Summary
نحن نقدم نموذج البروتوكول وبيانات التعريف المقترنة لاستخراج نص يصف المفاهيم الطبية الحيوية في تقارير الحالات السريرية. قيم النص منظم المنتجة من خلال هذا البروتوكول يمكن دعم تحليل عميق لآلاف الروايات السريرية.
Abstract
تقارير الحالات السريرية (المستخدمة) وسيلة قيمة لتبادل الملاحظات والأفكار في مجال الطب. يختلف شكل هذه الوثائق، ومضمونها ويشمل توصيف المرض رواية العديدة، العروض التقديمية والعلاجات. وحتى الآن، بيانات النص داخل المستخدمة غير منظم إلى حد كبير، التي تتطلب بذل جهد كبير على البشرية والحسابية لتقديم هذه البيانات مفيدة لتحليل متعمق. في هذا البروتوكول، يصف لنا طرق لتحديد بيانات التعريف المقابل للمفاهيم الطبية محددة كثيرا ما لوحظ داخل المستخدمة. نحن نقدم قالب بيانات تعريف كدليل للوثيقة التعليق التوضيحي، وإذ تسلم بأن فرض بنية على المستخدمة قد تكون تتبعها مجموعات من الجهد اليدوي والآلي. النهج الذي قدم هنا هو المناسب للمنظمة المتعلقة بمفهوم النص من مجموعة كبيرة من أدب (مثلاً، الآلاف من المستخدمة) ولكن يمكن تكييفها بسهولة لتسهيل مهام أكثر تركيزاً أو مجموعات صغيرة من التقارير. تتضمن البيانات النص منظم الناتجة عن ذلك السياق الدلالي كافية لدعم مجموعة متنوعة من مهام سير العمل في تحليل النص اللاحق: التحاليل التلويه لتحديد كيفية تحقيق أقصى قدر من مركز الحقوق الدستورية بالتفصيل، الدراسات الوبائية للأمراض النادرة، وتطوير نماذج من اللغة الطبية كل ما يجوز أكثر قابلة للتحقيق ويمكن التحكم فيها من خلال استخدام بيانات النص منظم.
Introduction
تقارير الحالات السريرية (المستخدمة) وسيلة أساسية لتبادل الملاحظات والأفكار في مجال الطب. هذه بمثابة إليه أساسية للاتصال والتعليم للأطباء وطلاب الطب. وتاريخيا، المستخدمة كما قدمت حسابات أمراض الناشئة وتلك العلاجات وهذه الخلفيات الوراثية1،2،،من34. على سبيل المثال، أول علاج داء الكلب البشري بلويس باستور في عام 18855،6 وأول تطبيق للبنسلين في المرضى الذين كانوا7 سواء أبلغت من خلال المستخدمة. وقد نشرت المستخدمة أكثر من 1.87 مليون اعتبارا من نيسان/أبريل 2018، مع ما يزيد على نصف مليون شخص خلال العقد الماضي؛ دفاتر يومية مستمرة لتوفير أماكن جديدة لهذه التقارير8. ولو فريدة في الشكل والمضمون، تحتوي على بيانات نصية التي إلى حد كبير غير منظم المستخدمة تحتوي على مفردات شاسعة، والقلق الظواهر المترابطة، والحد من استخدامها كمورد منظم. مطلوب بذل جهد كبير لاستخراج البيانات الوصفية التفصيلية (أي، "بيانات عن البيانات"، أو في هذه الحالة، وصف لمحتويات الوثيقة) من المستخدمة وتنشئ لهم كبيانات للايجاد وموجودا وقابلاً للتشغيل المتداخل، والقابل لإعادة الاستخدام (معرض)9 الموارد.
هنا، نحن تصف عملية لاستخراج النص والقيم العددية لتوحيد وصف المفاهيم الطبية محددة داخل المستخدمة المنشورة. وتشمل هذه المنهجية قالب بيانات تعريف لتوجيه الشرح؛ انظر الشكل 1 لمحة عامة عن هذه العملية. تطبيق عملية التعليق التوضيحي على مجموعة كبيرة من التقارير (مثلاً، عدة آلاف من نوع معين من المرض العرض التقديمي) تسمح الجمعية لمجموعة من النصوص السريرية المشروح، يمكن التحكم فيها ومنظم تحقيق آليا الوثائق والظواهر البيولوجية الطبية المضمنة في كل عرض تقديمي السريرية. على الرغم من أن البيانات تنسيقات مثل تلك التي توفرها HL7 (مثلاً.، الإصدار 3 ل "المراسلة الموحدة"10 أو "موارد التشغيل المتداخل الرعاية الصحية سريعة" [فر]11)، لوينك12، وتنقيح 10 "الإحصائية الدولية" تصنيف الأمراض والمشاكل الصحية ذات الصلة (ICD-10)13 توفير معايير لوصف وتبادل الملاحظات السريرية، لا يتم التقاط النص المحيطة بهذه البيانات، ولا أنها يراد بها. تستخدم أفضل نتائج أعمالنا المنهجية لفرض هيكل على المستخدمة وتيسير التحليل اللاحق، التطبيع من خلال المفردات الخاضعة للرقابة ونظم الترميز (على سبيل المثال-، التصنيف الدولي للأمراض-10)، و/أو التحويل إلى تنسيقات البيانات السريرية المذكورة أعلاه .
التعدين المستخدمة منطقة نشطة للعمل ضمن المعلوماتية الطبية والسريرية. على الرغم من أن المقترحات السابقة لتوحيد الهيكل قضية التقارير (مثلاً. أو استخدام HL7 v2.514 أو توحيد المصطلحات النمط الظاهري15) جديرة بالثناء، فمن المحتمل أن المستخدمة وسوف تواصل اتباع مجموعة متنوعة من مختلف أشكال اللغة الطبيعية وتخطيطات الوثيقة، كما أنها قد لجزء كبير من القرن الماضي. في ظروف مثالية، اتبع المؤلف تقارير جديدة عن حالة الرعاية المبادئ التوجيهية16 التأكد من أنها شاملة. ولذلك قد يكون النهج الحساسة للغة الطبيعية وعلاقتها بالمفاهيم الطبية الأكثر فعالية في التعامل مع تقارير جديدة والمؤرشفة. الموارد مثل الحرف17 وتلك التي تنتجها المعلوماتية "إدماج البيولوجيا" و curation18 السرير (i2b2) تدعم نهج معالجة اللغة الطبيعية (NLP) حتى الآن لم تفعل ذلك على وجه الخصوص التركيز على المستخدمة أو السرد السريرية. وبالمثل، قد وضعت أدوات البرمجة اللغوية العصبية الطبية مثل كتكس19 و20 من المشبك لكن عموما تحديد كلمات معينة أو العبارات (أي، الكيانات) ضمن الوثائق بدلاً من المفاهيم العامة عادة الموصوفة في المستخدمة.
لقد قمنا بتصميم قالب بيانات تعريف موحد للميزات المضمنة عادة داخل المستخدمة. هذا القالب بتعريف ميزات فرض بنية على المستخدمة – مؤشرا أساسيا لمقارنات معمقة لمحتويات الوثيقة-تسمح بالمرونة الكافية للاحتفاظ بالسياق الدلالي. ولو قمنا بتصميم الشكل المقترن مع هذا القالب لتكون ملائمة للشرح اليدوي والتعدين النص ساعدت حسابياً، قد كفلنا خاصة سهلة الاستعمال ماسحين اليدوي. ملحوظة يختلف نهجنا أطر مثل فر21من أكثر تعقيداً (ومن ثم أقل الباحثين فورا مفهومة لغير المدربين). البروتوكول التالية تصف كيفية عزل ميزات الوثيقة المقابلة لكل نوع بيانات في القالب، مع مجموعة واحدة من القيم المطابقة لتلك التي في CCR واحد.
أنواع البيانات داخل القالب تلك الأكثر وصفية المستخدمة والوثائق الطبية تركز على المريض بشكل عام. تعليق توضيحي لهذه الميزات يعزز findability وإمكانية الوصول وإمكانية التشغيل المتداخل، وإعادة استخدام النص CCR، أساسا بإعطائه بنية. أنواع البيانات في أربع فئات عامة: تعريف الوثيقة والشرح والتقرير قضية تحديد الهوية (أي خصائص مستوى المستند) ومفاهيم المحتوى الطبي (خصائص مفهوم مستوى الدرجة الأولى) وشكر وعرفان (أي ، ميزات توفير الأدلة للتمويل). في هذه العملية الشرح، تتضمن كل وثيقة النص الكامل CCR، مع حذف أي مواد محتويات وثيقة مستقلة للقضية (مثل البروتوكولات التجريبية). المستخدمة بشكل عام أقل من 1000 كلمة كل؛ مجموعة واحدة من الناحية المثالية ينبغي فهرستها بنفس قاعدة البيانات الببليوغرافية وتكون بنفس اللغة المكتوبة.
المنتج للنهج المذكور هنا، عند تطبيقه على مجموعة مركز الحقوق الدستورية، مجموعة منظمة من النص المشروح السريرية. بينما هذه المنهجية يمكن أن يؤديها تماما يدوياً، وقد صمم على أن يتولى خبراء المجال دون أي خبرة في المعلوماتية، وهو يكمل نهج معالجة اللغات الطبيعية المحددة أعلاه ويقدم البيانات المناسبة التحليل الحسابي. قد تكون هذه التحليلات التي تهم جماهير باحثين وراء أولئك الذين كثيرا ما قرأت المستخدمة، بما في ذلك:
- أولئك المعنيين بعروض المرض، سيمبتومولوجي الرئيسية، ونهج التشخيص المعتاد، والعلاجات
- أولئك الذين يرغبون في مقارنة نتائج التجارب السريرية مع الأحداث الموصوفة في الأدبيات الطبية، يحتمل أن تقدم ملاحظات إضافية وزيادة قوة إحصائية.
- المعلوماتية الحيوية والمعلوماتية الطبية الحيوية والباحثين في العلوم الكمبيوتر الذين يحتاجون إلى مجموعات البيانات لغة الطبية المركبة أو تفاهمات رفيع المستوى من السرود الطبية
- الباحثين في مجال السياسات الحكومية مع التركيز على التجارب السريرية كيف قد يعكس على أفضل وجه كيفية التشخيص والعلاج كما يحدث في الواقع
فرض بنية على المستخدمة يمكن أن تدعم العديد من الجهود اللاحقة لفهم أفضل للغة الطبية والظواهر البيولوجية-الطبية.
Protocol
1-الوثيقة وتحديد تعليق توضيحي
ملاحظة: القيم في هذه الفئة تدعم عملية التعليق التوضيحي.
- استخدام قالب التعليق التوضيحي، توفير تعيين معرف محدد لهذا التعريف، مثلاً، Case123. يجب أن يكون تنسيق معرف متسقة في جميع أنحاء المشروع (مثلاً، Case001 من خلال Case500).
- تحديد التاريخ الذي تمت قراءة وثيقة والمشروح. استخدام تنسيق تشبه "10 يناير 2018" للاتساق وقابلية القراءة.
2-حالة التقرير تحديد
ملاحظة: القيم في هذه الفئة توفر ميزات مستوى المستند وتسهم findability للمستند.
- تكون متوافقة مع تنسيق كل حقل عبر كافة التعليقات التوضيحية، والقيم الفردية مثلاً، يجب أن تكون مفصولة بفواصل منقوطة دون المسافات التالية في كافة الإدخالات. استخدام صيغ مماثلة لتلك المستخدمة في الوثيقة الأصلية أو تلك التي تستخدم في قاعدة بيانات ببليوغرافية مثل MEDLINE.
- توفير عنوان المستند.
- تقديم أسماء جميع المؤلفين من المستند بالترتيب المقدمة. تطبيع تنسيق كافة أسماء، مثل أن جميع الأسماء تأخذ شكل اسم آخر واحد متبوعاً بأي عدد من الأحرف الأولى، يصبح مثل جين باء بارك بارك جي بي. لا تقم بتضمين عناوين. فصل العديد من المؤلفين باستخدام فاصلة منقوطة دون علامات الترقيم إضافية، مثل أن جون أ. سميث، بارك جين باء يأخذ شكلاً من أشكال "جا سميث"؛ بارك سأترك
- تقديم العام لنشر هذه الوثيقة.
- توفير العنوان الكامل من دفتر اليومية التي نشرت الوثيقة. قائمة بأسماء دفتر اليومية الخاضعة للرقابة يتم توفيرها من قبل النشرة المصورة NLM (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog).
- قم بتوفير عنوان المؤسسة الرئيسية لواضعي الوثيقة، كما هو محدد في الوثيقة. وهذا قد يشمل الإدارات والمواقع الجغرافية، وتفاصيل العنوان البريدي.
- إذا لم يتم توفير مواقع متعددة (مثلاً، في حالة اختلاف الانتماءات بين المؤلفين)، تحديد التفاصيل فقط لصاحب المقابلة. إذا كان لا يمكن تحديد كاتب مقابلة، استخدام ذلك لصاحب البلاغ الأول، أو لم تقم بتعيين مؤسسة. إذا كان كاتب مقابلة متعددة الانتماءات، سواء بتحديد وفصل بواسطة فاصلة منقوطة.
- تقديم صاحب البلاغ المقابلة للوثيقة، كما هو محدد في عنوان المستند باستخدام نفس الشكل الذي استخدم في نوع بيانات المؤلف.
- توفير معرف مستند (على سبيل المثال، PMID).
- توفر على "معرف الكائن الرقمي"، حيثما أمكن ذلك والمتاحة، قابل للحل إلى المستند محدد موقع المعلومات (عن طريق https://www.doi.org/)، ولا مركزية PubMed الصفحة.
- توفير URL مستقرة للنص الكامل للوثيقة، إذا كانت متوفرة. لتحقيق أقصى قدر من سهولة الوصول، قد يشير هذا إلى النسخة المركزية PubMed.
- توفر لغة الوثيقة. لتقديم الوثائق المتاحة بلغات متعددة، على حد سواء، مفصولة بفاصلة منقوطة.
3-الطبية المحتوى
ملاحظة: القيم في هذه الفئة تحديد ميزات مستوى المستند ومستوى مفهوم ومستوى النص. أنها تعمل على تعزيز إمكانية الوصول إلى الوثيقة التوافقية, واعاده استخدام. توفر هذه الميزات طرق مراقبة أوجه التشابه المفاهيمي والدلالي بين محتوى المستند، مع تركيز على المواضيع الطبية والأحداث. يمكن أن تشمل معظم الفئات في هذا القسم العديد من عبارات النص ويجب فصل كل منها باستخدام فاصلة منقوطة.
- تتضمن التفاصيل السياقية في كل حقل (مثلاً، "الأم بسرطان الثدي في سن 50") بدلاً من توفير شروط فقط من مفردات الخاضعة للرقابة (مثلاً، لا "سرطان الثدي" وحدها). لا تقم بتضمين تفاصيل واسعة النطاق تتجاوز كل ملاحظة.
- تجاهل الكلمات المكررة الشائعة والعبارات (مثلاً الضمائر، وكلمة "مريض"، وعبارات "اشتكى من" أو "عرض مع"). على الرغم من أن من المرجح الذاتية عبر ماسحين متعددة، ربما يتم تخفيض وجود ماسحين متعددة لكل وثيقة ومن خلال التطبيع الآلي بعد جمع البيانات. النهج بعد المعالجة الحسابية سوف تختلف بحسب احتياجات التحليل اللاحق ولا تناقش هنا بالتفصيل.
- توفير المعلومات التالية في قالب التعليق التوضيحي.
- توفر شروط معينة حددت ضمن مستند، عادة في رأسها، كشروط أساسية. فصل بواسطة فاصلة منقوطة كما قد تتضمن الشروط الأخرى علامات الترقيم.
- توفير القيم الديموغرافية، وعلى وجه التحديد أي بيانات نص يصف خلفية المريض، بما في ذلك الجنس و/أو الجنس أو العمر، والعرق، أو الجنسية.
- وتوفر المواقع الجغرافية المذكورة داخل السرد السريرية، خلاف عناوين مؤسسة معينة. وهذا لا ينبغي أن تشمل مواقع/الأجزاء التشريحية وإنما قد يشمل أي لغة الجغرافي الذي يقيم فيه المريض أو يسافر.
- توفير قيم نمط الحياة، بما في ذلك أي بيانات النص تصف أنشطة المريض المتكررة أو السلوكيات ذات الصلة بالصحة العامة. في الممارسة العملية، هذا غالباً ما ينطوي على التدخين أو عادات استهلاك الكحول، بل قد تشمل أيضا التعرض لأشعة الشمس، والنظام الغذائي، أو التردد لأنواع محددة من النشاط البدني.
- توفير قيم التاريخ الطبي في إشارة إلى تاريخ الأسرة. وتشمل أي بيانات نص يصف الملاحظات السريرية من والأحداث ذوي الخبرة من الأخوة والأخوات والوالدين وأفراد الأسرة الآخرين. وهذا يشمل الأمراض الوراثية والملاحظات السلبية (أي، تاريخ الأسرة كانت سلبية بالنسبة مرض).
- توفير القيم مشيراً إلى "التاريخ الاجتماعي"، بما في ذلك أي بيانات نص يصف خلفية المريض غير مشمولة في الديموغرافيا أو نمط الحياة. قد يكون هناك تداخل في المحتوى بين هذه الفئات. قد تتضمن البيانات التاريخ المهني والعادات الاجتماعية.
- توفير القيم مشيراً إلى التاريخ الطبي والجراحي للمريض. وتشمل أي بيانات نص يصف أي الملاحظات الطبية أو العلاجات أو غيرها من الأحداث التي تجري قبل بداية العرض التقديمي السريرية. وهذا يتضمن تاريخ الولادة وفترات للصحة الجيدة، حيث لاحظت.
- حدد واحد أو أكثر من الفئات نظام المرض 16 التالية. لاحظ أن هذه القيم قاطعة بدلاً من النص الحر. فئات ليست شاملة، ولكن ينبغي الإشارة إلى معظم الأنظمة المتأثرة بالأحداث الموصوفة في العرض التقديمي السريرية وتشخيص المرض.
- تتبع مجموعة محددة من فئات، على أساس الفئات المستخدمة في التصنيف الإحصائي الدولي للأمراض والمشاكل الصحية ذات الصلة، التنقيح 10 نظام التعليمات البرمجية (ICD-10). انظر الجدول 1 للاطلاع على قائمة الأمراض نظام الفئات جنبا إلى جنب مع نطاقات رمز التصنيف الدولي للأمراض-10 المقابلة.
- تقديم تفاصيل عن جميع علامات وأعراض. وتشمل أي بيانات نص يصف الملاحظات الطبية أي من علامات أو أعراض بداية العرض الأولى، بما في ذلك بداية، والمدة، وشدة، والقرار، إذا قدمت. لا تقم بتضمين العوارض الموصوفة في الوثيقة الختامية. قد تتداخل هذه القيم مع أنواع أخرى إذا كانت الأعراض تستمر من تاريخ للعرض الأولى.
- تقديم تفاصيل عن أي كانوا. وتشمل أي مصطلحات أو عبارات تصف الأمراض المتميزة حاضرا وقت التقديم السريرية الأولية. هناك التداخل المحتمل بين هذه القيم وتلك الموجودة في محفوظات السريرية، على الرغم من أن الثوي لا ينبغي أن تشمل شروط مماثلة لتلك التي في التشخيص.
- تقديم تفاصيل عن جميع تقنيات التشخيص والإجراءات. وتشمل أسماء الإجراءات الطبية القيام به لأغراض التشخيص، بما في ذلك الامتحانات، والاختبارات، والتصوير، فضلا عن الشروط التي كانت هذه الاختبارات المواقع التشريحية المؤداة وذات الصلة (مثلاً، "الطرف العلوي وريدي الموجات فوق الصوتية "). استبعاد نتائج الاختبار.
- تقديم تفاصيل عن التشخيص. وتشمل أي بيانات النص تصف تشخيص المرض، حتى لو كان التشخيص النهائي غامض.
- توفير جميع قيم المختبر، ونتائج الاختبار. وتشمل أسماء الاختبارات التشخيصية، والقيم، والظروف التي أجريت في ظلها. وسيشمل هذا التداخل مع المصطلحات المستخدمة في "تقنيات التشخيص" والإجراءات نوع البيانات. القيم العددية والنوعية على السواء (مثلاً، كان تعداد الدم الكامل ضمن الحدود الطبيعية) هي مقبولة. إذا لم يتم توفير أسماء الاختبارات التشخيصية، استخدم عبارات تصف النتائج (مثل الكريات)، على الرغم من أنها ينبغي أن يدرج أيضا في علامات وأعراض.
- تقديم تفاصيل عن علم الأمراض. وتشمل أي بيانات النص تصف نتائج دراسات علم الأمراض وعلم الأنسجة، بما في ذلك دراسات علم الأمراض وعلم المناعة، والفحص المجهري الإجمالي. شروط قد تتداخل مع تلك المستخدمة في تقنيات التشخيص والإجراءات (الخطوة 3.11)، مثلاً، بالإجراءات التي تؤدي إلى الحصول على عينات مثل خزعة.
- توفير جميع العلاجات الدوائية. وتشمل أي بيانات نص يصف علاجات العقاقير المستخدمة في سياق المعاملة، بما في ذلك الشروط العامة مثل المضادات الحيوية أو أسماء محددة المخدرات. أيضا، تتضمن وصفاً لمتى وكيف تم إيقاف العلاجات المخدرات.
- وتوفر جميع الإجراءات التداخلية. وتشمل أي بيانات النص تصف الإجراءات العلاجية المستخدمة أثناء العلاج، بما في ذلك الإجراءات الغازية، وزرع الأجهزة الطبية، وإجراءات عمله لتسهيل العلاجات الأخرى. تشمل أوصاف أيضا، متى وكيف تم إيقاف الإجراءات العلاجية الجارية، إذا لزم الأمر.
- وتوفر نتائج المريض. وتشمل أي بيانات النص تصف صحة المريض اعتبارا من نهاية العرض التقديمي السريرية الموصوفة في التقرير، بما في ذلك أي اختبارات المتابعة.
- تقديم التهم جميع الصور التشخيصية والأرقام، وأشرطة الفيديو/الصور المتحركة، والجداول. وتشمل جميع التهم الموجهة إليه من وسائل الإعلام المرئية التي يتضمنها التقرير، بالتنسيق التالي: عدد صور؛ عدد الأرقام؛ عدد من أشرطة الفيديو أو الرسوم المتحركة؛ عدد جداول.
- التمييز بين صور والأرقام بهذه الطريقة: تتضمن الصور أي منتجات التشخيص السريري، بما في ذلك الصور الفوتوغرافية وميكروجرافس ورسم القلب إيقاع الصور والمنتجات الأخرى من التصوير التشخيصي، رغم الأرقام جميع الصور الأخرى، عموما بما فيها قطع البيانات والرسوم التوضيحية.
- تقديم دليل على العلاقات الأخرى المستخدمة. قد تتضمن هذا الحقل معرفات (مثلاً، بميدس) من تقارير أخرى في مجموعة البيانات التي ذكرها أو الرجوع إلى هذا التقرير.
- تقديم أدلة على علاقات للتجارب السريرية. وقد تشمل هذا المجال المعرفات الخاصة بالتجارب السريرية، مستشهداً بهذا CCR. تحديد التجارب معرفاتها ClinicalTrials.gov، يسبقه NCT، أو المعرف الأخرى مستقرة.
- وتشمل قاعدة البيانات كروسلينكس المقابلة لهذه الوثيقة، بما في ذلك معرفات، يفضل أن تكون أسماء قواعد البيانات ومستقرة محددات مواقع المعلومات.
4-شكر وتقدير
الملاحظات: القيم في هذه الفئة تحديد ميزات مستوى المستند بعد لها هيكل متسق قليلاً عبر المنشورات. أنها توفر تفاصيل بشأن المنظمات تقديم الدعم لمركز الحقوق الدستورية والعمل ذات الصلة. وتشمل هذه الفئة أيضا حقلاً لإجمالي عدد المراجع المشار إليها بمادة: المقصود بذلك توفير مقياس تقريبي للدرجة التي قد وثيقة العلاقات التصورية مع غيرها من الوثائق الطبية من أي نوع. ضمن أنواع البيانات الأربعة في هذا القسم، توفر ما يلي.
- تحديد جميع مصادر التمويل التي تدعم العمل والمقابلة PI فضلا عن أرقام جائزة ذات الصلة. القيمة الأولى، "مصدر التمويل"، ينبغي أن تتضمن أسماء جميع المنظمات تقديم الدعم المالي للعمل.
- المنظمات منفصلة مع الفواصل المنقوطة والمسافات، مثلاً، المعاهد الوطنية لمعهد السرطان الصحة الوطنية؛ الكيان التشغيلي المعين؛ مؤسسة سميث-بارك .
- لتعيين القيمة التالية، "عدد جائزة"، أي أرقام جائزة أو تعيينات محددة تقدم جنبا إلى جنب مع المستفيدين التعويضات التي، حسب الاقتضاء، كالأحرف الأولى المستلمين في أقواس، مثلاً، R01HL123123 (إلى JP) ، NS12312 (إلى JP، شبيبة)، زمالة بحثية تدريبية (لشبيبة). الكتاب قد ينص صراحة على أن تتوفر أية معلومات المقابلة (مثلاً، "تم تلقي لا تمويل")؛ وفي هذه الحالات، استخدم النص المقدمة من مقدمي البلاغ كقيمة "مصدر التمويل". خلاف ذلك، يجب أن تكون القيمة na.
- تحديد الكشف/الصراعات ذات الاهتمام كما هو محدد بالمؤلفين، مثلاً، JP خبير استشاري دروجكو. الكتاب قد ينص صراحة على أن تتوفر أية معلومات المقابلة (مثلاً، "لا يوجد تضارب في المصالح هو أعلن")؛ وفي هذه الحالات، استخدم النص المقدمة من مقدمي البلاغ كالكشف والصراعات قيمة الفائدة. خلاف ذلك، كما ذكر أعلاه، يجب أن تكون القيمة na.
- تحديد عدد مرات رقمية لجميع المراجع المشار إليها في الوثيقة، لا بما في ذلك تلك المقدمة في أي مواد تكميلية. ينبغي إدراج أي نص المرجع في هذا المجال.
Representative Results
ويرد مثال على عملية التعليق في الشكل 2. ويصف هذه القضية22 عرضاً للإصابة بمسببات الأمراض البكتيرية بوركهولدريا ثيلاندينسيس. للإشارة، يرد الجزء ذي الصلة من هذا CCR في تنسيق نص عادي في 1 ملف التكميلية؛ وترد أيضا في هذا التقرير بعض نتائج البحوث وهي مدرجة للمقارنة. في الممارسة العملية، تحويل التقارير المقدمة في تنسيق PDF أو HTML إلى نص عادي قد يحسن كفاءة وسهولة استخراج بيانات التعريف.
وترد أمثلة لمجموعتين من شروح البيانات الوصفية CCR المكتملة في الجدول 2. وأول هذه الأمثلة بيانات وهمية لتوضيح الشكل المثالي لكل قيمة، بينما المثال الثاني يحتوي على القيم المستخرجة من CCR منشورة في حالة نادرة، التهاب جلد23.
رقم 1. سير العمل لتقرير حالة التعليق التوضيحي. البروتوكول هو موضح هنا يوفر طريقة لتحديد السمات النصية غالباً ضمن تقارير الحالات السريرية. وتتطلب هذه العملية الجمعية لمجموعة المستندات. نتاجا لعملية التعليق التوضيحي، مرة واحدة مجمعة في ملف واحد، يسمح بتحديد ميزات النص المرتبطة بالمفاهيم الطبية وأوصافها ضمن تقارير حالة. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-
رقم 2. الهوية الخاصة بمفهوم النص في تقرير حالة سريرية. بداية مع نص تقرير الحالة، قد تقدم معلق الحواشي يدوية من خلال الوثيقة، تحديد مقاطع من النص المقابل لكل مكون من مكونات قالب بيانات التعريف. هي أبرز سمات الهوية باللون الأزرق. نص المقابلة للمفاهيم الطبية الأحمر والمسمى بأنواعها؛ كل النص المميز في العمود الثالث يشير إلى نوع علم الأمراض. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-
| الفئة | الوصف | الفصل 10--التصنيف الدولي للأمراض | التصنيف الدولي للأمراض-10 مجموعة التعليمات البرمجية |
| سرطان | أي نوع من السرطان أو الأورام الخبيثة. | ثانيا | C00 D49 |
| الجهاز العصبي | أي مرض الدماغ أو العمود الفقري أو الأعصاب. | سادسا | G00 G99 |
| القلب والأوعية الدموية | أي مرض في القلب أو الأوعية الدموية. ولا تشمل أمراض الدم. | تاسعا | I00-I99 |
| العضلات والعظام والروماتيزم | أي أمراض العضلات والهيكل العظمى، المفاصل، والأنسجة الضامة. | ثالث عشر | M00-M99 |
| الجهاز الهضمي | أي أمراض الجهاز الهضمي والجهاز الهضمي من الأجهزة، بما في ذلك الكبد والبنكرياس. | الحادي عشر | K00-K95 |
| التوليد وأمراض النساء | أي الأمراض المتعلقة بالحمل أو الولادة، وتشويه الجهاز التناسلي، أو الثديين. | الرابع عشر؛ خامس عشر | O00-O9A؛ N60-N98 |
| المعدية | أي أسباب المرض بالكائنات الدقيقة المعدية. | أنا | A00 B99 |
| الجهاز التنفسي | أي مرض الرئتين والجهاز التنفسي. | X | J00-J99 |
| الدموية | أي مرض في الدم ونخاع العظم والغدد الليمفاوية، أو الطحال. | ثالثا | D50 D89 |
| الكلي وأورولوجيك | أي مرض الكليتين أو المثانة، بما في ذلك الحالب، فضلا عن الأعضاء التناسلية الذكور، بما في ذلك البروستاتا. | رابع عشر | N00-N53؛ N99 |
| الغدد الصماء | أي أمراض الغدد الصماء، فضلا عن الاضطرابات الأيضية. | رابعا | E00-E89 |
| الوجه والفكين | أي حالة تنطوي على الفم، جوز، الرأس، الوجه أو الرقبة. | الحادي عشر؛ ثالث عشر | K00-K14؛ M26-M27 |
| العين | أي حالة تتعلق العيون، بما في ذلك العمى. | سابعا | H00 H59 |
| أوتورهينولارينجولوجيك | أي شرط الإذن، الآنف، و/أو الحلق. | ثامنا | H60-H95؛ J30 J39 |
| الجلد | أي مرض في الجلد. | ثاني عشر | L00 L99 |
| نادر | فئة خاصة محفوظة لتقارير الأمراض النادرة، وتعرف بأنها تلك التي تؤثر على أقل من 000 200 شخص في الولايات المتحدة (انظر https://rarediseases.info.nih.gov/diseases) | نا | نا |
الجدول 1. فئات الأمراض الشرح بالوثيقة. الفئات المدرجة هنا تلك التي ستستخدم لنوع بيانات "نظام المرض" في قالب بيانات التعريف المستند. كما قد تشمل كل عرض تقديمي الأمراض نظم الجهاز أو مسببات متعددة، قد تتوافق مع تقرير حالة سريرية واحد إلى فئات متعددة. اتبع هذه الفئات إلى حد كبير تلك المستخدمة للتمييز بين أقسام "التصنيف الإحصائي الدولي للأمراض" و "المشاكل الصحية ذات الصلة"، التنقيح 10 (ICD-10) رمز النظام: تقدم المقابلة التصنيف الدولي للأمراض-10 فصول ونطاقات التعليمات البرمجية. وتتوافق مع بعض الفئات، مثل الإصابة بأمراض الفم والوجه والفكين ، مقاطع متعددة من نظام التصنيف الدولي للأمراض-10.
| نوع البيانات | مثال #1 | مثال #2 (كاميرون وماكلين عام 1986) |
| الوثيقة وتحديد تعليق توضيحي | ||
| معرف داخلي | CCR005 | CCR2000 |
| تاريخ التعليق التوضيحي | 2 مارس 2018 | 1 مارس 2018 |
| تحديد تقرير الحالة | ||
| العنوان | حالة من التهاب الشغاف. | العين الأنسجة من التهاب جلد. |
| المؤلف | منحة آب؛ مؤتمر نزع السلاح تشانغ | كاميرون دينار؛ CJ ماكلين |
| السنة | عام 2017 | 1986 |
| دفتر اليومية | مجلة عالم الطب وتقارير الحالة | المجلة البريطانية لطب العيون |
| مؤسسة | قسم الطب، شعبة لأمراض القلب، المستشفى العام الأول، بوسطن، ماساشوستس، الولايات المتحدة الأمريكية | قسم طب العيون في كلية الطب في جامعة مينيسوتا، مينيابوليس، مينيسوتا 55455 |
| الكاتب المقابلة | منحة AB | كاميرون دينار أردني |
| PMID | 25555555 | 3756122 |
| دوي | 10.1011/wjmcr.2017.11.001 | نا |
| الارتباط | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9555555/ | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1040795/ |
| اللغة | الإنكليزية | الإنكليزية |
| المحتوى الطبي | ||
| الكلمات الرئيسية | داء البروسيلات؛ التهاب الشغاف؛ الصمام التاجي | نا |
| الديموغرافيا | ذكر عمره 37 سنة | الأطفال الذكور |
| المواقع الجغرافية | ولاية فلوريدا؛ ريو دي جانيرو، البرازيل | نا |
| نمط الحياة | مدخن؛ يشرب الخمر أحياناً | نا |
| تاريخ الأسرة | الثالثة لخمسة أطفال الآباء الأقارب؛ شقيقة الأصغر قد الاكزيما المزمنة. | نا |
| التاريخ الاجتماعي | عامل البناء | نا |
| تاريخ الطبية/الجراحية | تاريخ تعب | 8 جنيه للأوقية 9 (3884 ز) المنتج الحمل الأجل غير معقدة، وكامل؛ في صحة جيدة حتى سن شهر واحد عندما طور طفح الجلدي عنيفا على بلده الخدين؛ طفح انتشرت لتشمل الجلد حول العينين، والأنف والفم؛ ولوحظت أيضا آفات الجلد على البطن والأطراف؛ الإسهال والفشل أن تزدهر؛ خزعة الجلد في ذلك الوقت أظهر خلل نموذجية من التهاب جلد؛ تعامل على مدى السنوات الست القادمة مع دورات متقطعة من المضادات الحيوية واسعة الطيف، ولبن الثدي، وديودوكوين؛ ورد جزئيا؛ الحاصة مجموع البلدان المتقدمة النمو، والتهاب متقطعة، والإسهال المتقطع مع زيادة الوزن الأمثل؛ التشنج ويعزى إلى مشاركة الجهاز العصبي المركزي ae وضعت قبل 8 أشهر عمر؛ عدة حلقات من توقيف القلب في الأحد عشر شهرا؛ الافتقار إلى التنسيق بين بلده الاحبال الصوتية؛ القصبة الهوائية؛ وضع الطفل قبل سن 18 شهرا رأرأة البحث المرتبطة بضمور الألياف البصرية الثنائية والتوهين طفيف من الأوعية الشبكية وكذلك علامات التخلف النفسي؛ رمد الثنائية؛ طفح جلدي؛ خزعة الجلد الثانية يؤديها في سن 3 وأظهر مرة أخرى خلل نموذجية لعبد اللطيف؛ الطفح الجلدي الشديد والإسهال؛ وشوهدت الثنائية الإجمالي نسبة تظليل القرنية الأمامية التي حلت تماما بحلول الوقت الذي قال أنه كان تمتلك في سن الخامسة؛ التهابات متكررة بما في ذلك التهاب الإذن والتهابات المسالك البولية والالتهابات الجلدية |
| نظام المرض | القلب والأوعية الدموية؛ المعدية | الجهاز الهضمي؛ الجلد؛ العين؛ نادر |
| علامات وأعراض | خفقان القلب وضيق التنفس في الأسبوع السابق؛ عرض مع الخمول والصداع وقشعريرة | بليفاروكونجونكتيفيتيس الحادة والثنائية فاسكولاريسيشن القرنية الأمامية؛ الطفح الجلدي الشديد والإسهال؛ الانتان الجرثومي سلبية الغرام؛ آفات الجلد نموذجية من التهاب جلد، وعدم وجود أنسجة الغدة الصعترية وانحطاط ملحوظ الأعصاب البصرية، تشياسم، والألياف البصرية مساحات واسعة تنكس الدماغ |
| الثوي | ارتفاع ضغط الدم؛ الدهون | نا |
| تقنيات التشخيص والإجراءات | الفحص البدني؛ كهربية؛ الثقافات الدم | فحص العين؛ نيكروبسي |
| تشخيص | التهاب الشغاف البروسيلا | التهاب جلد |
| قيم مختبر | زيادة في بروتين سي التفاعلي (9 مغ/دل)؛ الفوسفاتيز القلوية (250 u/l) | نا |
| علم الأمراض | وكان مثقف بروسيلا مالطية من عينات الدم | العين اليمنى واليسرى كانت متشابهة في المظهر؛ وخفضت ظهارة القرنية في سمك واحدة إلى ثلاث طبقات الخلية من الخلايا الظهارية الحرشفية مسطح على كامل سطح القرنية؛ فقد جميع قطبية الظهارة. ويمكن تحديد غشاء بومان في فقط في محيط القرنية اليمنى. غشاء بومان لا يمكن تحديدها في القرنية اليسرى. يمكن تحديد بانوس التنكسية ولا التهابات في العين أما؛ واسعة ضمور العضلات الدائرية ومنحرف من الجسم الهدبي. بعض الهجرة الخلفي عدسة ظهارة الحافظة والتغيرات التنكسية القشرية المبكر؛ تنكس واسعة النطاق ظهارة صباغ الشبكية في جميع أنحاء القطب الخلفي؛ كان يعلق الشبكية وأظهرت التغييرات أوتوليتيك معتدل في جميع أنحاء؛ المحافظة على بعض القطع الخارجي رود ومخروط في القطب الخلفي، غير أن هذه الهياكل قد فقدت تماما عرفت خط الاستواء؛ خسائر فادحة في العقدة خلية وعصب طبقات الألياف من كلتا العينين؛ ضمور كاملة تقريبا من القرص والعصب البصري المتاخمة |
| العلاج الدوائي | مع الجنتامايسين 240 ملغ/رابعا/يوميا | نا |
| العلاج إينفيرفينشونال | استبدال صمام الاصطناعية | نا |
| تقييم نتائج المريض | وكان الانتعاش هادئ؛ خرجوا من المنزل | وتوفي في عام 1971 (العمر 7) |
| تسجيل التصوير التشخيصي/شريط فيديو | 2--1; 0; 1 | 7; 0; 0; 0 |
| علاقة إلى أخرى تقارير الحالة | 5555555 | 23430849 |
| العلاقة مع محاكمة كلينيال | NCT05555123 | نا |
| التشعب مع قاعدة البيانات | المعلومات الصحية MedlinePlus: https://medlineplus.gov/ency/article/000597.htm | HighWire-PDF: http://bjo.bmj.com/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=3756122; أوروبا: PubMed الوسطى: http://europepmc.org/abstract/MED/3756122; التحالف الوراثية: http://www.diseaseinfosearch.org/result/143 |
| شكر وتقدير | ||
| مصدر التمويل | المعاهد الوطنية للصحة الوطنية القلب والرئة والدم المعهد | نادي الليونز مينيسوتا؛ البحوث لمنع العمى؛ إدارة المحاربين القدماء؛ مكتب الكحول والمخدرات الأخرى تعاطي البرمجة من ولاية مينيسوتا |
| عدد جائزة | R01HL123123 (لحج) | نا |
| الكشف/الصراع لمصلحة | منح الدكتور دفع المتحدث باسم دروجكو. | نا |
| مراجع | 4 | 27 |
الجدول 2. تقارير قالب بيانات التعريف الموحد للحالات السريرية، مع الشروح مثال. تقارير مجموعة من السمات المشتركة للحالات السريرية وتيسير هذه الشروح مفهوم المستوى هو موضح هنا. تم ترتيب هذا القالب إلى ثلاثة أقسام أساسية: تحديد الهوية والمحتوى الطبي، والاعترافات، تدل على الغرض والقيمة الإضافية التي يوفرها كل نوع من ميزة تقرير الحالة. يحتوي هذا الجدول على مجموعتين من الشروح مثال، واحدة من تقرير حالة خيالية، ومجموعة أخرى مشتقة من تقرير عن حالة التهاب جلد23.
الملف التكميلي 1. نص تقرير حالة سريرية (تشانغ et al. عام 2017). اضغط هنا لتحميل هذا الملف.
Discussion
تنفيذ قالب بيانات التعريف الموحد للمستخدمة يمكن أن تجعل على محتوى المعرض أكثر وتوسيع نطاق جمهورها وتقديم طلباتهم. في أعقاب استخدام التقليدية المستخدمة كأدوات تعليمية في الاتصالات الطبية، المتدربين الرعاية الصحية (مثلاً، طلاب الطب والمتدربين والزملاء)، والباحثين الطبية قد تجد أن محتويات تقرير حالة ملخصة تمكين أكثر سرعة الفهم. بيد أن أكبر قوة لتوحيد بيانات التعريف مع المستخدمة، أن الفهرسة هذه التحويلات البيانات وإلا تعزل الملاحظات إلى أنماط التفسير. يمكن البروتوكول المقدمة هنا بمثابة الخطوة الأولى في سير العمل للعامل مع المستخدمة، ما إذا كان سير العمل هذا يتكون من التحليل الوبائي أو المخدرات مرحلة ما بعد التسويق أو مراقبة العلاج أو استقصاءات أوسع المرضية أو الفعالية العلاجية. منظم الميزات المحددة ضمن المستخدمة يمكن أن توفر مرجعاً مفيداً للباحثين تركز على العروض المرض والعلاج، خاصة بالنسبة للحالات النادرة. قد تجد الباحثين السريرية البيانات في نظم المعالجة السابقة لتحليل الأعراض المسجلة أو الآثار الجانبية ودرجة التحسن وفقا للمعايير السابقة للرعاية. قد محرك البيانات أيضا تحليلات أوسع نطاقا علاجات جديدة تستند إلى الكفاءة، عدم وجود آثار ضارة أو سمية، أو المخدرات تستهدف الاختلافات في الجنس أو الفئة العمرية، أو الخلفية الوراثية.
الفوائد التي توفرها منظم بيانات التعريف المثل ينطبق على مهام سير العمل الحاسوبية المصممة لتحليل أو نموذج اللغة الطبية. يمكن أيضا توفير منظم CCR ميزات محتوى دليل للمجالات التي قد توفر فيها مؤلفي التقرير آليا بسهولة أكبر (وفي بعض الحالات، الإنسان للقراءة). الفرق بين المستخدمة يمكن أن تنجم عن نقص في الملاحظات المقدمة صراحة: مثلاً، لا يمكن تحديد سن المريض بدقة. وبالمثل، قد لا أذكر الأطباء الاختبارات إذا كان التشخيص أو نتائجها تعتبر تافهة. بتقديم أمثلة من الثغرات اللازمة للتحليل المتعمق، وفرض بنية على المستخدمة يبرز التحسينات المحتملة. من منظور أوسع نطاقا، يدعم زيادة توافر البيانات النص منظم من الوثائق الطبية معالجة (البرمجة اللغوية العصبية) الجهود الرامية إلى الاستفادة من البيانات الكبيرة في الرعاية الصحية24،25اللغة الطبيعية.
Disclosures
الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.
Acknowledgments
هذا العمل كان يدعمها في الجزء الوطني للقلب والرئة والدم المعهد: HL135772 R35 (إلى ص Ping)؛ المعهد الوطني للعلوم الطبية العامة: GM114833 U54 (إلى Ping ص ك. واتسون وجورج وانغ)؛ المعهد الوطني للتصوير الطبية الحيوية والهندسة الحيوية: T32 EB016640 (إلى أ بوي)؛ هبة من مؤسسة هوغ والدكتور س. سيتي؛ والهبة لوبيش T.C. في جامعة كاليفورنيا (إلى Ping ص).
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| A corpus of clinical case reports | n/a | n/a | Full texts of case reports may be accessed through PubMed (e.g., using the search query "Case Reports"[Filter]), other citation databases such as Europe PMC (https://europepmc.org/) or directly through publishers. |
References
- Ban, T. A. The role of serendipity in drug discovery. Dialogues in Clinical Neuroscience. 8 (3), 335-344 (2006).
- Cabán-Martinez, A. J., García-Beltrán, W. F. Advancing medicine one research note at a time: the educational value in clinical case reports. BMC Research Notes. 5 (1), 293 (2012).
- Vandenbroucke, J. P. In Defense of Case Reports and Case Series. Annals of Internal Medicine. 134 (4), 330 (2001).
- Bayoumi, A. M. The storied case report. Canadian Medical Association Journal. 171 (6), 569-570 (2004).
- Pasteur, L. Méthode pour prévenir la rage après morsure. Comptes rendus de l'Académie des Sciences. 101, 765-774 (1885).
- Pearce, J. Louis Pasteur and Rabies: a brief note. Journal of Neurology, Neurosurgery & Psychiatry. 73 (1), 82-82 (2002).
- Keefer, C. S., Blake, F. G., Marshall, E. K. J., Lockwood, J. S., Wood, W. B. J. PENICILLIN IN THE TREATMENT OF INFECTIONS. Journal of the American Medical Association. 122 (18), 1217 (1943).
- Akers, K. G. New journals for publishing medical case reports. Journal of the Medical Library Association JMLA. 104 (2), 146-149 (2016).
- Wilkinson, M. D., et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data. 3, 160018 (2016).
- Beeler, G. W. HL7 Version 3-An object-oriented methodology for collaborative standards development. International Journal of Medical Informatics. 48 (1-3), 151-161 (1998).
- HL7 FHIR Release 3 (STU; v3.0.1-11917). , Available from: http://hl7.org/implement/standards/fhir/ (2018).
- McDonald, C. J. LOINC, a Universal Standard for Identifying Laboratory Observations: A 5-Year Update. Clinical Chemistry. 49 (4), 624-633 (2003).
- CDC/National Center for Health Statistics ICD-10-CM Official Guidelines for Coding and Reporting. , Available from: https://www.cdc.gov/nchs/data/icd/10cmguidelines_fy2018_final.pdf (2017).
- Rajeev, D., et al. Development of an electronic public health case report using HL7 v2.5 to meet public health needs. Journal of the American Medical Informatics Association. 17 (1), 34-41 (2010).
- Biesecker, L. Mapping phenotypes to language: a proposal to organize and standardize the clinical descriptions of malformations. Clinical Genetics. 68 (4), 320-326 (2005).
- Riley, D. S., et al. CARE guidelines for case reports: explanation and elaboration document. Journal of Clinical Epidemiology. 89, 218-235 (2017).
- Cohen, K. B., et al. Coreference annotation and resolution in the Colorado Richly Annotated Full Text (CRAFT) corpus of biomedical journal articles. BMC Bioinformatics. 18 (1), 372 (2017).
- Sun, W., Rumshisky, A., Uzuner, O. Evaluating temporal relations in clinical text: 2012 i2b2 Challenge. Journal of the American Medical Informatics Association. 20 (5), 806-813 (2013).
- Savova, G. K., et al. Mayo clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System (cTAKES): architecture, component evaluation and applications. Journal of the American Medical Informatics Association. 17 (5), 507-513 (2010).
- Soysal, E., et al. CLAMP - a toolkit for efficiently building customized clinical natural language processing pipelines. Journal of the American Medical Informatics Association. 25 (3), 331-336 (2018).
- Bender, D., Sartipi, K. HL7 FHIR: An Agile and RESTful approach to healthcare information exchange. Proceedings of the 26th IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems. , 326-331 (2013).
- Chang, K., et al. Human Infection with Burkholderia thailandensis, China, 2013. Emerging Infectious Diseases. 23 (8), 1416-1418 (2013).
- Cameron, J. D., McClain, C. J. Ocular histopathology of acrodermatitis enteropathica. British Journal of Ophthalmology. 70 (9), 662-667 (1986).
- Maddox, T. M., Matheny, M. A. Natural Language Processing and the Promise of Big Data. Circulation: Cardiovascular Quality and Outcomes. 8 (5), 463-465 (2015).
- Kreimeyer, K., et al. Natural language processing systems for capturing and standardizing unstructured clinical information: A systematic review. Journal of Biomedical Informatics. 73, 14-29 (2017).
