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Genetics

从天然产物其生物合成基因簇:一个演示使用Polyketomycin从 doi: 10.3791/54952 Published: January 13, 2017

Summary

这里我们介绍(一)鉴定抗菌活性的天然产物的,(B)化合物的净化,(C),其生物合成的第一种模式,(D)的基因组测序/ -mining和详细协议( E)的生物合成基因簇的验证。

Abstract

链霉菌菌株是众所周知的,以产生大量的具有各种生物活性的不同化合物的能力。在不同条件下培养往往导致产生新的化合物。因此,该菌株的生产培养物,用乙酸乙酯萃取,粗提取物通过HPLC进行分析。此外,提取物用于通过不同测定其生物活性进行测试。对于结构鉴定感兴趣的化合物是由不同层析方法的组合进行纯化。

加上基因组采矿基因组测序允许使用不同的计算机程序的天然产物的生物合成基因簇的鉴定。以确认正确的基因簇已被鉴定,基因失活实验必须执行。所得的突变体进行了分析用于生产特定的天然产物。一旦正确的基因簇已被灭活,该应变应失败,以产生化合物。

工作流程显示为链霉菌diastatochromogenesTü6028生产的抗菌化合物,polyketomycin。大约十年前,当基因组测序仍然是非常昂贵的,一个基因簇的克隆和鉴定是一个非常耗时的过程。快速的基因组测序基因组与联合开采加速了群识别的试验和开辟了新的方法来探索生物合成,并产生新的天然产品通过遗传学方法。本文中所描述的协议可以被分配到从链霉菌属菌株或其他微生物产生的任何其他化合物。

Introduction

从植物和微生物天然产物一直用于临床药物开发和研究的一个重要来源。第一种抗生素青霉素是由亚历山大·弗莱明1于1928年发现的真菌。现今,越来越多的天然产物在临床治疗中使用。

其生产各种次生代谢产物具有不同的生物活性的能力称为一个属是链霉菌链霉菌是革兰氏阳性菌和属于类放线菌和放线菌目的。的临床上使用的抗生素几乎三分之二来自放线菌来源的,主要是从链霉菌属 ,如两性霉素2,达托霉素3或四环素4。两个诺贝尔奖被授予在链霉菌抗生素研究领域。第一个去瓦克斯曼塞尔曼链霉素的发现,第一个tibiotic抗结核病有效。 5 2015年,为诺贝尔生理学或医学奖的一部分,阿维菌素的从阿维链霉菌的发现被评为良好。阿维菌素是用于寄生虫病6,7的治疗。

为天然产物在微生物如链霉菌属发现的传统方法通常包括不同的生长条件下菌株的培养,以及提取和次生代谢产物的分析。生物活性测定(抗菌和抗癌活性测定)被执行,以检测该化合物的活性。最后,所关注的化合物被分离和化学结构阐明。

天然产物的结构通常由它们形成的复杂分子单一部分的。有一些,但有限的,主要的生物合成途径建设集团KS,它被用于天然产物的生物合成。主要的生物合成途径是聚酮途径,通路,导致使用氨基酸萜类化合物和生物碱,通路和通路,导致糖基。各通路的特征在于一组特定酶8。基于所述化合物的结构,这些生物合成酶可以预测的。

如今,在使用下一代测序和生物信息学分析的组合的化合物的详细的结构分析可以帮助确定负责生物合成基因簇。集群信息开辟了进一步的天然产物研究的新途径。这包括异源表达来增加天然产物的基因缺失或改变,并与来自其他途径的基因组合生物合成的产量,有针对性的复合改性。

Polyketomycin被从培养液中分离独立地两种菌株, 链霉菌 。 MK277-AF1 9链霉菌diastatochromogenesTü602810。结构通过NMR和X射线分析阐明。 Polyketomycin由四环decaketid和甲基水杨酸,由两个脱氧糖基部分β-D- amicetose和α-L- axenose相连。它显示的细胞毒性和抗菌活性,甚至对革兰氏阳性耐药株如葡萄球菌11。

生成S. diastatochromogenesTü6028的基因组粘粒图书馆和许多年前筛选。使用特定的基因探针polyketomycin基因簇的大小为52.2 kb的,含有41个基因,经过几个月的紧张工作12之后被鉴定。最近,获得S. diastatochromogenes的基因组序列草图通往polyketomycin生物合成基因簇的快速鉴定。在此概述的方法帮助IDENtify一种天然产物并阐明其生物合成基因簇进行说明,使用polyketomycin作为一个例子。

在这里,我们将解释这从天然产物其生物合成基因簇的链霉菌diastatochromogenesTü6028polyketomycin产生所示引领单一步骤。该协议包括具有抗菌性能的天然产物的鉴定和纯化。进一步的结构分析,并与从基因组采矿引线结果向生物合成基因簇的鉴定比较。此过程可以应用到从链霉菌属菌株或任何其他微生物产生的任何其他化合物。

Protocol

1.抗菌性自然产物的鉴定

  1. 培养继“OSMAC(一个应变许多化合物)的方法”13种不同条件下的微生物( 例如 ,时间,温度,pH值,介质)。选择在其中生产的化合物的观察一个介质。
  2. 培育链霉菌diastatochromogenesTü6028在下列条件下
    1. 生长在MS平板链霉菌diastatochromogenesTü6026菌株(大豆豆粉20克,D-甘露糖醇20克,MgCl 2的10mM的,琼脂1.5%,自来水1L)。接种该菌株的孢子的小环在20毫升液体TSB培养基(胰蛋白酶大豆肉汤30克,自来水1升,pH值7.2;预培养基)在锥形烧瓶中的螺旋。摇的旋转振荡器上(28℃,180转,2天)的烧瓶中。
    2. 主要接种培养100毫升HA培养基(葡萄糖4克,酵母提取物4克,麦芽用2mL预培养的提取物10克,自来水1升,pH值7.2)。培养在28℃的应变上以180rpm的旋转摇床上6天。
  3. 粗提取物的制备
    1. 收获细胞通过离心(10分钟,3000 XG)。
    2. 对于下一步处理通风橱中的有机溶剂。
    3. 为从菌丝体化合物提取,重悬细胞于丙酮的双重体积和摇在试管30分钟,180转。过滤通过商业滤纸的液体和在40℃和550巴通过旋转蒸发仪蒸发丙酮。溶解在20mL水中的提取物:乙酸乙酯(1:1)中并在180rpm下摇动它在分液漏斗中30分钟。
    4. 为从培养介质化合物萃取,通过加入1M的盐酸调整培养液至pH 4.0。添加100ml乙酸乙酯并摇动它在分液漏斗中进行30分钟,180转。
    5. 收集乙酸乙酯相并通过腐蒸发在40℃和240巴进制蒸发。
  4. 通过HPLC将粗提取物的分析
    1. 溶解提取物在1mL MeOH中,通过0.45μm孔径的过滤器过滤它们和运行高性能液相色谱(HPLC)14。
    2. 在polyketomycin的情况下,装备HPLC系统带有C18前置柱(4.6×20mm的2)和C18柱(4.6×100毫米2)。使用的乙腈+ 0.5%乙酸的范围从20%至95%的线性梯度的H 2 O + 0.5%乙酸(流速:0.5毫升分钟-1)。
      注:Polyketomycin具有25.9分钟的保留时间( 见图1A)。紫外/可见光谱具有最大值在242纳米,282纳米,446纳米和最小值在262纳米和359纳米( 见图1B)。在负作案863.2 [MH]的质量-是可检测的( 见图1C)。

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图1:Polyketomycin的LC / MS分析。 (A)的HPLC色谱图6天链霉菌diastatochromogenesTü6028的培养后(λ= 430纳米)的粗提取物。 Polyketomycin具有25.9分钟(B)的紫外线的保留时间/可见光Polyketomycin的光谱。 Polyketomycin(C)的质谱中的负作案。用M / Z 863.2主峰[MH] -请点击此处查看该图的放大版本。

  1. 使用盘扩散分析的抗菌素活性鉴定
    1. 接种试验菌株像革兰氏阳性菌枯草芽孢杆菌 (在LB培养基中; LB20克,自来水1升,pH7.4)和其他链霉菌菌株(在TSB培养基;胰蛋白酶大豆肉汤30克,自来水1升,pH为70.2),革兰氏阴性菌大肠杆菌 (在LB培养基中)和真菌菌株(在介质如YPD培养基;酵母提取物10g,蛋白胨20克,葡萄糖20克,自来水1升,pH7.4)中。取100微升测试应变预培养和传播他们到各自的琼脂平板上。
    2. 溶解在甲醇(或者水或DMSO)和吸管20-50微升500微升的粗提取物或纯化的化合物到无菌纸光盘。在工作台上下,30分钟干纸盘和将它们放到与测试文化板块。准备阴性对照组(溶剂)和阳性对照(抗生素, 安普霉素[1毫克])。
    3. 孵育足够的条件下板,直到试验菌株明显增长,并确定抑菌圈,如果明显。孵育大肠杆菌芽孢杆菌 。在37℃下16小时, 链霉菌 。在28℃下2-4天,真菌菌株(主要依赖于精确检验株)一吨30℃,2天)。

2.大规模提取,纯化和结构的化合物的阐明

  1. 培育5升HA介质S diastatochromogenes(葡萄糖4克,酵母提取物4克,麦芽提取物10g,自来水1 L,pH值7.2)。接种2毫升在含有150毫升的HA介质30×500毫升锥形瓶中的预培养物。孵育以180rpm的旋转摇床上于28℃6天的菌株。
  2. 通过离心收集细胞(10分钟15000 XG,RT),并用乙酸乙酯提取物化合物(参见1.3节)。

图2
图2:工作流结构解析。该方法包括:(1)应变的培养,(2)提取,(3)纯化通过固相萃取(SPE),薄层色谱(TLC),制备型高效液相色谱(HPLC),大小排阻色谱(SEC)和(4)结构鉴定通过质量分析(MS),核磁共振(NMR)和X-射线测量。 请点击此处查看该图的放大版本。

  1. Polyketomycin纯化
    注:纯化和结构鉴定的过程示于图2。
    1. 用10%的MeOH -stepwise梯度H中2 O的范围从30%至100%的MeOH,100mL的每个条件分级经C18固相萃取(SPE)柱的粗提取物。
    2. (1 7),为洗脱系统通过制备薄层色谱(TLC)15使用 CH 2 Cl 2 / MeOH中进一步净化含有化合物的馏分。
    3. 纯化通过制备型HPLC 16的化合物。装备HPLC系统带有C18前置柱(5微米,9.4×20毫米)和主柱(5微米,9.4×150毫米)。使用的乙腈+ 0.5%乙酸的H中范围从20%至95%2 O + 0.5%乙酸的梯度(流速:2.0毫升/分钟)。
    4. 以除去溶剂和其它小的杂质,执行由尺寸排阻色谱法在MeOH 17使用柱最后纯化步骤。收集最后的纯化合物和在40℃和240巴通过旋转蒸发蒸发MeOH中。
  2. 结构解析
    1. 溶解在600-700微升DMSO-Ð6的纯化合物(大于2毫克)(依赖于机器),记录1D NMR(1 H,13 C)和二维核磁共振(HSQC,HMBC,1 H 1小时在核磁共振谱仪18 COSY)谱。通过使用DMSO-ð6表达δ值(ppm)的化学位移。
    2. 记录高分辨率质谱(HRESI-MS)使用高分辨率polyketomycin 19质谱仪。
    3. 用NMR和MS数据分析10的结果的解释阐明的结构。

3.提出新的分离的化合物生物合成模式

  1. 分析分离的化合物的结构和预测的酶,它可能参与其合成。它们分配到聚酮(I型,II或III),非核糖体多肽合成,lantipeptide,萜类化合物,或糖代谢途径8。
  2. 例如polyketomycin
    1. 细分结构成明显的单部分:四环部分,两个单糖和二甲基水杨酸。
    2. 找出,这里的部分可能来自:四环部分可能会从一聚酮化合物合酶类型派生II和甲基水杨酸部分可能通过迭代聚酮化合物合酶I型派生两个糖部分,它是6- deoxysugars ,可能是甲醇合成ZED从涉及生物合成过程中的TDP-葡萄糖-4,6-脱水酶和由两个糖基转移酶可能附着葡萄糖( 见图3)8。
    3. 预测集群中的推定的基因。认为这是参与单个部分的合成,在连接单元,以及在修改和剪裁分子的酶。 Polyketomycin的生物合成基因簇很可能含有编码聚酮合酶II型(因此最低的ACP,KSαUND KSβ连接扩展单元)的基因,一个迭代的聚酮合成酶I型(至少ACP,AT,KS),一TDP-葡萄糖-4,6-脱水酶(必要步骤:葡萄糖→脱氧葡萄糖)和两个糖基转移酶(附接两个糖单体的糖苷配基)8。

图3
图3:Polyketomycin DIVID结构编入单添砖加瓦。 Polyketomycin由四环decaketid(PKS类型II)和二甲基水杨酸(迭代PKS I型)的,由两个脱氧糖基部分β-D- amicetose和α-L- axenose(NDP-葡萄糖-4,6-联脱水酶和需要两个糖基转移酶)。 请点击此处查看该图的放大版本。

4.基因组测序/采矿

  1. 新一代测序
    1. 通过序列的下一代测序技术,如Illumina公司,454焦磷酸测序或固体20的基因组DNA。对准单个读取到一个参考序列或组装从头
      :S. diastatochromogenesTü6028的基因组中在比勒费尔德大学的生物技术中心(CeBiTec)进行测序。所有读取被组装到基因组草图7.9兆。
  2. 基因组挖掘
    1. 搜索开放阅读框(ORF),例如通过NCBI原核基因组注释管道21,22,RAST(使用子系统技术快速注释)23,24,25,Prokka(快速原核生物基因组注释)2627 GenDB的使用。这些方案还提出它们的功能。在S的分析diastatochromogenes导致7000多ORF的识别Tü6028基因组草图序列。
    2. 运行特定的BLAST(基本局部比对搜索工具)分析,以获得更多的与其它类似的基因和催化结构域28,29,30路线信息。
    3. 对于像antiSMASH 31,32,33,NAPDOS 3435,36 NRPSpredictor的次级代谢产物基因簇运行程序的鉴定。在链霉菌diastatochromogenes antiSMASH 31,32,33鉴定的基因组草图22田间基因簇。
    4. 分析其酶途径(多个)推定的基因簇(聚酮化合物合酶(I型,II或III),非核糖体肽合成酶,lanthipeptide,萜类,糖代谢...)。对于含有可能参与的化合物的合成的基因簇(多个)搜索(见第3节)。在S diastatochromogenes注解簇2含有聚酮化合物合酶II型基因,三聚酮化合物合酶I型基因,一个TDP-葡萄糖-4,6-脱水酶基因和二糖基转移酶基因(见图4)。
    5. 专注于集群中的单个基因。对于PKS I型和NRPS酰基转移酶和腺苷酰化结构域的特异性,并且因此单个延长剂单元的掺入,可以预测。也比较纳入扩展单元与分子的顺序。 antiSMASH 31,32,33还示出已知化合物的相似集群,以链接到MIBiG数据库37。 比较这些其它化合物的化合物的结构,并检查其相似之处。

图4
4:S. Polyketomycin生物合成基因簇和其他集群的概述antiSMASH输出diastatochromogenesTü6028。 )S的基因组预测生物合成基因簇的概述diastatochromogenesTü6028; (B)第2组Polyketomycin生物合成基因簇有针对性的基因。 请点击此处查看该图的放大版本。

5.生物合成基因簇的验证

  1. 搜索与用于化合物的合成明显和重要的(必需)功能的基因。对于polyketo验证霉素基因簇的基因pokPI,编码用于从PKS II型的酮合酶的α,是由一个出帧 -deletion 见图5B)选择并失活。可替代地,中断通过克隆的内部片段的基因(参见图5C)。

图5
图5:单渡线基因簇的验证。 (A)的天然基因导致功能性蛋白的翻译;该基因与内部缺失成自杀载体(B)的克隆导致导致靶基因和非功能性蛋白质的随后翻译移码的单个交叉; (C)的该基因的内部片段到自杀载体的克隆导致基因和非功能性蛋白质的随后翻译的截断。 ORIT:T已起源转让(BOT);抗生素R:耐药性。 请点击此处查看该图的放大版本。

  1. 所述单交换构建体克隆
    1. 扩增含有pokPI通过PCR 38用引物pokPI_for和pokPI_rev的片段。
    2. 克隆PCR产物到自杀载体pKC1132 39(安普- [R [50毫克/毫升])。自杀载体是不能够在该霉菌菌株中复制,因此具有通过同源重组整合入靶基因,以提供安普霉素抗性。转移载体导入大肠杆菌热休克转化40克隆主机。
    3. 隔离通过碱裂解41的载体。
    4. 消化的片段中,削减单个切割限制酶的载体DNA。该pokPI根E,在消化 KPN I.
    5. 治疗与大DNA聚合酶I(Klenow酶)片段,其具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'核酸外切活性消化的载体DNA。粘性末端的平端化和随后的再连接导致的四种碱基损失。检查这些碱通过以下步骤转化的大肠杆菌 XL1 Blue的损失,采摘单个菌落,分离质粒DNA,41及通过限制性消化和测序进一步分析。
  2. 单交叉偶联构造成链霉菌
    1. 热休克转化40将包含pokPI基因(pKC1132_ pokPI德尔)与缺失自杀质粒导入大肠杆菌 ET12567 pUZ8002 42(卡那霉素R)。孵育在100ml LB培养基中的细胞(卡那霉素50微克毫升-1,安普霉素50微克毫升-1
    2. 混合500μL 大肠杆菌 pUZ8002 pKC1132_ pokPI德尔与500μL 链霉菌diastatochromogenes文化(或者用孢子)。散布在MS平板混合物(大豆豆粉20克,D-甘露糖醇20克,MgCl 2的10mM的,琼脂1.5%,自来水1L)。孵育20小时将板在28℃。
    3. 覆盖用安普霉素(1.25毫克),并溶解在1毫升水中磷霉素(5毫克)各板,并让他们干。孵育几天将平板在28℃,直至exconjugants是可见的。
  3. 检查单交换突变体
    1. 接种单一exconjugants在20ml TSB培养基(安普霉素50毫克毫升-1),并在28°C孵育他们三天和180转。
    2. 隔离基因组DNA和43通过PCR检查pokPI基因的中断。
    3. 接种与验证基因中断和链霉菌野生株单克隆100毫升HA中,在28°C和180 RPM培养他们6天。提取粗提取物(参见1.3节)。检查通过HPLC-MS分析复合生产(参见1.4节)。在HPLC色谱图中相应的峰和该化合物的质量不应检测的话(参见图6)。

图6
6:S. diastatochromogenes灭活pokPI基因的HPLC分析。 S的粗提取物的HPLC色谱图(λ= 430纳米)diastatochromogenes WT(上)和突变体菌株与中断pokPI -GEN(下同)。该突变株不生产polyketomycin了。请点击此处查看该图的放大版本。

Representative Results

在此概述我们描述了从抗生素导致其生物合成基因簇的鉴定单步骤。很多年前,我们克隆粘粒库,把它们打包成噬菌体,转导大肠杆菌宿主细胞,只好筛选菌落十万来鉴定具有polyketomycin集群的重叠区域的克隆。粘粒测序也是一个困难和昂贵的过程12。

为了对菌株进行进一步的研究,我们测序链diastatochromogenesTü6028的全基因组。随着基因组序列草图,我们很容易识别polyketomycin和编码希望的化合物其他集群的生物合成基因簇。 图7比较由一个粘粒文库和煞费苦心筛选克隆识别所述生物合成簇的“旧”的方法,并且通过与一个粗略的时间尺度随后的基因组采全基因组测序的“新”方法。新的测序技术和新的基因组挖掘方案加快整个过程。

图7
图7:“老”和“新”分配生物合成基因簇的方法比较。 “老”的方法包括用阳性克隆的选择和各粘粒(多个)的测序粘粒文库的克隆(上文); “新”方法包括全基因组测序和-mining识别位于应变(下同)的基因组中的所有次级代谢产物基因簇。单步时间显示在一个粗略的时间尺度。 请点击此处查看该图的放大版本。

Discussion

在这个实验中生成的链霉菌diastatochromogenes基因组粘粒文库和多年前筛选,通过极其耗时的过程导致polyketomycin基因簇的鉴定。单个基因的表征是可能使用靶基因缺失和所得突变体12的分析。最近,获得S. diastatochromogenes的基因组序列草图允许polyketomycin生物合成基因簇的快速鉴定。我们可以很容易地检测生物合成基因,虽然基因组序列草图包含还是有很多重叠群。所述方法可以在数月内实现。但是,该过程包括许多步骤。单步骤可能会失败几次,防止发展为后续步骤:

链霉菌属是著名的,以产生生物活性化合物的能力。虽然他们往往携带超过20 BIOSynthetic基因簇,通常只有一个或两个化合物在实验室条件下产生的。在OSMAC方法(在不同条件下一株种植)以唤醒沉默的基因簇的应用程序可能有时是不够的。调节基因,如多效调节基因ADPA 44bldA 45,46的遗传操作,也是以激活生产其它次级代谢产物的一个有效方法。

该化合物的结构的阐明, 例如 ,通过NMR分析,通常超过2毫克纯化的化合物是必要的。因此,超过10升培养物发酵通常需要。未经发酵罐,其能够维持氧气,pH值和温度条件下,它可能是在一个小的实验室来处理培养和随后的提取该金额有挑战性。在纯化过程中,该化合物可以因氧化,辐射或温度来改变。另外,将使用多个纯化步骤,较高降解的机会。

当分析所述天然产物的结构,并在基因组中的簇,有时是不容易确定合适的集群。首先,如果仅存在一个基因组序列草图集群的某些部分可能会丢失。其次,不这些所需的生物合成所有基因都在群集中。第三,有时一个簇被分成两部分由许多个碱基彼此分离。第四,它可能难以决定哪一个是相应的基因簇。在大的PKS I型或NRPS系统,它是可以计算的延长剂单元根据模块的数量的数量,或者甚至由选择域的分析识别单个延长剂单元的情况下,它变成了容易。然而,在反复工作的情况下酶的合成的化合物的预测通常是不可能的,特别是如果STRA在有40多个基因簇。第五,性质是高度复杂和充满未知化合物。通常的生物合成是不同途径的混合物。如果新的化合物尚未确定,或不相关的另一种化合物,它可能是难以确定的簇,提出一个生物合成模型并证明这一点。

一旦集群被确认,单渡线技术是验证的假设一个良好和快速的方法。 PCR,克隆到自杀载体,结合,阳性克隆的选择和生产试验是唯一需要的步骤。这种技术的一个缺点是,该载体到染色体的整合并不稳定,由于进一步的重组事件。因此,为了进一步分析单个基因时,需要精确的基因缺失。此外,它可能很难操纵在基因水平株链霉菌

所描述的过程可以被分配吨Ø由链霉菌菌株或其他微生物产生的任何其他化合物。有关生物合成基因簇及合成的化合物知识为我们提供了更多的机会已经修改现有的分子以改善他们反对耐药病原体斗争的目的。

Materials

Name Company Catalog Number Comments
agar Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 5210.4
agarose Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 6352.4
D-mannitol  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 4175.1
glucose  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 6780.1
LB  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany X964.3
malt extract  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany X976.2
MgCl2 Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 2189.1
Peptone  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany
soy flour  W.Schoenemberger GmbH, Magstadt, Germany Hensec-Vollsoja
tryptic soy broth Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany X938.3 Caso-Bouillon
yeast extract  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 2363.2
Solvents
Acetic acid Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 3738.5
Acetone  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 9372.2
Acetonitrile Avantor Performance Materials B.V., Deventer, The Netherlands JT-9012-03
Dichlorofrom  Fisher Scientific GmbH, Schwerte, Germany 1530754
DMSO (Dimethyl sulfoxide) Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 4720.1
DMSO-d6 (Dimethyl sulfoxide-d6) 99.9 atom% D ARMAR Chemicals, Döttingen, Switzerland 15200.204
Ethyl acetate Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 6784.4
Hydrochloric acid Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 6331.4
Methanol Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany 7342.1
Enzymes
restriction enzymes New England Biolabs GmbH, Frankfurt am Main, Germany
polymerase  New England Biolabs GmbH, Frankfurt am Main, Germany
DNA Polymerase I Large (Klenow) Fragment Promega GmbH, Mannheim, Germany
Antibiotics
apramycin AppliChem GmbH, Darmstadt, Germany  A7682.0005
fosfomycin Sigma-Aldrich Chemie GmbH, Taufkirchen, Germany P5396-50G
kanamycin Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany T832.2
Plasmid/Vectors
pKC1132 Bierman et al. 1992
Primer 
pokPI_for TGATGGTGCCGCTGGCCATGG Primer to amplify fragment containing pokPI gene
pokPI_rev AGCGTTCACTGTTCCGCCCGAC
Bacterial strains
Bacillus subtilis COHN ATCC6051 Gram-positive test strain 
Escherichia coli ET12567 pUZ8002  MacNeil et al. 1992 strain for conjugation
Escherichia coli XL1 Blue Agilient Technologies, Santa Clara, USA Gram-negative test strain + cloning host 
Streptomyces diastatochromogenes Tü6028 Paululat et al., 1999 Polyketomycin producer
Online services
antismash (Antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell) http://antismash.secondarymetabolites.org/ Detection of secondary metabolite gene cluster
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi finds regions of similarity between biological sequences
GenDB https://www.uni-giessen.de/fbz/fb08/Inst/bioinformatik/software/gendb Annotation of ORFs 
MiBIG (Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster) http://mibig.secondarymetabolites.org/ Database of biosyntetic gene clusters
NaPDoS http://napdos.ucsd.edu/ Detection of seconary metabolite gene cluster
NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/ Annotation of ORFs 
NRPSpredictor http://nrps.informatik.uni-tuebingen.de/ Detection of NRPS domains
Prokka (rapid prokaryotic genome annotation) http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml Annotation of ORFs 
RAST (rapid annotation using subsystems technology) http://rast.nmpdr.org/ Annotation of ORFs 
Other programs
Chem Station Rev. A.09.03 Agilent Technologies, Waldbronn, Germany Handling program for HPLC 
Clone Manager Suite 7 Scientific and Educational Software, Cary, USA Designing Cloning Experiment 
Newbler v2.8 Roche Diagnostics Alignment of sequencing reads
Machines 
Centrifuge Avanti J-6000, Rotor JA-10 Beckman Coulter GmbH, Krefeld, Germany
HPLC/MS Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Autosampler: G1313A Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Pre-column: XBridge C18 (20 mm x 4.6 mm; Particle size: 3.5 µm) Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Column:Xbridge C18 (100 mm × 4.6 mm; Particle size: 3.5 μm) Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_semi-prep Pre-Column: Zorbax B-C18 (9.4 x 150 mm; Particle size: 5 µm) Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_semi-prep Column: Zorbax B-C18 (9.4 x 20 mm; Particle size: 5 µm) Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Degasser: G1322A  Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Quarternary pump: G1311A Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Diode array detector (DAD )G1315B (λ = 254 nm and 400 nm) Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
_Quadrupole mass detector (MSD) G1946D(2-3000 m/z) Agilent Technologies, Waldbronn, Germany
rotary evaporator
_heating bath Hei-VAP Value/G3 Heidolph Instruments GmbH & Co.KG, Schwabach, Germany
_vacuum pump system SC 920 G KNF Global Strategies AG, Sursee, Switzerland
Other material
Sephadex LH20 GE Healthcare, 
Chromafil PVDF-45/15MS (pore size 0.45 µm; filter Ø15 mm) MACHEREY-NAGEL GmbH & Co. KG, Düren, Germany
SPE column Oasis HLB 20 35 cc (6g) Waters GmbH, Eschborn, Germany 
E. coli  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany Medium: LB, Composition: LB, Amount to 1 L H2O: 20 g
Bacillus  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany Medium: LB, Composition: LB, Amount to 1 L H2O: 20 g
Streptomyces sp. Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany Medium: TSB, Composition: CASO Boullion, Amount to 1 L H2O: 30 g
fungus  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany Medium: YPD, Composition: Yeast extract, Amount to 1 L H2O: 10 g
fungus  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany Medium: YPD, Composition: Peptone, Amount to 1 L H2O: 20 g
fungus  Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany Medium: YPD, Composition: Glucose, Amount to 1 L H2O: 20 g
for agar plates add 2% agar

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References

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从天然产物其生物合成基因簇:一个演示使用Polyketomycin从<em&gt;链diastatochromogenes</em&gt;Tü6028
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Greule, A., Zhang, S., Paululat, T., Bechthold, A. From a Natural Product to Its Biosynthetic Gene Cluster: A Demonstration Using Polyketomycin from Streptomyces diastatochromogenes Tü6028. J. Vis. Exp. (119), e54952, doi:10.3791/54952 (2017).More

Greule, A., Zhang, S., Paululat, T., Bechthold, A. From a Natural Product to Its Biosynthetic Gene Cluster: A Demonstration Using Polyketomycin from Streptomyces diastatochromogenes Tü6028. J. Vis. Exp. (119), e54952, doi:10.3791/54952 (2017).

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