Summary
ウイルスの転写工場は、濃縮されている細胞の RNA ポリメラーゼ II は再活性化の中にウイルスの遺伝子の転写を増加する離散構造です。ここでは、積極的に蛍光染色し、その場でRNA の交配の組み合わせによってウイルス クロマチン核の 3 D 空間での議事録作成のサイトを検索する方法を説明します。
Abstract
遺伝子の空間的で、一時的な規制が適切な遺伝子発現を支配するの不可欠な部分であることが知られています。その結果、核空間内で転写が行われて、いつどこを理解し、エピソーム同じ細胞の核内に感染との関係を視覚化するが有益です。ここでは、蛍光抗体法 (IFA) と RNA の魚をされているに転写してカポジ肉腫関連ヘルペス ウイルス (KSHV) エピソーム総収入を識別します。KSHV 潜時に関連核抗原 (ラナ) を染色によってウイルス エピソームが核内に存在する検索することが可能です。さらに、生産的な伝染の間にだけ表現されるウイルス遺伝子のイントロン領域を対象とする魚 RNA プローブを設計することによって初期の RNA 転写産物に配置できます。この分子プローブの組み合わせを使用して、大規模なウイルスの転写工場の組立を視覚化および分析 KSHV 再活性化中にウイルスの遺伝子発現の空間情報の制御することが可能です。抗 RNA ポリメラーゼ II 抗体の汚損などによる RNA ポリメラーゼ II (RNAPII) の集約と再アクティブ化の間に KSHV 転写関係を視覚化することも 1 つ。
Introduction
それは核の時空間の組織が真核生物で細かく調整された遺伝子の発現を調節する際に重要な役割を果たしていることがますます明らかになっています。ほとんどのティッシュ特定の遺伝子は多くの染色体に分散されているし、調整方法1特定の刺激に応答するために同期的に規制する必要があります。細胞は、核の特定の空間1遺伝子とそのシスのコンポーネントをまとめるための方法としてアクティブなクロマチン ハブ (ACH) を構築します。
それも実証されている様々 な研究によって核思われます非常に密な粘性が、生理活性分子を経由できること核より迅速に拡散2を経由。この一時的なプロパティは、結果としてほとんどの DNA 結合タンパク質 'ジャンプ' 結合により、高い適応性と汎用性の高い核2原子力の分野の周り自分の道を感じるサイトへサイトのバインドから。
核内の分子の動的挙動がこの、にもかかわらず核体膜なしなど (ただしこれらに限定されない) 核小体、カハール体および前骨髄球性白血病核体 (PML の-NB) がまだ存在します。それはタンデム DNA 繰り返し (仁)、rRNA (仁) と coilin (カハール体) など PML タンパク質などの様々 な蛋白質 (PML の-NB) これら構成要素一緒に3,4,5 を保持します。.これらの構造と転写工場など他の集会だけでなく必要なコンポーネントのローカル集中を高めるが、またタンパク質や核酸最終的に作成するそれらの内の組成を調節する足場として、効率的な細胞機能6中央のサイト。
核構造のフォームは、エピジェネティクス研究に豊富な情報を提供しますいつ、どこの可視化。ウイルス学の観点から KSHV などの潜伏感染したウイルスの再活性化大幅核の風景とウイルス遺伝子を細胞の遺伝子から主に転写を最終的にシフトする核酵素の分布を変更するには完全に機能ウイルス子孫7、8を生成します。KSHV はどのようにウイルスの遺伝子発現を促進する細胞遺伝子式機械を操作できますか。そのような情報は、細胞特異的な遺伝子発現制御機構に光を当てることができるも。
他のヘルペス ウイルスは、同様 KSHV 複製と遅延と呼ばれる 2 つのライフ サイクルがあります。KSHV は遅延関連遺伝子9,10を除いて、式の沈黙で、ほとんどのウイルスの遺伝子の潜伏段階で主に存在します。生成 KSHV 待ち時間中に待ち時間は恒常とウイルスのゲノムを縛り、人間の染色体11ウイルス クロマチンをテザー核抗原 (ラナ) を関連付けられています。ラナのウイルスのゲノムとの親密な関係のため、IFA および DAPI を使用して染色し、ウイルス エピソームがホスト クロマチンに関連していた検索することが可能です。
単一 episome レベルおよび感染細胞内の他のウイルスのエピソーム関連付けで KSHV を再活性化を勉強するには、手段を使って、積極的にその場でウイルス クロマチン転写を設置します。したがって、ラナとイントロン RNA 魚と RNAPII を対仏投資庁に結合されたは KSHV K Rta のキーのウイルス蛋白質のイントロン領域 (泉谷ラボの最新出版物8シーケンスを見つけることができます正確なプローブ) にバインド魚 RNA プローブを生成することによって不可欠と KSHV 再活性化-それは識別すること十分な転写が取っていた実際にどこの場所8,11,12,13,14,15.このイントロン RNA 魚の技術すぐに融着接続、細胞質16,17にエクスポートする前に、mRNA が転写されている視覚化することも可能。 にします。
KSHV ホルボールエステル 12-O-Tetradeconoyl-ホルボールエステル-13acetate (TPA) などを含む様々 な化学的刺激によって再びアクティブにできます、酪、さらに KSHV などヒストン脱アセチル化酵素阻害剤が誘導され、過剰発現による再アクティブ化ウイルスの転写因子、K Rta19。研究者は再活性化18を誘導する前にセルのサイクルを同期することによって正常に KSHV 再活性化の効率を増加しています。したがって、これらの特定の研究は、細胞は二重チミジン ブロック (下記のプロトコル) を使用して、短時間 TPA とドキシサイクリン (Dox) インキュベートに同期されました。これらの実験に利用されている細胞株はドキシサイクリン誘導された K Rta カセットは、cDNA から複製された、K Rta のイントロン領域は含まれませんので、ドキシサイクリンが使用されました。再アクティブ化することが可能だが K Rta 式を誘導 KSHV を使用してのみ、それは、さまざまな異なる生化学的要因により K Rta 式だけがかすかな再活性化刺激20と証明する他の研究者によって証明されています。これらのすべてを組み合わせることで、薬物孵化に時間の短い期間を制限することにより、イメージングの堅牢な過度に人工的ではない KSHV 再活性化が達成されました。
ラナ、RNAPII、ラベリング後 K Rta イントロンととしての DNA は、このペーパーで説明、広視野デコンボリューション顕微鏡を用いた 3 D 蛍光イメージングを行った。イメージング ソフトウェアとの処理の後は、アクティブなウイルス エピソームの空間分布を正しく評価できます。この手法を使用すると、アクティブなクロマチン ハブやその他の核構造の形成の基本的な性質に関する中央の質問を学ぶことができます。同じ規制要素を処理する単一のセルに同じウイルス エピソームを持つ時空間の遺伝子発現制御機構の理解を深めるためのユニークな研究ツールがあります。
異なる時点で固定する複数の細胞標本が、本質的に動的分子プロセスを特徴付けるためのイメージングの制限事項は蛍光分布の微妙なあるいは小規模の変化が検出されているまたは取るに足りないと判断します。これはまれなインスタンスの観察のすべてのセルが同じの微妙な変化を表示されない場合です。したがって、アクティブなウイルスの転写およびその他の核構造の全時空間関係批判的に評価できません固定のイメージングを使用します。これらの技術的な課題に対応するには、最善の方法は、ウイルス エピソームをマークしている生きた細胞をイメージし、時間の経過とともに細胞の主要な酵素の場所に従うことです。
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Protocol
注意: この手順で使用される細胞感染ウイルスを含んでいる、注意、レベル 2 BSL 施設以上時だけ進みます。
1. セルの準備とメンテナンス
- TREx K-RTA BCBL 1 細胞の培養 (または別 KSHV 感染 PEL セルライン) 15% ウシ胎児血清 (FBS) と 1% ペニシリン ストレプトマイシン グルタミン溶液添加 RPMI1640 培地で。
- 継続的に成長し、1:4 の比率は、2-4 日おきにセルを分割するように 5% 二酸化炭素 (CO2)、37 ° C で細胞を成長します。
- 良い細胞増殖と形態は、それ以外の場合に細胞培養を再起動するか、または細胞培養条件を調整するは、勧めを確認する毎日光顕微鏡による培養細胞を監視します。
2. チミジン同期と溶解誘導
- 10 cm シャーレで TREx K-Rta BCBL 1 細胞作りたてメディア (メディアの 1 x 106セル/2 mL)
- 200 mM チミジンを追加 (最終濃度: 2 mM) 皿にミックスし、18 時間孵化させなさい。
- 遠心分離機 500 x g に 5 分のセル洗浄と滅菌リン酸緩衝生理食塩水 (PBS) x セル、再び、遠心分離機、作りたてメディアで細胞を再懸濁します。3 洗浄の合計に対して繰り返します。作りたてのメディアで再懸濁します。
- 8 h に S 段階を終了するセルを許可します。
- チミジンを追加 (最終濃度: 2 mM) をミックスして 16 時間孵化させなさい。
- 遠心分離機 500 x g に 5 分のセル洗浄と滅菌リン酸緩衝生理食塩水 (PBS) x セル、再び、遠心分離機、作りたてメディアで細胞を再懸濁します。3 洗浄の合計に対して繰り返します。作りたてのメディアで再懸濁します。
- ウイルス再活性化を誘導するには、細胞培養に 12-O-tetradecanoyl-phrobol-13-acetate (TPA、最終濃度 20 ng/mL) とドキシサイクリン (DOX、最終濃度 100 ng/mL) を追加、ミックス、4 時間インキュベートします。K Rta 誘導カセットなしセルライン、TPA (最終濃度 20 ng/mL およびナトリウム酪 (1 mM)) を使用して再活性化を刺激するため。
- 遠心分離機 500 x g に 5 分セル洗浄と滅菌リン酸緩衝生理食塩水 (PBS) x セル、再び、遠心分離機および完全な培地で細胞を再懸濁します。3 洗浄の合計に対して繰り返します。完全な文化メディアで再懸濁します。
- 24 h に成長する細胞を許可します。
3. 固定・透過
メモ: 先に進む前に必ず固定ソリューション (DEPC 処理 PBS で 3.7% ホルムアルデヒド)、ジエチル pyrocarbonate 処理リン酸緩衝生理食塩水 (DEPC PBS)、グリシン DEPC PBS (グリシンの最終濃度: 100 mM) および permeabilizating 溶液 (50%アセトン、50% メタノール) を用意しています。通常、各スライドが少なくとも 50 万の細胞を必要とする、必要に応じて乗算し、細胞が健康ではない場合に特にを背面に余分なセルが含まれています。
- 1.5 mL 遠心チューブに細胞を収集します。
- 3 回で 1 mL の滅菌の DEPC PBS セル 200 x g. 洗浄で 2 分間細胞を遠心分離機します。1.2 mL の DEPC PBS に再懸濁します。
- 6 ウェル プレートの底に coverslips (実験のセットアップによって決まります) の適切な数を配置します。
- セルに各 coverslip DEPC PBS 混合物の 200 μ L をピペット、少なくとも 50 万の細胞が各スライド上にあることを確認します。2 分のために解決の細胞し、細胞の薄い層だけを残して余分な DEPC PBS を吸引します。このプロセスで、削除するセルは正常です。
注意: PFA は有毒である、適切な保護具を着用します。 - 慎重に各カバー スリップするソリューション (DEPC PBS で 3.7% ホルムアルデヒド) の修正の 1 つの mL を追加します。10 分間を修正するセルを許可します。
- Coverslips DEPC PBS で 3 回洗います。
- 慎重にグリシン DEPC PBS の 1 mL を追加 (グリシンの最終濃度: 100 mM) 各カバー スリップします。5 分急冷するセルを許可します。
- 5 分のシェーカーで 1.5 mL の DEPC PBS のいずれかの場所を追加または 1 分吸引超過の DEPC PBS のためしっかりと、優しく手を振る。セルを破壊しないように注意します。3 洗浄の合計のためには、この手順を繰り返します。
- 慎重に構造の各カバー スリップに (50% アセトン、50% メタノール) ソリューションの 1 つの mL を追加します。15 分間 permeabilize セルを許可します。
注: この時点で、coverslips はもはや一週間以上の-20 ° C のフリーザーで格納できます。凍結を避けるか、画像の品質が急激に低下、冷凍庫に費やされる時間を最小限に抑えます。確認するときにセルのまま冷凍庫ウェットとメタノールまたはアセトンと彼らは正しく冷凍庫から取り出した後 DEPC PBS で補給できるように屋根付き。 - 5 分のシェーカーで 1.5 mL の DEPC PBS のいずれかの場所を追加またはしっかりと振るが手に優しく 1 分超過の DEPC PBS を吸引、セルを破壊しないように注意してください。3 洗浄の合計のためには、この手順を繰り返します。
4. IFA と RNA 魚
注: 魚 RNA プローブのラベル付けと準備について: の K-Rta 959 塩基対、31 の異なるプローブであるイントロンが生成され、20 塩基対、各 GC を含む約 50% の満足していました。プローブの作業、在庫ソリューションであった 100 μ M 及び 2.5 μ M の濃度に避けよう。
- 実験に必要な情報または区別のラベルのいくつかの並べ替えを持つ顕微鏡スライド ラベルを付けます。
- 湿ったペーパー タオルでヒートシール可能なプラスチック製の容器の底を並べ。
-
一次抗体溶液を調製 (1.5 μ L ラナ抗体、0.75 μ L の RNA Pol II 抗体、ベーカーの 3 μ L の酵母まで 30 μ L の DEPC PBS、tRNA) とそれぞれの coverslip の存在のためのレシピを乗算します。各ラベル付き顕微鏡スライド上に一次抗体ソリューションの場所 30 μ L。
- まず興味の一次抗体を滴定し、最適な量を使用します。必ず使用して精製された IgG 血清 (腹水) が RNase の大量を含んでいる可能性があります。
- ラベル付き顕微鏡スライド上に coverslip (ソリューションを直面しているセル) を置き、湿ったペーパー タオルでコンテナーにスライドを移動します。気泡を導入することに注意してください。プラスチック製のラップとコンテナーの外装をカバーします。1 h の 37 ° C に設定インキュベーターにコンテナーを移動します。
- (2 x 生理食塩水のナトリウム クエン酸バッファー (SSC) (最終)、10% ホルムアミド、90% DEPC dH2O) 魚洗浄バッファーを準備します。
- 交配バッファー x 2 を準備 (4 x SSC、20% デキストラン硫酸)。
- 二次抗体と魚イントロン プローブ バッファーを準備 (交配バッファー (Hyb バッファー x 最終 1) x 2 の 20 μ L、パン酵母の 4 μ L tRNA (最後の 10%)、ホルムアミド (最後の 10%)、イントロン K Rta プローブの 4 μ L (最終的な 125 nM)、0.8 の二次抗体、DEPC dH2 μ g40 μ L まで O)。必要なすべてのスライドのためのレシピを乗算します。
- インキュベーション後、3 回 5 分 6 ウェル プレートで DEPC PBS のセルを洗浄します。
- 3 回各 5 分の魚洗浄バッファーで洗浄します。第二に抗体とイントロンのプローブ (ステップ 4.7) の混合物の準備完了するまで魚洗浄バッファーの coverslip を維持します。
- きれいなガラスのスライドは、一次抗体の孵化の交配のために使用されます。
- 二次抗体とスライド グラスの上にソリューションを含む魚イントロン プローブの場所 40 μ L。
- 泡を導入するしないように注意をする、バッファー上に下向きセル側でスライド上に細胞を coverslips を配置します。
- 底に湿ったペーパー タオルでプラスチックの容器にスライドを配置します。最初のラップとし、アルミ箔とプラスチックの容器をラップします。
- 16-24 h 37 ° C でスライドを持つコンテナーを孵化させなさい。
- インキュベーション後、慎重にスライド、coverslip スライド ガラスの端から 6 ウェル プレート、上向きに戻す、3 回 5 分 6 ウェル プレートで魚洗浄バッファーを持つセルを洗浄します。
- 2 回で 2 セルを洗浄して x SSC。
- 2 に DAPI (1:1, 000) を追加 x SSC し、室温で 5 分間座ることができます。
- 2 回で 2 セルを洗浄して x SSC。
- 交配用スライド ガラスをきれいにしガラス スライド上にソリューションを装着の 10 μ L を追加します。
- Coverslips フェイス ダウンをマウント ソリューションを配置します。気泡を導入することに注意してください。
- 研究所の組織と細胞をスカッシュに触らない、余分なマウント ソリューションを注意深く取り外します。
- マニキュアを使用して、coverslips の端のまわりの十分な層を適用して乾燥することができます。
- 蛍光顕微鏡を実行に進みます。
5. 3 D 蛍光顕微鏡
注: プロトコル使用蛍光顕微鏡システムの種類で異なりますが、次の手順、定量分析のための最適な画像データの取得を保障を助けます。
- 固定サンプルを前処理し、イメージング中に蛍光退色を遅延する耐フェード メディアでマウントします。
- 全体のセル (またはセルの核) をキャプチャすることができます (60 X 1.42 N.A 油浸型レンズなど)、高品質の目的を使用して、ビューのフィールドで。
- 正と負のコントロールのサンプルを使用して、それぞれの蛍光カラー チャンネルの露出パラメーター (例えば、励振電力、露光時間) を設定します。蛍光画像を取得します。
注: のみ 1 つの蛍光ラベルを含む肯定的な制御サンプルは、「クロストーク」カラー チャンネル間のレベルを決定するのにも使用ください。画像固定細胞標本の退色を最小限に抑えるため、(わずかにより長い露光時間) と蛍光励起電力を削減できます。 - イメージングのプロトコルを確立すると、維持同じ露光パラメーター研究のすべてのサンプルに対する一貫性のある-ので、画像データを正確に分析および比較が可能します。
- 買収後の画像処理と 3次元復元を実行します。特定 RNA 魚信号 (赤) で K Rta 成績証明書、ラナ分子蛍光抗体法 (緑) と核クロマチン (該当する場合) 染色 DAPI (青)。
注: K Rta とラナが共同クラスターである細胞核の領域従ってウイルス転写工場および複雑なレプリケーションに関連する考えられています。
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Representative Results
やや弱めのプロトコルを行った BCBL 1 セルを用い、ラナと K Rta RNA のみ染色 (図 1)。この実験では、積極的に転写のウイルス エピソームがあると細胞の人口に KSHV 再活性化刺激への反応の不均一性を調べることが出来ます。図 1の矢印で示されたセル、密接にウイルス エピソーム (ラナでマーク) の分布に一致する領域で異なる K Rta 蛍光は KSHV ゲノムに近い場所を取ってアクティブな転写のための証拠。同じサンプルでは図 1の矢印で示される 1 つのような細胞が観察できます、くらい弱いとびまん性 K Rta 蛍光大幅と重複しないラナとを表わす。これは細胞の人口の内で再活性化刺激への反応の程度にはかなりの変動があること一般的な所見を示しています。
図 1:ウイルス エピソームのアクティブな転写を可視化します。IFA と RNA 魚は BCBL 1 セルで実行されました。BCBL 1 セルない同期しますが、4 h を使用してラナ免疫染色の TPA とナトリウムの酪酸で治療、RNA 魚は赤であるアクティブな転写に K Rta イントロンをターゲットの実行中に、ウイルスのゲノムは緑色で, 可視化されました。細胞のクロマチンは、ポスト固定・ DAPI で透過に染まっていた。K Rta イントロンとラナの汚れが一緒に合併。完全の矢印が完全に再アクティブ化、鵜川を形成している細胞を指します。再度アクティブにするセルに向けて矢印が指している間弱い K Rta 信号によって提案。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
次にウイルス蛋白 K Rta (図 2) の発現を可視化によってチミジン同期の有効性を調べた。G1/S 相転移における TREX BCBL 1 セルを同期する二重チミジン ブロックが実行された後に、説明したプロトコルを行った (せずラナと RNAPII 染色)。K Rta 染色を調べれば、それは明らかである同期セルが非同期の人口よりも再活性化刺激により対応すること。泉谷ラボ (データは示されていない) で実施した過去の研究から、RNAPII も colocalizes より頻繁 K Rta と細胞周期の同期後が検証されています。
図 2:チミジン効果。RNA 魚は、TREX K Rta BCBL 1 セルで実行されました。セル (によって示される、「2 x なた」タイトル) 二重チミジン ブロックと同期だった。4 h K Rta イントロンから RNA 魚に交配させられたプローブの両方の非同期および同期のセル人口は TPA と DOX 扱われました。均一に明るい赤のセルがない K Rta を過剰発現、代わりに、彼らが死んで、DAPI 染色 (示されていない) を使用して検証します。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
一般的な注意としては、このプロトコルを実行するとき、DAPI で細胞を染色する大切です。し形細胞は、核の断片化とブレブが簡単に認識できます。重い誘導刺激と一般的な細胞文化実践を考えると、見られるようにいくつかの死んだ細胞の一般的です。常にライブとデッドの細胞と区別する主な方法として DAPI で染色することが重要です。時々 抗体や RNA プローブのアポトーシス細胞に巻き込まれる信号を生成、したがってそれらの細胞を解析から除外することが重要です。いくつかの追加機能を提供することができます DAPI 染色の例図 3矢印で示されたオブジェクトは 1 つではなく実際に 3 つのセルであることは明らかです。
図 3と図 4で示したイメージがより点状のパターンを作成が逆算されたことに注意してくださいすることが重要です。RNAPII の汚れを調べると、矢印で示されたセルの違いとその他の周囲の細胞を見ることができます。RNAPII 信号がデコンボリューションのため通常よりもより顕著こと特筆です。
この手法と並んで 3 D 顕微鏡を用いた RNAPII、ラナ、K Rta の空間関係を問い合わせることができます。たとえば、図 4リングのような RNAPII 構造は周辺に点在 KSHV ゲノムと見ることができます。一般に、ラナは通常細胞転写工場の開発に RNAPII と colocalizes します。ただし、すべてラナ ドットの colocalize と RNAPII、研究、4番目のディメンション (時間) はこの表現型を明らかにする必要になります。(図 4) 個々 のセル内でも再活性化刺激に応えて episomal 不均一性を表す K Rta 信号と colocalize はないいくつかのラナ ドットを追加することが重要です。
図 3:結合 IFA とイントロン RNA 魚。IFA と RNA 魚は、TREX K Rta BCBL 1 セルで実行されました。ウイルスのゲノムはラナ (緑)、転写された K Rta mRNA (黄色) のイントロン領域の RNA 魚と可視化、RNAPII (レッド) 集会は対仏投資庁, で標識したし、イメージに DAPI を使用して染色最後にセルはアクティブの免疫染色に位置していたDNA (青)。TREx K RTA BCBL 1 セルはセルが 4 h の TPA と DOX 潜伏経由で再アクティブ化された、二重チミジン ブロックを使用して同期され、24 h 後でセルを修正しました、グリセリン、さらにイメージングのために準備します。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
図 4:ウイルスの転写工場の 3 D 視覚化します。イントロン RNA 魚 K Rta イントロン プローブ (ライトブルー)、RNAPII (赤) ・ ラナ (緑)、(紺) を染色 DAPI DNA の免疫染色を用いたします。Z スタック顕微鏡で撮影、処理、商業のイメージング ソフトウェアで構築の 3 D レンダリングを逆算 (材料の表を参照)。TREx K Rta BCBL 1 細胞二重チミジン同期、TPA と 4 h セルの DOX で処理し、再活性化された刺激後 28 h 処理。してくださいここをクリックしてこのビデオを表示します。(右クリックしてダウンロード)
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Discussion
異常な状況に合わせて変更することができますプロトコルのいくつかの側面があります。固定・透過バッファーの選択を変更することも。固定バッファーのパラホルムアルデヒドも効果的で、透過性のエタノールを使用ことができます。
ホルムアルデヒドがウシ血清アルブミン (BSA) の不在で抗体を無効にするを防ぎますが、グリシンの PBS のステップをスキップできます、coverslips を洗って徹底的に十分な場合、PBS お勧めグリシンとホルムアルデヒドを焼入。プロトコルでは、ブロッキング液としてウシ血清アルブミンを使用して避けてください。パイロットによる RNA の劣化と思われる RNA 魚、弱いシグナルを示した泉谷ラボで実施。一次抗体のブロックが必要な場合は、RNase フリー BSA を使用することをお勧めします。過去の経験、それがついた、抗体が特定の場合 BSA の包含は反応に必要ありません。ただし、それは常に酵母すべて孵化の tRNA のステップ超過額を含める推奨 RNA の劣化を防ぐ。これは、エージェントをブロックとして tRNA を使用して、特定の RNA 魚信号が増加したことが注目されています。
細胞周期同調より効率的かつ同期 KSHV 再活性化を生成する実装されています。細胞周期同調、ヒドロキシウレアまたは血清飢餓は代替的なアプローチにあります。それは、そのヒドロキシウレアはチミジン ブロックを使用して有効だけでヒドロキシウレアの孵化に KSHV 弱が再アクティブ化が確認されています。
この手法は、他の研究にどのように適用できますか?泉谷ラボの最も最近の出版物で、積極的に KSHV エピソームと RNA pol II、RNA 転写に必要な酵素を転写の共存に注目が示されました。ただし、共活性剤、共リプレッサーおよび細胞の転写因子の数を KSHV 遺伝子発現制御に関与するいるといわれます。定量的 RT-PCR 法はウイルスの写しを定量化し、ウイルスの遺伝子発現に及ぼす影響を評価する歴史的に培養細胞の人口 (再アクティブ化と潜熱の両方の混合物) に使用されています。上記のアプローチを使用して、解析することができますに狭くウイルスの転写を確認する 1 つの episomal レベル。したがって、他の細胞やウイルスの酵素の時空間的制御は KSHV 再活性化との関係に洞察力を得るために調べることができます。しかしそれはまた RNA イントロン領域の一時的な性質はその劣化魚 RNA プローブを交配させると通常ローカライズに依存ため、アクティブな転写が行われている、特筆、イントロンが低下していないかどうかすぐに、魚プローブは、常にアクティブな転写近くにない信号を表示できます。
現時点では、細胞転写工場の形成と彼らのゲノムのサイズと携帯電話のプロモーターの構成の複雑さのためその後の遺伝子発現との関係を研究することは困難です。この点で、KSHV エピソームは、比較的小さいゲノムのサイズ、明確な RNA Pol II 集計層で定義された再活性化機構の結果として理想的なツールをすることができます。KSHV の操作可能ウイルス ミニ染色体を使用して、herpesvirology は、ユニークな角度から細胞のエピジェネティクス研究分野に貢献できます。
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Disclosures
この論文の著者には、金融関係や競合する利害の衝突があります。
Acknowledgments
この研究は、国立衛生研究所の助成金 (R01 DE025985)、アメリカ癌協会の研究学者賞 (RSG-13-383-MPC) にサポートされていました。この作品もによって支えられた米国農務省の (2015-67015-23268 と 2014-67015-21787) とカリフォルニア大学から新しい研究イニシアティブ助成金からの助成金・ デイヴィス。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| RPMI medium 1650 GlutaMAX | Gibco by Life Technologies | 61870-036 | Needs to be warmed to 37 °C |
| Fetal Bovine Serum | Omega Scientific Inc. | FB-11 | |
| Pen Strep Glutamine (100x) | Gibco by Life Technologies | 10378-016 | |
| Thymidine | Sigma Aldrich | T9250 | |
| Dulbecco’s Phosphate Buffered Solution | Gibco by Life Technologies | 14190-144 | |
| TPA | Sigma Aldrich | P1585 | |
| Sodium Butyrate | Sigma Aldrich | B5887 | |
| Formaldehyde Solution | Sigma Aldrich | 252549 | Corrosive, toxic, health hazard |
| Diethyl Pyrocarbonate | Sigma Aldrich | D-5758 | Acute toxicity |
| Glycine | Sigma Aldrich | 410225 | |
| Acetone | Sigma Aldrich | 179124 | Flammable, toxic |
| Methanol | Fisher Chemical | 67-56-1 | Flammable, toxic, health hazard |
| Rat monoclonal antibody to KSHV/HHV-8 ORF73 | Advanced Biotechnologies | 13-210-100 | |
| Anti-RNA Polymerase II Antibody clone CTD4H8 | EMD Milipore | 05-623 | |
| Ribonucleic acid, transfer from baker’s yeast (S. cerevisiae) | Sigma Aldrich | 9014-25-9 | |
| Saline sodium citrate buffer 20x (SSC) | Thermo Fisher Scientific | 15557044 | |
| Formamide | Sigma Aldrich | 295876 | |
| Omnipur Dextran Sulfate, 50% solution | EMD Milipore | 1916C093 | |
| DAPI (4’,6-diamindino-2-phenylindole, Dihydrochloride) | Thermo Fisher Scientific | D1306 | |
| slowFade Gold antifade reagent | Life Technologies | S36936 | |
| Micro cover glass 22x22 | Matsunami | C022221 | |
| VoloCITY | 3D imaging software | ||
| DeltaVision microscope | |||
| Superfrost/Plus microscope slides | Fisher Scientific | 12-550-15 |
References
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