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Biochemistry

リパーゼ及びホスホリパーゼ候補者のための基質特異性を定義します

doi: 10.3791/54613 Published: November 23, 2016

Abstract

微生物は、生物のための外部の基板を利用できるようにするために分泌される(ホスホ)リパーゼの広いスペクトルを生成します。代替的に、他の(ホスホ)リパーゼは、物理的に産生する生物は、内因性の脂質の代謝回転を引き起こし、しばしば細胞膜のリモデリングを生じると関連付けることができます。電位(ホスホ)リパーゼは、遺伝子/タンパク質配列が利用可能である多くのアルゴリズムを用いて予測することができますが、酵素活性、基質特異性、および潜在的な生理機能の実験的証明は頻繁に得られていません。本稿では、未知の基質特異性とどのようにそれぞれの(ホスホ)リパーゼの天然基質の検索でこれらの最適化された条件を採用することで将来の(ホスホ)リパーゼのためのアッセイ条件の最適化について説明します。このようなp個の -nitrophenyl誘導体のような人工的な発色基質を、使用して、マイナーを検出するのを助けることができます標準的な条件下での予測(ホスホ)リパーゼのための酵素活性。このようなマイナーな酵素活性を検出しましたが、酵素アッセイの異なるパラメータは、人工基質のより効率的な加水分解を得るために変えることができます。酵素がうまく機能する条件を決定した後、潜在自然種々の基材は、その分解、明確なクロマトグラフィー法を用いて追跡することができるプロセスについてアッセイされるべきです。新しい酵素の基質特異性の定義は、頻繁にして実験的に試験することができ、これらの酵素の潜在的な生理的役割のための仮説を提供します。これらのガイドラインに続いて、我々は成長のリン制限条件に菌シノリゾビウム・メリロッティ内膜のリモデリングのための重要なステップで、ホスホコリンおよびジアシルグリセロールするホスファチジルコリンを分解するホスホリパーゼC(SMc00171)を識別することができました。 2についてpatatin-を予測同じ生物のホスホリパーゼ(SMc00930とSMc01003)のように、我々はそれらの基質特異性を再定義し、SMc01003は、ジアシルグリセロールリパーゼであることを明らかにすることができました。

Introduction

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このようなトリアシルグリセロールおよび(グリセロ)リン脂質のグリセロールベースの脂質は、重要な、おそらく最もよく知られている脂質クラス1を構成しています。トリアシルグリセロール(タグは)したがって、ポテンシャルエネルギーや炭素源として油脂、通常、貯蔵脂質として機能する、としています。タグは、頻繁に外部タグを消化し、炭素源としてそれらを使用できるようにするために産生する生物によって分泌されるリパーゼによって分解することができます。また、リパーゼは広く、それらの重要なバイオテクノロジー用途2に長年にわたって研究されてきました。

それらの両親媒性の性質とその近円筒形状、(グリセロ)リン脂質を呈する膜形成特性と、通常二層膜3の主要な脂質成分を構成します。このような細菌、大腸菌 、3つだけの主要な頭部基変種、ホスファチジルグリセロール(PG)、カルジオリピン(CL)、およびphosphatidのような単純な微生物では、一つは、それらの一つ一つがかなりのSNで異なる脂肪酸アシル鎖の数-1またはSNで置換することができることに注意する必要がありますが、ylethanolamine(PE)は、検出された-2位置が異なる分子種4の多数を生じさせます。他の細菌は、他のリン脂質に加えて、またはその代わりを持っている可能性があります。例えば、マメ科植物アルファルファ( アルファルファ )と窒素固定根粒共生を形成することが可能であるシノリゾビウム・メリロティ 、土壌細菌は、第二の両性イオン性リン脂質をPEに加えて含んで、ホスファチジルコリン(PC)5。また、リンまたはグリセロールを含まない脂質は両親媒性であると細胞膜の一部を形成するかもしれません。例えば、リン制限増殖条件時、S.メリロティは 、(グリセロ)リン脂質は、主としてリンを含まない膜脂質、 すなわち、スルホ脂質、オルニチン脂質、およびdiacylglyceryl trimethylhoによって置き換えられていますmoserine(DGTS)6。細菌では、DGTSは2段階経路7にジアシルグリセロール(DAG)から形成されたが、DAGの生成のためのソースが明確ではなかったされています。パルスチェイス実験は、PCは、我々はリン制限条件下で形成され、DAGとホスホコリンにPCを変換できるC(PLCP、SMc00171)ホスホリパーゼを識別することができDGTS 8の前駆体であることと、この原稿に記載の方法を用いて、可能性を示唆しました8。

別の研究では、我々はそのアシルCoAシンテターゼ(FADD)Sの欠損変異体を発見しました成長9の定常期に入るとき根粒かの大腸菌は、遊離脂肪酸を蓄積しました。これらの脂肪酸は、膜脂質に由来すると思われたが、遊離脂肪酸またはそれらの遊離酵素(群)の正確な供給源が知られていませんでした。ここでも、(、2パタチンのような10(ホスホ)リパーゼを、この原稿で概説した戦略を採用S.中の遊離脂肪酸の形成に寄与しSMc00930とSMc01003) 根粒 11は、予測されました。驚くべきことに、SMc01003は、モノアシルグリセロール、最終的にはグリセロールと遊離脂肪酸11に変換する基板としてDAGを使用しました。したがって、SMc01003はDAGリパーゼ(DGLA)です。

アルゴリズムの数を潜在的(リン)を予測するために存在するが12,13は 、リパーゼ、それらの正確な機能と生理的役割は、通常知られていません。ここでは、クローンを作成する、プロトコルの概要を説明し、予測又は電位(ホスホ)リパーゼを過剰発現します。この原稿は、酵素アッセイを開発し、人工的な発色基質を使用することにより過剰発現(ホスホ)リパーゼのために最適化する方法について説明します。私たちは、最適化された酵素アッセイで、実際の(ホスホ)リパーゼ基質に遭遇することができ、どのようにこれらの知見は、微生物生理学の我々の理解を豊かにする方法の例を提供します。

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Protocol

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予測リパーゼ1.クローンおよび過剰発現する構造遺伝子

  1. ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)14と特異的オリゴヌクレオチド( 1)15 用いて、目的の遺伝子(smc01003、smc00930、またはsmc00171)を増幅、宿主生物( すなわち、ゲノムDNAから、リパーゼ又はホスホリパーゼをコードすると予測さ、S.メリロティ )。
    1. (オリゴヌクレオチドの設計された配列を持つ)特定の制限部位を導入します。対応する制限酵素で増幅されたDNA断片を消化し、例えば、PET系16のプラスミドのような発現ベクター中にクローニングします。
    2. クローニングされた遺伝子の正しいDNA配列を確認した後、このような大腸菌 BL21(DE3)pLysSを16として発現株にベクトルを変換します。
  2. 発現宿主大腸菌の一晩前培養を準備大腸菌 BL21(DE3)ピコリットルYSSは、100ミリリットル培養ルリア・ベルターニブロス(LB)17の20ミリリットルを含むフラスコに加え、必要な抗生物質には、クローニングされた遺伝子または空ベクターを有するそれぞれのpETベクターを保有します。文化30℃で細胞(またはリパーゼは、元となる菌の通常の成長温度で)。
    1. 一晩前培養物を使用して、620nmで(OD 620)での最初の光学濃度を得るために2 L培養フラスコ中で予熱LB培地(プラス必要な抗生物質)を500mlに接種= 0.05。 、文化のとOD 620 = 0.3での成長に従って、100μMの最終濃度になるようにイソプロピルβ-D-チオガラクトシド(IPTG)を追加し、4時間の期間にわたって30℃で撹拌下でインキュベートします。
    2. インキュベーション期間の終わりに、30分間、4℃で5,000×gで500mLの遠心管遠心各培養物を移します。懸濁緩衝液5ml中の細菌細胞ペレットを再懸濁し( 例えば 、SMc00930-及び50mMジエタノールアミン塩酸pHは9.8)で50mMのトリス-HCl 8.0 SMc00171発現細胞で細胞をSMc01003が発現します。使用するまで-80℃で細胞懸濁液を保管してください。

2.無細胞タンパク質抽出物を調製し、タンパク質濃度を決定します

  1. 細菌の細胞懸濁液を解凍し、氷上で保存します。 2で20,000ポンドで冷間圧力セルを介して細胞懸濁液を3回渡します。 4℃で30分間5,000×gで遠心分離することによって、無傷細胞及び細胞片を除去します
  2. 遠心分離した後、その後の分析のために上清から100と500μlのアリコートを準備し、使用するまで-80℃で保管してください。
  3. 選択の方法により、または18に記載のように別個の無細胞抽出物のタンパク質濃度を決定するために、100μlのアリコートのいずれかを使用します。

最適化酵素のため3.人工基質(リン酸化)リパーゼの活動

  1. 明確な酵素活性の初期の報道について、(P -NP)などのpニトロフェノールなどの加水分解により着色生成物を得た人工基質を、使用しています。
    1. 人工のp -nitrophenylエステル基質で既に最適化された酵素アッセイ(ホスホリパーゼC PLCP(SMc00171)のためだけでなく、予測パタチンのようなホスホリパーゼSMc00930とSMc01003について概説)は、 表2に記載のピペットスキームを使用します。
    2. 新たな可能性(ホスホ)リパーゼを探索する際に、50mMのトリス-HCl、pH8.5で、100mMのNaCl、0.05%トリトンX-100、0.5mMのpが -nitrophenyl含有化合物(p個の -nitrophenylリン酸を含有する第一の標準酵素アッセイを準備、p個の -nitrophenylリン酸、Pの -nitrophenylデカン酸、 またはP -nitrophenylパルミチン酸)ビス- 、および無細胞タンパク質抽出物(1、3、10、30、100、300をチェックし、1,000μgの1)の全量1ミリリットル中ミリリットルプラスチック醸造おけTTES。
      注:連続検定におけるpの -nitrophenylエステル加水分解後の使用にアルカリ性のpH( 図1)。あるいは、酵素反応を停止し、すべてのp -NPは、フェノラート形で存在することを確認するために、インキュベーション期間の終了時にNaOHを添加、pH値の範囲に対して単一時点のアッセイを使用。
    3. 5分間かけて30℃で分光光度計では、p個の -NPの形成に起因する405 nmでの吸光度の増加のための時間経過に従ってください。時間当たりの吸光度の増加の初期勾配を決定することにより、p個の -NPの最初に線形形成を定量化します。
    4. ランベルト・ベールの法則(ΔA=εのΔCd)を1使用したp -NPのための濃度(量Δc)の変化を計算します。
      注:ΔAを求めた吸光度の線形変化で、εはMの単位で(それぞれの波長でのモル吸光係数である-1 -1)まで、dは光路(1センチメートル)の長さであり、量Δcを測定するM単位の濃度の変化()です。
      1. アッセイ容量1 mlであることを考慮すると、 形成されたp -NPの量を計算します。
        注:金額=濃度xのボリューム。
      2. それが形成された時点で形成されたp -NPの量を割ることにより、酵素活性を算出します。この活動を生成するための責任があった(mg単位)タンパク質の量によって酵素活性を分割することにより、特定の酵素活性を決定します。
    5. 候補遺伝子(smc00171、smc00930、またはsmc01003)が唯一の空のベクターを保有する抽出物で表現されていた中でのタンパク質抽出物によって誘発される吸光度の変化を比較してください。
      注:以下の手順を続行するためには、候補遺伝子が発現されていた中でのタンパク質抽出物に起因する特定の活動は、少なくとも2倍またはmでなければなりません唯一の空のベクターを保有するタンパク質抽出物によって引き起こされる特定の活動で得られた値よりも鉱石。
    6. さらなる実験のために、p個の -nitrophenyl含有化合物の加水分解は、無細胞抽出物( すなわち、空ベクター) とp -NPおよびp -nitrophenolateアニオン( のための最も顕著な形成で最小であるような条件を選択しますタンパク質抽出物を用いた場合1)候補遺伝子が発現されていた、観察することができます。
  2. 3.1の初期酵素活性を測定した後、pHを、緩衝液のタイプ、緩衝強度のNaClの濃度が、例えば、トリトンX-100などの界面活性剤、及び異なる二価陽イオンの有無を変えることによって、それぞれの酵素のためのアッセイ条件を最適化します。
    1. 各変数の異なる濃度について、特定の酵素活性を決定する(3.1.4.2参照)(得られた最大数は、条件を定義します最大の酵素活性)。各変数は、その最適濃度で存在する最適化された酵素アッセイを定義する変数ごとに遭遇した最適な条件を組み合わせて使用​​してください。

図1
図1 のp -Nitrophenylエステル分光光度アッセイで(ホスホ)リパーゼなどの人工基質。p 個の -nitrophenylエステルの加水分解の際に、酸(R-OH) とpニトロフェノール(p個の -NP)が形成されています。原因のp -NPからフェノールのH +の解離のためのpKa = 7.2に、pHで> 9.2以上の99%は明るい黄色のp -nitrophenolateフォームと18,000 M -1 cmでのモル吸光係数であります-図1は、波長で使用することができ無料のp -nitrophenolate 22の定量化のための405nmの。 8.5のpHを有する緩衝液を用いた場合、吸光度を400 nmで測定し、14500 Mのモル吸光係数-1 cm -1 23を採用した。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

注:目的の酵素の活性のための最適な条件を定義された後、このリパーゼの実数/生理学的基質の探索に乗り出します。原理的には、多くの場合、相補2をとり、この目標、in vivoでのアプローチまたはin vitroでのアプローチを達成するために近づきます。

リパーゼの生理的基質のインビボ同定4.

"ove_content>注:他のインビボのアプローチでは、生成するインビボのアプローチでは、リパーゼの発現はhost's脂質プロフィールを変化させるかどうかを経時的に登録するために宿主生物8,11の関心のリパーゼを発現します。関心8,11の遺伝子の欠損変異体およびその脂質プロファイルは、野生型バージョン6,8,11とは異なるかどうかを研究する。生物の脂質プロフィールの定量的評価を得るために、簡単な方法は、細胞の化合物を放射性標識することからなります、脂質を抽出クロマトグラフィーによってそれらを分離し、放射性標識された分離脂質を定量化します。

  1. 脂質の放射能標識。
    1. 希望培地(複合培地または規定の最小培地)5mlに関心の生物( 大腸菌またはS.メリロッティ )の一晩前培養を調製し、30℃で成長します。
    2. 前培養から、SAの20ミリリットルに接種培養のための初期OD 620 = 0.3を得るために、100ミリリットルの培養フラスコ中で私の新鮮な培地。
    3. 無菌条件下で培養物のアリコート(1ミリリットル)に乗り、14ミリリットルの滅菌ポリスチレン丸底チューブに移します。
    4. 1ミリリットルの培養液に[1- 14 C]酢酸(1mmol当たり60 MCI)1μCiのを追加します。
    5. 24時間の期間、30℃で撹拌下で液体培養をインキュベートします。
    6. インキュベーション期間の終了時に、室温で5分間12,000×gで1.5ml微量チューブと遠心分離機に培養物を移します。
    7. 100μlの水にペレットを再懸濁。この時点で、-20℃で細胞懸濁液を保存するか、すぐ極性脂質(セクション4.2)の抽出を続行します。
  2. 極性脂質の抽出。
    注:ここで説明する方法は、本質的にブライとダイアー19によって報告された手順に従います。
    1. 水性細胞SUSP100μlに(:;体積/体積1 2)クロロホルム溶液:ensionは、メタノールの375μlを添加します。
    2. 30秒間ボルテックスし、室温で5分間インキュベートします。
    3. 室温で12,000×gで5分間遠心。
    4. 新しい1.5ミリリットルのマイクロチューブに上清を移します。
    5. クロロホルム125μlを添加して、水125μlの、ボルテックス30秒。
    6. 室温で12,000×gで1分間遠心。
    7. 新鮮なチューブに低いクロロホルム相を移し、窒素ガス流で乾燥しました。
    8. クロロホルムを100μlの乾燥脂質を溶解:メタノール溶液(1:1、体積/体積)。
      注:この時点で、脂質溶液を5μlのアリコートを液体シンチレーション計数により定量することができます。
    9. 薄層クロマトグラフィー(TLC)分析のために、窒素ガス流と残りの95μLの下乾燥し、20μlのクロロホルム中で乾燥させた脂質を再溶解:メタノール溶液(1:1、体積/体積)。 3μlのアリコートを使用しますTLC分析のために。
  3. 薄層クロマトグラフィー(TLC)により、極性脂質を分離します。
    注:分析すべき脂質クラスに応じて、固相と移動相の異なる組み合わせは、分離のために使用される可能性があります。ここで、固相として、高性能薄層クロマトグラフィー(HPTLC)シリカゲルアルミシートを用いて、中性極性脂質に対してより適した荷電極性脂質と他、のための典型的な分離は、概説されています。
    1. 2次元TLC(2D-TLC)による荷電極性脂質の分離。
      1. HPTLCシリカゲルアルミシート(10×10センチ)の一角、プレートの端から2センチメートルに脂質サンプルの3μlのアリコートを適用します。
      2. 最初の次元での分離のための移動相(140ミリリットルクロロホルム、60ミリリットルのメタノール、および10ミリリットルの水)を準備し、混合します。
      3. コートクロマトグラフィーペーパーで、内部TLC現像室。
        注:これは、チャンバの気相を確保することです第一次元の移動相は、チャンバーに添加され、チャンバがガラス板で閉鎖された後(30分以内)に急速に飽和します。
      4. 準備とミックス分離のための移動相(130ミリリットルクロロホルム、メタノール50ml、20mlの氷酢酸を)二次元で、内部クロマトグラフィーペーパーで被覆された第二TLC現像室に転送し、チャンバー飽和をしましょう。
      5. 慎重に一次元5閉鎖チャンバー内に60分間( すなわち 、クロマトグラフィーを行って)、プレートを第一のチャンバに乾燥した脂質サンプルとHPTLCシリカゲルアルミニウムシートを転送し、開発します。
      6. チャンバーからプレートを取り外し、溶媒を30分間流フードで乾かしましょう。
      7. 前のクロマトグラフィーに関して90度板を入れた後、seconに、脂質は一次元で分離されたHPTLCシリカゲルアルミニウム板を転送D室と第二の次元5で60分間プレートを開発。
      8. チャンバーからシートを外し、溶媒は、少なくとも2時間流フードで乾かしましょう。
    2. 中性の極性脂質の分離。
      1. プレートの縁から2センチメートルを開始HPTLCシリカゲルアルミシート上の脂質サンプルの3μlのアリコートを適用します。複数のサンプルを1次元クロマトグラフィーで分析している場合は、別のサンプル・アプリケーション・スポット間1.5センチ以上の距離を保ちます。
      2. 移動相を準備し、ミックス(140ミリリットルヘキサン、60ミリリットルのジエチルエーテル、および8ミリリットル酢酸)内部クロマトグラフィーペーパーで被覆し、チャンバー飽和(30分)させるためのガラス板で覆われたTLC現像室へと移転。
      3. チャンバに乾燥した脂質サンプルとHPTLCシリカゲルアルミニウムシートを転送し、閉じたチャンバー内で30分間、プレートを開発。
      4. チャンバーからプレートを取り外しますそして溶媒は2時間流フードで乾かしましょう。
  4. 定量化と分離極性脂質の可視化。
    1. 開発したTLCシートが乾燥したら、3日間、閉鎖カセットに尽性発光(PSL)の画面でそれをインキュベートします。
    2. PSLスキャナにインキュベートし、画面を公開し、分離し、放射性標識脂質の仮想イメージを取得します。
    3. PSLソフトウェア20を使用して定量化を行います。
  5. 個々の極性脂質クラスの可視化と分離。
    1. インキュベートは、ヨウ素結晶を1gの存在下でのクロマトグラフィーチャンバー中で10分間TLCシートを開発しました。
      注:分離された脂質化合物は、ヨウ素を溶解し、茶色がかったスポットとして表示されます。
    2. 鉛筆でサークルスポットは、 すなわち、1,2- dipalmitoyl- のsn -グリセロール、ジパルミトイルL-α-PHOS(標準化合物の相対移動度(式中、R f)にそれらを比較しますホスファチジルコリン、DL-α-モノパルミチン、またはパルミチン酸)、およびそれらが属する可能性のある脂質クラスに識別します。
    3. ヒュームフードでは、ヨウ素はTLCシートから蒸発してみましょう。
    4. クロロホルム溶液(2:スパチュラの助けを借りて、シートから目的の化合物を含有するシリカゲルをこすり、そして100μlの水及びメタノールの375μLの混合物を用いてシリカゲルから化合物を抽出1、体積を/容量)。
    5. (以降4.2.2)で概説したようブライとダイアーに応じて抽出を続行します。
    6. 使用するまで-20℃;:メタノール溶液(容量/容量1 1:)ストアは100μlのクロロホルム中の脂質クラスを精製しました。

リパーゼの生理的基質のインビトロ同定5.

:in vitroでのアプローチでは、関心のリパーゼは、対応するハイドロールに分離された脂質または個々の純粋な脂質の混合物を変換できるかどうかを検討3.2に最適なように定義された条件の下でysis製品。

  1. PC-特異的ホスホリパーゼC SMc00171(5.2を参照)、ホスホリパーゼA(5.3を参照)、およびDAGリパーゼSMc01003については、 表3のとおり酵素アッセイのためのピペッティングスキームを使用して、アクティビティ(5.4を参照)。
  2. PC-特異的ホスホリパーゼC活性の決意( 表3)。
    1. 1.5ミリリットルのマイクロチューブに、合計14 C標識PCおよびTriton X-100の溶液を毎分5000カウント(CPM)を追加します。
    2. 窒素気流下で混合し、乾燥しました。
    3. 99.5μlの最終容量を得るために、ジエタノールアミン-塩酸、pHが9.8バッファ、ならびにNaClおよびのMnCl 2ソリューションおよび再蒸留水を追加します。 5秒間ボルテックス。
    4. 反応を開始するために酵素0.5μlの(5μgタンパク質)( すなわち、SMc00171が存在する過剰発現した無細胞抽出液)を追加します。簡単に混ぜます。
    5. 4時間30℃でインキュベートします。
    6. によって反応を停止させますメタノール250μlのクロロホルム125μlに加えて。
    7. 前述したように、脂質を抽出し(4.2を参照)。
    8. 1次元(1D)-TLCで区切り脂質は(4.3.2および4.4を参照)、およびPSLイメージングによってそれらを分析します。
  3. ホスホリパーゼA活性を決意た( 表3)。
    1. 1.5ミリリットルのマイクロチューブに、5000合計14 C標識リン脂質のCPMおよびTriton X-100の溶液を加えます。
    2. 窒素気流下で混合し、乾燥しました。
    3. 最終100μlのアッセイのために、トリス-HCl、pH8.5の緩衝剤、NaCl溶液と水を追加します。 5秒間ボルテックス。
    4. 酵素の5μL(50μgタンパク質)( すなわち 、SMc00930またはSMc01003が存在する過剰発現した無細胞抽出液)を追加します。
    5. 5時間30℃でインキュベートします。
    6. メタノール250μlのクロロホルム125μlに添加することにより反応を停止させます。
    7. 前述したように、脂質を抽出し(4.2を参照)、独立しました1D-TLCによってそれらの移動相130がmlのクロロホルム、メタノール50ml、20mlの氷酢酸を使用し、PSLイメージングによってそれらを分析します。
  4. ジアシルグリセロール(DAG)リパーゼ活性の決意。
    1. 14 C標識DAGの調製。
      1. 放射性標識S.根粒培養物は、(4.1を参照)と記載されているように(4.2を参照)極性脂質を抽出します。独立したS.クロロホルム中1D-TLCによる根粒総脂質抽出物:メタノール:酢酸(130:50:20;体積/体積)4.3.1における第二の次元での分離のために記載された条件を使用して。
      2. ヨウ素染色によりPCを視覚化し、ホスファチジルコリン(PC)の局在をマークするために鉛筆を使用しています。
      3. 4.5で説明したように、放射性標識のPCを隔離します。
      4. シンチレーション計数によって抽出されたPCを定量化します。
        注:約32万cpmのPCが期待されています。
      5. 50 mMトリス-塩酸、pHが7.2、0.5にウェルシュ菌からのホスホリパーゼCの0.1 Uを搭載したPC(25万CPM)の治療全量100μlで2時間%トリトンX-100及び10mMのCaCl 2を 、メタノールとクロロホルム125μlの250μlのを加えて反応を停止します。
      6. 1D-TLC(4.3.2を参照)ことによって、それらによって、以前、別の記載されているように脂質を抽出します。
      7. 石英プレートからジアシルグリセロールを分離し、シンチレーション計数によって定量(4.2に記載されるように)
    2. ジアシルグリセロールリパーゼアッセイ( 表3)。
      1. 1.5ミリリットルのマイクロチューブに、14 C標識DAGおよびTriton X-100の溶液の5000 CPMを追加します。
      2. 窒素気流下で混合し、乾燥しました。
      3. 最終100μlのアッセイのために、トリス塩酸(pHは9.0)緩衝液、NaCl溶液および再蒸留水を追加します。 5秒間ボルテックス。
      4. 酵素5μlの(無細胞抽出物の50μgのタンパク質)を加えることにより反応を開始。
      5. 4時間30℃でインキュベートします。
      6. メタノールANの250μlに添加することによって反応を停止させます前述のようにクロロホルム抽出物の脂質のD 125μL(4.2を参照)。
      7. 1D-TLC(4.1.3.2を参照)、その後のPSLイメージングによって、中性極性脂質を分析します。

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Representative Results

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ビス のp -nitrophenylリン酸 とPC固有ホスホリパーゼC SMc00171の活動

E.から得られた無細胞抽出物大腸菌 BL21(DE3)をsmc00171が発現ていたpLysSをし、xは、 形成されたp -NPを測定し、分光光度酵素アッセイを用いて、ビスのp -nitrophenylリン酸エステルを加水分解する能力について調べました。いいえ加水分解活性は、Eから得られた無細胞抽出物中に存在しませんでしたp個の -nitrophenylリン酸を基質として使用したビス-時(データは示していない) 大腸菌 BL21(DE3)pLysSをX空pET9aベクターを保有します。

SMを持っいたpLysS株を、xは形成されたp -NPのための時間のコースは、大腸菌 BL21(DE3)から(無細胞抽出物の量に強く依存があることを示していますc00171)が発現しアッセイ( 図2A)に追加しました。 形成されたp -NP生成物の量は、酵素濃度にのみ依存する場合は、一定時間後に形成された酵素(タンパク質)との間に線形相関濃度を採用し、製品が観察されるはずです。明らかに、これは大腸菌から得られた無細胞抽出液の場合ではありません大腸菌 BL21(DE3)はsmc00171表明していたpLysSを、( 図2Bを )×。タンパク質濃度21上の酵素活性の指数関数的依存性にはいくつかの理由があるかもしれませんが、頻繁な理由は、酵素含有タンパク質抽出物、酵素活性のために制限することができる抽出物中の他の構成要素、 すなわち 、潜在的な補因子の希釈時ということです、同様に希釈されます。このような場合には、予想外に低い酵素活性を希無細胞抽出液に登録されています。酵素アッセイでのMnCl 2 3mmの飽和濃度を含めることによって、P一定時間後に形成さ-NP製品のみのMnCl 2 Eの無細胞抽出物中SMc00171活性の制限要素であることが示された酵素を加えた(データは示していない)の量に依存します大腸菌

図2
人工基質ビス のp -nitrophenylリン酸を 使用してSMc00171(ホスホリパーゼ)の活動の 図2. 決意 。p個の -NP形成のための時間経過は、15μgの/ mlに■、10μg/ mlの●(無細胞タンパク質抽出物を用いて示されています▲を20μg/ ml)をSMc00171は、(A)に発現されていた。SMc00171が発現されていた無細胞タンパク質抽出物(B)の異なる量でのインキュベーションの40分後に形成されたp -NP。エラーバーは標準偏差を示します。.jove.com /ファイル/ ftp_upload / 54613 / 54613fig2large.jpg "ターゲット=" _空白"> この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

異なる鎖長の P -Nitrophenylアシルエステル と予測パタチンのようなホスホリパーゼSMc00930とSMc01003の活動

大腸菌におけるsmc00930またはsmc01003の発現後大腸菌 BL21(DE3)のpLysS中は、無細胞抽出液を得るとp -nitrophenyl脂肪酸アシルエステルを加水分解する能力について研究したxは。酵素アッセイの間に、 形成されたp -NPは、分光光度計で測定しました。マイナーな加水分解活性は、Eから得られた無細胞抽出物中に存在しましたdiffereの大腸菌 BL21(DE3)が空pET17bベクターでpLysS中にX( 表4) のp -nitrophenylアシルエステル塩基の鎖長を基質として使用しました。 smc01003を発現させた場合、得られた抽出物は、異なる鎖長のp個の -nitrophenylエステルの加水分解の増加を示しました。 SMc01003は、中鎖のp -nitrophenylデカン酸と同様に、長鎖のp -nitrophenylパルミチン酸およびp -nitrophenylステアリン酸( 表4)を分解しました。 SMc01003は、S中の長鎖遊離脂肪酸の形成のための主要な原因であるようにメリロティ固定相11の間に、SMc01003は、長鎖のp -nitrophenylアシルエステル( 表4)に比べて中鎖に等しく十分に機能するように見えたことは驚くべきことでした。予想外に、SMc01003はまた、p個の -nitrophenyl酪酸またはP -nitrophenylオクタンなどの短鎖基質に作用する(データは示さず)。しかしながら、これらの後者の基質はまた、Eの無細胞抽出物中に存在する活性によって分解されます空のVECTを保有する大腸菌すなわち、またはpET17b)余分な遺伝子を発現せず、短鎖基質(C4)とは、基板の半分はすでにE.によって分解されます大腸菌内因性酵素(データは示さず)。明らかに、SMc01003はSMc01003は、短期、中、長鎖の基板上に同様にうまく機能するかどうかを明確にするために精製する必要があります。一般的には、p個の -nitrophenylアシルエステルはSMc01003が現実にDAGリパーゼ11であることを知って理解できるかもしれませんSMc01003ための良好な基質ではないようです。 smc00930が発現されていた無細胞抽出物を、p個の -nitrophenylエステル( 表4)と非常に高い酵素活性を示します。 ( - 1mgのタンパク質- 1比活性5.5ミリモルのNP分)明らかにれたP -nitrophenylパルミチン酸をもまた、SMc00930は、異なる鎖長(C10、C12、C14、C16およびC18)のp個の -nitrophenylアシルエステルを加水分解することができますSMc00930ための最良の基板。現在までに、physioloSMc00930ための外科用基板が知られていません。

かどうかは極性脂質を探る予測(リン酸化)リパーゼのための基質として機能することができます

(ホスホ)リパーゼ酵素アッセイは、人工基質を用いて最適化された後、放射性標識された脂質混合物または純粋な脂質は、潜在的な基質として試験することができます。

最適化された条件の下で14 C標識PCとSMc00171-含む無細胞抽出物をアッセイするとき、私たちはSMc00171はDAG、質量分析研究8で確認した結果にPCを分解することを示すことができました。 SMc00171もホスホコリンする32 P標識PCを劣化させるため、PC-特異的ホスホリパーゼC(PLCP)8として機能し、そのは、成長のリン制限条件下で誘導されます。

いつ最適化された条件の下で14 C-または32 P標識の総極性脂質との無細胞抽出液をSMc00930-をアッセイするかSMc01003含有、我々は、リン脂質のいずれもp個の -nitrophenylアシルエステルは、機能条件下でSMc00930またはSMc01003によって分解されていないことを示すことができました基板11として。これとは対照的に、ヘビ毒から商業ホスホリパーゼA 2は、リン脂質11のような混合物を分解することができました。これらの結果は驚くべきことと、SMc00930とSMc01003両方として予想外であった、パタチンのようなホスホリパーゼであることが予測されました。

最適化された条件の下で14 C-標識されたジアシルグリセロール(DAG)との無細胞抽出液をSMc00930-をアッセイするかSMc01003含有するとき、私たちは、DAGがSMc00930によって、またはEの無細胞抽出液によって分解されていないことを示すことができました大腸菌 、SMc01003はDAGを分解し、遊離脂肪酸のような移行の化合物を形成するのに対し( 3)。最近ではSMc01003は、グリセロールと遊離脂肪酸11( 図4)にDAGまたはモノアシルグリセロールを低下させる可能性があるDAGリパーゼとして作用することを示すことができました。

図3
図3. SMc01003は、ジアシルグリセロールを低下させますE.の無細胞抽出物pLysSをSMc01003、SMc00930を発現するか、空のpET17bベクターを含有する、またはバッファ× 大腸菌 BL21(DE3)は、24時間(S.メリロティから得られた)14 C-DAGとインキュベートしました。 (4.3.2を参照)、中性極性脂質を分離するための移動相を使用してそれぞれのインキュベーション期間の終わりには、放射標識脂質を抽出し、1次元TLCにより分離しました。 FA、脂肪酸。 DAG、ジアシルグリセロール。この図は、[Sahonero-Canavesi 2015] 11から変更されています。3large.jpg "ターゲット=" _空白 ">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

図4
図4.酵素ジアシルグリセロールリパーゼDGLA(SMc01003)の機能。ジアシルグリセロール(DAG)リパーゼSMc01003は、モノアシルグリセロールと1脂肪酸するDAGを劣化させ、その後、グリセロールおよび他の脂肪酸にさらにモノアシルグリセロールを劣化させる。 これの拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。図。

オリゴヌクレオチド
シーケンス
(5'-3 ')
遺伝子
興味を持っている
酵素制限
サイトを追加しました
ベクター
発現のために
oLOP149 AGGAATA CATATG CTGAACTGGACATTCACG smc01003 んで pET17b
oLOP150 ACGG CTCGAG TCAACGGGACAGCGGTTC smc01003 XhoI pET17b
oLOP151 AGGAATA CATATG ACGGAGGTGGCGATGG smc00930 んで pET17b
oLOP152 AAA GGATCC TTATATCCCTTTCCTCCACC smc00930 バム HI pET17b
cgpho171u AGCT CATATG GCGGCGGCATCGGCACCCCACAG smc00171 んで pET9a
cgpho171d ACGT GGATCC TCAGGCGGCCTGCGGTGCGAACC smc00171 バム HI pET9a
太字の手紙は、制限部位を示しています。

表1増幅するために使用されるオリゴヌクレオチドおよびクローンは、pET17bまたはpET9aベクターにリン酸化(リパーゼ)の遺伝子を予測した。プライマーオリゴヌクレオチドが記載されているソフトウェア15を使用して設計しました。

SMc00171についてのアッセイ SMc01003についてのアッセイ SMc00930についてのアッセイ
株式 成分
トリス-HCl、pH8.5の 25μlの
2 M トリス-HCl、pH9.0の 25μlの
1 M ジエタノールアミン - 塩酸、pHが9.8 50μlの
1 M NaClを 40μlの 150μlの 150μlの
1% トリトンX-100 200μlの 200μlの
50 mMの のp-ニトロフェニルパルミテート 12.5μlの 12.5μlの
200 mMの ビスのp-ニトロフェニルホスフェート 2.5μlの
無細胞抽出物(1mgのprotein個の候補遺伝子と/ ml)を発現しました 20μlの 100μlの 1μlの
再蒸留水 887.5μlの 512.5μlの 611.5μlの
最終体積 1ミリリットル 1ミリリットル 1ミリリットル

人工 P -nitrophenylエステル基質 と最適化された酵素アッセイ表2.ピペットスキーム

smc00171 エンコードさホスホリパーゼC のアッセイ smc01003 についてのアッセイ -エンコードされたDAGリパーゼ ホスホリパーゼ活性のために最適化されたアッセイ
株式 成分
2 M トリス塩酸pH8.5の 2.5μlの
2 M トリス塩酸pH9.0の 2.5μlの
100 mMの MnCl 2 3μlの
1 M ジエタノールアミン - 塩酸pHは9.8 5μlの
1 M NaClを 4μlの 15μlの 15μlの
1% トリトンX-100 2μlの 20μlの 20μlの 14 C標識脂質(リン脂質) 20μlの(5000 CPM)
14 C標識脂質(PC) 20μlの(5000 CPM)
14 C標識脂質(DAG) 20μlの(5000 CPM)
10 mg / mlで 表現の候補遺伝子とタンパク質抽出物 0.5μlの 5μlの 5μlの
再蒸留水 87.5μlの 77.5μlの 77.5μlの
最終体積 100μlの 100μlの 100μlの

放射性標識された脂質基質との(ホスホ)リパーゼのための最適化された酵素アッセイのための3ピペットスキーム。

活動は単位(マイクロモルのニトロフェノール/ mgタンパク質のx分)で与えられます
太字の数字は、p -nitrophenylエステル基質 のアシル鎖の長さを示します 10 12 14 16 18
大腸菌抽出物(背景) 16±0.3 10±1.1 13±0.3 11±0.8 10±0.6
SMc00930はE.で表現しました大腸菌抽出液 1839±283 2873±117 5517±394 3402±65
SMc01003はE.で表現しました大腸菌抽出液 43±2.1 29±2 20±0.7 25±1.5 22±0.9
SMc00930マイナス背景 1823±283 1829±283 2860±117 5506±394 3392±65
SMc01003マイナス背景 27±2.1 18±2 7±0.7 14±1.5 12±0.9

パタチンのようなリパーゼSMc00930とSMc01003のための基質として 表4 のp -Nitrophenylのアシルエステル。

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Discussion

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過去20年間、多くの生物のゲノムが配列決定されており、ゲノム配列データの富が生成されているが、機能的な解釈が遅れ、したがって、ゲノム機能の理解を妨げています。ゲノム中の遺伝子の機能は、多くの場合、既知の機能または保存されたモチーフの発生の遺伝子との類似性に基づいて割り当てられます。しかし、所定の遺伝子の正確な機能はしばしば知られていません。特に、酵素の構造遺伝子は、簡単にほとんどの酵素は二枚の基板と2製品が関与する複雑な反応を触媒するという事実によるOMIC技術によって探索することができないと予測。現在、少なくとも1つの基板が固定されており、ここで、他方は変えることができる酵素のグループのための基質特異性を探索することがより可能と思われます。例えば、真核生物でのタンパク質の中で最もリン酸化モチーフが知られており、キナーゼのコンセンサスペプチドは、ペプチドARを生成するために、固体支持体上にスポットされています光線。このようなアレイおよび放射性標識ATP、基質特異性及び生物の異なるキナーゼの活性レベルを使用することキノームプロファイルの確立を可能にし、基質特異性24を画定決定することができます。加水分解酵素は、のための1つの基板、水酵素のもう一つの大きなグループを構成し、固定ではなくそのために加水分解される(他の)基板の正確な性質は、多くの場合、知られていないです。新しい酵素に最適なアッセイ条件のいずれか知られていないという事実は、多変数の問題に新たな酵素活性の検出に変換します。したがって、酵素が最適に動作する条件の下で定義するために加水分解される基板を固定することができるように助けることができます。

本原稿では、我々は未知の基質特異性と将来の(ホスホ)リパーゼのためのアッセイ条件の最適化を記述し、再の天然基質の探索でこれらの最適化された条件を採用する方法を詳しく説明しますspective(ホスホ)リパーゼ。本技術の重要性は、ある程度の天然基質を模倣する蛍光または発色、人工基質の加水分解は、分光光度計25が続き、これらのアッセイは、大規模な研究26に容易に適用可能であることができるという事実にあります。このようなアッセイの感度および反応をモニターするためのそれらの単純に、それらが容易に所定の酵素のために最適化することができます。明らかに、人工基質のための1は、天然の基質1,21のためのより具体的な酵素の少ない良好な速度定数( すなわち、高K M、低k 猫を )期待するかもしれません。しかし、実際には、人工基質の容易な可用性および検出は、欠点を補うよりも、多くの場合、それ以上の酵素のグループ全体のための(悪い)の基質として機能します。 (人工基質で)仕事をする酵素のための条件に遭遇した後は、ナチュールとそうなりますアル/生理的基質としても。潜在的な脂質基質の調製および単離は、面倒で時間がかかることができるように、酵素が結合し、貴重な基質とをインキュベートしたときに動作するように準備ができていることを保証することが重要です。重要なことは、第一の酵素が機能するための条件を最適化する手順は、新しい(ホスホ)リパーゼのための生理的基質のより迅速な同定を可能にします。コンセプトの証明として、我々は成功し、リパーゼSMc00171、SMc00930、およびSMc01003 8,11の基質特異性の特徴付けのためにこの方法を採用しています。これとは対照的に、(ホスホ)リパーゼの活動のためのアッセイを確立し、多くの伝統的な、代替方法は、基板と、製品が以前に知られている反応を伴います。

明らかに、最適な酵素活性を検出するためのアッセイの改変は、他の蛍光の使用、発色性、または他の方法でマークされた人工基質、バリエーションを含むことができ酵素濃度、緩衝液の種類、濃度、または他の添加剤( すなわち、界面活性剤または二価の陽イオン)の。何の酵素活性は、人工基質を用いて検出されない場合は、それぞれの酵素は、単にこの基板では動作しないかもしれないが、このような場合のトラブルシューティングには、確かに酵素活性そのままを維持するために必要であったかもしれないすべての予防措置を講じていた確信を持つように含める必要があります( すなわち、必要に応じて目的の酵素のタンパク質分解を回避するために、無細胞抽出物をプロテアーゼ阻害剤のカクテルを加えて、使用するまで4℃以下の温度で無細胞抽出液を保存し)27。

この原稿で提示手法の限界は触媒反応も同様に1になりますのための人工基質及び天然基質を生体エネルギー互いから、その結果が異なることに起因しています。様々なパー酵素活性の最適条件のためametersは、(変化するpHは、緩衝液のタイプ、緩衝強度、例えば、トリトンX-100、異なる二価陽イオンの有無としてNaClおよび界面活性剤の濃度によって)天然基質に対しても確立されるべきです彼らは人工基質のために遭遇した最適な条件とは若干異なることが判明するかもしれないとして。もう一つの重要な制限は、おそらくすべてではない(ホスホ)リパーゼは、人工色素生産性基質の使用によって検出可能であるということです。例えば、エステル基質の人工のp -nitrophenyl残基はあまりにもかさばること、またはそのような基質は、酵素の活性部位へのアクセスを得ることができることを防止する他の化学的性質を示す可能性があります。これは、DAGリパーゼSMc01003は、異なる鎖長11の全てのp -nitrophenylエステル基質と低い活性を示していることを指摘しました。 DAGはSMc01003ための天然基質であり、DAGはRELを持っていることを知った上でatively小さな極性頭部基は、グリセロールのみ11からなる、かさばるのp -nitrophenyl残基は単にSMc01003の活性部位への容易なアクセスのためには大きすぎることが容易に想像されます。しかし、SMc01003用のp -nitrophenylエステルは、良好な基質ではない理由を分子の詳細は、この時点では知られていません。

プロトコル内の重要なステップを検討し、酵素がそれぞれの基板へのアクセス権を持っていることを保証するために注意すべての条項が含まれます。例えば、生理学的な脂質基質の検索では、脂質基質は、可溶化形態で提供されることが重要です。このような酵素アッセイを設定するに際し、(手順5に記載されている)、通常メタノールの混合物に溶解した脂質基質:クロロホルム、 すなわち界面活性剤の水溶液と混合されるべきである、トリトンX-100は、ダウン前の乾燥します窒素ガスとの混合物。この手順では、残りのingreを追加した後、ことを保証しますアッセイのためのdientsは、潜在的な脂質基質は、界面活性剤ミセルに、アッセイ中の酵素のためのそのようなアクセスとして埋め込まれています。

主に、ここで紹介する手法は、新しい(ホスホ)リパーゼの発見のために、それらの天然基質の定義については、将来的に広く適用可能であるべきです。技術は、加水分解酵素の他のクラスの拡張が容易であるが、それらの触媒サイクルを完了するために2つ、通常は未知の、基質を必要とする新規酵素のための人工基質を用いてアッセイを開発するために、より複雑かもしれません。

予測(ホスホ)リパーゼまたは正しい基板のいずれもが知られているホスファターゼも酵素がうまく機能したアッセイ条件のため。したがって、このような明確なp個の -nitrophenyl含有化合物(p個の -nitrophenylリン酸、ビスのp -nitrophenylリン酸、などの人工化合物、のバッテリからのいくつかの化合物かどうかを研究するのに有用であるかもしれませんpの -nitrophenylパルミチン酸)、基質として機能する可能性があります。人工基質との最初の酵素活性の発見はSMc01003はDAGリパーゼ11であることを、SMc00171はPC-特異的ホスホリパーゼC 8であることを解決するための道を開いて、SMc00930は加水分解酵素11として機能する条件を定義するために役立っています。明らかに、SMc00930の天然基質は、現在まだ不明であり、SMc00930とSMc01003の生理的なコンテキストがまだ解決されています。したがって、予測されたリパーゼのための生理的機能を提案する作業は、困難であり、常にすぐに成功を収めていません。予測リパーゼ遺伝子の欠損変異体を使用し、それぞれの野生型株にそれらを比較することはリパーゼがプロトコルの一部4)で仮定されているそのネイティブ株バックグラウンドで特異的に作用するという実験的証拠を与えるかもしれません。明らかに、新しいリパーゼ活性SHの主張特定の基板が定義されている製品に加水分解により変換されたin vitroの証拠によってサポートされてウルド。時には仮定生理的機能は、代謝経路のギャップを埋めるか、産生生物の生理的挙動を説明するが、他の例であり、単にまだいくつかの活動の意味を理解するのに十分な生化学的な知識ではないかもしれません可能性があります。我々の研究の過程で、我々は、より複雑な脂質サイクルでプレーヤーに変換する、いくつかのケースでは、それらを分解菌の固有の極性膜脂質に作用するいくつかの酵素を同定し。たとえば、新しい知識を組み合わせることSMc00171は、既存のデータで、成長のリン制限条件下で誘導されたPC-特異的ホスホリパーゼC(PLCP)8であること 、1は多くの環境プロテオバクテリアに存在する可能性がある新たなDAGサイクルを仮定することができ、これはリンが増殖制限されたときにリンを含まない膜脂質の形成を生じさせます。 CONTRでリンの供給が豊富にあるときAST、DAGは、それにより、この脂質サイクルを閉じ、主に(グリセロ)リン脂質が膜8,28中に存在していることを確認して、 デノボリン脂質生合成に入るホスファチジン酸にrephosphorylatedされます。

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Disclosures

著者らは、開示することは何もありません。

Acknowledgments

この作品は、(InvestigaciónエンFronterasのデ・ラ・CienciaでInvestigaciónCientíficaBASICAで82614、153998、253549、および178359だけでなく、118)とDirección一般デからConsejoナショナルデCienciasのyTecnología・メキシコ(CONACyT-メキシコ)からの助成金によってサポートされていましたAsuntosデパーソナルAcadémico-ナショナル大学自治・デ・メヒコ(DGAPA-UNAM; PAPIIT IN202616、IN203612)。

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Chloroform JT Baker 9180-03 TLC analysis & Lipid extraction
Methanol JT Baker 9070-03 TLC analysis & Lipid extraction
Acetic Acid JT Baker 9507-05 TLC analysis & Lipid extraction
Hexanes JT Baker 9309-02 TLC analysis & Lipid extraction
Diethylether Sigma 32203 Enzymatic assays
bidistilled water  ANY  NA Enzymatic assays
Tris Base Sigma T-1503 Enzymatic assays
HCl Baker 9535-02 Enzymatic assays
NaCl Baker 3624-01 Enzymatic assays
Triton X-100 Sigma X-100 Enzymatic assays
LB broth ANY NA Bacterial growth, 10 g tryptone + 5 g yeast extract + 10 g NaCl per liter of bidistilled water
tryptone Becton Dickinson and Company 211705 Bacterial growth
yeast extract Becton Dickinson and Company 212750 Bacterial growth
TY broth ANY NA Bacterial growth, 8 g tryptone + 3 g yeast extract + 66 mg CaCl2·2H2O per liter of bidistilled water
CaCl2·2H2O Baker 1332-01 Enzymatic assays
isopropyl-β-D-thiogalactoside (IPTG) Invitrogen 15529-019 Bacterial growth
Diethanolamine Sigma D-8885 Enzymatic assays
MnCl2 Sigma 221279 Enzymatic assays
Phospholipase A2 snake venom Sigma P0790 Enzymatic assays
Phospholipase C Clostridium perfringens Sigma P7633 Enzymatic assays
Bis-p-nitrophenyl phosphate Sigma 07422AH Enzymatic assays
p-nitrophenyl stearate Sigma N3627 Enzymatic assays
p-nitrophenyl dodecanoate Sigma 61716 Enzymatic assays
p-nitrophenyl decanoate Sigma N0252 Enzymatic assays
p-nitrophenyl palmitate Sigma N2752 Enzymatic assays
p-nitrophenyl butyrate Sigma N9876 Enzymatic assays
p-nitrophenyl octanoate Sigma 21742 Enzymatic assays
Acetic Acid, sodium salt [1-14C] Perkin Elmer NEC084 Bacterial growth
dimethylsulfoxide (DMSO) JT Baker 9224-01 Enzymatic assays
Aluminium HPTLC silica gel 60 plates. Silica gel HPTLC plates size 20 x 20 cm, 25 sheets. Merck 105547 TLC analysis & Lipid extraction
Spectrometer UV/VIS Lambda 35 Perkin Elmer NA Enzymatic assays
Storm 820 Phosphorimager Molecular Dynamics NA Photostimulable Luminescence scanner 
Multipurpose Scintillation Counter Beckman Coulter NA Radioactivity Quantification
French Pressure Cell ThermoSpectronic NA  Breakage of cells
chromatography paper 3MM Chr Whatman 3030917 TLC analysis
Sinorhizobium meliloti 1021our reference 11 studied strain
Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS Competent cells Novagen 69451 protein expression strain
pET9a vector Novagen 69431 protein expression vector
pET17b vector Novagen 69663 protein expression vector
sterile polystyrene round-bottom tube (14 ml) Falcon Becton Dickinson 352057 radiolabeling of bacterial cultures
polypropylene microcentrifuge tubes (1.5 ml) Eppendorf 30125.15 Enzymatic assays
1,2-dipalmitoyl-sn-glycerol Sigma D9135 lipid standard
L-α-phosphatidylcholine, dipalmitoyl Sigma P6267 lipid standard
DL-α-monopalmitin Sigma M1640 lipid standard
palmitic acid Sigma P0500 lipid standard

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リパーゼ及びホスホリパーゼ候補者のための基質特異性を定義します
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Sahonero-Canavesi, D. X., Zavaleta-Pastor, M., Martínez-Aguilar, L., López-Lara, I. M., Geiger, O. Defining Substrate Specificities for Lipase and Phospholipase Candidates. J. Vis. Exp. (117), e54613, doi:10.3791/54613 (2016).More

Sahonero-Canavesi, D. X., Zavaleta-Pastor, M., Martínez-Aguilar, L., López-Lara, I. M., Geiger, O. Defining Substrate Specificities for Lipase and Phospholipase Candidates. J. Vis. Exp. (117), e54613, doi:10.3791/54613 (2016).

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