Biochemistry

Un'analisi di spettroscopia di fluorescenza fluttuazione delle interazioni proteina-proteina a contatti cellula-cellula

Published: December 1, 2018 doi: 10.3791/58582

¹Institute for Biochemistry and Biology, Cell Membrane Biophysics Group, University of Potsdam

Summary

Questo protocollo descrive un approccio di basato su spettroscopia di fluorescenza fluttuazione per indagare le interazioni tra proteine che mediano interazioni cellula-cellula, cioè proteine localizzate nelle giunzioni delle cellule, direttamente nelle cellule viventi. Forniamo le linee guida dettagliate sulla calibrazione dello strumento, acquisizione dati e analisi, comprese le correzioni al fonti possibili manufatto.

Abstract

Una varietà di processi biologici coinvolge interazioni cellula-cellula, in genere mediati dalle proteine che interagiscono a livello di interfaccia tra le cellule vicine. Di interesse, solo pochi saggi sono in grado di sondare specificamente tali interazioni direttamente nelle cellule viventi. Qui, presentiamo un test per misurare l'associazione di proteine espresse sulle superfici delle cellule vicine, a contatti cellula-cellula. Questo test è costituito da due passaggi: miscelazione delle cellule che esprimono le proteine di interesse fusa a diverse proteine fluorescenti, seguita da misure di spettroscopia di fluorescenza fluttuazione a contatti cellula-cellula utilizzando un microscopio a scansione confocale del laser. Dimostriamo la fattibilità di questo test in un contesto biologicamente rilevante misurando le interazioni della proteina amiloide precursore-come 1 (APLP1) attraverso giunzioni della cellula-cellula. Forniamo protocolli dettagliati sull'acquisizione dati utilizzando tecniche basate sulla fluorescenza (scansione di spettroscopia di correlazione di fluorescenza, il numero di cross-correlazione e analisi di luminosità) e la taratura dello strumento richiesto. Ulteriormente, discutiamo passaggi critici nell'analisi dei dati e come identificare e correggere le variazioni di segnale esterno, spurie, come quelle dovute a movimenti photobleaching o cella.

In generale, il saggio presentato è applicabile a qualsiasi omo - o interazioni eterotipiche proteina-proteina a contatti cellula-cellula, fra le cellule dei tipi uguali o diversi e può essere implementato su un commerciale scansione microscopio confocale del laser. Un requisito importante è la stabilità del sistema, che deve essere sufficiente per sondare dinamica diffusiva delle proteine di interesse per diversi minuti.

Introduction

Molti processi biologici verificano presso i siti delle interazioni cellula-cellula, per esempio, cellula-cellula adesione¹^,²^,³, cellula-cellula fusion⁴ e riconoscimento cellulare⁵. Tali eventi sono particolarmente importanti durante lo sviluppo degli organismi multicellulari e per la comunicazione cellula-cellula, per esempio, durante le risposte immunitarie. Questi processi sono in genere mediati dalle proteine che sono localizzate alla superficie, cioè, alla membrana del plasma (PM) delle cellule vicine e sottoposti a specifiche interazioni al contatto cellula-cellula che sono precisamente regolamentato in spazio e tempo. In molti casi, queste interazioni sono diretto omo - o eterotipiche interazioni della proteina-proteina trans , ma possono anche coinvolgere gli ioni o ligandi che agiscono come linker extracellulare¹. Sebbene di fondamentale importanza, c'è una mancanza di saggi sondando queste interazioni proteina-proteina specifica direttamente nell'ambiente nativo di cellule viventi. Molti metodi di distruzione cellulare (ad es., analisi biochimiche come co-immunoprecipitazione⁶), richiedono la fissazione (ad es., alcune delle tecniche di Super-risoluzione microscopia ottica e microscopia elettronica delle cellule contatti⁷), o sono non-specifici, ad esempio, aggregazione / adesione saggi⁸^,⁹. Per ovviare a questo problema, sono state implementate tecniche di fluorescenza basata sulla fluorescenza resonance energy transfer (FRET)¹⁰ o fluorescenza complementazione¹¹. Tuttavia, per raggiungere distanze sufficientemente piccole tra fluorofori, questi metodi richiedono etichette fluorescenti sul lato extracellulare delle proteine¹⁰, potenzialmente interferenti con interazioni di trans .

Qui, presentiamo un'analisi di fluorescenza-basata alternativa per le interazioni proteina-proteina a contatti cellula-cellula. Questo approccio combina approcci di cross-correlazione di fluorescenza (scansione spettroscopia di correlazione di fluorescenza (sFCCS), numero di cross-correlazione e luminosità (ccN & B)) e la miscelazione delle cellule che esprimono un costrutto di fusione della proteina di interesse, ad esempio, un recettore di adesione. I recettori studiati nelle due cellule interagenti sono etichettati con due proteine fluorescenti spettralmente separate (FPs), dall'intracellulare (Vedi Figura 1A).

I metodi impiegati sono basati sull'analisi statistica delle fluttuazioni di fluorescenza indotta dal movimento diffusivo delle proteine di fusione fluorescenti attraverso il volume focale di un microscopio a scansione confocale del laser. Più in dettaglio, il test sonde co-diffusione delle proteine di interesse in entrambi vicini PMs a contatti cellula-cellula. Se le proteine subiscono interazioni trans , questi complessi trans porterà proteine fluorescenti che emettono in entrambi i canali spettrali, causando fluttuazioni di fluorescenza correlata di entrambi gli emettitori. D'altra parte, se si verifica alcuna associazione, le fluttuazioni numero di proteine nell'affrontare PMs sarà indipendente, non causando fluttuazioni correlate. L'acquisizione può essere eseguita in due modi: 1) sFCCS si basa su una scansione a forma di linea attraverso il contatto cellula-cellula e sonde in modo efficace le interazioni in un punto situato nella regione del Contatta. Attraverso un'analisi temporale delle fluttuazioni di fluorescenza, sFCCS fornisce anche informazioni dinamiche, cioè, i coefficenti di diffusione dei complessi della proteina; 2) ccN & B si basa su un'analisi di immagine di una sequenza di immagini acquisite presso le regioni di contatto cellula-cellula. Esso ha la capacità di sondare e mappa interazioni lungo tutta la regione (in un piano focale) di contatto, ma non fornisce informazioni sulle dinamiche. Entrambi i metodi possono essere combinati con un'analisi della luminosità molecolare, cioè, il segnale di fluorescenza media emessa nell'unità di tempo da complessi proteici diffusore singolo e, quindi, fornire stime della stechiometria dei complessi della proteina a contatti cellula-cellula.

In questo articolo, forniamo dettagliati protocolli per la preparazione del campione, calibrazione dello strumento, acquisizione dati e analisi ad eseguire l'analisi presentata su un commerciale scansione microscopio confocale del laser. Gli esperimenti possono essere eseguiti su qualsiasi strumento dotato di conteggio di fotoni o rivelatori analogici e un obiettivo con apertura numerica elevata. Abbiamo ulteriormente discutere passaggi critici del protocollo e forniscono schemi di correzione per diversi processi che causano fluttuazioni artefactual segnale, ad esempio, rivelatore rumore, movimento photobleaching o cella. Originariamente sviluppato per sondare le interazioni tra cellule aderenti, il dosaggio può essere modificato per cellule in sospensione, o adattati ai sistemi di membrane modello, ad esempio, le vescicole unilamellari gigante (GUV) o plasma gigante vescicole di membrana (GPMVs), che consente la quantificazione delle interazioni in lipidi diversi ambienti o in assenza di un citoscheletro organizzato¹²^,¹³.

Spettroscopia di correlazione di fluorescenza di scansione è una versione modificata di spettroscopia di correlazione di fluorescenza¹⁴ ed è stato specificamente progettato per sonda dinamica diffusiva lenta del lipido membrane¹⁵. Si basa su un'acquisizione di scansione linea perpendicolare al PM contenenti le proteine fluorescenti di interesse. Per sondare le interazioni delle due specie di proteina marcata in modo diverso, l'acquisizione viene eseguita in due canali spettrali utilizzando due linee laser e due finestre di rilevamento per fluorofori spettralmente separati. A causa della dinamica lenta diffusione di proteine nel PM (D≤ ~ 1 µm2/s), una misura di cross-talk-free possa essere eseguita alternando lo schema di eccitazione da linea a linea¹⁵. L'analisi inizia con: 1) un algoritmo di allineamento correggere per movimento laterale cellulare basato su block-wise con una media di ~ 1000 righe, 2) determinazione della posizione con fluorescenza massimo segnale, cioè, il PM posizione ogni blocco e 3) mutevole di tutti i blocchi per una comune origine¹²^,¹⁵, separatamente in ciascun canale. Quindi, una selezione automatica dei pixel corrispondenti al PM viene eseguita selezionando la regione centrale da una vestibilità gaussiana della somma di tutte le linee allineate (cioè, centro ± 2.5σ). Integrazione del segnale in ogni linea produce la serie temporale fluorescenza a membrana f (t) in ciascun canale (g = verde canale, r = canale rosso). Nota che la dimensione in pixel deve essere abbastanza piccola, ad esempio, < 200 nm, per ricostruire la forma del punto di diffondere funzione e trovare il suo centro, corrispondente alla posizione del PM. In presenza di sostanziale photobleaching, le serie temporali di fluorescenza in ciascun canale possono essere modellate con una funzione di doppio-esponenziale e poi corretto con la seguente formula:¹⁶

Equation 1 . (1)

È importante notare che questa formula corregge efficacemente sia le ampiezze e tempi di diffusione ottenuti da analisi di correlazione di f (t)^c, rispetto alle stime dei parametri che si otterrebbe dalla non corretta f (t). Quindi, le funzioni di auto - e cross-correlazione (ACFs / CCFs) della fluorescenza segnali vengono calcolati:

Equation 2 , (2).

Equation 3 , (3).

dove δF_ho = F_io(t) - F_io(t) ed io = g, r.

Un modello bidimensionale diffusione è poi montato su tutte le funzioni di correlazione (CFs):

Equation 4 . (4)

Qui, N indica il numero di proteine fluorescenti nel volume di osservazione e τ_d il tempo di diffusione per ogni canale. Questo modello prende in considerazione che in ambito sperimentale descritto, diffusione delle proteine nel PM si verifica nel piano x-z, in contrasto con la configurazione comunemente usata di correlazione di fluorescenza spettroscopia (FCS) esperimenti sulle membrane di sondaggio diffusione nel piano x-y del confocale volume¹⁷. La vita w₀ e il fattore di struttura S, descrivendo l'allungamento w_z del volume focale in z, S = wz/w₀, sono ottenuti da una misura di calibrazione punto FCS effettuata con coloranti spettralmente simili e stesse impostazioni ottiche utilizzando valori già disponibili per il coefficente di diffusione D_tintura:

Equation 5 , (5).

dove τ_{d, colorante} è il tempo di diffusione medio misurato delle molecole della tintura, ottenuta da un modello tridimensionale diffusione ai dati, di montaggio tenendo le transizioni di conto di una frazione T di tutte le molecole di N per un stato di tripletto con una costante di tempo τ_τ:

Equation 6 . (6)

Infine, i coefficenti di diffusione (D), i valori di luminosità molecolare (ε) e la relativa correlazione incrociata dei dati sFCCS (rel.cc.) sono calcolati come segue:

Equation 7 , (7).

Equation 8 , (8).

Equation 9 , (9).

dove G_cross(0) è l'ampiezza della funzione di correlazione incrociata e Equation 14 è l'ampiezza della funzione di autocorrelazione nel canale dei -esima.

Questa definizione della relativa correlazione incrociata, cioè utilizzando max invece di dire all'equazione 9, tiene conto del fatto che il numero massimo dei complessi di due specie proteiche presenti alle concentrazioni differenti è limitato per il specie presenti in un numero inferiore.

Luminosità e il numero di Cross-correlazione si basa su un'analisi del momento dell'intensità di fluorescenza per ogni pixel di una serie di immagini acquisite nel tempo ad un in posizione fisso nel campione, costituiti in genere da ~ 100-200 fotogrammi, con due spettrali canali ( g = verde canale, r = canale rosso). Dalla media temporale ho_{e la varianza} Equation 16 , la luminosità molecolare ε_i e numero n_mi vengono calcolate in ogni pixel e canale spettrale (io = g, r)¹⁸:

Equation 10 , (10).

Equation 11 . (11)

È importante notare che le equazioni determinate si applicano al caso ideale di un vero rilevatore photon-counting. Per sistemi di rivelazione analogica, le seguenti equazioni applicano¹⁹^,²⁰:

Equation 12 , (12).

Equation 13 . (13)

Qui, S è il fattore di conversione tra fotoni rilevati ed i conteggi digitali registrati, Equation 24 è il rumore di lettura e offset si riferisce all'offset di intensità del rivelatore. Generalmente, queste quantità devono essere calibrate, per qualsiasi tipo di rivelatore, basato su misura la varianza del rivelatore in funzione dell'intensità per illuminazione costante¹⁹, ad esempio, una superficie di metallo riflettente o soluzione colorante secchi. L' offset può essere determinato misurando la velocità di conteggio per un campione senza luce di eccitazione. Eseguendo una regressione lineare della varianza rivelatore-associated Equation 25 versus trama di intensità (mi), S e Equation 24 può essere determinato¹⁹:

Equation 14 . (14)

Infine, la luminosità di cross-correlazione è calcolata in ogni pixel ed è definita in generale come²¹

Equation 15 , (15).

dove Equation 29 è la croce-varianza Equation 30 .

Per filtrare le fluttuazioni longeve, tutti ccN & calcoli B vengono eseguiti seguendo un vagone coperto del filtro, in modo indipendente per ogni pixel²². Brevemente, n_i, ε_ho (ho = g, r) e B_cc sono calcolati in segmenti di ad esempio, 8-15 infissi scorrevoli. I valori così ottenuti possono essere fatte la media poi per ottenere il pixel finale numero e la luminosità.

Analisi di stechiometria
Al fine di stimare la stechiometria dei complessi della proteina a contatti cellula-cellula, la luminosità molecolare possa essere analizzata separatamente in ciascun canale spettrale per il sFCCS o ccN & dati B. In sFCCS, si ottiene un valore di luminosità per misura in ciascun canale. In ccN & B, si ottiene un istogramma di luminosità di tutti i pixel corrispondenti al contatto cellula-cellula e il valore medio (o mediano) può essere utilizzato come luminosità rappresentativo per la misurazione. Eseguendo la stessa analisi su un riferimento monomerico, tutti i valori di luminosità possono essere normalizzati per ottenere direttamente lo stato oligomerico medio dei complessi proteici rilevati. A questo punto, è importante correggere per la presenza di FPs non fluorescente che può comportare una sottovalutazione dello stato oligomerico. Questo viene in genere eseguito misurando la luminosità di un homo-dimerica riferimento proteina²³^,²⁴ utilizzando SFC un colore o numero e luminosità (N & B).

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Protocol

1. preparazione del campione: Cella di miscelazione dosaggio

Nota: Il seguente protocollo descrive la procedura di miscelazione per le celle aderenti. Può essere modificato per le cellule coltivate in sospensione.

Un numero adeguato di cellule su una piastra a 6 pozzetti, per esempio, 800.000 cellule HEK 293T (contati con un Neubauer camera di conteggio), un giorno prima di transfezione del seme. Il numero può essere modificato a seconda del periodo tra la semina e la transfezione e regolato per altri tipi di cellule. Per eseguire un esperimento di base (cioè, proteine di interesse e di controllo negativo), preparare almeno 4 pozzi. Cellule di coltura a 37 ° C, 5% CO₂ in mezzo di Eagle Medium per volta (DMEM) di Dulbecco, completati con siero bovino fetale (10%) e L-Glutammina (1%).
Transfect celle secondo le istruzioni del produttore (Vedi la Tabella materiali).
1. Per eseguire un esperimento di base, transfect, in pozzetti separati, plasmidi per la proteina di interesse fuso a un 'verde' (ad es., monomerico avanzata proteina fluorescente verde (mEGFP), o la proteina fluorescente gialla (mEYFP)) o il 'rosso' (ad es., mCherry, o mCardinal) proteina fluorescente.
  Nota: In questo protocollo, ci concentriamo su APLP-1-mEYFP e APLP1-mCardinal¹²e il controllo negativo corrispondente, ad esempio, miristoilate-palmitoilata-mEYFP (myr-palm-mEYFP) e - mCardinal (myr-palm-mCardinal)¹². In genere, 200 ng - 1 µ g di DNA plasmidico sono sufficienti. Efficienza di trasfezione alta aumenta la possibilità di trovare le celle 'rosse' e 'verde' in contatto. Modificare la quantità di plasmide e transfezione reagente per ottimizzare l'efficienza di trasfezione. Critico: Confluenza delle cellule dovrebbe essere di circa il 70% quando la trasfezione le cellule. Se le cellule sono sovra-confluenti, farà diminuire l'efficienza di trasfezione. Se le cellule non sono abbastanza, confluente transfezione e miscelazione può indurre stress e prevenire molte cellule da un collegamento corretto dopo la miscelazione.
Eseguire la miscelazione ~4 ± 2 ore dopo la trasfezione delle cellule.
1. Rimuovere il mezzo di crescita e lavare ogni bene delicatamente con 1 mL di PBS completati con Mg^{2 +} e Ca^{2 +}. Quindi, rimuovere il PBS. (Critico) Goccia PBS sul bordo bene per evitare il distacco delle cellule durante il lavaggio.
2. Aggiungere la soluzione di ~ 50 µ l della tripsina Etilendiamminotetraacetico acido (EDTA) drop-wise ad ogni pozzetto per facilitare il distacco delle cellule. Incubare a 37 ° C per 2 min in seguito, lentamente agitare la piastra 6 pozzetti lateralmente per staccare le cellule.
  Nota: Tempi di incubazione prolungato potrebbero essere necessari per alcuni tipi di cellule.
3. Aggiungere 950 µ l di terreno di coltura ad ogni pozzetto e risospendere le cellule pipettando un paio di volte su e giù, quindi staccare tutte le celle dalla parte inferiore di ben. (Critico) Garantire che le cellule sono risospese correttamente e staccate da altro controllando visivamente per l'assenza di aggregati di grandi cellule dopo la risospensione. In caso contrario si otterranno molti contatti 'verde' 'Rossi'-'Rossi' o 'verde' - dopo la miscelazione.
4. Trasferire la soluzione di cella di un pozzo (proteina di interesse o di controllo negativo) al corrispondente, vale a dire, 'rosso' (ad es., APLP1-mCardinal transfettate) 'verde' (ad es., APLP1-mEYFP transfettate) cellule. Mescolare pipettando delicatamente un paio di volte su e giù. Quindi, seme le cellule miste su piatti di fondo di vetro 35mm (1 mL di soluzione di cellule miste per ogni piatto), oltre a 1 mL di terreno di coltura e cultura seminato cellule per un altro giorno a 37 ° C, 5% CO₂.

Figura 1 . Flusso di lavoro sperimentale e rappresentazione schematica della scansione di spettroscopia di correlazione di fluorescenza e analisi di numero e luminosità di cross-correlazione a contatti cellula-cellula. (A) schema di preparazione del campione: due popolazioni di cellule trasfettate con la proteina di interesse (ad es., APLP1) fusa a due proteine fluorescenti spettralmente distinte (ad es., mEYFP e mCardinal) sono mescolate dopo trasfezione. Contatti delle cellule transfettate in modo diverso sono selezionati negli esperimenti di microscopia. Per evitare interferenze con domini di legame extracellulare, la proteina fluorescente dovrebbe essere fusa al capolinea intracellulare della proteina di interesse. (B) misure di scansione FCCS (sFCCS) sono eseguiti perpendicolarmente al contatto cellula-cellula in due canali spettrali (canali 1, verde e rosso, 2). Linee di scansione (rappresentati come chimografi) sono allineati e pixel di membrana sommati. Quindi, ACFs e CCFs sono calcolati dalle tracce intensità F_io(t). ACFs sono rappresentati in rosso e verde. CCF è rappresentato in blu. (C) Cross-correlazione N & B (ccN & B) acquisizione si traduce in una pila tridimensionale immagine (x-y-time). Un ROI è selezionato intorno al contatto cellula-cellula. Quindi luminosità canale e cross-correlazione (ε₁, ε₂e B_cc) i valori sono calcolati in ciascun pixel di contatto cellula-cellula. I risultati vengono quindi visualizzati come istogrammi, pool di tutti i pixel selezionati. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

2. preparazione del campione: Controllo positivo per esperimenti di Cross-correlazione e Homo-dimero costrutto per l'analisi di luminosità

600.000 cellule HEK 293T, conteggiate con una cella camera, su piatti di 35 mm vetro inferiore un giorno prima di transfezione di conteggio del seme. Le cellule a 37 ° C, 5% CO₂ in terreno DMEM completo della coltura (Vedi punto 1.1) per un altro giorno.
Transfect cellule con ~ 250 ng di DNA plasmidico secondo le istruzioni del produttore. Per il controllo positivo di cross-correlazione, utilizzare un plasmide che codifica un proteina fluorescente ancorata alla membrana etero-dimero, per esempio, myr-palm-mCherry-mEGFP o myr-palm-mCardinal-mEYFP¹² corrispondenti alla FPs della proteina di interesse. Per la calibrazione della luminosità, utilizzare plasmidi codifica sia un ancorata alla membrana FP monomero e homo-dimero corrispondente alla FPs fusa per la proteina di interesse, ad esempio, myr-palm-mEYFP e myr-palm-mEYFP-mEYFP per calibrare l'analisi di luminosità di APLP1-mEYFP¹².
Coltura di cellule a 37 ° C, 5% CO₂ in terreno DMEM completo (Vedi punto 1.1) per un altro giorno.

3. confocale microscopia: Installazione e calibrazione Volume focale

Nota: Il seguente protocollo è scritto per gli esperimenti condotti con mEGFP/mEYFP e mCherry/mCardinal sul microscopio confocale utilizzato in questo studio di scansione laser. La configurazione ottica, le impostazioni del software (linee laser, specchi dicroici, filtri) e la scelta di calibrazione coloranti possono essere modificati per altre configurazioni di FPs e microscopio.

Accendere il microscopio e il laser almeno un'ora prima dell'esperimento per garantire stabilità di laser e l'equilibratura della temperatura.
Preparare 100-200 µ l di soluzioni appropriate idrosolubile colorante fluorescente (Vedi la Tabella materiali per esempi) in acqua o in PBS per calibrare il volume focale, con le concentrazioni nell'intervallo 10-50 nM.
Posizionare le soluzioni di tintura su un piatto da fondo pulito 35 mm vetro #1.5, cioè, avere uno spessore di 0.16-0.19 mm.
Nota: Idealmente, usare piatti con copertura in vetro ad alte prestazioni con una tolleranza di basso spessore, ad esempio, 0,170 ± 0,005 mm, che permette un'ottimale collo anello correzione (punto 3.6). È importante utilizzare lo stesso tipo di piatto come utilizzato in seguito per i seguenti esperimenti.
Mettere il recipiente contenente la soluzione di colorante direttamente sull'obiettivo (preferibilmente, l'immersione in acqua, con NA 1.2) per garantire la messa a fuoco nella soluzione. In alternativa, posizionare il piatto sulla porta campione e messa a fuoco nel campione (ad es., 10-20 µm sopra il fondo del piatto).
Nota: Si sconsiglia di utilizzare obiettivi di olio dovuto il povero segnale ottenuto quando concentrandosi profondo in campioni acquosi.
Impostare il percorso di eccitazione e di emissione, per esempio, scegliere la 488 nm del laser, uno specchio dicroico di 488/561 nm, rilevamento finestra 499-552 nm e una dimensione di foro di spillo di 1 unità arioso (AU). Assicurarsi che la dimensione del foro stenopeico è identico a quello che verrà utilizzato nelle misure di correlazione incrociata.
Regolare la posizione di foro stenopeico (regolazione pinhole) e l'anello del collare oggettivi per massimizzare il tasso di conteggio. A questo scopo, è necessario girare dell'anello del collare fino a quando non viene rilevato il tasso di conteggio massimo.
Nota: La correzione di anello collare rappresenta lo spessore specifico del vetro di copertura utilizzato. Massimizzare il tasso di conteggio, vale a dire., raccogliendo come molti fotoni per molecola come possibile, è fondamentale per massimizzare il rapporto segnale-rumore (SNR) delle misurazioni.
Eseguire una serie di misure punto FCS (ad es., 6 misure alle posizioni differenti, ciascuno composto da 15 ripetizioni di 10 s, vale a dire 2,5 min tempo totale, campionata con tempo di permanenza di 1 µs o meno) a parità di potenza laser utilizzato in cross-correlazione misure (in genere ~ 1%, cioè, ~ 1-2 µW).
Montare un modello tridimensionale diffusione compreso un contributo di tripletto (equazione 6) ai dati.
Nota: In genere, i tempi di diffusione ottenuti sono circa 30 µs e il fattore di struttura è di circa 4-8.
Calcolare la vita w₀ dal tempo di diffusione medio misurato e valori pubblicati per il coefficente di diffusione del colorante usato a temperatura ambiente²⁵ secondo l'equazione 5. I valori tipici sono 200-250 nm.
Ripetere la procedura di calibrazione (passaggi 3.4-3.9) con un colorante fluorescente differente per un secondo canale di rilevamento se necessario (ad es., 561 nm eccitazione e rilevamento tra 570 nm e 695 nm). Mantenere la posizione foro stenopeico e dimensioni come è stato fissato per il primo canale di rilevamento.
Calcolare la luminosità molecolare (equazione 8) dalle misurazioni di calibrazione e memorizzare i valori ottenuti.
Nota: I valori tipici per il setup usato sono ~8-10 kHz/molecola (MOL) per 1,8 µW 488 nm il potere di eccitazione. Inferiori ai valori usuali potrebbero indicare lo sporco sull'obiettivo, il disallineamento di un uscita ridotta laser o l'installazione. Controllare e memorizzare potenze laser all'obiettivo regolarmente utilizzando un misuratore di potenza. Per il confronto di diverse configurazioni, luminosità molecolare normalizzata per la potenza del laser di eccitazione è il parametro più significativo per valutare la performance del microscopio.

4. spettroscopia di correlazione di fluorescenza di scansione: acquisizione

Nota: Il seguente protocollo è scritto per gli esperimenti condotti con mEGFP/mEYFP ('verde') e mCherry/mCardinal ('rosso') sul microscopio confocale a scansione laser utilizzati in questo studio. L'installazione di ottica e le impostazioni del software (linee laser, specchi dicroici, filtri) possono essere diverse per altre configurazioni di FPs o microscopio.

Impostare il percorso ottico, ad es., 488 nm e 561 eccitazione di nanometro e 488/561 nm specchio dicroico, pinhole 1 AU per l'eccitazione di 488 nm. Per evitare interferenze spettrali, selezionare due tracce separate per eccitare e rilevare mEGFP/mEYFP (488 nm eccitazione, canale verde) e mCherry / mCardinal (561 nm eccitazione, canale rosso) in sequenza e selezionare interruttore tiene traccia di ogni linea. Per il rilevamento, è possibile utilizzare filtri appropriati per entrambi i canali, per esempio, 499-552 nm nel verde del canale e 570-695 nm nel canale del rosso.
Se eccitazione alternati non è possibile, utilizzare le impostazioni di filtro appropriato per il canale rosso per minimizzare il colloquio trasversale spettrale (cioè rilevare mCherry/mCardinal fluorescenza non inferiore a 600 nm). Questo può ridurre la quantità di fotoni rilevati nel canale del rosso e quindi ridurre il SNR.
Mettere il piatto contenente le celle miste il supporto del campione. Attendere almeno 10 minuti per garantire l'equilibrio di temperatura e per ridurre la deriva di messa a fuoco.
Concentrarsi sulle cellule mediante trasmissione luce nel menu Locate .
Ricerca di un paio di un 'rosso' e una cella 'verde' a contatto con l'altro. Per la cross-correlazione positiva o homo-dimero controllo luminosità (Vedi paragrafo 2), cercare una cella isolata che emette fluorescenza in entrambi i canali o il segnale di rispettivi homo-dimero al PM.
Nota: (Critico) Riduci a icona campione esposizione durante la ricerca di cellule evitare pre-sbiancamento, che può ridurre la cross-correlazione²⁶. Pertanto, esegue la scansione alla velocità di scansione più veloce e poteri di laser a basso. Per evitare la saturazione del rivelatore, formazione immagine fortemente che esprimono le cellule, ricerca in modalità di integrazione. Tuttavia, per ridurre al minimo l'esposizione, scansione a potenze inferiori laser è possibile in modalità photon counting .
Selezionare una perpendicolare di percorso di scansione a contatto cellula-cellula (o a PM di una singola cella per il controllo di luminosità di cross-correlazione o homo-dimero positivo) utilizzando il pulsante Ritaglia come rappresentato nelle figure 1B e 2A.
Nota: Alcuni più vecchi microscopi non consentono le direzioni arbitrarie scansione. In questo caso, contatti cellula-cellula con un orientamento perpendicolare alla direzione di scansione devono essere posizionato.
Zoom per raggiungere una dimensione di pixel di 50-200 nm e selezionare riga in Modalità di scansione. Impostare dimensioni fotogramma su 128 × 1 pixel.
Nota: Dimensione dei pixel tipico è di 160 nm, corrispondente ad una lunghezza di scansione di circa 20 µm.
Impostare velocità di scansione per il valore massimo consentito, ad esempio, 472,73 µs per ogni riga.
Nota: Per un regime alternativo di eccitazione, questo corrisponde al tempo di scansione 954,45 µs, cioè ~ 1000 scansioni/s sulla configurazione utilizzata. La velocità di scansione può essere regolata secondo il coefficiente di diffusione della proteina di interesse. Per le proteine di membrana ancorate, tempi di diffusione tipici sono intorno 10-20 ms il tempo di scansione dovrebbe essere almeno dieci volte più piccolo rispetto ai tempi di diffusione. Velocità di scansione più basse può indurre photobleaching più forte e richiedono potenze inferiori di illuminazione. In alternativa, si può imporre una pausa, per esempio, 5 ms, tra ogni scansione per molto lentamente diffondente complessi utilizzando l'intervallo nel sottomenu Time Series .
Scegliere le potenze laser appropriato, ad esempio, ~ 1-2 µW per 488 nm e ~ 5-10 µW per eccitazione di 561 nm.
Nota: Potenze laser superiori migliorano SNR, ma aumentano photobleaching. Di conseguenza, laser poteri dovrebbero essere scelti tali che photobleaching è inferiore al 50% del tasso di conteggio iniziale.
Impostare cicli a 100.000-500, 000.
Nota: Il numero di scansioni, vale a dire, durata della misurazione, può variare: tempi più lunghi di misura miglioreranno SNR e potrebbero essere più appropriati per diffondersi lentamente molecole, tuttavia, il movimento delle cellule e photobleaching limitare la misura massima tempo. I dati qui presentati sono stati acquisiti ordinariamente per ~ 3-6 min, vale a dire, 200.000-400.000 linea scansioni.
Impostare modalità Photon counting rivelatori. Premere Avvia esperimento per avviare l'acquisizione. Ripetere i passaggi da 4.5-4.11 per misurare un'altra cella.
Nota: Si consiglia di misurare 10-15 cellule per esempio ai livelli di espressione diversa. (Critico) Evitare la saturazione del rivelatore a livelli di alta espressione. Il tasso di conteggio massimo non dovrebbe superare ~ 1 MHz.
Se luminosità analisi sono effettuata per determinare stati oligomerici, eseguire misurazioni di calibrazione di homo-dimero luminosità secondo modificati passaggi 4.1-4.11: misurare ogni proteina fluorescente homo-dimero separatamente (in cellule isolate, preparati utilizzando protocollo sezione 2) ed esegue misure solo in un canale spettrale.

5. scansione spettroscopia di correlazione di fluorescenza: Analisi dei dati

Nota: Il seguente protocollo segue un'implementazione della procedura analisi descritta in dettaglio nel precedente articoli¹²^,¹⁵. Il codice del software è disponibile su richiesta agli autori.

Esportare i file di dati non elaborati (ad esempio, GFS185051) in un'immagine TIFF RGB in formato di dati grezzi. Questo file conterrà un kymograph con il verde e i dati del canale rosso, nel canale denominato G e R dell'immagine, rispettivamente.
Importare il file TIFF con il software di analisi appropriato e procedere per eseguire l'analisi.
Nota: La seguente procedura (passaggi 5,3-5,7) vengono applicata separatamente per ogni canale:
Allineare le linee eseguendo una media di tempo segment-wise o in movimento con blocchi di linee di 500-1000. Determinare la posizione della membrana, cioè, la posizione del pixel con il tasso di conteggio massimo, in ogni blocco. Spostare tutti i blocchi sulla stessa posizione laterale. Questa procedura consente di correggere per spostamento laterale del contatto cellula-cellula, per esempio, a causa di movimento cellulare.
Riassumere tutte le linee allineate lungo l'asse del tempo e misura il profilo di intensità media utilizzando una funzione gaussiana. In presenza di significativo sfondo intracellulare, utilizzare una gaussiana plus una funzione sigmoidale. Definire i pixel corrispondenti alla membrana come tutti i pixel all'interno di ±2.5σ della membrana posizione e riassumere l'intensità di questi pixel in ogni riga, ottenendo un valore di segnale di fluorescenza singola per ogni punto di tempo (cioè, per ogni riga di scansione).
Se necessario (ad es., sfondo > 10% del segnale di membrana), applicare una correzione del fondo sottraendo l'intensità di pixel medi nel citoplasma moltiplicato per 2.5σ (in unità di pixel) rispetto alla fluorescenza di membrana, in blocchi di 1000 righe. Evitare di vescicole intracellulari brillante quando si seleziona pixel dello sfondo.
Se si osserva il photobleaching, applicare una correzione di imbianchimento. Di conseguenza, adatta le serie temporali di fluorescenza della membrana con una funzione di doppio-esponenziale e applicare la correzione appropriata formula, equazione 1¹⁶.
Nota: In alternativa, Fourier spettro basato su schemi di correzione possono essere applicata²⁷. (Critico) Se photobleaching è presente ma non corretto per, il CFs può essere gravemente distorta e le stime dei parametri possono essere influenzate fortemente (per esempio, vedere la Figura 5E).
Calcolare la ACFs e CCFs secondo equazioni 2 e 3 utilizzando, ad esempio, un algoritmo di multiplo-tau²⁸. Per migliorare l'affidabilità dell'analisi ed evitare artefatti, eseguire i calcoli per 10-20 segmenti uguali della misurazione totale. Ispezionare la serie temporale di fluorescenza e CFs in ogni segmento e rimuovere segmenti chiaramente distorti (Vedi esempi in Figura 4A- 4D). Media di tutti i segmenti non distorta.
Nota: Questa procedura può essere automatizzata per evitare una distorsione soggettiva ai dati²⁹. Per misurazioni molto instabile può essere utile avere molti brevi segmenti. Tuttavia, la lunghezza di un segmento dovrebbe essere ancora almeno tre ordini di grandezza sopra il tempo di diffusione per evitare statistica sottocampionamento di errori²⁹^,³⁰^,¹⁷.
Montare un modello bidimensionale diffusione, equazione 4, al CFs ottenuti. Pertanto, correggere il fattore di struttura al valore ottenuto nella misurazione di taratura (protocollo sezione 3). La precisione della misura può essere migliorata mediante l'esecuzione di una misura ponderata utilizzando i pesi statistici di ogni punto di dati ottenuti dall'algoritmo più di tau.
Calcolare il coefficiente di diffusione utilizzando la vita calibrata secondo l'equazione 7.
Calcolare la luminosità molecolare dividendo l'intensità di fluorescenza media in ogni canale per il corrispondente numero di particelle, equazione 8. Normalizzare il valore di luminosità determinata in ciascun canale di luminosità media del corrispondente riferimento monomerico per ottenere lo stato oligomerico, tenendo conto non fluorescente FPs²³. A questo scopo, determinare i valori di luminosità media homo-dimero dall'analisi di un solo colore per calcolare la frazione di non fluorescente FPs²³.
Calcolare la relativa correlazione secondo equazione 9.

6. Cross-correlazione numero e luminosità: calibrazione del rivelatore

Nota: Il seguente protocollo fornisce una linea guida generale per quanto riguarda come calibrare il sistema di rilevamento. Questa procedura è obbligatoria per sistemi di rivelazione analogica, ma non è strettamente necessaria quando vengono utilizzati rivelatori di conteggio di fotoni vero.

A secco di soluzioni appropriate tintura solubile in acqua (Vedi Tabella materiali per esempi) su un piatto fondo di vetro 35mm. Impostare il percorso ottico di conseguenza, cioè, 488 o 561 nm eccitazione e rilevazione in 499-552 nm o 570-695 nm, rispettivamente.
Nota: In alternativa, una superficie riflettente in metallo utilizzabile invece di soluzione verniciante essiccato inserendo il pezzo di metallo direttamente sopra l'obiettivo.
Effettuare misurazioni di N & B monocolore in regioni con concentrazioni differenti della tintura o alle potenze laser diversi. Di conseguenza, usare lo Zoom per ottenere una dimensione di pixel di 300 nm, velocità di scansione per impostare il tempo di sosta appropriato pixel, ad esempio, 25 µs e cicli su 100-200 fotogrammi.
Impostare rivelatori a conteggio di fotoni (o modalità analogica se le misure sono eseguite con rilevamento analogico) e premere Avvia esperimento per avviare l'acquisizione. Eseguire la misurazione a zero il potere di eccitazione per determinare l'offset di intensità.
Trama di varianza pixel in funzione dell'intensità di pixel per pixel misurati tutti ed eseguire una misura lineare di questi dati. Determinare S come il pendio del fit lineare. Calcolare il rumore di lettura dall'intercetta y, utilizzando S e l'offset di determinata intensità secondo equazione 14.

7. Cross-correlazione numero e luminosità: acquisizione

Procedura 4.1-4.4 del protocollo di acquisizione sFCCS.
Utilizzare Ritaglia per selezionare un fotogramma di 512 × 128 pixel intorno un contatto cellula-cellula (o PM isolato per controllo di luminosità di homo-dimero) e Zoom per raggiungere una dimensione di pixel di 50-100 nm.
Utilizzare la velocità di scansione per impostare tempo di sosta appropriato pixel, ad esempio, 6,3 µs.
Nota: In N & B, il tempo di permanenza di pixel deve essere molto più piccolo rispetto al tempo di diffusione della proteina di interesse. Se viene scelto un regime alternativo di eccitazione, per esempio, commutazione tiene traccia di ogni linea, il tempo tra le due tracce dovrebbe essere più piccolo rispetto al tempo di diffusione della proteina di interesse. In caso contrario la cross-correlazione rilevabile è ridotto.
Impostare cicli di 100-200 fotogrammi.
Nota: Un numero di telaio superiore migliorerà il SNR, tuttavia, il movimento cellulare può limitare il tempo di misurazione totale. Il tempo di scansione per ogni frame deve essere molto più elevato rispetto al tempo di diffusione della proteina di interesse. In caso contrario la luminosità apparente è ridotto, cioè particelle sembrano essere immobile. Per i complessi molto lentamente diffondente, imporre una pausa, per esempio, 2 s, tra fotogrammi utilizzando l'intervallo nel sottomenu Time Series .
Impostare valori appropriati poteri laser (i valori tipici sono ~ 1-2 µW per 488 nm e ~ 5-10 µW per eccitazione di 561 nm).
Nota: Aumento della potenza laser porta a maggiore luminosità e SNR migliorata, ma anche rafforzata photobleaching. Poteri del laser dovrebbero essere sufficiente per raggiungere una luminosità rilevati almeno ~ 1 kHz/MOL, ma tenuto abbastanza basso per evitare più di 10-20% photobleaching. Per mEGFP/mEYFP o mCherry/mCardinal, a meno di 10% photobleaching sono ottenuti solitamente.
Impostare rivelatori a conteggio di fotoni (o modalità analogica se le misure sono eseguite con rilevamento analogico). Premere Avvia esperimento per avviare l'acquisizione.
Valutare il tasso di conteggio del fotone. Se i tassi di conteggio in pixel contatto cellula-cellula superare 1 MHz, ridurre la potenza del laser o selezionare le celle con più bassi livelli di espressione. Ripetere i passaggi 7.2-7.7. per misurare la coppia successiva delle cellule. Si raccomanda di misurare 10-15 cellule per esperimento a livelli di espressione diversa.
Se analisi di luminosità viene eseguita per quantificare oligomerizzazione, eseguire misurazioni di calibrazione di homo-dimero luminosità secondo modificati passaggi 7.1-7.7: misurare ogni proteina fluorescente homo-dimero separatamente (in cellule isolate, preparati utilizzando protocollo sezione 2) ed esegue misure solo in un canale spettrale.

8. Cross-correlazione numero e luminosità: analisi dei dati

Nota: Il seguente protocollo segue un analisi precedentemente descritta procedura¹²^,³¹. Il codice del software è disponibile da parte degli autori su richiesta.

Importare i dati grezzi (ad es., GFS185051 file possono essere importati utilizzando il pacchetto di³² Bioformats). Media di tutti i fotogrammi e selezionare una regione di interesse (ROI) intorno al contatto cellula-cellula.
Eseguire un immagine allineamento algoritmo³³, ad es., massimizzando la correlazione spaziale tra ROIs in frame successivi per arbitrarie traduzioni laterale, calcolato in media su entrambi i canali. Questa procedura verrà corretto per movimento laterale delle cellule.
Applicare un filtro di boxcar²² per ridurre le fluttuazioni longeve estranee, provenienti da, per esempio, il movimento cellulare residua o al candeggio di sfondo. In alternativa, un metodo detrending può essere applicato per risolvere per photobleaching³⁴.
Nota: Se nessun analisi segment-wise o detrending viene applicato, la luminosità apparente può essere largamente sopravvalutata.
1. Definire i segmenti scorrevole di, per esempio, 8 a 15 fotogrammi (ad es., da 1 a 8, 2 a 9 e così via) e calcolare i valori di luminosità di canale e cross-correlazione secondo equazioni 10, 11 e 15 immagine in ogni segmento. Se i rivelatori non sono vero fotone conteggio rivelatori, prendere i parametri calibrati rivelatore in considerazione quando si calcola la luminosità, cioè, utilizzare equazioni 12 e 13.
  Nota: Il calcolo dei valori di luminosità in segmenti di 8 a 15 fotogrammi conduce ad una sottovalutazione di 10-20% della luminosità assoluta e una sopravvalutazione di 10-20% dei numeri di particelle. Tuttavia, i rapporti di luminosità (per esempio, dimero di luminosità di monomero) non sono interessati, purché la lunghezza del segmento viene mantenuta costante durante l'analisi (dati non mostrati). L'errore statistico per una lunghezza di segmento specifico può essere determinato tramite simulazioni e così corretto per.
2. Media dei valori ottenuti luminosità pixel-wise sopra tutti i segmenti. In questo passaggio, uno può rimuovere il 5% più alto e più basso dei valori di luminosità di segmento dalla media o escludere segmenti che mostrano una chiara distorsione nell'intensità, a causa, ad esempio, una vescicola intracellulare o aggregato transitoriamente presente in questi pixel.
Tracciare i valori di luminosità del pixel in funzione dell'intensità di pixel e selezionare la popolazione di pixel corrispondente al contatto cellula-cellula. Pixel di sfondo avrà valori di intensità molto bassa. A questo punto, ri-valutare il tasso di conteggio massimo. Escludere i pixel con tariffe totali sopra 1MHz per evitare effetti di pile-up.
Creare istogrammi di luminosità per canale e cross-correlazione della cella-cella selezionata contatto pixel e ottenere i valori di luminosità media di ROI. Normalizzare il valore di luminosità del canale medio di luminosità media del corrispondente riferimento monomerico per ottenere lo stato oligomerico, tenendo conto non fluorescente FPs²³. Di conseguenza, determinare i valori di luminosità media homo-dimero dall'analisi di un solo colore per calcolare la frazione di non fluorescente FPs²³.
Per l'illustrazione, tracciare mappe luminosità canale e cross-correlazione.

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Representative Results

Un primo test per il dosaggio di interazione proteina-proteina, cioè, miscelazione delle cellule che esprimono le proteine fluorescenti spettralmente distinte seguite da sFCCS/ccN & misure B (Figura 1), deve essere eseguita sulle proteine che non sono tenute a interagire al contatto cellula-cellula (cioè, un controllo negativo). Di conseguenza, le cellule HEK 293T che esprimono miristoilate-palmitoilata-mEYFP (myr-palm-mEYFP) o - mCardinal sono state mescolate e sFCCS è stato effettuato attraverso il contatto cellula-cellula (Figura 2A). In un caso ideale, il segnale di fluorescenza in ogni canale dovrebbe per oscillare intorno a una media stabile, come conseguenza del movimento diffusivo delle proteine nel PM e le variazioni statistiche del numero di proteine nel volume focale. Per le proteine che non interagiscono, le fluttuazioni in entrambi i canali sono indipendenti gli uni dagli altri e, così, la cross-correlazione spettrale dovrebbe oscillare intorno allo zero. Infatti, una cross-correlazione relativa vicino allo zero è stata osservata in misure tipiche (Figura 2C). La ACFs Visualizza tempi di decadimento caratteristico di ~ 10-20 ms (corrispondente a, in media, D_myr-palm= 1,3 ± 0,3 µm2/s (media ± DS, n = 20 celle)), come previsto per la diffusione di myr-palm-mEYFP e - mCardinal nel PM, ad esempio, D_myr-Palma= 0,88 ± 0,11 µm2/s (media ± SEM) basata sul recupero di fluorescenza dopo esperimenti photobleaching (FRAP)³⁵. In particolare, queste dinamiche piuttosto lente consentono l'utilizzo di uno schema di eccitazione alternati, cioè, il passaggio tra solo eccitazione rosso verde e solo e rilevamento ogni linea, causando un ritardo di ms ~0.5 tra segnali in entrambi i canali, ma sopprimendo diafonia spettrale. In media, una media molto bassa cross-correlazione di ± 0.08 0.10 (media ± DS, n = 17 cellule) è stata ottenuta per il controllo negativo (Figura 3E), come previsto.

Successivamente, un controllo di cross-correlazione positivo è stato utilizzato per calibrare la cross-correlazione possibile massima nella configurazione ottica. Di conseguenza, l'ancorata alla membrana etero-dimero myr-palm-mCardinal-mEYFP è stato espresso in cellule HEK 293T e sFCCS sono state effettuate su singola cellula (Figura 2B). Il CCFs ottenuti avuto ampiezze positive e ha mostrato i simili tempi di decadimento come ACFs, nuovamente ~ 10-20 ms (Figura 2D). In media, una relativa cross-correlazione di 0,96 ± 0.18 (media ± DS, n = 14 celle) è stata misurata per il controllo positivo (Figura 3E).

Figura 2 . Scansione misure di controllo di spettroscopia di correlazione di fluorescenza. (A) immagini rappresentative di mista HEK 293T cellule esprimenti myr-palm-mEYFP /-mCardinal come controllo negativo per le interazioni di trans . La freccia gialla indica che il sFCCS percorso di scansione. Barre della scala sono 5 µm. (B) immagini rappresentative delle cellule HEK 293T esprimendo myr-palm-mCardinal-mEYFP etero-dimero (sinistra: canale verde, destra: canale rosso) come controllo positivo di cross-correlazione. La freccia gialla indica che il sFCCS percorso di scansione. Barre della scala sono 5 µm. (C) rappresentante CFs (verde: ACF nel canale verde (mEYFP), rosso: ACF nel canale rosso (mCardinal), blu: CCF) ottenuti in sFCCS misure per il controllo negativo. Linee continue mostrano si adatta di un modello bidimensionale diffusione al CFs. (D), rappresentante CFs (verde: ACF nel canale verde (mEYFP), rosso: ACF nel canale rosso (mCardinal), blu: CCF) ottenuti in sFCCS misura del controllo positivo. Linee continue mostrano si adatta di un modello bidimensionale di diffusione per la CFs. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

L'idoneità di questo test quindi è stato studiato in un contesto biologicamente rilevante da trans interazioni della proteina del precursore-come per l'amiloide 1 (APLP1), un tipo di sondaggio sono proteine transmembrana che sono stato proposto di agire come un'adesione neuronale recettore. A questo scopo, APLP1 fuso a mEYFP o mCardinal è stato espresso in cellule HEK 293T. Per escludere interferenze con domini di legame extracellulare, il FPs si fusero fino al C-terminale di APLP1, cioè, il dominio intracellulare (Vedi Figura 1A). Quindi, sFCCS sono state effettuate sui contatti cellula-cellula tra APLP-1-mEYFP e APLP1-mCardinal che esprimono le cellule (Figura 3A), con conseguente ACFs e CCFs (Figura 3C) che forniscono informazioni sulla diffusione di APLP1 e le interazioni. Una positiva relativa cross-correlazione di 0.45 ± 0.21 (media ± DS, n = 17 cellule) è stato osservato, cioè, un valore significativamente superiore a quella del controllo negativo (Figura 3E). Interessante, la cross-correlazione relativa media era inferiore a quello del controllo positivo (Figura 3E), che indica solo parziale trans associazione.

Infine, l'analisi è stata usata per mostrare che gli ioni zinco facilitano avanzata APLP1 trans associazione¹²^,³¹. Il sFCCS CFs ottenuti dalle misurazioni tra cluster APLP1 a contatti cellula-cellula (caratterizzati da una forte co-localizzazione di APLP-1-mEYFP e APLP1-mCardinal e formando rapidamente in presenza di ioni di zinco, Figura 3B) ha mostrato fortemente dinamica è ridotta, come evidente dai tempi di grande decadimento e le oscillazioni in grande ritardo volte (Figura 3D). Tuttavia, l'analisi delle ampiezze a volte ritardo corto ha rivelato un aumento significativo della cross-correlazione relativa a 0,8 ± 0,3 (media ± DS, n = 17 cellule), vale a dire, ~ 80% del massimo calibrato (Figura 3E). Deve essere previsto che tale dinamica lenta indurre gravi distorsioni delle curve di correlazione (Vedi Figura 3D) dovuto il numero limitato di eventi diffusivi che possono essere rilevati durante il tempo di misura finita, inducendo la cosiddetta particella rumore di³⁰. Per una quantificazione accurata, il tempo di ritardo massimo dovrebbe essere almeno 3 ordini di grandezza sopra il tempo di diffusione (Vedi precedenti recensioni³⁰^,¹⁷ per ulteriori dettagli).

La luminosità molecolare da sFCCS APLP1 dati è stata ulteriormente analizzata, utilizzando il controllo negativo myr-palm come riferimento monomerico in ciascun canale e la correzione per la quantità di proteine non fluorescente²³. Con l'aggiunta di ioni di zinco, la luminosità molecolare aumentato significativamente da piccoli oligomeri (~ dimeri) ai più grandi multimers composto da ~ 10-50 monomeri su ogni cella (Figura 3F). Pertanto, in media, fino a ~ 100 APLP1 monomeri sono presenti in un cluster di intera proteina attraverso la giunzione di cellula-cellula.

Figura 3 . Scansione misure di spettroscopia di correlazione di fluorescenza di interazione a contatti cellula-cellula APLP1. (A, B) Immagini rappresentative delle cellule HEK 293T esprimendo APLP-1-mEYFP (verde) / APLP1-mCardinal (rosso) prima (A) e 30 min dopo zinco trattamento agli ioni (B, cellule differenti). Le frecce gialle indicano che il sFCCS percorsi di scansione. Barre della scala sono 5 µm. (C, D) rappresentante CFs (verde: ACFs nel canale verde (mEYFP), rosso: ACFs nel canale rosso (mCardinal), blu: CCFs) ottenuti nelle misure sFCCS per APLP1 (C) prima del trattamento agli ioni zinco e (D) dopo trattamento agli ioni zinco. Linee continue mostrano si adatta di un modello bidimensionale diffusione parcelle CFs. (E) scatola di relativa cross-correlazione ottenuti dall'analisi di sFCCS di controllo negativo ("negativo"), APLP1 in assenza e in presenza di ioni di zinco e positivo controllo di cross-correlazione ("positivo"). Grafici mostrano valori mediani e baffi che vanno da minimo a valori massimi. (F) Box trame di luminosità molecolare normalizzato nel canale verde (mEYFP) ottenuti dall'analisi sFCCS del APLP1 a contatti cellula-cellula in assenza e in presenza di ioni di zinco. I valori di luminosità sono stati corretti per non fluorescente mEYFP basata su misurazioni SFC di myr-palm-mEYFP-mEYFP homo-dimeri espressi in cellule HEK 293T, misurati sotto le stesse condizioni²³. Grafici mostrano valori mediani e baffi che vanno da minimo a valori massimi. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Tutte le misure riportate finora sono stati corretti per ulteriori, spurie fluttuazioni che si verificano nelle cellule che, se non presi in considerazione, renderebbe l'analisi sFCCS impegnativo. Per il controllo negativo, ad esempio, questi può causare una falso positivo cross-correlazione, se non sono applicati sistemi di correzione. Due processi principali che possono falsare gravemente il CFs sono: 1) la fluorescenza registrata le instabilità del segnale a causa di vescicole intracellulari che transitoriamente entrare nel volume focale o rallentare membrana dinamica, ad esempio, deriva in direzione z e 2) photobleaching. Per identificare problemi di instabilità transitorie, si consiglia di dividere le misurazioni complete in 10-20 segmenti di uguali dimensioni e di ispezionare visivamente la serie temporale di intensità e CFs in ogni segmento. Questa procedura è illustrata nella Figura 4, che dà un esempio di chiaramente distorti segmenti ottenuti nell'analisi di una misura di controllo negativo. Problemi di instabilità transitorie (Figura 4A, tracce di intensità dei segmenti 1 e 2) può provocare un CCF avere valori negativi (Figura 4B, segmento 1) o una correlazione elevata falsi positivi (Figura 4B, segmento 2). In genere, tale instabilità sono visibili la serie di intensità come variazioni di segnale lento (Figura 4A). Il CFs corrispondente in genere devia fortemente da CFs della maggioranza dei segmenti, visualizzazione, ad esempio, maggiore ampiezza e tempi di decadimento molto più lenti alla ~ secondo scala (Vedi Figura 4B-4 D). Si raccomanda di rimuovere tali segmenti dall'analisi e per calcolare il CFs finale facendo la media di tutti i segmenti non distorta, vale a dire segmenti caratterizzati da CFs non deviando dalla maggioranza del CFs. in genere, questo avviene in un grafico interfaccia 1) in modo iterativo esaminando i segmenti, 2) rimozione chiaramente distorto segmenti da media e 3) ispezionare il CFs di restanti segmenti rispetto al CFs medio aggiornato di segmenti che non sono stati rimossi. Applicando questa procedura, misure lunghe parzialmente distorte (Figura 5A), mostrando lentamente decadente (danneggiato) CFs (Figura 5B) sono stati corretti con successo e curve di correlazione significativi erano recuperato (Figura 5C). Generalmente, questa procedura di correzione può essere automatizzato²⁹, evitando un'ispezione visiva da parte dell'utente, che può essere incline a pregiudizi soggettivi. In confronto ad intensità basato filtro metodi³⁶, in cui vengono valutati piccoli bidoni della misurazione basata sulla loro intensità rispetto all'intensità media della misurazione completa e rimossi se superiore a un parametro di soglia, il descritto procedura non si basa su parametri esterni ed è sensibile anche a minori problemi di instabilità.

Al fine di compensare il photobleaching, è stata applicata la correzione descritta matematica, equazione 1. In genere, photobleaching può essere identificato da un decadimento esponenziale dei segnali di fluorescenza (Figura 5D), che domina il CFs, che poi mostrare un falso positivo cross-correlazione e decadimento volte sul ~ scala minima (vedere la forma della curva tipica in Figura 5E). La procedura di correzione ha recuperato il CFs non distorta (Figura 5F). Come già accennato, di simile intensità delle variazioni all'interno di singole misurazioni anche causate da PM movimento, per esempio, z-drift o grandi strutture muove lentamente. Tuttavia, se decadimenti esponenziali simili appaiono in tutte le misure, photobleaching sarà la fonte più probabile. In generale, schemi di correzione possono essere combinati, per esempio, filtri intensità, CF basato su filtri e ulteriori metodi come trasformata di Fourier in base filtraggio delle variazioni di segnale lento in frequenza spazio²⁷.

Figura 4 . Segment-Wise analisi di scansione misure di spettroscopia di correlazione di fluorescenza del controllo negativo di cross-correlazione. (A) l'intensità di fluorescenza verde (F₁) e del canale rosso (F₂) di due segmenti di tempo diversi (ogni misurazione è stato analizzato in 20 segmenti di ~ 20 s ciascuno), ottenuta da sFCCS misura di controllo negativo. (B) CCFs di ciascuno dei 20 segmenti. Il CCFs per segmenti 1 e 2 sono evidenziati in rosso e arancione, rispettivamente. (C, D) ACFs di ogni segmento in verde (C) e canale rosso (D). La ACFs per segmenti 1 e 2 sono evidenziati in rosso e arancione, rispettivamente. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 5 . Perturbazioni nella scansione misure di spettroscopia di correlazione di fluorescenza a contatti cellula-cellula, esemplificati per controllo cross-correlazione negativo. (A) serie di tempo completo di fluorescenza per una misurazione exemplar in verde (F₁) e canale rosso (F₂). Le linee rosse solide rappresentano una misura matrimoniale-esponenziale delle serie temporali in ciascun canale. (B, C) CFs (verde: ACFs nel canale verde, rosso: ACFs nel canale rosso, blu: CCFs) della fluorescenza serie temporale indicata in A, calcolato da (B) correlare la misura intera oppure (C) correlando 20 segmenti separatamente e in media meno distorto CFs di ~ 80% (canale verde) e ~ 50% (canale rosso) dei segmenti. Linee continue rappresentano la vestibilità di un modello bidimensionale diffusione ai dati. Serie di tempo completo di fluorescenza (D) e vestibilità double-esponenziale (linee rosse solide) di misura caratterizzata da notevole sbianca in verde (F₁) e canale rosso (F₂). (E, F) CFs (verde: ACFs nel canale verde, rosso: ACFs nel canale rosso, blu: CCFs) della fluorescenza serie temporale mostrato nella D, calcolato dalla (E) correlare la misura intera oppure (F) applicare la correzione d'imbianchimento, equazione 1, correlando 20 segmenti separatamente e in media il CFs meno distorto del ~ 90% (entrambi i canali) dei segmenti. Linee continue rappresentano la vestibilità di un modello bidimensionale diffusione ai dati. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Come un approccio complementare per sFCCS, ccN & B (Figura 1C) può essere utilizzato per rilevare le interazioni proteina-proteina dopo la miscelazione delle cellule. A differenza di sFCCS, ccN & B non fornisce alcuna informazione sulla dinamica della proteina, ma permette di misurare le interazioni trans lungo il contatto cellula-cellula tutta in un piano focale. Misure su campioni di APLP1 sono state realizzate prima e dopo il trattamento con 50 µM ZnCl₂, così come sul controllo negativo myr-palm. Queste misurazioni sono sensibili ai movimenti delle cellule, soprattutto per zinco agli ioni trattati campioni, che richiedono tempi di acquisizione prolungati per contabilizzare la dinamica lenta di APLP1 cluster. Di conseguenza, un algoritmo di allineamento di immagine è stato implementato per correggere per movimento laterale delle cellule³³. Inoltre, un vagone merci filtrare²² (8 fotogrammi casella dimensione, ~ 5 s) è stato applicato per rimuovere le fluttuazioni di bassa frequenza dei segnali misurati. Questa procedura è molto simile ad altri filtri utilizzati nell'analisi di N & B coinvolgendo locale con una media di³⁷ o detrending¹⁸^,³⁴, ma mantiene i dati originali inalterati, cioè, di pixel sono trattati in modo indipendente e non viene eseguita una media o sottrazione dei segnali. Questa procedura elimina efficacemente longeve fluttuazioni su scale di tempo più lungo la casella dimensione²². A seguito di tale analisi dei dati, i valori di luminosità di correlazione incrociata per tutti i campioni sono stati confrontati mettendo in comune tutti i pixel di contatto cellula-cellula in un istogramma di luminosità di cross-correlazione. Per APLP1 in assenza di ioni zinco (Figura 6A e 6D), un positivo media B_cc di 0.068 ± 0,004 (media ± SEM, n = 18 cellule) è stata osservata. Dopo l'aggiunta di ioni di zinco (Figura 6B e 6E), il valore di_cc di B aumentato a 0,266 ± 0,006 (media ± SEM, n = 19 cellule). Per il controllo negativo (Figura 6C e 6F), è stato rilevato una luminosità di cross-correlazione media inferiore (B_cc = 0,022 ± 0.002, media ± SEM, n = 26 cellule). Per stimare la stechiometria dei complessi APLP1 a contatti cellula-cellula, la luminosità di APLP1-mEYFP è stata normalizzata utilizzando il valore medio ottenuto per myr-palm-mEYFP (cioè., il controllo negativo) e rettificato per la quantità non fluorescente proteine²³. In accordo con i dati di sFCCS, la distribuzione della luminosità è stata centrata intorno ad un valore corrispondente a dimeri (Figura 6G), in assenza di ioni di zinco, suggerendo una media 2:2 stechiometria. Dopo il trattamento agli ioni di zinco, la luminosità normalizzata fortemente spostato a valori più grandi, che vanno da ~ 10 a ~ 60 (Figura 6H), vale a dire, stoichiometries di presso almeno 10:10 o superiore, ancora in buon accordo con i dati sFCCS.

Figura 6 . Misure di luminosità e di numero di cross-correlazione di APLP1 a contatti cellula-cellula. (A-C) Rappresentante ccN & B immagine cornici di contatti cellula-cellula fra APLP-1-mEYFP e APLP1-mCardinal che esprimono le cellule HEK 293T senza (A) e con zinco ioni (B) o myr-palm-mEYFP e myr-palm-mCardinal esprimere cellule come negativo cross-correlazione controllo (C). Barre della scala sono 5 µm. (D-F) istogrammi luminosità (B_cc) Cross-correlazione di pixel tutti esaminati e cellule ottenute da ccN & analisi di B di contatti cellula-cellula nei campioni di APLP1 (D), zinco-trattati APLP1 campioni ( E) e campioni contenenti myr-palm-mEYFP e myr-palm-mCardinal (F). (G, H) Normalizzato istogrammi luminosità dei campioni APLP-1 (G: senza gli ioni di zinco, H: con gli ioni di zinco) per il canale verde (mEYFP) ottenuto dall'analisi della luminosità delle stesse cellule e ROIs utilizzato per il calcolo di B_cc. Inserto in G Mostra un ingrandimento nella gamma di luminosità normalizzato di -2 e 10. I valori di luminosità sono stati corretti per non fluorescente mEYFP basata su misurazioni N & B di myr-palm-mEYFP-mEYFP homo-dimeri espressi in cellule HEK 293T, misurati sotto le stesse condizioni²³. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Al fine di eseguire il ccN & analisi B, deve essere eseguita un'attenta calibratura dei rivelatori. Per la messa a punto sperimentale utilizzato in questo studio, la necessità di una tale taratura è diventato apparente quando la luminosità molecolare è stata analizzata in campioni fissi (cioè, in assenza di fluttuazioni di numero). In questo caso, la luminosità molecolare è previsto pari a zero secondo l'equazione 10, dal momento che la varianza provengano solo dal rumore del rivelatore. Tuttavia, quando un ROI che contiene solo i pixel di sfondo (immobile) è stato analizzato (Figura 7A e 7B), è stata determinata una luminosità positiva di ~0.1 cts./(MOL x dwell time). Un valore simile è stato ottenuto performanti N & misure B di HEK 293T le cellule che esprimono mCherry glicosilfosfatidilinositolo (GPI-mCherry, Figura 7C) con diversi laser poteri ed estrapolando la luminosità misurata molecolare a zero potenza del laser. Per correggere questo effetto, abbiamo effettuato una calibrazione sistematica del rivelatore, come precedentemente riportato (Vedi equazione 12)¹⁹^,²⁰. Abbiamo quindi misurato la varianza in funzione del tasso di conteggio del rilevatore su un campione costituito da una soluzione colorante fluorescente secchi e determinato i parametri S, Equation 24 e l'offset di frequenza di conteggio scuro. Quest'ultima è stata ottenuta da misurando l'intensità a zero potenza laser e fu, nel nostro caso, trascurabile. Da una misura lineare della varianza contro trama di intensità, abbiamo determinato, secondo l'equazione 14, un pendio di S = 1.1 e un rumore di lettura trascurabile. I valori risoluti (S = 1.1, Equation 24 = 0, offset = 0) sono stati poi utilizzati per calcolare correttamente la luminosità molecolare e numero in base alle equazioni 12 e 13¹⁹. In alternativa, può essere applicato uno schema di correzione più empirico basata sul fatto che un rumore di rivelatore di superpoissonian, cioè, ~ 10% di rumore più grande rispetto Poissoniano colpo rumore, spiegherebbe anche l'osservazione di una luminosità molecolare positiva in pixel senza numero fluttuazioni. Usando questo presupposto, la luminosità determinata di ~0.1 cts./(MOL x dwell time) in tali pixel può essere considerata come una luminosità costante offset e così dovrebbe essere sottratto da tutti i valori di luminosità calcolati con l'equazione 10. La cosa più importante, entrambi descritti approcci piombo agli stessi risultati quando si calcolano i rapporti di luminosità, fintanto che Equation 24 e offset sono trascurabili. Vale la pena ricordare che tra differenti microscopi dello stesso tipo (stesso produttore, stesso modello, GaAsP rivelatori in modalità di conteggio del fotone) diversi valori di S sono stati osservati, evidenziando la necessità per una calibrazione accurata rivelatore su ogni singolo programma di installazione.

Un ulteriore parametro importante che influenzano le prestazioni del rivelatore nelle misure di luminosità è il tempo morto del rivelatore. Come è stato dimostrato in precedenza, il tempo morto del rivelatore può ridurre notevolmente la luminosità molecolare rilevata, anche a tassi medi totali (sopra 10²-10³ kHz)³⁸. Per evitare questo manufatto, le misure dovrebbero essere effettuate sia a tassi più bassi di conteggio, o i tempi morti devono essere calibrati basata sull'esecuzione di N & B o FCS in una serie di diluizioni di, per esempio, EGFP in soluzione tampone. Quindi, tariffe totali misurati possono essere corretti utilizzando un tempo morto calibrato³⁸. Per il programma di installazione utilizzato in questo studio, tale una calibrazione utilizzando N & B su soluzioni di colorante diluito ha rivelato i valori di luminosità molecolare stabile fino a tassi totali di ~0.5 MHz e un corrispondente tempo morto di ~ 6 ns (Figura 7,E). La diminuzione a tassi più elevati di conteggio può essere così corretto utilizzando una correzione precedentemente pubblicati formula³⁸, ottenendo un valore di luminosità costante di ~ 8 kHz/MOL.

Figura 7 . Calibrazione del rivelatore per numero e luminosità analisi. (A) immagine rappresentativa da N & B misure delle cellule HEK 293T esprimendo GPI-mCherry. Un ROI (rettangolo tratteggiato blu) è stato selezionato in background. (B) istogramma di luminosità di Pixel di tutti i pixel corrispondenti al ROI mostrato nella A. La luminosità del pixel medi, ottenuta da montaggio l'istogramma di luminosità del pixel con una funzione gaussiana, è ~0.1 cts./(MOL x dwell time). I dati sono stati acquisiti al tempo di permanenza del pixel 25 µs. (C) luminosità molecolari ottenuti dall'analisi di N & B del GPI-mCherry espresso in cellule HEK 293T, misurato a tre potenze laser diversi (6 celle ciascuna, 561 nm eccitazione, tempo di permanenza del pixel 25 µs). I dati vengono visualizzati come media ± SD Una regressione lineare (linea rossa) fornisce un valore di offset di 0,11 ± 0,02 cts./(MOL x dwell time). (D) trama della varianza pixel in funzione dell'intensità di pixel da N & B misure di una soluzione di secca di un colorante fluorescente (eccitato a 561 nm), riuniti da tutti i pixel di misure multiple in diverse regioni del campione. La solida linea rossa indica una misura lineare dei dati, risultanti in un pendio di 1.1, che fornisce il fattore di S della calibrazione del rivelatore. (E) luminosità molecolare in funzione del tasso di conteggio del rivelatore, ottenuti dalle misure di N & B di soluzioni diluite fluoroforo (eccitato a 488 nm). Una correzione precedentemente pubblicati schema³⁸ era applicato usando diversi valori possibili per i tempi morti del rivelatore. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

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Discussion

La procedura sperimentale descritta qui permette l'indagine su proteine trans interazioni a contatti cellula-cellula, che impiegano tecniche di spettroscopia di fluorescenza fluttuazione, vale a dire sFCCS e ccN & B. Questi metodi implicano un'analisi statistica delle fluttuazioni di fluorescenza emessa da FPs spettralmente separati due fusi per la proteina di interesse a un contatto di due cellule vicine, ognuno esprimendo la una o l'altra proteina di fusione. La presenza di complessi trans è quantificata tramite sondaggio il grado di co-diffusione delle proteine nella vicina PMs. Oltre ai protocolli dettagliati sulla preparazione del campione, acquisizione dati e analisi, questo articolo fornisce la prova sperimentale dell'applicazione riuscita del dosaggio sulla proteina neuronale adesione APLP-1. Mostriamo che APLP-1 viene sottoposto a specifici, interazioni homotypic trans contatti cellula-cellula. Gli ioni di zinco promuovano ulteriormente, la formazione di raggruppamenti di APLP1 a contatti cellula-cellula che forniscono una piattaforma multivalente per trans interazioni e, quindi, inducono avanzata trans associazione.

In contrasto con la precedente analisi per rilevare tali interazioni basate su metodi biochimici dirompente⁶, l'approccio presentato può essere eseguita direttamente su cellule viventi, senza necessità di fissazione o isolamento dei complessi della proteina. Inoltre, fornisce informazioni e specificità molecolare tramite rilevazione di proteine fluorescenti geneticamente fuso alla proteina di interesse, in contrasto con la precedente analisi qualitativa⁸^,⁹. Diversamente da altri approcci di fluorescenza basato ad esempio FRET¹⁰ e fluorescenza complementazione¹¹, non esiste alcun requisito per le etichette fluorescenti essere localizzato sul lato extracellulare (potenzialmente interferire con interazioni proteina-proteina). Tuttavia, deve essere notato che C-terminale FPs ancora potrebbe alterare l'associazione di componenti intracellulari, ad esempio, le proteine adattatrici che mediano interazioni con il citoscheletro. In particolare, l'analisi è applicabile sia omo - che interazioni eterotipiche.

Alcuni requisiti per un'applicazione di successo del test presentato sono degni di nota. I metodi di fluttuazione di fluorescenza effettuati si basano su misurazioni temporali che richiedano un luminoso e fotostabili monomerica FPs, che è un vincolo importante per molti rosso FPs²³. Anche se lo schema di scansione presentato è particolarmente adatto per l'indagine della dinamica lenta di proteine transmembrana, che in genere sono coinvolti nelle interazioni cellula-cellula, residuo photobleaching può comunque verificarsi. Pertanto, vi presentiamo una descrizione dettagliata dei sistemi di correzione, vale a dire, una correzione sbiancante per filtro sFCCS e boxcar per ccN & B, che ridurre al minimo tali perturbazioni. Ulteriormente, discutiamo gli algoritmi di allineamento numerico che correggere efficacemente per altre perturbazioni sistematiche, come movimento laterale delle cellule e fornire linee guida per rimuovere instabilità transitoria. Una fonte importante di tale instabilità è trasporto vescicolare, vale a dire, intracellulare vescicole che trasportano la proteina di interesse che transitoriamente entrare nel volume focale. Anche se varia da caso a caso, questo fenomeno in generale possa disturbare gravemente analisi e acquisizione dati. Tuttavia, l'applicazione di algoritmi di correzione migliora la stabilità dell'acquisizione, permettendo di misurazione ampliato volte che sono necessarie per la particolare dinamica diffusiva lenta della sonda. A questo proposito, deve essere sottolineato che la presenza di dinamiche diffusivo è condizione essenziale per il metodo di lavoro. L'esempio di ione zinco mediata APLP1 clustering spettacoli un esempio drastico dei complessi della proteina di grandi dimensioni, molto lento (D ≈ 0,001 µm2/s) che spingono la tecnica ai suoi limiti e prevenire un'accurata quantificazione delle dinamiche sottostanti, a causa del grande rumore indotta dal tempo di acquisizione limitata³⁰^,¹⁷.

In questo contesto, gli avanzamenti recenti su pettinatura SFC e super-risoluzione approcci, ad esempio, scansione FCS di svuotamento stimolato dell'emissione (STED-FCS), possono essere utili fornendo un più piccolo volume focale e quindi minore diffusione efficace volte³⁹ ^,⁴⁰. Questo potrebbe anche aiutare a risolvere i cluster di proteine in caso di una localizzazione non omogeneo della proteina di interesse i contatti cellula-cellula, come osservato per APLP1 in presenza di zinco. Purtroppo, un'implementazione di cross-correlazione di scansione STED-FCS, vale a dire, STED-FCCS, che potrebbe essere direttamente applicata qui, non è stato con successo dimostrata ancora a causa della difficoltà di trovare coloranti compatibile per due colori STED-FCS. Nel caso di dinamiche sufficientemente veloce (D ≥ ~0.05 µm2/s), sFCCS analisi permette di quantificare la diffusione delle proteine a contatti cellula-cellula o in altre regioni del PM¹².

Inoltre, può essere eseguita un'analisi di luminosità per tutti i dati (sFCCS e ccN & B), fornendo una stima della stechiometria di trans complessi proteici. Va ricordato che la precisione della quantificazione di stechiometria aumenta con la quantità di proteine che legano in trans (vale a dire, se ci sono solo pochi complessi di cis che potrebbero interessare anche la determinazione di luminosità). Analisi di luminosità non consentono la risoluzione di miscele di diversi stati oligomerici, e.g.,cis monomeri e tetrameri di trans . Più in generale, si deve osservare che N & B non è possibile risolvere miscele di differenti specie oligomeriche omogeneamente distribuito in un campione. Se più specie sono presenti all'interno di un pixel, un singolo valore di luminosità saranno misurati (cioè, una media ponderata della luminosità di ogni specie oligomeriche). La distribuzione statistica dei valori di luminosità osservata (ad esempio, in diversi pixel) non è direttamente collegata alla quantità relativa di specie oligomeriche. Per risolvere tali miscele, altri metodi devono essere utilizzati (ad es., intensità spaziale distribuzione analisi (SpIDA)⁴¹, photon counting istogramma (PCH)⁴²). Analogamente, la quantificazione della cross-correlazione spettrale in sFCCS fornisce un'accurata quantificazione della frazione delle proteine associate e solo per stoichiometries semplice, noto, ad esempio, 1:1. Per una più complessa stechiometria, ulteriore ipotesi devono effettuarsi⁴³. Nel complesso, analisi di luminosità rimane un potente strumento sperimentale, se il sistema rivelatore e la frazione di FPs non fluorescenti sono calibrati²³ come descritto nei protocolli.

Anche se la domanda presentata qui è incentrata sulle interazioni proteina-proteina in cellule aderenti, il dosaggio può essere applicato a una vasta gamma di campioni, per esempio, cellule in sospensione. Per tali sistemi, correzione per movimento laterale delle cellule può essere particolarmente cruciale. Inoltre, può essere facilmente applicato ai sistemi di membrana di modello come GUV o GPMVs, che permette la quantificazione delle interazioni molecolari in condizioni ben controllate, per esempio, composizioni di diversi lipidiche o membrane manca un sistema organizzato citoscheletro. Quando si esegue sFCCS su tali vescicole, movimento verticale può causare fluttuazioni del segnale aggiuntivo, ma può essere ridotto al minimo quando concentrandosi su grandi vescicole. In questo contesto, molteplici combinazioni sono promettenti, per esempio, GUV - GPMV-cella miscelatrice a¹². Come illustrato in una recente pubblicazione, la formazione delle sinapsi immuni possa essere modellata con successo da tali sistemi⁴⁴. Così, il saggio presentato sarà certamente utile per l'indagine su una grande varietà di interazioni cellula-cellula.

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Disclosures

Gli autori non hanno nulla a rivelare.

Acknowledgments

Questo lavoro è stato parzialmente supportato dalla Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) concedere 254850309. Gli autori ringraziano Madlen Luckner per lettura critica del manoscritto.

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
DMEM growth medium	PAN-Biotech	P04-01548
DPBS w/o: Ca2+ and Mg2+	PAN-Biotech	P04-36500
DPBS w: Ca2+ and Mg2+	PAN-Biotech	P04-35500
Trypsin EDTA	PAN-Biotech	P10-023100
TurboFect Transfection Reagent	Thermo Fisher Scientific	R0531
HEK 293T cells	DSMZ	ACC 635
Alexa Fluor 488 NHS Ester	Thermo Fisher Scientific	A20000
Rhodamine B	Sigma-Alderich	83689-1G
Plasmid DNA	Addgene	NA	See reference 12 (Dunsing et. al., MBoC 2017),for a detailed description of all plasmids
6-well plate	Starlab	CC7672-7506
35-mm glass bottom dishes	CellVis	D35-14-1.5-N
Zeiss LSM780 confocal	Carl Zeiss	NA
MATLAB software package	MathWorks	2015b
Neubauer cell counting chamber	Marienfeld	640110

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References

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Biochemistry

Un'analisi di spettroscopia di fluorescenza fluttuazione delle interazioni proteina-proteina a contatti cellula-cellula

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Representative Results

Discussion

Disclosures

Acknowledgments

Materials

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