Summary
本文介绍了一种可重现的、准确的、时间有效的定量 PCR (qPCR) 方法来枚举 T7 噬菌体。该协议明确描述了噬菌体基因组 DNA 制备、PCR 反应制备、qPCR 循环条件和 qPCR 数据分析。
Abstract
该协议描述了定量 PCR (qPCR) 从噬菌体选择实验 (即"以此") 中枚举 T7 噬菌体的应用。qPCR 是一种基于荧光的方法来量化 DNA, 在这里, 它被用来量化噬菌体基因组作为噬菌体粒子的代理。在该协议中, 用高温加热技术描述了一种简便的噬菌体 dna 制备方法, 无需额外的 DNA 纯化。该方法只需要少量的热处理噬菌体和小体积的 qPCR 反应。qPCR 是高通量和快速, 能够处理和获取数据从96井的反应在 2–4 h. 与其他噬菌体枚举方法相比, qPCR 更有时间效率。在这里, qPCR 用于列举从以此中识别出的 T7 噬菌体对体外囊性纤维样粘液模型。qPCR 方法可以扩展, 以量化 T7 噬菌体从其他实验, 包括其他类型的以此 (e.,固定化蛋白结合, 体内噬菌体筛选) 和其他来源 (例如,水系统或体液)。总之, 这个协议可以修改, 以量化任何 DNA 封装病毒。
Introduction
噬菌体 (噬菌体) 显示技术, 由乔治·史密斯在1985年开发, 是一个强大的高通量的方法, 以识别肽或蛋白质配体的目标或受体从细胞膜, 疾病抗原, 细胞器或特定器官和组织在过去二年1,2。这里, 在噬菌体 (通常是 M13 或 T7) 的外壳蛋白上显示多肽或单链抗体的随机库, 在体外或体内对固定蛋白的平移可以识别出特定的配体。生物系统通过一个迭代选择过程。然后, 配体可以与影像或治疗药物结合, 以诊断和治疗疾病3,4。在以此的多个步骤中准确地列举噬菌体是非常关键的: (1) 量化噬菌体与基底和 (2) 量化噬菌体, 以确定是否有丰富的每一轮选择 (噬菌体浓缩表明 biopanned目标的噬菌体亲和性)。目前对定量、双层斑块检测的黄金标准提出了多重挑战;它是繁琐的, 繁琐的, 可能是不准确的大量样本。因此, 我们小组开发了一种灵敏、可重复、准确、高效的定量聚合酶链反应 (qPCR) 方法, 用于从以此5中列举 M13 和 T7 噬菌体粒子。
qPCR 是准确定量 T7 和 M13 噬菌体的一种具有吸引力和可行性的方法。由于每个单独的噬菌体粒子只能包含一份基因组 DNA (dsDNA 或 ssDNA), 一个噬菌体基因组相当于一个噬菌体粒子;通过量化噬菌体基因组的数量, 可以量化噬菌体的数量。在 qPCR 期间, 荧光记者染料在 PCR 扩增过程中, 不专门或具体通过序列特异引物结合噬菌体基因组 DNA, 荧光信号随着每轮放大而增加。当荧光信号达到阈值时, 放大的圆形/循环被指出为阈值周期 (Ct)。已知浓度的参考噬菌体 DNA 被绘制反对他们的 Ct 值, 以建立一个标准曲线。将标准曲线与 DNA 样本的 Ct 值结合, 可以对噬菌体的浓度进行插补。
虽然以前已经制定了许多战略, 并广泛地用于从以此中定量噬菌体, 但每一个都有具体的挑战。最常用和最常用的方法是双层斑块法。在这里, 宿主细菌感染了在串行稀释制备的噬菌体, 被镀在固体琼脂基体上, 并与琼脂覆盖;噬菌体被列举的斑块的数量 (即斑块形成单位或 pfu) 在琼脂板块。斑块检测是敏感但繁琐, 耗时和不准确的, 特别是对许多样品和高浓度5。此外, 酶联免疫吸附检测 (ELISA) 已经适应了列举 M13 和 T7 噬菌体粒子6,7,8。在这里, 不同稀释的噬菌体被绑定并捕获在固体基底上 (即微板块), 用噬菌体特异抗体进行探测, 并使用记者 (例如,酶敏感的显色基质, 显影) 来确定存在的噬菌体粒子数量。样品的读数 (如荧光、吸光度) 可以用来量化已知浓度下的噬菌体标准的未知浓度。不同的噬菌体为基础的 ELISAs 已经开发, 但它们有潜在的局限性。一个小组开发了以纸为基础的三明治 ELISA, 其量化范围跨越七级 (102-109 pfu/毫升);然而, 这种方法需要多步骤的抗体涂层, 并采取了整整一天的化验8。我们的小组还开发了一种 ELISA 方法, 以量化 M13 噬菌体粒子, 但有一个不太敏感的 检测范围为 10 6 至 1011 pfu/毫升5。已开发出可切换的镧系荧光探针, 用于枚举 M13, 可在20分钟内获得量化数据;然而, 这种检测有一个狭窄的动态范围为 109至 1012 pfu/毫升9。一组使用原子力显微镜在溶液中列举 M13 噬菌体粒子, 但这需要先进的电子显微镜, 只有在10的浓度范围内工作。另一项研究使用单分散乳液诱捕荧光 M13 和 T4 报告噬菌体和计数噬菌体的数量的荧光液滴;然而, 这种方法也显示了一个狭窄的量化范围从 102到 106 pfu/毫升11。当液滴数字 PCR 用于定量 M13 噬菌体时, 这种方法无法区分传染性和非传染性噬菌体粒子的数量12。
我们的小组最近开发了 qPCR 方法, 以列举 T7 和 M13 噬菌体从以此识别的血脑屏障细胞模型使用两种不同的荧光记者染料5。与上述量化方法相比, 我们开发的 qPCR 方法是高通量和时间效率的数量众多的样本, 并能够区分传染性和非传染性噬菌体与 DNase I 预处理的噬菌体样本。重要的是, 这种方法可以重现性和准确地量化 M13 和 T7 噬菌体从以此样本。为指导在噬菌体 qPCR 领域的新手研究人员, 这里我们描述了一个详细的 qPCR 方法来列举 T7 噬菌体颗粒从半胱氨酸约束的图书馆 (CX7C) 对体外囊性纤维化 (CF) 粘液屏障。从这项工作, qPCR 方法可以扩展, 以量化的噬菌体粒子从其他类型的以此和其他来源, 包括水, 土壤和体液。
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Protocol
1. T7 噬菌体基因组 DNA 引物设计与分析
- T7 噬菌体基因组 DNA 扩增的设计底漆。
注: F (正向) 和 R (反向) 引物 (见材料表) 放大位于库变量区域上游的 T7 DNA 序列 (图 1)。 - 选择合适的底漆分析仪来评估底漆的参数, 包括熔融温度 (Tm)、GC 含量 (GC%)、底漆脂肪酸、发夹形成和 PCR 适用性 (图 1)。
- 命令引物寡核苷酸 (寡核苷酸), 并在抵达后, 并用重悬冻干寡核苷酸在 DNase 和 RNase 自由超纯水, 使100µM 库存浓度在1.5 毫升离心管, 并贮存在-20 °c 几个月。
- 在100µM 底漆上, 制作几个整除数 (每1.5 毫升管约50µL)。
注意: 此步骤用于防止频繁的冻融循环。
2. 制备 T7 噬菌体基因组 DNA 量化标准
- 连续稀释0.1 µg/µL (1.0 x 108 fg/µL) 参考 T7 噬菌体 DNA (购买; 在已知的浓度为0.1 µg/µL, 参见材料) 10 倍从 1.0 x 106到 1.0 x 100 µL 与超纯 H2O 在0.2 毫升 PCR 管。准备每个浓度的总体积为20µL (图 2)。
- 漩涡的 PCR 管, 以确保彻底混合在每一步稀释。另外, 在将 DNA 样本添加到以下稀释中时, 要改变提示。
注: 建议为每批 qPCR 实验的标准曲线准备新的 DNA 标准解决方案。 - 使用等式 1 (以下) 将 T7 噬菌体参考 DNA 浓度从 fg/µL 转化为基因组拷贝 (gc)/µL (图 2)。
- T7 噬菌体 DNA 浓度在 gc/µL =
(1)
注: bp: 基对;T7 基因组 DNA 的参考文献是 37314 bp。
(1)3. qPCR 反应准备前对噬菌体样品的预处理
-
(备选案文 1)吸管20µL 的一个 T7 克隆 (噬菌体) 选择从以此抗体外囊性纤维化 (CF) 样粘液模型成1.5 毫升离心管。将1.25 个 DNase I (0.5 µL) 的单位添加到每个20µL 样本。
注: T7 噬菌体半胱氨酸受限七肽库 (CX7C) biopanned 在24井膜插入物 (见材料表) 上涂敷15分钟的 CF 状粘液。进一步的细节在结果部分提供。从洗脱液中选择了一个 T7 克隆, 用于 qPCR 样品的制备。- 选项 2: 吸管200µL 的 T7 克隆成1.5 毫升管, 并添加5单位 DNase I
(2 µL) 给每个样品。
注: 在这个步骤选择的噬菌体样本量取决于收集的体积从以此。虽然该议定书的重点是 biopanned 噬菌体的 qPCR, 以此的步骤在 T7 噬菌体套件的用户协议中详细说明 (见材料表)13。
- 选项 2: 吸管200µL 的 T7 克隆成1.5 毫升管, 并添加5单位 DNase I
- 盖 T7 噬菌体样品管 (步骤 3.1) 和孵化他们在37°c 10 分钟在一个加热干浴 (即,热块)。
- 孵育管 (从步骤 3.2) 在100°c 15 分钟在一个加热干浴 (图 3A)。
注意: 由于蒸发和冷凝发生在加热步骤, 确保1.5 毫升离心管完全封闭。 - 从步骤3.3 到 18534 x g旋转热处理的噬菌体在十年代. 在十年代的触控激活模式下, 将该管放置在涡流搅拌机上, 然后在十年代再旋转 18534 x g , 将噬菌体混合在一起。
注: 自旋混合-自旋循环是为了确保所加热的噬菌体样品是良好的混合。 - 在室温下 (RT) 把样品管放在实验台上, 或者在冰箱里过夜4摄氏度。
注意: 在这个步骤中可以暂停实验。
4. 准备 qPCR 反应
注: 一种 PCR 反应为一个样品。每个 PCR 反应包含5µL qPCR 大师组合 (参见材料), 1 µL 5 µM 底漆对混合, 2 µL2O 和2µL 热处理的 T7 噬菌体样品。对于多重 PCR 反应, 除噬菌体样品外的所有试剂均在1.5 毫升管中预混。预混料中每个试剂的体积取决于 qPCR 的噬菌体样品的数量。
- 为未知浓度的 10 biopanned 噬菌体样品准备 qPCR 预混料和7份标准浓度样品。因此, 总共有51个样本, 因此, 51 qPCR 反应 (即每个样品的一个反应)。对于51反应, 准备一个预混料255µL qPCR 主混合 (51x 5 µL), 51 µL 的底漆 (51x 1 µL), 102 µL 的 H2O (51x 2 µL)。
注: 建议准备一些额外的 pcr 反应, 以弥补在 aliquoting 的数量损失, pcr 混合到每一个井的96井 qPCR 板。 - 整除8µL 的 PCR 预混料, 每井96井 qPCR 板共51口井 (即51 qPCR 反应)。在 aliquoting 期间无需更改提示。
- 将2µL 热处理的 T7 噬菌体样品 (步骤 3.4) 或 T7 噬菌体参考 DNA (步骤 2.1) 添加到每个井 (图 3B);在向油井中添加不同的 DNA 样本时改变提示, 以防止交叉污染。另外, 在 qPCR 预混料的表面下分配2µL DNA 样本 (即进入8µL PCR 预混料)。
- 用胶膜封住 qPCR 板。
注意: 无论 qPCR 板的类型如何, 此步骤都是至关重要的。使用推荐的套件完全密封板;否则, 板中的任何非密封区域都会导致 PCR 循环过程中的体积损失。 - 用铝箔包裹 qPCR 板, 使荧光漂白最小化, 并在 qPCR 设备上进行运行。
5. qPCR 循环条件
注: 在特定的 qPCR 设备上设置了 qPCR 循环条件 (见材料表)。
- 在 qPCR 设备上运行96井 qPCR 板。在设备上, 从菜单中选择设置以设置以下实验条件 (图 3C)。
- 设置自行车条件如下为样品容量10µL: 一个周期在50°c 为2分钟, 一个周期在95°c 为2分钟, 跟随40个周期 (95 °c 为十五年代, 60 °c 为1分钟)。之后, 运行熔融曲线设置: 一个周期的95°c 为十五年代, 60 °c 1 分钟, 95 摄氏度十五年代。
- 继续分析步骤6中所述的数据。
6. 分析 qPCR 原始数据并从 qPCR Ct 值转换为 T7 噬菌体的 gc/µL
- 通过分析原始数据的特征地块 (图 4), 分析原始 qPCR 数据并评估数据质量。
注: 放大图、多分量图和熔体曲线图是验证 qPCR 数据质量的关键特征地块。 -
在标准曲线的每个浓度 (步骤 2.1) 中计算三个样本中的平均阈值周期 (Ct) 值。
- 绘制平均 Ct (Y) 对对数 (gc/µL) (X) 得到线性曲线 Y = kX + b (k 是线性曲线的斜率, b 是截距)。
- 计算线性系数14 r2 (r2必须是 > 0.99)。
- 使用标准曲线 Y = kX + b 计算以此样品中的 T7 噬菌体数量 (即,在 gc/µL 中选择的噬菌体状粘液) (图 5)。
注: k 是标准曲线的斜率。 - 用以下方程计算放大效率
(2)
注: k 是参照 DNA qPCR 生成的标准曲线的斜率。90–110% 了放大效率的理想范围。
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Representative Results
不同的底漆设计工具可用于设计 qPCR 底漆。通常, 底漆设计程序都有自己的内置算法来计算和验证引物的关键参数,如GC%, Tm, 底漆二聚体或发夹形成等.一般情况下, 关键标准是相似的在不同底漆设计工具, 和底漆可以按照他们的指示设计。底漆爆破可用于确定引物的特异性。图 1显示了 T7 基因组 DNA 的可变区域上游的一个引物对。为了确定以此中噬菌体样品的未知浓度, 选择了一种绝对量化的方法--标准曲线量化--来列举噬菌体基因组 DNA 拷贝。参考 T7 噬菌体 dna (参见材料) 在已知浓度0.1 µg/µL 被连续稀释从 1.0 x 100到 1.0 x 106 µL. 公式1用于将 T7 噬菌体 DNA 浓度从成品/µL 转化为基因组拷贝 (gc)/µL;参考 T7 噬菌体 DNA 浓度为 2.66 x 101到 2.66 x 107 gc/µL (图 2)。
在制备标准曲线的参考 DNA 稀释后, 为 qPCR 制备了一 CX7C T7 噬菌体 (图 3A)。简要地, 描述选定的噬菌体的以此: 一个最初的浓度 4.2 x 109 pfu T7 CX7C 噬菌体被添加到顶端隔间 (捐助) 的 Transwell 板 (见材料表), 其中含有100µL 的 CF 样粘液和600µL 磷酸盐缓冲盐水 (PBS, 看见材料表) 在基底室 (接收器) 和被孵化了15分钟在室温 (25 °c)。15分钟后, 接收器中的洗脱液被收集;从洗脱液, 选择了一个 CX7C T7 克隆被 qPCR 量化。qPCR 反应准备是在冰上进行必要的试剂 (如qPCR 主混合物, 底漆, H2O), 如图 3B所示。在 qPCR thermocycler 上设置了 qPCR 循环条件来运行样品 (见材料表,图 3C)。
在 qPCR 运行后, 利用该软件对原始数据进行了放大图、熔体曲线图和多分量图 (图 4) 的分析 (见材料表)。放大图表明每个样品的 PCR 放大成功或失败。多分量图在整个放大周期中呈现荧光信号的放大和衰减 (记者染料 SYBR 和背景火箭染料)。熔体曲线图用于验证引物的特异性, 因为每种 PCR 产物都有一个独特的熔融温度 (Tm)。
在对 qPCR 原始数据质量进行评价后, 从参考 DNA 中生成标准曲线: Ct 值 (Y) 对数 gc/µL (图 5所示的浓度转换);这里, 它是 Y =-3.5188 X + 35.09 (R2= 0.999) (图 5A和 5B)。放大效率计算为92.4%。根据其 Ct 值, 采用标准曲线对稀释 T7 噬菌体 CX7C 克隆的未知浓度进行插补。所有的参考样品和噬菌体样品都有三份, 它们的平均 Ct 值用于计算 gc/µL 中的 DNA 浓度 (图 5)。T7 克隆的初始库存解被连续稀释, 以验证 qPCR 的稳定性和重复性, 用于 T7 噬菌体5的计数。每次稀释时, 样品都用三份制做。采用双层菌块法测定 T7 稀释的浓度;方法以前描述了5。在图 6中, qPCR 的代表结果与斑块检测相比, 测试范围为 101到 107 gc/µL. qPCR 定量的噬菌体的效价和数量均高于双层斑块测定。qPCR 方法的重复性由 101到 107 gc/µL 浓度的方差系数 (CV) 表示。结果见表 1;CV% 从2.85–27.2% 不等。
图 1: T7-415 噬菌体 DNA 载体底漆设计及设计引物的关键参数分析.利用寡聚设计工具设计了多对 T7-415 噬菌体 DNA 的引物。在验证了引物的关键参数后,如Tm、GC%、底漆-二聚体和发夹的形成, 选择了一组。请单击此处查看此图的较大版本.
图 2: T7 噬菌体参考 DNA 的标准曲线制备和单位转换.序列10倍稀释是由0.1 µg/µL T7 噬菌体参考 DNA 的标准曲线。方程1用于将 DNA 浓度从µL 转化为 gc/µL.请单击此处查看此图的较大版本.
图 3: 噬菌体样品治疗, qPCR 反应准备和 qPCR 运行.DNase 我预处理的 T7 噬菌体样品被加热在 100° C 15 分钟, 以释放 T7 DNA 从完整的噬菌体粒子 (A);qPCR 混合物是按照议定书中所述编写的。所有的准备工作都是在冰上进行的 (B);qPCR 设备和兼容软件 (C) 用于建立循环条件, 运行 PCR 周期, 获取和分析原始数据。请单击此处查看此图的较大版本.
图 4: qPCR 原始数据的特征地块.从以此 T7 噬菌体 CX7C 克隆的 qPCR 原始资料中提取了扩增图、多组分图和熔体曲线图, 对体外类似粘液屏障。在多组分图中, 被动参考染料 (火箭) 是 qPCR 主成分中包含的染料分子, 不参与 PCR 放大, 在剧情中不会显示放大信号。SYBR, 这是 SYBR 绿色染料分子在 qPCR 主混合, 将提供一个荧光信号, 应放大和衰减在 qPCR 循环。请单击此处查看此图的较大版本.
图 5: 分析 qPCR 的原始数据, 计算 T7 噬菌体粒子的 gc/µL.在 gc/µL (X) 中已知的参考 dna 浓度的对数变换, 对 T7 噬菌体参考 dna 标准曲线的阈值周期 (Ct) 进行了绘制, 以获得标准曲线 (A和B)。采用标准曲线计算了基于 Ct 值的噬菌体样品未知浓度的 X (测井 gc/µL) 值。(C) 可计算 gc/µL 中的 T7 噬菌体浓度。并给出了 qPCR 放大效率的计算方法。请单击此处查看此图的较大版本.
图 6: qPCR 的灵敏度和重复性结果, 从以此中枚举一个 T7 克隆, 从体外观察类似粘液屏障.从以此实验中选择的一个 T7 CX7C 噬菌体克隆被连续稀释成浓度范围 (表示为 E1-E7 代表 101到 107) 和三份用于 qPCR 和双层斑块测定。用 qPCR 和双层菌斑法对 T7 噬菌体克隆在每次稀释时的浓度进行量化。每一个治疗组的标准差 (SD) 均以平均值显示数据。请单击此处查看此图的较大版本.
| 重复 | |
| 浓度 (gc/µL) | CV 数据在% |
| 10 1 | 27。2 |
| 10 2 | 7.65 |
| 10 3 | 2.85 |
| 10 4 | 15。7 |
| 10 5 | 15。6 |
| 10 6 | 5.03 |
| 10 7 | 4.71 |
表 1: 一种 T7 噬菌体 CX7C 克隆 qPCR 方法的重复性.在 T7 克隆 DNA 的 101到 107 gc/µL 的量化尺度上测试了变异系数, 并以标准偏差率 (CV) 计算出了 qPCR 方法的重复性。CVs 被计算在2.85–27.2% 的范围内, 用于检测浓度。
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Discussion
我们开发了 qPCR 方法来量化噬菌体基因组 DNA5, 在这里我们描述和适应了一个 qPCR 的方法, 以列举 T7 噬菌体选择对类似 CF 粘液屏障。发布定量实时 PCR 实验 (MIQE) 指南的最低信息用于开发和验证 T7 噬菌体15的 qPCR 方法。我们从以此实验中量化噬菌体的协议是一种时间高效、可靠、经济的方法。我们的 qPCR 样品制备协议只使用高温处理 (100 °c, 15 分钟) 的噬菌体溶液, 不需要噬菌体 DNA 提取和纯化步骤相比, 常规战略11,17, 18。此外, 为了更准确地列举噬菌体粒子, DNase 在高温处理之前加入了噬菌体溶液, 以去除非封装的噬菌体 DNA18,19,20。噬菌体溶液中的非封装、残留 DNA 可能是由于噬菌体的扩增和/或噬菌体微粒的降解而缺乏封装。因此, 为了准确量化完整的噬菌体粒子的数量, 使用他们的基因组 DNA, DNase 预处理是至关重要的, 以防止 artifactually 高价值的噬菌体基因组副本。
在 qPCR 的开发和使用中有许多考虑, 可以准确地定量噬菌体。qPCR 数据的变化可以在整个协议中发生, 必须考虑以下几点才能实现准确的枚举。重要的是要确保噬菌体裂解与高温处理, 并保持噬菌体样品管在密封的条件, 以防止随后的变化, 样品浓度由于蒸发和冷凝水。总的 PCR 反应量小, 需要校准滴管和可靠的吹打技能在每一个步骤的样品准备。在 qPCR 循环过程中, 准确的 qPCR 数据需要可靠的温度控制功能, 需要对 qPCR 仪器中的热循环仪进行常规标定。为了控制变化, 议定书中描述了备选步骤。如果操作者遇到低体积吹打的困难, PCR 反应的总可达20或25µL。除了上述的故障排除步骤外, 该协议还要求标准 DNA15、21、22、23的内部控制。标准曲线的线性系数作为绝对量化方法, 决定了噬菌体枚举数据的准确性。在样品运行中使用内部控制 DNA 可以减少样品制备和 qPCR 设备的变化。
与以前描述的噬菌体定量方法相比, 我们的协议允许列举多种噬菌体的浓度, 并能区分传染性和非传染性的噬菌体微粒与和不 DNase 治疗。此外, 我们的协议是有吸引力的数量大量的样本, 使它更具成本效益, 时间效率, 和高吞吐量相比, 双层菌斑检测和其他方法。
总之, 本协议可用于在各种应用中枚举噬菌体微粒, 包括体外和体内以此, 噬菌体文库在下一代测序中的 DNA 制备和环境噬菌体污染。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
这项工作得到了 PhRMA 基金会研究启动补助金和国家心脏, 肺和血液研究所的国家卫生研究院授予编号 R01HL138251。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Materials and Reagents | |||
| Primers for T7 genomic DNA | IDT | F: CCTCTTGGGAGGAAGAGATTTG R: TACGGGTCTCGTAGGACTTAAT |
|
| T7 Select packaging control DNA | EMD Millipore | 69679-1UG | |
| MicroAmp optical 96-well reaction plate | ThermoFisher Scientific | N8010560 | |
| qPCR master mix--Power up SYBR Green master mix | Applied biosystems | A25742 | |
| MicroAmp optical adhesive film kit | ThermoFisher Scientific | 4313663 | |
| T7Select 415-1 Cloning Kit | EMD Millipore | 70015 | User protocols : http://www.emdmillipore.com/US/en/product/T7Select-415-1-Cloning-Kit,EMD_BIO-70015#anchor_USP |
| DNase I solution | ThermoFisher Scientific | 90083 | |
| 24-well transwell plate | Corning | 3472 | |
| UltraPure DNase/RNase-Free Distilled H2O | Invitrogen | 10977015 | |
| Phosphate Buffered Saline (1x) | Corning | 21040CV | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Equipments | |||
| ViiA7 Real-Time PCR System with Fast 96-Well Block | ThermoFisher Scientific | 4453535 | |
| Heraeus Pico 21 Microcentrifuge | ThermoFisher Scientific | 75002415 | |
| Fisherbrand Digital Vortex Mixer | Fisher Scientific | 02-215-370 | |
| HERMO SCIENTIFIC Multi-Blok Heater | ThermoFisher Scientific | Model:2001 | |
| Sorvall Legend X1 Centrifuge | ThermoFisher Scientific | 75004220 | |
| M-20 Microplate Swinging Bucket Rotor | ThermoFisher Scientific | 75003624 | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Software | |||
| QuantStudio Real-time PCR software | ThermoFisher Scientific | v1.2 | |
| Real-time qPCR primer design | IDT | ||
| OligoAnalyzer 3.1 | IDT |
References
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