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Biology

जनरेटिंग उच्च गुणवत्ता की मशीन पठनीय जैविक रास्ते के लिए एक वेब उपकरण

doi: 10.3791/54869 Published: February 8, 2017

Summary

PathWhiz जैव रासायनिक और जैविक रास्ते पैदा करने के लिए एक व्यापक, ऑनलाइन मार्ग ड्राइंग उपकरण है। यह सार्वजनिक रूप से सुलभ डेटाबेस और आसानी से विस्तार पट्टियाँ पूर्व खींचा मार्ग घटकों से मिलकर उपयोग करता है। इस प्रोटोकॉल का वर्णन कैसे आसानी से नए रास्ते के निर्माण के लिए दोहराने के लिए और मौजूदा रास्ते संपादित करें, और विभिन्न जीवों के लिए पहले से तैयार रास्ते प्रचार।

Abstract

PathWhiz एक वेब रंगीन, इंटरैक्टिव, नेत्रहीन मनभावन मार्ग चित्र है कि जैविक जानकारी से भरपूर होते हैं के निर्माण की सुविधा के लिए बनाया गया सर्वर है। इस ऑनलाइन आवेदन द्वारा उत्पन्न रास्ते मशीन पठनीय और अनिवार्य रूप से सभी वेब ब्राउज़र और कंप्यूटर ऑपरेटिंग सिस्टम के साथ पूरी तरह से संगत कर रहे हैं। यह एक विशेष रूप से विकसित, वेब सक्षम मार्ग ड्राइंग इंटरफ़ेस है कि चयन और पूर्व खींचा जैविक या जैव रासायनिक संस्थाओं के विभिन्न संयोजनों की नियुक्ति को परमिट प्रतिक्रियाओं, बातचीत, परिवहन प्रक्रियाओं और बाध्यकारी घटनाओं को चित्रित करने के लिए उपयोग करता है। संस्थाओं के इस पैलेट रासायनिक यौगिकों, प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, सेलुलर झिल्ली, subcellular संरचनाओं, ऊतकों और अंगों के होते हैं। यह दृश्य तत्वों के सभी सहभागी रूप से समायोजित और अनुकूलित किया जा सकता है। इसके अलावा, क्योंकि इस उपकरण के लिए एक वेब सर्वर है, सभी रास्ते और मार्ग तत्वों सार्वजनिक रूप से सुलभ हैं। मार्ग के इस तरह के "भीड़ सोर्सिंग" इसका मतलब है कि PathWhizपहले से ही पहले से तैयार रास्ते और मार्ग तत्वों के एक बड़े और तेजी से बढ़ती संग्रह है। यहाँ हम नए रास्ते की त्वरित और आसान बनाने और मौजूदा रास्ते के परिवर्तन के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन है। आगे मार्ग संपादन और निर्माण की सुविधा, उपकरण प्रतिकृति और प्रचार कार्य शामिल हैं। प्रतिकृति समारोह मौजूदा रास्ते बनाने या नए रास्ते संपादित करने के लिए टेम्पलेट्स के रूप में इस्तेमाल किया जा करने की अनुमति देता है। प्रचार समारोह एक एक मौजूदा मार्ग लेने के लिए और स्वचालित रूप से विभिन्न प्रजातियों के पार का प्रचार करने की अनुमति देता है। इस उपकरण के साथ बनाया रास्ते हो सकते हैं "फिर से स्टाइल" विभिन्न स्वरूपों (KEGG की तरह या पाठ-किताब की तरह), अलग पृष्ठभूमि, BioPAX, SBGN-एमएल, SBML, या PWML डाटा एक्सचेंज प्रारूपों के लिए निर्यात के साथ रंग और रूप में डाउनलोड में PNG या एसवीजी छवियों। रास्ते आसानी से ऑनलाइन डेटाबेस में शामिल किया जा सकता है प्रस्तुतियों, पोस्टर या प्रकाशनों में एकीकृत, या ऑनलाइन दृश्य और अन्वेषण के लिए विशेष रूप से इस्तेमाल किया। इस पीआरotocol सफलतापूर्वक 2,000 से अधिक मार्ग आरेख, जो अब HMDB, DrugBank, SMPDB, और ECMDB सहित कई ऑनलाइन डेटाबेस में पाए जाते हैं उत्पन्न करने के लिए लागू किया गया है।

Introduction

जैविक मार्ग आरेख जीवन वैज्ञानिकों के लिए ब्लूप्रिंट की तरह हैं। वे शायद जैविक प्रक्रियाओं और जीन, प्रोटीन, और चयापचयों के बीच प्रासंगिक कनेक्शन के चित्रण के लिए सबसे संक्षिप्त और सूचनात्मक रास्ते हैं। इसका कारण यह है छवियों और अधिक कुशलता से कार्रवाई कर रहे हैं और अक्सर अधिक आसानी से पाठ 1 से मनुष्यों द्वारा समझा जाता है। गुणवत्ता, विस्तार, और मार्ग के चित्र की सामग्री काफी भिन्न हो सकते हैं। इन मतभेदों को अक्सर मार्ग का इरादा उद्देश्य और मार्ग कलाकार के कौशल पर निर्भर करते हैं। ऐसी दीवार चार्ट या पाठ्यपुस्तकों के रूप में शैक्षिक उद्देश्यों के लिए बनाए गए रास्ते अक्सर पेशेवर कलाकारों द्वारा बनाई गई हैं। नतीजतन, इन रेखाचित्रों मार्ग बहुत अधिक नेत्रहीन भाता है और मेटाबोलाइट संरचनाओं का पूरा चित्रण, subcellular घटकों, सेल संरचनाओं, ऊतकों और अंगों के साथ काफी अधिक जैविक विस्तार प्रदान करते हैं। ये "पाठ्यपुस्तक" अभ्यावेदन अक्सर विस्तृत नोट शामिल हैं औरटिप्पणियों। दूसरी ओर, मार्ग इंटरनेट अनुप्रयोगों के लिए तैयार रेखाचित्र अक्सर सरलीकृत मशीन पठनीय "तारों" चित्र के पक्ष में कलात्मकता और दृश्य समृद्धि का त्याग करना पड़ता है। ये wireframe रेखाचित्रों और अधिक आसानी से छवि मैप और हाइपरलिंक हैं। सरलीकृत मार्ग आरेख KEGG 2, 3 MetaCyc, Wikipathways 4, और 5 Reactome जैसे लोकप्रिय ऑनलाइन मार्ग डेटाबेस के आधार हैं। कंप्यूटर-संगत मार्ग डेटाबेस के उद्भव भी कंप्यूटर संगत मार्ग ड्राइंग उपकरण की उपस्थिति के लिए प्रेरित किया है। दूसरे शब्दों में, एक एक पेशेवर कलाकार या एक पेशेवर प्रोग्रामर useable मार्ग आरेख उत्पन्न करने के लिए होने की जरूरत नहीं है। उदाहरण के लिए, BioCyc का मार्ग टूल्स 6 और Wikipathway के PathVisio सॉफ्टवेयर 7 उपयोगकर्ताओं को स्वतंत्र रूप से पैदा करते हैं और BioPAX 8 में हिस्सेदारी मशीन पठनीय रास्ते करने की अनुमति एकएन डी / या HTML स्वरूप। इसके अतिरिक्त, वहाँ अन्य खड़े अकेले फ्रीवेयर संकुल के एक नंबर के साथ-साथ व्यावसायिक संकुल है कि इस तरह के Cytoscape 9, GenMAPP 10, के रूप में विभिन्न मशीन पठनीय, तार-फ्रेम रास्ते, की पीढ़ी के 11 PathCase समर्थन है, और VisANT 12 हैं।

इंटरनेट मार्ग चित्र के सरलीकरण मोटे तौर पर कई वेब ब्राउज़र और वेब आधारित प्रतिपादन उपकरण में पाया ऐतिहासिक सीमाओं से वृद्धि हुई। हालांकि, वेब प्रौद्योगिकियों में उल्लेखनीय प्रगति की है पिछले कुछ वर्षों में किया गया है। यह सुझाव दिया है कि यह इंटरैक्टिव, इंटरनेट-संगत मार्ग चित्र है कि बस के रूप में रंगीन कर रहे हैं, बस के रूप में aesthetically मनभावन और बस के रूप में जैविक रूप से पाठ्य पुस्तकों में पाए जाने वाले के रूप में पूरा उत्पन्न करने के लिए संभव हो सकता है। इस काम PathWhiz के विकास के लिए नेतृत्व किया। PathWhiz पटरियों पर रूबी (http://rubyonrails.org, संस्करण 4.2.0) वेब framewor का उपयोग कर लागू किया गया थाइकाई रिश्ते, बाहरी संदर्भ, विवरण, दृश्य विशिष्टताओं और रासायनिक संरचना सहित मार्ग डेटा, के सभी प्रबंध करने के लिए एक MySQL रिलेशनल डेटाबेस (https://www.mysql.com, संस्करण 5.1.50) को शामिल कश्मीर। सामने के अंत वेब ग्राहक पर Backbone.js (http://backbonejs.org, संस्करण 1.0.0) संपादक के लिए सामने के अंत वेब ढांचे के रूप में के साथ संयुक्त रूबी द्वारा नियंत्रित किया जाता है।

मूल रूप से मानव केवल छोटे अणु मार्ग डाटाबेस (SMPDB) 13 के curation के लिए विकसित की है, PathWhiz 14 के बाद से कई अन्य जीवों के लिए मार्ग पीढ़ी का समर्थन करने के लिए और एक सामान्य मार्ग छवि और ज्ञान डेटाबेस के रूप में कार्य करने के लिए बढ़ा दिया गया है। विशेष रूप से, इस वेब उपकरण चयापचय, प्रोटीन बातचीत, आणविक संकेतन, शारीरिक, और दवा / रोग रास्ते सहित जैव रासायनिक / जैविक रास्ते की पूरी रेंज के निर्माण के लिए अनुमति देता है। इस मार्ग में ड्राइंग उपकरण अधिकांश अन्य से अलग हैतीन प्रमुख तरीके में मार्ग पैदा उपकरण: 1) यह बजाय एक स्टैंड-अलोन, स्थापना सॉफ्टवेयर पैकेज की तुलना में एक वेब सर्वर है; 2) यह सतही पीढ़ी और रासायनिक यौगिकों, प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, सेलुलर झिल्ली, subcellular संरचनाओं, ऊतकों और अंगों के इंटरैक्टिव दृश्य का समर्थन करता है; और 3) यह उपयोगकर्ताओं को आसानी से, उधार का निर्माण या अन्य उपयोगकर्ताओं के काम पर सुधार, जिससे अनुमति "भीड़ sourced" मार्ग पीढ़ी के लिए अनुमति देता है। एक वेब सर्वर के रूप में, यह डाउनलोड करने योग्य, मंच विशेष सॉफ्टवेयर उपकरणों पर कई फायदे हैं। विशेष रूप से, यह किसी भी मंच, ऑपरेटिंग सिस्टम और आधुनिक वेब ब्राउज़र के साथ संगत है। इसके अलावा, यह आदेश (उपयोगकर्ताओं को स्वतंत्र रूप आदेश को ट्रैक और रास्ते वे बनाने की पहुंच को नियंत्रित करने में एक "निजी खाता" बना सकते हैं हालांकि) एक मार्ग का निर्माण शुरू करने के लिए रजिस्टर करने के लिए उपयोगकर्ता की आवश्यकता नहीं है। शायद इस उपकरण का सबसे आकर्षक विशेषता यह है कि आसानी से जोड़ा जा सकता है जैविक और जैव रासायनिक विस्तार की राशि हैपूर्व गाया छवियों का एक पैलेट और प्रोटीन और जैव रासायनिक डेटा की एक व्यापक डाटाबेस के माध्यम से किसी भी मार्ग। यह दोनों "गैर कलाकारों" और "गैर प्रोग्रामर" आसानी से, रंगीन aesthetically मनभावन और बड़े पैमाने पर विस्तृत मार्ग है कि वेब-संगत और पूरी तरह से मशीन पठनीय हैं बनाने के लिए अनुमति देता है। PathWhiz और अन्य मार्ग ड्राइंग उपकरण के बीच एक अधिक विस्तृत तुलना तालिका 1 में प्रदान की जाती है।

लोकप्रिय विज्ञान जीवन डेटाबेस की संख्या पहले से ही डेटाबेस विशेष, इंटरैक्टिव मार्ग चित्र बनाने के लिए, ऑनलाइन इस मार्ग ड्राइंग उपकरण का इस्तेमाल किया है। उदाहरण के लिए, कोलाई Metabolome डाटाबेस (ECMDB) 15 हाल ही में एक से अधिक 1,650 रास्ते वेब आधारित उपकरण का उपयोग कर तैयार के साथ अपने मार्ग पुस्तकालय अद्यतन। ECMDB में प्रत्येक मार्ग अब एक बड़े पैमाने पर रंग, पूरी तरह से हाइपरलिंक छवि नक्शा विस्तृत मेटाबोलाइट और प्रोटीन संरचना चित्रण के साथ, साथ ही एक सरल काले और सफेद KEGG-एल के रूप में प्रदर्शित किया जाता हैआइक तार आरेख। यह बड़े पैमाने पर मार्ग अद्यतन कई मध्यवर्ती चयापचयों की खोज की है कि पहले से अन्य कोलाई चयापचय डेटाबेस में शामिल नहीं किया गया था करने के लिए नेतृत्व किया। इस तरह के मानव Metabolome डाटाबेस (HMDB) 15 के रूप में अन्य डेटाबेस, न केवल दर्शाती है और चयापचय और संकेत रास्ते का वर्णन करने के PathWhiz रास्ते पर भरोसा करते हैं, लेकिन यह भी चयापचय कैंसर जैसे रोगों में शामिल परिवर्तन को दर्शाती है। HMDB वर्तमान में 101 चयापचय मार्ग, 376 दवा कार्रवाई के रास्ते, 233 रोग से जुड़े रास्ते और 16 संकेत दे रास्ते, यह सब वेब उपकरण के माध्यम से उत्पन्न भी शामिल है।

निम्नलिखित प्रोटोकॉल में विस्तार से वर्णन कैसे PathWhiz आसानी से बनाने को दोहराने, और उद्देश्यों और आवेदनों की एक किस्म के लिए जैव रासायनिक रास्ते का प्रचार करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।

Protocol

1. मार्ग जनरेशन

  1. किसी भी आधुनिक वेब ब्राउज़र का उपयोग http://smpdb.ca/pathwhiz पर जाएं।
  2. मेनू पट्टी से, या तो चुनें "मुझे कोशिश करो!" एक अतिथि (खींचा सार्वजनिक किया जाएगा रास्ते), "साइन अप" एक खाता (रास्ते तैयार केवल उपयोगकर्ता द्वारा संपादन योग्य हो जाएगा) के लिए रजिस्टर करने के लिए, या "में प्रवेश करें" के रूप में उपकरण का उपयोग करने के लिए एक मौजूदा खाते का उपयोग करने के लिए। एक खाते के लिए रजिस्टर करने के लिए, चरण 1.2.1 जाना है, अन्यथा कदम करने के लिए 1.3 जाना।
    1. एक खाते के लिए रजिस्टर करने के लिए, एक ई-मेल, नाम, संबद्धता, शहर, देश, और 8 चरित्र न्यूनतम पासवर्ड पासवर्ड पुष्टि के साथ साथ के रूप में भरने, तो क्लिक करें "साइन अप"।
  3. स्वचालित रूप से मार्ग सूचकांक पर पुनः निर्देशित नहीं, तो मेनू पट्टी में "ड्रा" लिंक का चयन करें। यह सूचकांक पृष्ठ मौजूदा रास्ते में से एक मेज पर दिखाई देगा। एक नया मार्ग शुरू करने के लिए "नए मार्ग" बटन पर क्लिक करें।
  4. दर्ज मार्ग के नाम से तैयार किया जाना है (उदाहरण के TCA चक्र)।
  5. टी चुनेंमार्ग के ype ड्रॉप डाउन सूची (जैसे रोग / ड्रग / मेटाबोलिक / संकेतन / शारीरिक) से आकर्षित करने के लिए। यह रासायनिक रास्ते के साथ ही प्रोटीन सिगनल, डीएनए / आरएनए रास्ते, या प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत रास्ते उत्पन्न करने के लिए संभव है।
  6. खोज और (जैसे, प्रकार कोलाई) स्वत: पूर्ण बॉक्स में जीव का वैज्ञानिक नाम टाइप करके एक प्रजाति का चयन करें। जीव के नाम ड्रॉप डाउन सूची में नहीं पाया जाता है, "नया" बटन पर क्लिक करें और चरण एक नया जीव को जोड़ने के लिए 1.6.5 के लिए 1.6.1 का पालन करें, अन्यथा कदम करने के लिए 1.7 आगे बढ़ें।
    1. प्रजातियों (जैसे गोरिल्ला गोरिल्ला) और आम का नाम (जैसे गोरिल्ला) के वैज्ञानिक नाम दर्ज करें।
    2. यूकेरियोट या अकेन्द्रिक के रूप में ड्रॉप डाउन सूची से प्रजातियों के वर्गीकरण का चयन और एन सी बी आई वर्गीकरण (जैसे 9593) से वर्गीकरण आईडी दर्ज करें।
    3. "प्रजाति बनाएँ" बटन पर क्लिक करें।
  7. एक comprehen- दर्जमार्ग के लिए निर्णायक विवरण। एक विवरण का एक उदाहरण के लिए अनुपूरक फ़ाइल 1 देखें। अधिक पूर्ण विवरण, यह आसान खोज और मार्ग को मिल रहा है, और अधिक लोकप्रिय मार्ग उपयोगकर्ताओं के बीच होगा।
  8. "संदर्भ जोड़ें" बटन पर क्लिक करें और निम्न 1.8.1 1.8.2 करने के लिए कदम से मार्ग के लिए बाहरी संदर्भ जोड़ें, अन्यथा कदम करने के लिए 1.9 जाना।
    1. PubMed आईडी (जो स्वचालित रूप से प्रशस्ति पत्र पाठ उत्पन्न होगा) दर्ज करें या प्रशस्ति पत्र पाठ मैन्युअल रूप से जोड़ने (और PubMed आईडी क्षेत्र को रिक्त छोड़) (जैसे PMC545700, या कांग वाई, एट अल। जीनोम चौड़ा अभिव्यक्ति विश्लेषण दर्शाता है कि कोलाई की एफ एन आर K-12 एक बड़े अज्ञात समारोह के जीन की संख्या को नियंत्रित जे जीवाणु 187 (3):।। 1135-1160 डोई:। 10.1128 / JB.187.3.1135-1160 2005)।
    2. इस प्रक्रिया को दोहराएं जब तक सभी वांछित संदर्भों जोड़ा गया है।
      नोट: ज्यादातर मामलों में, केवल एक या दो संदर्भ की जरूरत है। हालाँकि, और अधिक मेटा डेटा एक सीएn जोड़ने के लिए, और अधिक लोकप्रिय मार्ग होगा।
  9. "मार्ग बनाएँ" बटन पर क्लिक करें। एक सफेद कैनवास gridded एक ग्रे मेनू पट्टी के साथ दिखाई देंगे। यह जहां ड्राइंग जगह लेता है।
  10. "प्रक्रिया जोड़ें" लिंक पर क्लिक करें और पहली प्रक्रिया दृश्य जोड़ने के लिए "रिएक्शन जोड़े" का चयन करें। उदाहरण के लिए, साइट्रिक एसिड को ओक्सैलोएसिटिक अम्ल के रूपांतरण दिखा एक प्रतिक्रिया एंजाइम साइट्रेट Synthase के माध्यम से, के साथ शुरू करते हैं।
    नोट: प्रक्रियाओं जैविक घटनाओं या गतिविधियों रहे हैं। प्रतिक्रियाओं, परिवहन घटनाओं, बातचीत, और बाध्यकारी घटनाओं: प्रक्रियाओं को चार श्रेणियों में विभाजित किया जा सकता है। इस उदाहरण में एक प्रतिक्रिया दिखाया गया है, लेकिन एक ही सिद्धांतों प्रक्रिया के किसी भी प्रकार जोड़ने के लिए लागू होते हैं।
  11. स्वत: पूर्ण बॉक्स में अभिकारकों, उत्पादों, या एंजाइमों में प्रवेश (ई .g। "ओक्सैलोएसिटिक अम्ल" या "Acetyl सीओए") द्वारा मौजूदा प्रतिक्रियाओं खोजें। वांछित प्रतिक्रिया मिल मौजूदा प्रतिक्रियाओं के माध्यम से स्क्रॉल, उसका चयन करें और Ste के लिए सीधे जाओपी 1.12, या, यदि वांछित प्रतिक्रिया नहीं मिली है, "नई रिएक्शन" बटन पर क्लिक करें और डेटाबेस के लिए एक नया मॉडल प्रतिक्रिया जोड़ने के लिए कदम 1.11.11 को 1.11.1 का पालन करें।
    1. नए प्रतिक्रिया प्रपत्र पर प्रतिक्रिया के बाईं ओर एक अभिकारक जोड़ने के लिए "वाम तत्व जोड़ें" बटन पर क्लिक करें। प्रतिक्रियाओं एक बाईं तरफ और एक सही पक्ष के साथ प्रतिक्रिया समीकरणों के रूप में लिखा जाता है।
    2. stoichiometry और तत्व प्रकार (यौगिक / प्रोटीन जटिल / तत्व संग्रह / न्यूक्लिक एसिड / बन्धे तत्व) का चयन करें। स्वत: पूर्ण बॉक्स (उदाहरण के लिए "ओक्सैलोएसिटिक अम्ल") में नाम से तत्व की खोज करें। वांछित तत्व का चयन करें। कदम के लिए 1.11.3 जाओ या, अगर वांछित तत्व नहीं पाया जाता है, "नया" बटन पर क्लिक करें और कदम 1.11.2.1 का पालन करें।
      1. नए तत्व के रूप में, उचित रूप से खेतों में भरने के लिए और बचाने के लिए।
    3. हर प्रतिक्रिया के बाईं ओर में शामिल तत्व के लिए कदम 1.11.1 और 1.11.2 दोहराएँ (जैसे दो और यौगिकों जोड़ने के लिए, 'ऐसTYL सीओए "और" जल ")।
    4. ड्रॉप-डाउन सूची से मार्ग की दिशा का चयन (जैसे, तीर बाएँ से सही करने के लिए निर्देशित चुनते हैं)।
      नोट: तीर अभ्यावेदन सही करने के लिए वाम शामिल दाएं से बाएं, और प्रतिवर्ती।
    5. प्रतिक्रिया के बाईं तत्व अब पूरा साथ, एक उत्पाद जोड़ने के लिए "सही तत्व जोड़ें" बटन पर क्लिक करें।
    6. कदम 1.11.2 में के रूप में stoichiometry और तत्व प्रकार का चयन करें। स्वत: पूर्ण बॉक्स (उदाहरण के लिए "साइट्रिक एसिड") में नाम से तत्व के लिए खोज और वांछित तत्व का चयन करें। अगर वांछित तत्व नहीं पाया जाता है, "नया" बटन पर क्लिक करें और कदम 1.11.2.1 का पालन करें।
    7. दोहराएँ कदम 1.11.5 और हर प्रतिक्रिया के दाहिने हिस्से में शामिल तत्व के लिए 1.11.6 (उदाहरण के लिए "हाइड्रोजन आयन" और "Coenzyme ए 'जोड़)।
    8. बाद अभिकारकों और उत्पादों उत्पन्न किया गया है, प्रतिक्रिया करने के लिए एक एंजाइम जोड़ने के लिए "एंजाइम जोड़ें" बटन पर क्लिक करें।
    9. समुद्रजैसा कि इसके नाम (उदाहरण के लिए "साइट्रेट synthase") स्वत: पूर्ण बॉक्स में टाइप करें एंजाइम के लिए आरसीएच और वांछित एंजाइम का चयन करें। एंजाइम डेटाबेस में मौजूद नहीं है, "नया" बटन पर क्लिक करें और 1.11.9.7 को 1.11.9.1 चरणों का पालन करें।
      1. जब एक नया एंजाइम बनाने, न्यू एनजाइम फार्म का उपयोग इसी टैब (जैसे नाम: साइट्रेट Synthase, प्रजाति: कोलाई) पर एंजाइम नाम और प्रजातियों में भरने के लिए।
      2. इस एंजाइम को प्रजातियों-विशिष्ट जानकारी (यानी अनुक्रम और चतुर्धातुक संरचना जानकारी) जोड़ने के लिए "प्रोटीन जोड़ें" बटन पर क्लिक करें।
      3. stoichiometry में भरें और नाम (साइट्रेट Synthase), जीन का नाम (gltA), या UniProt आईडी के आधार पर प्रोटीन के लिए खोज स्वत: पूर्ण बॉक्स में। वांछित प्रोटीन का चयन करें या, यदि वांछित प्रोटीन नहीं पाया जाता है, "नया" बटन पर क्लिक करें और कदम 1.11.9.3.1 का पालन करें।
        1. नए प्रोटीन प्रपत्र पर, उचित रूप से खेतों में भरने के लिए और क्लिक करें4;। प्रोटीन "बटन बनाएँ अनिवार्य क्षेत्रों का नाम और UniProt आईडी शामिल क्षेत्रों के बाकी वैकल्पिक हैं।।
      4. प्रोटीन संशोधन जोड़ने या सहकारकों एंजाइम, यदि आवश्यक करने के लिए / "परिवर्तनों को जोड़ें" और या "Cofactors जोड़े" बटन का प्रयोग करें। इस मामले में, न तो आवश्यक हैं। उचित रूप से खेतों में भरें।
      5. एंजाइम को एक subcellular स्थान जोड़ने के लिए "जैविक राज्य जोड़ें" बटन पर क्लिक करें।
      6. स्वत: पूर्ण बॉक्स में प्रजातियों, सेल प्रकार, और / या subcellular स्थान दर्ज करके वांछित जैविक राज्य के लिए खोज (उदाहरण के लिए "कोलाई, सेल, cytosol")। वांछित राज्य का चयन करें या, यदि वांछित राज्य नहीं मिला है, "नया" बटन पर क्लिक करें और कदम के लिए 1.11.9.6.1 आगे बढ़ें।
        1. नया जैविक राज्य बनाने पर, उचित रूप से खेतों में भरें। अगर प्रजातियों, आदि, नहीं मिला है, "नया" बटन के रूप में 1.6.1 1.6.5 करने के लिए चरणों में ऊपर वर्णित का उपयोग करें। एक बार करनाne, "जैविक राज्य बनाने के" बटन पर क्लिक करें।
      7. एंजाइम को बचाने के लिए "एनजाइम बनाएँ" बटन पर क्लिक करें।
    10. दोहराएँ कदम 1.11.8 1.11.9 करने के लिए अतिरिक्त एंजाइमों जोड़ने के लिए, यदि आवश्यक है।
      ध्यान दें: एक प्रतिक्रिया कई अलग अलग इसके साथ जुड़े एंजाइमों हो सकता है, और एंजाइमों ही जैविक राज्य या प्रजाति के हैं की जरूरत नहीं है (इतने लंबे समय के रूप में अभिकारकों और उत्पादों को एक ही कर रहे हैं)। जब एक प्रतिक्रिया ड्राइंग यह हमेशा जो उसके संबंधित एंजाइमों के प्रदर्शित किया जाना चाहिए चुनने के लिए संभव है।
    11. नए प्रतिक्रिया को बचाने के लिए "प्रतिक्रिया बनाएँ" बटन पर क्लिक करें।
  12. जैविक राज्य क्षेत्र में प्रतिक्रिया के subcellular स्थान (विशेष रूप से इस मार्ग के लिए) निर्दिष्ट अगर जाना जाता है।
  13. (जैसे सही और क्षैतिज करने के लिए वाम चुनें) उन्मुखीकरण प्रारंभिक सूचियों ड्रॉप डाउन (बाएं से दाएं, बाएं, क्षैतिज / खड़ी करने के लिए दाएं) से प्रतिक्रिया देने के लिए वांछित चयन करें।
  14. एक माउस या टच पैड का उपयोग करना, क्लिक करें और वांछित के रूप में कैनवास पर प्रतिक्रिया तत्वों का स्थान बदलने के लिए खींचें। कदम repositioning और हाल ही में बनाया प्रतिक्रिया की प्रतिक्रिया तत्वों (यौगिकों, किनारों और / या एंजाइमों) के संपादन के लिए 1.15.5 करने के लिए 1.15.1 का पालन करें।
    1. द्वारा एक या अधिक तत्वों (यौगिकों, किनारों और / या एंजाइमों) एक ही समय में चयन या तो एक-क्लिक करके उन्हें एक-एक करके वर्तमान चयन को जोड़ने के लिए, या एक खींचें करने के लिए कर्सर का उपयोग करके सभी तत्वों का चयन करने के लिए प्रत्येक तत्व प्रासंगिक तत्वों के आसपास बॉक्स। चयनित तत्वों लाल रंग का हो जाएगा।
      1. उन्हें वांछित क्षेत्र (आमतौर पर कैनवास के केंद्र में) में स्थान बदलने के लिए एक माउस या टच पैड का उपयोग कैनवास भर में चयनित तत्वों खींचें। उन पर एक दूसरी बार क्लिक करें, या खाली कैनवास पर क्लिक करके तत्वों अचयनित करें।
    2. एक रासायनिक यौगिक को डबल क्लिक करें(यह एक धराशायी ग्रे बॉक्स से घिरा हो जाएगा) एक पॉप-अप साइडबार कि स्क्रीन के दाईं ओर दिखाई देगा का उपयोग करने के लिए। इस साइडबार उपयोग टेम्पलेट, जैविक राज्य, z- सूचकांक और पूर्ण प्रतिक्रिया विवरण को संपादित करने के लिए।
      1. विकल्प उपलब्ध से टेम्पलेट का एक प्रकार चुनें (बड़े, मध्यम या छोटे परिसर दृश्य, बड़े, मध्यम या छोटे ड्रग दृश्य, सहायक कारक के दृश्य, सरल नीचे छोड़ दिया, सही या शीर्ष दृश्य)। एक जैविक राज्य जोड़ें और जेड सूचकांक संपादित अगर जरूरत है।
        नोट: यह यौगिक को छोड़कर प्रकार, यानी दवाओं बनाम चयापचयों के बीच अंतर करने के लिए, टेम्पलेट पूरे मार्ग भर में लगातार के प्रकार रखने के लिए सबसे अच्छा है।
    3. एक प्रोटीन / एंजाइम को डबल क्लिक करें (यह एक धराशायी ग्रे बॉक्स से घिरा हो जाएगा) (स्क्रीन के दाईं ओर दिखाई देगा) एक पॉप-अप साइडबार उपयोग करने के लिए। इस साइडबार उपयोग टेम्पलेट, जैविक राज्य, जेड सूचकांक, प्रोटीन जटिल विवरण, और पूर्ण प्रतिक्रिया विवरण को संपादित करने के लिए।
      1. विकल्प उपलब्ध (एनजाइम Monomer, Dimer या tetramer, कोई लेबल, प्रोटीन लेबल या सबयूनिट लेबल, ट्रांसपोर्टर, रिसेप्टर या repressor) से टेम्पलेट का एक प्रकार चुनें। एक जैविक राज्य जोड़ें और जेड सूचकांक संपादित अगर जरूरत है।
        नोट: अलग अलग रंग प्रोटीन के बीच भेद करने के लिए प्रदान की जाती हैं; डिफ़ॉल्ट रंग हरे रंग के लिए निर्धारित है।
    4. एक पूरी प्रक्रिया के लिए जानकारी को संपादित करने के लिए, डबल उसके तत्वों के किसी भी क्लिक करें (वे एक धराशायी ग्रे बॉक्स से घिरा हो जाएगा) और माध्यमिक मेनू पट्टी (ग्रे) में "संपादित करें" लिंक का उपयोग। दो विकल्प प्रदर्शित किया जाएगा: "संपादित करें <तत्व>" और "संपादित करें <प्रक्रिया>"।
      नोट: "संपादित करें <तत्व>" इसी तत्व के लिए साइडबार करने के लिए उपयोगकर्ताओं को निर्देशित करेंगे। "संपादित करें <प्रक्रिया>" विकल्प अनावरण "संपादित विवरण", जिस दिशा में प्रक्रिया प्रदान की गई है (क्षैतिज / ऊर्ध्वाधर और वाम / अधिकार) बदलने के लिए होगा, या किनारों फिर से कनेक्ट (भीक्षैतिज / ऊर्ध्वाधर और वाम / अधिकार)। क्लिक करके विवरण संपादित करें लिंक एक स्क्रीन जहां प्रतिक्रिया के विवरण और इसके सभी तत्वों को एक बार संपादित किया जा सकता जैविक स्टेट्स, टेम्पलेट्स, और जेड अनुक्रमित सहित, को बढ़ावा मिलेगा। एंजाइमों जोड़ा जा सकता है या प्रदर्शन से हटा दिया है, और अगर वांछित तत्वों और किनारों छिपा हो सकता है। उदाहरण के लिए, डबल हाइड्रोजन आयन तत्व क्लिक करें और फिर "संपादित करें" पर क्लिक करें। पर "संपादित Acetyl सीओए + ओक्सैलोएसिटिक अम्ल + जल → साइट्रिक एसिड + Coenzyme ए + हाइड्रोजन आयन" कर्सर रखें और चुनें "विवरण संपादित करें"। प्रत्येक परिसर के लिए एक जैविक राज्य (कोलाई, सेल, कोशिका द्रव्य) जोड़ें। एक बार किया, पेज की तह तक जाने के लिए और बैंगनी "अपडेट रिएक्शन" बटन पर क्लिक करें। केवल एंजाइमों कि पहले से ही इस प्रतिक्रिया के साथ जुड़े रहे हैं इस स्तर पर मार्ग को जोड़ा जा सकता है। नई एंजाइमों प्रतिक्रिया मॉडल के लिए जोड़ा जा करने की जरूरत है, प्रतिक्रिया सूचकांक पर वापस ( "प्रक्रियाओं" टैब के अंतर्गत), वांछित प्रतिक्रिया मिल जाए,और उन्हें वहाँ जोड़ें।
    5. एक सिंगल क्लिक या एक डबल क्लिक के माध्यम से प्रतिक्रिया किनारों को संपादित करें।
      1. उन्हें यौगिकों और प्रोटीन के रूप में एक ही रास्ते में हेरफेर करने के लिए प्रतिक्रिया किनारों का चयन करें। क्लिक करें और किनारे पर खींचें पूरे किनारे स्थानांतरित करने के लिए।
        नोट: प्रारंभ और अंत अंक भी क्लिक किया और किनारे की लंबाई को बदलने के लिए घसीटा जा सकता है। जब एक छोर से शुरू / अंत बिंदु चुना गया है, जुड़े "घुंडी" दिशा और शुरू / अंत बिंदु की वक्रता को नियंत्रित करने के लिए समायोजित किया जा सकता है। किनारे करने के लिए अतिरिक्त नोड्स जोड़ने के लिए, धार का चयन और नीले आयत प्रतीत होता है कि ध्यान दें। एक नोड जोड़ने के लिए और एक नोड दूर करने के लिए निचले आधे क्लिक करने के लिए आयत के ऊपरी हिस्से पर क्लिक करें।
      2. बताया तीर, अवरुद्ध तीर, और कोई तीर विकल्पों के माध्यम से चक्र के लिए एक छोर से शुरू / अंत बिंदु पर डबल क्लिक करें शुरू / अंत बिंदु।
  15. एक बार जब पहली प्रतिक्रिया के रूप में वांछित तैयार किया गया है, प्रतिक्रिया का एक उत्पाद का चयन (जैसे साइट्रिक एसिड)इसे डबल क्लिक करके इस प्रतिक्रिया उत्पाद पर अगले प्रक्रिया से जोड़ने के लिए (इस मामले साइट्रिक एसिड सीआईएस Aconitate Hydratase के माध्यम से -Aconitic एसिड करने के लिए) के क्रम में (लाल रंग में परिवर्तन की सूचना)।
  16. एक बार चयनित, "प्रक्रिया जोड़ें" टैब पर क्लिक करें और "प्रतिक्रिया जोड़े" विकल्प पर क्लिक करें।
  17. एक प्रतिक्रिया को जोड़ने के लिए इस प्रक्रिया को दोहरा द्वारा टीसीए चक्र (इस विशेष उदाहरण में) के लिए एक और प्रतिक्रिया जोड़े (1.15 को 1.11 कदम)। चूंकि यह प्रतिक्रिया एक मौजूदा प्रतिक्रिया उत्पाद, केवल प्रतिक्रियाओं होते हैं कि चयनित तत्व दिखाई देगी बंद का निर्माण किया जा रहा है।
  18. कदम प्रत्येक प्रतिक्रिया के लिए 1.15 करने के लिए 1.11 पालन करके TCA चक्र के लिए शेष प्रतिक्रियाओं जोड़ें।
  19. एक बार सभी प्रतिक्रियाओं जोड़ दिया गया है, लिंक "दृश्य तत्व जोड़ें" पर क्लिक करें और "झिल्ली जोड़े" में से एक का चयन करके इस तरह की झिल्ली, डीएनए, tRNAs, subcellular organelles, अंगों, ऊतकों, जूम बक्से या लेबल के रूप में दृश्य तत्वों को जोड़ने, "जोड़ें छवि "," ज़ूम बॉक्स जोड़ें "या"; जोड़े लेबल "विकल्प दृश्य तत्वों को जोड़ने के लिए कदम 1.20.4 करने के लिए 1.20.1 का पालन करें।।
    1. एक सेलुलर झिल्ली जोड़ने के लिए "झिल्ली जोड़े" विकल्प पर क्लिक करें। इसे डबल साइडबार उपयोग करने के लिए क्लिक करके इस झिल्ली को संपादित करें। टेम्पलेट साइडबार पर स्थित क्षेत्र में झिल्ली के प्रकार चुनें। एक बॉक्सिंग झिल्ली प्रस्तुत करने के लिए "बंद झिल्ली" विकल्प का चयन करें।
    2. वर्तमान में PathWhiz डेटाबेस में मौजूदा एक छवि को जोड़ने के लिए "छवि जोड़ें" विकल्प पर क्लिक करें (मानक छवियों अंगों, अंगों और ऊतकों में शामिल हैं)। डबल यह एक साइडबार उपयोग करने के लिए क्लिक करके छवि को संपादित करें। विकल्प संपादित करें सुगम कर रहे हैं और जेड सूचकांक के साथ गहराई स्केलिंग में शामिल हैं, को बड़े पैमाने / नीचे पैमाने पर, और बारी बारी से बाएँ / सही बारी बारी से।
    3. एक विशेष छवि के लिए एक ज़ूम बॉक्स जोड़ने के लिए "ज़ूम बॉक्स मे" विकल्प पर क्लिक करें।
    4. एक पाठ लेबल जोड़ने के लिए "लेबल जोड़ें" विकल्प पर क्लिक करें। डबल वह अपने साइडबार उपयोग करने के लिए क्लिक करके लेबल संपादित करें। संपादन विकल्पों में शामिल हैं लेबल टेम्पलेट, पाठ, औरजेड सूचकांक।
      नोट: "असार तत्व जोड़ें" लिंक कैनवास है कि किसी भी प्रक्रिया के साथ संबद्ध नहीं हैं करने के लिए बाहरी यौगिकों, प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, तत्व संग्रह, या किनारों को जोड़ने के लिए विकल्प प्रदान करता है। इन तत्वों को कैनवास के ऊपरी बाएँ कोने में शुरू में दिखाई देगा। वे के रूप में मनमाना तत्वों है कि साइडबार, जहां उपयोगकर्ता वांछित तत्व का चयन और कहा तत्व के दृश्य के विवरण बदल सकते में संपादित किया जा सकता दिखाई देते हैं। तत्व आदेश मार्ग स्वच्छता बनाए रखने के लिए किसी भी नए असार तत्वों को जोड़ने से पहले मार्ग में शामिल किया जाना चाहिए। असार तत्व ही दृश्य को समझने में सहायता के लिए होती हैं (यानी प्रतिलेखन के दौरान कई tRNAs की उपस्थिति को दर्शाता हुआ) और अभिन्न प्रक्रिया घटकों का प्रतिनिधित्व करने के लिए नहीं। वे संयम से इस्तेमाल किया जाना चाहिए, क्योंकि वे ही दृश्य में दिखाई देगा, और मशीन पठनीय प्रारूपों (BioPAX, SBML, SBGN, PWML) में शामिल नहीं हैं।
  20. एक उप-pathwa जोड़े"प्रक्रिया जोड़ें" लिंक पर क्लिक करें और "उप-मार्ग जोड़े" विकल्प का चयन करके वाई।
    नोट: उप-रास्ते के रूप में भी 1.18 करने के लिए कदम 1.16 में प्रदर्शन किया उसी तरह, मौजूदा प्रतिक्रियाओं को श्रृंखलित जा सकता है। उप रास्ते के अलावा बड़ी या जटिल रास्ते की जटिलता को कम कर सकते हैं। उन्होंने यह भी जाना जाता है रास्ते के बीच कनेक्शन पर अतिरिक्त जानकारी प्रदान करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।
  21. स्वत: पूर्ण बॉक्स में उप-मार्ग नाम के लिए खोजें। केवल उप रास्ते है कि पहले से ही इस मार्ग के लिए परिभाषित किया गया, स्वत: पूर्ण बॉक्स में दिखाई देगा इस प्रकार यदि यह एक नया मार्ग है, कोई उप रास्ते में दिखाई देगा। अगर वांछित उप-मार्ग मौजूद नहीं है, "नए उप मार्ग" बटन पर क्लिक करें और 1.22.3 करने के लिए कदम 1.22.1 का पालन करें।
    1. उप-मार्ग प्रकार (उप मार्ग / निरोधात्मक उप मार्ग / उप मार्ग सक्रिय) का चयन करें।
    2. उप-मार्ग नाम दर्ज करें।
    3. एक ही फैशन में उप-मार्ग के लिए इनपुट और आउटपुट तत्वों को जोड़ने अभिकारकों और उत्पादों के रूप में जोड़ेंएक प्रतिक्रिया को ठेस (1.11.1 1.11.3 करने के लिए कदम ऊपर)।
      नोट: एक उप-मार्ग पर कम से कम एक इनपुट या आउटपुट तत्व होना चाहिए। यह यह मार्ग में अन्य प्रक्रियाओं से जुड़ा हो सकता है, उसी तरह के रूप प्रतिक्रियाओं जंजीर हैं (1.16 से ऊपर 1.18 करने के लिए कदम) की अनुमति देता है।
    4. "उप-मार्ग बनाएँ" बटन पर क्लिक करें।
  22. "अन्य" लिंक पर क्लिक करें और "कैनवास बदलें आकार" विकल्प का चयन करके एक मार्ग आरेख के कैनवास आकार को समायोजित करें। कैनवास आकार बदलने के लिए, कदम 1.23.3 करने के लिए 1.23.1 का पालन करें।
    1. "नई ऊंचाई" क्षेत्र और "नया चौड़ाई" तदनुसार क्षेत्र में भरें।
    2. वांछित दिशा जिस दिशा में कैनवास बढ़ाने या "एंकर" खंड में ग्रिड पर इसी बटन पर क्लिक करके आकार में कमी करनी चाहिए का चयन करें।
    3. "अपडेट कैनवास आकार" बटन पर क्लिक करें।
  23. वैकल्पिक रूप से, कैनवास आकार स्वचालित रूप से समायोजित करें। एक बार मार्ग पूरा हो गया है, ग"अन्य" लिंक चाटना और विकल्प "मार्ग के लिए फ़िट कैनवास" का चयन करें। यह स्वचालित रूप से मौजूदा मार्ग तत्वों के आसपास कैनवास ट्रिम जाएगा।
  24. जब मार्ग पूरा हो गया है, "मार्ग" लिंक पर क्लिक करें और "निर्यात और देखें" विकल्प का चयन करें।
  25. विकल्प या तो नीली या छवि के लिए पृष्ठभूमि रंग के रूप में सफेद चयन करने के लिए "छवियों के लिए पृष्ठभूमि रंग" का प्रयोग करें।
  26. का चयन करें या तो हाँ या नहीं "इसके अलावा सरलीकृत संस्करण उत्पन्न?" के लिए विकल्प। हाँ चुना जाता है, एक KEGG की तरह तार आरेख भी स्वतः ही मार्ग के लिए उत्पन्न हो जाएगा।
  27. "छवि फाइल उत्पन्न" बटन पर क्लिक करें।
    नोट: इस मार्ग के लिए अलग-अलग डेटा विनिमय स्वरूपों और छवि फ़ाइलों को उत्पन्न करता है। छवियाँ हर बार मार्ग अद्यतन किया जाता है फिर से उत्पन्न किया जाना चाहिए, और यह कई मिनट लग सकते हैं।
  28. एक बार छवि उत्पन्न किया गया है, एक पूरी तरह से हाइपरलिंक, उच्च संकल्प पथ देखने के लिए "व्यूअर में शो" बटन को क्लिक करेंब्राउज़र में जिस तरह से छवि।
    नोट: "व्यूअर में शो" बटन ही रास्ते के लिए प्रकट होता है एक बार उनके चित्र उत्पन्न किया गया है। यह दृश्य भी विभिन्न डेटा के आदान प्रदान और छवि प्रारूप में मार्ग डाउनलोड करने के लिए लिंक शामिल हैं।

2. मार्ग प्रतिकृति

नोट: मार्ग प्रतिकृति एक त्वरित और आसान मार्ग PathWhiz के पुस्तकालय में एक मौजूदा मार्ग ले और यह नकली इतना है कि यह आगे संपादन या संशोधन के लिए एक टेम्पलेट के रूप में सेवा कर सकते है। एक मार्ग को दोहराने के लिए, कदम, में प्रवेश करने के लिए नहीं है, तो पहले से ही किया 1.3 के लिए 1.1 का पालन करें।

  1. मुख्य मेनू पट्टी पर "रास्ते" पर क्लिक करके मार्ग सूचकांक वहाँ नहीं तो पहले से ही करने के लिए जाओ। वांछित मार्ग के लिए खोज खोज पट्टी में अपने नाम दर्ज करें और "खोज" बटन (उदाहरण के लिए "टीसीए चक्र") पर क्लिक करके दोहराया जा सके।
  2. मार्ग का पता दोहराया जा सकता है (उदाहरण के लिए "TCA चक्र"), और क्लिक हरी "दोहराने" लेकिनटन।
  3. मार्ग का नाम संपादित करें वांछित (जैसे प्रकार "TCA चक्र अभ्यास"। कोई दो रास्ते एक ही नाम हो सकता है।
  4. मार्ग के लिए एक नया या अलग विवरण दर्ज करें (1.7 कदम देखें)।
  5. मार्ग के लिए नया या अलग संदर्भों को जोड़ने के लिए, "संदर्भ जोड़ें" बटन पर क्लिक करें और ऊपर चरण 1.8 का पालन करें।
  6. "मार्ग बनाएँ" बटन पर क्लिक करें। जबकि मार्ग बनाया जा रहा है एक बैंगनी प्रगति पहिया दिखाई देगा। इस प्रक्रिया में कई मिनट या अधिक समय लग सकता है मार्ग के आकार पर निर्भर करता है।
  7. संपादित करें या 1.22 करने के लिए कदम 1.10 का उपयोग कर मार्ग को किसी भी वांछित तत्वों को जोड़ने।
  8. पालन ​​को पूरा करने और मार्ग में निर्यात 1.29 को 1.23 कदम।

3. मार्ग प्रचार

नोट: मार्ग प्रचार के लिए एक त्वरित और आसान रास्ता (जैसे कोलाई) एक जीव के लिए PathWhiz के पुस्तकालय में एक मौजूदा मार्ग लेने के लिए और किसी अन्य के लिए एक समान मार्ग बनाने के लिए हैजीव (जैसे स्ताफ्य्लोकोच्चुस)। इस प्रक्रिया को खोजने और प्रतिस्थापन ई कोलाई प्रोटीन के लिए एस ऑरियस प्रोटीन और एस ऑरियस प्रोटीन जीन के साथ पूरे मार्ग regenerating शामिल है। कदम ऊपर 2.2 करने के लिए 2.1 निम्नलिखित द्वारा एक मार्ग शुरू होने से प्रचार करने के लिए।

  1. मार्ग (इस मामले टीसीए चक्र में) प्रचारित करने में जानें और "शो" बटन पर क्लिक करें।
  2. शीर्ष दाएँ कोने में "प्रचार" बटन पर क्लिक करें।
  3. प्रचार प्रपत्र पर, प्रजातियों के लिए जो मौजूदा मार्ग परिवर्तित किया जाएगा की पहचान करने के लिए "प्रजाति जोड़ें" बटन पर क्लिक करें। कई प्रजातियों, जोड़ा जा सकता है, हालांकि अधिक प्रजातियां हैं, अब रूपांतरण समय।
  4. या एक मौजूदा प्रजातियों के लिए खोज एक नई प्रजाति कदम ऊपर 1.6.5 के लिए 1.6.1 निम्नलिखित जोड़ें।
  5. अगर वांछित, प्रोटीन homologs को खोजने के लिए समानता सीमा निर्धारित करने के लिए ई-मूल्य बदल जाते हैं। हाँ का चयन करें या नहीं "की समीक्षा की प्रोटीन के लिए केवल"विकल्प (यह इंगित करता है जो UniProt प्रोटीन उत्पन्न मार्ग में इस्तेमाल किया जाना चाहिए)।
  6. "प्रचार मार्ग" बटन पर क्लिक करें।
  7. पॉप-अप विंडो में "ठीक" बटन पर क्लिक करें।
    नोट: जबकि मार्ग प्रचार है एक बैंगनी प्रगति पहिया दिखाई देगा। इस प्रक्रिया में कई मिनट या अधिक समय लग सकता है मार्ग के आकार और प्रजातियों की संख्या जो करने के लिए प्रारंभिक मार्ग में प्रचारित किया जा रहा है पर निर्भर करता है।
  8. दूसरी पॉप-अप विंडो दिखाई देगा जब प्रचार पूरा हो गया है। "ठीक" बटन पर क्लिक करें। यह सभी नए मार्ग है कि इस प्रचार से उत्पन्न किया गया है दिखा एक सूचकांक पैदा करेगा।
  9. इस सूचकांक से, मार्ग विवरण की जाँच और देखने के लिए और नए रास्ते के प्रत्येक संपादित करने के लिए "ड्रा" बटन पर क्लिक करें।
  10. संपादित करें या 1.22 करने के लिए कदम 1.10 का उपयोग कर मार्ग को किसी भी वांछित तत्वों को जोड़ने।
  11. पालन ​​को पूरा करने और मार्ग में निर्यात 1.29 को 1.23 कदम।

4. संपादनएक मौजूदा मार्ग

जोड़ा जा करने के लिए कुछ मामलों में, एक मौजूदा मार्ग के बारे में नई जानकारी नहीं है या एक मार्ग के बारे में गलत जानकारी सही करने की जरूरत: नोट। एक मौजूदा मार्ग को संपादित करने के कदम 1.3 के लिए 1.1 निम्नलिखित में लॉग इन करने से शुरू करते हैं।

  1. मुख्य मेनू पट्टी पर "रास्ते" पर क्लिक करके मार्ग सूचकांक वहाँ नहीं तो पहले से ही करने के लिए जाओ।
  2. मार्ग संपादित किया जा करने के लिए (इस मामले में, "टीसीए चक्र" में) का पता लगा। चित्र को संपादित किया जा रहा है "ड्रा" बटन क्लिक करें, विवरण या संदर्भ से संपादित किया जा करने के लिए कर रहे हैं, "संपादित करें" बटन पर क्लिक करें।
    1. छवि को संपादित करने के लिए, का पालन करने के लिए ऊपर 1.29 1.10 कदम।
    2. मार्ग विवरण या संदर्भ संपादित करने के लिए कदम 1.8 के लिए 1.4 का पालन करें और जब परिवर्तन को बचाने के लिए समाप्त हो गया "अपडेट मार्ग" बटन पर क्लिक करें।
  3. 1.28 के लिए कदम 1.25 पालन करते हुए परिवर्तनों को अद्यतन करने के लिए छवि को पुनर्जीवित।

5. मार्ग देखना और Downloadiएनजी

नोट: इस वेब आधारित उपकरण ध्यान खींचा और संपादित मार्ग है कि या देखी जा सकती है विभिन्न अनुप्रयोगों के लिए डाउनलोड के हजारों शामिल हैं। देखने या एक मार्ग को डाउनलोड करने के कदम 1.1 1.3 में प्रवेश करने का पालन करें।

  1. (यदि वहाँ पहले से ही नहीं) मार्ग सूचकांक पर जाएं मुख्य मेनू पट्टी पर "रास्ते" पर क्लिक करके।
  2. मार्ग डाउनलोड किया जा करने के लिए (इस मामले में, टीसीए चक्र) और "शो" बटन पर क्लिक करें।
  3. वांछित PathWhiz आईडी "व्यूअर में शो" लेबल के बगल के साथ बैंगनी बटन पर क्लिक करें (वहाँ एक से अधिक आईडी हो सकता है)।
  4. साइडबार में "डाउनलोड" टैब पर क्लिक करें।
  5. विभिन्न फ़ाइल स्वरूपों में मार्ग डाउनलोड करने के लिए हाइपरलिंक पर क्लिक करें।

Representative Results

वेब सर्वर के मुख्य मार्ग पीढ़ी इस पांडुलिपि में वर्णित उपकरण चित्रा 1 और चित्रा 2 में दिखाया गया है। प्रत्येक टैब द्वारा प्रदान की मेनू विकल्प भी दिखाए जाते हैं। 3 आंकड़े और 4 मार्ग निर्माण प्रक्रिया के स्क्रीनशॉट का एक सेट प्रदान करते हैं। चित्रा 5 प्रतिक्रिया निर्माण प्रक्रिया के स्क्रीनशॉट का एक सेट प्रदान करता है। चित्रा 6 ऑनलाइन मार्ग दर्शक और अपने मेनू से पता चलता है।

PathWhiz विभिन्न सामग्री प्रकार और शैलियों के साथ रास्ते उत्पन्न करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। ये "पारंपरिक" चयापचय मार्ग (चित्रा 7), बीमारी और दवा (8 चित्रा) दुष्प्रभाव दिखा रास्ते और दवा प्रतिक्रियाओं (चित्रा 9), और साथ ही प्रोटीन संकेत दे रास्ते (चित्रा 10) शामिल हैं। रास्ते बड़े पैमाने पर काफी biolo साथ रंग का हो सकता हैgical विस्तार या वे सरल काले और सफेद अभ्यावेदन (11 चित्रा) के लिए परिवर्तित किया जा सकता है। एक बार जब पूरा, इन रास्ते, इंटरैक्टिव मार्ग दर्शक (चित्रा 6) में देखी जा सकती है छवियों के रूप में डाउनलोड, या आगे के विश्लेषण के लिए कई अलग अलग मशीन पठनीय डेटा विनिमय स्वरूपों में निर्यात किया। ध्यान दें कि विभिन्न डेटा विनिमय स्वरूपों की गुणवत्ता inputted जब मूल मार्ग ड्राइंग डेटा की गुणवत्ता पर निर्भर करता है। उदाहरण के लिए, अधिक प्रतिक्रिया विस्तार (यानी stoichiometry, जैविक राज्यों) को जोड़ने और अधिक व्यापक BioPAX का उत्पादन होगा। दूसरी ओर, रास्ते तत्वों को भी SBGN माले में ओवरलैपिंग ग्लिफ़ उत्पादन हो सकता है (जैसे बाध्य तत्वों या प्रोटीन परिसरों दिखाने के रूप में दृश्य कारणों के लिए) ओवरलैपिंग के साथ तैयार की।

आकृति 1
चित्रा 1: मार्ग संपादक इंटरफ़ेस। Editor इंटरफ़ेस कम्पो हैएक शीर्ष मुख्य मेनू पट्टी, एक माध्यमिक मेनू और एक gridded कैनवास: 3 मुख्य वर्गों के एसईडी। शीर्ष मुख्य मेनू पट्टी (बैंगनी) लिंक देखें, संपादित करें और मार्ग तत्वों बनाने के लिए प्रदान करता है। कम माध्यमिक मेनू पट्टी (ग्रे) जोड़ सकते हैं और इस तरह की प्रतिक्रियाओं, बातचीत, परिवहन प्रक्रियाओं, उप रास्ते, यौगिकों, प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, साथ ही झिल्ली, सेलुलर / के रूप में मौजूदा मार्ग चित्र में दृश्य मार्ग तत्वों, संपादित करने के लिए लिंक प्रदान करता है subcellular छवियों, ज़ूम बक्से, और लेबल। यह मेनू भी दो टैब है कि चयनित तत्वों का संपादन या कैनवास के संपादन की अनुमति शामिल है। जहां प्रतिक्रिया रास्ते और प्रक्रियाओं जोड़ दिया जाएगा मेनू सलाखों के नीचे gridded सफेद कैनवास है। ज़ूम बॉक्स एक दृश्य संकेत के रूप में काम करता है एक छवि में एक चयनित क्षेत्र की बढ़ाई संकेत मिलता है। यह एक छोटा सा वर्ग है कि एक फिर से खासी चतुर्भुज से जुड़ा है के होते हैं। छोटे वर्ग, क्षेत्र है कि या विस्तार किया जा करने के लिए तेजी से बढ़ी पर रखा गया है, जबकि एक चतुर्भुज वें जोड़ सकते हैं, जिसमें एक कैनवास के रूप में काम करता हैई प्रतिक्रियाओं है कि (छोटे वर्ग) के द्वारा चयनित क्षेत्र में होती हैं। डबल वह अपने साइडबार उपयोग करने के लिए क्लिक करके जूम बॉक्स संपादित करें। संपादन विकल्प टेम्पलेट, रंग, और z- सूचकांक के लिए सूची ड्रॉप डाउन शामिल हैं। ज़ूम बॉक्स का प्रतिपादन उन्मुखीकरण शीर्ष का चयन करके बदला जा सकता है, ठीक है, टेम्पलेट टैब में छोड़ दिया है या नीचे। जब जूम बॉक्स चयनित है, काले घेरे आकार और विभिन्न ज़ूम बॉक्स घटकों reformat करने के लिए घसीटा जा सकता है। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्र 2
चित्रा 2: मार्ग संपादक मेनू। संपादक मेनू विकल्प प्रक्रियाओं और तत्वों को जोड़ने के लिए, साथ ही मौजूदा तत्वों और कैनवास संपादित करने के लिए प्रदान करते हैं। (क) "मार्ग" लिंक विकल्प प्रदान करता है के लिए "विवरण संपादित करें" और "निर्यात और देखें"। जबकि "निर्यात और देखें" विकल्प पीढ़ी या छवि फ़ाइलों के उत्थान के लिए परमिट "संपादित विवरण" विकल्प मार्ग विवरण और संदर्भों के संपादन के लिए परमिट। (ख) "प्रक्रिया जोड़ें" लिंक एक प्रतिक्रिया, बातचीत, घटना, परिवहन घटना को जोड़ने के लिए बाध्यकारी विकल्प प्रदान करता है, प्रतिक्रिया कैनवास के लिए परिवहन, या उप-मार्ग मिलकर। (ग) "असार तत्व जोड़ें" लिंक एक यौगिक, एक प्रोटीन, एक न्यूक्लिक एसिड, एक तत्व संग्रह, या कैनवास को एक किनारे को जोड़ने के लिए विकल्प प्रदान करता है। इन तत्वों को कैनवास के ऊपरी बाएँ कोने में दिखाई देगा। एक मनमाना तत्व पॉप-अप साइडबार, जहां उपयोगकर्ता वांछित तत्व की खोज या कहा तत्व का विवरण बदल सकते हैं के साथ कैनवास में दिखाई देगा। तत्व आदेश मार्ग स्वच्छता बनाए रखने के लिए, किसी भी नए असार तत्वों को जोड़ने से पहले मार्ग में शामिल किया जाना चाहिए।_upload / 54869 / 54869fig2large.jpg "लक्ष्य =" _blank "> यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्र तीन
चित्रा 3: मार्ग सूचकांक फार्म। मार्ग सूचकांक विशिष्ट रास्ते के लिए क्वेरी करने के लिए वर्तमान में मौजूदा रास्ते का एक संग्रह है और एक खोज बॉक्स प्रदान करता है। रास्ते सूचकांक तालिका के शीर्ष पर फिल्टर पट्टी का उपयोग कर नाम, प्रकार, प्रजातियों, और निर्माता द्वारा फ़िल्टर किया जा सकता है। उन्होंने यह भी पेज के शीर्ष पर खोज पट्टी का उपयोग कर नाम से खोजा जा सकता है। "उन्नत खोज" ऊपर खुलने जैविक राज्य, प्रकार, प्रजाति, यौगिक, और प्रोटीन के संयोजन के द्वारा और अधिक विशिष्ट खोजों की अनुमति देता है। उन्नत खोज का उपयोग की अनुमति देता है और, या, और तार्किक नहीं ऑपरेटरों जटिल प्रश्नों बनाने के लिए। "शो", "संपादन", "ड्रा", "नष्ट" और "दोहराने": प्रत्येक मार्ग 5 बटन शामिल हैं। "शो" बटनमार्ग दर्शक के उपयोग करने का देखने की अनुमति देता। "संपादित करें" बटन नाम, प्रकार, प्रजाति, वर्णन और संदर्भ सहित मार्ग मेटाडाटा, के संपादन की अनुमति देता है। "ड्रा" बटन मार्ग युक्त कैनवास के संपादन की अनुमति देता है। "नष्ट" बटन डेटाबेस से मार्ग को हटाने के लिए अनुमति देता है (यदि उपयोगकर्ता की अनुमति है)। "दोहराने" बटन चयनित मार्ग की प्रतिकृति की अनुमति देता है। "पिछला" और "अगला" बटन उपयोगकर्ता रास्ते के पन्नों के बीच नेविगेट करने के लिए अनुमति देते हैं। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्रा 4
चित्रा 4: नए मार्ग प्रपत्र बनाएँ। "नए मार्ग" बटन (चित्रा 3 देखें) यहाँ दिखाए मार्ग प्रपत्र की ओर जाता है। इस प्रपत्र मेंके लिए मार्ग का नाम, प्रकार, प्रजाति, और विवरण खेतों। "नए मार्ग" बटन भी एक एक मौजूदा मार्ग से शुरू और संदर्भ जोड़ने की अनुमति देता है। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्रा 5
चित्रा 5: नए प्रतिक्रिया प्रपत्र बनाएँ। "प्रक्रिया जोड़ें" लिंक उन ऐसी प्रतिक्रिया या बाध्यकारी घटना के रूप में एक नई प्रक्रिया से जोड़ने के लिए अनुमति देता है। एक प्रक्रिया जोड़ना एक प्रतिक्रिया मॉडल है, जिसमें से प्रतिक्रिया दृश्यावलोकन उत्पन्न और चित्र मार्ग से जोड़ा जा सकता है बनाता है। प्रतिक्रिया मॉडल और दृश्य अलग संस्थाओं हैं। (क) प्रतिक्रिया क्षेत्र परमिट एक मौजूदा प्रतिक्रिया के लिए खोज, अभिकारक, उत्पाद, या एंजाइम द्वारा। जैविक राज्य क्षेत्र खोज और एक मौजूदा Biologica का चयन परमिटएल राज्य। एक बार एक प्रतिक्रिया चुना जाता है, इसी एंजाइमों "एंजाइम जोड़ें" बटन, जो एक एंजाइम स्वत: पूर्ण बॉक्स को लाएगा का उपयोग कर जोड़ा जा सकता है। विकल्प प्रस्तुत करना उपयोगकर्ता दिशा में वे चाहते प्रतिक्रिया प्रदान की जानी करने के लिए चुनने के लिए अनुमति देते हैं। एक नया प्रतिक्रिया (ख) "नए प्रतिक्रिया" बटन है, जो एक नए प्रतिक्रिया प्रपत्र जहां तत्वों और एंजाइमों जोड़ा जा सकता है की ओर जाता है के माध्यम से बनाया जा सकता है। एक बार सभी क्षेत्रों में भरा जाता है, प्रतिक्रिया "प्रतिक्रिया बनाएँ" बटन के माध्यम से बनाया जा सकता है। अंतर्निहित प्रतिक्रिया मॉडल एक मार्ग इलस्ट्रेटर बाहर निकलना चाहिए संपादित करने के लिए, प्रतिक्रिया सूचकांक में जाना है, और पाते हैं और वहाँ प्रतिक्रिया संपादित करें। आदेश डेटा विसंगतियों और अनजाने में फेरबदल मौजूदा रास्ते को रोकने के लिए, यह अभिकारकों / उत्पादों बदलने के लिए या एक प्रतिक्रिया मॉडल से एंजाइमों को दूर करता है, तो यह पहले से ही मौजूदा रास्ते में दृश्यावलोकन है करने के लिए संभव नहीं है। इस प्रकार, संपादन प्रतिक्रिया मॉडल स्वचालित रूप से मौजूदा प्रतिक्रिया अद्यतन नहीं करतादृश्यावलोकन। आदेश में एक प्रतिक्रिया मॉडल एक चाहिए बदलने के लिए परिवर्तन प्रकट करने के लिए मार्ग के चित्र के इसी दृश्य को फिर से जोड़ें। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्रा 6
चित्रा 6: मार्ग दर्शक। शीर्ष सही दर्शक इंटरफेस बटन बुनियादी नेविगेशन, जूमिंग, और स्क्रीन टॉगल कार्यों प्रदान करते हैं। केंद्रीय व्यूपोर्ट मार्ग है कि क्लिक करके और खींच, या एक माउस का उपयोग zooming द्वारा navigated जा सकता है को प्रदर्शित करता है। मार्ग प्रदर्शित तत्वों अन्य रास्ते और डेटाबेस (जैसे HMDB, DrugBank, UniProt) के लिए हाइपरलिंक रहे हैं। पक्ष मेनू पट्टी उपयोगकर्ता द्वारा आपूर्ति संदर्भ के साथ मार्ग का एक विवरण प्रदर्शित करता है। पक्ष मेनू भी टैब "हाइलाइट", "विश्लेषण" प्रदर्शित करता है, "क्याwnloads ", और" सेटिंग "।" हाइलाइट "टैब की अनुमति देता है यौगिकों और एंजाइमों का चयन किया और लाल रंग में डाला जा सकता है।" विश्लेषण "टैब प्रयोगात्मक एकाग्रता डेटा में प्रवेश करने की अनुमति देता है, जो तब मार्ग एक रंग ढाल का उपयोग करने के लिए मैप किया गया है। "डाउनलोड" टैब इसी डाउनलोड छवि फ़ाइलें और डाटा एक्सचेंज फाइल करने के लिए लिंक प्रदान करता है। PNG फ़ाइल एक छोटे गैर वेक्टर छवि फ़ाइल है। एसवीजी + BioPAX लिंक, एम्बेडेड BioPAX के साथ बड़ा वेक्टर छवि फ़ाइलों को प्रदान मशीन पठनीयता के लिए। The BioPAX, SBML, SBGN, और PWML लिंक अलग मशीन पठनीय प्रारूपों प्रदान करते हैं। "सेटिंग" टैब प्रदर्शित मार्ग छवि के दृश्य अनुकूलन के लिए अनुमति देता है। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्रा 7
चित्रा 7: चयापचय मार्ग छवि। यह एक "पारंपरिक" चयापचय मार्ग है कि जैव संश्लेषण और एक विशेष यौगिक (डी सेरीन) की गिरावट का वर्णन का एक उदाहरण है। मुख्य मेटाबोलाइट कैनवास और प्रतिक्रिया और परिवहन तीर (किनारों) मार्ग के प्रवाह को दिखाने के केंद्र में तैनात है। किनारों और तत्वों स्वचालित रूप से हो सकता है "बोले" एक साथ, यानी जुड़ा हुआ है। तत्व तस्वीर अंक तत्व पक्षों पर पारदर्शी लाल हलकों द्वारा संकेत कर रहे हैं, और बढ़त शुरू / अंत अंक बढ़त के सिरों पर पारदर्शी ग्रे हलकों द्वारा प्रतिनिधित्व कर रहे हैं। स्नैप अंक जब चयनित एक पारदर्शी हरी जब पर hovered, और एक ठोस हरे रंग की बारी। आदेश में एक तत्व के लिए एक धार तस्वीर करने के लिए, पहली तस्वीर बिंदु दोनों किनारे शुरू / अंत या तत्व पर क्लिक करें (यह ठोस हरी बंद हो जाएगा)। फिर बढ़त प्रारंभ / अंत या तत्व तस्वीर बिंदु जुड़े होने की जरूरत है उस पर क्लिक करें। बढ़त स्वचालित रूप से तस्वीर की बात करने के लिए खुद को कनेक्ट करेगा, और unti जुड़े रहते हैंएल इसे हटा दिया है (डबल क्लिक बढ़त और अंत बिंदु खींचकर दूर, या एक अलग तस्वीर बात करने के लिए इसे जोड़ने के द्वारा)। यह गलती तस्वीर के अंक के चयन के प्रति जागरूक होना जरूरी है, क्योंकि इस अनपेक्षित परिणाम हो सकते हैं जब चारों ओर किनारों को स्थानांतरित करने के प्रयास में। चुने हुए तस्वीर अंकों की ठोस हरे रंग उपयोगकर्ता को सचेत करने के लिए अंक वे वर्तमान में चयन किया है तस्वीर करने के लिए है। स्नैप अंक उन पर एक दूसरी बार क्लिक करके अचयनित जा सकता है। किनारों को भी उनके मूल तत्वों को पुन: कनेक्ट किया जा सकता है। जब एक छोर चुना जाता है, "संपादित करें" मेनू लिंक और फिर "संपादित एज" लिंक पर जाकर। इस विकल्प को लाने के लिए स्वचालित रूप से अलग अलग दिशाओं में बढ़त कनेक्ट करने के लिए होगा। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

आंकड़ा 8 <br /> 8 चित्रा: रोग मार्ग छवि। यह एक बीमारी मार्ग है कि अंगों की बीमारी (Sarcosine Oncometabolite मार्ग) से प्रभावित पता चलता है की एक उदाहरण है। अतिरिक्त छवि तत्वों मेटाबोलाइट सांद्रता में वृद्धि या कमी और उनके संचय या लंपटता चित्रित करने के लिए इस्तेमाल कर रहे हैं। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

9 चित्रा
9 चित्रा: ड्रग मार्ग छवि। यह एक दवा मार्ग है कि अंगों जहां दवा चयापचय होता है (Ibuprofen मार्ग) से पता चलता है की एक उदाहरण है। दवा मेटाबोलाइट आसपास के रंग आमतौर पर गुलाबी के रूप में दिखाया गया है। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।


चित्रा 10: प्रोटीन संकेतन मार्ग छवि। यह एक संकेतन मार्ग है कि विभिन्न प्रोटीन (EGFR मार्ग) के बीच प्रतिक्रियाओं संकेत का एक संग्रह से पता चलता है की एक उदाहरण है। प्रोटीन कई रंगों के साथ चित्रित किया जा सकता है और वे प्रोटीन का नाम या सबयूनिट नाम से या तो किया जा सकता है। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

11 चित्रा
चित्रा 11: बनाम सरल मार्ग छवियाँ रंगीन। रंगीन रास्ते या तो एक सफेद या नीले रंग की पृष्ठभूमि (क) पर अमीर जैविक संदर्भ के साथ उत्पन्न किया जा सकता है। फोलेट चयापचय यहाँ दिखाया गया है। सरल, KEGG की तरह रास्ते भी जी हो सकता हैएक सरल काले और सफेद प्रतिनिधित्व (बी) का उपयोग enerated। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

चित्रा 12
चित्रा 12: सबऑप्टिमल मार्ग छवि। एक छवि का चित्रण क्या एक सबऑप्टिमल मार्ग (टीसीए चक्र) की तरह लग रहा है। ओवरलैपिंग तत्वों और पार करने के किनारों मार्ग समझ से बाहर हैं। यह अगर प्रतिक्रिया तत्वों को ध्यान से या सही ढंग से कैनवास पर चालाकी नहीं हैं हो सकता है। तत्वों को चालाकी यौगिकों (बड़े, मध्यम, छोटे परिसर दृश्य या नशीली दवाओं के दृश्य, सहायक कारक के दृश्य, सरल नीचे छोड़ दिया, सही या शीर्ष दृश्य) के लिए दो से अधिक विभिन्न प्रकार के टेम्पलेट कई छवि विसंगतियों की ओर जाता है। टेम्पलेट प्रकार के कदम 1.15.2 में दिखाया जाता है। वें जोड़ने नहींई किनारों की छवि मार्ग के गरीब व्याख्याओं के लिए अग्रणी के प्रवाह को प्रभावित करता है। यह आंकड़ा का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।

PathWhiz VANTED PathVisio मार्ग उपकरण VisANT
वेब सर्वर हाँ नहीं नहीं नहीं नहीं
स्थापना कार्यक्रम नहीं हाँ हाँ हाँ हाँ
प्रोटीन रास्ते हाँ हाँ हाँ नहीं हाँ
चयापचय मार्ग हाँ हाँ हाँ हाँ हाँ
पीएनजी / जेपीजी के रूप में सहेजें हाँ हाँ हाँ नहीं नहीं
एचटीएमएल के रूप में सहेजें हाँ नहीं नहीं हाँ नहीं
एसवीजी के रूप में सहेजें हाँ हाँ हाँ नहीं हाँ
पीडीएफ के रूप में सहेजें हाँ हाँ हाँ हाँ हाँ
BioPAX के रूप में सहेजें हाँ हाँ हाँ हाँ हाँ
SBML के रूप में सहेजें हाँ हाँ हाँ हाँ हाँ
SBGN-एमएल के रूप में सहेजें हाँ हाँ हाँ नहीं नहीं
पहचानकर्ता मानचित्रण हाँ हाँ हाँ हाँ हाँ
झिल्ली प्रतिपादन हाँ नहीं नहीं नहीं नहीं
organelle प्रतिपादन हाँ नहीं नहीं नहीं नहीं
अंग प्रतिपादन हाँ नहीं नहीं नहीं नहीं
रंग अमीर छवियों हाँ नहीं नहीं नहीं नहीं
मार्ग विवरण हाँ नहीं नहीं हाँ नहीं
मार्ग डीबी लिंक हाँ नहीं हाँ हाँ नहीं
मार्ग निष्कर्ष हाँ नहीं नहीं हाँ नहीं
Expt। डेटा ओवरले नहीं हाँ नहीं हाँ हाँ
मार्ग विश्लेषण नहीं हाँ हाँ हाँ

तालिका 1: सुविधा तुलना। कई आम मार्ग संपादन / प्रतिपादन उपकरणों की एक विशेषता यह तुलना।

अनुपूरक फ़ाइल 1: के PathWhiz मार्ग के लिए TCA चक्र विवरण उदाहरण। अनुपूरक फ़ाइल डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।

Discussion

प्रोटोकॉल यहाँ एक सरल चयापचय मार्ग (टीसीए चक्र) बनाने के लिए वर्णित मशीन पठनीय, किसी भी प्रजाति के लिए जैविक रूप से जटिल रास्ते की एक विस्तृत विविधता बनाने के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। इसके अलावा, इस प्रोटोकॉल का भी वर्णन करता है कि कैसे दोहराने या अन्य उपयोगकर्ताओं के द्वारा बनाई मौजूदा रास्ते प्रचार कर सकते हैं। एक मार्ग इस उपकरण का उपयोग निर्माण प्रतिक्रियाओं, बातचीत, परिवहन प्रक्रियाओं, और उप रास्ते, जिनमें से प्रत्येक तत्व ओवरलैपिंग से जुड़े हुए हैं के बार-बार कदम-दर-कदम जोड़ की आवश्यकता है। इनमें से सभी डाल एक साथ एक रंगीन, नेत्रहीन मनभावन मार्ग चित्र है कि काफी जैविक विस्तार और उपयोगी जैविक संदर्भ प्रदान बनाने के लिए अनुमति देता है। कदम इस प्रोटोकॉल में वर्णित अपेक्षाकृत सरल कर रहे हैं, और समय के लिए एक मार्ग आरेख बनाने लगते हैं आकार और मार्ग की जटिलता पर निर्भर करता है। अभ्यास का एक बिट के साथ, सबसे अधिक व्यक्तियों के बारे में 15-20 प्रतिक्रियाओं से मिलकर एक उच्च गुणवत्ता वाले मार्ग आरेख प्रस्तुत करना या एक प्रक्रियाओं कर सकते हैंके बारे में 15 मिनट में डी कई सेलुलर घटकों। एक ब्रांड के नए उपयोगकर्ता 30-40 मिनट तक का समय लग समान आकार और जटिलता का एक मार्ग उत्पन्न करने के लिए कर सकता है। समय एक मार्ग उत्पन्न करने की जरूरत मोटे तौर पर प्रतिक्रियाओं / प्रक्रियाओं प्रदान की जानी करने की जरूरत है कि संख्या के साथ रैखिक है।

इस वेब आधारित उपकरण के माध्यम से एक उच्च गुणवत्ता वाले मार्ग बनाना गुणवत्ता और स्रोत सामग्री का विस्तार (किताबें, ऑनलाइन डेटाबेस, प्रयोगात्मक डेटा, हाथ से तैयार नमूने से रास्ते) और मार्ग "कलाकार" की दुस्तीष्यता पर निर्भर करता है। उत्पन्न करने के लिए उच्च गुणवत्ता के मार्ग आरेख, वर्गों 1.11, 1.15 और 1.20 प्रोटोकॉल के लिए विशेष ध्यान देना चाहिए, क्योंकि इन वर्गों के निर्माण और प्रतिक्रिया तत्वों (अभिकारकों / उत्पादों, एंजाइमों, किनारों, छवियों, ज़ूम बक्से, लेबल के संपादन का वर्णन इच्छुक लोगों के, और झिल्ली)। सबसे अच्छा मार्ग आरेख होशियारी ख में पाए जाने वाले के रूप में शामिल संभव मार्ग के रूप में कई मौजूदा अभ्यावेदन से जानकारी मिलाना होगाउक्स, पोस्टर, कागज, और ऑनलाइन डेटाबेस। उच्च गुणवत्ता वाले रास्ते पैदा करने के लिए एक और महत्वपूर्ण ध्यान से एक प्रतिक्रिया (धारा प्रोटोकॉल के 1.11 के माध्यम से) बनाने से पहले प्रतिक्रियाओं की सत्यता की जाँच कर रहा है। समय और अभिकारकों, उत्पादों को सुनिश्चित करने के प्रयास, और एंजाइमों शामिल (जिनमें से कई पहले से ही PathWhiz के बड़े डेटाबेस में मौजूद हैं) प्रत्येक प्रजाति के लिए सही ले जा रहे हैं बहुत महत्वपूर्ण है। यह भी महत्वपूर्ण है प्रतिक्रियाओं के सेलुलर स्थान के बारे में पता करने के लिए और व्यवस्था सही जैविक संदर्भ प्रदान करने में महत्वपूर्ण सेलुलर या subcellular घटकों को शामिल करने के लिए है। इस जाँच और ऐसे UniProt के रूप में ऑनलाइन डेटाबेस के माध्यम से प्रतिक्रिया की पुष्टि के द्वारा किया जा सकता है। हाथ में सभी आवश्यक जानकारी, मार्ग बहुत त्रुटियों को कम करेगा पैदा किए जाने का एक मोटा, हाथ से तैयार स्केच और समग्र समय ड्राइंग या प्रतिपादन पर खर्च के साथ-साथ बीत रहा है।

उम्मीद की जा सकती है, बड़ा और अधिक जटिल रास्ते लंबे समय तक प्रस्तुत करने के लिए, खास लगेगाularly अगर वांछित तत्वों और प्रक्रियाओं PathWhiz के डेटाबेस में पहले से ही नहीं कर रहे हैं। जब बड़े रास्ते के साथ काम कर रहे हैं, यह आम तौर पर आदेश कार्रवाई के बीच एक लंबे अंतराल को रोकने के लिए, मैनुअल मोड बचाने के लिए स्वत: सहेजना मोड से स्विच करने के लिए बुद्धिमान है। जब एक मार्ग नकल, समय की राशि उपयोगकर्ता इंतजार हो सकता मार्ग उत्पन्न करने के लिए मार्ग में तत्वों की संख्या पर निर्भर करता है। अधिकांश रास्ते के बारे में 1-2 मिनट में दोहराया जा सकता है। जब एक मार्ग प्रचार, नव प्रचारित मार्ग के सफल प्रतिपादन, कैसे इसी तरह दो प्रजातियां हैं पर निर्भर करता है के रूप में उपयोग करता PathWhiz बम विस्फोट 17 अनुक्रम प्रजातियों के बीच मुताबिक़ एंजाइमों लगाने के लिए खोज करता है। बड़ा रास्ते प्रचार करने के लिए धीमी है क्योंकि विस्फोट एंजाइमों की एक बड़ी संख्या पर चलने की आवश्यकता होगी होगा। काफी भिन्न प्रजातियों के बीच रास्ते का प्रचार करने के लिए (खमीर और मनुष्यों के बीच कहते हैं) के प्रयास में रास्ते अज्ञात प्रोटीन की एक संख्या के साथ प्रदान की जा रही परिणाम होगा। ये "दूर से" पीropagated रास्ते आमतौर पर अतिरिक्त मैनुअल संपादन की आवश्यकता होगी। मार्ग चित्र और विस्तार है कि एक मार्ग के लिए लाया जा सकता है की अत्यधिक दृश्य प्रकृति के कारण, यह हमेशा एक अच्छा विचार (20 इंच या> 50 सेमी>) और एक अच्छा इंटरनेट कनेक्शन एक काफी बड़ी स्क्रीन के साथ एक कंप्यूटर पर काम करने के लिए है (> 5 एमबीपीएस)।

प्रतिपादन या स्क्रीन ताज़ा के साथ समस्याओं का सामना कर रहे हैं, तो उपयोगकर्ता समस्या निवारण की एक छोटी राशि क्या हो सकता है। एक बड़े, जटिल मार्ग अद्यतन करने के लिए भी लंबे समय लेता है, तो उपयोगकर्ता पेज को ताज़ा करने के लिए हो सकता है। अगर एक मार्ग के रूप में उम्मीद का प्रचार नहीं करता, उपयोगकर्ता कुछ मैनुअल संपादन करने के लिए सुनिश्चित करें कि सभी तत्वों को सही ढंग से प्रदर्शित कर रहे हैं हो सकता है। इसके अलावा, एक और अधिक विशिष्ट उदाहरण के रूप में, अगर एक प्रतिक्रिया के तत्वों को प्रदर्शित नहीं कर रहे हैं, उपयोगकर्ता है कि सभी तत्वों या एंजाइमों ठीक से चयन किया जाता है और किनारों से छिपा नहीं कर रहे हैं सुनिश्चित करने के लिए हो सकता है। अगर कोई समस्या का सामना करना पड़ा है मुख्य शीर्षक पर "सहायता" लिंक उपयोगी हो सकता है। एक ट्यूटोरियल है"ट्यूटोरियल" टैब और एक उपयोगकर्ता के मैनुअल के तहत उपलब्ध है "उपयोगकर्ता गाइड" टैब के तहत उपलब्ध है। दोनों में विस्तार से उपकरण की सुविधाओं के कई समझाओ। उपयोगकर्ता गाइड के निवारण में या इस तरह के एक उपयोगकर्ता एक मार्ग ताले के रूप में एक विशेष सुविधा के लिए संभावित सीमाओं, की व्याख्या करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है और बाद में इसे संपादित करना चाहती है।

जैसा कि इस प्रोटोकॉल के माध्यम से और साथ आंकड़े में दिए गए उदाहरणों के माध्यम से प्रकाश डाला, इस उपकरण के किसी भी (या सबसे) अन्य मार्ग ड्राइंग उपकरण (1 टेबल देखें) में नहीं मिला अनूठी विशेषताओं में से एक नंबर प्रदान करता है। सबसे पहले, यह पूरी तरह से वेब आधारित है और पूरी तरह से मंच स्वतंत्र है। दूसरा, यह प्रतिपादन और बहुरंगी, जैविक रूप से जटिल है, नेत्रहीन मनभावन, पूरी तरह से हाइपरलिंक मार्ग रेखाचित्र भी है कि मशीन पठनीय प्रारूपों (BioPAX, SBGN-एमएल 18, SBML 19, PWML 14) को परिवर्तित किया जा सकता की सतही पीढ़ी का समर्थन करता है। तीसरा, मार्ग आरेख पीढ़ीटेड इस उपकरण के द्वारा, खोजा, ब्राउज किया जा सकता चयनित और आसानी से एक ऑनलाइन डेटाबेस के लिए उपयोग में आसान और देखने इंटरफेस के माध्यम से पता लगाया। चौथा, वेब उपकरण समुदाय मार्ग योगदान का समर्थन करने के लिए बनाया गया है, के लिए "मार्ग भीड़ सोर्सिंग" है कि साझा करने और नए रास्ते और नए मार्ग तत्वों की पीढ़ी को प्रोत्साहित करती है की इजाजत दी।

इस वेब आधारित उपकरण के द्वारा उत्पन्न रास्ते आवेदनों की एक किस्म के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। बड़े पैमाने पर विस्तृत, पूरी तरह से हाइपरलिंक रास्ते आसानी से प्रोटिओमिक्स, metabolomics या सिस्टम जीव विज्ञान अनुप्रयोगों के लिए जीव-विशिष्ट डेटाबेस में एकीकृत किया जा सकता है। के रूप में विवरण वेब आधारित चित्रों के माध्यम से उपलब्ध अक्सर जो एक स्थिर छवि के माध्यम से या एक भी पाठ्यपुस्तक या पत्रिका पेज के माध्यम से प्रदर्शित किया जा सकता की तुलना में काफी अधिक कर रहे हैं इंटरनेट-सुलभ रास्ते, शिक्षा और प्रशिक्षण के उद्देश्यों के लिए विशेष रूप से उपयोगी होते हैं। इस वेब आधारित उपकरण भी मार्ग अभ्यावेदन कि मुद्रण और प्रकाशन के लिए अधिक अनुकूल हैं की पीढ़ी का समर्थन करता है।नतीजतन, कई इस वेब आधारित उपकरण के द्वारा उत्पन्न छवियों के कागजात, पोस्टर और स्लाइड प्रस्तुतियों में दिखाई दे रहे हैं। (जैसे BioPAX और SBML के रूप में) पाठ आधारित डाटा एक्सचेंज फ़ाइल स्वरूपों में निर्यात के रास्ते इस वेब सर्वर का उपयोग कर उत्पन्न रास्ते सिस्टम्स बायोलॉजी या चयापचय मॉडलिंग अनुप्रयोगों के लिए कम्प्यूटेशनल विश्लेषण में सीधे इस्तेमाल किया जा करने के लिए अनुमति देता है। प्रचार प्रजातियों के बीच रास्ते की अनुमति देता अनुमान विशेष रूप से उन प्रजातियों है कि हाल ही में अनुक्रम निर्धारण किया गया बीच, जैविक प्रक्रियाओं के बारे में किए जाने के लिए। नहीं सभी मौजूदा रास्ते वर्तमान में PathWhiz में मौजूद हैं, अपने सार्वजनिक मार्ग डेटाबेस वृद्धि जारी है, नई, भीड़ sourced मार्ग संग्रह के उद्भव के लिए अग्रणी। इन संग्रहों में ही आसानी से नई प्रजातियों के लिए बढ़ाई नहीं होगा, उन्हें उम्मीद है कि उनके अद्वितीय जीव विज्ञान और जैव रसायन की एक गहरी समझ को बढ़ावा मिलेगा।

Disclosures

लेखकों के पास खुलासे के लिए कुछ भी नहीं है।

Acknowledgments

लेखकों वित्तीय सहायता के लिए, स्वास्थ्य अनुसंधान (CIHR) और जीनोम अलबर्टा, कनाडा जीनोम का एक प्रभाग की कनाडा के संस्थानों का शुक्रिया अदा करना चाहते हैं।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Computer with colour screen N/A N/A  >20 inches or >50 cm
Internet connection  N/A N/A >5 mbps
Modern web browser  N/A N/A Google Chrome (v. 31 and above), Internet Explorer (v. 9 and above), Safari (v. 7 and above), Opera (v. 15 and above) and Firefox (v. 23 and above)

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जनरेटिंग उच्च गुणवत्ता की मशीन पठनीय जैविक रास्ते के लिए एक वेब उपकरण
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Ramirez-Gaona, M., Marcu, A., Pon, A., Grant, J., Wu, A., Wishart, D. S. A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways. J. Vis. Exp. (120), e54869, doi:10.3791/54869 (2017).More

Ramirez-Gaona, M., Marcu, A., Pon, A., Grant, J., Wu, A., Wishart, D. S. A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways. J. Vis. Exp. (120), e54869, doi:10.3791/54869 (2017).

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