Summary
在本议定书中, 我们描述了适当解剖拟南芥花和角果的技术, 一些基本的清洁技术, 以及对生殖结构的全装观察的染色程序。
Abstract
由于其强大的分子遗传学研究工具,拟南芥是植物生物学中最突出的模型物种之一, 尤其是植物繁殖生物学。然而, 植物形态学, 解剖和超微结构分析传统上涉及耗时的嵌入和切片程序, 明亮的领域, 扫描和电子显微镜。最近在共焦荧光显微术, 先进的3维计算机辅助显微分析和不断细化的分子技术, 用于微加工的全装标本, 已导致增加的需求开发高效、最小的样品处理技术。在本议定书中, 我们描述了正确解剖拟南芥花和角果的技术, 基本的清除技术, 以及对生殖结构进行整体观测的一些染色程序。
Introduction
花卉是被子植物最重要的定义器官之一。开花植物出现了一些90–130百万年前的1, 和多样化如此之快, 他们迅速的外观被描述为一个 "可恶的神秘" 由查尔斯·达尔文2。植物研究人员在花卉开发中的兴趣是多种多样的。一些研究集中于了解花的进化起源, 或特定的解剖, 结构和功能性质的发展花卉3,4,5,6.花卉形态和结构的高度变异, 以及依赖于它们的性和无性繁殖模式, 使花卉具有高度复杂的结构。这导致了不同的努力描绘花卉器官的解剖和结构特征, 使用光和电子显微技术, 可以结合基因和分子调查7。此外, 作为水果和种子的来源, 花卉对人类和动物的营养至关重要。因此, 花卉和果实发育的特征对应用研究有许多影响, 包括在不断变化的环境下为日益增长的人类人口和生态保护战略提供粮食保障8,9,10。
在拟南芥中的花发育始于花诱导和营养分生组织向花序 (花) 分生的转化。花分化在花序分枝11的侧面侧向展开。花器官分化从外到花的中心逐渐形成同心轮生, 最终发育成萼片、花瓣、雄蕊和心皮7。这些花器官在不同的植物种类履行独特的营养, 保护和功能 (例如, 授粉吸引力) 角色, 与性器官保持男性和女性配子体发育的发展,分别12,13. 依次, 配子体发育分别区分了一对雄性 (精子) 和雌性配子 (卵和中央细胞), 它们结合在双重受精形成下一代, 受精卵和初生胚乳, 一个终端组织支持开发胚胎14,15。果实和种子的发育支持胚胎的生长、成熟和保存, 最终它的扩散。已经进行了广泛的研究, 以描述不同植物种类的花和胚胎发育, 特别是模型物种拟南芥7,16,17。
早期显微分析花卉开发是基于耗时的样品处理和观察技术, 如石蜡或树脂嵌入和切片, 结合光或电子显微镜。这些传统的显微技术通常与分子遗传学研究相结合, 如突变体的显微分析, RNA 的局部化通过原位杂交, 或蛋白质的免疫检测。最近在广域和共焦荧光显微学, 在先进的3维计算机辅助图像分析, 和不断细化的分子方法, 可用于微加工的全装标本, 已导致需要高效、最小的样品处理技术, 优先于定量分析。近年来, 对全芒动物标本的清洁技术的发展取得了长足的进展。它们通过使用水性尿素或糖基试剂 (例如、刻度、SeeDB、立方)18、19、20或选择性地去除脂质 (使用洗涤剂 SDS), 使样品透明在稳定水凝胶中嵌入样品;脂质的去除可以通过被动扩散 (例如、修改的清晰度协议21、协议-边缘-轮辋22) 或通过电泳 (原始清晰度协议23和动作的24) 来实现。在这种快速进步的鼓舞下, 一些衍生技术也正在涌现, 用于植物。
在本方法中, 本文重点介绍了模型拟南芥, 我们描述了正确解剖花芽、花朵和幼角果的程序, 并对各种染色和观察程序的全贴装样品进行了清理, 使用经典或最新的基于 SDS 的结算方法。给出了淀粉、胼胝和染色质染色的例子。虽然这些程序可能需要进一步的改进和适应, 当与其他物种使用, 我们希望他们将为进一步研究这些简单但关键的方法, 这是许多研究项目的出发点。
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Protocol
1. 花和角果固定
- 从植物中收获的花朵和角果在第一朵花的开头同步。
注: 在这里使用的实验条件下, 植物开始开花大约21天后, 从 Murashige 和 Skoog (MS) 板块移植到土壤。种子被分层为3–4天在4°c 并且发芽或生长在 MS 板材在22°c/16 h 光和18°c/8 h 黑暗期间8到10天, 在被保留的盆栽下在营养丰富的土壤的幼苗在同样条件下 (图 1)。复制的数量取决于具体的研究目标, 但推荐每种治疗的至少5个花序 (从5个单独植物)。如果花是实验单位, 建议每复制至少10朵花。 - 剪切花序或花 (图 1E-H) 使用小剪刀 (如, 指甲剪刀), 并立即放置在一个离心管 (为单花序/花固定) 或圆锥管 (为集体固定)含有新鲜制成的 Carnoy, 甲醇/乙酸, 或 FPA50 护 (取决于应用, 见下文) 在冰上。
注: 样品应完全浸入固定液中。 - 将组织内的固定体保持在4小时至一夜4摄氏度。
注: 真空渗透可用于加快固定器的渗透到组织中, 但这可能会损害保存组织的结构。作者不实施真空渗透。 - 取出固定剂, 添加足够的70% 乙醇, 以覆盖样品, 并将其返回到4摄氏度至少24小时;示例可以无限期地保留在此解决方案中。除去乙醇后, 立即进行下一步;要么解剖, 要么是 SDS 清理。
2. 显微镜下的解剖
- 把新鲜的70% 乙醇放在一个手表制造商的玻璃上放置在一个小的培养皿支持。
-
将花序/花/角果放在这个刚制成的固定器上, 用镊子和注射器在显微镜下解剖。
- 使用手表制造商的玻璃或类似的设备, 允许样品完全覆盖乙醇 (推荐) 的解剖的花序, 并为撕裂分离开花器官成熟的花朵 (萼片, 花瓣, 雄蕊可以解剖在这个阶段) 避免样品干燥的风险。
-
在幻灯片上解剖角果和小花蕾, 如下所述。
- 将手表制造商的玻璃杯与预加工的样品放在一边, 并使用普通的幻灯片进行最后的解剖。
- 将感兴趣的样品移动到幻灯片上, 并添加10µL 新鲜70% 乙醇。迅速在最后的解剖和添加10µL 乙醇, 如有必要, 以保持样品湿润, 不过量的液体。
- 为从雄蕊释放花粉粒, 见步骤5.1。要解剖心皮和胚珠, 请按照图 2中描述的步骤操作。本程序适用于心皮形成发展的各个阶段, 包括绿色角果的发展阶段。
注: 如果有足够的乙醇结转, 请不要添加乙醇;在极小的液体中解剖非常小的样品要容易得多。在幻灯片上始终只保留感兴趣的器官 (萼片、花瓣、雄蕊、心皮、胚珠、种子或花粉粒)。该程序将确保幻灯片和盖玻片之间的均匀厚度, 对应于检查的器官的厚度, 导致更高的同质性, 从而提高显微检查的效率 (更高的目标标本数量在同一焦距平面上)。
- 使用一小片吸纸来吸收和去除尽可能多的乙醇。快速进入下一步骤 (3、4或6节), 然后样品干燥。
3. 以水合氯醛为基础的清洁和联合清除染色
注: 用 FPA50 固定材料获得水合氯醛净化效果最佳。
- 放置20µL 溶液 (水合氯醛/甘油, 改性霍耶的培养基, 先生的 4½, 或先生的 IKI-4½解决方案) 在试样轴承的幻灯片。使用一双注射器与传染性针, 根据需要定位标本, 减少他们之间的空间, 并翻转那些地方的利益机构面临向下。用针头除去剩余的气泡。
- 将盖玻片侧放, 轻轻地将其放置, 轻轻地按压, 然后等待清除解决方案填补之间的空间。如果需要, 添加最小的清除解决方案, 以填充盖玻片下的整个空间。
- 将幻灯片放在幻灯片持有者上, 并将其放在通风罩下。在至少4小时之后, 在接下来的第4-5 天进行显微观察。
4. 联合亚历山大染色和4½的花药清除
注: 原始的亚历山大协议是基于释放花粉颗粒在幻灯片染色前。一种高效、更翔实、改良的亚历山大染色和清除程序是成熟而非开裂花药中成熟花粉粒的染色。
- 选择新收获的花蕾, 即将开放与非开裂的花药。
注: 不要服用较年轻的花蕾, 因为亚历山大染色是为了成熟的花粉粒, 不能有效地染色未成熟的花粉粒。推荐从不同的植物和花序收获的每治疗至少5朵花。 - 准备一个96井板有足够的亚历山大的解决方案, 以淹没一个花蕾。通过去除萼片和花瓣来暴露花药, 并将它们浸入亚历山大的溶液中。把样品放在通风罩下 1–3 h。
- 用4½溶液代替亚历山大的溶液, 将多井板放回通风罩下过夜孵化。
- 使用镊子, 轻轻地将已清除的花蕾移到新的滑梯上。由于亚历山大的解决方案的一些结转可能会发生, 使用印迹纸尽可能地删除尽可能多的清除解决方案。
- 解剖雄蕊并取出所有其他组织。按照3节中的步骤使用4½解决方案。
5. 去除花粉颗粒中的花粉
注: 我们建议使用 Carnoy 的固定剂进行 DAPI 染色。
- 遵循1和2节所述的固定和解剖程序。到目前为止, 一个人应该有一个到许多雄蕊在幻灯片中的最低数量的70% 乙醇。
- 使用印迹纸去除过量的乙醇, 并添加5–10µL DAPI 溶液。使用两个注射器的针头, 释放花粉颗粒内的少量溶液 (例如, 使用一个注射器固定雄蕊和另一个释放花粉粒)。如果溶液干燥, 再添加5µL 的 DAPI。
- 去除雄蕊的所有碎片是一个关键的步骤, 只有花粉颗粒留在幻灯片和盖玻片之间。
- 将盖玻片放在试样轴承的滑动上, 将其横向降低, 并添加填充空间所需的最小 DAPI 溶液量。把食指放在盖玻片上, 不挤压太多就能快速、牢固、短滑运动。
注: 为了测量滑动运动的必要力和振幅, 应多次练习这一步骤, 每次显微镜下检查结果。 - 如果需要, 添加 DAPI 解决方案, 并将幻灯片放在一个潮湿的盒子在黑暗中的4°c 15 分钟到1小时. 在宽场荧光或共焦显微镜下观察样品在24小时内进行. 尝试将此过程与 SDS 清除相结合, 以检查是否进一步改善可以获得。
6. 月桂酸钠 (SDS) 清除
注: 根据要分析的花器官, 以及研究人员的技能解剖非常柔软和小标本, SDS 治疗可以进行前 (为有经验的研究员) 或解剖步骤后 (为经验较少研究人员) 对甲醇-乙酸固定材料。
- 使用手表制造商的玻璃, 凹滑梯, 或离心管在室温下过夜, 在 1% SDS 和 0.2 N 氢氧化钠溶液中孵育解剖或非解剖样品。
- 小心处理, 因为样品非常柔软, 外观透明。用清水冲洗几次。
注: 在添加染色溶液时, SDS 溶液的残余物可能导致沉淀,例如, 苯胺蓝。 - 对于非解剖样品, 按照2节所述的解剖程序, 使用水代替70% 乙醇。解剖所需的组织后, 清除任何残留物和碎片, 以及任何多余的水, 用印迹纸, 然后添加20–40µL 染色溶液, 并进行步骤6.5。
- 对于解剖样品, 小心地将样品从洗涤液中移出, 放到干净的滑梯上, 添加20–40µL 染色液。
- 轻轻地将盖玻片放在幻灯片上。注意不要把准备工作压扁。如果组织太软, 请在幻灯片和盖玻片的拐角处放置任何薄分隔符(例如、磁带或破碎的盖玻片), 在幻灯片和盖玻片之间留下一个腔室状的空间, 这样盖玻片就不会粉碎试样。
- 把所有的幻灯片放在潮湿的盒子里, 用铝箔盖住, 然后将它放在4摄氏度, 至少1小时. 在24小时内使用 widefield 荧光或共焦显微镜观察标本。
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Representative Results
拟南芥属于 Brassicacea 家族, 具有伞房花序(图 1) 中排列的两性花的花序。每朵花有四萼片, 四个花瓣, 六雄蕊 (四长和两个短), 和一个合心皮雌蕊由两个先天融合的心皮 (图1F-H) 安排在四同心螺纹 25, 26.拟南芥有 tenuinucellate, 胚珠胚珠排列在顶叶胎的两行 (每行中的12-20 胚珠) 内的每一个卵巢室 (总45–80胚珠) (未发布的数据, 并引用27,28,29,30). 为了对单个植物内或不同植物之间的花和胚胎发育进行健壮的比较分析 (如复制或处理), 最好使用第一开花作为参考 (图1B). 在这个阶段, 花序 (图 1E) 通常有20和30花芽横跨花发展的所有阶段, 并且在大致相似的阶段在其他个体 (未发表的数据)。花顶端 (形成在5和20之间花) 将由花序分生组织开始后, 第一朵花打开。前两朵花可能显示出生育缺陷, 因此, 不应纳入分析。
使用基于水合氯醛的清除解决方案31、32(包括4½清除解决方案33) 清除拟南芥花卉和花卉器官通常执行差异干扰对比 (DIC) 花、角果和胚胎发育的显微分析 (图 3A-J)。4½的解决方案被特别推荐用于分析雄蕊的发育, 以及需要更强的清除能力的器官。以水合氯醛为基础的溶液, 用于同时清洗和染色的双重目的;这是原始亚历山大的34和先生的 IKI-4½35,36解决方案的情况。亚历山大染色法广泛应用于拟南芥, 评价花粉流产。修改后的亚历山大染色程序37是对含有成熟花粉粒的整个花药进行染色。此过程需要使用4½解决方案 (图 3K-l) 后清除花药。在不同植物种类中使用的其他染色技术可以更好地估计花粉的生存能力 (例如, 使用荧光素二乙酸酯的 fluorochromatic 反应, 胼胝染色, 淀粉, DNA 和 RNA, 酶测试使用氧化还原染料)38,39,40。然而, 大多数这些技术评估花粉粒的一个特定方面, 可能不一定与花粉的生存能力, 重要的是花粉的肥力。对花粉萌发能力的评价, 以及它对施肥和设定种子的能力可能更准确3840。一个更少使用的清除染色程序是先生的 IKI-4½, 它结合了清洁和淀粉染色溶液。除淀粉染色 (图 4) 外, 只要需要更高的对比度 (例如、图 3A、e), 此过程可用于一般的清除目的。
金胺和 calcofluor 的组合用于许多植物物种 41, 同时染色花粉花粉和内壁 (图 5A)。大多数这些和其他化学染料不染色单个细胞成分, 因此, 应结合使用更直接的标记技术, 如 GUS 或荧光标记标记线, 抗体, 或就地杂交。它们还可能显示多个激发和发射光谱。相比之下, DAPI 更具体, 通常用于染色染色质和染色体传播42在减数分裂期间, 并遵循花粉发育43, 除了其多方面的应用作为一个 counterstain 的核。在这里, 我们展示如何增加染色强度, 以获得一个更详细的看法的染色质的精子和植物核通过机械地删除花粉 (图 5B-c)。尽管这项技术对那些有兴趣对染色质、染色体和核结构进行详细分析的人很有帮助, 但花粉的机械去除可能会影响花粉粒的组织, 因此结果应解释与关心。
大多数这些荧光染料在没有事先清除组织的情况下使用;但在某些情况下, 它们与基于水合氯醛的清洁在幻灯片44上是兼容的。SDS 清理最近被用作动物和植物研究中的清除试剂, 并被证明与不同的染色程序 widefield 荧光和共焦显微镜 (mPS-PI45在植物中, 和清晰度23,协定22或行为-在动物中的24 )。在苯胺蓝染色之前使用 SDS-氢氧化钠清除 (图 5DH), 我们成功地获得了对内部组织的更高的可访问性, 以及对花卉组织内胼胝的更好的染色 (图 5IL)。calcofluor 获得了类似的结果 (未显示数据)。
图 1:拟南芥植物和花朵的照片.(-d)拟南芥植物在生命周期的不同阶段: 在锚栓之前 (A), 在第一花开头 (B), 与主要和少数二次花序 (C) 和在开花结束 (D)。(E) 在不同发育阶段、成熟的 acropetally 中, 拟南芥花序的典型伞房花序。(F H)在花期的一个拟南芥花, 说明自授粉 (雄蕊接触的耻辱和释放花粉粒)。图形 E H是36、53、42和32图片的焦点堆栈, 分别使用软件工具 (例如、螺旋焦点) 进行组装。f-h表示在h中移除一个萼片、两个花瓣和一个短雄蕊的同一朵花。请单击此处查看此图的较大版本.
图 2: 如何解剖雌蕊和胚珠.(1-3) 将雌蕊放在一张幻灯片上, 其最小量为70% 乙醇, 并将指针放在绘图中所描述的位置。按照红色箭头指示的方向进行切割1-3。使用针与开放面对向上和远离胚珠为削减2-3。(4-6) 按所示旋转心皮形成180度, 并使切口4-6 类似于前三个切口。(7) 卸下阀门: 使用针与开口朝下向下, 将其置于胚珠下方, 并沿阀门边缘快速向右滑动针。对于更大的心皮 (花期和向前), 或与一些解剖专长, 你可以取代这一步, 重复步骤2和5在另一侧的心皮形成。(8-9) 去除柱头样式和花序梗与锋利的切口使用针与它的开口侧身和离胚珠。(10) 在两个极端之一的传输组织水平上作出尖锐的小切口。(11) 使用镊子和针将两个半部分分开。(12) 使用镊子和针, 轻轻翻转一排胚珠以获得两个平行行。或者, 将两行垂直放置在上面的假隔膜上, 沿着假隔膜轻轻向下推, 将两个胚珠行伸展到两边。两个扁平但仍然附着的胚珠行后, 清除和染色与 IKI-4½的解决方案被显示为一个例证的解剖结果。缩放条 = 80 µm请单击此处查看此图的较大版本.
图 3: 在花发育过程中以水合氯醛为基础的清洁或不染色.(A) 年轻的花蕾。(B E)雄蕊发育与小孢子母细胞在胞质分裂(B), tetrads 孢子(C), 花粉有丝分裂 I(D) 和 tricellular 花粉五谷(E)。(F J)雌蕊在减数分裂前 (F和G) 和减数分裂前期 I (H) 中含有大孢子母细胞 (箭头) 的胚珠, 具有双核酞胚囊 (箭头)(I) 和受精(J)。注意在J中胚珠的珠孔端区域内的花粉管 (箭头) 的痕迹。(k-l)改良的亚历山大染色的花药完全 (K) 或减少花粉的活力, 由于热应激 (L)。注意在室拟南芥野生型 Col-0 加入中, 花药中的流产花粉颗粒的空细胞质和不规则形状。清除或染色: 先生的4½为B D和F J, IKI-4½的和 E和修改亚历山大染色K L。刻度条 = 10 µm.请单击此处查看此图的较大版本.
图 4: 花和早期种子发育过程中的淀粉动力学.具有代表性的结果说明了花卉发育过程中的动态淀粉周转。(-c)第三波淀粉 amylogenesis/分解淀粉在雄蕊发育的最后阶段, 最近描述的 39.(D-G)bicellular 期 amylogenesis 花粉粒中独特的淀粉波的代表性结果。(h-N)在大孢子母细胞阶段 (H), 在发育雌配子体发育 (I-K) 和早期种子发育期间淀粉动力学的代表性结果(在 L 受精以后, 双核胚乳在 M和 octant 胚胎阶段N)。拟南芥野生型 Col-0 加入。刻度条 = 20 µm.请单击此处查看此图的较大版本.
图 5: 荧光显微镜的一些经典染色程序和 SDS 清除效果.(A) 在花粉成熟期间 Calcofluor 金胺染色, 内壁染蓝 (Calcofluor) 和花粉强烈绿色 (金胺)。(B-c)机械去除 tricellular 花粉颗粒的花粉和 DAPI 染色。(d-H)前花序的代表性图片 (D, 从固定的恢复) 和在 SDS 清除之后 (E H)。注意允许观察花序茎 (G) 和花芽花序梗 (H) 内血管的组织的透明度。(I-J)苯胺蓝染色的胼胝在孢子在四阶段内的雄蕊。比较非 sds 清除花药 (I) 和 sds 清除花药 (J) 之间染色的清晰度和强度。(K) 在花粉有丝分裂过程中, 用孢子清除和苯胺蓝染色的花药 i. 注意在这两个室的这个阶段, 许多花粉颗粒的同步性。(L) 受精后的 SDS 清除和苯胺蓝染色胚珠。注意胼胝在花粉管和种子大衣的遗骸中染色。拟南芥野生型 Col-0 加入。刻度条 = 20 µm (A-C, I L);1毫米 (D H)。请单击此处查看此图的较大版本.
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Discussion
在整个花发育阶段, 在拟南芥的单个花序内存在许多花芽, 这为旨在表征治疗效果或发育特征的研究提供了独特的机会。同时跨越不同阶段的花卉发展。一个好参考点在不同的各自的植物之间是开头第一朵花的主要花序。植物被对待以这样方式开花是尽可能同步的 (例如, 3–4天分层在4°c 最大化同步种子发芽并且因而更加甚而开花), 并且只有在同一天打开第一朵花的植物是在处理和复制之间分配的批次;连续几天准备好的批次可以用来复制实验。在这一过程中, 可以进行更健壮的比较分析, 控制环境和植物之间的发展变化。
结合卢戈液的污渍与先生的清除解决方案, 使我们不仅可以改善与经典的清除解决方案相比, 清除样品的对比, 但也描述淀粉动态在花和胚胎发育, 最近报告的拟南芥46. 利用这一简单的过程, 我们能够解开新的淀粉 amylogenesis 分解淀粉在花药发育过程中的存在, 并将淀粉动力学与蛋白质的基因表达的全球变化相关在糖和淀粉的新陈代谢。分析表明, GPT6 是从细胞质到淀粉体淀粉合成中转运体的糖磷酸酯。在不同组织中淀粉动力学的详细结果打开了描述淀粉代谢中其他重要基因的可能性, 并解决了关于植物发育研究较少但重要阶段的悬而未决的问题。碘基淀粉染色不定量, 应辅以其他方法46。
在过去的几年中, 特别是在动物领域, 研究寻找与荧光显微镜兼容的改进的清除程序的调查已经加强。虽然植物研究领域落后, 并且清除很大程度上依赖于传统的 DIC 分析解决方案 (例如, 以水合氯醛为基础的溶液, 苯甲酸苄酯, 邻苯二丁酯和水杨酸甲基)31 ,33,47,48, 由于在动物领域取得的快速进展而受到鼓舞, 一些类似的技术正在出现, 使用尿素-(例如, ClearSee49和其他50), 和22 '-基于 thiodiethanol 的清除过程51,52。在这里, 我们表明, 使用 SDS 洗涤剂与氢氧化钠结合, 使组织透明, 并改善一些经典荧光染色程序, 如苯胺蓝胼胝和 calcofluor 纤维素。基于这些有希望的结果, 在不久的将来, 在植物领域, 可预期在基于 SDS 的选择性去除脂质方面取得类似进展。由于植物细胞在动物细胞中缺乏刚性细胞壁, 所以事先在水凝胶中嵌入可能没有必要, 就像动物组织的情况一样。在基因标记线中使用的其他荧光染料和显影可以用这个清除过程来测定。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
这项工作得到了苏黎世大学的支持, IEF. 居里夫人 (格兰特。TransEpigen-254797 对回历), 欧洲研究理事会的高级赠款 (授予 no。MEDEA-250358 到 U.G.), 和一个研究和技术开发项目 (赠款 MecanX U.G.) SystemsX.ch, 瑞士倡议在系统生物学。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Reagents and Materials | |||
| Ethanol | Scharlau | ET00102500 | |
| Acetic Acid | Applichem | A3686,2500 | 100% Molecular biology grade |
| Glacial Acetic Acid | Sigma-Aldrich | 320099 | Molecular Biology Grade |
| Methanol | Scharlau | ME03062500 | |
| Formaldehyde Solution | Sigma-Aldrich | F1635 | |
| Propionic acid | Sigma-Aldrich | 81910-250 ml | |
| Chloral hydrate | Sigma-Aldrich | 15307 | |
| Glycerol | Roth | 3783.1 | |
| Gum arabic | Fluka | 51198 | |
| Lactic acid | Fluka | 69773 | |
| Phenol | Sigma-Aldrich | 77607-250ML | We used liquid phenol (use the density to find the required volume for your solution) |
| Clove oil | Sigma-Aldrich | C8392-100ML | |
| Xylene | Roth | 4436.1 | |
| Iodine | Fluka | 57665 | |
| Potassium iodide | Merck | 5043 | |
| Malachite Green | Fluka | 63160 | |
| Fuchsin acid | Fluka | 84600 | |
| Orange G | Sigma | 7252 | |
| Sodium Dodecyl Sulfate | Sigma-Aldrich | L3771 | Molecular Biology Grade |
| Sodium hydroxide | Sigma-Aldrich | 71690 | |
| Sodium di-Hydrogen Phosphate | Applichem | A1047,1000 | |
| Sodium phosphate dibasic | Sigma-Aldrich | S9763-1KG | |
| Potassium phosphate | Sigma-Aldrich | 04347 | |
| EDTA | Applichem | A2937,1000 | |
| Calcofluor | Sigma | F6259 | Fluorescent brightener 28 |
| Auramine | Chroma | 10120 | |
| DAPI | Sigma | D9542 | toxic |
| Triton-X-100 | Sigma | T8787 | |
| Aniline blue | Merck | 1275 | |
| MS medium | Carolina | 19-57030 | |
| Nutrient-rich substrate | Einheitserde | ED73 | |
| Watch maker's glass | No specific brand | ||
| 15 ml falcon centrifuge tubes | VWR | 62406-200 | |
| Dumond Forceps | Actimed | 0208-5SPSF-PS | |
| Forceps | DUMONT BIOLOGY | 0108-5 | |
| Syringe | BD | BD Plastipak 300013 | 1 ml |
| Preparation needle | BD | BD Microlance 304000 | |
| Microscope slides | Thermo Scientific | 10143562CE | cut edges |
| Coverslips | Thermo Scientific | DV40008 | |
| Humid box | A plastic box with damp paper towel and slide supports inside | ||
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Solutions | |||
| Fixatives | |||
| Carnoy's (Farmer's) fixative | Absolute ethanol : glacial acetic acid, 3:1 (ml:ml) | ||
| Methanol/acetic acid fixative | 50 % (v/v) methanol, 10 % (v/v) glacial acetic acid in deionized water | ||
| FPA50 fixative | Formalin, propionic acid, 50% ethanol; 5:5:90 (ml:ml:ml) | ||
| Clearing solutions | |||
| Chloral hydrate/glycerol | Chloral hydrate : glycerol : water, 8:1:2 (g:ml:ml). Can be used for all flower developmental stages and for silique development with DIC microscopy. The best fixative is the formaline based FPA50 | ||
| Modified Hoyer | Gum arabic 7.5 g, chloral hydrate 100 g, glycerol 5 ml , water 30 ml. Can be used for all flower developmental stages and for silique development with DIC microscopy. The best fixative is the formaline based FPA50 | ||
| Herr's 4½ clearing fluid | Lactic acid, chloral hydrate, phenol crystals, clove oil, xylene; 2:2:2:2:1, by weight. Can be used for all flower developmental stages (especially for stamen development) and for silique development with DIC microscopy. The best fixative is the formaline based FPA50 | ||
| SDS/NaOH solution | Mix-dilute the the SDS and the NaOH stock solution to 1% SDS / 0.2 N NaOH (10x dilution). For all stages of flower and silique developmental stages. The best fixative is the methano/acetic acid fixative; the other two fixatives can also be used. Can be combined with calcofluor, auramine, DAPI, and aniline blue staining solution. | ||
| SDS stock solution | 10 % (w/v) sodium dodecyl sulphate. Dissolve 10 g sodium dodecyl sulphate in 80 ml deionized water and make up to 100 ml with deionized water. | ||
| NaOH stock solution | 2 N NaOH solution: dissolve 4 g of NaOH in 40 ml of deionized water and make up to 100 ml with deionized water | ||
| Combined clearing and staining solutions | |||
| Herr's IKI-4½ | To a standard 4½ (9 g in total) add: 100 mg iodine, 500 mg potassium iodide. This clearing solution can be used for all flower developmental stages and for silique development, either for increasing contrast or for characterizing starch dynamics. Use FPA50 for structural analysis and Carnoy's fixative for quantitative starch analysis. | ||
| Alexander staining | Ethanol 95% 10ml, malachite green (1% in 95% EtOH) 1 ml, fuchsin acid (1% in ddH2O) 5ml, orange G (1% in ddH2O) 0.5ml, phenol 5g, chloral hydrate 5g, glacial acetic acid 2ml, glycerol 25ml . This clearing/staining alone or in combination with Herr's 4½ solution can be used to evaluate pollen abortion in flowers with mature and tricellular pollen grains. It's used on freshly harved non-fixed material. | ||
| Staining solutions | |||
| Calcofluor solution | Calcofluor 0.007% in water (g:ml). Originally used as an optical brightner. Can be used for staining cellulose, carboxylated polysaccharides and callose in cell walls. Frequently used to stain the intine of the pollen grain. All three fixatives can be used with this solution. | ||
| Auramine solution | Auramine 0.01% in water (g:ml). This lipophilic fluorscent dye can be used for staining cuticles, cutin, and exine among others. All three fixatives can be used with this solution | ||
| Calcofluor-Auramine mixture | Auramine solution : Calcofluor solution, 3:1. Can be used for a combined staining by both solutions. Other proportions can be assayed maintaining a smaller proportion of calcofluor with respect to auramine. | ||
| DAPI solution | DAPI 0.4 ug/ml, 0.1 M sodium phosphate buffer (pH 7), 0.1% Triton-X-100, 1 mM EDTA. This solution can be used for staining chromosome spreads during male and female meiosis, and cell nuclei of any tissue. Frequently used for studying pollen grain development. Carnoy's and methanol/ acetic acid are the best fixatives for this solution. Formaldehyde-based fixatives such as FPA50 may interfere with the staining. Excitation in the UV and maximum emission around 461 nm. | ||
| Sodium phosphate buffer (0.1 M) | Proton receptor: 0.2 M Na2HPO4, proton donor: 0.2 M NaH2PO4, ratio proton donor / proton receptor: 1.364 ( for a pH 7) | ||
| Aniline blue solution | 0.1% (w/v) aniline blue, 108 mM K3PO4 (pH 11), 2% glycerol. This solution can be used for staining callose and cellulose of many stages of development (e.g callose deposition in male and female terads, callose plugs in pollen tubes). Excitation in the UV and maximum emission around 455. It can also be excited at 514 nm with emission in the red for cell content staining. |
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