Summary
Vi rapporterer en enkel og allsidig metode for å utføre fluorescerende live-imaging av Arabidopsis thaliana blader over lengre tid. Vi bruker en transgene Arabidopsis plante uttrykke et fluorescerende reporter gen under kontroll av en immunitet-relaterte arrangøren som et eksempel for å få spatiotemporal forståelse av anlegget immunreaksjoner.
Abstract
Anlegget immunrespons tilknyttet et genom hele transcriptional omprogrammering startes på stedet av infeksjonen. Dermed reguleres immunrespons romlig og timelig. Bruk med et fluorescerende under kontroll av en immunitet-relaterte arrangøren i kombinasjon med en automatisert fluorescens mikroskopi er en enkel måte å forstå spatiotemporal regulering av anlegget immunitet. I motsetning til roten vev som er brukt i flere forskjellige intravital fluorescerende tenkelig eksperimenter, finnes det noen fluorescerende live bildebehandling eksempler for blad vev som møter en rekke luftbårne mikrobielle infeksjoner. Derfor utviklet vi en enkel metode for å montere blader av Arabidopsis thaliana for live-celle bildebehandling over lengre tid. Vi brukte transgene Arabidopsis planter uttrykke den gule fluorescerende protein (YFP) genefused for kjernefysisk lokalisering signalet (NLS) under kontroll av selskapet med et forsvar markør () Pathogenesis-Related 1 PR1). Vi infiltrert en transgene blad med Pseudomonas syringae pv. tomat DC3000 (avrRpt2) belastning (Pst_a2) og utført i vivo tidsinnstilt bildebehandling av YFP for totalt 40 h med en automatisert fluorescens stereomicroscope. Denne metoden kan brukes ikke bare for studier av anlegget immunreaksjoner, men også for analyser av ulike utviklingsmessige arrangementer og miljømessige svar forekommer i blad vev.
Introduction
Anlegget immunrespons innebærer en dynamisk transcriptional omprogrammering regulert av flere transkripsjon faktorer samt phyto-hormoner1. Oppsamling av transcriptome data gir muligheter for å samle inn informasjon om anlegget immunsystemet: for eksempel nettverkets struktur signalnettverk kaskader2. Vår kunnskap om den romlige og tidsmessige dynamikken i anlegget immunitet er imidlertid fortsatt begrenset3,4,5.
I tidligere studier er spatiotemporal regulering av forsvar genuttrykk hovedsakelig analysert i situ hybridisering og β-glucuronidase (GUS) reporter analysen6,7,8. Disse metodene gir oss å visualisere transcriptional aktivering av ulike gener rundt på stedet. Men disse fremgangsmåtene krever kjemiske fiksering av prøver, og dermed føre til tap av alle timelige informasjon. Biologiske hendelser, for eksempel immunitet, fremgang over tid. Bruk av luciferase som reporter har aktivert erobringen av timelige dynamikken i arrangøren av interesse3. Luciferase-baserte analysen krever imidlertid en kostbar substrat og svært følsom detektorer. For å øke vår forståelse av de spatiotemporal deler av anlegget immunforsvaret ved hjelp av en enkel prosedyre, vi generert transgene Arabidopsis thaliana planter uttrykke gule fluorescerende protein (YFP) genet smeltet til den kjernefysisk lokalisering signal (YFP-NLS) under kontroll av bak forsvar markør genet, Pathogenesis-Related 1 (PR1)9. Vi brukte klorofyll autofluorescence, en markør av levende celler, for å fange prosessen med programmert celledød (PCD), som ofte oppstår under effektor-utløst immunitet (ETI), en form for plante immunitet av bestemte patogen infeksjon9 , 10. overvåking timelige dynamikken fluorescens signal intensitet i fritt flytte objekter som bor Arabidopsis blader, krever en komplekse bildebehandling programvare bygget huset eller tilgjengelig kommersielt. Alternativt, forebygge prøver seg er en enkel metode for å løse problemet. Her utviklet vi en allsidig og enkel metode for montering bor bladene av en transgene Arabidopsis anlegget for langsiktig observasjon under en automatisert fluorescens stereomicroscope. Metoden tillater oss å fange arrangøren dynamikken i jord-vokst intakt anlegget går over et par dager.
Protocol
Merk: Det er viktig å forebygge sove bevegelse av levende blad eksempler under tidsinnstilt bildebehandling. For å minimere mekanisk stress på blader, er mild fiksering av bladene nødvendig. Bare tilstrekkelig forberedt blad prøver produsere time-lapse bilder egnet for ulike bilde-analyser. En protokoll som bruker transgene Arabidopsis planter uttrykke YFP-NLS fusion under kontroll av PR1 genet selskapet (pPR1-YFP-NLS planter) samt Pseudomonas syringae pv. tomat DC3000 (avrRpt2) belastning (Pst_a2) er beskrevet under eksempel.
1. forberedelse av planter og patogener
- Fyll en plast celle plug skuff (Tabell for materiale) med autoklaveres jord.
- Så ett transgene Arabidopsis frø per celle (figur 1A).
- Overføre skuffen til et vekst opprettholdt på 23 ° C og vokse planter under kontinuerlig hvitt lys for 2-3 uker.
- To dager før patogen inoculation, strek Pseudomonas syringae pv. tomat DC3000 avrRpt2 sil (Pst_a2) fra en glyserol lager på NYG medium (5 g/L pepton, 3 g/L gjærekstrakt, 20 mL/L glyserol, 15 finans bakteriologiske agar, pH 7.0) inneholder 100 mg/L og og 50 mg/L kanamycin og ruge på 28 ° C i 48 timer.
- Høste bakterieceller som vises på overflaten av mediet bruker plast tips, overføre dem til et plastrør som inneholder 10 mM MgCl2og resuspend. Måle optisk densitet (OD) av løsningen på 600 nm (OD600). Justere den siste celle konsentrasjonen av bakterieceller 108 kolonien formasjon enheter (CFU) / mL, som vanligvis svarer OD600 = 0,211.
2. patogen vaksinering
- Forsiktig kutte ut en celle plugg som inneholder en 2-3-uke-gamle plante uten å skade anlegget. Setter du cellen i en tom celle plug brett (2 x 2 celler er tilstrekkelig) å opprettholde en god balanse (figur 1B).
- Velg et synlig sunn blad for vaksinering. Generelt, tredje, fjerde og femte blader (#3 og #4 #5, henholdsvis i figur 1C) fra bunnen av anlegget er lett å håndtere. Bruk blader i samme posisjon i et sett av eksperimenter for bedre reproduserbarhet. Vann jord holde anlegget før vaksinasjon for langsiktig tidsinnstilt bildebehandling.
- Eventuelt ved analysere stress-responsive arrangører som pPR1, for å sikre at planter ikke naturlig stresset, undersøke bladene under en fluorescens stereomicroscope før patogen inoculation kontrollere fravær av YFP signal. Ekskluder går viser YFP signalet fra eksperimentet.
- Bruk disponibel gummihansker før infiltrasjon å unngå direkte kontakt med patogen. Ved hjelp av en 1 mL needleless plastsprøyte, nøye infiltrere abaxial siden av bladet med bakteriell suspensjon (108 CFU/mL)11 (figur 1D). Vaksinasjon av en liten del på halvparten av bladet gjør en god visualisering av pPR1 aktivitet. infiltrere området blir synlig som mørkere grønne på farge sammenlignet med gjenværende blad. Vær svært forsiktig med å føre til mekanisk skade bladet under infiltrasjon.
Merk: Kontroller at alle intercellulære områder i infiltrere området er helt (loddrett) oppfylt med patogen suspensjon; ellers vil PCD domenet være vanskelig å visualisere under fluorescerende stereomicroscope. Dette kan bare bekreftes av ferdigstillelse av mørke greening i infiltrere området. - Absorbere overflødig av bakteriell suspensjon fra området rundt delen infiltrere infiltrere bladet med en myk tørkepapir.
3. montering inokulerte blad
- Umiddelbart etter vaksinasjon, fikse et glass lysbilde på plast brett med kirurgisk tape (Tabell for materiale) slik at infiltrere blad ligger i sentrum av av objektglass. Kontroller at inokulerte bladet blad er fullstendig utstyrt i glass lysbildet (figur 2A).
- Forberede dobbelt lag plast tape (når det gjelder 0.2 mm tykk tape, se Tabellen for materiale) og skjær den i to deler (figur 2B, biter 1 og 2) for å tilpasse områder langs petiole av infiltrere blad. Ordne lengden av disse to deler, med en tohodet pil i figur 2B, passe inn i lengden på pil med to spisser, som vist i figur 2A.
Merk: Klippe ut et hjørne fra hver av de to delene bidrar til å unngå skade på bladet blad (figur 2B, pilspisser, også se trinn 3.4 nedenfor). Alle typer plast bånd med lignende tykkelse er egnet for å lage en bro over petiole. Stivhet av plast tape er viktig for enkel håndtering under prosedyren beskrevet nedenfor. - Med en fin pinsett, pinne tape stykker 1 og 2 på hver side av petiole slik at kuttet hjørnene av hver tråd med bunnen av bladet blad (figur 2C). Kontroller at tape brikkene ikke berør petiole eller blad bladet.
Merk: Disse dobbelt lag plast tape stykker ved foten av bladet blad som avstandsstykker og forhindre fysisk stress på petiole under montering. - Forberede et ekstra stykke dobbelt lag plast tape (figur 2B, del 3) å passe størrelsen på den tohodede pilen i figur 2B og holde det på tape bitene 1 og 2 for å danne en bro over petiole ( Figur 2D, E). Vær svært forsiktig med å fange petiole og blad bladet mellom tape brikkene på posisjonene angitt med piler i figur 2D, E.
- Forsiktig stikke en liten bit av kirurgiske tape (figur 2F, del 4) på objektglass over tuppen av bladet blad slik at bladet blad er fast svært sakte på av objektglass. Bare trykk bestemt ned delen av kirurgiske tape direkte berøre glass lysbildet (figur 2F, område markert med en stiplet rød linje), ikke den andre delen overliggende blad.
- Stikke forsiktig en liten bit av kirurgiske tape (figur 2G, stykke 5) på grensen av petiole og plast tape stykker (1, 2 og 3) slik at petiole er veldig sakte festet til både objektglass og plast tape stykker. Bare feste delen av kirurgiske tape direkte berøre av objektglass objektglass og plast tape stykker (figur 2G, område markert med en stiplet rød linje), ikke den andre delen overliggende petiole.
- Hindre nærliggende blader flytte inn i synsfeltet mikroskopet med 200 µL pipette-spisser (figur 2H). Sett inn pipette-spisser i jord til hold nærliggende bladene fra infiltrere blad. Pass på at du ikke sette inn tips for dypt i jorden for å unngå mulig root skade.
Merk: Forberedt anlegget er nå klar for fluorescens stereomicroscope bildebehandling.
4. mikroskopiske time-lapse observasjon
- Slå på fluorescerende stereomicroscope.
Merk: Her en automatisert stereomicroscope utstyrt med en svært følsom 1,4 megapiksler monokrom digitalkamera i 12-biters modus brukes (Tabell for materiale). Mikroskopet skal plasseres i et mørkt rom utstyrt med et klimaanlegg enhet eller i en mørk skap med tilstrekkelig ventilasjon å opprettholde rom temperatur på 23 ° C under tidsinnstilt bildebehandling. - Angi anlegget i løpet over under linsen av stereomicroscope for bildebehandling.
- Sett opp parametere for tidsinnstilt bildebehandling (se eksempler i tabell 1). Kontroller at programmet trinn for lyseksponering i intervallet perioden time-lapse Imaging siden lys har en stor innvirkning på anlegget immunitet12.
- Bruke konvensjonelle YFP filteret (eksitasjon 500-520 nm, utslipp 540-580 nm) å visualisere YFP signalet.
- Bruk filteret for Texas rød (TXR) (eksitasjon 540-580 nm, utslipp 610 nm long pass) for å visualisere klorofyll autofluorescence slik at PCD domenet er synlig som et mørkt område (ingen autofluorescence) omgitt av YFP-positive celle lag9 (Figur 3 A).
- Bruk installasjonsprogrammet for konvensjonelle epi-lysende felt for ekstra lyseksponering trinn.
Merk: Før eksperimentet, måle kraften i epi-lyse lyskilde og Juster den til nivået av eget anlegg vekst tilstand.
- Kjør time-lapse bildebehandlingsprogrammet. For langsiktige observasjon over flere dager, kan du vurdere å vanne planten hensiktsmessig, for eksempel under lyseksponering trinnene.
- Etter bildeopptak, utelater du ekstra kanaler brukes for lyseksponering i intervaller (tilsvarende kanaler 3-8 i tabell 1) fra datasettet. Analysere data med ulike metoder, for eksempel område-of-interessepunkter (ROI) analyse, benytter annet bilde analyseprogramvare som Fiji9.
Representative Results
Her vi brukte Pst_a2-indusert ETI som et eksempel for tidsinnstilt bildebehandling. Time-lapse data ble innhentet som en rekke bilder, noen som er vist i Figur 3B, og som en time-lapse film (ekstra film 1)9. Vellykket eksperimenter med pPR1-YFP-NLS under Pst_a2-indusert ETI, forbigående aktivering av pPR1 ble observert, tydelig fra YFP uttrykke foci, i flere lag av celler som omgir PCD domenet (Figur 3B) 9. aktivering av pPR1 i cellene rundt PCD domenet vanligvis starter på ca 5 timer innlegget inoculation (hpi), topper på ca 12 hpi, og varer opptil 40 hpi (Figur 3B)9. Siden bildene ble anskaffet bruke en epi-fluorescerende system, ble YFP signalene oppnådd her generert fra flere adaxial celle lag, inkludert epidermal samt øvre mesophyll celler.
Figur 1 : Metode som brukes for infiltrasjon av bakteriell patogen inn i Arabidopsis thaliana blad. (A) to - til tre-uke-gamle Arabidopsis planter ble dyrket i en celle plug skuff. (B) en celle plugg som inneholder valgte anlegget skal brukes for vaksinering og observasjon var kuttet ut og plassert i tom celle plug skuffen å opprettholde balanse. (C) Tredje, fjerde og femte blader (#3 og #4 #5, henholdsvis) er egnet for bildeanalyser. (D) infiltrasjon av patogen suspensjon i et valgt blad med en needleless sprøyte. Infiltrere området kan bli gjenkjent basert på mørkere grønne fargen enn gjenværende blad. Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.
Figur 2 : Metode som brukes for montering på infiltrere Arabidopsis blad for tidsinnstilt bildebehandling. (A) bilde av Arabidopsis anlegget med et glass lysbilde fast inokulerte blad. Infiltrere bladet var plassert i sentrum av av objektglass. Dobbelthodet pil angir plast tape avstandsstykkene. (B) utarbeidelse av plast tape spacere og broen. Dobbel - lag plast tape ble kuttet i to deler (1 og 2) for spacere eller en annen brikke (3, markert med en stiplet rød linje) ble kuttet for å forberede en bro. Lengden på tohodet pil er nesten identisk med lengden på tohodede pilen (A). En av de fire hjørnene av 1 og 2, angitt med piler, ble kuttet. (C) to stykker dobbelt lag plast bånd (nummerert som 1 og 2) ble nøye limt på lysbildet glasset langs petiole med en fin pinsetter, uten å gjøre direkte kontakt med petiole og blad blad. (D) et ekstra stykke dobbelt lag plast tape (nummerert som 3), som ble beredt fra (B), ble plassert på både basal avstandsstykker (1 og 2) for å danne en bro over petiole, samtidig ikke å fange petiole mellom tape 1 og 2 på plasseringene som er angitt med piler. (E) bilde viser teipet petiole. Det er viktig å ikke ta anlegget vev direkte mellom plast tape brikkene på posisjonene angitt med piler. (F) A lite stykke kirurgisk tape (nummerert som 4) ble limt forsiktig på objektglass rundt spissen av bladet blad. Bare området skissert av den stiplede røde linjen trykket fast på av objektglass. (G) et annet lite stykke kirurgisk tape (nummerert som 5) ble forsiktig limt på grensen av petiole og plast tape stykker. Bare området skissert av den stiplede røde linjen trykket for å fikse petiole sakte skyve glass og plast tape stykker. (H) to disponibel pipette-spisser ble brukt til å hindre nærliggende blader i å flytte inn i synsfeltet stereomicroscope. Pipette-spisser ble satt inn direkte i jord til riktige posisjoner. Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.
Figur 3 : Representant resultater ved hjelp av den Arabidopsis blad montering metoden. (A) fluorescerende bilder stereomicroscopic av et transgene Arabidopsis blad (pPR1-YFP-NLS anlegg). En del av bladet var infiltrert med Pst_a2 (108 CFU/mL) på abaxial overflaten, og bildene ble tatt på timer innlegget inoculation (hpi). Kjerner som pPR1 selskapet ble aktivert ble oppdaget ved hjelp av YFP-filteret og programmert celledød (PCD) ble oppdaget basert på tap av klorofyll autofluorescence ved hjelp av Texas rød (TXR)-filteret. Skala bar = 2,5 mm. (B) noen time-lapse bilder valgt fra en samling av 800 profilen oppnådd ved hjelp av protokollen som er beskrevet her. Disse dataene gi i vivo oversikt over spatiotemporal dynamikken i pPR1 aktivitet for 40 hpi. Flettede bilder av YFP og TXR bilder vises. Skala bar = 2,5 mm. (C) Mock infiltrasjon av et transgene blad (pPR1-YFP-NLS anlegg). I uekte infiltrasjon, var 10 mM MgCl2 infiltrert i abaxial siden av bladet, etterfulgt av tidsinnstilt bildebehandling. Mock behandling forårsake ikke ektopisk pPR1 aktivitet og forstyrre ikke klorofyll autofluorescence på 13 hpi. En pil angir plasseringen av uekte infiltrasjon. Skala bar = 2,5. Disse bildene ble endret fra en tidligere studie9. Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.
Tabell 1: Time-lapse bildebehandlingsprogrammet brukt i denne studien.
Ekstra film 1: Time-lapse filmen viser spatiotemporal dynamikken i pPR1 aktivering i en transgene Arabidopsis blad følgende effektor-utløst immunitet (ETI) indusert av Pst_a2 inoculation. En del av den abaxial siden av et transgene blad med pPR1-YFP-NLS Konstruer var infiltrert med Pst_a2 (108 CFU/mL). Bildene ble anskaffet i 3 minutters intervaller for totalt 40 h. Tidsangivelsen vises er i formatet dd:hh:mm:ss.sss. Denne filmen ble endret fra en tidligere studie9. Vennligst klikk her å se denne videoen. (Høyreklikk for å laste ned.)
Discussion
Her rapporterer vi en enkel metode å montere en levende Arabidopsis blad uttrykke et fluorescerende reporter gen under kontroll av en formidler av interesse for langsiktig observasjon bruker en automatisert fluorescerende stereomicroscope. Tidsinnstilt bildebehandling av fluorescerende reporter er ofte utført i roten vev; men har bare noen lignende studier vært gjennomført i blad vev. Dette er sannsynligvis fordi bladene er stand til å fritt bevege i rommet, mens røtter er ofte gravlagt og fast i solid agar medium.
I denne rapporten fokuserte vi på spatiotemporal dynamikken i pPR1 aktivitet under ETI indusert av Pst_a2. I tillegg til mild fiksering av bladet beskrevet ovenfor, er det viktig å tydelig visualisere spatiotemporal dynamikken i mobilnettet hendelser som formidler aktivisering og PCD. Hvis forskjellen mellom cellene viser pPR1 aktivitet og PCD ikke er skarpe, sørg for at alle intercellulære områder i infiltrere området er fylt med patogen suspensjon (se trinn 2.4). Dette er viktig når du bruker wide-field fluorescens stereomicroscopes siden disse mikroskop fange alle detectable signaler langs samme loddrette posisjonen til prøven. Klorofyll autofluorescence fra overlevende celler over eller under cellene i PCD domenet masker lett død cellene viser ingen autofluorescence. Dette gjelder også for YFP signal.
Betingelser for tidsinnstilt bildebehandling må etableres nøye gjennom flere innledende eksperimenter under ulike eksperimentelle forhold. Parametere for tidsinnstilt bildebehandling, avhenger av flere faktorer som mikroskopiske systemet, transgene planter og patogener. For å få disse parameterne, analysert vi først ulike eksponeringstider for YFP signal intensitet i infiltrere blad på 7 hpi, som nesten sammenfaller med den første aktiveringen av pPR1. En 5 s avsøring identifiserte avhengig fanger YFP signal med stereomicroscope brukt i denne studien. En lignende test ble utført for imaging klorofyll autofluorescence. Eksponering for prøven lyset mellom 3 min intervaller ble programmert i time-lapse bildebehandlingsprogrammet som vanlig lys feltet bildebehandling med maksimal eksponeringstid. Vårt system (Tabell for materiale) tillater oss å ha 2,5 min i tillegg til YFP, TXR og lys feltet bildebehandling. Denne betingelsen var Hovedgrunnen til å velge et 3 min intervall. Neste, vi bekreftet at denne time-lapse tilstanden forårsaket ingen åpenbar skade plante prøvene, og ikke få ektopisk lette stress-relaterte aktivering av pPR1 (Figur 3B, C). Dette førte til utviklingen av programmet som ble brukt i denne studien. Dermed 3 minutters intervaller av fluorescens imaging anses tilstrekkelig for å fange pPR1 dynamics under Pst_a2-mediert ETI9.
Promotøren-reporter konstruerer, har spesielt med fluorescerende reporter del NLS, vært utnyttet av mange grupper, og er lett tilgjengelig fra forskning samfunnet; Vi brukte den konstruere publisert av Kubo et al. 13. dermed protokollen beskrevet her kan brukes i noen plante biologi Studien undersøker blad vev, hvis riktig transgene planter er tilgjengelig. Vår enkle og lett protokollen gir en flott mulighet for forskere som er opptatt av å analysere spatiotemporal dynamikken i enhver biologiske hendelse som oppstår i blader, som immunforsvaret. Det er sannsynlig at vår metode bruke tape stykker induserer en liten fysisk stress på prøver. Men kan problemet kontrolleres ved å inkludere riktig positive og negative kontroller, for eksempel narr behandlinger, i eksperimenter (Figur 3C). Eksperimentelle forhold kan videre endres og optimalisert ved å analysere disse kontrollene under ulike forhold.
I de senere årene, har raske utviklingen av tenkelig instrumenter og teknikker stimulert interessen av i komplekse spatiotemporal aspekter av biologiske hendelser. I enhver tenkelig analyse er riktig montering og festing av prøvene blant de viktigste spørsmålene. Metoden enkel og allsidig montering levende Arabidopsis forlater utviklet i denne studien kan anvendt og optimalisert for ulike tenkelig eksperimenter.
Disclosures
Forfatterne ikke avsløre.
Acknowledgments
Dette arbeidet ble støttet av Japan vitenskap og teknologi Agency [PRESTO117665 til SB, ERATOJPMJER1502 å N.N.] og Japan Society for fremme av vitenskap (Grants-in-Aid for forskning aktivitet oppstart [22880008 til SB] og unge forskere (B) [ 23780040 til SB]). Vi takker A. Senzaki, Y. Suzuki, Y. Sugisawa og E. Betsuyaku for utmerket kundestøtte, J. Parker for gi Pst_a2 belastning og T. Demura for å gi pBGYN vektoren.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Bacto Agar | BD biosciences | 214010 | |
| Bacto Protease Peptone No. 3 | BD biosciences | 211693 | |
| Bacto Yeast Extract | BD biosciences | 212750 | |
| BM2 soil | Berger | ||
| Glycerol | nacalai tesque | 17017-35 | |
| Kanamycin sulfate | Wako | 113-00343 | |
| Leica M205FA with DFC365FX, LED_MCI and Leica EL6000 (Las X software-regulated) | Leica Microsystems | Yellow fluorescent protein (YFP) and Texas Red (TXR) filters installed | |
| Magnesium Chloride Hexahydrate | Wako | 135-00165 | |
| Micro Slide Glass (Size: 76 mm × 26 mm, Thickness: 1.0–1.2 mm) | MATSUNAMI | S1112 | |
| Micropore Surgical Tape (1.25 cm × 9 m) | 3M | 1530-0 | |
| Needleless 1 ml plastic syringe | Terumo | SS-01T | |
| Plastic cell plug tray (cell size: 44 mm × 44mm × 44 mm) | Tanaka sangyo, Japan | htray-bk72 | Any tray with similar sized cells can be used |
| Rifampicin | nacalai tesque | 30259-81 | |
| Plastic Tape (0.2 mm thick × 19 mm wide × 10 m long) | Yamato | No0200-19-1 | Any plastic/vinyl tape with similar thickness can be used |
References
- Tsuda, K., Somssich, I. E. Transcriptional networks in plant immunity. New Phytologist. 206 (3), 932-947 (2015).
- Mine, A., Sato, M., Tsuda, K. Toward a systems understanding of plant-microbe interactions. Frontiers in Plant Science. 5, (2014).
- Murray, S. L., Thomson, C., Chini, A., Read, N. D., Loake, G. J. Characterization of a novel, defense-related Arabidopsis mutant, cir1, isolated by luciferase imaging. Molecular Plant-Microbe Interactions. 15 (6), 557-566 (2002).
- Spoel, S. H., Johnson, J. S., Dong, X. Regulation of tradeoffs between plant defenses against pathogens with different lifestyles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (47), 18842-18847 (2007).
- Asai, S., Shirasu, K. Plant cells under siege: plant immune system versus pathogen effectors. Current Opinion in Plant Biology. 28, 1-8 (2015).
- Schmelzer, E., Kruger-Lebus, S., Hahlbrock, K. Temporal and Spatial Patterns of Gene Expression around Sites of Attempted Fungal Infection in Parsley Leaves. The Plant Cell. 1 (10), 993-1001 (1989).
- Ohshima, M., Itoh, H., Matsuoka, M., Murakami, T., Ohashi, Y. Analysis of stress-induced or salicylic acid-induced expression of the pathogenesis-related 1a protein gene in transgenic tobacco. The Plant Cell. 2 (2), 95-106 (1990).
- Rushton, P. J., Reinstädler, A., Lipka, V., Lippok, B., Somssich, I. E. Synthetic plant promoters containing defined regulatory elements provide novel insights into pathogen- and wound-induced signaling. The Plant Cell. 14 (4), 749-762 (2002).
- Betsuyaku, S., et al. Salicylic Acid and Jasmonic Acid Pathways are Activated in Spatially Different Domains Around the Infection Site During Effector-Triggered Immunity in Arabidopsis thaliana. Plant & Cell Physiology. 59 (1), 8-16 (2018).
- Dodds, P. N., Rathjen, J. P. Plant immunity: towards an integrated view of plant-pathogen interactions. Nature Reviews Genetics. 11 (8), 539-548 (2010).
- Katagiri, F., Thilmony, R. The Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae interaction. Arabidopsis Book. , (2002).
- Zeier, J., Pink, B., Mueller, M. J., Berger, S. Light conditions influence specific defence responses in incompatible plant-pathogen interactions: uncoupling systemic resistance from salicylic acid and PR-1 accumulation. Planta. 219 (4), 673-683 (2004).
- Kubo, M., et al. Transcription switches for protoxylem and metaxylem vessel formation. Genes & Development. 19 (16), 1855-1860 (2005).
