Summary
Proteinsammensetningen av den humane mitralventilen er fortsatt delvis ukjent, fordi dens analyse er komplisert ved lav cellularitet og derfor ved lav proteinbiosyntese. Dette arbeidet gir en protokoll for effektivt å ekstrahere protein for analyse av mitralventilproteomet.
Abstract
Analyse av det cellulære proteomet kan bidra til å belyse de molekylære mekanismene som ligger til grunn for sykdommer på grunn av utviklingen av teknologier som tillater storskala identifisering og kvantifisering av proteiner som finnes i komplekse biologiske systemer. Viten som oppnås fra en proteomisk tilnærming kan potensielt føre til en Bedre forståelse av de patogene mekanismene som ligger til grunn for sykdommer, noe som gjør det mulig å identifisere nye diagnostiske og prognostiske sykdomsmarkører, og forhåpentligvis av terapeutiske mål. Imidlertid representerer kardial mitralventilen en meget utfordrende prøve for proteomanalyse på grunn av den lave cellulariteten i proteoglykan og kollagen-anriket ekstracellulær matrise. Dette gjør det vanskelig å ekstrahere proteiner for en global proteomanalyse. Dette arbeidet beskriver en protokoll som er kompatibel med etterfølgende proteinanalyse, som kvantitativ proteomikk og immunoblotting. Dette kan tillate korrelasjon av dataeneG-proteinuttrykk med data om kvantitativt mRNA-ekspresjon og ikke-kvantitativ immunhistokjemisk analyse. Faktisk vil disse tilnærmingene, når de utføres sammen, føre til en mer omfattende forståelse av molekylære mekanismer som ligger til grunn for sykdommer, fra mRNA til post-translasjonell proteinmodifisering. Dermed kan denne metoden være relevant for forskere som er interessert i studiet av hjerteventil-fysiopatologi.
Introduction
Nylige bevis har endret forståelsen av rollene til de mange regulatoriske mekanismer som oppstår etter mRNA-syntese. Faktisk kan translasjonelle, post-transkriptionelle og proteolytiske prosesser regulere protein overflod og funksjon. Dogmen - som sier at mRNA-konsentrasjoner er proxier til de tilsvarende proteinene, forutsatt at transkripsjonsnivåene er hovedbestemmende for protein overflod - har blitt delvis revidert. Innledningsvis forutsier transkripsjonsnivåer kun delvis overflod av protein, noe som tyder på at posttranskripsjonelle hendelser Forekommer for å regulere proteinene i cellene 1 , 2 .
Videre dikterer proteiner til slutt cellens funksjon og dikterer derfor fenotypen, som kan gjennomgå dynamiske endringer som følge av autokrine, parakrine og endokrine faktorer. Blodbårne mediatorer; temperatur; Medisinsk behandling; Og sykdomsutviklingmente. Således er en ekspresjonsanalyse fokusert på proteinnivået nyttig for å karakterisere proteomet og for å løse de kritiske forandringene som oppstår for det som en del av sykdomspatogenese 3 .
Derfor er mulighetene som proteomikkene presenterer for å klargjøre helse- og sykdomsforhold, formidabel, til tross for de eksisterende teknologiske utfordringene. De spesielt lovende forskningsområdene som proteomics kan bidra med inkluderer: identifisering av endret proteinuttrykk på noe nivå ( dvs. hele celler eller vev, subcellulære rom og biologiske væsker); Identifisering, verifisering og validering av nye biomarkører som er nyttige for diagnose og prognose av sykdom; Og forhåpentligvis identifisering av nye proteinmål som kan brukes til terapeutiske formål, samt for vurdering av narkotikapåvirkning og toksisitet 4 .
Fange kompleksiteten tilProteomet representerer en teknologisk utfordring. De nåværende proteomiske verktøyene gir mulighet til å utføre storskala, høy gjennomstrømningsanalyse for identifisering, kvantifisering og validering av endrede proteinnivåer. I tillegg har introduksjonen av fraksjonerings- og anrikningsteknikker, som har til hensikt å unngå forstyrrelser forårsaket av de mest rikelige proteiner, også forbedret proteinidentifikasjon ved å inkludere de minste rikelige proteiner. Endelig har proteomics blitt komplementert ved analyse av posttranslasjonelle modifikasjoner, som gradvis oppstår som viktige modulatorer av proteinfunksjon.
Prøvepreparasjonen og proteinutvinningen i de biologiske prøvene under analyse forblir imidlertid begrensende trinn i den proteomiske arbeidsflyten og øker potensialet for mulige fallgruver 5 . Faktisk, i de fleste molekylærbiologi teknikker som må optimaliseres, er de første trinnene vev homogenizatIon og celle lysis, spesielt under analysen av lav-overflod proteiner for hvilke amplifikasjonsmetoder ikke eksisterer. I tillegg kan proteinets kjemiske natur påvirke egen gjenoppretting. For eksempel er analysen av svært hydrofobe proteiner svært utfordrende, fordi de lett utfeller under isoelektrisk fokusering, mens trans-membranproteiner er nesten uoppløselige (omtalt i referanse 5). Videre skaper vevsammensetningsvariabiliteten en betydelig barriere for å utvikle en universell ekstraksjonsmetode. Til slutt, fordi nesten alle de kliniske prøvene er av begrenset mengde, er det essensielt å muliggjøre proteinpreparering med maksimal utvinning og reproduserbarhet fra minimale prøvebeløp 6 .
Dette arbeidet beskriver en optimal protokoll for proteinutvinning fra den normale hjerte-mitralventilen, som representerer en svært utfordrende prøve for proteomanalyse. Den normale mitralventilen er en kompLex struktur liggende mellom venstre atrium og hjerte venstre ventrikel ( figur 1 ). Det spiller en viktig rolle i kontrollen av blodstrømmen fra atriumet til ventrikkelen, hindrer tilbakestrømning og sikrer riktig oksygentilførsel til hele kroppen, og opprettholder dermed en tilstrekkelig hjerteutgang. Imidlertid regnes det ofte for å være et "inaktivt" vev, med lav cellularitet og få komponenter, hovedsakelig i den ekstracellulære matriksen. Dette skyldes at, under normale forhold, de residente valvulære interstitialceller (VICs) presenterer en hvilende fenotype med en lav proteinbiosyntesehastighet 7 .
Det har imidlertid vist seg at i en patologisk tilstand øker antall VICs i spongiosa og deres proteinsyntese aktiveres, sammen med andre funksjonelle og fenotypiske endringer 8 . Derfor er det ikke overraskende at de minimale dataene som er tilgjengelige iLitteraturen fokuserer på analysen av patologiske mitralventiler 9 , 10 , hvor det økte antallet aktiverte VICs kan forklare det relativt høye antallet identifiserte proteiner.
Som konklusjon kan foreliggende protokoll tjene til å utvikle forståelsen av de patogene mekanismene som er ansvarlige for mitralventilssykdommer gjennom studiet av mitralventilproteinkomponenter. Faktisk kan en større forståelse for de underliggende patologiske prosessene bidra til å forbedre den kliniske styringen av ventilsykdommer, hvis nåværende indikasjoner for intervensjon i stor grad er basert på hemodynamiske hensyn.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
I denne protokollen samles de menneskelige hjerter under multiorgan explantation (kald iskemitid på 4-12 timer, gjennomsnittlig 6 ± 2 timer) fra multi-organdonorer ekskludert fra organtransplantasjon av tekniske eller funksjonelle grunner, til tross for normale ekkokardiografiske parametere. De sendes til kardiovaskulær vævsbank i Milano, Monzino kardiologisk senter (Milano, Italia) for banken av aorta og lungeventiler. Mitral posterior brosjyrer brukes ikke til kliniske formål, så de samles inn under aorta- og lungeventilisolasjon etter informert samtykke er hentet fra giverens slektninger. Vevet til transplantasjon og forskning samles kun etter foreldres samtykke; På samtykkearket godkjenner de (eller ikke) bruk av kardialt vev for forskning bare hvis det ikke er egnet for human klinisk bruk ( dvs. mikrobiologiske, funksjonelle og serologiske problemer), i henhold til retningslinjene fra etikkutvalget forMonzino kardiologisk senter.
1. Mitralventilpreparasjon
- Høst den menneskelige mitralventilen så snart som mulig etter organteksplantering (kald iskemitid på 4-12 timer).
- I et rent rom, fjern hjertet fra transportposen som inneholder en kald (4 ° C) løsning ( dvs. saltvannsløsning eller balansert medium Eurocollins eller Wisconsin). Sett det i en bøtte og plasser den i et biosikkerhetsskap (biohazard vertikal luftstrøm, klasse A, god produksjonspraksis (GMP) klassifisering) for å fortsette med ventilpreparatet.
- Plasser hjertet på en steril engangsslange i skapet. Ved hjelp av en steril disponibel skalpell, kutt hjertet helt, vinkelrett på hovedaksen, på nivået til venstre og høyre ventrikler, ca 4 cm unna toppunktet.
- Flytt den stigende aorta og lungearterien for å vise det venstre atrielle taket.
- Med sterile autoklaverbare pincett og plukker, kutt rundt venstre auricle påVenstre atrieltak, noe som gjør mitralventilen synlig og muliggjør identifisering av det store mitralbladet (anterior) og det lille mitralbladet (bakre).
MERK: Antero-lateral og de bakre mediale kommisjonene definerer grensen til den fremre bøylen og det bakre området. - Ved hjelp av sterile autoklaverbare saks og ikke-traumatiske tinger, disser venstre atrium og ventrikelveggtykkelse rundt omkretsen av hele mitralventilen .
- Identifiser mitro-aorta ventil kontinuitet.
MERK: Venstre ventrikkel inneholder hele mitralventilen og akkordene. - Separat den fremre mitralventilsprosedralen fra den bakre mitralventilbrikken, kutte den bakre brosjyren langs innsatsen med ventrikkelen (kommissur).
- Vask den bakre bøylen i saltoppløsningen. Klipp brosjyren i små stykker (<1 cm 2 ) og pakk dem individuelt i aluminiumsfolie. Snapfrys dem med flytende nitrogen.
Forsiktig: Følg organisatoriske sikkerhetsprosedyrer ved bruk av flytende nitrogen.- Rengjør bordet på skapet med en 70% isopropylalkoholoppløsning og en 6% hydrogenperoksidløsning ved slutten av prosedyren.
2. Proteinekstraksjon
- Bruk tanger for å plukke opp prøven som er lagret i flytende nitrogen, og legg det umiddelbart på tøris, mens det fortsatt er innpakket i aluminiumsfolien. Ikke la prøven tine under overføringer.
- Før sliping, køl porselen / zirkoniummørtelen og pestlene i et grindersystem ( f.eks. CryoGrinder) sammen med prøven ved å sette dem i en Dewar-kolbe som inneholder flytende nitrogen (~ 500 ml).
Forsiktig: Følg organisatoriske sikkerhetsprosedyrer ved bruk av flytende nitrogen. - Sett mørtel og pestles i en polystyrenboks som inneholder tøris. Fjern prøven fra aluminiumsfolien og sett den inn i mørtel.
- Grind tHan prøver med den store stammen mot mørtelen 15-20 ganger, ved hjelp av skrutrekker for å rotere stammen. Bland prøven med spissen av en forkjølt spatel under slipingsprosessen.
- Gjenta med den lille stammen.
- Overfør grunnprøven til et tidligere veid rør ( f.eks. 15 ml sentrifugerør) ved å invertere røret, plasser det over mørtelen og vend dem sammen for å flytte prøven til røret. Bruk en forkjølt spatel for å gjenvinne alt materiale fra mørtel.
- Hold røret med prøven på tøris, for å unngå prøveopptining under overføringen.
- Beregn nettovikten av prøven.
- Rengjør mørtel og pestles etter hver prøve og dekontaminere dem ved autoklavering eller oppvarming dem ved 200 ° C i 2 timer.
- Overfør den pulveriserte prøven fra sentrifugerøret til glassrøret av en homogenisator ved inversjon.
- Tilsett filtrert ureabuffetR (8 M urea, 2 M tiourea, 4% w / v CHAPS, 20 mM Tris og 55 mM dithiotreitol) til glassrøret, 200 μl ureabuffer for hver 10 mg pulverisert vev.
MERK: Resterende pulverisert prøve som er igjen i sentrifugerøret, kan gjenvinnes ved bruk av en del av det beregnede volumet av ureabuffer. - Homogeniser prøven ved hjelp av en omrører utstyrt med en borosilikatglassmørtel og en polytetrafluoretylen (PTFE) -pestel. Trykk langsomt pestlen på prøven med en vridningsbevegelse (1500 rpm) 10 ganger.
- Gjenoppløs supernatanten og overfør den til et rent 1,7 ml sentrifugerør. Ta igjen gjenværende prøve med fersk ureabuffer, og tilsett halvparten av volumet som ble brukt under den første ekstraksjonen.
- Gjenta trinn 2.10.
- Gjenopprett supernatanten og kombinere den med supernatanten fra trinn 2.11. Plasser den kombinerte supernatanten på en rørrotator i 30 minutter.
- Sentrifuger røret i 30 minutter ved 13.000 xg og 4 ° C.
- Gjenopprett supernatanten anD måle proteinkonsentrasjonen ved hjelp av Bradford-proteinanalysen, i henhold til produsentens instruksjoner. Oppbevar prøven ved -80 ° C til bruk.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Ekstraksjonen og oppløsningen av proteiner i ureabufferen er direkte kompatibel med proteomiske metoder basert på isoelektrofokusering (todimensjonal elektroforese (2-DE) 11 og væskefase-isoelektrisk fokusering (IEF) 12 ) og med immunoblotting etter fortynning i Laemmli buffer 13 Inneholdende en proteaseinhibitor cocktail 14 .
For gelfri massespektrometri-baserte metoder ( dvs. væskekromatografi koblet til data-uavhengig massespektrometrianalyse (LC / MS E ) og todimensjonal LC / MS E (2D-LC / MSE)) 15 ble prøvene ekstrahert I den beskrevne ureabufferen må ytterligere behandles for å eliminere urea og tiourea, som kan forstyrre etterfølgende proteinfordøyning og væskekromatografiseparasjon. ThiS avsaltingstrinn kan oppnås ved anvendelse av de kommersielle proteinutfellingssettene, etter produsentens instruksjoner for å utfelle proteinene. Prøven kan deretter oppløses i 25 mM NH4HCO3 inneholdende 0,1% spaltbare vaskemidler for proteinfordøyning 16 . Utfelling av proteiner kan eliminere bufferkomponenter, noe som minimal påvirker proteininnholdet (proteinutvinning:> 85%), slik at prøven er egnet for alle typer analyser.
Anvendelsen av denne protokollen for proteinutvinning fra humane mitralventiler tillatt for identifisering av totalt 422 proteiner, kombinering av fire forskjellige proteomiske tilnærminger som tidligere er beskrevet i detalj 11 , 15 . Spesifikt ble 169 proteiner identifisert ved 2-DE, 330 proteiner ved flytende fase IEF, 96 proteiner av LC / MS E og 148 proteinerVed 2D-LC / MS E (tabell 1).
For å klassifisere 422 identifiserte proteiner med hensyn til subcellulær lokalisering, ble en programvare brukt til gen ontologi (GO) analyse ( f.eks. Cytoscape). Nettverket som ble opprettet med programvaren og tilhørende plugin, viste at, i tillegg til de forventede proteinene lokalisert i den ekstracellulære regionen (se øvre høyre del av figur 2 ), var de fleste proteiner identifisert ved de proteomiske tilnærmingene fra den intracellulære regionen ( Dvs. cytoplasma, organeller, vesikler og cytoskelet). Cell-overflateproteiner ble også identifisert ( figur 2 ).
Resultatene ble ytterligere bekreftet i tre uavhengige mitralventilprøver. Immunoblotting ble brukt til å analysere en gruppe av fire proteiner ( dvs. septin-11, fire og en halv LIM-domener protein 1 (FHL-1), derMatopontin og alfa-krystallin B (CryAB)) som aldri har blitt identifisert i den normale mitralventilen ( figur 3 ).
Figur 1: Mitralventilstruktur. Øvre utsikt over det menneskelige hjerte som viser den lukkede ( A ) eller åpne ( B ) menneskelige mitralventilen. Forsiden av venstre hjertekammer av et menneskelig hjerte ( C ). Vennligst klikk her for å se en større versjon av denne figuren.
Figur 2: Analyse av de identifiserte mitralventilproteiner i løpet av celledistribusjon. Cytoscape og plugin BiNGO ble brukt til å obtaiN fordelingen av gen ontologi (GO) termer fra cellekomponentkategorier. Sirkelstørrelsen er proporsjonal med antall proteinkomponenter assosiert med de valgte GO-vilkårene, og farveskalaen for p-verdien av overrepresentasjon er rapportert. Vennligst klikk her for å se en større versjon av denne figuren.
Figur 3: Immunoblottingsanalyse av septin-11, FHL-1, dermatopontin og CryAB i hel ekstrakt fra tre humane normale mitralventilbladene. Immunoblotting ble utført ved bruk av musmonoklonalt antistoff mot CryAB og kaninpolyklonale antistoffer mot septin-11, FHL-1 og dermatopontin-antistoffene. Vær så snillKlikk her for å se en større versjon av denne figuren.
tiltredelse | Beskrivelse | 2-DE | 2D-LC | LC-MS E | Flytende fase IEF |
A6NMZ7 | Kollagen alfa VI | x | |||
O00151 | PDZ- og LIM-domeneprotein 1 | x | |||
O00299 | Klorid intracellulært kanalprotein 1 | x | |||
O00764 | Pyridoksal kinase | x | |||
O14558 | Varm sjokkprotein beta 6 | x | |||
O43399 | Tumorprotein D54 | x | |||
O43488 | Aflatoksin B1-aldehydreduktaseelement 2 | x | |||
O43707 | Alpha actinin 4 | x | x | ||
O43866 | CD5 antigen som forløper | x | |||
O60493 | Sortering av nexin 3 | x | |||
O60701 | UDP glukose 6 dehydrogenase | x | |||
O75223 | Ukarakterisert protein | x | |||
O75368 | SH3 domenebindende glutaminsyre rik på protein | x | |||
O75390 | Citrat syntase mitokondriell forløper | x | |||
O75489 | NADH dehydrogenase ubiquinon jern svovelprotein 3 mitokondriell forløper | x | x | ||
O75608 | Acylproteintioesterase 1 | x | |||
O75828 | Karbonylreduktase NADPH 3 | x | |||
O75874 | Isocitrat dehydrogenase NADP cytoplasmatisk | x | |||
O75955 | Flotillin | x | |||
O94760 | NG NG dimetylarginindimetylaminohydrolase 1 | x | |||
O94788 | Retinal dehydrogenase 2 | x | |||
O95865 | NG NG dimetylarginindimetylaminohydrolase 2 | x | x | ||
P00325 | Alkohol dehydrogenase 1B | x | x | ||
P00338 | L-laktatdehydrogenase A-kjede | x | |||
P00352 | Retinal dehydrogenase 1 | x | |||
P00441 | Superoksyd dismutase Cu Zn | x | x | ||
P00450 | Ceruloplasmin forløper | x | x | ||
P00488 | Koagulasjonsfaktor XIII En kjedeforløper | x | |||
P00491 | Purinukleosidfosforylase | x | |||
P00492 | Hypoksantin-guaninfosforibosyltransferase | x | |||
P00558 | Fosfoglyceratkinase 1 | <td> xx | x | ||
P00568 | Adenylatkinaseisoenzym 1 | x | |||
P00734 | protrombin | x | x | ||
P00738 | haptoglobin | x | x | x | x |
P00739 | Haptoglobin-relatert proteinforløper | x | |||
P00751 | Komplementfaktor B | x | x | x | |
P00915 | Karbonanhydrase 1 | x | |||
P00918 | Karbonanhydrase 2 | x | |||
P01008 | Antitrombin III forløper | x | x | x | |
P01009 | Alfa 1 antitrypsin | x | x | x | x |
P01011 | Alfa 1 antichymotrypsin | x | x | x | x |
P01019 | Angiotensinogen forløper | x | x | ||
P01023 | Alfa 2 makroglobulin | x | x | ||
P01024 | Komplement C3 | x | x | x | x |
P01033 | Metalloproteinase inhibitor 1 forløper | x | |||
P01042 | Kininogen 1 forløper | x | |||
P01593 | Ig kappa kjede VI region AG | x | |||
P01598 | Ig kappa kjede VI region EU | x | |||
P01600 | Ig kappa kjede VI region Hau | x | x | ||
P01611 | Ig kappa kjede VI region Wes | x | |||
P01620 | Ig kappa kjede V III region SIE | x | |||
P01625 | Ig kappa kjede V IV region Len | x | |||
P01766 | Ig tungkjede V III region BRO | x | x | ||
P01781 | Ig tungkjede V III region GAL | x | |||
P01834 | Ig kappa kjede C-regionen | x | x | x | x |
P01842 | Ig lambda-kjede C-regioner | x | x | x | |
P01857 | Ig gamma 1-kjede C-regionen | x | x | x | x |
P01859 | Ig-gamma 2-kjede C-regionen | x | x | x | x |
P01860 | Ig gamma 3-kjede C-regionen | x | x | x | |
P01861 | Ig gamma 4-kjede C-regionen | x | x | x | |
P01871 | Ig mu-kjede C-regionen | x | x | x | |
P01876 | Ig alfa 1-kjede C-regionen | x | x | x | x |
P01877 | Ig alfa 2-kjede C-regionen | x | |||
P02144 | myoglobin | x | x | ||
P02452 | Kollagen alfa 1 I kjede | x | x | x | x |
P02511 | Alfa-krystallinske B-kjede | x | |||
P02545 | Laminat AC 70 kDa laminat | x | x | x | x |
P02647 | Apolipoprotein Al | x | x | x | x |
P02649 | Apolipoprotein E | x | x | x | x |
P02671 | Fibrinogen alfa kjede | x | x | x | x |
P02675 | Fibrinogen beta-kjede | x | x | x | x |
P02679 | Fibrinogen gamma kjede | x | x | x | x |
P02689 | Myelin P2 protein | x | |||
P02735 | Serumamyloid En proteinforløper | x | |||
P02741 | C-reaktiv proteinforløper | x | |||
P02743 | Serum amyloid P-komponent | x | x | x | x |
P02746 | Komplement C1q underkomponent subunit B | x | x | ||
P02747 | Komplement C1q subkomponent subenhet C forløper | x | |||
P02748 | Komplementkomponent C9 | x | x | x | |
P02749 | Beta 2 glykoprotein 1 | x | x | x | x |
P02750 | Leucinrik alfa 2 glykoproteinprecursor | x | |||
P02751 | fibronektin | x | x | ||
P02760 | AMBP protein forløper | x | x | x | x |
P02763 | Alfa 1 syre glykoprotein 1 | x | x | x | |
P02765 | Alpha 2 HS glykoproteinforløper | x | |||
P02766 | Transthyretin forløper | x | x | x | |
P02768 | Serumalbumin | x | x | x | x |
P02774 | Vitamin D bindende protein forløper | x | |||
P02787 | Serotransferrin | x | x | x | x |
P02788 | Laktotransferrinforløper | x | |||
P02790 | Hemopexin | x | x | x | x |
P02792 | Ferritin lettkjede | x | |||
P04004 | vitronektin | x | x | x | x |
P04075 | Fructose bisfosfat aldolase A | x | |||
P04083 | Annexin A1 | x | x | x | x |
P04179 | Superoksyd dismutase Mn mitokondriell forløper | x | |||
P04196 | Histidinrik glykoproteinprecursor | x | |||
P04217 | Alfa 1B glykoproteinforløper | x | x | ||
P04350 | Tubulin beta 4 kjede | x | |||
P04406 | Glyceraldehyd 3 fosfat dehydrogenase | x | x | x | x |
P04792 | Heat shock protein beta 1 | x | x | x | x |
P05091 | Aldehyd dehydrogenase mitokondriale forløper | x | x | ||
Plasma protease C1 inhibitor forløper | x | ||||
P05156 | Komplementfaktor I forløper | x | |||
P05413 | Fettsyrebindende proteinhjerte | x | |||
P05452 | Tetranektin forløper TN | x | x | ||
P05787 | Keratin type II cytoskeletal 8 | x | |||
P06396 | gelsolin | x | x | x | x |
P06576 | ATP syntase subunit beta mitokondriell forløper | x | x | ||
P06732 | Kreatin kinase M type | x | x | ||
P06733 | Alpha enolase | x | x | x | x |
P06753 | Tropomyosin alfa 3 kjede | x | x | ||
P07108 | Acyl CoA bindende protein | x | |||
P07195 | L laktat dehydrogenase B kjede | x | x | x | |
P07196 | Neurofilament lyspolypeptid | x | |||
P07197 | Neurofilament medium polypeptid | x | x | ||
P07237 | Proteindisulfid-isomeraseforløper | x | x | ||
P07339 | Cathepsin D forløper | x | x | ||
P07355 | Vedlegg A2 | x | x | x | x |
P07360 | Komplementkomponent C8 gamma kjedeforløper | x | |||
P07437 | Tubulin beta-kjede | x | x | x | x |
P07585 | decorin | x | x | x | x |
P07737 | Profilin 1 | x | |||
P07858 | Cathepsin B forløper | x | |||
P07900 | Varmestøtprotein HSP 90 alpha | x | x | ||
P07951 | Tropomyosin beta-kjede | x | |||
P07954 | Fumarathydratase mitokondriell forløper | x | |||
P07996 | Trombospondin 1 | x | x | x | |
P08107 | Varm sjokk 70 kDa protein 1A 1B | x | x | x | x |
P08123 | Kollagen alfa 2 I kjede | x | x | x | x |
P08133 | Vedlegg A6 | x | x | ||
P08238 | Varmestøtprotein HSP 90 beta | x | x | ||
P08253 | 72 kDa type IV kollagenase forløper | x | |||
P08294 | Ekstracellulær superoksiddismutase Cu Zn precursor | x | x | x | |
P08590 | Myosin-lyspolypeptid 3 | x | x | ||
P08603 | Komplementfaktor H | x | x | x | x |
P08670 | vimentin | x | x | x | x |
P08729 | Keratin type II cytoskeletal 7 | x | |||
P08758 | Annexin A5 | x | x | x | x |
P09211 | Glutathion S transferase P | x | x | x | |
P09382 | Galectin 1 | x | x | x | |
P09417 | Dihydropteridinreduktase | <td> | x | ||
P09493 | Tropomyosin 1 alfa kjede | x | x | ||
P09525 | Annexin A4 | x | x | ||
P09651 | Heterogen nukleær ribonukleoprotein Al | x | |||
P09871 | Komplement C1s subkomponent forløper | x | |||
P09936 | Ubiquitin karboksylterminal hydrolase isozym L1 | x | |||
P09972 | Fructose bisfosfat aldolase C | x | |||
P0C0L4 | Komplement C4 En forløper | x | |||
P0CG05 | IgLambda 2 kjede C regioner | x | |||
P0CG38 | POTE ankyrin domene familiemedlem I | x | |||
P10515 | Dihydrolipoyllysinrest-acetyltransferasekomponent av pyruvat-dehydrogenaskompleks | x | |||
P10768 | S-formylglutathionhydrolase | x | |||
P10809 | 60 kDa varmeskok protein-mitokondriell forløper | x | |||
P10909 | Clusterin | x | x | x | x |
P10915 | Hyaluronan og proteoglykan-link protein 1 forløper | x | x | ||
P11021 | 78 kDa gLukose regulert protein | x | x | x | |
P11047 | Laminin subunit gamma 1 forløper | x | |||
P11142 | Varmestørrelse medregnet 71 kDa protein | x | x | x | x |
P11177 | Pyruvat dehydrogenase E1 komponent subunit beta mitokondriale forløper | x | |||
P11217 | Glykogen fosforylase muskelform | x | |||
P11310 | Mellomkjede spesifikk acyl CoA dehydrogenase mitokondriell forløper | x | |||
P11413 | Glukose 6 fosfat 1 dehydrogenase | x | |||
P11766 | Alkohol dehydrogenase klasse 3 chi kjede | x | |||
P12036 | Neurofilament tungt polypeptid | x | |||
P12109 | Kollagen alfa 1 VI kjede | x | x | x | x |
P12110 | Kollagen alfa 2 VI kjede | x | x | x | x |
P12111 | Kollagen alfa 3 VI kjede | x | x | x | |
P12277 | Kreatin-kinase B-type | x | |||
P12429 | Annexin A3 | x | x | ||
P12814 | Alpha actinin 1 | x | x | ||
P12829 | Myosin-lyspolypeptid 4 | x | |||
P12882 | Myosin 1 | x | |||
P12883 | Myosin 7 | x | x | ||
P12955 | Xaa Pro dipeptidase | x | |||
P13489 | Ribonuklease inhibitor | x | |||
P13533 | Myosin 6 | x | x | ||
P13611 | Versican kjerneproteinforløper | x | x | ||
P13639 | Forlengelsesfaktor 2 | x | |||
P13716 | Delta-aminolevulinsyre dehydratase | x | |||
P13796 | Plastin 2 | x | |||
P13804 | Electron transfer flavoprotein subunit alfa mitokondriale forløper | x | |||
P13929 | Beta-enolase | x | x | ||
P14136 | Glialfibrillær sur protein astrocyt | x | |||
P14314 | Glukosidase 2 subunit beta forløper | x | |||
P14550 | Alkohol dehydrogenase NADP | x | |||
P14618 | Pyruvat kinase isozymer M1 M2 | x | x | x | |
P14625 </ Td> | Endoplasmin forløper | x | x | ||
P15121 | Aldose reduktase | x | |||
P15259 | Fosfoglyceratmutase 2 | x | |||
P16152 | Karbonylreduktase NADPH 1 | x | |||
P17066 | Varmestokk 70 kDa protein 6 | x | x | x | |
P17174 | Aspartat aminotransferase cytoplasmatisk | x | |||
P17540 | Kreatinkinasensarcomerisk mitokondriell forløper | x | |||
P17661 | desmin | x | x | x | x |
P17980 | 26S protease regulatorisk underenhet 6A | x | |||
P17987 | T kompleks protein 1 underenhet alfa | x | |||
P18206 | vinculin | x | x | ||
P18428 | Lipopolysakkaridbindende proteinforløper | x | |||
P18669 | Fosfoglyceratmutase 1 | x | |||
P19105 | Myosin regulatorisk lettkjede 2 | x | x | ||
P19623 | Spermidin syntase | x | |||
P19652 | Alfa 1 syre glykoprotein 2 forløper | x | x | ||
P19823 | Inter alfa trypsininhibitor tungkjede H2 | x | |||
P19827 | Inter alfa trypsininhibitor tungkjede H1 | x | x | ||
P20073 | Vedlegg A7 | x | |||
P20618 | Proteasome subunit beta type 1 forløper | x | |||
P20774 | Mimecan | x | x | x | x |
P21266 | Glutathion S transferase Mu 3 | x | |||
P21333 | Filamin A | x | x | ||
P21796 | Spenningsavhengig anion selektivt kanalprotein1 | x | |||
P21810 | Biglycan | x | x | x | x |
P21980 | Protein glutamin gamma glutamyltransferase 2 | x | x | ||
P22105 | Tenascin X | x | x | ||
P22314 | Ubiquitin-aktiverende enzym E1 | x | |||
P22352 | Glutationperoxidase 3 forløper | x | x | ||
P22626 | Heterogene nukleare ribonukleoproteiner A2 B1 | x | |||
P22695 | Ubiquinol cytokrom c reduktase kompleks kjerneprotein 2 mitokondriell forløper | x | |||
P23141 | Leverkarboxylesterase 1 forløper | x | |||
P23142 | Fibulin 1 | x | x | x | x |
P23284 | Peptidyl prolyl cis trans isomerase B forløper | x | |||
P23381 | Cytoplasmatisk tryptofanyl-tRNA-syntetase | x | |||
P23526 | Adenosylhomocysteinase | x | x | ||
P23528 | Cofilin 1 | x | |||
P24752 | Acetyl CoA acetyltransferase mitokondriell forløper | x | |||
P25311 | Sink alfa 2 glykoproteiN forløper | x | |||
P25705 | ATP syntase subunit alfa mitokondriel | x | |||
P25788 | Proteasom subunit alfa type 3 | x | x | ||
P25789 | Proteasom subunit alfa type 4 | x | |||
P26447 | Protein S100 A4 | x | |||
P27348 | 14 3 3 protein theta | x | x | ||
P27797 | Calreticulin forløper | x | |||
P28066 | Proteasome subunit alfa type 5 | x | |||
P28070 | <Td> Proteasome subunit beta type 4 forløperx | x | |||
P28072 | Proteasome subunit beta type 6 forløper | x | |||
P28074 | Proteasome subunit beta type 5 forløper | x | |||
P28331 | NADH ubiquinon-oksidoreduktase 75 kDa subunit mitokondriell forløper | x | |||
P28838 | Cytosol aminopeptidase | x | |||
P29218 | Inositolmonofosfatase | x | |||
P29401 | Transketolase | x | |||
P29692 | Forlengelsesfaktor 1 delta | <td> | x | ||
P29966 | Myristoylert alaninrikt C-kinasubstrat | x | |||
P30040 | Endoplasmatisk retikulumprotein ERp29 forløper | x | |||
P30041 | Peroksiredoksin 6 | x | x | ||
P30043 | Flavin reduktase | x | |||
P30044 | Peroksiredoksin 5 mitokondriell forløper | x | |||
P30085 | UMP CMP kinase | x | |||
P30086 | Fosfatidyletanolaminbindende protein 1 | x | |||
P30101 | ProteinkonN-disulfid-isomerase A3-forløper | x | x | x | |
P30613 | Pyruvat kinase isozymer RL | x | |||
P30740 | Leukocyt elastase inhibitor | x | |||
P31025 | Lipokalin 1 forløper | x | |||
P31937 | 3 hydroksyisobutyrat dehydrogenase mitokondriale forløper | x | |||
P31942 | Heterogent nukleært ribonukleoprotein H3 | x | |||
P31943 | Heterogent nukleært ribonukleoprotein H | x | |||
P31946 | 14 3 3 protein beta alfa | x | x | ||
P31948 | Stress indusert fosfoprotein 1 | x | |||
P31949 | Protein S100 A11 | x | |||
P32119 | Peroksiredoksin 2 | x | x | ||
P34931 | Varm sjokk 70 kDa protein 1 som | x | x | ||
P34932 | Varmestøt 70 kDa protein 4 | x | |||
P35232 | Prohibitin | x | |||
P35237 | Serpin B6 | x | |||
P35443 | Trombospondin 4 | x | </ Tr> | ||
P35555 | Fibrillin 1 | x | x | ||
P35579 | Myosin 9 | x | x | x | |
P35580 | Myosin 10 | x | x | ||
P35609 | Alpha actinin 2 | x | |||
P35625 | Metalloproteinaseinhibitor 3 | x | x | ||
P35998 | 26S protease regulatorisk underenhet 7 | x | |||
P36871 | Fosfoglukomutase 1 | x | x | ||
P36955 | Pigmentepitelutledd faktor | x | x | ||
P37802 | <Td> Transgelin 2x | x | |||
P37837 | Transaldolase | x | |||
P38117 | Electron transfer flavoprotein subunit beta | x | |||
P38646 | Stress 70 protein mitokondriell forløper | x | x | ||
P39687 | Syre-leucinrikt nukleært fosfoprotein 32-familiemedlem A | x | |||
P40121 | Makrophage capping protein | x | |||
P40925 | Malat dehydrogenase cytoplasmatisk | x | |||
P40926 | Malat dehydrogenase mitokondriell forløper | <td> | x | ||
P41219 | peripherin | x | |||
P42330 | Aldo keto reduktase familie 1 medlem C3 | x | |||
P45880 | Spenningsavhengig anion selektivt kanalprotein 2 | x | |||
P47755 | F actin capping protein subunit alfa 2 | x | x | ||
P47756 | F actin capping protein subunit beta | x | x | ||
P47985 | Ubiquinol cytokrom c reduktase jern svovel subunit mitokondriale forløper | x | |||
P48047 | ATP syntase O subunit mitokondriell forløper | x | |||
P48637 | Glutation syntetase | x | |||
P48741 | Varmestøt 70 kDa protein 7 | x | x | ||
P49189 | 4 trimetylaminobutyraldehyddehydrogenase | x | |||
P49368 | T kompleks protein 1 subenhet gamma | x | |||
P49747 | Brusk oligomert matriksprotein | x | x | x | x |
P49748 | Meget langkjedet spesifikk acyl CoA dehydrogenase mitokondriell forløper | x | |||
P50395 | Rab BNP dissosjonsinhibitor beta | x | x </ Td> | ||
P50454 | Serpin H1 forløper | x | |||
P50995 | Annexin A11 | x | |||
P51452 | Dual spesifisitet protein fosfatase 3 | x | |||
P51884 | Lumican | x | x | x | x |
P51888 | Prolargin forløper | x | x | x | x |
P52565 | Rho GDP dissosjonsinhibitor 1 | x | |||
P52566 | Rho GDP dissociation inhibitor 2 | x | |||
P54652 | Varmestokkrelatert 70 kDa protein 2 | x | x | x | x |
P55072 | Overgangsendoplasmatisk retikulum ATPase | x | |||
P55083 | Mikrofibril assosiert glykoprotein 4 forløper | x | x | ||
P57053 | Histon H2B type F | x | |||
P60174 | Triosephosphat isomerase | x | x | x | |
P60660 | Myosin-lyspolypeptid 6 | x | x | ||
P60709 | Actin cytoplasmisk 1 | x | x | x | x |
P60981 | Destrin | x | |||
P61086 | Ubiquitin-konjugerende enzym E2 25 kDa | x | |||
P61088 | Ubiquitin-konjugerende enzym E2 | x | |||
P61224 | Rasrelatert protein Rap 1b forløper | x | |||
P61978 | Heterogent nukleært ribonukleoprotein K | x | x | ||
P61981 | 14 3 3 protein gamma | x | x | x | |
P62258 | 14 3 3 protein epsilon 14 3 3E | x | |||
P62491 | Rasrelatert protein | x | |||
P62714 | Serin-treoninproteinfosfatase 2A katalytisk underenhet beta-isoform | x | |||
P62736 | Actin aorta glatt muskel | x | x | x | |
P62805 | Histon H4 | x | |||
P62826 | GTP-bindende nukleær protein Ran | x | |||
P62873 | Guanin-nukleotidbindende protein GIGSGT-underenhet beta 1 | x | |||
P62879 | Guanin-nukleotidbindende protein GIGSGT-underenhet beta 2 | x | |||
P62937 | Peptidyl prolyl cis trans isomerase A | x | x | ||
P62987 | Ubiquitin 60S ribosomalt protein L40 | x | |||
P63104 | 14 3 3 proTein zeta delta | x | x | x | x |
P63241 | Eukaryotisk oversettelse initieringsfaktor 5A 1 | x | |||
P63244 | Guanin-nukleotidbindende proteinunderenhet beta 2 som 1 | x | |||
P63267 | Actin gamma enterisk glatt muskel | x | x | ||
P67936 | Tropomyosin alfa 4 kjede | x | |||
P68032 | Actin alfa-hjerte muskel 1 | x | |||
P68104 | Forlengelsesfaktor 1 alfa 1 | x | x | x | |
P68133 | Actin alfa skjelettmuskulatur | ||||
P68363 | Tubulin alfa 1B kjede | x | x | x | |
P68371 | Tubulin beta 2C kjede | x | x | x | |
P68402 | Blodplateaktiveringsfaktor acetylhydrolase IB subunit beta | x | |||
P68871 | Hemoglobin subunit beta | x | x | x | |
P69905 | Hemoglobin subunit alfa | x | x | ||
P78371 | T-kompleks protein 1-underenhet beta | x | |||
P78417 | Glutathion transferase omega 1 | x | x | ||
P80748 | Ig lambda kjede VIII-regionen LOI | x | |||
P98095 | Fibulin 2 | x | x | ||
Q01082 | Spektrin beta kjedehjerne 1 | x | |||
Q01449 | Myosin regulatorisk lettkjede 2 atriell isoform | x | |||
Q01518 | Adenyllylsyklaseassosiert protein 1 | x | |||
Q01995 | Transgelin Glatt muskelprotein 22 alpha | x | |||
Q03252 | Lamin B2 | x | x | ||
Q03591 | Komplementfaktor H-relatert protein 1 forløper | x | Q04917 | 14 3 3 protein eta | x | x |
Q06323 | Proteasomaktivator kompleks underenhet 1 | x | |||
Q06828 | Fibromodulin | x | x | x | x |
Q06830 | Peroksiredoksin 1 | x | x | ||
Q07507 | Dermatopontin | x | x | x | x |
Q07960 | Rho GTPase-aktiverende protein 1 | x | |||
Q08257 | Quinon oksidoreduktase | x | |||
Q08431 | Lactadherin | x | x | ||
Q12765 | SEcernin 1 | x | |||
Q13011 | Delta 3 5 Delta 2 4 dienoyl CoA isomerase mitokondriell forløper | x | x | ||
Q13228 | Selenbindende protein 1 | x | x | ||
Q13404 | Ubiquitin-konjugerende enzym E2-variant 1 | x | |||
Q13409 | Cytoplasmisk dynein 1 mellomproduktkjede 2 | x | |||
Q13509 | Tubulin beta 3 kjede | x | x | x | |
Q13642 | Fire og en halv LIM-domener protein 1 | x | |||
Q13765 | Nascent polypeptidassosiert kompleks underenhet alfa | x | |||
Q13885 | N Tubulin beta 2A kjede | x | x | ||
Q14194 | Dihydropyrimidinase-relatert protein 1 | x | |||
Q14195 | Dihydropyrimidinase-relatert protein 3 | x | x | x | x |
Q14624 | Inter alpha trypsininhibitor tungkjede H4 forløper | x | |||
Q14697 | Nøytral alfa glukosidase AB forløper | x | |||
Q14764 | Stort hvaleprotein | x | |||
Q14767 | Latent transformerende vekstfaktor beta bindende protein 2 | x | <td>x | ||
Q14894 | Mu-krystallinsk homolog-NADP-regulert skjoldbruskhormonbindende protein | x | |||
Q15063 | Periostin forløper | x | x | x | x |
Q15084 | Proteindisulfid-isomerase A6-forløper | x | |||
Q15113 | Prokollagen C endopeptidaseforsterker 1 forløper | x | |||
Q15181 | Uorganisk pyrofosfatase | x | |||
Q15365 | Poly rC bindingsprotein 1 | x | |||
Q15366 | PolyrC-bindingsprotein 2 | x | |||
Q15582 | Transformere vekstfaktor beta-indusert protein | x | x | x | |
Q15819 | Ubiquitin-konjugerende enzym E2-variant 2 | x | |||
Q16352 | Alpha internexin | x | |||
Q16473 | Putative tenascin XA | x | |||
Q16555 | Dihydropyrimidinase-relatert protein 2 | x | x | x | |
Q16698 | 2 4 dienoyl CoA reduktase mitokondriell forløper | x | |||
Q16891 | Mitokondriell indre membran | x | |||
Q562R1 | Beta aktin som protein 2 | x | |||
Q6S8J3 | POTE ankyrin domene familiemedlem E | x | |||
Q6UWY5 | Olfactomedin som protein 1 forløper | x | x | ||
Q71U36 | Tubulin alfa 1A kjede | x | x | x | |
Q7Z7G0 | Mål for Nesh SH3 forløper | x | x | x | |
Q8WUM4 | Programmert celledød 6 samspillende protein | x | |||
Q8WWX9 | Thioredoksin som selenoprotein M forløper | x | |||
Q92597 | Protein NDRG1 | x | |||
Q92945 | Lang oppstrøms elementbindende protein 2x | ||||
Q96CN7 | Isokorismatase-domene som inneholder protein 1 | x | |||
Q96CX2 | BTB POZ-domene som inneholder protein | x | |||
Q96KK5 | Histon H2A type 1 H | x | x | ||
Q96KP4 | Cytosolisk ikke-spesifikk dipeptidase | x | |||
Q99426 | Tubulin-spesifikk chaperon B | x | |||
Q99497 | Protein DJ 1 | x | x | ||
Q99536 | Synaptisk vesikkel membranprotein | x | x | x | |
Q99714 | 3 hydroksyacyl CoA dehydrogenase type 2 | x | |||
Q99715 | Kollagen alfa 1 XII kjede | x | x | ||
Q99798 | Akoniter hydratase mitokondriell forløper | x | |||
Q9BQE3 | Tubulin alfa 6 kjede | x | |||
Q9BUF5 | Tubulin beta 6 kjede | x | x | ||
Q9BUT1 | 3 hydroksybutyrat dehydrogenase type 2 | x | |||
Q9BVA1 | Tubulin beta 2B kjede | x | x | x | |
Q9BXN1 | Asporin | x | x </ Td> | x | x |
Q9H0W9 | Esterhydrolase C11orf54 | x | |||
Q9H4B7 | Tubulin beta 1 kjede | x | |||
Q9NRN5 | Olfactomedin som protein 3 forløper | x | x | ||
Q9NRV9 | Heme bindende protein 1 | x | |||
Q9NSB2 | Keratin type II kutikulær Hb4 | x | x | ||
Q9NVA2 | Septin 11 | x | |||
Q9UBR2 | Cathepsin Z forløper | x | |||
Q9UBX5 | Fibulin 5 | x | x | ||
Q9UK22 | F boks kun protein 2 | x | |||
Q9Y277 | Spenningsavhengig anion-selektivt kanalprotein 3 | x | |||
Q9Y281 | Cofilin 2 | x | |||
Q9Y490 | Talin 1 | x | |||
Q9Y696 | Klorid intracellulært kanalprotein 4 | x | |||
Q9Y6C2 | EMILIN 1 | x | x |
Tabell 1: Liste over proteiner identifisert i mitralventilvekstraktet når fire forskjellige proteomiske tilnærminger ble anvendt: todimensjonal elektroforese (2-DE), todimensjonal LC-MS E (2D-LC / MSE), LC / MS E og væskefase-IEF. Metoden hvor hvert protein ble identifisert, er rapportert.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Et kritisk trinn i denne protokollen er bruken av flytende nitrogen for å fryse prøven og å kjøle grindersystemet. Bruken av flytende nitrogen forhindrer biologisk nedbrytning og muliggjør effektiv pulverisering, men det krever spesiell trening for sikker håndtering.
I denne protokollen finnes et grindersystem for prøvesliping, fordi små prøver er vanskelige å gjenopprette fra standard mørtel og pestler. I dette tilfellet spredes små prøver som et fint pulver over mørteloverflaten, noe som gjør innsamling vanskelig. En annen fordel er at kvernen er motorisert, noe som gjør at flere prøver kan bearbeides på en reproduserbar måte og uten ekstra tretthet. En begrensning på bruken av en kvern er at størrelsen på prøven som må være liten (100 mg eller mindre) for at pestelen skal presses effektivt mot mørtel. Videre må kvernkomponentene varmes opp til romtemperatur mellom bruk for rengjøring g. Følgelig er prosedyren tidskrevende, og hvis mange prøver behandles daglig, er det mange sett nødvendig.
Et ytterligere kritisk trinn er fremstillingen av ekstraksjonsbufferen. Saltkonsentrasjonene, spesielt for urea (8 M) og tiourea (2 M), er ganske høye; Dermed er volumet av salt nesten halvparten av totalvolumet av løsningen. Videre er oppløsningen ikke lett, med tanke på at varme må unngås fordi urea ved mer enn 37 ° C kan føre til proteinkarbamylering ved N-terminaler av proteiner / peptider og ved sidekjede aminogruppene av lysin- og argininrester 17 . Når oppløsningen er oppløst, må ureabufferen filtreres med 0,22 μm filtre og kan lagres ved -80 ° C i 4 uker uten å påvirke utvinningsvirkningen, men den må varmes til over 15 ° C før bruk for å muliggjøre fullstendig oppløsning .
Modifikasjoner og feilsøking
I denne protokollen utføres proteinutvinning ved å bruke den beskrevne ureabufferen fordi den er en av de mest brukte proteinutvinningsløsninger for proteomiske studier på grunn av dets kompatibilitet med isoelektrofokusering og dens effektivitet ved oppløsningen av svakt oppløselige proteiner 18. Det har vært Viste at denne bufferen effektivt kan solubilisere sparsomt oppløselige proteiner, så som integrerte membranproteiner 19 eller proteiner som er svært utsatt for aggregering, slik som tubulin 18. Videre er denne bufferen fullt kompatibel med Bradford-analysen for å bestemme proteinkonsentrasjonen, og Den kan brukes direkte i 2-DE og væskefase-IEF-analyser.Imidlertid er denne bufferen ikke ideell for oppløsningen av alle proteiner som er tilstede i en prøve. Det er mulig at forskjellige ekstraksjonsbuffere kunne avsløre proteiner som ikke kan oppdages ved denne protokollen. For eksempel er det godt knoIdet ribosomale og nukleare proteiner kan ekstraheres ekstrakt med syreekstraksjon eller trikloreddiksyre / acetonutfelling 20 , mens alkaliske pH-nivåer er mer egnet for membranproteiner 21 , 22 . Derfor kan bruken av alternative buffere kreve ytterligere trinn for proteinutfelling for å eliminere salter som forstyrrer 2-DE eller væskefase-IEF.
Begrensninger av teknikken
Antallet proteiner identifisert ved denne protokollen er relativt lavt, men antall identifikasjoner og dekning av proteomanalysen kan ytterligere økes ved bruk av nyere instrumenter, hvis massenøyaktighet og sekvenseringshastighet har økt dramatisk de siste årene 23. Det er mulig å dekke en stor del av proteomet, uten noen prefraksjoneringstrinn, ved å anvende en lang gradient for flytende chRomatografiseparasjoner kombinert med et høyoppløselig MS-instrument som har en rask sekvenseringshastighet 24 .
Betydningen av teknikken med hensyn til eksisterende / alternative metoder
Evnen til å identifisere og kvantifisere proteiner i de menneskelige hjerteventiler, som mitralventilen, er en viktig og utfordrende oppgave som vil bidra til å belyse mekanismer for fysiologiske / patologiske prosesser i ventilsykdommer. Definere endringene i mitralventilproteomet vil øke forståelsen av naturen til de biologiske prosessene som er forbundet med sykdomstilstanden til vevet.
Den nåværende kunnskapen om mitralventilens fysiopatologi er begrenset og generelt oppnådd ved analyse av individuelle proteiner involvert i spesifikke prosesser, slik som ekstracellulær matrisemodellering, hemostase, betennelse eller oksidativt stress 25 9 , 10 .
Mangelen på omfattende proteomiske studier kan tilskrives kompleksiteten til dette lavcellulært vev som er svært rik på ekstracellulære matriksproteiner ( dvs. proteoglykaner, kollagen og elastin). Disse proteinene utgjør rundt 80% av den totale mengden, og hindrer analysen av lavmengdeproteiner 26 .
Således var det nødvendig å etablere en effektiv ekstraksjonsprotokoll for å maksimere proteinoppløseliggjøring for å beskrive proteomet av dette vevet. Denne protokollen tillot for ekstraksjon av ~ 50 μg protein fra 1 mg vev. Dette er et relativt lavt utbytte i forhold til "mykt" vev, slikSom lever (~ 135 μg fra 1 mg vev), men det er tilstrekkelig å utføre en proteinanalyse på individuelle prøver. Dette er spesielt relevant når man definerer den intra-individuelle variabiliteten til et fenomen.
Videre har denne metoden fordelen av å være kompatibel med mange analytiske applikasjoner. Mitralventilproteinene oppløst i den foreslåtte ekstraksjonsbufferen kan benyttes direkte til immunblotting og proteomanalyse basert på todimensjonal elektroforese og væskefaseisoelektroforese 11 , 12 eller etter proteinutfelling for å eliminere bufferkomponentinterferens for andre analyser, slik som Gel-fri massespektrometri 15 .
Ved anvendelse av denne ekstraksjonsprotokollen er det blitt oppnådd en mer uttømmende karakterisering av proteinkomponentene i normalt mitralventilvev ved identifisering av mange intracelLulære proteiner. Disse proteinene er lokalisert i cytosolen eller i organeller, ikke bare i den ekstracellulære matriksen, og har forskjellige molekylære og biologiske funksjoner. Andre interessante proteiner ( dvs. CryAB, septin-11, FHL-1 og dermatopontin) ble også identifisert. Disse proteinene har ukjente funksjoner i mitralventilen, men deres biologiske egenskaper antyder en mulig rolle i ventilsykdommer.
Fremtidige bruksområder eller retninger etter å ha behersket denne teknikken
Med denne protokollen er det mulig å korrelere data angående proteinuttrykk med data om kvantitativt mRNA-ekspresjon og ikke-kvantitative immunhistokjemiske analyser. Faktisk, når de brukes sammen, vil disse tilnærmingene føre til en mer omfattende forståelse av molekylære mekanismer som ligger til grunn for sykdommen, fra mRNA til post-translasjonell proteinmodifisering. Dermed kan denne metoden være av interesse for forskere fokusert på hjerteventil-fysiopatologi. FinAlliert, denne protokollen kan også påføres porcine-mitralventilen, som har en nær likhet med den menneskelige ventil 27 og brukes som en eksperimentell modell for ventilfunksjonsevaluering.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Forfatterne har ingenting å avsløre.
Acknowledgments
Det italienske helsedepartementet støttet denne studien (RC 2013-BIO 15). Vi takker Barbara Micheli for sin gode tekniske assistanse.
Materials
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Saline solution | 0.9 % NaCl | ||
Eurocollins A | SALF | 30874046 | Balanced organ's transport medium. Combine 400 mL of Eurocollins A with 100 mL Eurocollins B to obtain balanced medium Eurocollins |
Eurocollins B | SALF | 30874022 | Balanced organ's transport medium. Combine 400 mL of Eurocollins A with 100 mL Eurocollins B to obtain balanced medium Eurocollins |
Wisconsin | Bridge life | RM/N 4081 | Balanced organ's transport medium |
Biohazard vertical flow air | Burdinola | Class A GMP classification | |
Dewar Flask | Thermo Scientific | Nalgene 4150-1000 | |
Cryogrinder system | OPS diagnostics | CG 08-01 | Grinder system containing mortars, pestles and screwdriver |
Stainless steel forceps | |||
Stainless steel spatula | |||
Disposable sterile scalpel | Medisafe | MS-10 | |
Stainless steel scissors | Autoclavable | ||
Stainless steel picks | Autoclavable | ||
Disposable sterile drap | Mon&Tex | 3.307.08 | |
Sterilizing solution with isopropyl alcohol | 70% isopropyl alcohol | ||
Sterilizing solution with hydrogen peroxide | 6% hydrogen peroxide | ||
Micropipette, 1 mL, with tips | |||
15 mL centrifuge tubes | VWR international | 9278 | |
1.7 mL centrifuge tubes | VWR international | PIER90410 | |
Urea buffer | 8 M urea, 2 M thiourea, 4 % w/v CHAPS, 20 mM Trizma, 55 mM Dithiotreitol | ||
Urea | Sigma aldrich | U6504-1KG | To be used for Urea buffer |
Thiourea | Sigma aldrich | T8656 | To be used for Urea buffer |
CHAPS | Sigma aldrich | C3023-5GR | To be used for Urea buffer |
Dithiotreitol | Sigma aldrich | D0632-5G | To be used for Urea buffer |
Syringe 50 mL | PIC | To be used to filter Urea buffer | |
0.22 µm filter | Millipore | SLGP033RB | To be used to filter Urea buffer |
PFTE Pestle, 2 mL | Kartell | 6302 | Part of Potter-Elvehjem homogenizer |
Borosilicate glass mortar | Kartell | 6102 | Part of Potter-Elvehjem homogenizer |
Stirrer | VELP scientifica | Stirrer DLH | To be used for homogenization by Potter-Elvehjem |
Bradford Protein assay | Bio-Rad laboratories | 5000006 | |
Tube rotator | Pbi International | F205 | |
Liquid nitrogen | |||
Aluminum foil | |||
Ice | |||
Polystyrene box | |||
Dry ice | |||
Centrifuge | For centrifugation of 1.7 mL centrifuge tubes at 13,000 x g | ||
Freezer -80°C | |||
Precision balance | |||
Autoclave | For sterilization | ||
Cryogenic gloves for liquid nitrogen | |||
Gloves | |||
Professional forced ventilation and natural air convection oven | For sterilization | ||
Protease inhibitor cocktail | Sigma aldrich | P8340-5ML | 100X solution |
ProteoExtract Protein Precipitation Kit | Calbiochem | 539180 | |
RapiGest | Waters | 186001861 | |
Cytoscape | www.cytoscape.org | version 2.7 | Software platform for Gene Ontology analysis |
BiNGO | http://apps.cytoscape.org/apps/bingo | version 3.0.3 | Plugin for Gene ontology analysis |
AlphaB Crystallin/CRYAB Antibody | Novus Biologicals | NBP1-97494 | Mouse monoclonal antibody against CryAB |
Septin-11 Antibody | Novus Biologicals | NBP1-83824 | Rabbit polyclonal antibody against septin-11 |
FHL1 Antibody | Novus Biologicals | NBP-188745 | Rabbit polyclonal antibody against FHL-1 |
Dermatopontin Antibody | Novus Biologicals | NB110-68135 | Rabbit polyclonal antibody against dermatopontin |
Goat Anti mouse IgG HRP | Sigma aldrich | A4416-0.5ML | Secondary antibody for immunoblotting |
Goat Anti rabbit IgG HRP | Bio-Rad laboratories | 170-5046 | Secondary antibody for immunoblotting |
References
- Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2012).
- de Sousa Abreu, R., Penalva, L. O., Marcotte, E. M., Vogel, C. Global signatures of protein and mRNA expression levels. Mol Biosyst. 5 (12), 1512-1526 (2009).
- Hanash, S. Disease proteomics. Nature. 422 (6928), 226-232 (2003).
- Ahram, M., Petricoin, E. F. Proteomics Discovery of Disease Biomarkers. Biomark Insights. 3, 325-333 (2008).
- Chandramouli, K., Qian, P. Y. Proteomics: challenges, techniques and possibilities to overcome biological sample complexity. Hum Genomics Proteomics. 2009, (2009).
- Singleton, C. Recent advances in bioanalytical sample preparation for LC-MS analysis. Bioanalysis. 4 (9), 1123-1140 (2012).
- Williams, T. H., Jew, J. Y. Is the mitral valve passive flap theory overstated? An active valve is hypothesized. Med Hypotheses. 62 (4), 605-611 (2004).
- Rabkin, E., et al. Activated interstitial myofibroblasts express catabolic enzymes and mediate matrix remodeling in myxomatous heart valves. Circulation. 104 (21), 2525-2532 (2001).
- Martins Cde, O., et al. Distinct mitral valve proteomic profiles in rheumatic heart disease and myxomatous degeneration. Clin Med Insights Cardiol. 8, 79-86 (2014).
- Tan, H. T., et al. Unravelling the proteome of degenerative human mitral valves. Proteomics. 15 (17), 2934-2944 (2015).
- Banfi, C., et al. Proteome of platelets in patients with coronary artery disease. Exp Hematol. 38 (5), 341-350 (2010).
- Banfi, C., et al. Proteomic analysis of human low-density lipoprotein reveals the presence of prenylcysteine lyase, a hydrogen peroxide-generating enzyme. Proteomics. 9 (5), 1344-1352 (2009).
- Lowry, O. H., Rosebrough, N. J., Farr, A. L., Randall, R. J. Protein measurement with the Folin phenol reagent. J Biol Chem. 193 (1), 265-275 (1951).
- Banfi, C., et al. Very low density lipoprotein-mediated signal transduction and plasminogen activator inhibitor type 1 in cultured HepG2 cells. Circ Res. 85 (2), 208-217 (1999).
- Brioschi, M., et al. Normal human mitral valve proteome: A preliminary investigation by gel-based and gel-free proteomic approaches. Electrophoresis. 37 (20), 2633-2643 (2016).
- Brioschi, M., Lento, S., Tremoli, E., Banfi, C. Proteomic analysis of endothelial cell secretome: a means of studying the pleiotropic effects of Hmg-CoA reductase inhibitors. J Proteomics. 78, 346-361 (2013).
- Sun, S., Zhou, J. Y., Yang, W., Zhang, H. Inhibition of protein carbamylation in urea solution using ammonium-containing buffers. Anal Biochem. 446, 76-81 (2014).
- Rabilloud, T., Adessi, C., Giraudel, A., Lunardi, J. Improvement of the solubilization of proteins in two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients. Electrophoresis. 18 (3-4), 307-316 (1997).
- Santoni, V., Molloy, M., Rabilloud, T. Membrane proteins and proteomics: un amour impossible? Electrophoresis. 21 (6), 1054-1070 (2000).
- Shechter, D., Dormann, H. L., Allis, C. D., Hake, S. B. Extraction, purification and analysis of histones. Nat Protoc. 2 (6), 1445-1457 (2007).
- Fujiki, Y., Hubbard, A. L., Fowler, S., Lazarow, P. B. Isolation of intracellular membranes by means of sodium carbonate treatment: application to endoplasmic reticulum. J Cell Biol. 93 (1), 97-102 (1982).
- Gorg, A., Weiss, W., Dunn, M. J. Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics. Proteomics. 4 (12), 3665-3685 (2004).
- Mann, M., Kelleher, N. L. Precision proteomics: the case for high resolution and high mass accuracy. Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (47), 18132-18138 (2008).
- Thakur, S. S., et al. Deep and highly sensitive proteome coverage by LC-MS/MS without prefractionation. Mol Cell Proteomics. 10 (8), M110.003699 (2011).
- Loardi, C., et al. Biology of mitral valve prolapse: the harvest is big, but the workers are few. Int J Cardiol. 151 (2), 129-135 (2011).
- Schoen, F. J. Evolving concepts of cardiac valve dynamics: the continuum of development, functional structure, pathobiology, and tissue engineering. Circulation. 118 (18), 1864-1880 (2008).
- Lelovas, P. P., Kostomitsopoulos, N. G., Xanthos, T. T. A comparative anatomic and physiologic overview of the porcine heart. J Am Assoc Lab Anim Sci. 53 (5), 432-438 (2014).