diluir 4.800 PFU en un volumen total de 120 l de hielo frío completar DMEM.
- Para el control de la especificidad del ensayo, utilizar un par emparejado de líneas de células de ovario de hámster chino que, o bien no expresan TfR1 (TRVB) o expO prima hTfR1 (TRVB-1) como JUNV apego a estas células debe ser reducida o no, respectivamente 13,33. Como alternativa, el tratamiento de las células con una proteasa tal como proteinasa K para impedir la adhesión de arenavirus 34 o 35 de entrada. Soluble hTfR1 o el anticuerpo monocolonal ch128.1, que es específico para hTfR1, también podrían considerarse como son conocidos para bloquear la entrada de JUNV en células 13,36. Además, el tratamiento previo de las células con manosa libre de 14 o incubación de partículas con anticuerpos neutralizantes específicos JUNV-37 puede inhibir la entrada del virus.
- Tenga en cuenta, sin embargo, que estos últimos reactivos y enfoques, a pesar de bloquear la entrada JUNV, no han sido confirmados a bloquear la unión, aunque esta es una explicación probable. El protocolo descrito aquí podría ser utilizado para determinar formalmente si estos diversos enfoques de fijación virión impacto.
- Eliminar las placas de la incubadora a 37 ° ycolocar ya sea en un refrigerador 4 ° C o en hielo durante 15 min para inhibir la capacidad de las células cultivadas en placas para llevar a cabo la endocitosis.
- A continuación, aspirar el DMEM completo de cada pocillo y lavarse rápidamente cada pocillo dos veces con 100 l de PBS enfriado con hielo (salina tamponada con fosfato), pH 7,4. A continuación, añadir 50 l de las muestras de virus pre-diluido (preparado en el paso 2.1) a los pocillos apropiados.
- Envolver la placa en papel plástico y coloque de inmediato ya sea de nuevo en hielo o en un refrigerador de 4 ° C durante 1 a 1,5 horas para permitir la fijación del virus que se produzca. Mantener la reacción, el tampón de lavado, y las muestras de virus frío a 4 ° C durante todo este paso.
- Después de la finalización de la incubación C 4 °, aspirar el inóculo de virus y lavar cada pocillo 3 veces con 200 l de PBS enfriado en hielo.
3. Viral RNA Extracción
- Se purifica el ARN viral de JUNV C # 1 partículas unidas a las monocapas utilizando el kit comercial (por ejemplo, RNeasy Mini kit) according con el protocolo del fabricante. En concreto, siga la "purificación de ARN total a partir de células animales utilizando la tecnología de protocolo de giro" en las páginas 23-28 en el Mini Manual RNeasy (4ª edición, abril de 2006) con las modificaciones que figuran a continuación.
- Lisar las células como se indica en el paso 1b mediante la adición de 350 l de tampón de lisis RLT directamente a cada pocillo. Mezclar el tampón varias veces para asegurar la lisis celular. Tenga en cuenta que las células lisan fácilmente en este tampón y la lisis completa se pueden verificar mediante la visualización de pozos bajo un microscopio invertido.
- Transferir el lisado celular resultante a la columna de kit (etapa 3a) y seguir el resto del protocolo como se describe. En este punto, el virus ha sido neutralizado por el tampón de lisis por lo que los pasos restantes del protocolo se puede hacer fuera de la cabina de bioseguridad de clase II, siempre los tubos del kit no estaban contaminados con virus infeccioso.
- Incluir el paso opcional 9 desde el protocolo del fabricante, que es un Additional de la centrifugación de la columna de centrifugación para eliminar cualquier posible prórroga de tampón RPE.
- En el paso final el protocolo del fabricante (etapa 10), eluir el ARN purificado a partir de la columna de centrifugación con 30 l de ddH libre de nucleasa 2 O. ARN almacenar a -80 ° C en este punto o utilizar directamente en el ensayo QRT-PCR. Para evitar la degradación de las muestras de ARN virales purificados por nucleasas, utilizar reactivos y equipo libre de nucleasa y mantener las muestras de ARN descongeladas en hielo.
Nota: Los tampones RLT y RW1 contienen sal de guanidina y no se deben mezclar con lejía. Buffer RW1 contiene etanol.
4. QRT-PCR Medición del genoma viral
- Para convertir JUNV C # 1 RNA segmento S en ADNc para su posterior qPCR, someter el RNA viral (generada en la etapa 3.1.4) para RT en un volumen total de 50 l.
- Para configurar la reacción RT, crear primero una mezcla maestra que contiene cada uno de los siguientes reactivos por reacción: 6,75 l de nucleasaexento de ddH 2 O, 5 l de un stock de la RT del cebador S 2 M 2098- a 2075- (5'-AAGGGTTTAAAAATGGTAGCAGAC-3 '), que es complementaria a la región NP del segmento S RNA genómico, 5 l de tampón 10X PCR II, 11 l de una solución de MgCl 25 mM 2, 1,25 l (62,5 unidades) de la enzima RT, 1 l (0,4 unidades) de inhibidor de RNasa, y 10 l de un stock de dNTPs 500 mM.
Nota: Durante el curso de la replicación arenavirus, se generan 4 especies de ARN segmento S virales: a ARN de longitud completa genómico (vRNA), una longitud completa de ARN antigenómico (vcRNA) (que es el complemento inverso de la vRNA), y dos mRNAs subgenómicos que codifica los genes NP y GP, respectivamente. El cebador de RT que aparece aquí es específica sólo para el segmento S vRNA, pero no el vcRNA, mRNA NP, o ARNm GP. - Mezclar suavemente la mezcla maestra RT y luego alícuota de 40 l en tubos de 0,2 ml PCR individuales. Añadir 10 l de RNA viral a cada tubo. Incluir i) un tubo de control sin molde (por ejemplo,. Añadir 10 l de H2O a 40 l-nucleasa libre de ddH de la mezcla maestra) y ii) un control de la enzima no RT (por ejemplo, añadir 10 l de una muestra de ARN viral conocida positiva a 40 l de mezcla maestra que no recibieron cualquier enzima RT) a la pantalla de la contaminación de los reactivos RT con ADN amplificado que contiene la secuencia diana viral. Incluir ARN extraído de las células no infectadas con la mezcla completa maestro RT para el control de la especificidad del ensayo en presencia de ARN celular.
- Además, incluir una muestra de ARN viral conocida positiva a la mezcla principal completo para verificar la calidad de los reactivos de RT. Tenga en cuenta que el volumen de la reacción de RT se puede reducir a 25 l si es necesario.
- Para configurar la reacción RT, crear primero una mezcla maestra que contiene cada uno de los siguientes reactivos por reacción: 6,75 l de nucleasaexento de ddH 2 O, 5 l de un stock de la RT del cebador S 2 M 2098- a 2075- (5'-AAGGGTTTAAAAATGGTAGCAGAC-3 '), que es complementaria a la región NP del segmento S RNA genómico, 5 l de tampón 10X PCR II, 11 l de una solución de MgCl 25 mM 2, 1,25 l (62,5 unidades) de la enzima RT, 1 l (0,4 unidades) de inhibidor de RNasa, y 10 l de un stock de dNTPs 500 mM.
- Someter los tubos de RT a las siguientes condiciones de ciclo: 25 ° C durante 10 min, 48 ° C durante 30 min, y 95 ° C durante 5 min. Tenga en cuenta que las muestras se pueden almacenar a -20 ° C en este punto o se dejan durante la noche en el termociclador mediante la adición de un paso 4 ° C.
- Pealice qPCR en un volumen total de 25 l.
- Hacer una mezcla maestra qPCR mediante la combinación de lo siguiente: 2,5 l (de un depósito 9 M) de cada cebador de PCR hacia adelante S1937 + a 1958+ (5'-CATGGAGGTCAAACAACTTCCT-3 ') e inverso PCR Primer S 2001- a 1982- (5 '-GCCTCCAGACATGGTTGTGA-3'), 2,5 l (de un depósito de 2 M) de la sonda qPCR S 1960+ a 1975+ (5'-6FAM-ATGTCATCGGATCCTT-MGBNFQ-3 '), y 12,5 l de la maestra universal de 2X qPCR mezcla. Tenga en cuenta que el cebador directo se informó aquí, que es específico para JUNV C # 1, difiere en 1 nt de la secuencia del cebador informado originalmente 38, que se dirige a la cepa virulenta JUNV Romero.
- Mezclar suavemente la solución y luego añadir 20 l a cada qPCR también. Añadir 5 l de cada reacción de RT a los pocillos apropiados de qPCR. Llevar a cabo qPCR por triplicado para cada muestra ensayada. Tenga en cuenta que el volumen de reacción PCR puede reducirse a tan poco como 12,5 l si es necesario.
Nota: El software asociado conla máquina qPCR generará números de copias absolutos de JUNV C # 1 segmento S ARN genómico mediante la comparación del valor de cada muestra desconocida a una serie de diluciones estándar de plásmido que codifica el JUNV C # 1 gen NP, que es la diana del cebador de qPCR y sonda. El ensayo qPCR sólo puede proporcionar la cuantificación de los valores que caen dentro del rango de la curva estándar. Por esta razón, incluir las siguientes cantidades de plásmido (en pocillos por triplicado): 5, 50, 5 x 10 3, 5 x 10 5, y 5 x 10 7 copias por pocillo.
- Cargar la placa de qPCR en el termociclador y ejecute las siguientes condiciones de reacción: 95 ° C durante 10 min y 40 ciclos de 95 ° C durante 15 segundos y 60 ° C durante 1 min.
- Recopilar y analizar los datos para determinar la cantidad de ARN viral presente en cada muestra de acuerdo con el protocolo del fabricante.
- Para establecer una curva estándar utilizando una muestra recién purificada de plásmido que contiene el alquitrán qPCRobtener la secuencia, determinar primero el número de copias del plásmido en esta solución.
- Calcular el peso molecular del plásmido. Si se conoce la secuencia de todo el plásmido, el cálculo de este utilizando la siguiente fórmula: MW = ([A * 312,2] + [G * 328,2] + [C * 288,2] + [T * 303,2] - 61,13). Recuerde incluir el número total de nucleótidos particular se encuentra en cada hebra del plásmido de doble cadena.
- Si el tamaño del plásmido se conoce, pero su secuencia exacta no es, calcular el MW bajo el supuesto de que cada par de bases dsDNA tiene un PM de 600.
Nota: El pCAGGS-JUNV C # 1 NP plásmido usado aquí tiene un peso molecular de 4,2 x 10 6. - Una vez se ha determinado el MW del plásmido, calcular cómo están presentes en la solución madre de plásmido muchas copias por l.
- En primer lugar el cálculo de la g total de plásmido en la solución, a continuación, convertir esta a moles de plásmido (por ejemplo, si 69 g de plásmido están contenidos en 300 l de agua, a continuación, 6,9 x 10 -5 g de plásmido * 1 mol / 4,2 x 10 6 g de plásmido = 1,6 x 10 -11 moles de plásmido), que se puede convertir en número de copias (por ejemplo, 1,6 x 10 -11 moles de plásmido * 6,022 x 10 23 moléculas / mol = 9,8 x 10 12 moléculas (o copias)).
- Divida las copias totales de plásmido en la solución de plásmido por el volumen de esta solución para obtener copias por l (por ejemplo, 9.8 x 10 12 300 copias / l = 3,28 x 10 10 copias).
- Diluir esta solución adecuadamente de modo que 5 volúmenes mu l pueden ser cargados en la placa de PCR para entregar el rango de número de copias necesarias para establecer la curva estándar.
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Representative Results
Para demostrar la sensibilidad y el rango dinámico del ensayo qPCR, cantidades conocidas de un plásmido que codifica el gen NP del JUNV C # 1 (rango de 5-5 x 10 7 copias) fueron sometidos a qPCR como se describe en la Sección 4 del protocolo. El ensayo es sensible y puede detectar de manera fiable tan pocos como 5 copias del ácido nucleico diana (Figura 2). Además, el rango dinámico del ensayo es grande y, como se muestra en la Figura 2, puede cubrir al menos 7 registros de plantilla. Aunque no se muestra, se ha detectado un máximo de 5 x 10 9 copias de ácido nucleico.
Para ilustrar la utilidad del ensayo para la medición de JUNV C # 1 de fijación de las partículas, diversas cantidades de JUNV C # 1 se preunido a las células Vero E6 como se describe en el protocolo. Después de lavar las partículas de no unidas, se lisaron las células para la purificación de ARN y las muestras de ARN resultantes se sometieron a QRT-PCR. Como se muestra en la Figura 3, el ensayo puede detectar eventos de unión virales usando tan pocos como 20 o tantos como 2 x 10 6 PFU, que se traduce en MOI de 0,0004 y 40, respectivamente.
Como se muestra en la Figura 4, es posible modificar el protocolo, no sólo para medir la unión del virus, sino también la tasa de amplificación del genoma contenido en las partículas virales entrantes en el tiempo. Este enfoque modificado se puede utilizar como un sustituto para determinar si más defectos en los pasos restantes de la entrada viral (por ejemplo, la endocitosis de partículas y / o fusión y liberación de genoma viral en el citoplasma) podría estar ocurriendo. Curiosamente, la cantidad de genoma viral parece disminuir durante la primera fijación 6 hr siguiente, lo que sugiere que una parte del genoma viral de entrada se degrada. Esto podría suceder a partículas que no son tenidas en la célula y se degradan en el extracelularespacio ular o tal vez debido a la degradación de la red endolysosomal. Los datos que se muestran demuestra que 12 o 18 horas después de la infección sería tiempos óptimos para la detección de la replicación del genoma activo.
Figura 1:. Representación de flujo de trabajo del protocolo Los pasos principales del ensayo de unión de células virus son 1) la incubación de partículas de virus con las células a 4 ° C para permitir la unión virus-célula que se produzca seguido de lavados para eliminar el virus no unido, 2) Purificación de ARN viral de las células, 3) la transcripción inversa (RT) para convertir JUNV S segmento de ARN genómico (vRNA) en ADNc, y 4) qPCR para enumerar copias de JUNV S vRNA como medida de la unión virus-célula. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 2:. QPCR ensayo para la detección de JUNV S genoma segmento es sensible y se puede utilizar en un amplio rango dinámico La sonda-primer conjunto JUNV S segmento de qPCR fue probado por su capacidad para medir con precisión cantidades conocidas (5, 16.6, 50, 5 x 10 3, 5 x 10 5, o 5 x 10 7 copias) de un plásmido de control estándar de ADN que codifican la secuencia diana. Se representan las gráficas de amplificación (A) y líneas de la curva de ajuste estándar (B). R2, el coeficiente de correlación de conjunto de cebador-sonda. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 3: ensayo de unión de células JUNV fiable medidasfijación de partículas usando tan pocos como 20. células Vero E6 PFU fueron ya enlazado con cantidades conocidas de JUNV C # 1 (2 x 10 1, 2 x 10 2, 2 x 10 3, 2 x 10 4, 2 x 10 5, o 2 x 10 6 PFU) por 1.5 horas a 4 ° C. partículas no unidos se eliminaron mediante lavado, las células se lisaron para la extracción de RNA, y las muestras de ARN resultantes se sometieron a QRT-PCR para detectar JUNV C # 1 segmento S vRNA como medida de la unión de partículas a las células Vero E6. Los datos representan el número de copias medio por pocillo de pocillos duplicados ± SEM.
Figura 4:. Cinética de JUNV C # 1 la replicación del genoma después de la infección las células Vero E6 se incubaron con 2 x 10 3 PFU de JUNV C # 1 (MOI de 0,04) de 1,5 horas a 4 ° C. Después de varios lavados en PBS enfriado con hielo, las células fueron cosechadas, ya sea inmediatamente (0 hr punto de tiempo)o se calienta a 37 ° C durante los tiempos indicados antes de la recogida. En cada caso, el ARN total fue extraído de células y se sometió a QRT-PCR para detectar JUNV C # 1 segmento S vRNA. Los valores se dan como media copias por pocillo de los pocillos duplicados ± SEM.
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Discussion
El protocolo se describe es sencillo y robusto siempre que se respeten las siguientes consideraciones críticas. En primer lugar, se debe emplear una estricta técnica de pre-PCR (ver 28 para una excelente revisión). Es imperativo que todos los reactivos y equipos están libres de ADN amplificado que contiene la secuencia diana qPCR y que los controles adecuados para detectar este tipo de contaminación. En segundo lugar, por la parte de unión virus-célula del protocolo, el virus, las células y los medios de comunicación deberán mantenerse a 4 ° C para evitar la endocitosis de los viriones unidos a la superficie. En tercer lugar, la cantidad de células recogidas para la extracción de RNA no debe exceder de la capacidad de unión de ARN del filtro de purificación de ARN. En cuarto lugar, purificados muestras de ARN virales deben ser protegidos de la degradación de ribonucleasa mediada a través del uso de reactivos y equipos libres de nucleasa y manteniéndolos en hielo cuando se descongela. En quinto lugar, el rango de la curva estándar incluida en el ensayo qPCR debe ser suficientemente grandepara capturar todos los valores observados de las muestras desconocidas. En sexto lugar, repeticiones técnica deben incluirse tanto para la parte de unión virus-célula del ensayo, así como la qPCR de muestras individuales de ARN. , Controles (por ejemplo, líneas celulares que expresan hTfR1 o no) Séptima pueden ser incluidos en el control de la especificidad del ensayo. Por último, todo el personal debe tener una formación adecuada bioseguridad y la aprobación institucional para manejar JUNV infecciosa C # 1 u otros arenavirus patógenos.
La porción qPCR del protocolo requiere una sonda de qPCR principalmente para asegurar la especificidad del producto que se amplifica en cada etapa de la reacción de PCR. El costo de la prueba podría ser reducido, sin embargo, mediante la eliminación de esta sonda qPCR en favor de otra química qPCR que no requiere una sonda (por ejemplo, el uso del tinte asimétrico SYBR Green I 25) y / o mediante la reducción del volumen de la mezcla de reacción qPCR utiliza. Si una sonda de qPCR aplicación independienteRoach se utiliza, sería importante verificar que las condiciones de reacción son lo suficientemente estricto para asegurar la especificidad de los cebadores qPCR. También es importante tener en cuenta que el ARN arenavirus, ya sea extraído de células o viriones, puede ser preparado de manera no específica para formar cDNA durante la RT en ausencia de un cebador de RT-virus específico 12. Por lo tanto, copiar números detectados utilizando un cebador específico vRNA-RT no reflejan estrictamente sólo las especies de ARNv dirigidos por el cebador RT. Si especificidad de genoma o antigenoma se requiere, nos han informado de un medio para evitar este fenómeno de cebado no específico mediante el uso de cebadores biotinilados RT y perlas de estreptavidina 12.
Se admite un grado importante de este ensayo es su extrema sensibilidad. Otros ensayos de fijación de células arenavirus que ofrecen radiactivamente marcado con 22, 20 o biotinilados fluorescentemente etiquetados 21 partículas han requerido MOIs de 0,2, 100, o 1000, respectivaLy. Aunque el uso de partículas marcadas radiactivamente resultado en buena sensibilidad, se hace necesario el uso de la radiactividad, lo que aumenta la complejidad y de seguridad logísticos preocupaciones asociadas con este ensayo particular. El método basado en la qPCR descrito aquí requiere tan poco como 20 UFP (MOI de ~ 0,0004 en una placa de 48 pocillos) y se puede detectar con fiabilidad de fijación sobre un gran rango dinámico de las MOI (por ejemplo, las MOI de 0,0004 a por lo menos 40) (Figura 3 ). La fuerte sensibilidad de este ensayo hace posible el uso de las MOI baja para una medición más precisa de eventos de unión productivas por virus infeccioso estándar. La alta sensibilidad también reduce significativamente la cantidad de virus necesaria para el ensayo y, al hacerlo, limita las etapas de manipulación adicionales que pueden afectar la calidad de los viriones se utilizan en el ensayo (por ejemplo, polietileno de precipitación a base de glicol de los viriones, el etiquetado de los viriones con fluoróforos o isótopos radiactivos y / o sacarosa-bandas de VIRIOns). Además, el ensayo de qPCR en sí es fácil de realizar, así como altamente precisa y reproducible.
El ensayo de células-apego descrito puede ser modificado para medir las etapas adicionales de la entrada viral incluyendo la endocitosis de partículas virales, así como el paso final de la fusión del virus, que es la liberación de genoma viral en el citoplasma. Para medir la endocitosis de las partículas, las mismas etapas del protocolo de fijación se siguió a través de la etapa 2.5, que es la unión de partículas a las células a 4 ° C. Las células serían entonces se calentó a permitir que las partículas virales que se endocitosis, seguido de tratamiento con una proteasa para quitar cualquier viriones unidos externamente que no fueron endocitados como se describe 22,24. Las secciones 3 y 4 de este protocolo iría seguido para extraer el ARN viral y cuantificar copias de ARN genómico viral como una medida de la endocitosis. Para medir uncoating genoma después de la fusión de las membranas virales y endosomales, las células se preunido convirus a 4 ° C, se calentó (para permitir la endocitosis y la fusión) y despojado de partículas externas, y después se recogió para el análisis. En un enfoque, las células pueden ser lisadas en un tampón isotónico para preservar vesículas intracelulares, y a continuación, dividido en 2 fracciones: una que sería tratada con un cóctel de RNasas (RNA viral sin recubrimiento es susceptible a la degradación) y el otro que no lo haría 39 . Alternativamente, las células podrían ser separados en citosólicas o endosomal fracciones 40. En ambos casos, QRT-PCR se usó para cuantificar el genoma viral en el citoplasma como una medida de uncoating genoma viral. Por último, el QRT-PCR ensayo se puede modificar fácilmente para estudiar la fijación del virus, endocitosis, o la fusión de otros virus proporcionados los reactivos de RT-PCR están adaptados al nuevo virus de interés (véanse ejemplos 24-27).
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Disclosures
Los autores declaran que no tienen intereses financieros en competencia.
Acknowledgments
Agradecemos a Markus Thali, Nathan Roy, Christopher Ziegler, Emily Bruce, y Benjamín Rey útil para los debates y los Institutos Nacionales de la Salud para el apoyo de estos estudios a través de subvenciones T32 AI055402 (JK), R21 AI088059 (JB), y P20RR021905 (JB) .
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| DMEM | Life Technologies | 11965-118 | |
| Penicillin-Streptomycin | Life Technologies | 15140-163 | 100x |
| HEPES Buffer Solution | Life Technologies | 15630-130 | 100x |
| PBS pH 7.4 | Life Technologies | 10010-023 | 1x |
| Vero E6 cells | American Type Culture Collection | CRL-1586 | |
| Costar 48-well plate | Corning | 3548 | |
| RNeasy mini kit | Qiagen | 74106 | do not mix buffers RLT or RW1 with bleach |
| QIAshredder homogenizer | Qiagen | 79654 | |
| Taqman Universal PCR Master Mix | Life Technologies | 4326614 | |
| Multiscribe Reverse Transcriptase (50U/µl) | Life Technologies | 4311235 | |
| dNTP Mixture (10 mM; 2.5 mM each dNTP) | Life Technologies | N808-0260 | |
| GeneAmp 10X PCR Buffer II and 25 mM MgCl2 solution | Life Technologies | N808-0010 | |
| RNase Inhibitor (5000U/100 µl) | Life Technologies | N808-0119 | |
| RT primer 5’-AAGGGTTTAAAAAT GGTAGCAGAC-3’ |
Integrated DNA Technologies | 250 nmol DNA oligo | standard desalting |
| Forward qPCR primer 5’-CATGGAGGTCAAACAACTTCCT-3’ | Life Technologies | 4304971 | standard desalting |
| Reverse qPCR primer 5’-GCCTCCAGACATGGTTGTGA-3’ | Life Technologies | 4304971 | standard desalting |
| TaqMan Probe 5’-6FAM-ATGTCATCGGATCCTT-MGBNFQ-3’ | Life Technologies | 4316033 | HPLC purified |
| MicroAmp Fast Optical 96-well reaction plate (0.1 mL) | Life Technologies | 4346906 | |
| StepOnePlus Real-Time PCR System | Life Technologies | 4376598 | or other qPCR instrument |
References
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