Protocol
1.稀释抗原和生成抗原微阵列
- 稀释在PBS中的抗原，以0.2毫克/毫升的最终浓度。打印一式两份可达162独特的抗原与9针的微阵列的配置。包括在抗原库作为阳性对照IgG和IgM的抗原。包括的PBS仅作为阴性对照。
- 加入20微升的每种抗原到384孔源板。添加抗原到源盘在镜像打印头的设置团体（ 例如 ，安排抗原的9组时9引脚用于打印）。
- 盖源板箔片和冷冻在-80°C，直到准备打印阵列。
- 通过在超声处理浴使用去离子水将其培养为3×1分钟清洗固体微阵列引脚。在机架的地方针脚干燥，然后安排打印头芯片的引脚。对于9针，使用3×3的配置。
- 对于打印程序微阵列通过设置打印头数针运行，幻灯片的数量来打印，垫片的数目在每个滑动，并为每个抗原重复点的数目。通常情况下，使用9销70滑动，第2焊盘/滑动，并为每个抗原2重复点。计划到微阵列销超声处理在水中抗原的不同群体之间。
- 解冻源盘和在100×g的1分钟，然后离心板。将源盘在微阵列指定地点。除去被覆盖要打印的抗原的第一组的箔的部分。
- 排列在表面点样仪和运行打印程序未打印幻灯片。在室温打印幻灯片与湿度对点样仪设定在55 - 60％，而阵列机加湿器构建。
- 每一组抗原被印在所有的幻灯片后，暂停微阵列。覆盖只是印有铜箔的抗原（防止蒸发），并发现要打印抗原的下一组。继续打印程序。
- 毕竟抗原已打印，覆盖源PL吃了在-80℃的新的金属箔片和冻结。将在滑动盒和真空密封打印幻灯片。载玻片可使用第二天或长达一个月后。
2.探测抗原基因芯片与血清稀释
- 将滑入使用培养室帧。加入700微升封闭缓冲液（2.5％[体积/体积]胎儿小牛血清（FCS），0.1％[体积/体积]吐温20在PBS中）的每个阵列表面。
- 放置在框架和地点粘合膜在用一块湿纸巾的密封容器中。在摇杆孵育O / N在4℃。
- 在封闭缓冲液100：稀释血清样品1。吸阻塞来自阵列溶液，并添加500μl的稀释样品至每个阵列的表面上。
- 带粘接膜覆盖，并于4℃用摇动孵育1小时。
- 稀释的二抗在封闭缓冲液。对人类的研究，稀一个Cy3标记的山羊抗 - 人IgG抗体以0.33微克/毫升和Cy5标记的山羊抗 - 呼玛Ñ的IgM抗体至0.25微克/毫升。对小鼠的研究中，稀一个Cy3标记的山羊抗小鼠IgG抗体至0.38微克/毫升和Cy5标记的山羊抗小鼠IgM抗体至0.7微克/毫升。
- 从阵列吸的样品和冲洗阵列表面4次漂洗缓冲液（在PBS中的0.1％吐温20）。倒入缓冲到到幻灯片和快速轻弹关闭。
- 加入700μl封闭液与摇摆洗每个阵列表面和孵化10分钟，在室温中。重复洗涤步骤两次。
- 加入500μl稀释的第二抗体与各滑动表面并与粘合剂膜覆盖。孵育45分钟，在4℃下用摆动。
- 从幻灯片吸二级抗体混合物作为冲洗上述4倍。洗涤滑动用封闭/稀释缓冲液700微升如上3次。
- 除去从浸渍在PBS中的金属滑动机架帧和地方幻灯片。孵育在室温20分钟以轨道振荡。在PBS的新容器中，并培育另一个20米在发抖。
- 地方滑动架中的去离子水15秒的容器。安置机架在水的新容器和孵化另一个15秒。
- 要干片，离心机和旋转220 XG ELISA板适配器，在室温下5分钟的地方滑架上。
- 放置在不透光的盒滑动，直到准备好进行扫描。
3.扫描抗原微阵列和导出数据
- 扫描载玻片使用微阵列扫描仪，可以检测Cy3和Cy5的荧光信号。为了调整扫描器的光电倍增管（PMT）的水平，预扫描只与二次抗体探测的幻灯片。
注：该幻灯片应该有印有包括正（IgG和IgM）的全部抗原库以及阴性（PBS）的控制。预扫描是低分辨率扫描，允许用户迅速地找到最佳的PMT设置。 - 设置PMT值，以便人IgG等功能（详见Cy3的信道）和嗡嗡声IgM的功能（在Cy5的通道）也有类似的中位数荧光强度减去背景（MFI-B）（通常为40,000）。 PMT中水平通过按下“硬件”按钮组。一旦设定，保持这些PMT设置不变。
- 通过按下“扫描”按钮扫描上的两个通道中的实验滑动。每次扫描后保存幻灯片图像（两个通道）。
- 加载滑待分析成通过使用“文件”按钮微阵列的软件。
- 通过使用“文件”按钮加载基因数组列表（GAL）文件。在GAL文件具有与阵列特征的身份阵列的布局。
- 将在扫描图像阵列模板，以便阵列特征密切模板匹配越好。
- 对齐中的所有块的特征与通过按下“调整”按钮的模板。该计划通常会发现的圆形特征的轮廓，但一些手动调整可能是必要的。这些调整可以通过输入功能模式进行。然后软件将每个抗原的计算MFI-B。
- 使用“文件”按钮将这些结果导出为文本文件。
4.使用微阵列显着性分析分析阵列数据（SAM）
- 加载单独的文本文件转换成Excel和确定具有MFI-B的Cy3和Cy5通道列。
- 计算平均值的重复功能。
- 对于任何负面的MFI-B取代除以100原始MFI-B，然后通过计算日志基座2变换数据与10分的负数。
- 如前面描述的7与分析微阵列（SAM）的意义分析日志转换后的数据。
- 使用两个群体（ 例如 ，健康对照与患者），标记一组“1”和该组的研究“2”。使用SAM两班，不成对的分析来识别抗原的反应性是有s两组ignificantly不同（Q值<0.05）。
- 使用聚类和热图生成软件制作图像供呈现8。
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Representative Results
抗原是由机器人微阵列布置在384孔板和印刷到载玻片如图1， 图2示出了放置在培养室和处理后的扫描滑动一帧滑动。 图3示出了阳性和阴性对照载玻片。负滑动仅与二级抗体探测，与阳性对照载玻片从系统性红斑狼疮的患者探测血清。通过使用两个单独标记的二次抗体，IgG和IgM的反应性可以在同一滑动表面上分离。 图4示出了针对单链DNA（ssDNA）和IgG在宽针对核糖体的P（日波P）的抗体的IgM抗体的荧光强度范围血清稀释的。在从与反对瑞博P已知的反应性系统性红斑狼疮患者的这个实验阳性对照血清使用。林耳响应的IgM抗体通道在所有血清稀释观察。线性响应于IgG的信道到约30,000的MFI-B的观察到的。这点之后，反应开始饱和并增加抗体日波P不会导致在MFI-B的相应增加。 图5示出的阵列是如何可用于检测人血清中的类风湿因子。在这项研究中，使用从患者用冷球蛋白血症血管炎与记录类风湿因子的血清的167国际单位/毫升（通常<11国际单位/毫升）（IgM抗体抗IgG抗体）。使用的第二抗体单独，没有IgM的反应性被认为是针对被点样到阵列的抗体。与此相反，显著的IgM反应性（约5000的MFI B）的抗IgG的检测当滑动与从类风湿因子的患者血清探测。 图6示出了双色抗原微阵列用于与小鼠血清利用的发展。在该图中，小鼠IgM第在点样到阵列仅由到阵列仅由抗小鼠IgG第二抗体检测到有斑点的抗小鼠IgM次级抗体和小鼠IgG检测的图上的扫描的模板网格7示出对准使用微阵列分析软件阵列图像。一旦该阵列的功能已被与网格对齐，阵列特征进行分析，以获得用于每个特征值荧光强度减去背景。
图1.抗原微阵列。抗原的产生首先被放置在源板。在图中所示的源板，抗原被布置在9组，匹配打印头销的3×3布局。然后在源板被放置在机器人微阵列，然后将抗原点到的幻灯片。在这个例子中，2-垫FAST载玻片ARE中使用，允许同一阵列要看准到2硝化纤维表面。 请点击此处查看该图的放大版本。
图2. 抗原微阵列。幻灯片的处理中使用的培养室放置在快速帧和通过添加样品，然后二级抗体进行处理。抗原反应性，揭示与能够检测荧光信号的扫描器。 2垫FAST幻灯片的扫描图像显示， 请点击这里查看该图的放大版本。
<BR /> 图3. 双色抗原微阵列优化与人类血清的使用。 （A）的IgG，IgM抗体，和IgG的Fc仅与第二抗体探测阵列上进行检测。这三种抗原是阳性对照，以显示第二抗体的特异性。红色荧光（IgM的信道）表示抗 - 人IgM第二抗体的结合。绿色荧光抗体（IgG通道）表示的抗人IgG第二抗体的结合。 IgG的Fc的抗原是由于过饱和白色。从已知的反应性瑞博P抗原系统性红斑狼疮患者的阳性对照血清探测阵列上检测到（B）有更多的反应性。的框表示，其中的DNA和日波P的抗原已被被排列的位置。（C）的阳性对照血清中的荧光强度的定量表明，大多数对DNA抗原的抗体反应性的是免疫球蛋白的中号同种型。（D）的阳性对照血清中的荧光强度的定量表明，大部分针对日波P抗原抗体反应性的是IgG同种型。阵列特征点样两份和直径约为500微米。图表显示平均值±标准差为阵列功能。双链DNA，双链DNA;单链DNA，单链DNA; MFI-B，中值荧光强度减去背景;核糖P，核糖体P。 请点击此处查看该图的放大版本。
图4. 荧光强度与血清稀释因子（A）的MFI-B在宽范围的血清稀释度的示出了用于IgM的抗单链DNA和IgG抗日波P.对于这些实验中，使用用抗日波P和ssDNA的已知抗体反应性的阳性对照血清。 MFI-B被以大约65,000值饱和的。所述MFI B数据（B）的LOG2变换揭示在IgG和IgM通道都在宽范围的抗原反应性的线性响应。超过30,000 MFI-B，IgG的信号开始饱和，从而失去线性。阵列的功能包括在6个重复被发现。图表显示平均值±标准差为阵列功能。单链DNA，单链DNA; MFI-B，中值荧光强度减去背景;核糖P，核糖体P。 请点击此处查看该图的放大版本。
图5. 类风湿因子的检测与双色抗原微阵列。
图6 的双色阵列发展到简介小鼠血清抗体：（A）阵列仅与第二抗体进行探测。红色荧光指示抗小鼠IgM二级抗体的结合。绿色荧光表示抗小鼠IgG二抗的结合。被点样到阵列的小鼠IgG仅由防谋检测本身IgG二抗，以及被发现仅由抗小鼠IgM二级抗体检测到的小鼠IgM。关于由该二级抗体检测出的阵列的其他功能是针对小鼠IgG或小鼠IgM捕获抗体。用抗组氨酸标记的小鼠IgG单克隆抗体探测（B）的阵列。在此阵列中，日波P抗原（重组his标记蛋白）是绿色，这表明它仅由抗小鼠IgG第二抗体进行检测。这是考虑到的单克隆抗体是IgG同种型的预期。当阵列单独第二抗体（橙色框）探测未检测中的核糖P抗原。IgG抗体，IgM抗体（三）定量和Ribo P与抗组氨酸标记的鼠IgG单克隆抗体探测阵列上的功能。阵列特征点样在六个重复和直径约为500微米。图表显示平均值±标准差为阵列功能。 MFI-B，中位数氟escence强度减去背景;核糖P，核糖体P。 请点击此处查看该图的放大版本。
图7. 模板电网对准到一个数组图片，在这张截图，模板网格，这是从加仑文件生成的，与以前扫描的抗原分子微阵列排列。该阵列由系统性红斑狼疮和血液凝固障碍谁有许多自身抗体的反应性的患者的血清探测。绿色荧光代表的IgG抗体的结合和红色荧光代表IgM抗体结合。由实心销打印的特点是接近圆形，容易被微阵列软件（Genepix）中概述。一旦网格对齐完成后，softwarE能计算每个阵列功能的中位数荧光强度减去背景（在Cy3和Cy5通道两者）。 请点击此处查看该图的放大版本。
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Discussion
这里所描述的协议允许使用抗原微阵列技术的自身抗体的定量。抗原芯片提供比传统的ELISA几个优点筛选自身抗体。首先，多种抗原包括核酸，蛋白质，肽和细胞裂解物的可以排列到硝化纤维素包被的载玻片，因此允许自身抗体的多路复用筛选。另外，由于抗原的纳升被点样到每个幻灯片只有抗原的微克是必要的，以产生阵列。该阵列还需要很少的患者样本，因为只需要5微升血清在1探测阵列面：100样品稀释。最后，阵列点样到硝化纤维素已被证明是在筛选抗体9比常规的ELISA更敏感。
除了使用抗原微阵列来筛选抗体，该阵列可以是使用d，来检测对非自身蛋白质（ 例如病毒蛋白）的反应性，以限定的单克隆抗体的特异性，如先前9-12描述测量移植非HLA抗体的水平。抗原微阵列也可以用于执行详细的表位作图实验，其中一个单一的蛋白的重叠肽被排列到滑动。最近的一项研究中使用这种方法来定义在系统性红斑狼疮13自身抗体的目标U1-70K蛋白的抗原表位。
使用此处描述的协议，IgG和IgM的反应性的检测是在宽范围的血清稀释的线性。使用阳性对照血清与已知的活性核糖体P抗原和单链DNA系统性红斑狼疮病人进行这些研究。 IgM的反应性的单链DNA是在1血清稀释线性：125至1：32,000，对应于17000〜50的IgG的反应性，以MFI-B的核糖P是1血清稀释线性：4000至1：512,000，对应于32000〜200的MFI-B在稀释低于1：4000（和MFI-B的超过32,000以上），IgG的反应性变平的检测曲线而不再是线性的。在心脏移植受者的工作，血清常规地稀释至1：100的MFI-B为抗原在这种稀释很少超过10,000。用于与患者的自身免疫性疾病具有高滴度抗体的研究中，患者样品可能需要进一步稀释，以确保大多数自身抗体的反应性的落测定的线性范围内。
而MFI-B可以是对患者组之间的自身抗体的反应性比较是有用的，它也可能是有用的这个值转换成自身抗体水平的更定量测量。这可以通过点样纯化的IgG和IgM的多个已知稀释到幻灯片，以产生标准曲线来实现。使用该曲线，MFI-B然后可以跨形成为对于每个抗原的自身抗体的水平。
在这里介绍的协议中，使用2-垫硝化纤维素包被的载玻片。这些幻灯片，两个相同的数组，可以用两个单独的血清样品进行探测，被印刷到每个幻灯片。这允许来自同一患者（如前和后处理）两个样品要在同一个幻灯片，最大限度地减少interslide变性进行比较。三十二个载玻片用64个体患者样品在一天同一时间例行处理。最新的阵列上印有9针，允许162抗原一式两份进行打印（每个引脚输出相当于18抗原重复打印了36功能子阵列）。
在这个协议产生的抗原微阵列印有固体微阵列引脚。带实心销印刷耗费更多的时间比用鹅毛笔风格针打印，因为微阵列必须重新浸入后，各t源板IME使销触摸滑动面。因为它们产生高度可重复的，近圆形阵列功能（约500微米直径）实心针进行使用。这些特征可以容易地检测并通过扫描仪软件所概述的，并且需要最小的手动调整量化阵列的特性。实心销也允许细胞裂解物要被打印，这可能是难以与主轴销打印由于其较高的粘度。由于涉及用固体销长打印时间（有时10 - 11小时的打印70幻灯片），即不被打印在源板抗原与箔覆盖以防止蒸发。
这里所描述的协议呈现给同一滑动面上分离IgG和IgM的反应性的方法。阵列已被优化以筛选用对标记具有不同的荧光团的第二抗体的人和小鼠抗体。关键这两个颜色的方法是确定塞科是高度特异性的任一IgG或IgM同种型ndary抗体。所使用的二次抗体识别IgG或IgM的Fc部分，并且不彼此交叉反应。分离IgG和IgM信号鉴于免疫应答这些抗体的不同的功能是重要的。例如，IgM是在上级B1细胞产生，并且通常的早期免疫反应的标志。另一方面，IgG的是后来的免疫反应，其发展为类切换14的结果的标记。通过分别检测IgG和IgM的信号，它也可能识别患者样品中的IgM类风湿因子（ 即 ，结合于IgG IgM的免疫球蛋白已发现到阵列）。通过发现抗体的不同部分（ 例如 ，Fc的抗的Fab），不同IgG抗体的表位的类风湿因子的结合可以量化。用扫描仪具有多于两个激光器的可用性，另外的第二进制抗体可以被添加到当前的辅助抗体对识别的IgA，IgD的或IgE抗体的结合。第二抗体也可以识别出将允许绑定到抗原在单个阵列上独立的IgG亚类（IgG1的，IgG2的，IgG3的，IgG4的）鉴定。
最后，该抗原微阵列技术是一种强大的技术允许血清自身抗体的高通量鉴定。这种技术是高度可定制的和敏感的。基于荧光检测系统已为人类和小鼠的研究得到了优化，并允许IgG和IgM抗体的同时检测。
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Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Ribosomal P0 | Diarect | 14100 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| human IgG | Jackson Immuno | 009-000-003 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| human IgM | Jackson Immuno | 009-000-012 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| mouse IgG | Sigma-Aldrich | I5381 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| mouse IgM | Biolegend | 401601 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| double-stranded DNA | Sigma-Aldrich | D1626 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| single-stranded DNA | Sigma-Aldrich | D8899 | dilute to 0.2 mg/ml in PBS |
| microarrayer | Virtek | VersArray Chipwriter Pro | many types of arrayers are suitable |
| solid printing pins | Arrayit Corporation | SSP015 | |
| software for robotic microarrayer | Virtek | Chipwriter Pro | |
| FAST slides (2 Pad) | GVS Northa America | 10485317 | |
| FAST frame | GVS Northa America | 10486001 | |
| FAST incubation chambers (2 Pad) | GVS Northa America | 10486242 | |
| 384 well plates | Whatman | 7701-5101 | |
| plate sealers | VWR | 60941-062 | |
| foil plate covers | VWR | 60941-124 | |
| Tween-20 | Fisher Scientific | BP337-500 | |
| Fetal calf serum | Invitrogen | 12483020 | |
| Cy3 goat anti-human IgG | Jackson Immuno | 109-165-096 | use working stock in 50% glyercol |
| Cy5 goat anti-human IgM | Jackson Immuno | 109-175-129 | use working stock in 50% glyercol |
| Cy3 goat anti-mouse IgG | Jackson Immuno | 115-165-071 | use working stock in 50% glyercol |
| Cy5 goat anti-mouse IgM | Jackson Immuno | 115-175-075 | use working stock in 50% glyercol |
| Microarray Scanner | Molecular Devices | Axon 4200A | |
| Microarray software | Molecular Devices | Genepix 6.1 | |
| Clustering software | eisenlab.org | Cluster 3.0 | |
| Heatmap software | eisenlab.org | Treeview 1.60 | |
| Microarray statistical software | Stanford University | SAM 4.0 (Significance Analysis of Microarrays) |
References
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