Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Chemistry
Click here for the English version

Chemistry

Hierarkisk och programmerbar en-kruka oligosackarid syntes

Published: September 6, 2019 doi: 10.3791/59987
Automatic Translation
1, 1, 2, 3, 1, 4, 1,3
1Genomics Research Center, Academia Sinica, 2Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica, 3Department of Chemistry, Scripps Research Institute, 4Institute of Information Science, Academia Sinica

Summary

Detta protokoll visar hur man använder Auto-CHO programvara för hierarkisk och programmerbar en-Pot syntes av oligosackarider. Det beskriver också det allmänna förfarandet för RRV bestämning experiment och en-Pot glykosylering av SSEA-4.

Abstract

Denna artikel presenterar en allmän experimentell protokoll för programmerbara en-Pot oligosackarid syntes och visar hur man använder Auto-CHO programvara för att generera potentiella syntetiska lösningar. Den programmerbara en-Pot oligosackarid syntesmetod är utformad för att ge snabb oligosackarid syntes av stora mängder med tioglycoside byggstenar (BBLs) med lämplig sekventiell ordning relativa reaktivitet värden (RRVs). Auto-CHO är en plattformsoberoende programvara med ett grafiskt användargränssnitt som ger möjliga syntetiska lösningar för programmerbara en-Pot oligosackarid syntes genom att söka en BBL bibliotek (som innehåller ca 150 validerade och > 50000 virtuella BBLs) med exakt förutspådde RRVs av stöd Vector regression. Algoritmen för hierarkiska en-Pot syntes har genomförts i Auto-CHO och använder fragment som genereras av en-Pot reaktioner som nya BBLs. Dessutom tillåter auto-CHO användare att ge feedback för virtuella BBLs att hålla värdefulla sådana för vidare användning. En-Pot syntes av Stadium-specifika embryonala antigen 4 (SSEA-4), som är en pluripotenta mänskliga embryonala stamcells markör, visas i detta arbete.

Introduction

Kolhydrater är allmänt förekommande i naturen1,2, menderas närvaro och verkningssätt förblir ett okänt territorium, främst på grund av svår tillgång till denna klass av molekyler3. Till skillnad från automatiserad syntes av oligopeptider och oligonukleotider, är utvecklingen av automatiserad syntes av oligosackarider fortfarande en formidabel uppgift, och framstegen har varit relativt långsamma.

För att tackla detta problem, utvecklade Wong et al. den första automatiserade metoden för syntes av oligosackarider med hjälp av en programmerbar programvara som heter opTimer4, som vägleder urvalet av bbls från ett bibliotek av ~ 50 bbls för sekventiell One-Pot Reaktioner. Varje BBL utformades och syntetiseras med väldefinierade reaktivitet stämd av olika skyddande grupper. Med hjälp av denna metod, kan komplexiteten i att skydda manipulation och mellanliggande rening minimeras under syntesen, som har ansetts vara de svåraste frågorna att övervinna i utvecklingen av automatiserad syntes. Trots detta förskott, är metoden fortfarande ganska begränsad, eftersom antalet BBLs är för liten och opTimer programmet kan bara hantera vissa små oligosackarider. För mer komplexa oligosackarider som kräver fler BBLs och flera passerar en-Pot reaktioner och fragment kondensation, en uppgraderad version av programvaran, Auto-CHO5, har utvecklats.

I Auto-CHO, mer än 50 000 BBLs med definierade reaktivitet till BBL biblioteket har lagts till, inklusive 154 syntetiska och 50 000 virtuella sådana. Dessa bbls utformades av maskininlärning baserat på grundläggande egenskaper, beräknad NMR Chemical skiftar6,7, och molekylära beskrivningar8, som påverkar strukturen och reaktivitet av bbls. Med detta uppgraderade program och nya uppsättning BBLs tillgängliga, syntes kapaciteten utvidgas, och som demonstreras, flera oligosackarider av intresse kan snabbt förberedas. Man tror att denna nya utveckling kommer att underlätta syntesen av oligosackarider för studiet av deras roller i olika biologiska processer och deras inverkan på strukturer och funktioner av glykoproteiner och glykolipider. Det är också tänkt att detta arbete kommer att gynna glykovetenskap samhället avsevärt, med tanke på att denna metod är tillgänglig för forskarsamhället gratis. Syntes av den väsentliga mänskliga embryonala stamcells markören, SSEA-45, visas i detta arbete.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1. Auto-CHO programvara manipulation

  1. Installation av Java Runtime Environment: Kontrollera att Java Runtime Environment (JRE) har installerats i enheten. Om JRE har installerats, gå till nästa steg, "Software initiering"; i annat fall hämtar och installerar du JRE enligt användarens operativsystem som finns på: < https://www.Oracle.com/technetwork/Java/javase/downloads/index.html >.
  2. Initiering av programvara: gå till Auto-CHO webbplats på < https://sites.Google.com/View/Auto-Cho/Home > och ladda ner programvaran enligt operativsystemet. För närvarande stöder auto-CHO Windows, macOS och Ubuntu. Den senaste PDF-användarhandboken finns på Auto-CHO webbplats.
    1. För Fönstren förbrukaren, Unzip den Auto-CHO_Windows. zip och dubbel-klick på Auto-Cho. jar i den bil-CHO_Windows broschyren till starta den program.
      Obs: användaren måste installera unzip programvara, såsom 7-zip, finns på < https://www.7-zip.org >, för uppackning av zip-filen. Användaren kan också använda kommandot java-jar Auto-Cho. jar för att starta programmet med Kommandotolken i Windows.
    2. För macOS-användare högerklickar du på Auto-Cho. jar och väljer Öppna för att starta programmet.
    3. För Ubuntu-användare:
      1. Installera libcanberra-gtk med hjälp av följande kommando:
        $ sudo apt-get install libcanberra-gtk *
      2. Ändra åtkomstbehörigheten för Auto-CHO_Ubuntu. sh:
        $ chmod 755 Auto-CHO_Ubuntu. sh
      3. Kör Auto-CHO program:
        $./Auto-CHO_Ubuntu.sh
  3. Mata in önskad glykananalys struktur. Välj om du vill rita en glykananalys-struktur eller läsa en befintlig strukturfil.
    1. Inmatning genom ritning:
      1. Klicka på Redigera Glycan av GlycanBuilder9, 10 (figur 1, Knp1; Figur 2A) eller området för Klicka här för att redigera syntetiska målet att rita och redigera frågestrukturen av GlycanBuilder. Information om länkning och chiralitet ska inte ignoreras. Klicka på knapparna Globo-H, ssea-4eller Oligolacnac (bild 1, exempel) för att Visa exemplen.
      2. Välj fil | Exportera till Sekvensformat | Exportera till Glykoct kondenseras för att spara den redigerade strukturen (valfritt).
      3. Stäng dialogrutan GlycanBuilder för att slutföra redigeringen.
    2. Inmatning genom att läsa en fil:
      1. Klicka på Redigera Glycan av GlycanBuilder (figur 1, Knp1; Figur 2A) eller området för Klicka här om du vill redigera det syntetiska målet för att redigera frågans struktur.
      2. Välj fil | Importera från Sekvensformat för att välja frågans strukturfil med motsvarande format.
  4. Sökparameter inställningar (valfritt).
    1. Definiera sökparametrarna på fliken "parameter inställningar" (bild 1, Flik2) för att få rimliga sökresultat.
      Observera:
      Tröskelvärdet för hög klass RRV måste vara ett reellt tal och ≥ 0.
      Tröskelvärdet för medel klass RRV måste vara ett reellt tal och ≥ 0.
      Tröskelvärde för hög-klass RRV bör >tröskel av medel klass RRV.
      Max fragment nummer bör vara ett heltal och ≥ 1.
      Min BBL-nummer i ett fragment måste vara ett heltal och mellan 1 och 3.
      Max BBL-nummer i ett fragment måste vara ett heltal och mellan 1 och 3.
      Max BBL-nummer i ett fragment måste vara ≥min bbl-nummer i ett fragment.
      Min givare/acceptor RRV skillnad måste vara ett positivt realtal.
      Min givare/acceptor RRV förhållandet måste vara ett positivt realtal.
      Max givar/acceptor-RRV-förhållande måste vara ett positivt realtal.
      Max givare/acceptor RRV förhållandet måste ≫min givare/acceptor RRV förhållande.
    2. Klicka på knappen OK för att aktivera de nya inställningarna.
  5. Välj byggblocksbiblioteket (bild 1, tab5). Standardinställningen är att endast söka i experiment biblioteket. Om det önskas att söka både experimentella och virtuella bibliotek, kontrollera följande steg.
    1. Välj fliken bibliotek för virtuellt Bygg block (bild 2C, tab5). Experimentella och virtuella byggstenar kan arbeta tillsammans för att förbättra sökandet förmåga Auto-CHO. För närvarande, Auto-CHO ger mer än 50 000 virtuella byggstenar med förutspådde RRVs i biblioteket.
    2. Välj Använd experimentella och virtuella bibliotek och Använd filtrering för att visa virtuella byggblock med vissa kriterier. Klicka på knappen Visa valda virtuella BBL (s) (figur 2C, btn5) om du vill visa endast de valda virtuella byggblock (er).
    3. Klicka på Visa filtrerade virtuella BBL (s) knappen (figur 2C, btn6) för att visa endast virtuella byggstenar med vissa kriterier som definierats av användaren.
    4. Klicka på Visa alla virtuella BBL (s) -knappen (figur 2C, btn7) för att visa alla tillgängliga virtuella byggstenar och återställa filtret.
    5. Kontrollera en eller flera önskade virtuella byggblock som användaren vill använda för att söka.
  6. Välj fliken Frågestruktur (bild 1, Tab1) och klicka på knappen Sök byggblocksbibliotek (bild 1, btn2) för att hitta de syntetiska lösningarna i en pott för frågestrukturen. Bekräfta sedan parameterinställningarna.
  7. Sök i resultat visaren.
    Anm: sökresultatet visas på fliken resultat visualisering (bild 1, tab6). De minskande acceptorerna av olika restsubstanser visas i kolumnen reduktions acceptor (bild 1, viewer1).
    1. Välj en reducering-end acceptor och lösningar visas på den syntetiska lösnings listan (figur 1, viewer2). Fragment visas i Fragmentlistan (figur 1, viewer3) för att föreslå hur många fragment som ska användas i syntesen.
      Obs: systemet ger detaljerad information om varje fragment, inklusive RRV av fragmentet, beräkningsmässig avkastning samt vilken skyddande grupp bör deprotected för den efterföljande användningen av fragmentet i One-Pot reaktionen. De byggstenar som används för att montera det valda fragmentet visas i viewer4 i figur 1. Viewer5 i bild 1 visar också information om fragmentanslutningen.
    2. Visa och kontrollera kemiska strukturer och detaljerad information om de utvalda byggstenarna i de regioner av kemisk struktur byggblock och byggblock Browser, respektive, för experimentella byggstenar (figur 1, tab4).
  8. Mata ut sökresultatet till text (valfritt).
    1. Välj fliken resultat text (bild 1, tab7).
    2. Klicka på Spara resultat text (figur 2b, btn4) och välj textfilens destination.
  9. Återkoppling för virtuella byggstenar (tillval).
    Anmärkning: återkoppling kan ges på virtuella byggstenar genom online-enkäten. Feedback kan hjälpa samhället att hålla användbara virtuella byggstenar och ta bort ineffektiva sådana.
    1. Välj fliken virtuellt Bygg block (bild 1, tab5).
    2. Klicka på att betygsätta länken för den virtuella byggstenen som det önskas att betygsätta eller kommentera i feedbackkolumnen .
    3. Fyll i feedbackformuläret när systemet öppnar en webbsida och skicka in det.
      Obs: Ändra inte den virtuella BBL-ID.

2. försök till RRV-bestämning

  1. I en 10 mL rund botten kolv, kombinera två tioglykosid givare (0,02 mmol av varje: Dr4 är referens donator med känd RRV; Dx1 är givar MOLEKYLEN för okänd RRV), absolut metanol (0,10 mmol) och drierite i DIKLORMETAN (DCM, 1,0 ml), sedan rör vid rumstemperatur (RT) för 1 h.
  2. Ta en alikvot av denna blandning (30 μL) och injicera blandningen i vätskekromatografi med hög prestanda (HPLC) i tre separata injektioner (10 μL för varje injektion). Mät koefficienten (a) mellan absorptionen (a) och koncentrationen av givar molekylen [D] under de grundläggande separations förhållandena (eteracetat/n-hexan = 20/80).
  3. Tillsätt en lösning på 0,5 M N-iodosuccinimide (NIS) i acetonitril (40 μL, 0,02 mmol) i reaktionsblandningen, följt av en tillsats av en 0,1 M trifluorometanesulfonic Acid (TfOH) lösning (20 μL, 0,002 mmol), och rör om blandningen vid RT för 2 h.
  4. Späd reaktionsblandningen med DCM (4,0 mL), filtrera och tvätta med mättat vattenhaltigt natriumtiosulfat innehållande 10% natriumvätekarbonat (2x med en volym på 5 mL vardera). Extrahera vattenskiktet med DCM (3x med 5 mL). Kombinera alla organiska skikt, tvätta den med 5 mL saltlake, och torka den med cirka 200 mg vattenfri magnesiumsulfat.
  5. Skaka blandningen milt i 30 s, filtrera den genom en tratt med en räfflad filtrerpapper för att ta bort magnesiumsulfat, sedan samla in filtratet i en 25 mL rund-botten kolv. Ta bort lösningsmedlet med en roterande indunstare.
  6. Lös upp återstoden i DCM (1,0 mL). Ta en alikvot av denna blandning (30 μL) och injicera den i HPLC i tre separata injektioner (10 μL för varje injektion). Mät koncentrationerna av de återstående donatorerna ([dx] och [dRef]) med HPLC under samma separations förhållanden (eteracetat/n-hexan = 20/80) (enRef)t = 24417,0, (ax)t = 23546,3.
  7. Mät den relativa reaktiviteten mellan Dx1 vs. dR4, kx1/kR4 = 0,0932. Baserat på det relativa reaktivitet-värdet för dR4är det relativa reaktivitetsvärdet för dx1 3.
    Anmärkning: a = a/[D], (aRef)0 = 74530,1, (ax)0 = 26143,0. k x/kRef = (LN [dx]t -LN [dx]0)/(LN [dRef]t -LN [dRef]0) = (LN [A x]t -LN [ax]0)/(LN [aRef]t -LN [aRef]0) = 0,0932.

3. One-Pot glykosylering av SSEA-4

  1. Placera en 10 mL rundkolv under vakuum, flamtorka den och låt kolven svalna till RT medan den fortfarande är under vakuum. Ta bort gummi septum att lägga till en blandning av disackarid 1 givare (38 mg, 1,1 EQ., 0,057 mmol), den första acceptorn 2 (40 mg, 1,0 EQ., 0,053 mmol) och en Teflon-belagda magnetiska rör bar i kolven.
  2. Överför 100 mg pulveriserad molekylär siktare 4 Å till en 5 mL rundkolv. Förvara kolven under vakuum, flamtorka den och låt kolven svalna till RT medan den fortfarande är under vakuum. Överför de nytorkade 4 Å molekyl siktarna till den första kolven som innehåller utgångsmaterialet.
  3. Överför 1 mL nytorkad DCM till kolven. Rör reaktionsblandningen i 1 h vid RT och placera den under en temperatur på-40 ° c. Överför NIS (13 mg, 1,1 EQ., 0,057 mmol) till kolven.
  4. Injicera TfOH (34 μL, 0,3 EQ., 0,017 mmol, 0,5 M i eter) i kolven genom septum med hjälp av en mikrovolymspruta vid-40 ° c. Håll omrörning vid-40 ° c i 3 h.
  5. När den första acceptorn 2 nästan är förbrukad injicerar du lösningen av acceptor 3 i DCM i kolven genom septum.
  6. Värm reaktionsblandningen upp till-20 ° c och överför NIS (19 mg, 1,6 EQ., 0,083 mmol) till kolven. Injicera TfOH (34 μL, 0,3 EQ., 0,017 mmol, 0,5 M i eter) i kolven genom septum vid-20 ° c. Håll omrörning vid-20 ° c i 3 h.
  7. Efter produkten av den första steg reaktionen konsumeras, släcka reaktionen genom att injicera två motsvarigheter av trietyleamin. Ta bort de molekylära siktarna genom en filtertratt packad med Celite, samla upp filtratet i en 25 mL rundkolv och ytterligare tvätta filtret med 10 mL DCM.
  8. Överför filtratet till en separatorisk tratt och tvätta det med mättad natriumtiosulfat innehållande 10% NaHCO3 (2x med 10 ml vardera). Extrahera vattenskiktet med DCM (3x med 10 mL). Kombinera de organiska lagren och tvätta blandningen med saltlake (10 mL) och torka den genom att tillsätta vattenfri MgSO4. Filtrera den och samla upp filtratet i en 100 mL rund botten kolv.
  9. Ta bort lösningsmedlet med en roterande indunstare. Lös upp den råa blandningen med ca 1 mL DCM och fyll på den ovanpå kiselbädden. Eluera produkten med en blandning av etylacetat och toluen (EtOAc/toluen, 1/4 till 1/2) och samla in fraktioner.
  10. Ta bort lösningsmedlet med en roterande indunstare. Torka återstoden under reducerat tryck för att ge fullt skyddade SSEA-4 derivat 4 (74 mg, 50% baserat på acceptor 2) som vitt skum.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Auto-CHO sökresultat baserat på standardinställningarna parameterinställningar indikerar SSEA-4 kan syntetiseras av en [2 + 1 + 3] One-Pot reaktion. Figur 3 visar programvaran skärmdump av ssea-4 sökresultat. När en trisaccharide minska acceptor är markerad (figur 3, etikett 1), programmet visar fyra möjliga lösningar för frågan. Den första lösningen har ett fragment (figur 3, etikett 2), och dess beräknade avkastning är ca 94%. Fragmentet kan syntetiseras av två BBLs (figur 3, etikett 3). Rrven av den första disackarid bblen är 1462 och rrven av understödja monosackarid är 32,0. Etikett 4 i figur 3 visar den kemiska strukturen för den första föreslagna bbl som används i One-Pot reaktionen. One-Pot experiment visar att SSEA-4 kan syntetiseras i 43% avkastning av detta förslag framgångsrikt (figur 4) och det har också visats i tidigare arbete5. Detaljerna experimentella procedurer och karakterisering av nämnda föreningar, särskilt SSEA-4 finns i den citerade referens5.

Figure 1
Bild 1: Auto-Cho skärmdump. Användare kan redigera fråga glykananalys struktur, bläddra experimentella och virtuella byggblock information och visa en-Pot syntetiska lösningar som tillhandahålls av programvaran. Vänligen klicka här för att se en större version av denna siffra.

Figure 2
Bild 2: partiell skärmdumpar av Auto-Cho programvara. (A) Klicka på "redigera Glycan av glycanbuilder" knappen (Knp1) i "Query struktur"-fliken (tab1) och systemet dyker upp den glycanbuilder dialog. (B) Välj "resultat text" (tab7) och klicka på "Spara resultat text" (btn4) för att spara text sökresultaten. (C) Välj "virtuellt byggblocksbibliotek" (tab5) och kontrollera önskvärda virtuella byggstenar för att söka efter filtreringsalternativ. Vänligen klicka här för att se en större version av denna siffra.

Figure 3
Figur 3: en-Pot syntetisk skiss ges av Auto-Cho programmet. Etikett 1: reducera acceptorn. Etikett 2: fragment. Etikett 3: byggstenen i fragmentet. Etikett 4: den valda Bygg blockets kemiska struktur. Vänligen klicka här för att se en större version av denna siffra.

Figure 4
Figur 4: [2 + 1 + 3] en-Pot syntetisk strategi för SSEA-4. SSEA-4 kan syntetiseras av tre enheter som föreslagits av Auto-CHO: Sialyl disackarid Building block 1 (RRV = 1462), monosackarid Building block 2 (RRV = 32,0), och minska acceptor 3 (RRV = 0). Denna siffra ändrades från vår tidigare publikation5 med tillstånd (under en Creative Commons Attribution 4,0 International License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/). Vänligen klicka här för att se en större version av denna siffra.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Auto-CHO programvara utvecklades för att bistå kemister att fortsätta hierarkiska och programmerbara en-Pot syntes av oligosackarider5. Auto-CHO byggdes av programmeringsspråket Java. Det är en GUI-programvara och plattformsoberoende, som för närvarande stöder Windows, macOS och Ubuntu. Programvaran kan laddas ner gratis för Auto-CHO webbplats på < https://sites.Google.com/View/Auto-Cho/Home >, och dess källkod med MIT licens kan nås från GitHub på < https://github.com/CW-Wayne/Auto-CHO >.

Den BBL bibliotek av Auto-CHO innehåller 154 experimentella BBLs och mer än 50 000 virtuella BBLs med exakt förutspådde RRVs. för närvarande, sockertyper av virtuella BBLs inkluderar gal, GLC, man, GalNAc, GlcNAc, GlcN, och GlcA. Alla biblioteks sökningar bearbetas på den lokala datorn och vi samlar inte in någon frågestruktur från användare. Eftersom Auto-CHO kan inte garantera framgången för hög avkastning syntes bland virtuella BBLs ges av programmet (på grund av många strukturella begränsningar eller okända faktorer i de kemiska reaktionerna), Auto-CHO ger online feedback frågeformulär för virtuella BBLs. Man tror att användarnas feedback från forskarsamfundet kan hjälpa till att hålla värdefulla virtuella BBLs och eliminera olämpliga sådana. En e-postadress tillhandahålls för teknisk assistans i användarhandboken för programvaran. Användare kan kontakta den här adressen om de stöter på tekniska frågor eller problem.

Här finns två sökstrategier. För parameterinställningar (avsnitt 1,4) föreslås det att ställa in parametrar med strängare kriterier i början. Om Auto-CHO inte returnerar nöjda syntetiska lösningar, är det klokt att använda mer flexibla parametrar i nästa Sök körning. För val av BBL bibliotek (avsnitt 1,5), föreslås det att söka i experiment biblioteket först. Om programvaran inte returnerar någon lämplig lösning, rekommenderas att söka experimentella och virtuella bibliotek i följande iterationer.

Sammanfattnings, detta protokoll visar driften av Auto-CHO programvara och användning av Auto-CHO för en-Pot syntes av SSEA-4 molekylen. Dessutom beskrivs det programmerbara One-Pot-protokollet. Auto-CHO är GUI och öppen källkod med bibliotek inkluderar validerade och virtuella BBLs, och det stöder hierarkisk en-Pot syntes av oligosackarider. Man tror att denna programvara kan gynna forskarsamhället och mer väsentliga oligosackarider kan syntetiseras av en-Pot reaktioner genom Auto-CHO för vidare forskning.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Författarna har inget att avslöja.

Acknowledgments

Detta arbete stöddes av Academia Sinica inklusive Summit programmet, ministeriet för vetenskap och teknik [mest 104-0210-01-09-02, mest 105-0210-01-13-01, mest 106-0210-01-15-02], och NSF (1664283).

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Acetonitrile Sigma-Aldrich 75-05-8
Anhydrous magnesium sulfate Sigma-Aldrich 7487-88-9
Cerium ammonium molybdate TCI C1794
Dichloromethane Sigma-Aldrich 75-09-2
Drierite Sigma-Aldrich 7778-18-9
Ethyl acetate Sigma-Aldrich 141-78-6
Methanol Sigma-Aldrich 67-56-1
Molecular sieves 4 Å Sigma-Aldrich
n-Hexane Sigma-Aldrich 110-54-3
N-Iodosuccinimide Sigma-Aldrich 516-12-1
Sodium bicarbonate Sigma-Aldrich 144-55-8
Sodium thiosulfate Sigma-Aldrich 10102-17-7
Toluene Sigma-Aldrich 108-88-3
Trifluoromethanesulfonic acid Sigma-Aldrich 1493-13-6

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database. Biochimica Et Biophysica Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).
  2. Sears, P., Wong, C. -H. Toward Automated Synthesis of Oligosaccharides and Glycoproteins. Science. 291 (5512), 2344-2350 (2001).
  3. Kulkarni, S. S., et al. “One-Pot” Protection, Glycosylation, and Protection-Glycosylation Strategies of Carbohydrates. Chemical Reviews. 118 (17), 8025-8104 (2018).
  4. Zhang, Z., et al. Programmable One-Pot Oligosaccharide Synthesis. Journal of the American Chemical Society. 121 (4), 734-753 (1999).
  5. Cheng, C. -W., et al. Hierarchical and programmable one-pot synthesis of oligosaccharides. Nature Communications. 9 (1), 5202 (2018).
  6. ChemDraw. , PerkinElmer Informatics. (2019).
  7. Cheeseman, J. R., Frisch, Æ Predicting magnetic properties with chemdraw and gaussian. , (2000).
  8. Yap, C. W. PaDEL-descriptor: An open source software to calculate molecular descriptors and fingerprints. Journal of Computational Chemistry. 32 (7), 1466-1474 (2011).
  9. Ceroni, A., Dell, A., Haslam, S. M. The GlycanBuilder: a fast, intuitive and flexible software tool for building and displaying glycan structures. Source Code for Biology and Medicine. 2, 3 (2007).
  10. Damerell, D., et al. The GlycanBuilder and GlycoWorkbench glycoinformatics tools: updates and new developments. Biological Chemistry. 393 (11), 1357-1362 (2012).

Tags

Kemi utgåva 151
Hierarkisk och programmerbar en-kruka oligosackarid syntes
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Cheng, C. W., Zhou, Y., Pan, W. H.,… More

Cheng, C. W., Zhou, Y., Pan, W. H., Dey, S., Wu, C. Y., Hsu, W. L., Wong, C. H. Hierarchical and Programmable One-Pot Oligosaccharide Synthesis. J. Vis. Exp. (151), e59987, doi:10.3791/59987 (2019).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter