Summary
Vi rapporterar en enkel och mångsidig metod för att utföra fluorescerande live-imaging av Arabidopsis thaliana lämnar över en längre tidsperiod. Vi använder en transgena Arabidopsis växt uttrycker en fluorescerande reporter gen under kontroll av en immunitetsrelaterade arrangören som ett exempel för att få spatiotemporal förståelse för växt immunsvar.
Abstract
Anläggningen immunsvaret är associerad med en genome-wide transkriptionell omprogrammering initieras på platsen för infektionen. Immunsvaret regleras således spatialt och temporalt. Användning av en fluorescerande gen under kontroll av en immunitetsrelaterade arrangören i kombination med en automatiserad fluorescensmikroskopi är ett enkelt sätt att förstå spatiotemporal förordning växt immunitet. I motsats till roten vävnader som har använts för ett antal olika intravital fluorescerande imaging experiment, finns det några fluorescerande live-imaging exempel för leaf vävnader som möter en rad luftburna mikrobiella infektioner. Därför har vi utvecklat en enkel metod för att montera bladen av Arabidopsis thaliana växter för live-cell imaging över en längre tidsperiod. Vi använde transgena Arabidopsis växter att uttrycka den gula fluorescerande protein (YFP) genefused till cellkärnelokalisering signalen (NLS) under kontroll av arrangören en försvar-relaterade markörgen, () Pathogenesis-Related 1 PR1). Vi infiltrerat ett transgena blad med Pseudomonas syringae pv. tomat DC3000 (avrRpt2) stam (Pst_a2) och utförs i vivo time-lapse avbildning av YFP signalen för sammanlagt 40 h med hjälp av en automatiserad fluorescens-stereomikroskop. Denna metod kan utnyttjas inte bara för studier på anläggningen immunsvar men också för analyser av olika utvecklings evenemang och miljömässiga svaren som förekommer i blad vävnader.
Introduction
Anläggningen immunsvar innebär en dynamisk transkriptionell omprogrammering regleras av flera transkription faktorer samt fytohormoner1. Ansamling av transkriptom data ger möjligheter för insamling av information om växten immunsystemet: exempelvis nätverksstruktur signalering kaskad2. Vår kunskap om den rumsliga och tidsmässiga dynamiken i växten immunitet kvarstår dock fortfarande begränsade3,4,5.
I tidigare studier, har spatiotemporal reglering av försvar-relaterade genuttryck främst analyserats med hjälp av in situ hybridisering och en β-glukuronidas (GUS) reporter assay6,7,8. Dessa metoder kan vi visualisera transkriptionell aktivering av olika gener av intresse på plats. Men dessa procedurer kräver kemiska fixering av exemplar, och därmed resultera i förlust av alla temporal information. Biologiska händelser, såsom immunitet, framsteg över tiden. Användningen av luciferas som reporter har aktiverat tillfångatagandet av tidsmässiga dynamiken av arrangören av intresse3. Luciferas-baserade assay kräver dock en dyr substrat och mycket känsliga detektorer. För att öka vår förståelse av de spatiotemporal aspekterna av växten immunsvar med en enkel procedur, genererade vi transgena Arabidopsis thaliana växter uttrycker gul fluorescerande protein (YFP) genen smält till den cellkärnelokalisering signal (YFP-NLS) under kontroll av arrangören av försvar-relaterade markör genen, Pathogenesis-Related 1 (PR1)9. Vi brukade klorofyll autofluorescens, en markör för levande celler, fånga processen för programmerad celldöd (PCD), som ofta sker under effektor-utlöst immunitet (ETI), en form av växten immunitet inducerad av specifika patogener infektion9 , 10. övervakning tidsmässiga dynamiken i signal fluorescensintensiteten i fritt rörliga föremål, såsom living Arabidopsis blad, kräver en komplex bildbehandling programvara antingen in-house byggt eller tillgängliga kommersiellt. Alternativt är att förebygga exemplar från att flytta en enkel metod att lösa frågan. Här utvecklade vi en mångsidig och enkel metod för montering lever bladen av en transgen Arabidopsis växt för långsiktig observation under en automatiserad fluorescens-stereomikroskop. Metoden gör det möjligt för oss att fånga arrangören dynamiken inom jord-odlade intakt växt lämnar över ett par dagar.
Protocol
Obs: Det är viktigt att förhindra sömn förflyttning av levande blad prover under time-lapse imaging. För att minimera mekanisk stress på bladen, är skonsam fixering av bladen nödvändigt. Bara tillräckligt beredda leaf prover producerar time-lapse bilder passar olika bild analyser. Ett protokoll med hjälp av transgena Arabidopsis växter uttrycker YFP-NLS fusion under kontroll av PR1 gen arrangören (pPR1-YFP-NLS växter) och Pseudomonas syringae pv. tomat DC3000 (avrRpt2) stam (Pst_a2) beskrivs nedan som ett exempel.
1. beredning av växter och patogener
- Fyll en plast cell plug fack (Tabell för material) med Ånghärdad jord.
- Så en transgena Arabidopsis utsäde per cell (figur 1A).
- Överföra facket till en tillväxt rum hålls vid 23 ° C och odla växterna under kontinuerlig vitt ljus 2-3 veckor.
- Två dagar före ympningen för patogen, streak Pseudomonas syringae pv. tomat DC3000 avrRpt2 stam (Pst_a2) från en glycerol lager på NYG medium (5 g/L pepton, 3 g/L jästextrakt, 20 mL/L glycerol, 15 g/L bakteriologiska agar, pH 7,0) innehållande 100 mg/L rifampicin och 50 mg/L kanamycin och inkubera vid 28 ° C för 48 h.
- Skörda bakteriecellerna som visas på ytan av mediet med hjälp av plast tips, överföra dem till ett plaströr som innehåller 10 mM MgCl2och resuspendera. Mät den optiska densiteten (OD) av lösningen på 600 nm (OD600). Justera den sista cellkoncentrationen av bakteriecellerna 108 kolonin bildandet enheter (CFU) / mL, vilket normalt motsvarar OD600 = 0.211.
2. patogen inympning
- Skär försiktigt ut en cell plugg som innehåller en 2-3-vecka-gammal växt utan att skada plantan. Ange cellen i en tom cell plug fack (2 x 2 celler är tillräckligt) att upprätthålla en god balans (figur 1B).
- Välj ett synbart friska blad för inympning. Generellt, tredje, fjärde och femte lämnar (#3, #4 och #5, respektive i figur 1C) från botten av anläggningen är lätt att hantera. Användning lämnar på samma position i en uppsättning experiment för bättre reproducerbarhet. Vatten smutsa håll plantan före inympning för långsiktiga time-lapse avbildning.
- Alternativt, när det gäller analysera stress-lyhörd initiativtagare såsom pPR1, för att säkerställa att växter inte är naturligt stressade, undersöka bladen under ett fluorescens-stereomikroskop före patogen ympningen att kontrollera avsaknad av YFP signal. Exkludera lämnar visar YFP signal från experimentet.
- Använd engångshandskar i latex innan infiltration att undvika direktkontakt med patogenen. Noggrant med en 1 mL nålfri plast spruta, infiltrera den abaxial sidan av bladet med bakteriesuspensionen (108 CFU/mL)11 (figur 1D). Inokulering av en liten del på hälften av bladet möjliggör en bra visualisering av pPR1 verksamhet. infiltrerade området blir synlig som mörkare grön i färgen jämfört med resterande blad. Vara extremt noga med att inte skada någon mekanisk blad under infiltration.
Obs: Se till att alla de intercellulära utrymmena i området infiltrerade är helt (vertikalt) uppfyllt med patogen upphängning. annars blir PCD domänen svårt att visualisera under fluorescerande stereomikroskopet. Detta kan bara bekräftas genom slutförandet av mörka grönare i området infiltrerade. - Absorbera överskottet av bakteriesuspensionen från området kring avsnittet infiltrerade av infiltrerade blad med mjukt hushållspapper.
3. montering inokulerade blad
- Omedelbart efter inympningen, fixa en glasskiva på plast brickan med kirurgtejp (Tabell för material) så att den infiltrerade bladen ligger i centrum av glasskiva. Säkerställa att inokulerade bladet bladet är helt monterad inom glas bilden (figur 2A).
- Förbereda dubbla lager plastband (när det gäller 0.2 mm tjock tejp, se Tabell av material) och skär den i två bitar (figur 2B; bitar 1 och 2) för att passa utrymmena längs bladskaft av den infiltrerade bladen. Ordna längden på dessa två bitar, anges med en dubbelpil i figur 2B, att passa in i längden av den dubbelpil visas i figur 2A.
Obs: Klippa ut ett hörn från vardera av de två bitarna hjälper undvika skador på bladet bladet (figur 2B, pilspetsar; Se även steg 3.4 nedan). Någon typ av plastband med liknande tjocklek är lämplig för att göra en bro över bladskaft. Styvheten i plastband är viktigt för enkel hantering under det förfarande som beskrivs nedan. - Med ett par fina pincett, stick tape bitar 1 och 2 på vardera sidan av bladskaft sådan att klippa hörnen av varje bit justeras med basen av bladet bladet (figur 2C). Se till att tejpen bitarna inte röra bladet bladskaft eller blad.
Obs: Dessa dubbla lager plastband bitar vid basen av bladet bladet fungera som distanser och förhindra fysisk stress på bladskaft under montering. - Förbereda en extra bit av dubbla lager plast tape (figur 2B, stycke 3) för att passa storleken på pilen dubbelriktad i figur 2B och hålla fast den ovanpå tejpen bitar 1 och 2 och bildar en bro över bladskaft ( Figur 2D, E). Var extremt noga med att inte fånga bladskaft och bladet bladet direkt mellan band bitar på positioner som anges med pilar i figur 2D, E.
- Stick försiktigt en liten bit av kirurgisk tejp (figur 2F, bit 4) i glas bilden ovanför spetsen av bladet bladet så att bladet bladet är fast mycket slappt på en glasskiva. Endast fast tryck ner delen av kirurgisk tejp direkt röra glasskiva (figur 2F, området beskrivs med en streckad röd linje), inte den andra delen som överliggande blad.
- Sticka försiktigt en annan liten bit kirurgtejp (figur 2G, stycke 5) på gränsa av bladskaft och plastband bitar (1, 2 och 3) så att bladskaft är mycket slappt fast på både glasskiva och plastband bitar. Bara sätt fast del av kirurgisk tejp direkt röra glasskiva till glasskiva och plastband bitar (figur 2G, området beskrivs med en streckad röd linje), inte den andra delen som överliggande bladskaft.
- Förhindra att angränsande blad flyttar in i synfältet av mikroskopet med 200 µL pipettspetsar (figur 2H). Infoga pipettspetsarna i marken att försiktigt hålla närliggande bladen från den infiltrerade bladen. Var noga med att inte infoga tips för djupt i marken för att undvika möjliga rot skador.
Obs: Beredda anläggningen är nu klar för fluorescens stereomikroskopet imaging.
4. mikroskopiska time-lapse observation
- Slå på fluorescerande stereomikroskopet.
Obs: Här, en automatiserad stereomikroskopet utrustad med en högkänslig 1,4 megapixel monokrom digitalkamera i 12-bitars läge används (Tabell för material). Mikroskopet bör placeras i ett mörkt rum utrustade med luftkonditionering eller i ett mörkt skåp med tillräcklig ventilation att bibehålla rumstemperaturen vid 23 ° C under time-lapse imaging. - Ställ plantan i utrymmet ovanför under objektivet av stereomikroskopet för avbildning.
- Ställa in parametrar för time-lapse imaging (se exempel i tabell 1). Se till att programmet steg för ljusexponering under intervall time-lapse imaging eftersom ljus har en stor inverkan på växt immunitet12.
- Använda filtret konventionella YFP (excitation 500-520 nm, emission 540-580 nm) att visualisera YFP signalen.
- Använda filtret Texas Red (TXR) (excitation 540-580 nm; utsläpp 610 nm långa pass) för att visualisera klorofyll autofluorescens så att domänen PCD är synlig som ett mörkt område (ingen autofluorescens) omgiven av YFP-positiv cell lager9 (figur 3 ( A).
- Använd den konventionella epi-ljusa fältinställningen för ytterligare ljusexponering steg.
Obs: Innan experimentet, mäta kraften i epi-ljusa ljuskälla och justera nivån på egen växt tillväxt villkorar.
- Kör time-lapse bildprogrammet. För långsiktig observation över flera dagar, överväga vattning växten på lämpligt sätt, till exempel under stegen ljusexponering.
- Efter bild förvärv, utelämna extra kanaler används för ljusexponering i pauserna (motsvarande kanaler 3-8 i tabell 1) från datauppsättningen. Analysera data med olika metoder, såsom region-of-intresse (ROI) analys, med annan bild analys programvara såsom Fiji9.
Representative Results
Här, vi använde Pst_a2-inducerad ETI som ett exempel för time-lapse imaging. Time-lapse data erhölls som en serie bilder, varav några visas i figur 3B, och som en time-lapse film (kompletterande film 1)9. I framgångsrika experiment med pPR1-YFP-NLS under Pst_a2-inducerad ETI, övergående aktivering av pPR1 observerades, som framgår av YFP uttrycker foci, i flera lager av celler som omger domänen PCD (figur 3B) 9. aktivering av pPR1 i celler som omger domänen PCD vanligtvis börjar vid cirka 5 timmar post inympning (hpi), toppar på cirka 12 hpi, och varar upp till 40 hpi (figur 3B)9. Eftersom bilder förvärvades använder ett epi-fluorescerande system, genererades YFP signalerna erhållits här från flera adaxial cell-lager, inklusive epidermal samt övre mesophyll celler.
Figur 1 : Metod som används för infiltration av bakteriella patogener i den Arabidopsis thaliana leaf. (A) två - till tre-vecka-gammal Arabidopsis växter odlades i en cell plug fack. (B) en-cell Anslut som innehåller den valda anläggningen användas för ympning och observation var klipp ut och placeras i det tomma cellen plug facket att upprätthålla balans. (C) Tredje, fjärde och femte lämnar (#3, #4 och #5, respektive) lämpar sig för bildanalys. (D) Infiltration av patogen suspensionen i en valda blad med en nålfri spruta. Infiltrerade området kan identifieras baserat på dess mörkare grön färg än den resterande bladen. Klicka här för att se en större version av denna siffra.
Figur 2 : Metod som används för montering av den infiltrerade Arabidopsis blad för time-lapse imaging. (A) fotografi av Arabidopsis anläggningen med en glasskiva som fastställs enligt de inokulerade bladen. Den infiltrerade bladen var placerad i mitten av en glasskiva. Dubbelpilen anger längden på plastband distanserna. (B) beredning av plastband distanser och bridge. Dubbel - lager tejp var skuren i två bitar (1 och 2) för distanserna, och en annan bit (3, beskrivs med en streckad röd linje) skars för att förbereda en bro. Längderna på dubbelriktad pilar är nästan identiska till längden på dubbelpilen (A). En av de fyra hörnen av bitar 1 och 2, som anges med pilar, klipptes. (C), två bitar av dubbla lager plast tejp (numrerade 1 och 2) klistrades noga på bilden glaset längs bladskaft med ett par fina pincett, utan att direkt kontakt med bladskaft och blad blad. (D), en extra bit av dubbla lager plast band (numrerade som 3), vilken var beredd från (B), placerades på både basala distanser (1 och 2) för att bilda en bro över bladskaft, samtidigt inte för att fånga bladskaft mellan band 1 och 2 på anges med pilar. (E) fotografi visar tejpade bladskaft. Det är viktigt att inte fånga växtvävnad direkt mellan plastband bitarna på positioner som anges med pilar. (F), A liten bit kirurgtejp (numrerade som 4) var klistras in försiktigt i glas bilden runt spetsen av bladet bladet. Endast området beskrivs av streckad röd linje trycktes fast på en glasskiva. (G), en annan liten bit kirurgtejp (numrerade som 5) var försiktigt klistras in vid gränsen av bladskaft och plastband bitar. Endast området beskrivs av streckad röd linje trycktes för fastställande bladskaft mjukt på bild glas och plastband bitar. (H), två disponibel pipettspetsar användes för att förhindra att angränsande blad flyttar in i synfältet av stereomikroskopet. Pipettspetsarna sattes in direkt i marken på lämpliga positioner. Klicka här för att se en större version av denna siffra.
Figur 3 : Representativa resultat genom den Arabidopsis leaf montering metod. (A) fluorescerande stereomicroscopic bilder av transgena Arabidopsis blad (pPR1-YFP-NLS växt). En del av bladet var infiltrerade med Pst_a2 (108 CFU/mL) på dess abaxial yta, och bilder fångades på 22 timmar post inympning (hpi). Atomkärnor som Promotorn pPR1 aktiverades upptäcktes med filtret YFP och programmerad celldöd (PCD) upptäcktes baserat på förlusten av klorofyll autofluorescens med filtret Texas Red (TXR). Skalstapeln = 2,5 mm. (B) några time-lapse bilder väljs från en samling 800 bilder som erhållits med hjälp av protokollet som beskrivs här. Dessa data ger en in-vivo -översikt av spatiotemporal dynamiken i pPR1 aktivitet för 40 hpi. Sammanslagna bilder av YFP och TXR bilder visas. Skalstapeln = 2,5 mm. (C) Mock infiltration av transgena blad (pPR1-YFP-NLS växt). I håna infiltration, var 10 mM MgCl2 infiltreras i den abaxial sidan av bladet, följt av time-lapse imaging. Håna behandling orsakade inte ektopisk pPR1 aktivitet och störde inte klorofyll autofluorescens på 13 hpi. En pil anger positionen för håna infiltration. Skalstapeln = 2.5 mm. Dessa bilder har ändrats från en tidigare studie9. Klicka här för att se en större version av denna siffra.
Tabell 1: Time-lapse bildprogrammet som används i denna studie.
Kompletterande film 1: Time-lapse film visar spatiotemporal dynamiken i pPR1 aktivering i en transgen Arabidopsis Leaf följande effektor-utlöst immunitet (ETI) induceras av Pst_a2 inympning. En del av den abaxial sidan av transgena blad bär den pPR1-YFP-NLS konstruktion var infiltrerade med Pst_a2 (108 CFU/mL). Bilder förvärvades med 3 minuters mellanrum för sammanlagt 40 h. Tidsstämpeln visas är i det format dd:hh:mm:ss.sss. Denna film ändrades från en tidigare studie9. Vänligen klicka här för att se denna video. (Högerklicka för att ladda ner.)
Discussion
Vi rapporterar här, en enkel metod att montera en levande Arabidopsis blad uttrycker en fluorescerande reporter gen under kontroll av en främjare av intresset för långsiktig observation med hjälp av en automatiserad fluorescerande stereomikroskopet. Time-lapse avbildning av en fluorescerande reporter har ofta utförts i roten vävnader; dock genomförts endast ett fåtal liknande studier i leaf vävnader. Detta är sannolikt eftersom bladen kan flytta fritt i rymden, medan rötter är ofta begravda och fast i solid agarsubstrat.
I denna rapport fokuserade vi på spatiotemporal dynamiken i pPR1 aktivitet under ETI inducerad av Pst_a2. Förutom skonsam fixering av de blad som anges ovan, är det viktigt att tydligt visualisera spatiotemporal dynamiken i cellulära händelser såsom arrangören aktivering och PCD. Om skillnaden mellan celler visar pPR1 aktivitet och PCD inte är skarp, se till att alla de intercellulära utrymmena i området infiltrerade fylls helt med patogen fjädring (se steg 2,4). Detta är avgörande när du använder wide-fältet fluorescens-stereomikroskop eftersom dessa Mikroskop fånga alla detekterbara signaler längs samma vertikala position i preparatet. Klorofyll autofluorescens från överlevande celler ovanför eller under cellerna i domänen PCD maskerar enkelt döda celler uppvisar ingen autofluorescens. Detta gäller även för YFP signal.
Villkor för time-lapse avbildning måste fastställas noggrant genom flera preliminära experiment under olika experimentella förhållanden. Parametrar för time-lapse avbildning beror på flera faktorer såsom mikroskopiska system, transgena växter och patogener. För att erhålla dessa parametrar, analyserade vi först olika exponeringstider för YFP signalintensitet i infiltrerade bladet på 7 hpi, som nästan sammanfaller med den första aktiveringen av pPR1. En 5 s exponering fastställdes för att fånga YFP signal med stereomikroskopet används i denna studie. Ett liknande test utfördes för imaging klorofyll autofluorescens. Exponering av förlagan för ljus mellan 3 minuters intervall programmerades in time-lapse bildprogrammet som normala ljusa fält imaging med maximal exponeringstid. Vårt system (Tabell för material) tillät oss att ha 2,5 min förutom YFP, TXR och ljusa fält imaging. Denna begränsning var det främsta skälet för att välja ett 3 minuters intervall. Nästa, vi bekräftat att detta time-lapse tillstånd orsakade inga uppenbara skador på växtprover och inducerade inte ektopisk ljus stressrelaterade aktivering av pPR1 (figur 3B, C). Detta ledde till utvecklingen av det program som användes i denna studie. Således 3-minuters intervall för fluorescens imaging ansågs tillräcklig för att fånga pPR1 dynamics under Pst_a2-medierad ETI9.
Arrangören-reporter konstruktioner, har särskilt med fluorescerande reporter smält till Lantmäteriverket, utnyttjats av många grupper, och är lätt tillgängliga från gemenskapens forskning; Vi använde den bygga utgiven av Kubo et al. 13. således i protokollet som beskrivs här kan användas i någon växt biologi studie undersöker leaf vävnader, om lämpliga transgena växter finns. Vår enkla protokollet ger en stor möjlighet för forskare som är angelägna om att analysera spatiotemporal dynamiken i alla biologiska händelser som förekommer i blad, såsom immunsvar. Det är rimligt att vår metod att använda tejp bitar inducerar en liten fysisk stress på exemplaren. Problemet kan dock kontrolleras genom lämpliga positiva och negativa kontroller, till exempel håna behandlingar, i experimenten (figur 3C). De experimentella förhållandena kan ändras ytterligare och optimerad genom att analysera dessa kontroller under olika förhållanden.
Under de senaste åren, har snabb utveckling av imaging instrument och tekniker stimulerat intresset för forskare i de komplexa spatiotemporal aspekterna av biologiska händelser. I någon bildanalys är lämplig montering och fastställande av exemplar bland de viktigaste frågorna. Metoden enkel och mångsidig montering levande Arabidopsis lämnar utvecklats i denna studie kan tillämpas och optimerad för olika imaging experiment.
Disclosures
Författarna har något att avslöja.
Acknowledgments
Detta arbete fick stöd av Japan Science och Technology Agency [PRESTO117665 till S.B., ERATOJPMJER1502 till N.N.] och av Japan Society för främjande av vetenskap (Grants-in-Aid för forskning aktivitet Start-up [22880008 till S.B.] och för unga forskare (B)] 23780040 till S.B.]). Vi tackar A. Senzaki, Y. Suzuki, Y. Sugisawa och E. Betsuyaku för utmärkt teknisk assistans, J. Parker för att tillhandahålla Pst_a2 stam, och T. Demura för att tillhandahålla pBGYN vektorn.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Bacto Agar | BD biosciences | 214010 | |
| Bacto Protease Peptone No. 3 | BD biosciences | 211693 | |
| Bacto Yeast Extract | BD biosciences | 212750 | |
| BM2 soil | Berger | ||
| Glycerol | nacalai tesque | 17017-35 | |
| Kanamycin sulfate | Wako | 113-00343 | |
| Leica M205FA with DFC365FX, LED_MCI and Leica EL6000 (Las X software-regulated) | Leica Microsystems | Yellow fluorescent protein (YFP) and Texas Red (TXR) filters installed | |
| Magnesium Chloride Hexahydrate | Wako | 135-00165 | |
| Micro Slide Glass (Size: 76 mm × 26 mm, Thickness: 1.0–1.2 mm) | MATSUNAMI | S1112 | |
| Micropore Surgical Tape (1.25 cm × 9 m) | 3M | 1530-0 | |
| Needleless 1 ml plastic syringe | Terumo | SS-01T | |
| Plastic cell plug tray (cell size: 44 mm × 44mm × 44 mm) | Tanaka sangyo, Japan | htray-bk72 | Any tray with similar sized cells can be used |
| Rifampicin | nacalai tesque | 30259-81 | |
| Plastic Tape (0.2 mm thick × 19 mm wide × 10 m long) | Yamato | No0200-19-1 | Any plastic/vinyl tape with similar thickness can be used |
References
- Tsuda, K., Somssich, I. E. Transcriptional networks in plant immunity. New Phytologist. 206 (3), 932-947 (2015).
- Mine, A., Sato, M., Tsuda, K. Toward a systems understanding of plant-microbe interactions. Frontiers in Plant Science. 5, (2014).
- Murray, S. L., Thomson, C., Chini, A., Read, N. D., Loake, G. J. Characterization of a novel, defense-related Arabidopsis mutant, cir1, isolated by luciferase imaging. Molecular Plant-Microbe Interactions. 15 (6), 557-566 (2002).
- Spoel, S. H., Johnson, J. S., Dong, X. Regulation of tradeoffs between plant defenses against pathogens with different lifestyles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (47), 18842-18847 (2007).
- Asai, S., Shirasu, K. Plant cells under siege: plant immune system versus pathogen effectors. Current Opinion in Plant Biology. 28, 1-8 (2015).
- Schmelzer, E., Kruger-Lebus, S., Hahlbrock, K. Temporal and Spatial Patterns of Gene Expression around Sites of Attempted Fungal Infection in Parsley Leaves. The Plant Cell. 1 (10), 993-1001 (1989).
- Ohshima, M., Itoh, H., Matsuoka, M., Murakami, T., Ohashi, Y. Analysis of stress-induced or salicylic acid-induced expression of the pathogenesis-related 1a protein gene in transgenic tobacco. The Plant Cell. 2 (2), 95-106 (1990).
- Rushton, P. J., Reinstädler, A., Lipka, V., Lippok, B., Somssich, I. E. Synthetic plant promoters containing defined regulatory elements provide novel insights into pathogen- and wound-induced signaling. The Plant Cell. 14 (4), 749-762 (2002).
- Betsuyaku, S., et al. Salicylic Acid and Jasmonic Acid Pathways are Activated in Spatially Different Domains Around the Infection Site During Effector-Triggered Immunity in Arabidopsis thaliana. Plant & Cell Physiology. 59 (1), 8-16 (2018).
- Dodds, P. N., Rathjen, J. P. Plant immunity: towards an integrated view of plant-pathogen interactions. Nature Reviews Genetics. 11 (8), 539-548 (2010).
- Katagiri, F., Thilmony, R. The Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae interaction. Arabidopsis Book. , (2002).
- Zeier, J., Pink, B., Mueller, M. J., Berger, S. Light conditions influence specific defence responses in incompatible plant-pathogen interactions: uncoupling systemic resistance from salicylic acid and PR-1 accumulation. Planta. 219 (4), 673-683 (2004).
- Kubo, M., et al. Transcription switches for protoxylem and metaxylem vessel formation. Genes & Development. 19 (16), 1855-1860 (2005).
