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Medicine

使用 PubMed、Scopus 和科学数据库网络比较书目分析

doi: 10.3791/58494 Published: October 24, 2019

Summary

文献数据库通常用于评估世界特定学科、学科、国家或地区的出版物,这种做法称为书目分析。当前协议详细介绍了如何使用 PubMed、Scopus 和 Science 网络数据库进行书目分析。

Abstract

文献数据库(即PubMed、Scopus和科学网络)在覆盖面、焦点和提供的工具方面有所不同。PubMed主要专注于生命科学和生物医学学科,而斯科普斯和科学网络是多学科的。本研究报告中描述的协议用于在2013-2017年寻找约旦作者的出版物。在此协议中,详细介绍了如何使用每个数据库进行此类搜索。Scopus 搜索的结果是数量最多的文档(11,444 个文档),其次是科学搜索网络(10,943 份文件)。PubMed 由于范围较窄和覆盖范围较小(4,363 份文件),导致文档数量减少。调查结果还显示了每年的趋势:(1) 出版物数量,(2) 出版物最多的学科,(3) 合作国家,以及(4) 开放获取出版物的数量。相比之下,PubMed有一个复杂的关键字优化服务(医学主题标题,或MeSH),而Scopus和科学网络都提供搜索分析工具,可以产生代表性的数字。最后,详细介绍了每个数据库的功能,并提供了一些可以使用搜索结果提取的索引。本研究为文献数据库用于书目分析提供了基础。

Introduction

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传统上,研究人员利用文献数据库进行文献综述,供他们研究1。这些文献数据库的另一个用途产生于19世纪末,研究人员分析了文献的主体,这种利用自2世纪以来一直在缓慢增长。在过去的几十年里,文学数字化和在线文献数据库的形成为研究者提供了一个轻松、高效地分析文献体和研究表现的机会。例如,分析文件3、学科4、学科5、国家6,甚至世界一个地区7的研究绩效。这种类型的分析称为书目分析。心学青年将书目分析定义为使用统计方法分析一套文献,揭示历史发展8。换句话说,书目学是在引文和文本分析9的基础上对出版单位进行定量研究。

不同的数据库用于进行书目分析,每个数据库具有不同的特征,可以提供不同的服务10。目前,最常用的文献数据库是科学网络和斯科普斯几乎所有学科,都只提供订阅11,和PubMed生物医学和生命科学,一个免费的数据库10。还有谷歌学者,这可能是一个容易处理的工具,但它不应该被用作一个书目分析工具,目前由于一些缺陷,如其不明确的范围和覆盖范围,它缺乏引文分析工具,并包括非同行审查非科学内容12,13。此外,谷歌学者缺乏工具,以执行先进的搜索和关键字优化14。

以前的几项研究都比较了前面提到的文献数据库的特征,用于文献评论目的3、5、10、12、13、15 1617.然而,在这项研究中,将提供PubMed、Scopus和科学网络数据库用于进行书目分析的方法,并比较它们各的优缺点。书目分析可用于分析几乎任何学科的研究成果,因此目标受众将是任何打算分析出版趋势的研究人员。将使用每个数据库介绍分析约旦作为一个国家的出版物趋势的例子。之所以选择约旦,是因为对一个国家(与一个主题相反)进行书目分析并不是非常简单。此外,约旦,具体来说,在书目研究方面很差,因为它可以是作者的名字和国名。我们解释如何克服这种挑战,在搜索。

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Protocol

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注: 以下是搜索方法,并为每个方法提供了示例搜索。请注意,还提供了与书目分析相关的部分。

1. PubMed

  1. 从 PubMed 主页(www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)中选择高级搜索。
  2. 在搜索字段中输入所需的搜索词。从医学主题标题 (MeSH) 数据库中选择搜索词。下面的示例详细介绍了如何评估"癌症"的研究。
    1. 打开 MeSH 数据库:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh。
    2. 在搜索字段中输入"癌症"一词。
    3. 确保结果在搜索顶部显示"肿瘤"一词,并指出使用"肿瘤"一词更合适,因为"肿瘤"是用于索引相关主题的词。
    4. 通过单击"肿瘤"一词,进一步检查术语"肿瘤"项下列出的其他术语。结果将显示用于描述类似主题(例如肿瘤)的其他术语,并将列出术语"肿瘤"项下的其他子类别(小标题)。
    5. 使用"生成器"部分中的下拉列表指定 PubMed 将在其中搜索术语的文章的字段。请注意,以下搜索字段可用:所有字段、标题、摘要、作者、隶属关系、利益冲突、语言、期刊、出版商、出版物类型、授权编号、ISBN 和 MeSH 术语。
    6. 根据需要添加尽可能多的字段,并选择这些字段之间的关系(AND、OR 或 NOT)。有关详细信息,请参阅表 1。
  3. 单击"搜索"。
  4. 使用表 2 中详述的不同筛选器进一步优化结果中的搜索结果。请注意,从现在起,完成的最终搜索将保存在高级搜索的历史记录中,该历史记录在第一步中进行了访问。这意味着可以在此步骤中暂停搜索,并在以后恢复。
  5. 确保每个新搜索都保存在"高级搜索历史记录"屏幕中,在其中将为其分配一个数字(例如,#2)。在上面的搜索字段中使用此数字可以减去搜索查询(例如,"#1不#2",以从搜索#1的结果中减去搜索#2中的结果)。
  6. 导出结果以进一步分析它们。
    1. 使用 FLink 工具 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/flink/flink.cgi) 以逗号分隔值 (CSV) 格式导出结果,并从"请选择数据库"中选择 PubMed 以开始下拉列表。
    2. 从输入屏幕中选择"输入来自 Entrez 历史记录",下拉列表中将显示高级 PubMed 搜索历史记录。
    3. 选择在 PubMed 高级搜索中执行上述步骤中的搜索,然后单击"提交"。
    4. 查看生成的报表,因为它提供了在 CSV 格式文件中导出搜索结果的选项。
  7. 使用 PubMed 在 2013 年 1 月 1 日至 2017 年 31 月 12 日期间,执行以下步骤来分析约旦的研究产出。
    1. 在 PubMed 网站 (www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) 中打开文档搜索表单中的"高级搜索"窗体。
    2. 使用约旦语作为搜索词,并将关联指定为搜索字段。请注意,PubMed 将隶属关系解释为与作者有关的所有信息(即作者的姓名、地址、隶属关系),因此不包括由名为"约旦"的作者撰写的任何文档,其中隶属关系国家/地区不是约旦。请按照以下步骤操作,以避免包含此类不相关的结果。
    3. 在另一个字段中键入约旦,然后选择字段类型"作者"。
    4. 选择运算符 NOT 作为两个字段之间的关系,然后单击"搜索"。
    5. 在结果窗口中指定 2013 年 1 月 1 日至 2017 年 12 月 31 日发布的日期,然后从文章类型中选择"期刊文章和审阅"。
    6. 打开 FLink(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/flink/flink.cgi),然后选择 PubMed 作为数据库。
    7. 从输入屏幕中选择"从 Entrez 历史记录输入",然后从下拉列表中选择搜索。
    8. 单击下载 CSV。
      注:图 1详细介绍了 PubMed 搜索报告,并带有报表每个部分的注释。

2. 斯科普斯

  1. 注册以访问 Scopus 数据库的完整搜索功能。检查当地机构是否已注册并有权访问数据库,因为学术机构通常在斯科普斯注册。
  2. 转到网站(www.scopus.com),默认情况下,Scopus 打开文档搜索表单屏幕。
  3. 在可用的搜索字段中输入所需的搜索字词。
  4. 指定要搜索的文章中的字段。请注意,以下搜索字段可用:所有字段、标题、摘要、关键字、作者、隶属关系、资金信息、语言、引用、会议、ISSN、CODEN、DOI、ORCID 和 CAS 编号。
  5. 添加其他字段以搜索并指示新添加的字段与已输入的其他字段(AND、OR 或和 NOT)之间的关系。有关详细信息,请参阅(表 1)。
  6. 使用"限制"选项根据 Scopus 提供的选项限制搜索,如表 2 中所述。
    1. 在这种情况下,使用"设置警报"选项设置警报,在添加满足搜索条件的文章时,将发送电子邮件。
  7. 通过从 Scopus 提供的选项(表 2)中直接从结果中进一步优化搜索结果,其中 Scopus 显示每个选项包括的文档数。
  8. 选择直接在 Scopus 网站上分析结果(单击"分析搜索结果"),或者在完成搜索条件后以 zip 或 CSV 格式导出结果。
  9. 使用 Scopus 在 2013 年 1 月 1 日至 2017 年 31 月 12 日期间,执行以下步骤分析约旦的研究产出。
    1. 转到网站(www.scopus.com),默认情况下,Scopus 打开文档搜索表单屏幕。
    2. 在文档搜索窗体中键入约旦作为搜索词。
    3. 将关联国家/地区指定为搜索字段。
    4. 将搜索持续时间限制为 2013 年至 2017 年。请注意,从 2013 年 1 月 1 日至 2017 年,从 2013 年 12 月 12 日到 2017 年 12 月 12 日,即 2017 年 12 月 12 日。
    5. 将文档类型限制为"文章"或"审阅",然后单击"搜索"。
      注:图 2详细介绍了 Scopus 搜索报告,并带有报表每个部分的注释。

3. 科学网

  1. 注册以访问科学网络数据库的完整搜索功能。检查当地机构是否已注册并访问数据库,因为学术机构通常已在科学网中注册。
  2. 转到科学网主页 (www.webofknowledge.com)。该网站打开基本搜索,并包括科学核心集合网络作为选定的数据库进行搜索。
  3. 搜索表 2 中详述的字段。
  4. 添加另一个字段(如果需要),通过 AND、OR 或"不"连接这两个字段。见表1。
  5. 定义搜索到 1945 的持续时间。完成搜索后,结果将保存在历史记录中,并可以随时返回到。如果需要,如果任何新文档添加到搜索报表,则设置警报。
  6. 根据数据、引用的时间、使用量计数或下拉列表中的其他类别对结果进行排序。
  7. 通过从科学网(表 2)提供的选项中直接从搜索结果中进一步优化搜索结果,其中科学网显示每个选项包含的文档数。
  8. 查看结果并通过树状图或条形图进行分析。请注意,每个类别中都有一个显示计数的表。
  9. 下载结果。请注意,与 Scopus 和 PubMed 不同,科学网一次只允许下载 5,000 条记录(例如,分两批下载 10,000 条结果搜索,第一批下载前 5,000 条记录,以及第二批,下载第二批 5,000 条记录)。
  10. 使用科学网,执行以下步骤,在 2013 年 1 月 1 日至 2017 年 12 月 31 日期间的 5 年期间分析约旦的研究产出。
    1. 在搜索字段中键入约旦,并将地址指定为搜索字段。
    2. 确定 2013 年至 2017 年间的搜索持续时间,然后单击"搜索"。
    3. 使用"文章"和"审阅"筛选器限制搜索。
    4. 选择分析立即或以后保存在搜索历史记录中的结果。
    5. 选择以表格或可视化树图和条的形式分析结果。
      注:图 3详细介绍了科学网络搜索报告,并带有报告每个部分的注释。

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Representative Results

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PubMed 搜索的结果

根据本研究中进行的搜索,共检索了4 363份文件。1 767份文件(40.5%)可免费提供全文。2013 年,共发布了 532 份文件,2014 年发布了 663 份文件,2015 年发布了 811 份文件,2016 年发布了 952 份文件,2017 年发布了 1,405 份文件。

结果显示,1,008 (23.8%)文件讨论了与癌症有关的问题,而只有53(1.2%)文件讨论了艾滋病相关议题。结果还显示,150 (3.5%)文献发表在牙科相关期刊上,而275份(6.5%)文献发表在护理期刊上。

Scopus 搜索的结果

本研究中共检索了11 444份文件,包括10 974份(95.9%)文章和 470 (4.1%)评论。只有 652 (5.7%)文件是开放访问。

图 4显示了约旦出版物在 5 年间隔内的年度趋势。根据Scopus搜索方面的合作国家(图5),美利坚合众国(美国)是约旦研究人员与(1,553份出版物)合作的最常见国家,其次是沙特阿拉伯,有1,176份出版物,以及联合王国有723份出版物。

图 6详细介绍了约旦人出版的 10 个最常见的学科。根据Scopus搜索,医学是最常见的学科,发表在(2,441份出版物),其次是工程(1,837种出版物)和社会科学(1,468种出版物)。约旦大学捐款3 346人(29.3%)约旦科技大学的出版物总数为5年,出版物为2 396种(21.0%),哈希姆大学为1 347份出版物(11.8%)。

科学搜索网络的结果

约旦共出版了10 943份文件。87篇是被高度引用的论文,14篇被认为是热门论文。结果显示,2,879份文件是开放查阅文件,2,547份文件是黄金开放访问,170份文件是绿色出版,162份文件是绿色接受的(手稿在出版前接受后存入储存库)。

图7显示了约旦出版物在5年间隔内的年度趋势。图 8详细介绍了协作国家/地区。根据《科学》搜索网,美国是约旦人与(929种出版物)合作的最常见国家,其次是法国,有860种出版物,奥地利有429种出版物。图 9详细介绍了约旦人出版的 10 个最常见的学科。根据科学搜索网络,工程是最常见的学科,发表在(1,315份出版物),其次是数学(1,263种出版物)和计算机科学(828种出版物)。

Figure 1
图1:PubMed搜索报告,报表中每个部分都有颜色注释。请点击此处查看此图的较大版本。

Figure 2
图2:Scopus搜索报告,报表中每个部分都有颜色注释。请点击此处查看此图的较大版本。

Figure 3
图3:科学网络搜索报告,报告每节都有颜色注释。请点击此处查看此图的较大版本。

Figure 4
图4:从Scopus中提取的5年期间约旦出版物的年趋势,请点击这里查看这个数字的较大版本。

Figure 5
图5:约旦人倾向于用从Scopus摘录的出版物来撰写出版物。请点击此处查看这个数字的较大版本。

Figure 6
图6:约旦出版物的学科一般都是从Scopus中提取的。请点击这里查看这个数字的较大版本。

Figure 7
图7:从科学网摘录的一个条形图,显示约旦2013-2017年的年度出版趋势。请点击此处查看这个数字的较大版本。

Figure 8
图8:一个条形图,显示约旦人倾向于在2013-2017年合作,从科学网摘录。请点击此处查看这个数字的较大版本。

Figure 9
图9:一张树状图,显示约旦在2013-2017年间发布的10个学科,摘自《科学》网。请点击此处查看该图的较大版本。

操作员功能 Pubmed 斯科普斯 科学网 例子
两个术语必须出现
必须至少出现一个术语
不能出现后的术语 而不是
您希望在"n"距离内查找两个单词,而不管它们的顺序如何 W/n NEAR/n 约旦 W/2 癌症 – 查找结果,单词"约旦"和"癌症"在 2 个单词内彼此
您希望在"n"距离内查找其他单词之前的单词(尊重顺序) 前/n 约旦 前/2 癌症 – 找到一个结果与单词"约旦"是前面"癌症"2个字
您希望查找具有指定词干的单词,而不考虑单词的其他部分 还是? * 约旦* 还是约旦?• 还将返回"约旦"的结果
您想要查找一个带有指定词干的单词,并且其后最多只能再找到一个字母 $ 或 ? 约旦$还是约旦?• 将给"约旦"的结果,而不是为"约旦"提供结果
搜索引号中的确切短语,将尊重引号中提到的任何运算符的含义 "" "" "约旦的癌症?" – 将搜索"约旦的癌症"或"约旦的癌症"
搜索引号中的确切短语,而不考虑引号中提到的任何运算符的含义 {} [约旦的癌症?• 只搜索"约旦的癌症",即将问号解释为问号

表 1:运算符为每个数据库执行指定的功能。PubMed 中的操作员必须大写,与 Scopus 和科学网络的运算符不同。X=不存在。

成果措施 Pubmed 斯科普斯 科学网
每年的文件
特定期刊的出版物
每位作者的出版物
机构隶属关系
作者国家
开放访问出版物数量(黄金 OA)
开放访问出版物的数量(绿色 OA)
每个文档类型的出版物
主题区域
特定出版商的出版物
特定 MeSH 术语的出版物
科学网络类别
供资机构
关于特定性别的出版物
关于特定年龄组的出版物
由唯一的 PubMed ID 发布的
由特定编辑管理的出版物
被高度引用的论文:在过去10年中,每个学科领域论文的引用率最高,在1%以上。
该领域的热门论文:与标准(同行论文中的平均引文)相比,最近两个月中被高度引用的论文。

表2:结果度量和搜索过滤器,可用于每个文献数据库。研究人员可以参考每个数据库的说明,详细了解使用每个筛选器。

Pubmed 斯科普斯 科学网
涵盖的学科 生命科学和生物医学学科 所有学科 所有学科
重点 生命科学和生物医学学科 物理、健康、生活和社会科学 科学、技术、社会科学、艺术和人文科学。
覆盖期间 1966 1970 1900*
免费/付费 自由 支付 支付
所有权 国家卫生研究所 埃尔塞维尔 克拉里瓦特
专业术语索引 是的
关联的数据搜索 是的
旧数据覆盖范围 是的
图生产 是的 是的
开放访问评估 黄金开放访问 黄金开放访问 绿色和金色开放通道
友好的界面 + ++ +++
运营商的可用性 + +++ ++
• 覆盖范围取决于机构订阅

表3:比较PubMed、Scopus和科学网络的特征。本表中的信息基于本研究的数据和每个数据库10、22、23、24提供的信息。

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Discussion

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在这项研究中,提供了PubMed、Scopus和科学网络数据库用于进行书目分析的步骤。指出,最友好、最简单的工具是科学网络;然而,它的缺点是,其服务不是免费的。PubMed 致力于生物医学科学,并附属于其他几个国家医学图书馆 (NLM) 工具,这些工具可以帮助优化生物医学主题的分析。医学主题标题 (MeSH) 是一个专业索引工具,在将新文章添加到 PubMed 数据库后,专家将搜索文章以查找其讨论的主要主题,并为每篇文章分配一个 MeSH 列表。另一方面,它的主要缺点是,它需要良好的知识,如何使用它。搜索科学网络核心集合将生成在科学引文索引扩展 (SCIE)、 社会科学引文索引 (SSCI)、 艺术和人文引文索引 (AHCI) 和新添加的期刊上发表的所有文章新兴来源引文索引(ESCI),作者可以选择科学网中的数据库在18年搜索。此外,另外两个书籍和会议数据库也包括19个。Scopus通常易于使用,并且有一个数据库,它比其他两个服务20更多的日志,但它仍然是一个付费服务。表 3进一步详细介绍了 PubMed、Scopus 和科学网络的特征。

结果显示,Scopus和Web科学数据库搜索都提供了约旦人最常见的学科,提供了不同的学科。通过分析每个数据库的研究领域(学科)分类,研究了这些差异背后的原因。结果发现,Scopus搜索产生了27个研究领域,其中出版物被分为一个或多个。另一方面,科学网络搜索产生了140个研究领域。然而,《科学网》出版物只分为其中一种(没有出版物被分为多个研究领域)。例如,Scopus 中的单一研究领域"医学"与科学网中的 27 个研究领域相对应,它们是(数字对应于科学搜索网络检索结果的 10,936 份出版物中每个研究领域的贡献):

内科(2.5%)、神经病学(2.2%)、肿瘤学(2.2%)、外科(1.4%)、内分泌学(1.1%)、儿科(1.1%)、精神病学(1%)、实验医学(1%)、心血管系统(0.9%)、传染病(0.9%)、放射科(0.9%)、骨科(0.7%)、妇产科(0.7%)、免疫学(0.6%)、康复(0.6%)、血液学(0.6%)、泌尿科(0.5%)、呼吸科(0.4%)、眼科(0.3%)、胃肠病(0.3%)、补充医学(0.3%)、皮肤科(0.2%)、形态学()。0.2%),风湿病(0.2%),麻醉(0.2%),急救医学(0.1%),过敏(0.1%)。

如协议前面所述,研究人员可能会下载 CSV 或 XLSX 格式的搜索结果,其中有多种工具可用于进一步分析和映射结果。这些工具应用科学制图或书目制图的概念,这是学科、字段、文档或作者如何相关的空间表示:

  • Sci2工具(https://sci2.cns.iu.edu/user/index.php:一个免费的工具,用于对从斯科普斯、科学网甚至PubMed中提取的数据进行分析。
  • BibExcel (http://homepage.univie.ac.at/juan.gorraiz/bibexcel/ ): 一个免费的工具,用于管理和构建从不同书目软件中提取的数据的地图。
  • CiteSpace(http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/:一种免费的工具,用于可视化和分析科学文献中的趋势和模式。
  • UCINET (https://sites.google.com/site/ucinetsoftware/home : 一种基于数据库的工具,用于分析社交网络数据和绘制可视化地图。
  • Pajek (http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/ ): 一个用于分析和可视化大型网络的免费工具。
  • Leydesdorff的软件(https://www.leydesdorff.net/software.htm:一种从书目数据库输出并绘制结果映射的免费工具。
  • 网络工作台工具 (http://nwb.cns.iu.edu : 一个免费提供的工具,提供特定的算法来处理出版物数据,以构建和分析书目网络和地图。
  • VintagePoint (https://www.thevantagepoint.com ): 一种基于订阅的工具,用于分析和科学映射大量结构化文本,以发现模式和关系
  • VOSviewer (http://www.vosviewer.com/download): 专为构建和可视化书目图而设计的免费工具,特别注意此类地图的图形表示。

此外,研究人员可以使用从三个数据库(Pubmed、Scopus和科学网络)获得的数据,并使用其他来源的数据计算其他有价值的指数,包括世界银行和经济合作与发展组织。发展(经合组织)。由于每年的出版物和作者的隶属关系国可在三个数据库中作为成果计量,因此可以衡量以下指数:

  • 人口指数
  • 每百万居民的出版物数量,其中人口可以从世界银行数据库26。
  • 按国内生产总值(国内总产值)出版
  • 每十亿美元国内生产总值的出版物数量,其中国内生产总值可以从世界银行数据库26的"世界发展指标"中获得。
  • 年度科学增长率(研究生产力)
  • (一年(n)出版物=当年出版物(n-1))/当年出版物(n-1)
  • 每个区域的出版物

根据联合国27年《联合国统计年鉴》,世界被划分为9个区域,这些划分是基于地理、科学和经济方面的考虑。这些区域是:西欧、东欧、美利坚合众国(美国)、加拿大、拉丁美洲和加勒比、非洲、日本、亚洲(不包括日本)和大洋洲。

旨在使用上述数据库进行书目分析的研究人员应意识到其局限性;在乌尔里希的期刊词典28中,斯科普斯和科学网在几乎所有学科的期刊报道都没有达到一半。这意味着,尽管斯科普斯和科学网络索引期刊是基于质量的,但它们并不涵盖任何学科的所有期刊。此外,非英语期刊的代表性不足,因为这些数据库的重点是英语期刊28。在分析过程中,我们会遇到的一个限制是,没有完整的信息,有关文章(例如,缺少作者的隶属关系国家),这可能导致结果中出现某种错误。可以通过对作者执行手动搜索来避免这种情况。然而,这个问题没有在本研究中的分析中讨论,因为以前的研究估计,这个问题造成的缺失信息是微不足道的(小于5%)6。

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Disclosures

所有作者均未披露潜在的利益冲突。

Acknowledgments

作者要感谢科学研究院长为支持这项研究的视频制作提供资金。作者还要感谢约旦大学英语语言文学系的Aseel Zabin博士对这项研究进行了英语评论。

Materials

Name Company Catalog Number Comments
clarivate N/A Web of Science provider, where the access was provided by the subscription made by the University of Jordan.
Elsevier N/A Scopus provider, where the access was provided by the subscription made by the University of Jordan.

DOWNLOAD MATERIALS LIST

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使用 PubMed、Scopus 和科学数据库网络比较书目分析
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AlRyalat, S. A. S., Malkawi, L. W., Momani, S. M. Comparing Bibliometric Analysis Using PubMed, Scopus, and Web of Science Databases. J. Vis. Exp. (152), e58494, doi:10.3791/58494 (2019).More

AlRyalat, S. A. S., Malkawi, L. W., Momani, S. M. Comparing Bibliometric Analysis Using PubMed, Scopus, and Web of Science Databases. J. Vis. Exp. (152), e58494, doi:10.3791/58494 (2019).

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