Summary
双链 DNA 断裂的修复是一个动态过程, 不仅需要在断裂时形成修复配合物, 而且要解决病变后的解决方法。在这里, 我们使用免疫荧光显微镜的短暂和长期的双滞留断裂作为一个工具来解剖这个基因组维持机制。
Abstract
在 DNA 中修复双链断裂 (DSBs) 是一个高度协调的过程, 它有必要形成和解决多蛋白修复复合体。这一过程是由无数的蛋白质, 促进蛋白质的联想和解除这些病变。在很大程度上, 由于能够执行一个巨大的蛋白质库功能屏幕, 有一个更大的赞赏的基因, 双链 DNA 断裂修复。经常敲除或化学抑制剂屏幕识别参与修复过程中的蛋白质, 使用增加的毒性作为一个标记的蛋白质, 这是需要的争端处理修复。功能分析虽然对于确定涉及维持基因组保真度的新的细胞蛋白很有用, 但需要确定感兴趣的蛋白质是否促进修复复合体的定位、形成或解决。
通过免疫荧光显微镜可以很容易地检测到修复蛋白的积累。因此, 这些蛋白在 dna 损伤部位的联想和解除可以通过在诱导双链 DNA 断裂后观察这些核病灶来获得。这种方法还可以识别错误本地化的修复因子蛋白, 如果修复缺陷不同时发生, 修复不完全延迟。在这种情况下, 长时间的双链 DNA 断裂可以通过表达一个罕见的切割限制性 (例如, I-SceI) 在细胞中, 该酶的识别站点已经集成到细胞基因组中来设计。由于忠实的修复将重新引入酶的识别部位, 引发另一轮的分裂, 因此导致的病变特别难以解决。因此, 消除了修复动力学的差异。如果未形成修复配合物, 则会阻碍局部化。本协议描述了确定修复动力学的变化以及修复蛋白质定位所需的方法。
Introduction
每天, 人体内的每一个细胞都被轰炸, 估计有1万的 DNA 病变1。这种存在的威胁使我们面临突变、肿瘤以及细胞死亡的风险。为了保护基因组的保真度, 哺乳动物细胞进化成了一系列复杂的蛋白质联想和修饰对 DNA 损伤的反应。这种反应被组织成多个途径, 统称为 DNA 损伤反应 (DDR)2,3。复员方案包括 dna 修复蛋白在 dna 损伤的积累, 在世俗和空间上协调。DDR 经常诱发细胞周期骤停, 以避免在复制受损 DNA2、4、5时可能发生的损伤传播或强化。反过来, 细胞活力也必须在修复完成后关闭解除修复复合体的细胞周期停止。
在各种类型的 DNA 损伤中, DSBs 是最有害的。未能修复 DSBs 可能导致染色体重排或大规模删除, 如失去整个染色体武器。DSBs 的修复分为两个路径6,7,8。同源重组 (HR) 要求姐妹染色体作为 DNA 模板使用, 因而被限制在细胞周期9,10的晚 S 和 G2/M 阶段。非同源端连接 (NHEJ) 没有这些限制, 但在修复 DSBs11、12时可能会导致小的删除。
特别报告人修复和复员方案一般是积极的调查领域。尽管被组织成很方便的分离通路, 却有大量的冗余。事实上, 许多蛋白质 (例如 BRCA1、BRCA2 和 RPA 复合体) 都涉及多个路径13、14、15、16。一条通路修复病变, 可导致损伤中间体, 必须由另一通路14修复。这些途径交织在一起, 结合他们的复杂任务, 将正确的蛋白质在正确的地方适当地为必要的时间, 需要一个多层次的管理过程。
最近的一份报告强调了复员方案错综复杂的情况, 表明修复复杂的形成、解决和定位可以分别被削弱17。下面的协议的总目标是彻底解剖细胞修复争端的能力。利用免疫荧光显微镜, 在 DSBs 诱导后的代表性时间点可以可视化损伤部位的修复蛋白积累。
这种技术对常用的方法有几个优点。通常, 在单个时间点进行修复, 不能代表修复配合物的装配和离解的动态过程。从初始激活到完全分辨率, 观察整个修复范围, 可确保延迟修复不认错为完全抑制。相反, 它保证了无法停用的修复响应的诱导, 不认错为正常或过度激活。
然而, 延迟蛋白复合物的形成和修复蛋白的错误定位可能与这种方法没有明确的区别。为了确定修复蛋白在定位时是否与延迟有关, 可以通过酶解细胞 DNA 来引入 "长效" 的分裂分子。所产生的病变是裁每次修复时, 导致一个明显的大核修复重点和消除时间限制, 从招聘。这可以通过修改现有的方法, 使用罕见的切割限制性 (如SceI) 来诱导一个长期的争端解决办法来实现。DSBs 的寿命使免疫荧光显微镜能直观地显示出难以捉摸的修复蛋白。增强的丰度还可以改善可视化, 当检测受到限制的抗体质量, 这一特点, 可能是有用的, 当较小的研究蛋白质被认为对 DNA 修复的影响。
值得注意的是, 我们提供了一个自由图像处理和分析软件 (如ImageJ) 的明确指令。这就消除了图像分析中的一个主要的金融障碍, 打开了对更广泛的受众进行 DNA 损伤修复的审问。
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Protocol
请注意, 本协议是为包含 SceI 识别站点18的 U2OS 单元格编写的。细胞不需要 U2OS, 但必须包含 SceI 的网站。根据所使用的细胞类型, 可能需要对该协议进行调整 (例如, 种子细胞数和潜伏期)。
1. 定义争端修复复杂地层的动力学
- 在10厘米的组织培养板上生长 U20S-DRGFP 细胞, 直到85–90% 汇合。
- 去除培养基, 在室温下 (RT) 在3毫升 EDTA 中孵育2分钟。
- 用1毫升的胰蛋白酶取代 EDTA, 在37摄氏度孵育5分钟. 确保细胞与平板表面分离, 通过显微镜观察。中和胰蛋白酶与5毫升 Dulbecco 的改良鹰培养基 (DMEM) 补充10% 胎牛血清 (血清) 和1% 青霉素/链霉素。
- 用 hemocytometer 和台盼蓝排除法确定悬浮液中细胞的浓度。
- 种子 6 x 103细胞/井在200µL 的玻璃底部96井板。另外, 种子 4 x 106细胞在8毫升在12毫米盖玻片放置在 10 cm 板材。
注意: 每个井或盖玻片表示单个时间点, 包括控件。 - 在37摄氏度和 5% CO2的夜间生长细胞。
- 诱导 DSBs
- 将介质从96井 plate/10 cm 盘中更换为 h2O2稀释至浓度为25µM 与 DMEM + 10% 血清和孵育37摄氏度 1 H。
- 用 1x PBS 清洗细胞 3x, 并用新鲜的 DMEM 补充10% 血清和1% 青霉素/链霉素。孵化细胞在37°c 为 0, 1, 4, 8, 24, 和 48 h. 确保每项试验都使用 h2O2的新鲜稀释。
注意: 为了避免在这里使用的 H2O2浓度的细胞中杀死癌细胞, 要确保损伤的剂量足够低, 这样大的细胞就能避免细胞凋亡和衰老。观察恢复过程是至关重要的。这是最好的实现通过测量灵敏度的范围内的剂量。进行 MTT 试验或其他细胞活性测定, 以确定可以使用的过氧化氢的最小浓度。
- 固定和 permeabilizing 细胞
- 用 1x PBS 冲洗细胞3次。从10厘米的板上取下一个盖玻片, 并将其放在24井板的一个井中固定。使用针和镊子小心地去除盖玻片和避免刮伤细胞从盖玻片表面。
- 在 1 h2O2曝光和新鲜 DMEM 替换 (0、1、4、8、24和 48 h) 后的指定时间, 用4% 多聚甲醛 (煤灰) 孵化15分钟的细胞。
- 用 PBS 清洗固定盖玻片3次。Permeabilize 在 1x PBS 中稀释了0.5% 非离子洗涤剂的细胞。孵育15分钟在 RT, 前洗涤3x 与 PBS。
注: 通透后, 盖玻片的贮存在 PBS 中可能在4摄氏度, 至少一周。
- 修复复杂可视化
- 阻止96井板/盖玻片在溶液中3% 牛血清白蛋白 (bsa) 和0.1% 非离子洗涤剂稀释在 1x PBS (3% BSA 溶液) 为 1 h 在 RT。
- 孵化与主要抗体靶的修复蛋白的利益, 稀释根据制造商的规格在 3% BSA 解决方案为1小时的 RT, 前清洗3倍, 1x PBS。
- 在 3% BSA 溶液中, 根据制造商的协议, 孵育96井板/盖玻片和二级抗体稀释。确认二次显影没有重叠的激发或发射谱。
- 在洗涤细胞与 PBS 3 次添加 DAPI, 根据制造商的规格稀释 1x PBS 和孵化在 RT 5 分钟。
- 将盖玻片安装在幻灯片上, 并放置一个安装代理, 确保单元格端面朝下。仔细按盖玻片, 用擦拭剂浸泡任何多余的安装代理。
- 用快干透明指甲油密封盖玻片, 并确保盖玻片与滑轨完全密封。
- 通过聚焦在 DAPI 通道上的共焦显微镜图像, 在其他通道 (有兴趣的 DNA 修复基因的信号), 以避免引入偏见的实验。
- 或者, 图像可以获得通过采取 Z 部分的期望区域和冷凝图像到一个单一的平面, 以可视化所有可检测的病灶。
注: 如果在选定的时间点未观察到争端解决方案或感兴趣的蛋白质, 则在最初选择广泛的时间点 (0–48 h 后的 DSBs) 时确定何时解决问题。兴趣的时间点会因其诱导的方法和兴趣的修复蛋白而异。
- 使用自由 ImageJ 软件来定义免疫荧光显微图像中的细胞核。
注: 要打开显微镜图像, 必须在 ImageJ 中安装生物格式插件。- 通过将图像文件拖到 ImageJ 窗口中, 或者从 ImageJ 的 "插件" 工具栏中选择 "生物格式导入程序", 打开共焦图像 (. czi 或. tif)。
注意: 将出现 "生物格式导入选项" 窗口。 - 选择 "分割通道", 将图像拆分为 "生物格式导入选项" 窗口中的本构 DAPI 和荧光图像。
- 从下拉菜单中选择 "颜色选项" 中的 "彩色"。选择 "确定" 以将 DAPI 和组蛋白 H2AX (H2AX) 图像作为单独的窗口打开, 然后选择 DAPI 图像。
- 选择 "图像" 工具栏和 "调整阈值" 选项以选择原子核。
注意: 将出现一个 "阈值" 窗口。 - 通过将 "阈值" 窗口的底部条完全向右滑动来调整图像阈值。调整顶部条形图, 直到原子核以不同的轮廓显示为完全红色, 背景为黑色。请勿选择 "应用"。关闭 "调整阈值" 窗口。
- 选择 "分析" 工具栏和 "分析粒子" 选项。请参阅屏幕上出现的 "分析粒子" 窗口。
- 输入原子核的最小大小。
注: 低于所输入尺寸的粒子将不会算作原子核。 - 从 "显示" 下拉菜单中, 选择 "轮廓"。选择 "添加到管理器" 选项。单击 "确定" 打开 "ROI 管理器" 窗口。
注意: 原子核的轮廓将出现在一个单独的窗口中。 - 为可以从 "ROI 管理器" 窗口中选择的原子核分配编号。
- 通过将图像文件拖到 ImageJ 窗口中, 或者从 ImageJ 的 "插件" 工具栏中选择 "生物格式导入程序", 打开共焦图像 (. czi 或. tif)。
- 使用 ImageJ 量化免疫荧光显微图像 H2AX 病灶。
- 选择 "H2AX" 灶窗口 (染色荧光共轭二次抗体)。然后, 选择 "进程" 工具栏, 选择 "查找最大值" 以找到原子核内的焦点。
注意: "查找最大值" 窗口将打开。 - 从 "输出类型" 下拉菜单中选择 "单点" 选项, 然后选择 "预览点选择" 以可视化最大值/焦点。根据图像的荧光强度输入 "噪声耐受" 值 (图 1)。检查带有小黑点的白色窗口的外观。
注意: 这些点表示已检测到的 H2AX 焦点/极大值。对于正在分析的所有图像, 必须保持常量的噪声容差值。低/高噪声耐受将描绘在原子核内的太多/很少的极大值 (病灶), 并不会准确地表示核内的病灶。 - 从 "ROI 管理器" 窗口中选择 H2AX 焦点必须量化的原子核。通过检查 "全部显示" 选项选择所有原子核。
- 选择 "度量值" 以测量选定原子核中最大值/焦点的个数。
注意: 最大值/焦点的数目显示为255的倍数,即, 一个最高的 "RawIntDen" (集成密度) 读数为255。 - 复制 "RawIntDen" 值并将其粘贴到软件中进行数据分析。
- 选择 "H2AX" 灶窗口 (染色荧光共轭二次抗体)。然后, 选择 "进程" 工具栏, 选择 "查找最大值" 以找到原子核内的焦点。
2. 对长期双链 DNA 断裂的定位分析
- 96-井板/盖玻片上的种子细胞, 如1.1 和1.2 节所述。
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双链 DNA 断裂诱导的研究
- 染细胞与 I-SceI 表达载体使用脂质为基础的转染试剂根据制造商的规格。在转染后等待 24–72, 以最大化限制性表达式。确定转染是否成功, 通过定位一个奇异的大核γ H2AX 焦点细胞。
-
获取图像
- 修复, permeabilize, 块, 并清洗96井板/盖玻片, 如第1.8 节所述。
- 联合孵化细胞与抗体抗γ H2AX 和修复蛋白的兴趣 (这里, 使用的主要抗体对 RAD51) 稀释根据制造商的规格, 在 3% BSA 解决方案。
- 用 1x PBS 清洗96井板/盖玻片3次。在 3% BSA 溶液中, 根据制造商的协议, 孵育96井板/盖玻片和二级抗体稀释。确认二次显影没有重叠的激发或发射谱。
- 识别具有大核γ H2AX 焦点的细胞。只拍这些细胞的照片, 以避免偏见。
-
长效 I. SceI 诱发病灶的分析
- 通过计算有大γ H2AX 灶的细胞数量和感兴趣的修复蛋白的共同局部病灶, 手动分析持久灶。
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Representative Results
图 1描述了使用 ImageJ 对最大值/焦点量化的正确噪声判别的选择。DAPI 的合并图像和感兴趣的修复蛋白在左面板上。图 1A显示了90的噪声判别, 并标记了正确的焦点数目。在定量过程中不计算边缘上的原子核 (用粉红色箭头描绘) 和原子核外的病灶 (用黄色箭头描绘)。图 1B描述了低噪音公差50。在原子核外和细胞核内都能识别出无数的极大值。图 1C显示高噪音耐受度为220。仅检测到单个焦点 (白色箭头)。为了给读者提供 "正面" 和 "负面" 结果的感觉, 我们还在图 2中编译了代表性的结果。具体而言, 图 2A 描述了γ H2AX 聚焦 (绿色) 与修复蛋白 (红色) 之间的协同定位。同样, 在这个面板的左上角显示一个 untransfected 单元格, 右上角显示具有非核 (假) γ H2AX 焦点的单元格。请注意, 与 DNA 损伤机械的微核联系可能是这些非核灶19的来源。图 2B提供了一个更高的放大倍数的两个右-大多数细胞从图 2A , 以提供清晰的, 他们如何确定是内部和外部的细胞核, 分别。如图 2C所示, 不与修复蛋白共定位的核γ-H2AX 焦点的例子。图 3中提供了此协议的示意图, 其中概述了 DNA 修复的特征描述方法。
图 1: 双链 DNA 断裂修复动力学的代表性分析.使用 ImageJ (带有生物格式插件) 软件的 H2AX 病灶量化的代表性图像。左面板是原子核的复合图像 (40X 放大), 染蓝的 DAPI 和绿色的γ H2AX。中心面板显示参考未分析的核与γ H2AX 病灶/极大值。(A) 右面板显示最大值/病灶检测, 其噪声耐受度为 90, 代表核内病灶数目的实际估计。(B) 右面板显示低噪声耐受 (50) 的极值量化。最大值/病灶可以检测到原子核外 (黄色箭头), 而位于原子核内的最大最大值为非特定背景信号。(C) 右面板显示高噪声耐受 (220) 的极值量化。在原子核中只检测到一个最大/焦点 (白色箭头), 而不代表原子核内的病灶。请单击此处查看此图的较大版本.
图 2: 代表性 I-SceI 诱导双链 DNA 断裂.盖玻片上生长的细胞的细胞核的代表性图像 (40X 倍放大)。细胞核被染成蓝色。修复蛋白 (RAD51) 染红, γ H2AX 被染成绿色。(A) 三个面板显示相同的三个细胞。在最左侧的面板中, 原子核是可见的。在中间板, 显示 RAD51 染色。在右侧的面板上, 显示了γ H2AX 染色。右上角的细胞核不显示任何 SceI 诱发 DSBs 的迹象。中心的原子核 (粉红色箭头) 代表了一个真正的积极的事件, 因为它既有一个大的γ H2AX 核焦点和共同本地化的 RAD51 核焦点。右侧的原子核有一个假的大γ H2AX 焦点, 因为它是原子核。核外病灶不应用于联合定位分析。(B) 这是在 a 部分 (中心和右侧大多数单元格) 中合并图像的更高放大倍数。RAD51 和 H2AX 信号重叠的大核黄色焦点表示为粉红色箭头。(C) 有代表性的核γ-H2AX 焦点图像, 而不需要对 DNA 修复蛋白进行联合染色。与在 (a) 和 (B) 中用白色箭头表示的焦点不同的是, 黄色箭头说明了当修复蛋白无法定位到损坏部位时的典型结果。刻度条 = 15 µm.请点击这里查看这个数字的大版本.
图 3: 分析双链 DNA 断裂修复的协议的可视化描述.(1) 在盖玻片/玻璃底板上播种细胞的协议步骤1.1 的表示法。(2) 用过氧化氢 (右) 处理或诱导转染3µg I-SceI 的双绞线断裂诱导双绞线断裂的实例。(3) 将协议步骤1.4 的表示形式1.5.3 为双链断裂的可视化。(4a) 图像, 代表 DAPI (蓝色) 和γ H2AX 病灶 (绿色) 染色的细胞共焦显微术。(4b) 奇异大γ H2AX 灶 (绿色) 的图像再次核染色 DAPI (蓝色)。(5a) 使用 ImageJ (协议步骤 1.10.1–1.11.5) 对γ H2AX 病灶进行分析的描述。(5b) 对大型长效γ H2AX 灶人工计数的描述 (协议步骤 2.4)。请单击此处查看此图的较大版本.
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Discussion
dna 损伤修复的一般分析和双链 DNA 断裂的修复具体来说是一个活跃的研究领域, 因为它的后果跨越肿瘤发生到基本生物学6,20。本手稿详述了一种方法, 准确地剖析了 RAD51 和γ H2AX 蛋白对 DSBs 通过 HR 的分辨率的贡献. 展望未来, 此方法可用于阐明修复蛋白在 DSBs14中的附加功能。修复动力学的比较和对 SceI 诱导的 DSBs 与细胞之间的控制细胞与蛋白质的兴趣敲掉了, 将定义该蛋白对招募、本地化和修复因素的解决 DSBs。
可视化修复动力学比常用方法具有多种优点。通常, 在单个时间点进行修复, 不能代表修复配合物的装配和离解的动态过程。观察从初始激活到全分辨率的全部修复, 确保延迟修复不认错为完全抑制。相反, 它保证了在没有停用该响应的情况下, 进行修复响应的诱导不会认错正常或过度激活。这些都在很大程度上改变了既定方法的应用, 但是使用罕见的切割限制性来诱导一个持久的争端解决方案是一种新的工具。它允许调查人员明确地确定修复蛋白的局部化是否受到抑制, 而不是在实验结束后短时间内被延迟。SceI 诱导的争端可能持续数天, 理论上只要酶表达 (应该细胞仍然可行)。通过活细胞成像可以观察到修复的动力学。然而, 虽然活细胞成像允许实时检测修复事件, 但由于要求蛋白质被标记为荧光, 如 GFP, 其应用受到阻碍。这种基因操作有可能改变蛋白质功能, 并代表一个额外的技术障碍。
通过 ImageJ 软件进行图像分析可能会给掌握的麻烦。为了消除其他群体的障碍, 我们提供了使用本软件进行维修重点识别和量化的分步指导。这可能会使强大的软件的利用率得到提高, 并在联邦赠款支持的缩减池中消除成本更高的程序。
原则上, 这些 DSBs 的持续时间应能使难以捉摸的修复蛋白的可视化免疫荧光显微镜。这可能是因为蛋白质难以查看, 因为它们不积累足够高的浓度, 以检测,例如, 持续的 SceI 诱导的争端, 导致一个大于典型的积累修复蛋白病变。当检测受到抗体质量的限制时, 增强的丰度还可以改善可视化;一个功能, 这可能是特别有用的, 当较少研究的蛋白质被确定对 DNA 修复的影响。迄今为止, 这种方法已经验证了 4 DNA 修复蛋白, 即 RAD51, RPA70, BRCA1 和 BRCA2 (没有显示的数据,图 2和参考17)
最后, 可以对该协议进行修改, 以扩大可被审讯的 DNA 损伤类型以及细胞环境。最明显的修改是改变诱导 DNA 损伤的来源或类型。使用 UVB、电离辐射或 radiomimetics (phleomycin、博莱霉素和甙) 研究 DNA 修复动力学的原理证明已经发表了18、19、23、24,25. 通过轻微的修改, 这种方法还可以阐明 NHEJ 对 DSBs 的修复蛋白反应. 或者, 布里顿等。描述一种可以使用26的预提取技术。此外, 还有自导偷内切酶 (i-HmuI 或 i-基底) 具有广泛的识别网站, 类似于 I-SceI27。这些酶与 SceI 的区别, 导致单链 DNA 断裂 (办学团体)。将这些酶的识别点引入细胞系, 就可以分析与本手稿中描述的协议相平行的单边带修复, 以审讯持久的 DSBs. 值得注意的是, SceI 识别的集成过程网站和验证网站的介绍可以很费力。幸运的是基因组编辑技术 (如 CRISPER/Cas9 系统) 的进步减轻了这一负担28。还有一个积极的研究领域已经成功地在工程寻的内切酶在一个理想的基因组位置切割, 这表明, 在未来, 这些工程的进步和使用 CRISPR/Cas9 可能导致这一克隆步骤是可有可无的28,29。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
我们感谢乔尔 Sanneman 和 Philine 博士 Wangemann 的共焦显微镜核心, 由堪萨斯州立大学兽医学院资助, 他们支持的努力开发这种技术。pCBASceI 是玛丽亚 Jasin (Addgene 质粒号 26477) 30 的礼物。U2OS DR-GFP 细胞是玛丽亚 Jasin18的一种礼物。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 12 mm Coverslips | VWR | 89015-725 | |
| 16% Paraformaldehyde (PFA) | ThermoFisher Scientific | 28908 | |
| 24-well plate | VWR | 82050-892 | |
| 96-well glass bottom plate | Cellvis | P96-1.5H-N | |
| Anti-H2AX Alexa488 | EMD Millipore | 05-636-AF488 | |
| Anti-Rad51 (D4B10) | Cell Signaling Technology | 8875S | |
| Bio-formats plugin for ImageJ | National Institute of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html | |
| Bovine Serum Albumin (BSA) | VWR | 97061-416 | |
| DAPI | ThermoFisher Scientific | D1306 | |
| DMEM, High Glucose | ThermoFisher Scientific | 12100046 | |
| EDTA | Invitrogen | 15576-028 | |
| Fetal Bovine Serum (FBS) | VWR | 89510-194 | |
| Goat Anti-Rabbit IgG Alexa594 | ThermoFisher Scientific | A-11012 | |
| Hydrogen Peroxide | sigma-Aldrich | 216763-100ML | |
| ImageJ Software | National Institute of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | |
| I-SceI Expression Vector | Addgene | 26477 | |
| Nail Polish- Insta Dri | Sally and Hansen | Clearly Quick (103) | |
| Phosphate Buffered Saline (PBS) | Bio Basic | PD8117 | |
| ProLong Gold Antifade Reagent | Life Technologies | P36930 | |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100-100ML | |
| Trypsin-EDTA | Sigma-Aldrich | T4049-500ML | |
| TurboFect Transfection Reagent | ThermoFisher Scientific | R0531 | |
| Tween-20 | Fisher Scientific | BP337-500 |
References
- Lindahl, T. Instability and decay of the primary structure of DNA. Nature. 362 (6422), 709-715 (1993).
- Branzei, D., Foiani, M. Regulation of DNA repair throughout the cell cycle. Nat Rev Mol Cell Biol. 9 (4), 297-308 (2008).
- Ciccia, A., Elledge, S. J. The DNA damage response: making it safe to play with knives. Mol Cell. 40 (2), 179-204 (2010).
- Auclair, Y., Rouget, R., Drobetsky, E. A. ATR kinase as master regulator of nucleotide excision repair during S phase of the cell cycle. Cell Cycle. 8 (12), 1865-1871 (2009).
- Awasthi, P., Foiani, M., Kumar, A. ATM and ATR signaling at a glance. J Cell Sci. 128 (23), 4255-4262 (2015).
- Ceccaldi, R., Rondinelli, B., D'Andrea, A. D. Repair Pathway Choices and Consequences at the Double-Strand Break. Trends Cell Biol. 26 (1), 52-64 (2016).
- Chapman, J. R., Taylor, M. R. G., Boulton, S. J. Playing the End Game: DNA Double-Strand Break Repair Pathway Choice. Mol Cell. 47 (4), 497-510 (2012).
- Daley, J. M., Sung, P. 53BP1, BRCA1, and the Choice between Recombination and End Joining at DNA Double-Strand Breaks. Mol Cell Biol. 34 (8), 1380-1388 (2014).
- Hartlerode, A., Odate, S., Shim, I., Brown, J., Scully, R. Cell Cycle-Dependent Induction of Homologous Recombination by a Tightly Regulated I-SceI Fusion Protein. PLOS ONE. 6 (3), e16501 (2011).
- Brandsma, I., Gent, D. C. Pathway choice in DNA double strand break repair: observations of a balancing act. Genome Integr. 3, 9 (2012).
- Davis, A. J., Chen, D. J. DNA double strand break repair via non-homologous end-joining. Transl Cancer Res. 2 (3), 130-143 (2013).
- Reid, D. A., et al. Organization and dynamics of the nonhomologous end-joining machinery during DNA double-strand break repair. Proc Natl Acad Sci. 112 (20), E2575-E2584 (2015).
- Chen, J. J., Silver, D., Cantor, S., Livingston, D. M., Scully, R. BRCA1, BRCA2, and Rad51 Operate in a Common DNA Damage Response Pathway. Cancer Res. 59 (7 Supplement), 1752s-1756s (1999).
- D'Andrea, A. D. BRCA1: A Missing Link in the Fanconi Anemia/BRCA Pathway. Cancer Discov. 3 (4), 376-378 (2013).
- Gudmundsdottir, K., Ashworth, A. The roles of BRCA1 and BRCA2 and associated proteins in the maintenance of genomic stability. Oncogene. 25 (43), 5864-5874 (2006).
- Liu, S., et al. Distinct roles for DNA-PK, ATM and ATR in RPA phosphorylation and checkpoint activation in response to replication stress. Nucleic Acids Res. 40 (21), 10780-10794 (2012).
- Wallace, N. A., Khanal, S., Robinson, K. L., Wendel, S. O., Messer, J. J., Galloway, D. A. High Risk Alpha Papillomavirus Oncogenes Impair the Homologous Recombination Pathway. J Virol. , (2017).
- Pierce, A. J., Johnson, R. D., Thompson, L. H., Jasin, M. XRCC3 promotes homology-directed repair of DNA damage in mammalian cells. Genes Dev. 13 (20), 2633-2638 (1999).
- Luzhna, L., Kathiria, P., Kovalchuk, O. Micronuclei in genotoxicity assessment: from genetics to epigenetics and beyond. Front Genet. 4, (2013).
- Jasin, M. Homologous repair of DNA damage and tumorigenesis: the BRCA connection. Oncogene. 21 (58), 8981-8993 (2002).
- Wallace, N. A., Robinson, K., Howie, H. L., Galloway, D. A. β-HPV 5 and 8 E6 Disrupt Homology Dependent Double Strand Break Repair by Attenuating BRCA1 and BRCA2 Expression and Foci Formation. PLOS Pathog. 11 (3), e1004687 (2015).
- Wallace, N. A., Robinson, K., Howie, H. L., Galloway, D. A. HPV 5 and 8 E6 Abrogate ATR Activity Resulting in Increased Persistence of UVB Induced DNA Damage. PLoS Pathog. 8 (7), (2012).
- Mah, L. J., Vasireddy, R. S., Tang, M. M., Georgiadis, G. T., El-Osta, A., Karagiannis, T. C. Quantification of γH2AX Foci in Response to Ionising Radiation. J Vis Exp. (38), e1957 (2010).
- Popp, H. D., Brendel, S., Hofmann, W. K., Fabarius, A. Immunofluorescence Microscopy of γH2AX and 53BP1 for Analyzing the Formation and Repair of DNA Double-strand Breaks. J Vis Exp. (129), e56617 (2017).
- Burma, S., Chen, B. P., Murphy, M., Kurimasa, A., Chen, D. J. ATM Phosphorylates Histone H2AX in Response to DNA Double-strand Breaks. J Biol Chem. 276 (45), 42462-42467 (2001).
- Britton, S., Coates, J., Jackson, S. P. A new method for high-resolution imaging of Ku foci to decipher mechanisms of DNA double-strand break repair. J Cell Biol. 202 (3), 579-595 (2013).
- Landthaler, M., Shen, B. W., Stoddard, B. L., Shub, D. A. I-BasI and I-HmuI: two phage intron-encoded endonucleases with homologous DNA recognition sequences but distinct DNA specificities. J Mol Biol. 358 (4), 1137-1151 (2006).
- Lackner, D. H., et al. A generic strategy for CRISPR-Cas9-mediated gene tagging. Nat Commun. 6, 10237 (2015).
- Chan, S. H., Stoddard, B. L., Xu, S. Y. Natural and engineered nicking endonucleases--from cleavage mechanism to engineering of strand-specificity. Nucleic Acids Res. 39 (1), 1-18 (2011).
