Summary
Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.
Abstract
Peptoids sıra tarafından denetlenen peptit taklit eden reaksiyonlar N alkylated glisin birimlerinin oluşan vardır. Birçok potansiyel uygulamalar arasında peptoids, moleküler bilgi depolama türü düşünülmüştür. Kütle spektrometresi analiz yönteminin seçimi için sıralama peptoids olarak kabul edilmiştir. Peptoids yolu ile yinelenen bir iki aşamalı reaksiyon döngüsü kullanılarak katı faz kimya sentez. Burada el ile oligo-peptoids sentez ve tandem kütle spektrometresi (MS/MS) yöntemlerle peptoids dizisini analiz etmek için bir yöntem mevcut. Örnek peptoid N-(2-methyloxyethyl) glisin (Nme) ve N-(2-Feniletil) glisin (Npe) yanı sıra bir N-(2-aminoethyl) glisin (Nae) N-terminus adlı alternatif oluşan bir nonamer var. Peptoid dizi formülü Ac asetil grup nerede Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2' dir. Sentez bir piyasada bulunan katı faz yanıtı gemi içinde yer alır. Pisti Amid reçine sağlam destek C-terminus adlı bir Amid grubu ile peptoid verim için kullanılır. Peptoid çarpım dizi analizi bir electrospray iyonlaşma kaynağına birleştiğinde bir triple quadrupole Kütle Spektrometre kullanılarak tabi tutulur. MS/MS ölçüm parçası iyonları şarj edilmiş peptoid ayrılma kaynaklanan bir spektrum üretir. Parça iyonları onların kitle ücret oranı (m/z) değerlere göre sıralanır. M/z değerleri parçası iyonlar karşı teorik olarak tahmin edilen parça iyonlar, kitleler nominal peptoid parçalanma şemasına göre karşılaştırılır. Analiz şarj edilmiş peptoid bir parçalanma desen oluşturur. Parçalanma desen tarafsız peptoid monomer dizi ilişkilidir. Bu bağlamda, MS analizi peptoids sırası bilgi okur.
Introduction
Peptoids bir sıra kontrollü polimerler peptidler yapısını taklit omurga yapıları ile sınıfıdır. Peptoids çeşitli aminler, peptoids son derece ayarlanabilir özellikleri1,2sergilemek sağlayan sentez. Peptoids moleküler modelleri olarak terapötik ajanlar kabul ve ligandlar proteinler3,4,5,6olarak tasarlanmış biyofiziksel araştırma için kullanılmaktadır. Peptoids anti-fouling ve antikor mimetic malzemeleri, antimikrobiyal ajanlar ve enzim inhibitörleri7,8,9gibi biyolojik olarak aktif bileşikler çeşitli içine geliştirilmiştir. Son derece düzenli ve akort doğa ile peptoids Ayrıca, moleküler bilgi depolama10bir türü olarak düşünülmüştür. Bu farklı uygulamaların keşfi sırası karakterize etmek için verimli analitik yöntem geliştirme ve peptoids yapısı için çağırır. Tandem kütle spektrometresi tabanlı teknikleri söz peptoids11,12,13de dahil olmak üzere polimerler, sıra kontrollü sıra özelliklerini analiz etmek için seçtiğiniz yöntemi olarak göstermiştir, 14,15. Ancak, sistematik çalışmalar kaynaklanan peptoid iyon parçalanma desenleri birleştiriliyor kütle spektrometresi çalışmaları ve peptoids yapısal bilgi çok sınırlıdır.
Peptoids kolayca bir katı faz yöntemiyle sentez. İyi gelişmiş yöntem bir yineleme bir iki adım monomer ek döngüsü16,17içerir. Her ek döngüsünde bir reçine bağlı Amin haloacetic asit (genellikle Bromoasetik asit, BMA) tarafından acetylated ve bu birincil Amin ile yer değiştirme reaksiyonu tarafından takip ediyor. Her ne kadar otomatik sentez protokolleri peptoid sentezi için rutin olarak uygulanan, peptoids el ile mükemmel verimleri bir standart Kimya Laboratuvarı16,18,19, ile sentezlenmiş 20.
Laboratuarımızın manuel peptoid sentez yöntemi kabul ve varolan yöntemleri kullanılan aparat Basitleştirilmiş. Daha önce bir dizi kullanarak MS/MS teknikleri21,22,23peptoids parçalanma şekillerinin inceledik. Onlar çarpışma kaynaklı ayrılma (CID)21,23 için tabi olan veya elektron-ayrılma (ECD)22 deneyler yakalama peptoids karakteristik fragmentations üretmek bizim sonuçlar gösterir. Bu makalede, biz nasıl oligo-peptoids standart kimya laboratuarında sentez, nasıl bir triple quadrupole Kütle Spektrometre kullanılarak CID deneyler ve spektral verileri çözümlemek nasıl göstermek. Sentez ve karakterize için peptoid N-terminal asetilasyon ve C-terminal amidation, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2ile bir nonamer var. Peptoid yapısı şekil 1' de gösterilen.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. Peptoid sentezi
Not: Bir sentez reçine şişme ve koruma grubunu kaldırarak reçine etkinleştirme ile başlar. Bu yinelenen monomer ek döngüler aracılığıyla reçine üzerine peptoid zinciri büyüyen tarafından takip ediyor. Reçine birleştiğinde ilk monomer C-terminal kalıntı olduğunu. Peptoid C-terminus N-terminus için uzamış. İstenen peptoid sıra elde sonra reçine kapalı i ciddi ve peptoid ürün arıtılmış.
- Reaktifler hazırlanması
Not: Bir micropipette kullanarak sıvı reaktifler ölçülür ve katı reaktifler bir analitik denge kullanılarak ölçülür.- N, N 6.2 mL karışımı '-diisopropylcarbodiimide (DIC) ve 43.8 mL n, N-dimethylformamide (DMF) 0, 8 M DIC/DMF çözüm hazırlamak için.
- BMA 5.56 g 0.8 M BMA/DMF çözüm hazırlamak için DMF 50.0 mL içine geçiyoruz.
- 2 mL Piperodin (PIP) ve % 20 Pip/DMF çözümü elde etmek DMF 8 mL karıştırın.
- Npe 1,9 mL 1.0 ulaşmak için DMF 13.1 mL içine dissolve M Npe/DMF.
- Nme 1.3 mL 13,7 mL DMF 1.0 ulaşmak için içine dissolve M Nme/DMF.
- Nae 0,32 mL DMF 1.0 ulaşmak için 2 mL içine dissolve M Nae/DMF.
Dikkat: Sentezinde kullanılan kimyasalların tehlikeli çoğu. Trifluoroacetic asit (TFA), DIC, Pip ve BMA cilt, gözleri ve solunum yolu tehlikeli. DMF ve diklorometan (DCM) kanserojen şüphelisiniz. Bütün tepkiler-meli var olmak kılınmak duman kukuIeta ve uygun kişisel koruyucu ekipman kullanılmalıdır. Malzeme güvenlik veri sayfaları (MSDS) sentezinde kullanılan tüm kimyasalların kontrol edin.
- Reçine etkinleştirme
- Rink Amid reçine (reçine, 0,56 mmol/g yükleme 0,047 mmol) 84 mg ölçmek ve 10 mL polipropilen katı faz yanıtı gemi ekleyin. Pistonu geminin yerleştirin.
- DMF 2 mL tepki taşıyıcıyı ekleyin ve gemi ile bir basınçlı kap kap. Bir shaker taşıyıcıyı yerleştirin ve kapağı kaldırma ve reaksiyon teknesinin pistonu iterek gemi atık bir kapsayıcı hareket yaklaşık 12 derece ve 385 salınımlarını/dk 30 dk. drenaj çözüm için bir açıyla oda sıcaklığında kışkırtmak.
- Gemi 2 mL % 20 Pip/DMF çözeltisi ekleyin ve gemi kap. Shaker 2 min için üzerinde tahrik ve drenaj atık konteyner çözüm.
- Gemi 2 mL % 20 Pip/DMF çözeltisi ekleyin, gemi, kap ve kap, oda sıcaklığında 12 dk. Kaldır için kışkırtmak ve drenaj atık konteyner çözüm.
- DMF gemi, kapatma, 1 mL ekleyerek reçine yıkama ve gemi Tantanacı 1 dk. kapağını çıkarın ve pistonu iterek çözüm drenaj. Reçine ile DMF için 4 ek kez yıkayın.
- Monomer toplama ve N-terminal asetilasyon
Not: Her monomer ek döngüsü iki reaksiyon adımları, bromoacetylation ve yer değiştirme içerir.- Form Nme-reçine ilk monomer ek döngüsüne yerine getirir.
- Bromoacetylation reaksiyon gerçekleştirin. 1 mL 0.8 M BMA/DMF çözüm ve 0.8 M DIC/DMF çözüm bir ölçek 1 mL karıştırın. Karışım reçine içeren bir reaksiyon gemi aktarmak ve gemi kap. Taşıyıcıyı shaker yerleştirin ve kapağı, oda sıcaklığında 20 dk. Kaldır için kışkırtmak ve atık konteyner çözüm drenaj.
- DMF 1 mL ekleyerek, gemi kapatma, 1 dk. için Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine DCM 1 mL ekleme, 1 dk. için gemi Tantanacı ve çözüm boşaltma yıkayın. Bir kez daha reçine DCM ile yıkama ve sonra iki kez DMF ile yıkayın.
- Bir yer değiştirme reaksiyonu gerçekleştirmek. 1 mL 1.0 M Nme/DMF çözeltisi ekleyin, gemi kap, gemi 60 dk. Kaldır için oda sıcaklığında kap kışkırtmak ve pistonu iterek çözüm drenaj.
- 1 mL DMF ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine 1 ml DCM, 1 dk. için ajitasyon çizim ve çözüm boşaltılmasına yıkayın. DMF ile iki kez yıkayarak takip DCM bir kez daha, yıkayın.
- Monomer ek döngüsü 1.3.2-1.3.5 Nae-(Npe-Nme)4oluşturmak için adımları yineleyin-reçine. Yer değiştirme reaksiyonu (1.3.4) adım yinelenen peptoid sırasına göre belirli Amin çözüm kullanın.
Not: Peptoid zinciri için reçine bağlı C-terminal kalıntı ile N-terminus için C-terminus elongated. - Ac-Nae-(Npe-Nme)4oluşturmak için N-terminal asetilasyon gerçekleştirmek-reçine.
- Mix 92 µL of asetik anhidrit, N, N-diisopropylethylamine (DIPEA) ve 2 mL DMF bir ölçek yaklaşık 2 mL asetilasyon kokteyl yapmak için 43,5 µL.
- Asetilasyon kokteyl 2 mL reçine içeren kap ekleyin, gemi kap ve 60 dk. kapağını çıkarın ve pistonu iterek çözüm drenaj için oda sıcaklığında kışkırtmak.
- DMF 1 mL ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine DCM 1 mL ekleme, 1 dk. için gemi Tantanacı ve çözüm boşaltma yıkayın. Tekrar yıkama reçine DCM ile bir kez daha, sonra yıkayın DMF ile iki kez daha.
- DCM 1 mL ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Yıkama DCM ile iki kez tekrarlayın. Kapağını çıkarın ve izin reçine kuruması tepki gemi 10 dk içinde.
- Bölünme ve arıtma
- 3.8 mL, TFA, triisopropylsilane (ipuçları) 100 µL ve HPLC sınıf H2O bir ölçek 100 µL 4 mL dekolte kokteyl yapmak için karıştırın.
- 4 mL taze bölünme reçine içeren gemi kokteyl yapılmış eklemek, gemi kap ve 2 h için oda sıcaklığında kışkırtmak.
- Kapağını çıkarın ve filtrate çözüm bir 50 mL polipropilen santrifüj tüpüne toplamak. TFA 1 mL gemi ekleyin, o kap ve 1 dk. toplamak filtrate çözüm aynı santrifüj tüpü içine kışkırtmak.
- TFA yaklaşık 1 mL viskoz çözüm terk edene kadar azot gazı akışında hafifçe esen buharlaşır.
- 15 mL Dietil eter kalan ekleyin, santrifüj tüpü kap ve bir gecede 2 h için-20 ° C dondurucuda kuluçkaya. Ham peptoid gibi beyaz katı precipitates.
- Bir santrifüj 4,427 x g 10 dk. Kaldır kullanarak katı santrifüj tüpü kap cips ve Dietil eter bir ölçek dikkatle katı kaybetmeden dikkatle boşaltmak.
Dikkat: yanıcı organik çözücü Dietil eter var. Dietil eter güvenli santrifüj kullanınız. - Tüp kapatma ve santrifüje yerleştirerek buz gibi Dietil eter 10 mL santrifüj ekleyerek katı tüp katı içeren yıkama. Santrifüjü 4,427 x g, 10 dk santrifüj santrifüj tüp ve Dietil eter bir ölçek dikkatle katı kaybetmeden dikkatle boşaltmak Kaldır gerçekleştirir.
- Katı azot gazı akışında hafifçe esen kuru.
- Kurutulmuş katı çözülmeye HPLC sınıf H2O 10 mL ekleyin. Naylon şırınga filtrenin gözenek boyutu 0,45 µm ile çözüm geçmesine ve filtrate önceden ağırlıklı 50 mL polipropilen santrifüj tüpüne toplamak.
- Kabuk yerleştirip santrifüj tüpü içeren bir 12-ons, Çift yığılmış genişletilmiş polistiren bardak 1/3 peptoid çözüm sıvı azot ile dolu döner çözüm dondur. Donmuş çözüm gecede katı peptoid vermeye lyophilize.
- Katı peptoid HPLC sınıf H2O 10 mL çözülerek lyophilization bir kez daha tekrarlıyorum, kabuk sıvı azot içinde buz gibi ve bir gecede lyophilizing. Elde edilen peptoid kütle spektrometresi tarafından dizi analizi için yeterince saf.
2. MS ölçümleri ve dizi analizi
Not: MS/MS deney bir electrospray iyonlaşma (ESI) kaynağına birleştiğinde bir triple quadrupole Kütle Spektrometre içinde gerçekleştirilir. Veri toplama araç ile birlikte veri toplama yazılımı kullanılarak denetlenir. 1) tam tarama kütle spektrometresi deneme gerçekleştirme genel yordamı içerir ve kütle spektrumu kayıt, deneme 2) gerçekleştirme CID MS/MS MS/MS spektrum kayıt ve 3) MS/MS spektral verileri teorik ile karşılaştırma parçalanma düzeni tahmin dayalı peptoid yapısal özelliği.
- Örnek çözüm hazırlanması
- 1.0-2.0 mg katı peptoid 3-5 mL cam şişe içinde dışarı tartın. Peptoid çözülmeye karışık 1 mL çözücü Asetonitril ve su (ACN/H2O, 1:1, v/v) ekleyin. Bu yaklaşık 10-3 M bir konsantrasyon ile hisse senedi örnek çözümü sağlar.
- Hisse senedi çözüm 20 µL 1,5 mL santrifüj tüpüne nakletmek ve yaklaşık 10-5 M seyreltilmiş örnek çözeltisi vermeye ACN/H2O karışık 1 mL çözücü eklemek.
- Başka bir 1,5 mL santrifüj çözüm üst kısmı yaklaşık 700 µL 3 dk. aktarmak için aralıklarla 4,427 x g de gerçekleştirerek seyreltilmiş örnek çözüm herhangi bir olası erimeyen parçacıklar tüp peptoid MS çalışma çözümü ile yapmak için Kaldır yaklaşık 10-5 M konsantrasyon.
- Kütle spektrometresi ölçümler sırasında gözlenen sinyal yoğunluğu dayalı MS çalışma çözüm konsantrasyonu ayarlayın.
- Örnek çözüm 0.20 µm şırınga filtreden geçmek ve filtrate çalışan çözüm yaklaşık 10-5 MS peptoid yapmak bir 1,5 mL santrifüj tüpüne toplamak mümkün herhangi bir erimeyen parçacıklar seyreltilmiş örnek çözümü kaldırmak için alternatif bir yol olduğunu M.
- Kitle spectra kayıt
- ACN/H2O (1:1, v/v) karışık solvent electrospray iyonlaşma (ESI) kaynak aracılığıyla çalıştırın ve standart bir pozitif iyon araç, tam tarama kütle spektrometresi modu bir kitle ücret oranı (m/z) aralığı 100-1500 ayarlayın.
Not:
Tipik işletim parametreleri:
ESI iğne gerilim, 5 kV
Kapiller gerilim, 40 V
Gaz (azot gazı) sıcaklık, 200 ° c kurutma - Peptoid MS çalışma çözüm (yaklaşık 10-5 M) yaklaşık 300 µL 500 µL veya 1 mL şırınga eklemek ve şırınga ESI koya kapiller polieter eter keton (göz) boru kullanarak bağlanın. Şırınga şırınga pompa üzerine yerleştirin ve örnek çözümü ESI giriş demleyin 10 µL/dk akış oranını ayarlamak.
- ESI işlemi etkinleştirmek için ESI iğne gerilim ve belgili tanımlık bulmak açın. Ekran tercihi modundan ve 100-1500 m/z aralığını ayarlayın. Profil penceresinde gösterilen bir kütle spektrumu profili görüntüleyin. M/z (m/z 1,264.6 görüntülenir) 1,265 zirve peptoid iyon veya protonated peptoid karşılık gelir.
- MS spektrum 2 min için kaydedin. İçinde "penceresi" yöntemi 2 dk "çalışma zamanı" kullanılır. Kayıt penceresini açın ve uygun dosya adı alanına doldurun ve spektrum kaydetmeye başlayın.
Not: Elde edilen kitle spektrum şekil 3' te gösterilmiştir. - M/z 1,265 zirvesinde yoğunluğunu en iyi duruma getirme. 1150-1350 için m/z aralığı ayarlayın ve kapiller gerilim mV profil penceresinde gösterilen en yüksek yoğunluk görüntülerken ayarlayın. Örneğin, 50 V kapiller voltajı yükseltin veya daha yüksek ve en yüksek yoğunluk değişikliği görüntülemek. En iyi en yüksek yoğunluk civarındadır 150-200 mV.
Not: kılcal gerilim ayarlama önemli ölçüde bazı iyonların bereket değiştirebilirsiniz. Kapiller gerilim artan peptoid iyon yoğunluğu artırabilir. Ancak, yüksek kapiller gerilim da ayrılma peptoid ION İyon kaynağı, ikna etmek ve gözlenen yoğunluğu azaltmak. Gaz kurutma sıcaklığı ayarlama m/z 1,265 zirvesinde yoğunluğu artırabilir ama kapiller gerilim ayarlama daha az etkilidir. M/z 1,265 zirvesinde en uygun yoğunluk ulaşmazsa, numune konsantrasyon (veya örnek, çift MS çalışma çözüm konsantrasyonu) ayarlayın. - Araç MS/MS moduna geçin. MS/MS aralığı 100-1400 m/z, kütle ve öncü iyon m/z 1,265 ayarlayın. Penceredeki"yöntemi," m/z 1,265 "Q1 ilk Mass" kullanmak ve "Q1 Son kitle" boş bırakın. M/z 100 m/z 1400 ve "Q3 ilk Mass" "Q3 son Mass" kullanın
Not: MS/MS modunda, ilk quadrupole birimi (Q1) işlevleri peptoid iyon habercisi iyon olarak izole etmek için toplu bir filtre olarak ikinci quadrupole (S2) bir çarpışma hücre ve üçüncü quadrupole birimi (Q3) işlevleri toplu bir Çözümleyicisi birimidir. - 1,5 mTorr basınç çarpışma enerji, 40 eV ve çarpışma gaz (argon, bu durumda) küme.
- Profil penceresinde görüntülenen bir kütle spektrumu profili görüntüleyin. M/z 1,265 zirve peptoid iyon için karşılık gelen ve daha düşük m/z değerleri ile doruklarına peptoid iyon parçaları temsil eder.
- Parçalanma spektrum görüntüsünü optimize etmek için çarpışma enerji ayarlayın. Örneğin, 45 eV için çarpışma enerji artırmak ve spektrum profil değişikliği görüntüleyin.
Not: genel olarak, çarpışma enerji artan parçası iyonları bolluğu arttırmak ve peptoid iyon bolluğu azaltmak. Çarpışma gaz basıncı artırarak parçası iyonları bolluğu da artıracaktır.
Dikkat: çarpışma gaz basıncı 2 mTorr ötesinde artırmayın. - MS/MS spektrum 2 min için kaydedin. "Yöntemi penceresi içinde" 2 dk "çalışma zamanı" kullanılır. Kayıt penceresini açın ve uygun dosya adı alanına doldurun ve spektrum kaydetmeye başlayın.
- 1 - 2 kez kayıt yineleyin.
- ACN/H2O (1:1, v/v) karışık solvent electrospray iyonlaşma (ESI) kaynak aracılığıyla çalıştırın ve standart bir pozitif iyon araç, tam tarama kütle spektrometresi modu bir kitle ücret oranı (m/z) aralığı 100-1500 ayarlayın.
- Peptoid dizi analizi
Not: CID koşul altında peptoid iyon Amid Tahvil B-iyonları denilen N-terminal parçaları bir dizi ve Y-iyonları denilen C-terminal parçaları bir dizi üretmek için peptoid omurga boyunca, parçalara ayırması- Acetylated peptoid kimyasal yapısı sol tarafında ve C-terminus sağ tarafında N-terminus yerleştirerek çizmek ve şekil 2agösterildiği gibi bir parçalanma düzeni oluşturmak için her Amid bağı, kesikli çizgi çizin. Bir proton şarj taşıyıcı belirtmek için kesik bir daire çizin. Yapısı sol taraftan başlayarak, B1, B2, B8olarak N-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler etiketleri yerleştirin. Sağ taraftan başlayarak, etiketleri Y olarak1Y2, Y8C-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler üzerine yerleştirin.
Not: Kimyasal bir çizim yazılımı peptoid yapısı çizmek için yararlı olabilir. - Parçalanma 4th Amid bağı sol tarafta, hayal ve N-terminal parçası ve C-terminal parçası şekil 2bgösterildiği gibi uygun resmi suçlama yapılar çizin. Etiket B4 N-terminal parçası üzerinde yerleştirin ve etiketin Y5 C-terminal parçasını yerleştirin. 580 değeri vermeye yapı elemanlarında nominal kitlelerin özetliyor tarafından B4 m/z değeri hesaplamak ve m/z 580 N-terminal parçasını yerleştirin. Y5 m/z değerini hesaplamak ve m/z 685 C-terminal parçasını yerleştirin.
- Bütün sekiz B iyonları ve tüm sekiz Y iyonları m/z değerlerini hesaplamak ve bunları bir tabloda, Tablo 1' de gösterildiği gibi monte.
Not: M/z değerleri parçalar yazılım çizim bir kimyasal kullanılarak hesaplanabilir. - Araç ile birlikte veri inceleme yazılımı kullanarak peptoid kayıtlı MS/MS spektrumu açın. "İyon etiketlerini göster" için etiketleme tercihleri ve etiket eşik % 3'e ayarlayın. Bu tepeler üzerinde etiketli m/z değerleri ile MS/MS spektrum oluşturur.
- MS/MS spektral verileri CSV metin dosyasında olarak biçimlendirmek ve veri işleme yazılımı kullanarak spektrum yeniden dışa aktarın. M/z değerlerini tepeler üzerinde yerleştirin. Elde edilen MS/MS spektrum şekil 4' te gösterilmiştir.
Not: Bazı Kütle Spektrometreleri MS/MS spektrum oluşturmak için veri işleme yazılımı kapasitesine sahiptir ile donatılmıştır. Bu durumda, MS/MS spektral verileri verme gerekli değildir. - MS/MS spektrum bu karşılık gelen B - ve Y-iyonları tanımlamak için Tablo 1 ' de gösterilen gösterilen m/z değerleri atayın. Örneğin, m/z 580 zirvesinde B4olarak tanımlanır-iyon ve m/z 685 Y5olarak tanımlanan-iyon. Tepeler spektrum üzerinde karşılık gelen B ile Y simgeleri ile şekil 4' te gösterildiği gibi etiketleyin.
- Acetylated peptoid kimyasal yapısı sol tarafında ve C-terminus sağ tarafında N-terminus yerleştirerek çizmek ve şekil 2agösterildiği gibi bir parçalanma düzeni oluşturmak için her Amid bağı, kesikli çizgi çizin. Bir proton şarj taşıyıcı belirtmek için kesik bir daire çizin. Yapısı sol taraftan başlayarak, B1, B2, B8olarak N-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler etiketleri yerleştirin. Sağ taraftan başlayarak, etiketleri Y olarak1Y2, Y8C-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler üzerine yerleştirin.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
9-mer peptoid ile N-terminal asetilasyon, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, yapısı şekil 1' de gösterilen. Peptoid el ile fritted polipropilen tepki damar yolu ile katı faz yaklaşım sentez. Pisti Amid reçine (0,047 mmol, 0,56 mmol/g yükleme ile 84 mg) bir amidated C-terminus ile peptoid verim için sağlam destek kullanılır. Peptoid zinciri monomer yanı sıra birden çok döngüsü tarafından inşa edilmiştir. Her monomer ek döngüsü iki reaksiyonlar adımları, bromoacetylation ve yer değiştirme içerir. Bromoacetylation 0, 8 M BMA çözüm ve 0, 8 M DIC çözüm ekleyerek elde edilir ve reaksiyon 20 dakika sürer. Deplasman asetilasyon ürün için 1,0 M Amin çözüm ekleyerek elde edilir ve tepki alır 1 h N-terminal asetilasyon asetik anhidrit 92 µL, DIPEA 43,5 µL ve DMF 2 mL içeren bir kokteyl çözüm ekleme tarafından gerçekleştirilmiştir. Peptoid kapalı reçine, TFA, 100 µL ipuçları ve HPLC sınıf H2O 100 µL 3.8 mL içeren bir kokteyl çözüm ekleyerek i ciddi ve tepki alır 2 h. TFA kadar yaklaşık 1 mL viskoz azot gazı akışında uçurarak mahallede kaldırılır çözüm yaptı. Peptoid ürün Dietil eter precipitates ve Santrifüjü tarafından izole ve bu lyophilization iki yineleme tarafından takip ediyor. Elde edilen peptoid MS/MS analiz için yeterince saf.
Peptoid için öngörülen parçalanma şeması şekil 2aburada kesik çizgili daire proton peptoid parçalanma CID deney sırasında neden telefon "proton" gösterir, gösterilir. Peptoid iyon parçaları, Amid tahvil için parçalanma siteleri Kesikli çizgilerle gösteren peptoid omurga boyunca. N-terminal parçaları B-tipi iyonları etiketlenir ve C-terminal parçaları Y tipi iyonları etiketlenir. Parçalanma hiç oluşursa kullanılabilir Amid, toplam sekiz N-terminal parçaları, B1 B8, Tahvil ve 8 C-terminal parçaları, Y Y8,1 toplam kuracaktı. Her parça parça tüm öğeler nominal kitlelerin özetliyor tarafından hesaplanır karşılık gelen bir m/z değeri var. Bir örnek, yapıları ve B4karşılık gelen m/z değerleri (nominal kütlesi)-iyon ve Y5-iyon şekil 2biçinde gösterilir. B4 iyon için kimyasal formülü C31H42N5O6+ve nominal kütlesi hesaplanır denklem (12 x 31) + (42 x 1) + (5 x 14) + (6 x 16) 580 =. B4 tek başına şarj edilmiş bir iyon olduğu m/z değeri 580/1 gerekir 580 =. Şekil 2b, B4yapısını-iyon olduğunu basitleştirilmiş bir form (Ayrıntılar için tartışma bölümüne bakın). Tüm parça iyonlar B1-B8 ve Y1-Y8 (nominal kütlesi) hesaplanan m/z değerleri Tablo 1' de verilmiştir.
Kitle analizi iki işlem içerir. İlk peptoid örnek tam tarama kütle spektrometresi analizini gerçekleştirmek için bir süreçtir. Bu sonuç örnek peptoid ölçülebilir bir miktarda ve örnek göreceli saflık içerip içermediğini gösterir. Peptoid iyon tam tarama kütle spektrumu nerede m/z değerleri için en yakın tam sayıya yuvarlanır şekil 3' te gösterilmiştir. M/z 1,265 zirve protonated peptoid karşılık gelir ve m/z 1,287 zirvesinde sodyum iyon karşılık gelen peptoid sigara. M/z 633 ve m/z 644 iki doruklarına iki kat protonated ve karışık protonated-sodiated peptoids, sırasıyla karşılık gelir. Bu sonuçlar peptoid örnek MS/MS analizi gerçekleştirmek için yeterince saf olduğunu göstermektedir.
İkinci toplu analizi protonated peptoid m/z 1,265 MS/MS deney gerçekleştirileceği işlemidir. Bu işlem habercisi peptoid iyon ilk quadrupole birimi CID içinde peptoid iyon parçalanan ve parça iyonları üçüncü quadrupole birimi tarafından m/z değerlerine göre sıralama tarafından izole içeriyor. Sonuçta ortaya çıkan tayf şekil 4nerede m/z değerleri için en yakın tam sayıya yuvarlanır, gösterilir. M/z 1,265 zirve protonated peptoid karşılık gelir. Diğer zirveleri daha düşük m/z değerlerinde parçası iyonları peptoid iyon karşılık gelir. Parça iyonları ile bu tahmin edilen ( Tablo 1' de gösterilen) ( Şekil 2' de gösterilen) peptoid parçalanma düzeni temel m/z değerleri karşılaştırarak B-iyon veya Y-iyon olarak atanır. Yedi Y-iyonları (Y2 Y8) ve yedi B-iyonları (B-1 B7) gözlemlenebilir zenginliği ile oluşur. Y-iyonları bolluğu kadar çoğu B-iyonları daha yüksek olduğuna dikkat edin.
Şekil 1: kimyasal yapısı peptoid Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2. Peptoid el ile katı faz yaklaşım sentez. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Resim 2: Protonated peptoid Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2parçalanma şeması. Peptoid iyon parçaları, N-terminal parçaları B-iyonları ve Y-iyonları denilen C-terminal parçaları bir dizi olarak adlandırılan bir dizi üretmek için peptoid omurga boyunca Amid bağı. a) parçalanma düzeni için protonated peptoid Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2öngördü. Parçalanma siteleri kesik çizgilerle gösterilir, sembolleri B1 B8 N-terminal parçaları gösterir ve sembolleri Y1 Y8 C-terminal parçaları gösterir; b) örnek parçalanma şematik yapıları ile. B4yapıları göstermek-iyon ve Y5-iyon ile ilgili m/z değerleri, sırasıyla. M/z değerleri yapılarda öğeleri nominal kitlelerin özetliyor tarafından hesaplanır. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 3: nerede m/z değerleri için en yakın tam sayıya yuvarlanır tam tarama kütle spektrumu peptoid Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2. M/z 1,265 zirve peptoid iyon [P + H]+, karşılık gelen ve m/z 1,287 zirvesinde sodyum iyon için karşılık gelen peptoid [P + Na]+sigara. M/z 633 ve m/z 644 iki doruklarına iki misli ücret peptoid, [P + 2 H]2 + ve [P + H + Na]2 +, sırasıyla karşılık gelir. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Resim 4: Protonated peptoid Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2 MS/MS spektrum atanan parçaları ile Etiketlenmiş. M/z 1,265 zirve protonated peptoid [P + H]+, ve daha düşük m/z değerleri ile doruklarına parçası iyonları karşılık gelir. B ve Y iyonları ile bu hesaplanan peptoid iyon parçalanma düzeni dayanan m/z değerleri karşılaştırarak atanır. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
| B-iyon | m/z değeri (Nominal kitle) | Y-iyon | m/z değeri (Nominal kitle) |
| B1 | 143 | Y1 | 133 |
| B2 | 304 | Y2 | 294 |
| B3 | 419 | Y3 | 409 |
| B4 | 580 | Y4 | 570 |
| B5 | 695 | Y5 | 685 |
| B6 | 856 | Y6 | 846 |
| B7 | 971 | Y7 | 961 |
| B8 | 1132 | Y8 | 1122 |
Tablo 1: Teorik m/z değerleri protonated peptoid Ac-Nae-(Npe-Nme) öngörülen parçalanma düzenindeki göre hesaplanır 4 -NH 2 . B-iyon ve Y-iyon karşılık gelen parçası iyonlar N-terminus ve C-terminus, sırasıyla gösterir. Her m/z değeri (nominal kitle) bu parça iyon elemanları nominal kitlelerin özetliyor tarafından hesaplanır.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Bir nonamer peptoid, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, sunulan protokolü kullanılarak sentez. Sentez aparatı bir şırınga benzeri polipropilen katı faz yanıtı gemi ve mekanik bir shaker içerir. Reaksiyon damarları ticari olarak kullanılabilir ve düşük maliyetli. Mekanik bir shaker kimya laboratuvarları ortak bir cihaz var. Bir şırınga benzeri reaksiyon gemi kullanımıyla, çözüm içine çizilmiş ve pistonu el ile hareket ettirerek geminin dışına itti. Bu teknik bir tek tepki gemi içinde gerçekleşmesi toplama ve reçine bölünme reaksiyonlar monomer sağlar ve bölünme için başka bir gemi içine reçine bağlı ara ürün aktarmak istediğinizde adım adım adım ortadan kaldırır. Bu teknik aynı zamanda tepki gemiden çözümleri kaldırmak bir vakum ekstraksiyon cihazı gereksinimini ortadan kaldırır. Vakum ekstraksiyon genellikle diğer araştırmacılar19,20tarafından kanıtlanmıştır manuel peptoid sentez kullanılır. İyice tepki adımlar arasında reçine yıkama yüksek saflıkta ürün elde etmek çok önemlidir. Bir potansiyel sorun tepki gemi frit tıkanma monomer ek birkaç döngüsünden sonra olmasıdır. Bu soruna bir çözüm yeni bir reaksiyon beden reçine aktarmak ve sentez işlemine devam etmek için olduğunu. Bu sentez teknik, 10-12 kalıntıları eklenmesi de peptoids için çalışır. Uzun peptoids için çözümler tepki gemiden pistonu iterek kaldırmak zor olur. Bu durumda, bir vakum ekstraksiyon cihazı (pistonu bir tıpa tarafından değiştirilmelidir) tepki gemisinden çözümleri kaldırmak için yararlı olabilir. Sentez protokolünde ham ürün peptoid Dietil eter presipite tarafından saf. Biraz daha kısa ve son derece kutup peptoids Dietil eter acele değil oluşabilir. Bu durumda, peptoid % 10 Asetik asit ham ürün eriterek ve çözüm Dietil eter ile birden çok kez, yıkama hangi lyophilization tarafından takip edilir izole. Bazı son derece hidrofobik peptoids de Dietil eter acele oluşturabilir değil. Bu durumda, Dietil eter buharlaşır ve peptoid ürün arındırmak için ters faz HPLC kullanın.
Bu çalışmada peptoid iyon ESI tarafından oluşturulur ve MS/MS deney bir triple quadrupole Kütle Spektrometre gerçekleştirilir. İyon yalıtımının nedeniyle ilk quadrupole birimi tarafından örnek doğrudan sıvı Kromatografi (LC) ortadan kaldırır ESI kaynağı içine infüzyon. Tek başına protonated peptoids da kolayca matris yardımlı lazer desorpsiyon-iyonlaşma (maldı) tekniği kullanılarak oluşturulabilir. MS/MS deneyler Kütle Spektrometreleri de, diğer türleri gibi bir iyon kapanı Spektrometre kullanılarak yapılabilir. Parçası iyonları göreli bolluk MS/MS spectra farklı enstrümanlar kullanarak kaydedildiğinde farklı görünebilir rağmen nitel spektral özellikleri benzer olmalıdır. Genel olarak, farklı parça iyonları göreli bolluk aracı parametreleri için son derece duyarlıdır. Çarpışma enerji ve çarpışma gaz basıncı değişen parçası iyonlar göreli bereket önemli ölçüde değiştirebilir. Örneğin, çarpışma enerji artan veya çarpışma gaz basıncı artırarak parçalanma, teşvik edecek ve sonuç olarak, peptoid habercisi iyon bolluğu azalacak ve parça iyonları bereket artacaktır. Bu çalışmada tek başına ücret peptoids üzerinde duruluyor. Bu iletişim kuralını kullanan okudu peptoids uzunluğu Kütle Spektrometre m/z aralığına göre sınırlıdır. Kütle aralığı m/z 2.000 kadar ile Kütle Spektrometre için şarj edilmiş peptoids m/z değerleri üst sınırdan daha düşük olmalıdır. Peptoids molekül ağırlığı Kütle Spektrometre, sınırdan daha yüksek varsa bir iki kat protonated peptoid habercisi iyon kullanılabilir. İki misli ücret peptoid yaklaşık yarısını tek başına şarj edilmiş olan bir m/z değeri olurdu.
Bu çalışmada sunulan peptoid birincil Amin ile temel bir kalıntı yan-zincir grubu içerir. Temel kalıntı Kütle Spektrometre ESI kaynağındaki iyonlaşma verimliliği artıracak bir protonation sitesi olarak hizmet vermektedir. Daha az kutup (daha hidrofobik) peptoids ESI kaynağında zavallı iyonlaşma verimliliği var. Bu durumda, bir atmosferik basınç kimyasal iyonizasyon (APCI) kaynak peptoids iyonize için yararlı olabilir. CID koşullar altında peptoid iyonları esas olarak N-terminal parçaları bir dizi ve C-terminal parçaları bir dizi üretmek için Amid bağı parçası. Şarj taşıyıcı, proton, N-terminal parçaları, B-iyonları formu bulunuyorsa. Aksi takdirde, Y-iyonları formu. Şekil 2 B4yapısını gösterir-iyon. Bu m/z değeri hesaplamak için yardımcı olur basitleştirilmiş bir yapıdır. Gerçek B-iyonları büyük olasılıkla bir beş membered oxazolone ring23gibi bir döngüsel yapısında meydana gelir. Tüm parça iyonların Kütle Spektrometre oluşmuş ve Kütle spektrumunda gözlenen öngördü. Olumlu şekillendirme verimliliğini parçası iyonları gaz fazlı Bazlığı (veya proton benzeşme) parça tarafından büyük ölçüde belirlenen ücret. Son derece temel parçaları olumlu iyonları ücret formuna ve kitle spectra uyması gereken yüksek bir şans var. Genel olarak, tahmin edilen parça iyonları en az % 70'i gözlemleyerek bir peptoid dizisi oluşabileceğini makul yüksek bir güven verir. Dizi analizi için peptoids tarafından kütle spektrometresi tasarlarken, peptoid zinciri boyunca farklı sitelerdeki gibi alkoxy grupları, kutup yan zinciri gruplarla artıkları yerleştirmek önemlidir.
N-terminal asetilasyon ile tek başına en dolu peptoids için Y-iyonları B-iyonları21,23daha yüksek fazla bereket göster. Şekil 3, bu B1dışında gösterildiği gibi-iyon, B-iyonları için karşılık gelen doruklarına yoğunluğu bu Y-iyonları daha çok daha düşük. Ücretsiz N-terminal amino grupları ile peptoids için Y-iyonlar B-iyonları üzerinden yüksek bereket de21gözlenmiştir. Y-iyonları lehine şarj-taşıyıcı proton C-terminal parçaları üzerinde bulunması nedeniyle daha yüksek proton benzeşme C-terminal parçaları23olan tercih önerir. Ek olarak, B - ve Y-iyonları, oluşumu ikincil parça iyonları su kaybı ile ilişkili veya değişken yan zinciri group kaybı genellikle protonated peptoids içinde gözlenen. Bu ikincil parça iyonları kez arkadaşı doruklarına birincil parçası iyonları (özellikle Y-iyonları) doruklarına yanındaki bir dizi olarak görünür ve değişken yan zinciri group kitle karşılık gelen birincil kütlesi üzerinden çıkararak belirlenebilir iyonları parçası.
Bu iletişim kuralı, el ile bir oligo-peptoid sentez ve analiz bir tandem kütle spektrometresi yöntemiyle bir peptoid monomer dizisi gösterilmiştir. Bu sentez Protokolü kolayca bir kimya laboratuvar peptoid sentez yeni araştırmacılar yetiştirmektir öğretim içine kabul edilebilir. Bu kütle spektrometresi Protokolü sadece peptoid kimliğini onaylamak için ama aynı zamanda peptoid gözlenen parçalanma desenleri ile ilgili olarak yapısal özelliklerini tanımlamak için etkili bir araç olarak hizmet vermektedir. Gelecekteki uygulamalar peptoid yapısı ve parçalanma desen sentezi ve kütle spektrometresi analiz çeşitli peptoids Kütüphanesi aracılığıyla birbirine bağlayan bir korelasyon harita geliştirme içerebilir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Yazarlar ifşa gerek yok.
Acknowledgments
Yazarlar Bay Michael Connolly ve Dr. Ronald Zuckermann (moleküler dökümhane, Lawrence Berkeley National Laboratory) peptoid sentez teknik desteği için teşekkür etmek istiyorum. Ulusal Bilim Vakfı (CHE-1301505) desteğinden anıyoruz. Tüm kütle spektrometresi deneyler Pasifik Üniversitesi'nde kimya kütle spektrometresi tesisinde yapılmıştır.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| ESI-triple quadrupole mass spectrometer, Varian 320L | Agilent Technologies Inc. | The mass spectrometer was acquired from Varian, Inc. | |
| Varian MS workstation, Version 6.9.2, a data acquisition and data review software | Varian Inc. | The software is a part of the Varian 320L package | |
| Burrell Scientific Wrist-action shaker, Model 75 DD | Fisher Scientific International Inc. | 14-400-126 | |
| Hermle Centrifuge, Model Z 206 A | Hermle Labortechnik GmbH | ||
| Solid phase reaction vessel, 10 mL | Torviq | SF-1000 | |
| Pressure caps for reaction vessels | Torviq | PC-SF | |
| Syringe filters, pore size 0.2 μm | Fisher Scientific Inc. | 03-391-3B | |
| Syringe filters, pore size 0.45 μm | Fisher Scientific Inc. | 03-391-3A | |
| Polypropylene centrifuge tuges, 50 mL | VWR International, LLC. | 490001-626 | |
| Polypropylene centrifuge tuges, 15 mL | VWR International, LLC. | 490001-620 | |
| ChemBioDraw, Ultra, Version 12.0 | CambridgeSoft Corporation | CambridgeSoft is now part of PerkinElmer Inc. | |
| Styrofoam cup, 12 Oz | Common Supermarket | ||
| Rink amide resin | Chem-Impex International, Inc. | 10619 | |
| Piperidine | Chem-Impex International, Inc. | 02351 | Highly toxic |
| N, N’-diisopropylcarbodiimide | Chem-Impex International, Inc. | 00110 | Highly toxic |
| Bromoacetic acid | Chem-Impex International, Inc. | 26843 | Highly toxic |
| 2-Phenylethylamine | VWR International, LLC. | EM8.07334.0250 | |
| 2-Methyoxyethylamine | Sigma-Aldrich Co. LLC. | 241067 | |
| N-Boc-ethylenediamine | VWR International, LLC. | AAAL19947-06 | |
| Acetic anhydride | Sigma-Aldrich Co. LLC. | 252845 | |
| N, N-dimethylformamide | VWR International, LLC. | BDH1117-4LG | Further distillation before use |
| N, N-diisopropylethylamine | Chem-Impex International, Inc. | 00141 | |
| Triisopropylsilane | Chem-Impex International, Inc. | 01966 | |
| Trifluoroacetic acid | Chem-Impex International, Inc. | 00289 | Highly toxic |
| Millipore MILLI-Q Academic Water Purification System | Millipore Corporation | ZMQP60001 | For generating HPLC grade water |
| HPLC-grade Water | Produced from Millipore MILLI-Q® Academic Water Purification System | ||
| Methanol | Pharmco-Aaper | 339USP/NF | HPLC grade |
| Acetonitrile | Fisher Scientific International, Inc. | A998-4 | HPLC grade |
| Diethyl ether | VWR International, LLC. | BDH1121-19L | Further distillation before use |
| Dichloromethane | VWR International, LLC. | BDH1113-19L | Further distillation before use |
| Nitrogen gas | Fresno Oxygen/Barnes Supply | NIT 50-C-F | Ultra high purity, 99.9995% |
| Argon gas | Fresno Oxygen/Barnes Supply | ARG 50-C-F | Ultra high purity, 99.9995% |
References
- Sun, J., Zuckermann, R. N. Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material. ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).
- Fowler, S. A., Blackwell, H. E. Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function. Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).
- Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).
- Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor. J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).
- Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells. J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).
- Patch, J. A., Barron, A. E. Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide. J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).
- Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids. J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).
- Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition. ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).
- Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs. ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).
- Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. Sequence-Controlled Polymers. Science. 341 (6146), Washington, DC. 628 (2013).
- Altuntas, E., Schubert, U. S. "Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review. Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).
- Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).
- Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).
- Sarma, B. K., Kodadek, T. Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library. ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).
- Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis. Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).
- Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries. Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).
- Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis. J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).
- Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory. J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).
- Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets. J. Visualized Exp. (57), e3373 (2011).
- Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity. J Vis Exp. (117), (2016).
- Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition. Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).
- Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).
- Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).
