Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Chemistry
Click here for the English version

Chemistry

Hierarkisk og programmerbar en-pot oligosaccharid syntese

Published: September 6, 2019 doi: 10.3791/59987
Automatic Translation
1, 1, 2, 3, 1, 4, 1,3
1Genomics Research Center, Academia Sinica, 2Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica, 3Department of Chemistry, Scripps Research Institute, 4Institute of Information Science, Academia Sinica

Summary

Denne protokol demonstrerer, hvordan man bruger auto-CHO software til hierarkisk og programmerbar en-pot syntese af oligosaccharider. Den beskriver også den generelle procedure for forsøg med bestemmelse af RRV og en-pot-glykosylering af SSEA-4.

Abstract

Denne artikel præsenterer en generel eksperimentel protokol for programmerbar One-pot oligosaccharid syntese og demonstrerer, hvordan man bruger auto-Cho software til at generere potentielle syntetiske løsninger. Den programmerbare One-pot oligosaccharid syntese tilgang er designet til at styrke hurtig oligosaccharid syntese af store mængder ved hjælp af thioglycoside byggeklodser (bbl'er) med passende sekventiel rækkefølge af relative reaktivitet værdier (rrvs). Auto-Cho er en cross-platform software med en grafisk brugergrænseflade, der giver mulige syntetiske løsninger til programmerbar One-pot oligosaccharid syntese ved at søge en bbl bibliotek (indeholdende ca. 150 valideret og > 50000 virtuelle bbls) med nøjagtigt forudsagt RRVs ved støtte vektor regression. Algoritmen for hierarkisk en-pot syntese er blevet implementeret i Auto-CHO og bruger fragmenter genereret af en-pot reaktioner som nye BBLs. Desuden giver auto-CHO brugerne mulighed for at give feedback til virtuelle BBLs at holde værdifulde dem til yderligere brug. En-pot syntese af fase-specifikke embryonale antigen 4 (SSEA-4), som er en pluripotente humane embryonale stamcelle markør, er påvist i dette arbejde.

Introduction

Kulhydrater er allestedsnærværende i naturen1,2, menderes tilstedeværelse og virkningsmåde forbliver et ukendt territorium, primært på grund af vanskelig adgang til denne klasse af molekyler3. I modsætning til automatiseret syntese af oligopeptider og oligonukleotider er udviklingen af automatiseret syntese af oligosaccharider fortsat en formidabel opgave, og fremskridtene har været relativt langsomme.

For at tackle dette problem, Wong et al. udviklet den første automatiserede metode til syntese af oligosaccharider ved hjælp af en programmerbar softwareprogram kaldet Optimer4, som guider udvælgelsen af bbls fra et bibliotek af ~ 50 bbls for sekventiel en-pot Reaktioner. Hver BBL blev designet og syntetiseret med veldefineret reaktivitet tunet af forskellige beskyttende grupper. Ved hjælp af denne fremgangsmåde, kompleksiteten af at beskytte manipulation og mellemliggende rensning kan minimeres under syntese, som er blevet betragtet som de vanskeligste spørgsmål at overvinde i udviklingen af automatiseret syntese. På trods af dette forskud, metoden er stadig ganske begrænset, da antallet af BBLs er for lille og Optimer program kan kun håndtere visse små oligosaccharider. For mere komplekse oligosaccharider, der kræver flere BBLs og flere passerer af en-pot reaktioner og fragment kondensation, en opgraderet version af softwareprogrammet, Auto-CHO5, er blevet udviklet.

I Auto-CHO er der tilføjet mere end 50.000 BBLs med defineret reaktivitet til BBL-biblioteket, herunder 154 syntetiske og 50.000 virtuelle. Disse bbl'er er designet af maskinel indlæring baseret på grundlæggende egenskaber, beregnet NMR Chemical Skift6,7, og molekylære deskriptorer8, som påvirker strukturen og reaktiviteten af bbls. Med dette opgraderede program og nye sæt Bbl'er til rådighed, den syntese kapacitet er udvidet, og som påvist, flere oligosaccharider af interesse kan hurtigt være forberedt. Det menes, at denne nye udvikling vil lette syntesen af oligosaccharider for studiet af deres roller i forskellige biologiske processer og deres virkninger på strukturer og funktioner af glykoproteiner og glycolipider. Det menes også, at dette arbejde vil gavne glycovidenskaben samfund betydeligt, da denne metode er tilgængelig for forskersamfundet gratis. Syntese af den væsentlige humane embryonale stamcelle markør, SSEA-45, er demonstreret i dette arbejde.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1. Auto-CHO software manipulation

  1. Installation af Java Runtime Environment: Kontroller, at JRE (Java Runtime Environment) er installeret på enheden. Hvis JRE er blevet installeret, gå til næste trin, "software initialisering"; ellers hente og installere JRE i henhold til brugerens operativsystem findes på: < https://www.Oracle.com/technetwork/Java/javase/downloads/index.html >.
  2. Software initialisering: gå til Auto-CHO hjemmeside på < https://sites.Google.com/View/Auto-Cho/Home > og downloade softwaren i henhold til operativsystemet. I øjeblikket understøtter Auto-CHO Windows, macOS og Ubuntu. Den seneste PDF-brugervejledning findes på Auto-CHO-webstedet.
    1. For Windows-brugere skal du pakke Auto-CHO_Windows. zip ud og dobbeltklikke på Auto-Cho. jar i mappen Auto-CHO_Windows for at starte programmet.
      Bemærk: brugeren skal installere unzip-software, såsom 7-zip, fundet på < https://www.7-zip.org >, til udpakning af zip-filen. Brugeren kan også bruge kommandoen Java-jar Auto-Cho. jar til at starte programmet ved hjælp af Windows-kommandoprompten.
    2. For macOS-brugere skal du højreklikke på Auto-Cho. jar og vælge Åbn for at starte programmet.
    3. For Ubuntu-brugere:
      1. Installer libcanberra-GTK ved hjælp af følgende kommando:
        $ sudo apt-get install libcanberra-GTK *
      2. Ændre adgangstilladelsen for Auto-CHO_Ubuntu. sh:
        $ chmod 755 Auto-CHO_Ubuntu. sh
      3. Kør Auto-CHO-programmet:
        $./Auto-CHO_Ubuntu.sh
  3. Indtast den ønskede Les struktur. Vælg at tegne en Les-struktur eller læse en eksisterende strukturfil.
    1. Input ved tegning:
      1. Klik på Rediger glycan ved GlycanBuilder9, 10 (figur 1, btn1; Figur 2a) eller området for Klik her for at redigere det syntetiske mål for at tegne og redigere forespørgsels strukturen ved GlycanBuilder. Oplysninger om sammenkædning og chiralitet bør ikke ignoreres. Klik på knapperne Globo-H, ssea-4eller Oligolacnac (figur 1, eksempler) for at vise eksemplerne.
      2. Vælg fil | Eksporter til sekvens formater | Eksporter til GlycoCT kondenseret for at gemme den redigerede struktur (valgfrit).
      3. Luk GlycanBuilder-dialogen for at fuldføre redigeringen.
    2. Input ved at læse en fil:
      1. Klik på Rediger glycan ved GlycanBuilder (figur 1, btn1; Figur 2a) eller området for Klik her for at redigere det syntetiske mål for at redigere forespørgsels strukturen.
      2. Vælg fil | Importer fra sekvens formater for at vælge forespørgsels strukturfilen med det tilsvarende format.
  4. Indstillinger for søgeparametre (valgfrit).
    1. Definer søgeparametrene i fanebladet "parameter Settings" (figur 1, tab2) for at få fornuftige søgeresultater.
      Bemærk:
      Tærsklen for høj-klasse RRV skal være et reelt tal og ≥ 0.
      Tærskel for middelklasse RRV skal være et reelt tal og ≥ 0.
      Tærskel for høj klasse rrv bør være >tærskel for medium klasse rrv.
      Det maksimale fragment nummer skal være et heltal og ≥ 1.
      Min BBL-nummer i et fragment skal være et heltal og mellem 1 og 3.
      Det maksimale BBL-tal i et fragment skal være et heltal og mellem 1 og 3.
      Maks BBL-nummer i et fragment skal være ≥min bbl-nummer i et fragment.
      Min donor/acceptor RRV forskel skal være et positivt reelt tal.
      Min donor/acceptor RRV ratio skal være et positivt reelt tal.
      Max donor/acceptor RRV ratio skal være et positivt reelt tal.
      Max donor/acceptor RRV ratio skal være ≫min donor/acceptor rrv ratio.
    2. Klik på knappen OK for at aktivere de nye indstillinger.
  5. Vælg dokumentkomponentbiblioteket (figur 1, fane5). Standardindstillingen er kun at søge i forsøgs biblioteket. Hvis det ønskes at søge i både eksperimenterende og virtuelle biblioteker, skal du kontrollere følgende trin.
    1. Vælg fanen Virtual Building Block Library (figur 2c, fane5). Eksperimentelle og virtuelle byggeklodser kan arbejde sammen om at forbedre søge evnen i Auto-CHO. I øjeblikket leverer Auto-CHO mere end 50.000 virtuelle byggeklodser med forudsagte RRVs i biblioteket.
    2. Vælg Brug eksperimentelle og virtuelle biblioteker , og Anvend filtrering til at vise virtuelle byggeklodser med bestemte kriterier. Klik på knappen Vis valgte Virtual BBL (s) (figur 2c, btn5) for kun at vise de valgte virtuelle byggeblokke.
    3. Klik på knappen Vis filtreret virtuel BBL (s) (figur 2c, btn6) for kun at vise virtuelle byggeklodser med bestemte kriterier, der er defineret af brugeren.
    4. Klik på knappen Vis alle virtuelle BBL (s) (figur 2c, btn7) for at vise alle tilgængelige virtuelle byggeklodser og nulstille filteret.
    5. Kontroller en eller flere ønskede virtuelle byggeklodser, som brugeren gerne vil bruge til at søge.
  6. Vælg fanen forespørgsels struktur (figur 1, tab1), og klik på knappen Search Building Block Library (figur 1, btn2) for at finde syntetiske løsninger med én pot til forespørgsels strukturen. Bekræft derefter parameterindstillingerne.
  7. Søg i resultat fremviseren.
    Bemærk: søgeresultatet vises under fanen resultat visualisering (figur 1, tab6). De reducerende acceptorer af forskellige rest koncentrations numre vises i kolonnen reduktions ende acceptor (figur 1, viewer1).
    1. Vælg en reduktions-end-acceptor, og løsningerne vises på listen over syntetiske løsninger (figur 1, viewer2). Fragmenter vises i fragment listen (figur 1, viewer3) for at foreslå, hvor mange fragmenter der skal bruges i syntesen.
      Bemærk: systemet giver detaljerede oplysninger om hvert fragment, herunder RRV af fragmentet, beregnings udbytte samt hvilken beskyttelses gruppe, der skal beskyttes for den efterfølgende brug af fragmentet i en-pot-reaktionen. De byggeklodser, der bruges til at samle det valgte fragment, vises i viewer4 i figur 1. I viewer5 af figur 1 vises også oplysninger om fragment forbindelsen.
    2. Se og kontroller de kemiske strukturer og detaljerede oplysninger om de udvalgte byggeklodser i områderne kemisk struktur af bygnings blok og bygnings blok browserfor eksperimentelle byggeklodser (figur 1, tab4).
  8. Output søgeresultatet til tekst (valgfrit).
    1. Vælg fanen resultat tekst (figur 1, tab7).
    2. Klik på Gem resultat tekst (figur 2b, btn4), og vælg tekstfilens destination.
  9. Feedback til virtuelle byggeklodser (valgfrit).
    Bemærk: der kan gives feedback på virtuelle byggeklodser via onlinespørgeskemaet. Feedback kan hjælpe Fællesskabet til at holde nyttige virtuelle byggeklodser og fjerne ineffektive dem.
    1. Vælg fanen virtuel byggeklods (figur 1, fane5).
    2. Klik på til sats link af den virtuelle byggesten, som det ønskes at bedømme eller kommentere i feedback -kolonnen.
    3. Udfyld feedbackformularen, når systemet åbner en webside og sender den.
      Bemærk: Undlad at ændre det virtuelle BBL-ID.

2. forsøg med bestemmelse af RRV

  1. I en 10 mL rund bund kolbe kombineres de to thioglycosid donorer (0,02 mmol af hver: Dr4 er reference donor med kendt rrv; Dx1 er donor MOLEKYLE med ukendt rrv), absolut methanol (0,10 mmol) og drierit i DICHLORMETHAN (DCM, 1,0 ml), og rør derefter ved stuetemperatur (RT) i 1 time.
  2. Tag en alikvot af denne blanding (30 μL) og Injicer blandingen i højtydende væskekromatografi (HPLC) i tre separate injektioner (10 μL for hver injektion). Måle koefficienten (a) mellem absorptionen (a) og koncentrationen af donor molekylet [D] under de grundlæggende separations forhold (ether acetat/n-hexan = 20/80).
  3. Der tilsættes en opløsning på 0,5 M N-iodosuccinimid (NIS) i acetonitril (40 μL, 0,02 mmol) i reaktionsblandingen, efterfulgt af tilsætning af en 0,1 M trifluoromethansulfonsyre (TfOH) opløsning (20 μL, 0,002 mmol), og blandingen omrøres ved rt i 2 timer.
  4. Reaktionsblandingen fortyndes med DCM (4,0 mL), filtreres og vaskes med mættet vandig natriumthiosulfat indeholdende 10% natriumhydrogencarbonat (2x med 5 mL volumen hver). Udpak det vandige lag med DCM (3x med 5 mL). Kombiner alle organiske lag, vask det med 5 mL saltlage, og tør det med ca. 200 mg vandfri magnesiumsulfat.
  5. Ryst blandingen mildt for 30 s, Filtrer den gennem en tragt med et rippes filtrerpapir for at fjerne magnesiumsulfat, og saml derefter filtratet i en 25 mL rund bund kolbe. Fjern opløsningsmidlet ved hjælp af en rotationsfordamper.
  6. Remanensen opløses i DCM (1,0 mL). Tag en alikvot af denne blanding (30 μL), og Injicer den i HPLC i tre separate injektioner (10 μL for hver injektion). Måle koncentrationerne af de resterende donorer ([dx] og [dRef]) af HPLC under de samme separations betingelser (ether acetat/n-hexan = 20/80) (ARef)t = 24417,0, (ax)t = 23546,3.
  7. Mål den relative reaktivitet mellem Dx1 vs. dR4, kx1/kR4 = 0,0932. Baseret på den relative reaktivitetsværdi af DR4er den relative reaktivitetsværdi af dx1 3.
    Bemærk: a = a/[D], (aRef)0 = 74530,1, (ax)0 = 26143,0. k x/kRef = (LN [dx]t -LN [dx]0)/(LN [dRef]t -LN [dRef]0) = (LN [A x]t -LN [ax]0)/(LN [enRef]t -LN [aRef]0) = 0,0932.

3. en-pot glykosylering af SSEA-4

  1. Anbring en 10 mL rund bund kolbe under vakuum, flamme-tør den, og lad kolben køle af til RT, mens den stadig er under vakuum. Fjern gummi septum for at tilføje en blanding af disaccharid 1 donor (38 mg, 1,1 EQ., 0,057 mmol), den første acceptor 2 (40 mg, 1,0 EQ., 0,053 mmol) og en Teflon-belagt magnetisk Stir bar i kolben.
  2. Overfør 100 mg molekylære sigter i pulverform 4 Å til en 5 ml rund bund kolbe. Opbevar denne kolbe under vakuum, flamme-tør den, og lad kolben køle af til RT, mens den stadig er under vakuum. De frisk tørrede 4 Å molekylære sigter overføres til den første kolbe, der indeholder udgangsmaterialet.
  3. 1 mL frisk tørret DCM overføres til kolben. Reaktionsblandingen omrøres i 1 time ved RT, og derefter placeres den under en temperatur på-40 °C. NIS (13 mg, 1,1 EQ., 0,057 mmol) overføres til kolben.
  4. TfOH indsprøjtes (34 μL, 0,3 EQ., 0,017 mmol, 0,5 M i ether) i kolben gennem septum ved hjælp af en mikrovolumen sprøjte ved-40 °C. Fortsæt omrøring ved-40 °C i 3 timer.
  5. Efter den første acceptor 2 er næsten forbrugt, injicere opløsningen af acceptor 3 i DCM ind i kolben gennem septum.
  6. Reaktionsblandingen opvarmes til-20 °C, og NIS (19 mg, 1,6 EQ., 0,083 mmol) overføres til kolben. TfOH indsprøjtes (34 μL, 0,3 EQ., 0,017 mmol, 0,5 M i ether) i kolben gennem septum ved-20 °C. Fortsæt omrøring ved-20 °C i 3 timer.
  7. Efter produktet af den første trin reaktion forbruges, slukke reaktionen ved at injicere to ækvivalenter af triethylamin. Fjern de molekylære sigter gennem en filtertragt pakket med Celite, Saml filtratet i en 25 mL rund bund kolbe, og vask filteret yderligere med 10 mL DCM.
  8. Filtratet overføres til en skilletragt og vaskes med mættet vandig natriumthiosulfat indeholdende 10% NaHCO3 (2x med 10 ml hver). Udpak det vandige lag med DCM (3x med 10 mL). Kombiner de organiske lag og vask blandingen med saltlage (10 mL) og tør den ved at tilsætte vandfri MgSO4. Filtrer det og saml filtratet i en 100 mL rund bund kolbe.
  9. Fjern opløsningsmidlet ved hjælp af en rotationsfordamper. Den rå blanding opløses med ca. 1 mL DCM og indlæses på toppen af silica-sengen. Produktet elueret med en blanding af ethylacetat og toluen (EtOAc/toluen, 1/4 til 1/2), og fraktioner opsamles.
  10. Fjern opløsningsmidlet ved hjælp af en rotationsfordamper. Remanensen tørres under reduceret tryk for at give fuldt beskyttet SSEA-4-derivat 4 (74 mg, 50% baseret på acceptor 2) som hvidt skum.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Auto-CHO-søgeresultatet baseret på standardparameter indstillinger indikerer, at SSEA-4 kan syntetiseres af en [2 + 1 + 3] en-pot-reaktion. Figur 3 viser software skærmbilledet af ssea-4 søgeresultatet. Når der vælges en trisaccharid-reducerende acceptor (figur 3, etiket 1), viser programmet fire potentielle løsninger til forespørgslen. Den første løsning har et fragment (figur 3, Label 2), og dets beregnede afkast er ca. 94%. Fragmentet kan syntetiseres med to Bbl'er (figur 3, etiket 3). Rrv af den første disaccharid bbl er 1462 og rrv af det andet monosaccharid er 32,0. Mærke 4 i figur 3 viser den kemiske struktur af den første foreslåede bbl, der anvendes i en-pot-reaktion. One-pot-eksperimentet viser, at SSEA-4 kan syntetiseres i 43% udbytte af dette forslag med succes (figur 4), og det er også blevet påvist i tidligere arbejde5. De detaljerede eksperimentelle procedurer og karakteriseringen af nævnte forbindelser, især SSEA-4, findes i den citerede reference5.

Figure 1
Figur 1: Auto-Cho screenshot. Brugere kan redigere forespørgsels Les struktur, gennemse eksperimentelle og virtuelle byggeklods oplysninger, og se en-pot syntetiske løsninger, der leveres af softwaren. Venligst klik her for at se en større version af dette tal.

Figure 2
Figur 2: delvise screenshots af Auto-Cho software. (A) Klik på "Rediger glycan ved GlycanBuilder"-knappen (btn1) under fanen "forespørgsels struktur" (tab1), hvorefter systemet dukker op i glycanbuilder-dialogen. (B) Vælg "resultat tekst" (tab7), og klik på "Gem resultat tekst" (btn4) for at gemme tekst søgeresultaterne. (C) Vælg "Virtual Building Block Library" (fane5) og tjek ønskværdige virtuelle byggeklodser for at søge efter filtreringsmuligheder. Venligst klik her for at se en større version af dette tal.

Figure 3
Figur 3: en-pot syntetisk Blueprint givet af Auto-Cho programmet. Etiket 1: reducering af acceptoren. Etiket 2: fragment. Etiket 3: Fragmentets byggeklods. Etiket 4: den kemiske struktur af den valgte byggeklods. Venligst klik her for at se en større version af dette tal.

Figure 4
Figur 4: [2 + 1 + 3] One-pot syntetisk strategi for SSEA-4. Ssea-4 kan syntetiseres af tre enheder foreslået af Auto-Cho: sialyl disaccharid Building blok 1 (rrv = 1462), monosaccharidet Building Block 2 (rrv = 32.0), og reducere end acceptor 3 (rrv = 0). Dette tal blev ændret fra vores tidligere publikation5 med tilladelse (under en Creative Commons Attribution 4,0 International licens: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/). Venligst klik her for at se en større version af dette tal.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Auto-CHO-softwaren blev udviklet til at hjælpe kemikere med at fortsætte den hierarkiske og programmerbare One-pot-syntese af oligosaccharider5. Auto-CHO blev bygget af Java programmeringssprog. Det er en GUI software og cross-platform, som i øjeblikket understøtter Windows, macOS, og Ubuntu. Softwaren kan downloades gratis for auto-CHO hjemmeside på < https://sites.Google.com/View/Auto-Cho/Home >, og dens kildekode med MIT licens kan tilgås fra GitHub på < https://github.com/CW-Wayne/Auto-Cho >.

BBL Library of Auto-CHO indeholder 154 eksperimentelle BBLs og mere end 50.000 virtuelle BBLs med nøjagtigt forudsagte RRVs. i øjeblikket, de sukkertyper af virtuelle BBLs omfatter gal, GLC, man, GalNAc, GlcNAc, GlcN, og GlcA. Alle Biblioteks søgninger behandles i den lokale computer, og vi indsamler ikke nogen forespørgsels struktur fra brugere. Da Auto-CHO ikke kan garantere succesen med høj udbytte syntese blandt virtuelle Bbl'er givet af programmet (på grund af mange strukturelle begrænsninger eller ukendte faktorer i de kemiske reaktioner), giver auto-CHO online feedback spørgeskema til virtuelle BBLs. Det menes, at brugerfeedback fra forskersamfundet kan hjælpe med at holde værdifulde virtuelle BBLs og fjerne uegnede dem. Der findes en e-mailadresse til teknisk assistance i software brugervejledningen. Brugere kan kontakte denne adresse, hvis de støder på tekniske spørgsmål eller problemer.

Her findes to søgestrategier. For parameterindstillinger (afsnit 1,4) foreslås det at indstille parametre med strengere kriterier i begyndelsen. Hvis Auto-CHO ikke returnerer tilfredse syntetiske løsninger, anbefales det at bruge mere fleksible parametre i den næste søge kørsel. For udvælgelsen af BBL Library (afsnit 1,5), foreslås det kun at søge i forsøgs biblioteket i starten. Hvis softwaren ikke returnerer en passende løsning, anbefales det at søge i eksperimentelle og virtuelle biblioteker i følgende iterationer.

Sammenfattende viser denne protokol driften af Auto-CHO software og brug af Auto-CHO for en-pot syntese af SSEA-4 molekyle. Desuden beskrives den programmerbare One-pot-protokol. Auto-CHO er GUI og open source-software med bibliotek omfatter validerede og virtuelle BBLs, og det understøtter hierarkisk en-pot syntese af oligosaccharider. Det menes, at denne software kan gavne forskersamfundet og mere essentielle oligosaccharider kan syntetiseres af en-pot reaktioner gennem Auto-CHO for yderligere forskning.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Forfatterne har intet at afsløre.

Acknowledgments

Dette arbejde blev støttet af Academia Sinica, herunder Summit program, Ministeriet for videnskab og teknologi [MOST 104-0210-01-09-02, MOST 105-0210-01-13-01, MOST 106-0210-01-15-02], og NSF (1664283).

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Acetonitrile Sigma-Aldrich 75-05-8
Anhydrous magnesium sulfate Sigma-Aldrich 7487-88-9
Cerium ammonium molybdate TCI C1794
Dichloromethane Sigma-Aldrich 75-09-2
Drierite Sigma-Aldrich 7778-18-9
Ethyl acetate Sigma-Aldrich 141-78-6
Methanol Sigma-Aldrich 67-56-1
Molecular sieves 4 Å Sigma-Aldrich
n-Hexane Sigma-Aldrich 110-54-3
N-Iodosuccinimide Sigma-Aldrich 516-12-1
Sodium bicarbonate Sigma-Aldrich 144-55-8
Sodium thiosulfate Sigma-Aldrich 10102-17-7
Toluene Sigma-Aldrich 108-88-3
Trifluoromethanesulfonic acid Sigma-Aldrich 1493-13-6

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database. Biochimica Et Biophysica Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).
  2. Sears, P., Wong, C. -H. Toward Automated Synthesis of Oligosaccharides and Glycoproteins. Science. 291 (5512), 2344-2350 (2001).
  3. Kulkarni, S. S., et al. “One-Pot” Protection, Glycosylation, and Protection-Glycosylation Strategies of Carbohydrates. Chemical Reviews. 118 (17), 8025-8104 (2018).
  4. Zhang, Z., et al. Programmable One-Pot Oligosaccharide Synthesis. Journal of the American Chemical Society. 121 (4), 734-753 (1999).
  5. Cheng, C. -W., et al. Hierarchical and programmable one-pot synthesis of oligosaccharides. Nature Communications. 9 (1), 5202 (2018).
  6. ChemDraw. , PerkinElmer Informatics. (2019).
  7. Cheeseman, J. R., Frisch, Æ Predicting magnetic properties with chemdraw and gaussian. , (2000).
  8. Yap, C. W. PaDEL-descriptor: An open source software to calculate molecular descriptors and fingerprints. Journal of Computational Chemistry. 32 (7), 1466-1474 (2011).
  9. Ceroni, A., Dell, A., Haslam, S. M. The GlycanBuilder: a fast, intuitive and flexible software tool for building and displaying glycan structures. Source Code for Biology and Medicine. 2, 3 (2007).
  10. Damerell, D., et al. The GlycanBuilder and GlycoWorkbench glycoinformatics tools: updates and new developments. Biological Chemistry. 393 (11), 1357-1362 (2012).

Tags

Kemi
Hierarkisk og programmerbar en-pot oligosaccharid syntese
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Cheng, C. W., Zhou, Y., Pan, W. H.,… More

Cheng, C. W., Zhou, Y., Pan, W. H., Dey, S., Wu, C. Y., Hsu, W. L., Wong, C. H. Hierarchical and Programmable One-Pot Oligosaccharide Synthesis. J. Vis. Exp. (151), e59987, doi:10.3791/59987 (2019).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter