Summary
כאן אנו מתארים שיטה ציטומטרית חדשנית לזרימה לבידוד פרוספקטיבי של אריתרואיד יחידה יוצרת התפרצות מוקדמת (BFU-e) ואריתרואיד יחידה יוצרת מושבה (CFU-e) ישירות ממח עצם וטחול טריים של עכבר. פרוטוקול זה, שפותח על סמך נתוני תעתיק חד-תאיים, הוא הראשון לבודד את כל אבות האריתרואידים של הרקמה בטוהר גבוה.
Abstract
אבות אריתרואידים מוקדמים הוגדרו במקור על ידי פוטנציאל יצירת המושבה שלהם במבחנה וסווגו ל"יחידות" יוצרות התפרצויות ויוצרות מושבות הידועות בשם BFU-e ו- CFU-e. עד לאחרונה, שיטות לבידוד פרוספקטיבי ישיר ומלא של אבות טהורים של BFU-e ו- CFU-e ממח עצם של עכבר בוגר שבודד זה עתה לא היו זמינות. כדי להתמודד עם פער זה, נותח מערך נתונים חד-תאי של RNA-seq (scRNAseq) של מח עצם עכבר לביטוי גנים המקודדים עבור סמני פני השטח של התא. ניתוח זה שולב עם מבחני גורל התא, ואיפשר פיתוח של גישה ציטומטרית חדשנית לזרימה המזהה ומאפשרת בידוד של תת-קבוצות שלמות וטהורות של אבות BFU-e ו-CFU-e במח עצם או טחול של עכבר. גישה זו מזהה גם תת-קבוצות אבות אחרות, כולל תת-קבוצות מועשרות עבור תאים בזופיליים/פיטום ופוטנציאלים מגה-קריוציטיים. השיטה כוללת תיוג של תאי מח עצם או טחול טריים עם נוגדנים המכוונים לקיט ו-CD55. אבות אבות המבטאים את שני הסמנים הללו מחולקים לאחר מכן לחמש אוכלוסיות עיקריות. אוכלוסייה 1 (P1 או CFU-e, Kit+ CD55+ CD49f med/low CD105 med/high CD71 med/high) מכילה את כל אבות ה-CFU-e ועשויה להיות מחולקת ל-P1-low (CD71 med CD150גבוה) ו-P1-hi (CD71גבוה CD150נמוך), המתאים ל-CFU-e מוקדם ומאוחר, בהתאמה; אוכלוסייה 2 (P2 או BFU-e, Kit+ CD55+ CD49f med/low CD105med/high CD71נמוך CD150 גבוה) מכילה את כל אבות ה-BFU-e; אוכלוסייה P3 (P3, Kit+ CD55+ CD49f med/גבוה CD105 med/נמוך CD150נמוך CD41 נמוך) מועשרת עבור אבות אבזם של תאי בזופיל/פיטום; אוכלוסייה 4 (P4, Kit+ CD55+ CD49f med/high CD105med/low CD150גבוה CD41+) מועשרת עבור אבות מגה-קריוציטים; ואוכלוסיה 5 (P5, Kit+ CD55+ CD49f med/high CD105med/low CD150גבוה CD41-) מכילה אבות עם אריתרואיד, תא בזופיל/פיטום, ופוטנציאל מגה-קריוציטי (EBMP) ואריתרואיד/מגה-קריוציטית/בזופילים רב-פוטנציאליים (MPPs). גישה חדשנית זו מאפשרת דיוק רב יותר בעת ניתוח אריתרואידים ואבות המטופויאטיים אחרים וגם מאפשרת התייחסות למידע תעתיק עבור כל אוכלוסייה מוגדרת ציטומטרית של זרימה.
Introduction
ניתן לחלק את אריתרופואזיס לשני שלבים עיקריים: אריתרופואזיס מוקדם והבחנה סופנית אריתרואידית (איור 1)1,2,3. באריתרופויאזיס מוקדם, תאי גזע המטופויאטיים מתחייבים לשושלת האריתרואידים ומולידים אבות אריתרואידים מוקדמים, שזוהו לראשונה בשנות השבעים בהתבסס על פוטנציאל יצירת המושבה שלהם בתווך מוצק למחצה 4,5,6,7,8,9 . באופן כללי, אבות אריתרואידים מחולקים לשתי קטגוריות: אבות קדמונים יותר שכל אחד מהם מוליד "פרץ" (צבר גדול של אשכולות תאים אריתרואידים קטנים יותר), הנקראים "אריתרואיד יחידה יוצר פרץ" או BFU-e 4,5,6; וצאצאיהם, שכל אחד מהם יוצר אשכול או מושבה בודדים וקטנים של תאי אריתרואיד, הנקראים "אריתרואיד יחידה יוצרת מושבה" או CFU-e 7,8,9. BFU-e ו-CFU-e עדיין לא מבטאים גנים אריתרואידים סופניים ואינם ניתנים לזיהוי מורפולוגית. לאחר מספר חלוקות תא של התחדשות עצמית או התפשטות, ה-CFU-e עובר מתג שעתוק שבו מושרים גנים אריתרואידיים כגון גלובין, ובכך עובר להתמיינות מסוף אריתרואידים (ETD)1,10. במהלך ETD, אריתרובלסטים עוברים שלוש עד חמש חלוקות תאי התבגרות לפני שהם מתאחדים ליצירת רטיקולוציטים, אשר מבשילים לתאים אדומים.
אריתרובלסטים במהלך התמיינות סופנית סווגו במקור על סמך המורפולוגיה שלהם לפרואריתרובלסטים, בזופיליים, פוליכרומטיים ואורתוכרומטיים. הופעתה של ציטומטריה של זרימה אפשרה את המיון והבידוד הפרוספקטיביים שלהם בהתבסס על גודל התא (שנמדד על ידי פיזור קדימה, FSC) ושני סמני פני השטח של התא, CD71 ו-Ter11911,12,13 (איור 1). זרימה זו וגישות ציטומטריות דומות14 חוללו מהפכה בחקר ההיבטים המולקולריים והתאיים של ETD, ומאפשרות ניתוח ספציפי לשלב התפתחותי של אריתרובלסטים in vivo ו- in vitro 10,15,16,17,18,19,20. גישת CD71/Ter119 משמשת כיום באופן שגרתי בניתוח של מבשרי אריתרואידים.
עד לאחרונה, גישה ציטומטרית דומה ונגישה לזרימה לבידוד פרוספקטיבי ישיר וטהור של CFU-e ו-BFU-e מרקמת עכבר חמקה מהחוקרים. במקום זאת, חוקרים השתמשו באסטרטגיות ציטומטריות זרימה המבודדות רק חלק קטן מאבות אבותיהם, לעתים קרובות בנוכחות תאים שאינם אריתרואידים המטהרים יחד בתוך אותן תת-קבוצות ציטומטריות של זרימה21. כתוצאה מכך, החקירה של BFU-e ו- CFU-e הוגבלה למערכות הבחנה חוץ גופית הגוזרות ומגבירות את BFU-e ו- CFU-e מאבות מח עצם קודמים. לאחר מכן ניתן ליישם אסטרטגיות ציטומטריות של זרימה המבדילות בין CFU-e ל-BFU-e בתרביות מועשרות באב אריתרואידי22,23. גישה חלופית עושה שימוש ב- CFU-e ו- BFU-e עובריים, המועשרים מאוד בחלק Ter119-שלילי של כבד העובר של העכבר באמצע ההיריון 10,24,25. עם זאת, אף אחת מהגישות הללו אינה מאפשרת לחקור BFU-e ו-CFU-e בוגרים במצבם הפיזיולוגי in vivo. ניתן להעריך את גודל האתגר כאשר נזכרים כי בהתבסס על מבחני היווצרות מושבה, תאים אלה נמצאים במח העצם הבוגר בתדירות של 0.025% ו-0.3% בלבד,בהתאמה 6.
הפרוטוקול המתואר כאן הוא גישה ציטומטרית חדשנית של זרימה המבוססת על אנליזה של תעתיק חד-תאי של תאי מח עצם של עכבר Kit+ שזה עתה נקטפו (הערכה מתבטאת על ידי כל אוכלוסיות האב הקדום של מח העצם)1. הגישה שלנו מכילה כמה סמני פני שטח של תאים שכבר היו בשימוש על ידי Pronk et al.21,26. תעתיקים חד-תאיים שימשו לקביעת שילובים של סמני פני השטח של התא שמזהים אריתרואידים ואבות המטופויאטיים מוקדמים אחרים (איור 2). באופן ספציפי, חלק CD55+ של תאי Kit+ שליליים לשושלת (Lin-) עשוי להיות מחולק לחמש אוכלוסיות, ששלוש מהן מניבות מקטעים רציפים של מסלול האריתרואידים (איור 2). הזהויות השעתוק של כל אחת מאוכלוסיות אלה אושרו על ידי מיון, ולאחר מכן על ידי scRNAseq והשלכה של תעתיקים חד-תאיים ממוינים בחזרה למפת התעתיק המקורית (ניתן לחקור את ביטוי הגנים בכל אחת מחמש האוכלוסיות ואת כל מערך הנתונים של מח העצם ב-https://kleintools.hms.harvard.edu/paper_websites/tusi_et_al/index.html)1 . פוטנציאל גורל התאים של כל אחת מהאוכלוסיות אושר באמצעות מבחני היווצרות מושבות מסורתיים (איור 2), כמו גם בדיקת גורל חד-תאית חדשהבתפוקה גבוהה 1,27. ניתוחים אלה מראים כי הגישה הציטומטרית החדשה של זרימה גורמת לבידוד בטוהר גבוה של כל אבות BFU-e ו- CFU-e של מח עצם וטחול בוגרים טריים. באופן ספציפי, אוכלוסייה 1 (P1) מכילה רק CFU-e ולא אבות המטופויאטיים אחרים, ואוכלוסיה 2 (P2) מכילה את כל אבות BFU-e של מח העצם ומספר קטן של CFU-e אך לא אבות אחרים1. הפרוטוקול המפורט שלהלן מודגם עוד יותר בניסוי לדוגמה בעכברים שהוזרק להם מי מלח או עם ההורמון המגרה אריתרופואזיס אריתרופואיטין (Epo).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
כל הניסויים נערכו בהתאם לפרוטוקולים של בעלי חיים A-1586 ו-202200017 שאושרו על ידי הוועדה המוסדית לטיפול ושימוש בבעלי חיים של בית הספר לרפואה של אוניברסיטת מסצ'וסטס צ'אן.
הערה: שני פרוטוקולים מפורטים כאן: ראשית, ניתוח ציטומטרי של זרימה (סעיף 1), ואחריו התאמות פרוטוקול למיון ציטומטרי של זרימה (סעיף 2). הפרוטוקול שלהלן משתמש בציטומטר/סדרן זרימה עם 10 ערוצים. הגדרה לדוגמה מופיעה בטבלה 1, המכונה בשלב 1.14.5. ניתן גם להריץ פרוטוקול זה עם תשעה ערוצים בלבד; ראה את המקרא בטבלה 2.
1. ניתוח ציטומטרי זרימה
- יש להרדים עכברים בוגרים (בני >6 שבועות) מסוג Balb/C או C57BL6 בשיטה מתאימה שאושרה על ידי הוועדה המוסדית לטיפול ושימוש בבעלי חיים (לדוגמה, שאיפת CO2 ואחריה נקע צוואר הרחם). עבור ניתוח ציטומטרי זרימה, מוח העצם (BM) מעכבר יחיד יהיה מספיק. למיון, מספר העכברים תלוי ביישומים במורד הזרם. תפוקת התאים עבור כל אוכלוסייה ניתנת להלן (שלב 2.3.3).
- קציר רקמות:
- הכינו 5 מ"ל צינורות מיון תאים המופעלים על ידי פלואורסצנציה (FACS) המכילים 3 מ"ל של חיץ צביעה קר (4 מעלות צלזיוס) ("SB5": תמיסת מלח עם אגירת פוספט (PBS), 0.2% אלבומין בסרום בקר (BSA), 0.08% גלוקוז, 5 mM EDTA) על קרח. השתמש בזה כדי למקם רקמות שנקטפו.
- הכינו צינורות נפרדים לכל רקמה המנותקת מכל עכבר. אין לאגד רקמות מעכברים מרובים.
- קוצרים גם את עצם הירך וגם את הטיביאס. הסר את כל השרירים מן העצמות לפני הצבת אותם בצינור עם SB5.
- לנתח את הטחול דרך חתך בצד שמאל של הבטן.
- מיצוי תאי מח עצם:
- מניחים את עצם הירך והטיביה שזה עתה נותחו ישירות לתוך חיץ מכתים קר (SB5) ושומרים את הצינורות על הקרח עד שהם מוכנים לחילוץ מח העצם (BM). מניחים טיט מעוקר נקי על קרח בדלי. מעבירים את העצמות לטיט יחד עם ה-SB5 מהצינור.
- חותכים כ-1 מ"מ מהקצוות של כל עצם באמצעות מספריים לנתיחה, כך שפתח העצם הופך להיות גלוי לעין.
- השתמש במחט של 26 גרם ובמזרק של 3 מ"ל מלא ב- SB5 כדי לשטוף את המח מהעצמות ולאסוף אותו לתוך חומר המליטה. חזור על התהליך 3-5 פעמים באמצעות מאגר טרי בכל פעם עד שהעצמות נראות חסרות צבע.
- סנן את המוח הסמוק דרך מסנן רשת של 100 מיקרומטר ואסוף את התאים בצינור צנטריפוגה של 50 מ"ל המונח על קרח.
- השתמש בטיט ובמזיק כדי למחוץ את העצמות הסמוקות ב 5-10 מ"ל של SB5. סנן את תערובת העצמות המרוסקות ומאגר דרך מסננת התאים והמאגר בגודל 100 מיקרומטר עם תאים שנאספו בשלב 1.3.4.
- מיצוי תאי הטחול:
- הגדר מסנן רשת של 100 מיקרומטר על צינור צנטריפוגה ריק של 50 מ"ל המונח על קרח. מניחים טחול בודד על מסנן הרשת.
- הוסיפו 0.5-1 מ"ל של SB5 לטחול כדי להבטיח שהוא לא יתייבש.
- באמצעות צד הגומי של בוכנה מזרק 3 מ"ל או 5 מ"ל, מועכים את הטחול דרך הרשת. מוסיפים עוד SB5, 5 מ"ל בכל פעם, וממשיכים למעוך עד שכל התאים נאספו בצינור.
- מנקודה זו ואילך, מח העצם ותאי הטחול מטופלים באותו אופן.
- סובב את התאים כלפי מטה ב- 900 x g, 4 °C למשך 10 דקות. שאפו את הסופרנטנט באמצעות מערך שאיפת ואקום.
- כדי ליצור תרחיף חד-תאי, יש לתלות מחדש את התאים ב-2 מ"ל של SB5 ולקטר למעלה ולמטה 50 פעמים באמצעות P1000 עם קצה פתח גדול (ראו טבלת חומרים). אלה כוללים פתחי קצה רחבים כדי לסייע במניעת נזק לתאים שבירים.
- כדי לספור את התאים, יש להחיישם מחדש על-ידי צנרת למעלה ולמטה 20 פעמים. לדלל את התאים ביחס של 1:100 ב-SB5. יש לערבב 10 μL מהתאים המדוללים עם 10 μL של טריפן כחול ולספור על המוציטומטר ו/או מונה תאים.
- סובב את התאים כלפי מטה ב- 900 x g, 4 °C למשך 10 דקות. שאפו את הסופר-נאטנט והחזירו את התאים ב-33 x 106 תאים חיים/מ"ל ב-SB5.
- הכינו את קוקטייל Lin-FITC על ידי ערבוב כמויות שוות של כל נוגדן בטבלה 3.
- הכן את התאים לפקדי צבע יחיד ולבקרות "פלואורסצנציה מינוס אחת" (FMO). בצע את שלבים 1.11-1.12 במקביל להכנה והכתמה של תאי הדגימה בשלב 1.14 (דגימות לניתוח ציטומטרי של זרימה) ו/או שלב 2.1 (מיון ציטומטרי של זרימה).
- הכן את התאים לבקרת תאים לא מוכתמת על ידי העברת 50 μL (1.6 x 106 תאים ) של תרחיף התא לתוך צינור FACS על קרח. הכן את התאים לכל בקרת צבע יחידה (11 צינורות) על ידי העברת 50 μL (1.6 x 106 תאים ) של תרחיף התא לתוך צינור FACS על קרח.
- הכן פקדי FMO לצבעים הבאים (ערכה, CD41, CD150, CD49f [ארבע צינורות]) על-ידי העברת 300 μL (10 x 106 תאים ) של תרחיף התא לצינור FACS נפרד על קרח.
- סובבו את התאים ב-900 x g, 4 °C למשך 10 דקות ושאפו את הסופר-נטנט.
- צביעת נוגדנים של FMOs ובקרות צבע בודדות
- הכתימו את ה-FMOs ב-33 x10 6 תאים /מ"ל (בנפח כולל של 300 μL) בצינורות FACS. עבור כל פקד, הוסף את כל הנוגדנים למעט הנוגדן הנושא את שמו של ה- FMO. לדוגמה, עבור Kit FMO, השאר את נוגדן הקיט. עבור כל נוגדן, השתמש בדילול ובריכוז הסופי כמו בטבלה 2.
- הכתימו את פקדי הצבע היחיד ב-20 x 106 תאים /מ"ל (בנפח כולל של 50 μL) בצינורות FACS; עבור כל פקד, הוסף נוגדן יחיד בריכוז המפורט בטבלה 2.
- מערבולת כל צינור בקרה במשך 2-3 שניות ב-3,000 סל"ד (סיבובים לדקה), ולאחר מכן דגירה ב-4 מעלות צלזיוס, מתנדנדת במשך 2.5 שעות בחושך, מוגנת מפני אור. נדנדו את הצינורות עם ציר סיבוב מקביל לאורך הצינור, בין זווית של כ-10° לזווית של 60° מהאופקי, כך שהתוכן לא ייגע במכסה.
- שטפו את התאים עם SB5: הרכיבו את נפח ההשעיה של התא ל-4 מ"ל עם SB5. סובבו את התאים כלפי מטה ב-900 x גרם, 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות, ושאפו את הסופר-נטנט.
- חידוש תאים:
- יש להשעות את פקדי הצבע הבודדים שאינם מוכתמים (למעט פקד DAPI) ב- 300 μL של SB5 ולסנן דרך רשת מסנן של 40 מיקרומטר לתוך צינור FACS חדש.
- צור תמיסת DAPI/SB5 על-ידי דילול מלאי ה-DAPI (1 מ"ג/מ"ל ב-100% אתנול) ב-1:10,000 ב-SB5.
- השהה את ה- FMOs ב- 1.8 מ"ל של DAPI/SB5 וסנן דרך רשת מסנן של 40 מיקרומטר לתוך צינור FACS חדש
- חזור על פקד הצבע היחיד של DAPI ב- 300 μL של DAPI/SB5 וסנן דרך רשת סינון של 40 מיקרומטר לתוך שפופרת FACS חדשה של 4 מ"ל.
- הכנת הדגימה: אם התאים מוכנים לניתוח ציטומטרי של זרימה, עבור לשלב 1.14. אם אתה מכין את התאים למיון, דלג לשלב 2.1.
- הכתימו את דגימות הניתוח הציטומטרי של הזרימה ב-33 x 10 6 תאים/מ"ל בנפח כולל של 300 μL (10 x 106 תאים) בצינורות FACS:
- הכינו את תערובת הנוגדנים מאסטר. קבע את נפח תערובת האב לפי מספר הדגימות, עם 300 μL לדגימה. צור את תערובת האב על ידי דילול כל הנוגדנים המפורטים בטבלה 2 בדילול המצוין ב- SB5. ה-Rabbit IgG בתערובת הראשית משמש כבלוק Fc.
- מערבלים כל צינור במשך 2-3 שניות ב-3,000 סל"ד, ואז דוגרים ב-4 מעלות צלזיוס, מתנדנדים במשך 2.5 שעות בחושך, מוגנים מפני אור.
- שטפו את התאים עם SB5: הרכיבו את נפח ההשעיה של התא ל-4 מ"ל עם SB5. סובבו את התאים כלפי מטה ב-900 x גרם, 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות, ושאפו את הסופר-נטנט.
- דחה את הדגימות לניתוח ציטומטרי של זרימה ב-1.8 מ"ל של DAPI/SB5 כפי שהוכן בשלב 1.12.5.2 וסנן דרך רשת מסנן של 40 מיקרומטר לתוך צינור FACS.
- נתח את הדגימות על גבי ציטומטר עם 10 ערוצים כדי להתאים את מצומדי הנוגדנים בטבלה 2 ואת צבע הכדאיות DAPI. הגדרת ערוץ לדוגמה מופיעה בטבלה 1. אפשר גם להשתמש רק בתשעה ערוצים; ראה מקרא טבלה 2 .
- במהלך הניתוח של נתוני ציטומטריה של זרימה, השתמש בגישות פיצוי ספקטרליות סטנדרטיות בעזרת פקדי הצבע היחיד ובקרות FMO כמפורט בשלב 2.4.
2. התאמות פרוטוקול למיון ציטומטרי זרימה
- הכנת לין-
- איגום כל התאים שחולצו מאותה רקמה (BM או טחול) מ-10 עכברים לצינור של 50 מ"ל. יש לתלות מחדש כל דגימה שנאגרה על-ידי פיפטינג באמצעות P1000 עם קצה פתח גדול.
- סובבו את התאים ב-900 x g, 4 °C למשך 10 דקות ושאפו את הסופר-נטנט.
- הכן פקדי צבע יחיד ופקדי FMO כמתואר בסעיף 1 באמצעות תאים לא מועשרים.
- העשרת תאי לין למיון באמצעות העשרת חרוזים מגנטיים של תאי Lin:
- יש להשעות את התאים ב-1 x 108 תאים למ"ל עם SB5 ולהעביר אותם לצינור של 15 מ"ל. הוסיפו סרום חולדות רגיל ואת הנוגדנים הביוטינילטים המפורטים בטבלה 4 ודגרו עם נדנדה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך שעה אחת.
- סובבו את התאים כלפי מטה ב-900 x גרם, 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות ושאפו את הסופר-נטנט. יש להשעות את התאים ב-15 מ"ל של SB5 קר.
- סובבו את התאים כלפי מטה ב-900 x גרם, 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות ושאפו את הסופר-נטנט. יש לתלות את התאים ב-1 x 108 תאים /מ"ל ב-SB5 קר ולשמור אותם על קרח.
- מערבולת את הננו-חרדים המגנטיים ב-3,000 סל"ד במשך 5-10 שניות. קח 1 מ"ל של ננו-חרדים מגנטיים עבור כל 10 מ"ל של תאים.
- שטפו את הננו-בדים בצינור FACS של 5 מ"ל. הפוך את עוצמת הקול ל -4 מ"ל עם SB5, סובב ב 900 x גרם, 4 °C למשך 5 דקות, ושאף את supernatant.
- יש להשעות את הננו-בורדים ב-500 μL של SB5 ולהתערבב עם התאים שהוכנו בשלב 2.1.7. דגירה ב-4 מעלות צלזיוס עם נדנדה למשך 15 דקות.
- סובבו את התאים כלפי מטה ב-900 x גרם, 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות ושאפו את הסופר-נטנט. השהה את התאים ב- 1 x 108 תאים למ"ל עם SB5.
- מניחים את השפופרת על מגנט בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות.
- בזהירות לשפוך את supernatant לתוך צינור חדש 15 מ"ל.
- מניחים את הצינור המכיל את הסופר-נטנט משלב 2.1.13 על מגנט בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות. בזהירות לשפוך את supernatant לתוך צינור חדש 15 מ"ל.
- סובב את התאים מהסופרנטנט בשלב 2.1.14 ב-900 x גרם, 4 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות, ושאף את הסופר-נטנט.
- החזירו את התאים המועשרים בלין ב-1 מ"ל של SB5.
- יש לדלל 10 μL מהתאים ב-1:100 ב-SB5. יש לערבב 10 μL מהתאים המדוללים עם 10 μL של טריפן כחול ולספור על המוציטומטר ו/או מונה תאים.
- בהתבסס על ספירת התאים בשלב 2.1.17, השהה מחדש את התאים המועשרים ב- Lin ב- 33 x 106 תאים למ"ל.
- צביעת תאים מועשרים:
- הכתימו את דגימות התאים המועשרות ב-33 x 106 תאים /מ"ל בצינורות FACS על ידי הוספת כל הנוגדנים המפורטים בטבלה 2. מערבלים כל צינור במשך 2-3 שניות ב-3,000 סל"ד, ואז דוגרים ב-4 מעלות צלזיוס, מתנדנדים במשך 2.5 שעות בחושך, מוגנים מפני אור.
- שטפו את התאים עם SB5: הרכיבו את נפח צינורות ה-FACS ל-4 מ"ל עם SB5. סובבו את התאים כלפי מטה בטמפרטורה של 900 x גרם, 4°C למשך 10 דקות, והסירו את הסופר-נטנט.
- השהה מחדש את הדגימות לניתוח ציטומטרי של זרימה ב-4-6 מ"ל של DAPI/SB5 כפי שהוכנו בשלב 1.12.5.2 וסנן דרך רשת מסנן של 40 מיקרומטר לצינור FACS חדש של 4 מ"ל.
- מיון לדוגמה:
- מיין את הדגימות עם זרבובית גדולה ולחץ נמוך כדי למקסם את תפוקת CFU-e מכיוון שתאי CFU-e ניזוקים בקלות בלחץ גבוה. עבור ציטומטר הזרימה ששימש במחקר זה, השתמש ב- 14 psi ובזרבובית של 100 מיקרומטר או 12 psi עם זרבובית של 130 מיקרומטר. הגדר את שערי המיון כמתואר בשלב 2.4 להלן.
- הכינו את מאגר האיסוף: הוסיפו 20% סרום בקר עוברי ל-PBS.
- כדי לבדוק את טוהר האוכלוסיות הממוינות, הפעל מחדש אליקוט קטן מכל אוכלוסייה ממוינת במאגר המכיל DAPI, כמתואר בשלב 1.12.5.2.
הערה: בדרך כלל, BM מ-10 עכברים בסך הכל (בערך 1 x 109 תאים ) מניב לפחות 50,000-100,000 תאים עבור כל אחת מאוכלוסיות P1-hi, P1-low ו-P2 עם כדאיות של כ-70%.
- השתמשו באסטרטגיית המיון המוצגת באיור 3 לצורך ניתוח או הגדרת שערי המיון.
- השתמש בפרמטר פיזור קדימה (FSC) כדי להסיר את הלכלוך בהתבסס על גודל. השתמש בהיסטוגרמה של גובה FSC לעומת אזור FSC כדי לא לכלול צברי תאים ולבחור תאים בודדים; חזור על הפעולה עם היסטוגרמה של פיזור צד (SSC) לעומת היסטוגרמה של אזור SSC.
- אל תכלול את התאים המתים על-ידי מיון התאים החיוביים לצבע הדנ"א DAPI, שאליו תאים בני קיימא הם אטומים.
- בחר תאי Lin-Ter119-Kit+, ומתוך אלה, בחר תת-אוכלוסייה המבטאת CD55.
- חלקו את תאי Lin- Ter119-Kit+CD55+ לשתי אוכלוסיות עיקריות, P6 ו-P7, בהתבסס על הביטוי של CD49f ו-CD105.
- בהתבסס על הביטוי של CD150 ו-CD41, חלקו את P6 בהמשך ל-P3 (אבות אבים של תאי בזופיל או פיטום), P4 (אבות מגריוציטים) ו-P5 (EBMP ו-MPP מוטה אריתרואידים).
- בהתבסס על הביטוי של CD150 ו-CD71, חלקו את P7 בהמשך ל-P2 (BFU-e), CFU-e מוקדם (P1-low) ו-CFU-e מאוחר (P1-hi).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
הפרוטוקול מתאר גישה ציטומטרית של זרימה לזיהוי BFU-es ו-CFU-es בתאי מח עצם וטחול שזה עתה נקטפו. זה מתחיל בקצירת BM וטחול טריים מעכברים ומיד הנחת הרקמה על קרח. כל ההליכים מתבצעים בקור כדי לשמור על כדאיות התא. התאים מסומנים בקוקטייל נוגדנים "שושלת" המאפשר הרחקה של כל התאים המבטאים סמנים של שושלות דם מובחנות (קוקטייל FITC-Lin, טבלה 3, במקרה של אנליזה ציטומטרית של זרימה; או העשרת חרוזים מגנטיים, טבלה 4, עבור תאים שליליים לשושלת). תאים מסומנים גם בנוגדנים כנגד סמנים המאפשרים לנו להבחין במספר אוכלוסיות אבות מוקדמות בתוך חלק התא השלילי של השושלת. התיוג מלווה במיון ציטומטרי של זרימה או בניתוח. הגישה למיון ציטומטרי של זרימה דומה לזו של אנליזה ציטומטרית של זרימה, אך קדמה לה העשרת חרוזים מגנטיים עבור שבר תאי לין כדי להפחית את הזמן וההוצאות של מיון מספר גדול של תאים. בעת מיון אבות אבים, BM הוא מאגר מעכברים מרובים, המספר תלוי ביישום במורד הזרם. בדרך כלל, BM מ-10 עכברים בסך הכל (בערך 1 x 109 תאים ) מניב לפחות 50,000-100,000 תאים עבור כל אחת מאוכלוסיות P1-hi, P1-low ו-P2 עם כדאיות של כ-70%.
ההבדל העיקרי בין אוכלוסיות הטחול וה-BM שזוהו על ידי פרוטוקול זה הוא התדירות הנמוכה בהרבה של אוכלוסיית P6 ותת-האוכלוסיות שלה, P4/P5/P3, בתאים שמקורם בטחול.
כדוגמה לניתוח ציטומטרי של זרימה, נבדקה ההשפעה של מתן Epo בעכברים. Epo נקשר ומפעיל את קולטן Epo (EpoR), שהוא חיוני הן עבור אריתרופואזיס בסיסי והן עבור אריתרופואזיס מואץ בתנאי לחץ כמו היפוקסיה. היפוקסיה מגרה עלייה ברמות Epo בדם 28,18, בתורו מקדם את הרחבת CFU-e 1,29 ומבשרי אריתרואיד.
Epo (משקל גוף של 0.25 U/g) או נפח שווה של כלי רכב (מלוחים) הוזרקו תת עורית לעכברים אחת ל-24 שעות למשך 3 ימים. ה-BM והטחול נקטפו ב-72 שעות. גירוי Epo הוביל להתרחבות של אוכלוסיות CFU-e מוקדמות ומאוחרות (P1-low ו-P1-hi) הן ב-BM והן בטחול (איור 4 ואיור 5).
איור 1: שני שלבים עיקריים של אריתרופואזיס סופי. ניתן לחלק את האריתרופואזיס לשלב מוקדם, שבו אבות מוגדרים על סמך פוטנציאל יצירת המושבה שלהם, ושלב מאוחר יותר המכונה התמיינות מסוף אריתרואיד (ETD), שבו שלב האריתרובלסטים מוגדר על סמך מורפולוגיה. טכניקות ציטומטריות של זרימה אפשרו בידוד פוטנציאלי של שלבי אריתרובלסטים ספציפיים מבחינה התפתחותית באמצעות FSC, Ter119 ו- CD71. לעומת זאת, לא הייתה שיטה מקבילה לבידוד אבות BFU-e ו-CFU-e ישירות מרקמה בעלת טוהר גבוה. שים לב שרק חלק קטן מהמושבה BFU-e מוצג. סרגל קנה המידה חל הן על מושבות CFU-e והן על מושבות BFU-e. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
איור 2: אסטרטגיה ציטומטרית חדשה של זרימה לבידוד CFU-e ו-BFU-e ישירות מרקמה. כתב יד זה מתאר פרוטוקול לזיהוי חמש אוכלוסיות ציטומטריות חדשות של זרימה, P1 עד P5, בהתבסס על ניתוח של נתוני scRNAseq. (A) הקרנת גרף מכוונת כוח ("עלילת אביב") של תעתיקים חד-תאיים טריים של מח עצם בוגר מסוג Balb/C. הצבעים מציינים את פוטנציאל גורל התא החזוי בהתבסס על מידע תעתיקי ואלגוריתם ניתוח מאזן אוכלוסייה (PBA)1. אזורי החלקה המתאימים לכל אחת מהאוכלוסיות הציטומטריות של הזרימה P1 עד P5 מסומנים. האזורים המסומנים הם קירובים משורטטים ביד של הנתונים המקוריים, אשר ניתן למצוא ב- Tusi et al.1. ההתאמה אושרה על ידי התחייבות scRNAseq של כל אחת מאוכלוסיות P1 עד P5 הממוינות1. E = אריתרואיד; Ba = אבות בזופיליים או תא-תורן; מג = אבות מגה-קריוציטים; Ly = אבות לימפוציטיים; D = אבות דנדריטיים; M = אבות מונוציטיים; G = אבות גרנולוציטיים. (B) מבחני היווצרות מושבה, ששופצו מ-Tusi et al.1. אוכלוסיות P1 עד P5 ותאי CD55+ מוינו כמתואר בפרוטוקול זה, וכל אוכלוסייה צופה לבדיקות היווצרות המושבה הרלוונטיות. מושבות אריתרואידיות הובקעו בימים המצוינים. UF = חד מוקדי; MF = רב-מוקדי; CFU-MK = יחידה יוצרת מושבה מגה-קריוציטית; CFU-GM = יחידה יוצרת מושבה גרנולוציטית/מונוציטית; CFU-GEMM = יחידה יוצרת מושבה גרנולוציטית, אריתרואיד, מונוציטית, מגהקריוציטית. (C) סמני פני השטח של התא המגדירים כל אחת מחמש האוכלוסיות, כמו גם את פוטנציאל גורל התאים שלהם. פוטנציאל גורל התא הוא גם תוצאה של מידע תעתיקי וגם של מבחני גורל התא, הן היווצרות מושבה והן מבחני גורל חד-תאיים 1,27. יש לציין שאוכלוסיית P1 פוצלה על סמך הביטוי של סמן CD71 ל-P1-hi ו-P1-low1. מבוסס על נתונים מ- Tusi et al.1. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
איור 3: אסטרטגיית גידור ציטומטרית של זרימה. אסטרטגיית המיון המלאה לאוכלוסיות P1 עד P5. מח עצם שזה עתה נקטף (BM) או טחול (SP) מעכבר Balb/C מוזרק תת עורית עם 100 μL של 0.9% מלח סטרילי מגודרים תחילה עבור האוכלוסייה העיקרית, משליכים פסולת; לאחר מכן בוחרים סינגלטים, משליכים תאים מתים ומדביקים תאים שהם Ter119-שליליים, שליליים-לשושלת ואקספרס קיט. חלוקה נוספת של Ter119-Lin-Kit+CD55+ ל-P6 ו-P7 מלווה בחלוקת המשנה הסופית לאוכלוסיות P1 עד P5 (ראו גם איור 2). ערוץ Ter119 מאפשר ניתוח של אריתרובלסטים על אותה דגימה (באמצעות גישת Ter119/CD7112). עם זאת, ערוץ Ter119 נפרד אינו חיוני לפרוטוקול זה, וניתן להשמיט את הנוגדן Ter119 מהתערובת הראשית ולכלול אותו כחלק מקוקטייל Lin-FITC במקום זאת. שלב ההדרה של תאים חיוביים Ter119 אינו מוצג באסטרטגיית ההרחקה הזו. המספרים הם אחוזים מכל שער בתוך ההיסטוגרמה המוצגת. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
איור 4: ניתוח של מח עצם וטחול אבות אריתרואידים מוקדמים בעקבות גירוי אפו. זרימה מייצגת של חלקות ציטומטריות של מח עצם שזה עתה נקטף (BM) או טחול (SP). עכברי Balb/C הוזרקו באופן תת-עורי עם משקל גוף של 0.25 U/g של Epo או עם נפח שווה ערך של מלח. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
איור 5: התגובה של אבות BM וטחול ל-Epo in vivo. סטטיסטיקה מסכמת המציגה שינויים במספר התאים המוחלט באוכלוסיות P1 עד P5 לאחר הזרקת אפו בתאי מח עצם שזה עתה נקטפו (A) ובתאי טחול (B); *p = 0.02. ניסוי כמתואר באיור 4. n = 4 עכברים בכל קבוצה. כדי לחשב את מספר התא המוחלט, תדירות התאים בכל אוכלוסייה ב-BM או בטחול ( מאיור 4) הוכפלה במספר הכולל של תאי BM או טחול שנקטפו מכל עכבר וחולקו במשקל העכבר בגרמים. יש לציין כי רק CFU-e מוקדם ב-BM הגיע למובהקות סטטיסטית (p = 0.02), ככל הנראה שילוב של מינון Epo נמוך יחסית ומספר קטן של עכברים בכל קבוצה. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
| מערך גלאים | PMT | מראה דיכרואית | המסנן 'מעבר פסים' | פלואורופור זוהה |
| לייזר כחול (488 ננומטר) | A | 685LP | 695/40 | |
| B | 505LP | 530/30 | Lin-FITC (+Ter119-FITC) | |
| C | 488/10 | |||
| לייזר סגול (405 ננומטר) | A | 760LP | 800/80 | |
| B | 630LP | 660/20 | CD150-BV650 | |
| C | 595LP | 605/20 | CD41-BV605 | |
| D | 475LP | 525/20 | ||
| E | 450/50 | CD49f-BV421 | ||
| לייזר אדום (640 ננומטר) | A | 755LP | 785/50 | cKit-APC-Cy7 |
| B | 700 LP | 720/30 | ||
| C | 675/14 | CD55-AF 647 | ||
| לייזר UV (355 ננומטר) | A | 505LP | 525/20 | |
| B | 420LP | 450/50 | דאפי | |
| C | 379/28 | Ter119-BUV 395 | ||
| לייזר YG (561 ננומטר) | A | 755LP | 780/60 | CD71-PE-Cy7 |
| B | 685LP | 710/50 | ||
| C | 635LP | 660/20 | ||
| D | 600LP | 610/20 | ||
| E | 570LP | 580/20 | CD105-PE |
טבלה 1: דוגמה לפריסת הערוץ בציטומטר LSRII. פאנל הנוגדנים המשמשים בפרוטוקול המתואר וסידורם בציטומטר הזרימה LSRII לאיסוף הנתונים.
| מגיב או נוגדן | היטה | ציר מלאי (מ"ג/מ"ל) | גורם דילול | קונקטור סופי בהשעיית התא (מיקרוגרם/מ"ל) | שיבוט |
| CD71 | PE/Cy7 | 0.2 | 2000 | 0.1 | RI7217 |
| TER-119 | BUV395 | 0.2 | 100 | 2 | TER-119 |
| CD55 (DAF) | AF647 | 0.5 | 50 | 10 | ריקו-3 |
| CD105 | PE | 0.2 | 50 | 4 | MJ7/18 |
| CD150 (סלאם) | רי"ב 650 | 0.1 | 50 | 2 | TC15-12F12.2 |
| CD49f | BV421 | 0.025 | 50 | 0.5 | גוH3 |
| CD41 | BV605 | 0.2 | 100 | 2 | MWReg30 |
| CD117 (cKit) | APC/Cy7 | 0.2 | 200 | 1 | 2ב8 |
| קוקטייל לין | FITC | 0.08 (עבור כל נוגדן בקוקטייל) | 83 | 1 (לכל נוגדן בקוקטייל) | |
| ארנב IgG | 10 | 50 | 200 |
טבלה 2: רכיבי תערובת מאסטר של נוגדנים. הרכב של תערובת מאסטר נוגדנים. ערוץ Ter119 מאפשר ניתוח של אריתרובלסטים על אותה דגימה (באמצעות גישת Ter119/CD7112). עם זאת, ערוץ Ter119 נפרד אינו חיוני לפרוטוקול זה, וניתן להשמיט את הנוגדן Ter119 מהתערובת הראשית ולכלול אותו כחלק מקוקטייל Lin-FITC במקום זאת.
| מגיב או נוגדן | היטה | ציר מלאי (מ"ג/מ"ל) | שיבוט |
| Ly-6G ו-Ly-6C | FITC | 0.5 | RB6-8C5 |
| CD11b | FITC | 0.5 | מ"1/70 |
| CD19 | FITC | 0.5 | 1ד3 |
| תקליטור4 | FITC | 0.5 | RM4-5 |
| CD8a | FITC | 0.5 | 53-6.7 |
| F4/80 | FITC | 0.5 | ב.מ.8 |
טבלה 3: רכיבי קוקטייל לין. הרכב קוקטייל לין המשמש כחלק מתערובת מאסטר הנוגדנים (ראה פירוט תערובת המאסטר בטבלה 2).
| מגיב או נוגדן | היטה | ציר מלאי (מ"ג/מ"ל) | גורם דילול | קונקטור סופי בהשעיית התא (מיקרוגרם/מ"ל) | שיבוט |
| Ly-6G ו-Ly-6C | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | RB6-8C5 |
| CD11b | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | מ"1/70 |
| CD19 | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | 1ד3 |
| תקליטור4 | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | RM4-5 |
| CD8a | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | 53-6.7 |
| F4/80 | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | ב.מ.8 |
| TER-119 | ביוטין | 0.5 | 200 | 2.5 | TER-119 |
| סרום חולדות רגיל | 50 |
טבלה 4: נוגדנים להעשרת חרוזים מגנטיים. נוגדנים המשמשים להעשרת חלק ה-Lin- של ה-BM או הטחול לפני מיון התאים.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
היכולת לבודד באופן פרוספקטיבי אבות BFU-e ו-CFU-e ישירות מרקמה טרייה בעלת טוהר גבוה חמקה בעבר מהחוקרים. הגישה החדשנית שלנו, שאומתה באמצעות scRNAseq ומבחני גורל התא 1,27, מציעה כעת את הכלים לעשות זאת.
ישנן מספר נקודות מפתח לביצוע מוצלח הן של המיון והן של הפרוטוקולים האנליטיים. ראשית, יש לסובב את התאים בעוצמה של 900 x גרם כדי למנוע אובדן של תאים בעלי צפיפות נמוכה. תאים רבים בשלב CFU-e הם תאים גדולים בעלי צפיפות נמוכה שאחרת עלולים ללכת לאיבוד. שנית, יש צורך להשתמש בקצוות פתחים גדולים בעת צנרת למעלה ולמטה כדי לעזור לשבור את צברי התאים ולמנוע אובדן של תאי P1 ו- P2 שבירים. שלב זה חשוב מכיוון שאבות CFU-e רבים קשורים למקרופאגים של איים אריתרובלסטיים (EBIs) ויאבדו אם לא ינותקו בהצלחה. שלישית, התאים דוגרים עם חיץ המכיל EDTA ("SB5") לפני הכתם, מה שעוזר לנתק את ה-EBIs. רביעית, במהלך רכישת נתונים ציטומטריים של זרימה, קצב הרכישה לא יעלה על 7,000 אירועים/שניות או על הקצב המומלץ עבור מכשיר ציטומטר הזרימה שבו נעשה שימוש.
אוכלוסיות P1 ו-P2 מכילות את כל אבות ה-CFU-e וה-BFU-e במח העצם, בהתאמה, ואינן מכילות סוגי תאי אב אחרים1. אוכלוסיית P1 מחולקת גם ל-CFU-e מוקדם (P1-low) ו-CFU-e מאוחר (P1-hi) בהתבסס על הביטוי של CD711. אוכלוסיות ציטומטריות טהורות זרימה טהורות אלה מספקות תמונה מלאה של אוכלוסיות אבותיהם של BFU-e ו- CFU-e in vivo.
חסרון אחד הוא שאוכלוסיית P2 אכן מכילה חלק קטן מאבות ה-CFU-e המוקדמים. עם זאת, הוא מכיל את כל תאי ה-BFU-e ב-BM ולא סוגי תאים אחרים. אוכלוסיית P1 מכילה את כל ה-CFU-e ב-BM, מלבד החלק הקטן שנמצא ב-P2. שלא כמו אוכלוסיות P1 ו-P2, P3 עד P5 הן אוכלוסיות אבות מועשרות מאוד, אך לא טהורות.
יישום כלי ציטומטרי זרימה זה על מודלים עכבריים של אריתרופואזיס יאפשר כעת קביעת תגובות תאיות ומולקולריות במהלך הפרעות פיזיולוגיות ופתולוגיות לאריתרופואזיס. בדוגמה המוצגת, עכברים הוזרקו עם ההורמון Epo. גישה זו עשויה לשמש בעכברים מהונדסים גנטית, למשל, במודלים של עכברים של המוגלובינופתיות, לניתוח מולקולרי מדויק יותר של אבותיהם האריתרואידים שהשתנו in vivo.
זמינות נתונים:
נתונים נוספים המשויכים לניסויים באיור 4 ובאיור 5 זמינים לפי בקשה.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר.
Acknowledgments
עבודה זו נתמכת על ידי מענקי NIH R01DK130498, R01DK120639 ו- R01HL141402
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 0.5 M EDTA, pH 8.0 | Life Technologies | 15575020 | |
| 1000 µL large orifice tips | USA sceintific | 1011-9000 | |
| Alexa Fluor 647 anti-mouse CD55 (DAF) Antibody | BioLegend | 131806 | |
| APC/Cyanine7 anti-mouse CD117 (c-kit) Antibody | BioLegend | 105826 | |
| Biotin-CD11b | BD Biosciences | 557395 | M1/70 (clone) |
| Biotin-CD19 | BD Biosciences | 553784 | 1D3 (clone) |
| Biotin-CD4 | BD Biosciences | BDB553045 | RM4-5 (clone) |
| Biotin-CD8a | BD Biosciences | BDB553029 | 53-6.7 (clone) |
| Biotin-F4/80 | Biolegend | 123106 | BM8 (clone) |
| Biotin-Ly-6G and Ly-6C | BD Biosciences | 553125 | RB6-8C5 (clone) |
| Biotin-TER-119 | BD Biosciences | 553672 | TER-119 (clone) |
| Bovine Serum Albumin | Sigma aldritch | A1470 | |
| Brilliant Violet 421 anti-human/mouse CD49f Antibody | BioLegend | 313624 | |
| Brilliant Violet 605 anti-mouse CD41 Antibody | BioLegend | 133921 | |
| Brilliant Violet 650 anti-mouse CD150 (SLAM) Antibody | BioLegend | 115931 | |
| BUV395 Rat Anti-Mouse TER-119/Erythroid Cells | BD Biosciences | 563827 | |
| ChromPure Rabbit IgG, whole molecule | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 011-000-003 | |
| DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride) | Life Technologies | D1306 | |
| Digital DIVA hardware and software for LSR II | BD Biosciences | ||
| FITC anti-mouse F4/80 Antibody | BioLegend | 123108 | |
| FITC Rat Anti-CD11b | BD Biosciences | 557396 | |
| FITC Rat Anti-Mouse CD19 | BD Biosciences | 553785 | |
| FITC Rat Anti-Mouse CD4 | BD Biosciences | 553047 | |
| FITC Rat Anti-Mouse CD8a | BD Biosciences | 553031 | |
| FITC Rat Anti-Mouse Ly-6G and LY-6C | BD Biosciences | 553127 | |
| FlowJo software | FlowJo | version 10 | Flow cytometer analysis software |
| LSR II digital multiparameter flow cytometer analyzer | BD Biosciences | Flow cytometer | |
| NewlineNY Stainless Steel Hand Masher & Bowl, Mortar and Pestle Set | Amazon | ||
| Normal rat serum | Stem Cell Technologies | 13551 | |
| PE anti-mouse CD105 Antibody | BioLegend | 120408 | |
| PE/Cyanine7 anti-mouse CD71 Antibody | BioLegend | 113812 | |
| Phosphate Buffered Saline, 10x Solution | Fisher scientific | BP3994 | |
| Streptavidin Nanobeads | BioLegend | 480016 | Magnetic beads |
References
- Tusi, B. K., et al. Population snapshots predict early haematopoietic and erythroid hierarchies. Nature. 555 (7694), 54-60 (2018).
- Socolovsky, M. The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: Insights from single-cell RNA sequencing. International Journal of Hematology. 116 (2), 163-173 (2022).
- Hwang, Y., Hidalgo, D., Socolovsky, M. The shifting shape and functional specializations of the cell cycle during lineage development. WIREs Mechanisms of Disease. 13 (2), 1504 (2021).
- Axelrad, A. A., McLeod, D. L., Shreeve, M. M., Heath, D. S. Properties of Cells that Produce Erythrocytic Colonies In Vitro. Hemopoiesis in Culture. Robinson, W. A. , National Institutes of Health, US Government Printing Office. (1974).
- Heath, D. S., Axelrad, A. A., McLeod, D. L., Shreeve, M. M. Separation of the erythropoietin-responsive progenitors BFU-E and CFU-E in mouse bone marrow by unit gravity sedimentation. Blood. 47 (5), 777-792 (1976).
- Iscove, N. N., Sieber, F. Erythroid progenitors in mouse bone marrow detected by macroscopic colony formation in culture. Experimental Hematology. 3 (1), 32-43 (1975).
- Gregory, C. J., McCulloch, E. A., Till, J. E. Erythropoietic progenitors capable of colony formation in culture: State of differentiation. Journal of Cell Physiology. 81 (3), 411-420 (1973).
- Gregory, C. J., Tepperman, A. D., McCulloch, E. A., Till, J. E. Erythropoietic progenitors capable of colony formation in culture: Response of normal and genetically anemic W-W-V mice to manipulations of the erythron. Journal of Cell Physiology. 84 (1), 1-12 (1974).
- Gregory, C. J. Erythropoietin sensitivity as a differentiation marker in the hemopoietic system: studies of three erythropoietic colony responses in culture. Journal of Cell Physiology. 89 (2), 289-301 (1976).
- Pop, R., et al. A key commitment step in erythropoiesis is synchronized with the cell cycle clock through mutual inhibition between PU.1 and S-phase progression. PLoS Biology. 8 (9), 1000484 (2010).
- Koulnis, M., et al. Identification and analysis of mouse erythroid progenitors using the CD71/TER119 flow-cytometric assay. Journal of Visualized Experiments. (54), e2809 (2011).
- Liu, Y., et al. Suppression of Fas-FasL coexpression by erythropoietin mediates erythroblast expansion during the erythropoietic stress response in vivo. Blood. 108 (1), 123-133 (2006).
- Socolovsky, M., et al. Ineffective erythropoiesis in Stat5a(-/-)5b(-/-) mice due to decreased survival of early erythroblasts. Blood. 98 (12), 3261-3273 (2001).
- Chen, K., et al. Resolving the distinct stages in erythroid differentiation based on dynamic changes in membrane protein expression during erythropoiesis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (41), 17413-17418 (2009).
- Hwang, Y., Hidalgo, D., Socolovsky, M. The shifting shape and functional specializations of the cell cycle during lineage development. WIREs Mechanisms of Disease. 13 (2), 1504 (2020).
- Hidalgo, D., et al. EpoR stimulates rapid cycling and larger red cells during mouse and human erythropoiesis. Nature Communications. 12 (1), 7334 (2021).
- Porpiglia, E., Hidalgo, D., Koulnis, M., Tzafriri, A. R., Socolovsky, M. Stat5 signaling specifies basal versus stress erythropoietic responses through distinct binary and graded dynamic modalities. PLoS Biology. 10 (8), 1001383 (2012).
- Koulnis, M., et al. Contrasting dynamic responses in vivo of the Bcl-xL and Bim erythropoietic survival pathways. Blood. 119 (5), 1228-1239 (2012).
- Shearstone, J. R., et al. Global DNA demethylation during mouse erythropoiesis in vivo. Science. 334 (6057), 799-802 (2011).
- Koulnis, M., Liu, Y., Hallstrom, K., Socolovsky, M. Negative autoregulation by Fas stabilizes adult erythropoiesis and accelerates its stress response. PLoS One. 6 (7), 21192 (2011).
- Pronk, C. J., et al. Elucidation of the phenotypic, functional, and molecular topography of a myeloerythroid progenitor cell hierarchy. Cell Stem Cell. 1 (4), 428-442 (2007).
- Dolznig, H., et al. Expansion and differentiation of immature mouse and human hematopoietic progenitors. Methods in Molecular Medicine. 105, 323-344 (2005).
- Li, J., et al. Isolation and transcriptome analyses of human erythroid progenitors: BFU-E and CFU-E. Blood. 124 (24), 3636-3645 (2014).
- Zhang, J., Socolovsky, M., Gross, A. W., Lodish, H. F. Role of Ras signaling in erythroid differentiation of mouse fetal liver cells: Functional analysis by a flow cytometry-based novel culture system. Blood. 102 (12), 3938-3946 (2003).
- Flygare, J., Rayon Estrada, V., Shin, C., Gupta, S., Lodish, H. F. HIF1alpha synergizes with glucocorticoids to promote BFU-E progenitor self-renewal. Blood. 117 (12), 3435-3444 (2011).
- Pronk, C. J., Attema, J., Rossi, D. J., Sigvardsson, M., Bryder, D. Deciphering developmental stages of adult myelopoiesis. Cell Cycle. 7 (6), 706-713 (2008).
- Khoramian Tusi, B., Socolovsky, M. High-throughput single-cell fate potential assay of murine hematopoietic progenitors in vitro. Experimental Hematology. 60, 21-29 (2018).
- Erslev, A. J., Caro, J. Erythropoietin titers in response to anemia or hypoxia. Blood Cells. 13 (1-2), 207-216 (1987).
- Koury, M. J., Bondurant, M. C. The molecular mechanism of erythropoietin action. European Journal of Biochemistry. 210 (3), 649-663 (1992).
