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Chemistry

नैनोमैटेरियल्स द्वारा अधिग्रहीत प्रोटीन और मेटाबोलाइट कोरोना के लक्षण वर्णन के लिए केपिलरी इलेक्ट्रोफोरेसिस मास स्पेक्ट्रोमेट्री दृष्टिकोण

Published: October 27, 2020 doi: 10.3791/61760
Automatic Translation
*1, *2, *3, 4, 1, 2, 3
1School of Geography Earth and Environmental Sciences, University of Birmingham, 2Biomedical Microscale Analytics, Leiden University, 3Institute of Medical Biochemistry, Medical University of Innsbruck, 4AB Sciex UK Ltd
* These authors contributed equally

Summary

यहां हम एक केशिका इलेक्ट्रोफोरेसिस - मास स्पेक्ट्रोमेट्री दृष्टिकोण का उपयोग करके बायोफ्लुइड से नैनोमैटेरियल्स द्वारा प्राप्त पूर्ण बायोमॉलिकुलर कोरोना, प्रोटीन और मेटाबोलाइट्स की विशेषता के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं।

Abstract

कोरोना बनाने के लिए आसपास के जैविक मैट्रिस से नैनोमैटेरियल्स (एनएम) की सतह तक बायोमॉलिक्यूल्स का सोखना पिछले एक दशक से रुचि का रहा है । जैव-नैनो इंटरफेस में रुचि इस तथ्य से उत्पन्न होती है कि बायोमॉलिक्यूलर कोरोना एनएम को जैविक पहचान प्रदान करता है और इस प्रकार शरीर को "स्वयं" के रूप में पहचानने का कारण बनता है। उदाहरण के लिए, पिछले अध्ययनों से पता चला है कि कोरोना में प्रोटीन सेलुलर तेज को प्रभावित करने के लिए झिल्ली रिसेप्टर्स के साथ बातचीत करने में सक्षम हैं और यह स्थापित किया है कि कोरोना एनएम के सेलुलर तस्करी और उनकी अंतिम विषाक्तता के लिए जिम्मेदार है। आज तक, अधिकांश शोध ने प्रोटीन कोरोना पर ध्यान केंद्रित किया है और कोरोना में शामिल मेटाबोलाइट्स के संभावित प्रभावों या पूर्ण बायोमॉलिकुलर कोरोना में घटकों के बीच सहक्रियात्मक प्रभावों की अनदेखी की है। इस प्रकार, यह काम समानांतर में बॉटम-अप प्रोटेओमिक्स और मेटाबोलोमिक्स दृष्टिकोणों का उपयोग करके बायोमॉलिक्यूलर कोरोना के प्रोटीन और मेटाबोलाइट घटकों दोनों की विशेषता के तरीकों को दर्शाता है। इसमें प्रोटीन रिकवरी बढ़ाने के लिए इस्तेमाल किए जाने वाले सर्फेक्टेंट के साथ प्रोटीन कोरोना का एक ऑन-पार्टिकल डाइजेस्ट और एनएम एक्सपोजर से पहले और बाद में मेटाबोलाइट मैट्रिस का विश्लेषण करके मेटाबोलाइट कोरोना का निष्क्रिय लक्षण वर्णन शामिल है । यह काम एनएम कोरोना लक्षण वर्णन के लिए एक नई तकनीक के रूप में केशिका इलेक्ट्रोफोरेसिस - मास स्पेक्ट्रोमेट्री (सीईएसआई-एमएस) का परिचय देता है। यहां उल्लिखित प्रोटोकॉल यह प्रदर्शित करते हैं कि एनएमएस द्वारा अधिग्रहीत प्रोटीन और मेटाबोलाइट कोरोना दोनों के विश्वसनीय लक्षण वर्णन के लिए सीईएसआई-एमएस का उपयोग कैसे किया जा सकता है। सीईएसआई-एमएस के लिए कदम आवश्यक नमूने की मात्रा को बहुत कम कर देता है (पारंपरिक तरल क्रोमेटोग्राफी की तुलना में - मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एलसी-एमएस) दृष्टिकोण) कई इंजेक्शन के साथ नमूना के 5 माइक्रोन से संभव है, जिससे यह वॉल्यूम सीमित नमूनों के लिए आदर्श हो जाता है। इसके अलावा, सीईएसआई-एमएस में कम प्रवाह दरों (<20 एनएल/न्यूनतम) के कारण एलसी-एमएस के संबंध में विश्लेषण के पर्यावरणीय परिणामों को कम किया जाता है, और जलीय इलेक्ट्रोलाइट्स का उपयोग जो कार्बनिक सॉल्वैंट्स की आवश्यकता को समाप्त करता है।

Introduction

नैनो-नैनो इंटरैक्शन, नैनोमैटेरियल (एनएम) सतहों और जैविक मैट्रिस के बीच इंटरफेस पर, जिसमें से एनएम को जैव अणुओं एसोर्ब, नैनोसेफ्टी और नैनोमेडिसिन1को रेखांकित करने वाले अनुसंधान का एक गहन क्षेत्र है। सोखे हुए बायोमॉलिक्यूल्स की यह परत एनएमएस को जैविक पहचान प्रदान करती है, इस प्रकार कोशिकाएं उन्हें "स्व" के रूप में पहचानती हैं, बाद में सेलुलर तेज, वितरण और जैविक अंत बिंदुओं को प्रभावित करती हैं2,3,4। जैव-नैनो अध्ययनों के विशाल बहुमत ने कोरोना के भीतर प्रोटीन पर ध्यान केंद्रित किया है, और यह प्रदर्शित किया है कि प्रोटीन विभिन्न रचनाओं के एनएम के बीच मात्रात्मक और गुणात्मक रूप से भिन्न होते हैं5। यह भिन्नता एनएम के दोनों गुणों जैसे संरचना और नमक सामग्री सहित जैविक मैट्रिक्स के गुणों के अलावा आकार, कार्यात्मकता और सामग्री पर निर्भर करती है5। जैव-नैनो इंटरफेस में रुचि का एक बढ़ता हुआ क्षेत्र मेटाबोलाइट्स हैं जो एनएमएस6के लिए सोखते हैं। कई अध्ययनों से पता चला है कि, प्रोटीन के साथ, एनएम गुण कोरोना में मेटाबोलाइट्स की संरचना का निर्धारण करने में एक महत्वपूर्ण कारक हैं औरवे एनएम एक्सपोजर6,7,8के जैविक परिणामों को प्रभावित कर सकते हैं।

बायोमॉलिक्यूलर कोरोना के अध्ययन में इसके लक्षण वर्णन, कोरोना गठन, कोरोना के भीतर जैव अणुओं के अलगाव, गुणात्मक या मात्रात्मक द्रव्यमान स्पेक्ट्रोमेट्री और पहचान9के माध्यम से उनका पता लगाने के लिए चार अलग-अलग चरण हैं। आज तक, एसडीएस-पेज रनिंग बफर, विलायक और नमक निष्कर्षण या एनएम की सतह पर सीटू में प्रोटीन के प्रत्यक्ष पाचन में उबलते सहित प्रोटीन कोरोना को अलग करने के लिए कई तकनीकों को अपनाया गया है । कोरोना में मेटाबोलाइट्स के संदर्भ में, सॉल्वैंट्स या यहां तक कि समाधान8,10, 11के रूप में प्रस्तावित एनएम के विघटन का उपयोग करके विभिन्न तरीकों के साथ अलगाव अधिक जटिलहै। हालांकि, प्रोटीन कोरोना के विपरीत एक "एक आकार सभी फिट बैठता है" दृष्टिकोण एनएमएस से मेटाबोलाइट्स के अलगाव पर लागू होने की संभावना नहीं है, मेटाबोलोम द्वारा कब्जा कर लिया व्यापक रासायनिक अंतरिक्ष और संभव एनएम की विविधता के कारण । एक वैकल्पिक दृष्टिकोण से पहले और एनएम जोखिम के बाद जैविक मैट्रिक्स की विशेषता है मेटाबोलाइट्स सांद्रता में अंतर के साथ एनएम एनएमएस के लिए सोखने के लिए जिंमेदार ठहराया ।12

यह वैकल्पिक दृष्टिकोण सभी बायोफ्लुइड और एनएम पर लागू होगा और हालांकि इसके लिए दो बार अधिक विश्लेषण की आवश्यकता होती है, नतीजतन यह मेटाबोलाइट कोरोना का अधिक सटीक उपाय प्रदान करता है और एनएम सतह से कम मेटाबोलाइट वसूली का कोई जोखिम नहीं है विशिष्ट मेटाबोलाइट के कम बाध्यकारी के लिए गलत किया जा रहा है।

बायोमॉलिक्यूलर कोरोना विश्लेषण के लिए दूसरा कदम बायोमॉलिक्यूल्स का पता लगाना है। परंपरागत रूप से कोरोना में प्रोटीन के लिए, यह नैनो-एलसी-एमएस, प्रोटेओमिक्स के वर्कहॉर्स का परिहार रहा है; एनएमआर13, 1डीऔर 2डी एसडीएस-पेज जैसे अन्य दृष्टिकोण भी लागू किए गए हैं। मेटाबोलाइट कोरोना एलसी-एमएस7,जीसी-एमएस8 और डायरेक्ट इनफ्यूजन मास स्पेक्ट्रोमेट्री के संदर्भ में14का उपयोग किया गया है। हालांकि, हाल ही में एक नया दृष्टिकोण कर्षण हासिल करना शुरू कर दिया है, नामत केशिका इलेक्ट्रोफोरेसिस-मास स्पेक्ट्रोमेट्री (सीई-एमएस)11,15 और एनएम16 के विभिन्न भौतिक और रासायनिक गुणों को चित्रित करने के लिए एक स्टैंडअलोन तकनीक के रूप में एनएम प्रयोगशालाओं में मौजूद रहा है। सीई-एमएस नैनोएलसी-एमएस और जीसी-एमएस के लिए एक आर्थोगोनल सेपरेशन तकनीक है और यह अत्यधिक ध्रुवीय और आवेशित मेटाबोलाइट्स17, 18का पता लगाने में सक्षम है। इसके अलावा, सीई-एमएस प्रोटीन के विश्लेषण और उनके पोस्टट्रांसलेशनल संशोधनों जैसे फॉस्फोरिलेशन और ग्लाइकोसिलेशन19,20, 21, 22के लिए अच्छीतरहसे अनुकूल है। अंतिम चरण, पहचान और डेटा विश्लेषण कई मायनों में किया जा सकता है यदि मात्रात्मक/गुणात्मक या लक्षित/अलक्षित दृष्टिकोण का उपयोग किया जा रहा है, तो यह इस प्रोटोकॉल के परिहार से बाहर आता है ।

सीईआई-एमएस, सीई और नैनो ईएसआई इंटरफेस का संयोजन, सीई प्रौद्योगिकी में हाल ही में एक अग्रिम है जो म्यानरहित इंटरफेस का उपयोग करता है। यह अल्ट्रा-लो फ्लो सीई (<20 एनएल/मिनट) के सीधे कनेक्शन को बिना किसी कमजोर पड़ने के एक उच्च रिज़ॉल्यूशन मास स्पेक्ट्रोमीटर में सक्षम बनाता है, जिसके परिणामस्वरूप पहचान संवेदनशीलता23,24, 25में काफी सुधारहोताहै। सीईएसआई-एमएस एक अत्यधिक संवेदनशील विश्लेषण26को बनाए रखते हुए वॉल्यूम सीमित नमूनों (< 10 माइक्रोन) का विश्लेषण करने में सक्षम बनाता है। सीईएसआई-एमएस भी पारंपरिक कम प्रवाह दर नैनोएलसी-एमएस दृष्टिकोणों की तुलना करता है जो प्रजननक्षमता 27,28,थ्रूपुट के संदर्भ में प्रोटेओमिक्स और मेटाबोलोमिक्स में उपयोग किए जाते हैं, और इसे पूर्ण जैव अणु कोरोना लक्षण वर्णन के लिए एक रोमांचक संभावना बनाते हैं।

जैव नैनो इंटरैक्शन के विश्लेषण के लिए सीईएसआई-एमएस की क्षमता को उजागर करने के लिए यह काम एनएम बायोमॉलिक्यूलर कोरोना को एक ही मानव प्लाज्मा नमूने से अलग करने के लिए आवश्यक नमूना तैयारी का वर्णन करता है ताकि पूर्ण बायोमॉलिकुलर एनएम कोरोना के प्रोटीन और मेटाबोलाइट दोनों पहलुओं से डेटा को अधिकतम किया जा सके । जब हम मानव प्लाज्मा के उपयोग पर रिपोर्ट करते हैं, तो यह प्रोटोकॉल अन्य बायोफ्लूइड जैसे रक्त सीरम, पूर्ण कोशिका संस्कृति माध्यम, सेल lysate, सेरेब्रोस्पाइनल तरल पदार्थ या मूत्र के लिए समान रूप से उपयुक्त होगा। इन दो घटकों (प्रोटीन और मेटाबोलाइट्स) के विश्लेषण ों को प्रोटीन कोरोना के लिए तटस्थ लेपित सीईएसआई केशिकाओं का उपयोग करके वर्णित किया जाएगा और दोनों एंटिक और एनियोनिक मेटाबोलाइट्स के लिए नंगे फ्यूज्ड सिलिका केशिकाएं।

Protocol

यूनिवर्सिटी ऑफ लीडेन और इंसब्रुक मेडिकल यूनिवर्सिटी के आईआरबी प्रोटोकॉल गाइडलाइंस के मुताबिक ह्यूमन बायोफ्लुइड के इस्तेमाल को मंजूरी दी गई थी । जब मानव या पशु biofluids की जांच की जा रही है, अनुसंधान संस्थान से नैतिक अनुमोदन की आवश्यकता है, और इस प्रोटोकॉल में दिखाए गए परिणामों के मामले में प्राप्त किया गया है । इसके अलावा भविष्य में 9,29,30के कार्य में आंकड़ों की पारदर्शिता और पुन: प्रयोज्यता सुनिश्चित करने के लिए पर्याप्त रिपोर्टिंग भी की जानी चाहिए .

1. पृष्ठभूमि इलेक्ट्रोलाइट्स (BGE) की तैयारी

नोट: सभी सॉल्वैंट्स को एक उपयुक्त धुएं हुड में तैयार किया जाना चाहिए और सभी चरणों (लैबकोट, दस्ताने और चश्मे) के लिए पर्याप्त व्यक्तिगत सुरक्षा उपकरण का उपयोग किया जाना चाहिए। प्रत्येक चरण में, कम बाध्यकारी प्लास्टिक की शीशियों को कांच के बर्तनों से नमकीन के साथ विश्लेषण हानि और नमूने के संदूषण को कम करने की आवश्यकता होती है।

  1. मेटाबोलोमिक्स के लिए दैनिक आधार पर 10% एसिटिक एसिड BGE (v/v), पीएच 2.2 तैयार करें।
    1. 10 एमएल वॉल्यूमेट्रिक फ्लास्क में एसिटिक एसिड का 1 एमएल जोड़ें, इसके बाद चिह्नित लाइन और पूरी तरह से मिश्रण में डियोनाइज्ड (डीआई) पानी को जोड़ा गया।
  2. प्रोटेओमिक्स के लिए दैनिक आधार पर 100 mM एसिटिक एसिड, पीएच 2.9 तैयार करें।
    1. 10 एमएल वॉल्यूमेट्रिक फ्लास्क में एसिटिक एसिड का 57 माइक्रोन जोड़ें, इसके बाद चिह्नित लाइन में डीआई पानी का जोड़ और पूरी तरह से मिश्रण।

2. एनएम तैयारी

  1. प्रकाशित दिशा - निर्देशों का उपयोग करते हुए एनएम को पानी में तेजी से तितर - बितर करें31,32,33.
    नोट: इस प्रोटोकॉल के विकास में, 7 एनएम का उपयोग इस प्रकार किया गया था: प्रोटीन और मेटाबोलाइट कोरोना के लिए क्रमशः 100 और 1,000 एनएम कार्बोक्सिलेटेड पॉलीस्टीरिन का उपयोग किया गया था। 100 एनएम असंशोधित पॉलीस्टीरिन एनएम, 13 एनएम अनात्से टीओ2 एनएम जो या तो पॉलीएक्रेलेट या पीवीपी पॉलिमर और 22 एनएम असंशोधित एसआईओ2 एनएम दोनों प्रोटीन और मेटाबोलाइट कोरोना के लिए उपयोग किए गए थे। जबकि विधि विकसित की गई थी और इन एनएम का उपयोग करके प्रदर्शित किया गया था, यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि यह दृष्टिकोण एनएम रचनाओं, आकारों, आकारों और मॉर्फोलोजी की एक विस्तृत श्रृंखला के लिए लागू होगा।
  2. 34,35, एकल कण का उपयोग करके कणों के आकार की विशेषता प्लाज्मा द्रव्यमान स्पेक्ट्रोमेट्री 36 , नैनोपार्टिकल ट्रैकिंग विश्लेषण37या ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी और सतह चार्ज का उपयोग करके जीटा सिज़र34का उपयोग करके जीटा क्षमता के रूप में किया जाता है ।

3. बायोमॉलिक्यूलर कोरोना गठन

  1. मानव प्लाज्मा के 2 एमएल (या पसंद के बायोफ्लुइड) को 1 एमएल एलिकोट्स में विभाजित करें, एक मेटाबोलाइट और प्रोटीन कोरोना के लिए और दूसरा प्लाज्मा मेटाबोलोम लक्षण वर्णन के लिए।
  2. मानव प्लाज्मा में एनएम का 1 मिलीग्राम/एमएल 37 डिग्री सेल्सियस पर 1 घंटे के लिए जबकि धीरे से एक थर्मोमिक्सर में 500 आरपीएम पर मिलाने। इनक्यूबेशन के बाद 4 डिग्री सेल्सियस पर 15 मिनट के लिए 4,000 x ग्राम पर नमूना एनएमएस गोली करने के लिए।
  3. मेटाबोलाइट कोरोना विश्लेषण के लिए प्लाज्मा सुपरनेट लीजिए। प्रोटीन कोरोना लक्षण वर्णन के लिए एनएम-प्रोटीन कोरोना परिसर बनाए रखें।

4. प्रोटीन कोरोना अलगाव

  1. 10x पीबीएस बफर के 1 एमसीएल में एनएम-प्रोटीन कॉम्प्लेक्स (गोली) को फिर से रीसुस्ल करें और अनबाउंड प्रोटीन को हटाने के लिए 2 मिनट के लिए भंवर जोरदार ढंग से। 4 डिग्री सेल्सियस पर 15 मिनट के लिए 4,000 x g पर पीबीएस समाधान को 4 डिग्री सेल्सियस पर ले जाएं, और गोली को परेशान किए बिना सावधानी से सुपरनैंट को हटा दें।
  2. अउम्र प्रोटीन और अवांछित लवण को हटाने के लिए अमोनियम बाइकार्बोनेट बफर (एबीसी) (100 mm, पीएच 8.0) और भंवर के 1 एमएल में गोली को 2 मिनट के लिए सख्ती से रीसुस्ल करें। 4 डिग्री सेल्सियस पर 15 मिनट के लिए 4,000 x ग्राम पर सेंट्रलाइज एनएम को गोली मारने के लिए; हटा दें और सुपरनेट को त्यागें। इस कदम को दोहराएं।
  3. एबीसी बफर (100 mm पीएच 8) के 20 माइक्रोन में एनएम-प्रोटीन गोली को भंग करके प्रोटीन डिसल्फाइड बांड को कम करें जिसमें 10 mm डायथिओरिटॉल होता है। 56 डिग्री सेल्सियस पर 30 मिनट के लिए कमी समाधान इनक्यूबेट।
  4. प्रोटीन को पचाने के लिए, एबीसी के 20 माइक्रोन में अनुक्रमण ग्रेड ट्राइप्सिन के 2 माइक्रोन जोड़ें जिसमें 0.1% सर्फेक्टेंट होता है। 37 डिग्री सेल्सियस पर 16 घंटे के लिए डाइजेस्ट समाधान को इनक्यूबेट करें।
  5. 100 एमएम एबीसी में 55 एमएम पर आयोडोसेटामाइड के 20 माइक्रोन के अलावा और 20 मिनट के लिए कमरे के तापमान पर इनक्यूबेट द्वारा नमूना Alkylate ।
  6. सर्फेक्टेंट को क्लीव करने के लिए 0.1 एम एचसीएल के 20 माइक्रोन जोड़ें और कमरे के तापमान पर 10 मिनट के लिए छोड़ दें।
  7. सी18 पैक डेसल्टिंग पिपेट टिप का उपयोग करके समृद्ध और डेसाल्ट पेप्टाइड्स।
    1. 80 माइक्रोन 0.1% फॉर्मिक एसिड 50% एसीटोनीट्रिल 5 बार के साथ टिप गीला, 80 माइक्रोन 0.1% फॉर्मिक एसिड 5 बार के साथ साफ करें, 10 बार नमूना आकर्षित और एल्यूट करें, 80 माइक्रोन 0.1% फॉर्मिक एसिड 5 बार फ्लश करके डेसाल्ट नमूना और नमूना 2 बार 80 माइक्रोन 0.1% फॉर्मिक एसिड 70% एसीटोनिट्रिल के साथ एक साफ कम बाध्यकारी पीसीआर ट्यूब में।
  8. विश्लेषण तक नमूनों को Lyophilize करें और -20 डिग्री सेल्सियस पर स्टोर करें।

5. मेटाबोलाइट कोरोना अलगाव

  1. चरण 3.3 से एनएम प्लाज्मा इनक्यूबेशन से नियंत्रण प्लाज्मा और सुपरनिटेंट लें और नमूना तैयार करने के दौरान बर्फ पर रखें।
  2. प्रत्येक से अलग शीशियों में 50 माइक्रोन लें और डीआई पानी के साथ 10 में 1 पतला करें। प्रत्येक पतला नमूना के 50 μL ले लो और कदम 5.3 के लिए नई शीशियों के लिए कदम।
  3. 200 माइक्रोन क्लोरोफॉर्म, 250 माइक्रोन मेथनॉल और 350 माइक्रोन डीआई पानी और 2 मिनट के लिए सख्ती से भंवर मिश्रण जोड़ें। 4 डिग्री सेल्सियस पर 20,800 x ग्राम पर 10 मिनट के लिए सेंट्रलाइज।
  4. 4 डिग्री सेल्सियस पर 10,000 एक्स ग्राम पर 2 घंटे के लिए 3 केडीए सेंट्रलीफ्यूगल फिल्टर के माध्यम से सुपरनेट और फिल्टर के 500 माइक्रोन लें। अल्ट्राफिल्ट्रेट का 430 माइक्रोन लें और स्पीड वेक में सूखा लें। नमूनों को अब विश्लेषण से पहले फ्रीज किया जा सकता है ।

6. सीईएसआई-एमएस सिस्टम की तैयारी38

नोट: केशिकाओं की स्थापना से पहले, जांच लें कि केशिकाओं के इनलेट और आउटलेट अंत बरकरार हैं और केशिका में कोई दिखाई देने वाले ब्रेकेज नहीं हैं।

  1. प्रोटीन कोरोना विश्लेषण39के लिए एक तटस्थ लेपित केशिका की स्थापना ।
    1. निर्माता दिशानिर्देशों का पालन करते हुए सीईएसआई उपकरण में एक नया तटस्थ लेपित केशिका (30 माइक्रोन आंतरिक व्यास के साथ 90 सेमी लंबाई) रखें।
  2. प्रोटेओमिक विश्लेषण के लिए सीईएसआई केशिकाओं की तैयारी।
    1. 100 साई में 5 मिनट के लिए एचसीएल के 100 m M का उपयोग करके आगे की दिशा में जुदाई केशिका फ्लश करें और केशिका के आउटलेट पर बूंद गठन की जांच करें। 10 मिनट के लिए 100 साई में BGE के साथ फ्लश जुदाई केशिका और फिर 30 मिनट के लिए 100 साई पर डीआई पानी (यह केवल नई केशिकाओं के लिए आवश्यक है)।
    2. 5 मिनट के लिए 90 साई में बीई के साथ जुदाई केशिका और प्रवाहकीय केशिका दोनों फ्लश करें और दोनों केशिकाओं के आउटलेट अंत में बूंदों के रूप में सुनिश्चित करें।
    3. 10 मिनट के लिए 90 साई में डीआई पानी के साथ जुदाई केशिका फ्लश, फिर 0.1 एम एचसीएल के साथ 10 मिनट के लिए 50 साई, फिर से डीआई पानी के साथ 10 मिनट के लिए 90 साई और अंत में 10 मिनट के लिए 90 साई में बीईई के बाद। एक नैनोस्प्रे स्रोत और एडाप्टर का उपयोग कर एमएस के लिए युगल CESI के रूप में पहले३८वर्णित है ।
  3. मेटाबोलाइट कोरोना लक्षण वर्णन38के लिए नंगे फ्यूज्ड सिलिका केशिका की स्थापना ।
    1. निर्माता दिशानिर्देशों के बाद सीईएसआई उपकरण में एक नया नंगे फ्यूज्ड सिलिका केशिका (30 माइक्रोन आंतरिक व्यास के साथ 90 सेमी लंबाई) रखें।
  4. मेटाबोलोमिक्स विश्लेषण के लिए सीईएसआई केशिकाओं की तैयारी।
    1. 15 मिनट के लिए 50 साई में 100% MeOH का उपयोग करके आगे की दिशा में जुदाई केशिका फ्लश करें और केशिका के आउटलेट पर बूंद गठन की जांच करें। 5 मिनट के लिए 90 साई में बीई के साथ जुदाई केशिका और प्रवाहकीय केशिका दोनों फ्लश करें और दोनों केशिकाओं के आउटलेट पर बूंदों के रूप में सुनिश्चित करें।
    2. 10 मिनट के लिए 90 साई में डीआई पानी के साथ जुदाई केशिका फ्लश, फिर 0.1 एम NaOH के साथ 10 मिनट के लिए 50 साई, डीआई पानी के साथ 10 मिनट के लिए 90 साई द्वारा फिर से पीछा किया और अंत में 10 मिनट के लिए 90 साई में BGE। एक नैनोस्प्रे स्रोत और एडाप्टर का उपयोग करके ईएसआई-एमएस के लिए युगल सीईएसआई जैसा कि पहले वर्णित है। 38

7. प्रोटीन कोरोना विश्लेषण के लिए सीई-एमएस

  1. 50 m अमोनियम एसीटेट पीएच 4.0 के 20 माइक्रोन में चरण 4.8 से नमूने रिसाउड करें।
  2. सैंपल के 5 पीएसआई 10 एस हाइड्रोडायनामिक इंजेक्शन करें। निम्नलिखित दबाव ढाल के साथ 30 केवी पृथक्करण वोल्टेज का उपयोग करके अलग करें: 1 साई में 0-10 मिनट, 1.5 साई में 10-35 मिनट और 100 mM का उपयोग करके 5 साई में 35-45 मिनट, पीएच 2.9 एसिटिक एसिड BGE के रूप में।
  3. शीर्ष-10 डेटा निर्भर विखंडन अधिग्रहण के साथ 250-2000 मीटर/z के बीच बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रा एकत्र करें ।
  4. नमूनों के बीच, 100 साई में 3 मिनट के लिए 0.1 एम एचसीएल के साथ केशिका कुल्ला और जुदाई केशिका के लिए बीजेई के 10 मिनट 100 साई और प्रवाहकीय तरल केशिका के लिए 100 साई में 3 मिनट के लिए।

8. मेटाबोलाइट कोरोना विश्लेषण के लिए CESI-MS

नोट: सभी नमूनों का विश्लेषण दो बार किया जाना चाहिए, एक बार cations का पता लगाने के लिए सकारात्मक मोड में और एक बार नकारात्मक मोड में anions का पता लगाने के लिए । कंट्रोल प्लाज्मा नमूनों का कम से कम 5 बार विश्लेषण करने की जरूरत है।

  1. डीआई पानी के 430 माइक्रोन में चरण 5.4 से एनएम को उजागर और उजागर प्लाज्मा नमूनों और 2 मिनट के लिए सख्ती से भंवर। 0.1 माइक्रोन झिल्ली फ़िल्टर के माध्यम से फ़िल्टर करें।
  2. फिलट्रेट के 95 माइक्रोन लें और 200 माइक्रोन पर आंतरिक मानकों के 5 माइक्रोन जोड़ें 200 μM के लिए cations (L-मेथियोनाइन सल्फोन) और 400 माइक्रोन के लिए एनियंस (2,2,4,4-डी-साइट्रिक एसिड) और भंवर जोरदार ढंग से जोड़ें। सीईएसआई-एमएस विश्लेषण से पहले 10 मिनट के लिए 4 डिग्री सेल्सियस पर 4,000 x ग्राम पर सेंट्रलाइज।
  3. 2 साई में 30 एस (cations) और 40 एस (एनियंस) के लिए नमूना हाइड्रोडायनामिक रूप से इंजेक्ट करें।
  4. फॉरवर्ड (cations) और रिवर्स (एनियंस) मोड में 30 केवी के सेपरेशन वोल्टेज के साथ 10% एसिटिक एसिड में अलग मेटाबोलाइट्स। रिवर्स सेपरेशन मोड को सेपरेशन केशिका पर 0.5 साई फॉरवर्ड प्रेशर के साथ असिस्ट किया जाता है।
  5. मास रेंज 65-1000 मीटर/जेड पर सकारात्मक (cations) या नकारात्मक (anions) मोड में डेटा एकत्र करने के लिए बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमीटर सेट करें । नमूनों के बीच, 0.1 एम एचसीएल, 0.1 एम नाओह, डीआई पानी और बीजीई के साथ 2 मिनट के लिए 50 साई पर केशिका कुल्ला।

Representative Results

वर्णित विधि एक ही मानव प्लाज्मा नमूने का उपयोग कर एनएम बायोमॉलिक्यूलर कोरोना में प्रोटीन और मेटाबोलाइट्स दोनों की विशेषता सबसे पहले है। यह विधि >200 प्रोटीन और >150 मेटाबोलाइट्स का पता लगाने में सक्षम है, इस प्रकार पूर्ण बायोमॉलिक्यूलर कोरोना का सबसे व्यापक अवलोकन निर्धारित करने में सक्षम बनाता है, जिससे एनएम सेलुलर अटैचमेंट, तेज और प्रभावों की बढ़ी हुई समझ सक्षम होती है।

प्रोटेओमिक्स(चित्रा 1)और मेटाबोलोमिक्स(चित्रा 2)जुदाई और पता लगाने दोनों के लिए सीईएसआई-एमएस का उपयोग प्रत्येक दृष्टिकोण के लिए दोनों केशिकाओं पर अच्छी पृथक्करण खिड़कियां दिखाता है।

यह विधि एनएम रचनाओं की एक विस्तृत श्रृंखला में कोरोना में प्रोटीन के बीच भेद करने में सक्षम है, इस प्रकार भौतिक और रासायनिक विशेषताओं(तालिका 1)की एक विस्तृत श्रृंखला में एनएम के लिए विधियों की प्रयोज्यता का प्रदर्शन करती है।

मेटाबोलाइट कोरोना के अद्वितीय उंगलियों के निशान को भी इस पद्धति(चित्रा 3)की मेटाबोलॉमिक शाखा का उपयोग करके प्रतिष्ठित किया जा सकता है। यद्यपि यह दृष्टिकोण एनएम मेटाबोलाइट कोरोना की विशेषता के लिए एक निष्क्रिय दृष्टिकोण का उपयोग करता है, यह अभी भी बायोमॉलिक्यूलर कोरोना में मेटाबोलाइट्स की भूमिका जैसे आइसोमर्स के अंतर सोखने(चित्र 4)में दिलचस्प अंतर्दृष्टि को उजागर करने में सक्षम है।

Figure 1
चित्रा 1: एक पर कण डाइजेस्ट के बाद CESI-MS का उपयोग कर एक SiO2 प्रोटीन कोरोना जुदाई के आदर्श इलेक्ट्रोफेरोग्राम । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 2
चित्रा 2: सीई-एमएस द्वारा प्लाज्मा में अंतर्जात यौगिकों से प्राप्त निकाले गए आयन इलेक्ट्रोफेरोग्राम का उदाहरण। गिने हुए यौगिक इस प्रकार हैं- 1. पक्षी; 2. Lysine; 3. आर्जिनिन; 4. हिस्टिडीन; 5. क्रिएटिन; 6. ग्लाइसिन; 7. एलेनिन; 8. वैलिन; 9. आइसोल्यूसिन; 10. ल्यूसिन; 11. सेरीन; 12. थ्रेनिन; 13. शतावरी; 14. मेथियोनिन; 15. ग्लूटामाइन; 16. ग्लूटामिक एसिड; 17. फिनाइल-डी 5-एलेनिन; 18. फेनिलानाइन; 19. टायरोसिन; 20. प्रोलीन; 21. मेथियोनीन सल्फोन (आंतरिक मानक)। एक ओपन एक्सेस क्रिएटिव कॉमन्स सीसी बाय लाइसेंस के तहत प्रकाशित और झांग एट अल17से पुन: पेश किया गया । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

तालिका 1: 6 एनएम की एक सरणी में प्रोटीन कोरोना का विश्लेषण। सिलिका (एसआईओ2),टाइटेनिया (टीओ2),पीवीपी कैप्ड टाइटेनिया (टीओ2-पीवीपी), डिस्पेक्स कैप्ड टाइटेनिया (टीओ2-डिपेक्स), पॉलीस्टीरिन और कार्बोक्सिलेटेड पॉलीस्टीरिन एनएम पर पहचाने गए प्रोटीन वर्गों का हीट मैप प्रत्येक प्रोटीन के लिए शीर्ष 3 पेप्टाइड्स बहुतायत पर आधारित कुल प्रोटीन सामग्री के सापेक्ष प्रोटीन की बहुतायत को संदर्भित करता है। विभिन्न एनएम कोरोना में प्रोटीन की सापेक्ष बहुतायत में देखे गए मतभेदों को देखते हुए, यह स्पष्ट है कि यह प्रस्तावित प्रोटोकॉल विभिन्न एनएम के प्रोटीन कोरोना के बीच अंतर करने के लिए पर्याप्त रूप से संवेदनशील है । एक ओपन एक्सेस क्रिएटिव कॉमन्स सीसी बाय लाइसेंस11के तहत प्रकाशित प्रोटीन कोरोना के सीईएसआई-एमएस विश्लेषण से पुन: पेश किया गया चित्रा । कृपया इस टेबल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।

Figure 3
चित्र 3: एनएम कोरोना में cationic मेटाबोलाइट्स का लक्षित विश्लेषण। एसआईओ2 और टीओ2 एनएम के लिए cations का सोख लेना। लाल मेटाबोलाइट्स की प्रारंभिक एकाग्रता को संदर्भित करता है जबकि नीला 37 डिग्री सेल्सियस पर एनएम के साथ 1 घंटे की इनक्यूबेशन के बाद मेटाबोलाइट्स की एकाग्रता को संदर्भित करता है। समाधान में मेटाबोलाइट एकाग्रता में कमी एनएम सतह पर मेटाबोलाइट सोखने का परिणाम है। पॉलीस्टीरिन एनएमएस के लिए मेटाबोलाइट्स का कोई महत्वपूर्ण सोखने नहीं देखा गया । बॉक्स प्लॉट न्यूनतम और अधिकतम मूल्यों, औसत और अंतरवर्गीय श्रेणियों का प्रतिनिधित्व करते हैं । लाइसेंस15द्वारा ओपन एक्सेस क्रिएटिव कॉमन्स सीसी के तहत प्रकाशित मेटाबोलाइट कोरोना के सीईएसआई-एमएस लक्षित विश्लेषण से पुन: पेश किया गया चित्रा । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 4
चित्रा 4: आइसोमर सोखने पर ध्यान केंद्रित करने के साथ एनएम कोरोना में एनियोनिक मेटाबोलाइट्स का लक्षित विश्लेषण। टाइटेनिया एनएमएस की एक श्रृंखला के लिए एनियन का अवशोषण चीनी फॉस्फेट जैसे विभिन्न आइसोमर्स के बीच स्पष्ट अंतर दिखाता है। लाल मेटाबोलाइट्स की प्रारंभिक एकाग्रता को संदर्भित करता है जबकि नीला 37 डिग्री सेल्सियस पर एनएम के साथ 1 घंटे की इनक्यूबेशन के बाद मेटाबोलाइट्स की एकाग्रता को संदर्भित करता है। समाधान में मेटाबोलाइट एकाग्रता में कमी एनएम सतह पर मेटाबोलाइट सोखने का परिणाम है। एसआईओ2 और पॉलीस्टीरिन एनएमएस के लिए मेटाबोलाइट्स का कोई महत्वपूर्ण सोखने नहीं देखा गया । बॉक्स प्लॉट न्यूनतम और अधिकतम मूल्यों, औसत और अंतरवर्गीय श्रेणियों का प्रतिनिधित्व करते हैं । लाइसेंस15द्वारा ओपन एक्सेस क्रिएटिव कॉमन सीसी बाय के तहत प्रकाशित मेटाबोलाइट कोरोना के सीईएसआई-एमएस लक्षित विश्लेषण से पुन: पेश किया गया चित्रा । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

एनालिटे मतलब आरएसडी पीक एरिया मतलब आरएसडी माइग्रेशन समय
1928 पेप्टाइड्स इंट्राडे (एन = 3) 15% 0.30%
27 cations इंट्रा-डे (n=16) 5.80% 2.20%
27 सेशन इंटर-डे (n=36) 8.60% 1.80%

तालिका 2: पेप्टाइड्स और cationic मेटाबोलाइट्स के लिए सीईएसआई-एमएस तकनीकी प्रतिकृति की पुन: उत्पन्न क्षमता। आरएसडी: सापेक्ष मानक विचलन, प्रजनन क्षमता के उपाय के रूप में। पीक क्षेत्रों और माइग्रेशन समय के संदर्भ में सीईएसआई-एमएस की प्रजनन क्षमता बहुत अच्छी है, जिसमें सभी विश्लेषणों में एक मतलब आरएसडी <15% और माइग्रेशन टाइम्स <2.2% है। ये परिणाम उच्च स्तर के आत्मविश्वास को प्रदर्शित करते हैं जिसे इस तकनीक का उपयोग करके एकत्र किए गए डेटा के लिए जिम्मेदार ठहराया जा सकता है और इस बात की पुष्टि करता है कि विश्लेषणात्मक भिन्नता के बजाय नमूना संरचना (एनएम पर संवर्धन) में वास्तविक अंतर के कारण पता लगाया गया है। तालिका 2 पहले प्रस्तुत परिणामों से उत्पन्न होती है11,15.

Discussion

सीईएसआई-एमएस का उपयोग करके, एक ही नमूने से प्रोटीन और मेटाबोलाइट्स को शामिल करते हुए पूर्ण बायोमॉलिक्यूलर कोरोना की विशेषता के लिए प्रस्तावित यह पहली विधि है। एक ही नमूने से प्रोटीन और मेटाबोलाइट्स दोनों की विशेषता की क्षमता एक ही प्रयोगात्मक एक्सपोजर से एकत्र किए गए डेटा की मात्रा में काफी वृद्धि करेगी जो कोरोना गठन की प्रक्रिया में नई अंतर्दृष्टि को सक्षम करेगी और नैनोमेडिसिन के रूप में एनएम विषाक्तता और प्रभावकारिता के लिए इसके प्रभावों को सक्षम करेगी। इसके अलावा, सीईएसआई-एमएस एक आदर्श मंच है जो जैव अणुओं के दोनों वर्गों को आवश्यक केशिका के परिवर्तन के साथ चित्रित करता है। आगे बढ़ते हुए, गैर-जलीय सीई के लिए विकसित नए तरीकों से सीई-एमएस40 का उपयोग करके लिपिडोमिक्स किया जा सकेगा इस प्रकार अब एक ही मंच का उपयोग करके प्रोटीन, मेटाबोलाइट्स और लिपिड का विश्लेषण करना संभव है। वर्तमान पारंपरिक दृष्टिकोण दो समर्पित एलसी-एमएस प्लेटफार्मों, प्रोटीन कोरोना के लिए एक और मेटाबोलाइट कोरोना के लिए एक की आवश्यकता होगी । इस प्रकार, यह दृष्टिकोण एकल विश्लेषणात्मक मंच का उपयोग करके दो गुना अधिक डेटा एकत्र कर सकता है।

विशेष रूप से मेटाबोलाइट कोरोना के साथ इस दृष्टिकोण के लिए कुछ चेतावनी हैं क्योंकि इस प्रोटोकॉल में कोरोना के अप्रत्यक्ष माप का प्रस्ताव है। इस प्रकार, समस्या तब उत्पन्न हो सकती है जब मेटाबोलाइट का स्तर एनएम के सापेक्ष उच्च सांद्रता पर मौजूद होता है और मैट्रिक्स में मेटाबोलाइट एकाग्रता में बाद में गिरावट छोटी होती है। हालांकि, प्रोटीन कोरोना के विपरीत, यह संभावना नहीं है कि मेटाबोलाइट कोरोना को अलग करने के लिए एक "एक आकार सभी फिट बैठता है" दृष्टिकोण प्रत्येक एनएम अद्वितीय सतह रसायनों होने के कारण विकसित किया जाएगा । आगे जा रहे हैं यह अधिक संभावना है कि मेटाबोलाइट कोरोना को अलग करने के लिए एनएम विशिष्ट दृष्टिकोण विकसित और मान्य किया जाएगा; यह केवल उस विशिष्ट एनएम पर लागू होगा। इसके बावजूद, सीईएसआई-एमएस अभी भी ध्रुवीय आवेशित मेटाबोलाइट्स के लक्षण वर्णन के लिए एक अत्यधिक उपयुक्त मंच होगा, भले ही वे अलग-थलग क्यों हों। यह भी उल्लेखनीय है कि यदि एनएम को गोली मारने के लिए डिज़ाइन किए गए अपकेंद्रित्र चरणों के दौरान एक गोली नहीं बनती है, तो उच्च अपकेंद्रित्र बल की आवश्यकता हो सकती है; यह सबसे कम घने एनएम के साथ होने की संभावना है । यह भी महत्वपूर्ण है कि केशिकाओं के संकीर्ण बोर के कारण प्रोटोकॉल के भीतर सभी फ़िल्टरिंग चरणों का पालन किया जाता है, यदि नमूने से किसी भी कण पदार्थ को पर्याप्त रूप से समाप्त नहीं किया गया है तो ये आसानी से अवरुद्ध हो सकते हैं।

जबकि प्रोटीन कोरोना कई वर्षों से अनुसंधान का एक गहन क्षेत्र रहा है, जो मेटाबोलाइट कोरोना के साथ गठबंधन करने की क्षमता बायो-नैनो इंटरफेस6,14की जांच करने वाले वैज्ञानिकों के लिए रुचि का एक नया क्षेत्र है। आज तक, इनमें से अधिकांश अध्ययनों ने मेटाबोलाइट कोरोना9,28के गैर-ध्रुवीय, लिपिड अंश पर ध्यान केंद्रित किया है। यह वर्तमान विधि कोरोना में अत्यधिक ध्रुवीय और आवेशित मेटाबोलाइट्स के लक्षण वर्णन को सक्षम बनाती है जिसमें ऊर्जा चयापचय, ग्लाइकोलिसिस और डीएनए संश्लेषण में शामिल महत्वपूर्ण मेटाबोलाइट्स शामिल हैं। नतीजतन, प्रोटेओमिक्स वर्कफ्लो के साथ संयुक्त होने पर, बायोमॉलिक्यूलर कोरोना का अधिक समग्र लक्षण वर्णन संभव है। यह जैव-नैनो इंटरैक्शन के अधिक गहन विश्लेषण को आगे बढ़ने में सक्षम बनाता है। यह विधि झिल्ली रिसेप्टर्स के साथ प्रोटीन और मेटाबोलाइट इंटरैक्शन के माध्यम से रिसेप्टर-मध्यस्थता एंडोसाइटोसिस में उन्नत मशीनी अंतर्दृष्टि को सक्षम बनाती है। इसके अलावा, प्रोटीन और छोटे अणुओं के बीच अंतर और अंतर कोरोना बातचीत का पता लगाया जा सकता है; उदाहरण के लिए, यह हाल ही में दिखाया गया है कि कोरोना में प्रोटीन मेटाबोलाइट्स15की भर्ती में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं । यह देखने लायक है कि चित्र 3 और चित्रा 4 में प्रतिनिधि परिणाम मेटाबोलाइट्स के पूर्ण मात्राकरण हैं, हालांकि, उजागर प्लाज्मा की तुलना में नियंत्रण में सभी सीई-एमएस सुविधाओं की तुलना करने के लिए बहुविध डेटा विश्लेषण का उपयोग करके एक अलक्षित दृष्टिकोण मेटाबोलाइट बाध्यकारी को भी स्पष्ट करेगा। इस प्रकार, यह जांच करने की एक महत्वपूर्ण गुंजाइश है कि कैसे, और कौन सा, मेटाबोलाइट्स और प्रोटीन एनएम कोरोना में अपनी संबंधित भर्ती को प्रभावित करते हैं । ये अतिरिक्त अध्ययन नैनोमेडिसिनों के वितरण को अनुकूलित करने या उनके विकास में आगे की बाधाओं को उजागर करने में मदद कर सकते हैं जैसे कि बायोमॉलिक्यूलर कोरोना अवरुद्ध या मास्किंग टार्गेटिंग कार्यक्षमताओं के कारण दवा कार्रवाई का दमन।

सीईएसआई-एमएस लगभग 20 एनएल/मिन की अपनी नैनो स्केल फ्लो दरों और ऑर्गेनिक सॉल्वैंट्स के न्यूनतम उपयोग के साथ सॉल्वेंट उपयोग के मामले में मानक एलसी-एमएस और नैनोएलसी-एमएस पर हरे और आर्थिक साख में सुधार प्रदान करता है, जो क्रमशः मेटाबोलॉमिक्स और प्रोटेओमिक्स अध्ययन के लिए मुख्य चुनौतियां हैं । सीईएसआई-एमएस माइग्रेशन समय और पीक क्षेत्र दोनों के लिए अत्यधिक प्रजनन योग्य परिणाम प्रदान करता है जो एलसी-एमएस आधारित विधियों11, 15के साथ अनुकूल तुलनाकरतेहैं। इसके अलावा, नैनोएलसी-एमएस की तुलना में, सीईएसआई-एमएस में कैरी-ओवर कोई मुद्दा नहीं है। इसलिए, नमूना विश्लेषण के बीच व्यापक प्रणाली को साफ करने की आवश्यकता नहीं है, जो नमूना थ्रूपुट11में बहुत सुधार करता है।

संक्षेप में, प्रस्तावित कार्यप्रवाह एनएमएस के पूर्ण बायोमॉलिक्यूलर कोरोना के प्रोटीन और मेटाबोलाइट घटकों दोनों की विशेषता के लिए एक दृष्टिकोण का विस्तार करने वाला पहला है। यह जैव-नैनो इंटरैक्शन, मेटाबोलाइट कोरोना के एक नए पहलू को अनलॉक करता है, इस प्रकार एक ही नमूने से दो बार अधिक डेटा के संग्रह को सक्षम करता है, जिससे बायो-नैनो इंटरफेस पर बातचीत की अधिक पूर्ण समझ सक्षम होती है।

Disclosures

J.A.T एबी Sciex UK लिमिटेड के एक कर्मचारी है जिसे ACEnano परियोजना पर एक उद्योग भागीदार के रूप में भाग ले रहे हैं, J.A.T और अन्य सभी लेखकों के इस काम में हितों का कोई टकराव नहीं है।

Acknowledgments

ए जे.C, जेएटी और I.L क्षितिज २०२० परियोजना ACEnano (अनुदान नहीं) के माध्यम से यूरोपीय आयोग से धन स्वीकार करते हैं । H2020-NMBP-2016-720952) । W.Z चीन छात्रवृत्ति परिषद (सीएससी, नंबर 201507060011) से पीएचडी फंडिंग को स्वीकार करता है । आरआर नीदरलैंड ऑर्गनाइजेशन ऑफ साइंटिफिक रिसर्च (एनडब्ल्यूओ विडी 723.0160330) की विडी ग्रांट स्कीम की वित्तीय सहायता को स्वीकार करता है।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
1,4-Dithiothreitol Sigma 10197777001
2,2,4,4-D4-citric Simga 485438-1G Internal standard anion
Ammonium Acetate >98% Sigma A1542
Ammonium Bicarbonate >99.5% Sigma 09830
Capillary cartridge coolant Sciex 359976
CESI 8000 instrument Sciex A98089
CESI Cap Sciex B24699
CESI Vials Sciex B11648
Chloroform Sigma 650498 Toxic, use in a fume hood
Glacial Acetic acid Sigma A6283
Hydrochloric acid 1mol/L Sigma 43617
Iosoacetamide Sigma I1149
L-methionine sulfone Sigma M0876-1G Internal standard cation
Methonal (LC-MS Ultra Chromasolve) Sigma 14262 Use in a fume hood
Microvials Sciex 144709
nanoVials Sciex 5043467
Neutral Surface Cartridge 30 µM ID x 90 cm total length Sciex B07368
OptiMS Adapter for Sciex Nanospray III source Sciex B07363 B07366 and B83386 for Thermo mass spectrometers, B85397 for Waters mass spectrometers, B86099 for Bruker mass spectrometers
OptiMS Fused-Silica Cartridge 30 µm ID x 90 cm total length Sciex B07367
Phospahte buffered saline 10x Sigma P7059
Pierce C18 Tips, 100 µL bed Thermo Fisher Scientific 87784
Polystyrene 100 nm Polysciences Inc 876
Polystyrene carboxylated 100 nm Polysciences Inc 16688
Polystyrene carboxylated 1000 nm Polysciences Inc 08226
Rapigest SF (surfactant) Waters 186001860
Sequencing Grade modified Trypsin Promega V5111
SiO2 Ludox TM-40 Sigma 420786
Sodium Hydroxide solution Simga 72079
TiO2 Dispex coated Promethion particles Bespoke particles
TiO2 PVP coated Promethion particles Bespoke particles
TiO2 uncoated Promethion particles Bespoke particles

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References

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