מאמר זה מתאר מודל עכברי חדשני למעבר של פנאומוקוק ממתיישב אסימפטומטי לפתוגן הגורם למחלה במהלך זיהום ויראלי. מודל זה יכול להיות מותאם בקלות לחקר אינטראקציות מיקרוביאליות ומארח-פתוגן במהלך השלבים השונים של התקדמות המחלה ועל פני מארחים שונים.
סטרפטוקוקוס פנאומוניה (Streptococcus pneumoniae ) הוא מתיישב אסימפטומטי של הלוע אצל רוב האנשים, אך יכול להתקדם לפתוגן ריאתי ומערכתי בזיהום בנגיף שפעת A (IAV). גיל מתקדם משפר את רגישות המארח לדלקת ריאות פנאומוקוקית משנית וקשור להחמרת תוצאות המחלה. הגורמים המארחים המניעים תהליכים אלה אינם מוגדרים היטב, בין השאר בשל מחסור במודלים של בעלי חיים המשחזרים את המעבר מנשאות א-סימפטומטית למחלה קלינית קשה.
מאמר זה מתאר מודל עכבר חדשני המשחזר את המעבר של פנאומוקוקים מהובלה אסימפטומטית למחלה עם זיהום ויראלי. במודל זה, עכברים מחוסנים תחילה תוך אפית בפנאומוקוקים שגודלו בביופילם כדי ליצור הובלה א-סימפטומטית, ולאחר מכן זיהום IAV הן בלוע והן בריאות. התוצאה היא הפצת חיידקים לריאות, דלקת ריאות וסימני מחלה ברורים שיכולים להתקדם לקטלניות. מידת המחלה תלויה בזן החיידק ובגורמים המאכסן.
חשוב לציין כי מודל זה משחזר את רגישות ההזדקנות, מכיוון שבהשוואה לעכברים צעירים, עכברים זקנים מפגינים מחלה קלינית קשה יותר ונכנעים למחלות בתדירות גבוהה יותר. על ידי הפרדת ההובלה והמחלה לשלבים נפרדים ומתן הזדמנות לנתח את הווריאנטים הגנטיים הן של הפתוגן והן של המאכסן, מודל זה של S. pneumoniae/IAV מאפשר בחינה מפורטת של יחסי הגומלין של פתוביונט חשוב עם המארח בשלבים שונים של התקדמות המחלה. מודל זה יכול לשמש גם ככלי חשוב לזיהוי מטרות טיפוליות פוטנציאליות נגד דלקת ריאות פנאומוקוקית משנית בפונדקאים רגישים.
Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) הם חיידקים גראם-חיוביים השוכנים באופן אסימפטומטי בלוע של רוב האנשים הבריאים 1,2. מקודם על ידי גורמים שאינם מוגדרים לחלוטין, pneumococci יכול לעבור ממתיישבים שפירים של nasopharynx לפתוגנים המתפשטים לאיברים אחרים וכתוצאה מכך זיהומים חמורים, כולל דלקת האוזן התיכונה, דלקת ריאות, חיידקים, חיידקי3. הצגת מחלת הפנאומוקוק תלויה בחלקה בהבדלים ספציפיים לזן, כולל הסרוטיפ, המבוסס על הרכב פוליסכרידים קפסולריים. עד כה אופיינו מעל 100 סרוטיפים, וחלקם קשורים לזיהומים פולשניים יותר 4,5. מספר גורמים נוספים מגבירים את הסיכון למחלת פנאומוקוק. גורם אחד כזה הוא זיהום ויראלי, שבו הסיכון לדלקת ריאות פנאומוקוקית גדל פי 100 על ידי IAV 6,7. מבחינה היסטורית, S. pneumoniae הוא אחד הגורמים השכיחים ביותר לדלקת ריאות חיידקית משנית לאחר שפעת והוא קשור לתוצאות גרועות יותר8. גורם סיכון מרכזי נוסף הוא הגיל המתקדם. למעשה, S. pneumoniae הוא הגורם המוביל לדלקת ריאות חיידקית שנרכשה בקהילה בקרב קשישים מעל גיל65 9,10. קשישים מהווים את רוב (>75%) ממקרי המוות כתוצאה מדלקת ריאות ושפעת, מה שמצביע על כך ששני גורמי הסיכון – הזדקנות וזיהום IAV – מחמירים באופן סינרגטי את הרגישות למחלות11,12,13,14. עם זאת, המנגנונים שבאמצעותם זיהום ויראלי גורם למעבר של פנאומוקוקים ממתיישב אסימפטומטי לפתוגן פולשני וכיצד זה מעוצב על ידי גורמים מארחים נותרו מוגדרים בצורה גרועה. זה נובע בעיקר מהיעדר מודל של בעלי חיים קטנים המשחזר את המעבר מנשאות פנאומוקוק אסימפטומטית למחלה קלינית קריטית.
מחקרי זיהום משותף מודלו באופן קלאסי בעכברים שחוסנו בפנאומוקוקים ישירות לריאות 7 ימים לאחר זיהום שפעת15,16. זה משחזר את הרגישות לדלקת ריאות חיידקית משנית והוא אידיאלי לחקר האופן שבו תגובות חיסוניות אנטי-ויראליות פוגעות בהגנות אנטיבקטריאליות17. עם זאת, מחקרי אורך בבני אדם הוכיחו כי נשיאת פנאומוקוק בלוע, שם החיידקים יכולים ליצור ביופילמים אסימפטומטיים18, קשורה באופן אחיד למחלות פולשניות 19,20. חיידקים מבודדים מזיהומים של האוזן התיכונה, הריאה והדם זהים גנטית לאלה הנמצאים בלוע20. לכן, כדי לחקור את המעבר מהובלה א-סימפטומטית למחלה פולשנית בעקבות זיהום IAV, הוקם מודל שבו עכברים קיבלו פנאומוקוקים שגודלו בביופילם תוך אפי ואחריו זיהום IAV של הלוע21,22. זיהום ויראלי של דרכי הנשימה העליונות הוביל לשינויים בסביבה המארחת שהובילו לפיזור הפנאומוקוקים מהביופילמים והתפשטותם לדרכי הנשימה התחתונות21. חיידקים מפוזרים אלה היו בעלי ביטוי מוגבר של גורמי אלימות החשובים לזיהום, והפכו אותם ממתיישבים לפתוגנים21. תצפיות אלה מדגישות את האינטראקציה המורכבת בין הנגיף, המאכסן והחיידק ומראות כי לשינויים במארח הנגרמים על ידי זיהום ויראלי יש השפעה ישירה על התנהגות הפנאומוקוק, אשר, בתורו, משנה את מהלך הזיהום החיידקי. עם זאת, מודל זה אינו מצליח לשחזר את סימני המחלה החמורים שנצפו בבני אדם, ככל הנראה משום שהנגיף מוגבל לחלל האף, וההשפעות המערכתיות של זיהום ויראלי על חסינות המאכסן ונזק לריאות אינן משוחזרות.
לאחרונה ביססנו מודל המשלב את האינטראקציה המורכבת בין המאכסן לפתוגנים, אך גם מחקה באופן הדוק יותר את חומרת המחלה שנצפתה בבני אדם23 . במודל זה, עכברים נדבקים תחילה תוך אפית בפנאומוקוקים שגודלו בביופילם כדי ליצור הובלה א-סימפטומטית, ולאחר מכן זיהום IAV הן בלוע והן בריאות. זה הביא להפצת חיידקים לריאות, דלקת ריאות ומחלות שהתקדמו לקטלניות אצל חלק קטן מהעכברים הצעירים23. מחקר קודם זה הראה כי הן זיהום ויראלי והן זיהום חיידקי שינו את הגנת המאכסן: זיהום נגיפי קידם הפצת חיידקים, והתיישבות חיידקים קודמת פגעה ביכולתו של המארח לשלוט ברמות IAV ריאתי23. בחינת התגובה החיסונית גילתה כי זיהום IAV הפחית את הפעילות האנטיבקטריאלית של נויטרופילים, בעוד שהתיישבות חיידקים הקהתה את תגובת אינטרפרון מסוג I הקריטית להגנה אנטי-ויראלית23. חשוב לציין, מודל זה שיחזר את הרגישות של ההזדקנות. בהשוואה לעכברים צעירים, עכברים זקנים הראו סימני מחלה מוקדם יותר, הראו מחלה קלינית חמורה יותר, ונכנעו לזיהום בתדירות גבוהה יותר23. העבודה המוצגת בכתב יד זה מראה כי מידת המחלה תלויה גם בזן החיידקי, משום שזנים פולשניים של פנאומוקוק מפגינים הפצה יעילה יותר על זיהום IAV, מראים סימנים גלויים יותר של דלקת ריאות, וגורמים לשיעורי תחלואה מואצים בהשוואה לזנים לא פולשניים. לפיכך, מודל זה של S. pneumoniae/IAV מאפשר בחינה מפורטת של גורמים פתוגניים ומארחים כאחד, והוא מתאים היטב לחקר תגובות חיסוניות לזיהומים רב-מיקרוביאליים בשלבים השונים של התקדמות המחלה.
רוב המחקרים הניסיוניים הקיימים של S. pneumoniae/IAV מסתמכים על העברת חיידקים לריאות של עכברים שנדבקו מראש ב-IAV. מודלים אלה סייעו לזהות שינויים בסביבת הריאות ובתגובה חיסונית מערכתית שהופכים את המארח לרגיש לזיהום חיידקי משני15,16,17,32,33,34,35,36,37. עם זאת, מודלים אלה לא הצליחו לחקות את המעבר של S. pneumoniae מ colonizer אסימפטומטית לפתוגן המסוגל לגרום לזיהומים ריאתיים וסיסטמיים חמורים. יתר על כן, מודלים אלה אינם מתאימים לחקר הגורמים המארחים ואינטראקציות מארח-פתוגן בדרכי הנשימה העליונות התורמות לרגישות לזיהום. מודל קודם לתנועה של פנאומוקוקים מהלוע לריאה לאחר זיהום IAV הסתמך על זיהום חיידקי של הלוע ואחריו זיהום ויראלי. עם זאת, הוא לא הצליח לשחזר את סימני המחלה החמורים שנצפו בחולים אנושיים21. מודל זיהום מורין שונה המתואר כאן משחזר את המעבר של S. pneumoniae מהובלה אסימפטומטית לפתוגן הגורם למחלה קלינית קשה.
שלב קריטי של מודל זה הוא הקמת זיהום S. pneumoniae ב nasopharynx. Streptococcus pneumoniae יוצרים ביופילמים ומאכלסים את הלוע ביעילות שונה21,38. כדי לבסס זיהום עקבי, נדרשים לפחות 5 × 106 CFU של זני חיידקים שגודלו בביופילם שנבדקו עד כה23. מומלץ לבדוק כל זן חיידקי חדש לזיהום יציב של הלוע לפני הדבקה ויראלית. עבור זיהום משותף ויראלי, מחקרים קודמים מצאו כי זיהום תוך אפי עם IAV נדרש לפיזור החיידקים מן הלוע21,22,23. במחקרים קודמים אלה, 500 PFU של IAV עבור משלוח intranasal שימשו, בעוד במחקר זה, 200 PFU היו מספיקים כדי להגדיל את מספר החיידקים בלוע. זיהום IAV אינו מוגבל לדרכי הנשימה העליונות ויכול להתפשט לריאות39,40, שהוא המפתח להפיכת הסביבה הריאתית למתירנית יותר לזיהום חיידקי15,16,41. משלוח IAV לריאות יכול להיות מושג על ידי משלוח intranasal או התקנה intratracheal של עכברים מורדמים. עבודה קודמת עם עכברי BALB/cByJ מצאה כי העברה תוך אפית גורמת לדלקת ריאות ויראלית21; עם זאת, הגישה של החיסון לריאות לאחר חיסון תוך אפי מוגבלת יותר בעכברי C57BL/6. בעכברי C57BL/6, נדרשת התקנה תוך טרכאלית לאספקה עקבית של הנגיף23. במודל זה, נשאות חיידקים קודמת מאיצה את הצגת תסמיני המחלה לאחר זיהום ויראלי23. מכיוון שזיהום ויראלי כשלעצמו יכול לגרום לתסמיני מחלה עם שונות פוטנציאלית בקינטיקה, מומלץ לבדוק תחילה מגוון מינונים לכל זן נגיפי חדש שנבדק ולבחור מינון החושף קינטיקה מואצת אצל מארחים שנדבקו במשותף.
הריאות מספקות קריאה קריטית נוספת להערכת מחלות במודל זה. להערכת נטל הפתוגן וזרם תאי החיסון, ניתן להשתמש בריאה מאותו עכבר. עם זאת, מכיוון שזיהום וחומרת דלקת יכולים להיות שונים בין אונות, מומלץ לא לקחת אונות שונות של אותה ריאה להערכות השונות. במקום זאת, ניתן לטחון את כל האונות לחתיכות קטנות, לערבב היטב יחד, ואז לנתח אותן באופן שווה עבור ההערכות השונות. באופן דומה, nasopharynx יכול לשמש לספירה של CFU חיידקי או PFU נגיפי ותגובה חיסונית. עם זאת, מספר התאים המתקבלים מהשטיפות והרקמה נמוך מכדי לבצע ציטומטריית זרימה מבלי לאגד את הדגימות מעכברים באותה קבוצה. לחלופין, דלקת בלוע ניתן להעריך היסטולוגית23.
מאפיין קריטי של מודל זה הוא שהוא משחזר את המחלה הקלינית שנצפתה בחולים. בבני אדם, דלקת ריאות פנאומוקוקית משנית לאחר זיהום IAV גורמת לעתים קרובות לסימנים ברורים של מחלה, כולל שיעול, קוצר נשימה, חום וכאבי שרירים שיכולים להוביל לאשפוזים, כשל נשימתי, ואפילו מוות 8,15,42,43. מודל זה משחזר את הסימנים החמורים של מחלה קלינית שנצפו בבני אדם במונחים של קשיי נשימה (המשתקפים בניקוד הנשימה) וחולשה כללית (המשתקפת בציוני יציבה ותנועה) שהוצגו על ידי העכברים, כמו גם מוות בחלק מקבוצת הביקורת הצעירה והבריאה. תסמיני המחלה המחמירים בעכברים שנדבקו במשותף הם ככל הנראה תוצאה של הפצת חיידקים לריאות ופגיעה בסילוק הנגיפים בעכברים עם נשאה פנאומוקוקית23. מגבלה של המודל היא ששכיחות המחלה הקלינית והפצת החיידקים מהלוע משתנה בין עכברים ומושפעת מזן חיידקי, גיל המאכסן וגנוטיפ21,22,23. המשקף זאת, עבור זנים פולשניים, ההתקדמות מזיהום מקומי (ללא חיידק ניתן לזיהוי) למוות יכולה להתרחש תוך 24 שעות. לכן, להערכה אמיתית של התפשטות מערכתית, יש לעקוב אחר חיידקים בפרקי זמן קצרים יותר (כל 6-12 שעות). באופן דומה, ציון המחלה יכול להשתנות במהירות, במיוחד ב -72 השעות הראשונות לאחר זיהום משותף. לכן, כדי לעקוב מקרוב אחר תסמיני המחלה, מומלץ לעקוב אחר עכברים שלוש פעמים ביום במשך ימים 1-3 לאחר זיהום IAV.
לסיכום, מודל זה משכפל את התנועה של S. pneumoniae ממתיישב אסימפטומטי של הלוע לפתוגן המסוגל לגרום למחלה ריאתית וסיסטמית עם זיהום IAV. במודל זה, IAV מעורר את המעבר של S. pneumoniae באמצעות שינוי ההתנהגות החיידקית בלוע, הגברת התפשטות החיידקים לריאה, ושינוי חסינות אנטיבקטריאלית23. באופן דומה, הובלת חיידקים מקהה את התגובה החיסונית האנטי-ויראלית ופוגעת בסילוק IAV מהריאות23. זה הופך את המודל הזה לאידיאלי לניתוח שינויים בתגובות החיסון בזיהומים חד-מיקרוביאליים לעומת זיהומים רב-מיקרוביאליים. בנוסף, מהלך המחלה לאחר זיהום משותף תלוי, בחלקו, בזן של pneumococci נוכח nasopharynx. לכן, המודל מתאים לנתח את הגורמים החיידקיים הדרושים לנשאות אסימפטומטית לעומת מעבר פתוגני של S. pneumoniae. לבסוף, מודל זה משחזר את רגישות ההזדקנות לזיהומים משותפים, ולמרות שזה לא נבדק כאן, ניתן להשתמש בו בקלות כדי להעריך את ההשפעה של רקע המארח על מהלך המחלה. לסיכום, הפרדת ההובלה והמחלה לשלבים נפרדים מספקת הזדמנות לנתח את הווריאנטים הגנטיים הן של הפתוגנים והן של המאכסן, ומאפשרת בחינה מפורטת של יחסי הגומלין של פתוביונט חשוב עם המארח בשלבים שונים של התקדמות המחלה. בעתיד, מודל זה יכול לשמש להתאמת אפשרויות טיפול עבור מארחים פגיעים.
The authors have nothing to disclose.
ברצוננו להודות לניק לנהרד על הקריאה והעריכה הביקורתית של כתב היד הזה. ברצוננו להודות גם לאנדרו קמילי ואנתוני קמפנארי על זני החיידקים ולברוס דייווידסון על הזנים הנגיפיים. עבודה זו נתמכה על ידי מענק המכון הלאומי לבריאות (R21AG071268-01) ל- J.L. והמכון הלאומי למענקי בריאות (R21AI145370-01A1), (R01AG068568-01A1), (R21AG071268-01) ל- E.N.B.G.
4-Aminobenzoic acid | Fisher | AAA1267318 | Mix I stock |
96-well round bottom plates | Greiner Bio-One | 650101 | |
100 µm Filters | Fisher | 07-201-432 | |
Adenine | Fisher | AC147440250 | Mix I stock |
Avicel | Fisher | 501785325 | Microcyrstalline cellulose |
BD Cytofix Fixation Buffer | Fisher | BDB554655 | Fixation Buffer |
BD Fortessa | Flow cytometer | ||
BD Intramedic Polyethylene Tubing | Fisher | 427410 | Tubing for nasal lavage |
BD Disposable Syringes with Luer-Lok Tips (1 mL) | Fisher | 14-823-30 | |
BD Microtainer Capillary Blood Collector and BD Microgard Closure | Fisher | 02-675-185 | Blood collection tubes |
Beta-Nicotinamide adenine dinucleotide | Fisher | AAJ6233703 | Mix IV stock |
Biotin | Fisher | AC230090010 | Vitamin stock |
C57BL/6J mice | The Jackson Laboratory | #000644 | Mice used in this study |
Calcium Chloride Anhydrous | Fisher Chemical | C77-500 | Mix I stock |
CD103 BV 421 | BD Bioscience | BDB562771 | Clone: M290 DF 1:200 |
CD11b APC | Invitrogen | 50-112-9622 | Clone: M1/70, DF 1:300 |
CD11c PE | BD Bioscience | BDB565592 | Clone: N418 DF 1:200 |
CD3 AF 488 | BD Bioscience | OB153030 | Clone: 145-2C11 DF 1:200 |
CD4 V450 | BD Horizon | BDB560470 | Clone: RM4.5 DF 1:300 |
CD45 APC eF-780 | BD Bioscience | 50-112-9642 | Clone: 30-F11 DF 1:200 |
CD45 PE | Invitrogen | 50-103-70 | Clone: 30-F11 DF 1:200 |
CD8α BV 650 | BD Horizon | BDB563234 | Clone: 53-6.7 DF 1:200 |
Choline chloride | Fisher | AC110290500 | Final supplement to CDM |
Corning Disposable Vacuum Filter/Storage Systems | Fisher | 09-761-107 | Filter sterilzation apparatus |
Corning Tissue Culture Treated T-25 Flasks | Fisher | 10-126-9 | |
Corning Costar Clear Multiple Well Plates | Fisher | 07-201-590 | |
Corning DMEM With L-Glutamine and 4.5 g/L Glucose; Without Sodium Pyruvate | Fisher | MT10017CM | |
Cyanocobalamin | Fisher | AC405925000 | Mix I stock |
D39 | National Collection of Type Culture (NCTC) | NCTC 7466 | Streptococcus pneumoniae strain |
D-Alanine | Fisher | AAA1023114 | Mix I stock |
D-Calcium pantothenate | Fisher | AC243301000 | Vitamin stock |
Dextrose | Fisher Chemical | D16-500 | Starter stock |
Dnase | Worthington Biochemical | LS002147 | |
Eagles Minimum Essential Medium | ATCC | 30-2003 | |
EDTA | VWR | BDH4616-500G | |
EF3030 | Center for Disease Control and Prevention | Available via the isolate bank request | Streptococcus pneumoniae strain, request using strain name |
F480 PE Cy7 | BD Bioscience | 50-112-9713 | Clone: BMB DF 1:200 |
Falcon 50 mL Conical Centrifuge Tubes | Fisher | 14-432-22 | 50 mL round bottom tube |
Falcon Round-Bottom Polypropylene Test Tubes With Cap | Fisher | 14-959-11B | 15 mL round bottom tube |
Falcon Round-Bottom Polystyrene Test Tubes (5 mL) | Fisher | 14-959-5 | FACS tubes |
FBS | Thermofisher | 10437-028 | |
Ferric Nitrate Nonahydrate | Fisher | I110-100 | Mix III stock |
Fisherbrand Delicate Dissecting Scissors | Fisher | 08-951-5 | Instruments used for harvest |
Fisherbrand Disposable Inoculating Loops | Fisher | 22-363-602 | Inoculating loops |
Fisherbrand Dissecting Tissue Forceps | Fisher | 13-812-38 | Forceps for harvest |
Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5 mL | Fisher | 05-408-137 | Micocentrifuge tubes |
Fisherbrand Sterile Syringes for Single Use (10 mL) | Fisher | 14-955-459 | |
Folic Acid | Fisher | AC216630500 | Vitamin stock |
Gibco RPMI 1640 (ATCC) | Fisher | A1049101 | |
Gibco DPBS, no calcium, no magnesium | Fisher | 14190250 | |
Gibco HBSS, calcium, magnesium, no phenol red | Fisher | 14025134 | |
Gibco MEM (Temin's modification) (2x), no phenol red | Fisher | 11-935-046 | |
Gibco Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL) | Fisher | 15-140-122 | |
Gibco Trypan Blue Solution, 0.4% | Fisher | 15-250-061 | |
Gibco Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red | Fisher | 25-200-056 | |
Glycerol (Certified ACS) | Fisher | G33-4 | |
Glycine | Fisher | AA3643530 | Amino acid stock |
Guanine | Fisher | AAA1202414 | Mix II stock |
Invitrogen UltraComp eBeads Compensation Beads | Fisher | 50-112-9040 | |
Iron (II) sulfate heptahydrate | Fisher | AAA1517836 | Mix III stock |
L-Alanine | Fisher | AAJ6027918 | Amino acid stock |
L-Arginine | Fisher | AAA1573814 | Amino acid stock |
L-Asparagine | Fisher | AAB2147322 | Amino acid stock |
L-Aspartic acid | Fisher | AAA1352022 | Amino acid stock |
L-Cysteine | Fisher | AAA1043518 | Amino acid stock |
L-Cysteine hydrochloride monohydrate | Fisher | AAA1038914 | Final supplement to CDM |
L-Cystine | Fisher | AAA1376218 | Amino acid stock |
L-Glutamic acid | Fisher | AC156211000 | Amino acid stock |
L-Glutamine | Fisher | O2956-100 | Amino acid stock |
L-Histidine | Fisher | AC166150250 | Amino acid stock |
LIFE TECHNOLOGIES LIVE/DEAD Fixable Blue Dead Cell Stain Kit, for UV excitation | Invitrogen | 50-112-1524 | Clone: N/A DF 1:500 |
L-Isoleucine | Fisher | AC166170250 | Amino acid stock |
L-Leucine | Fisher | BP385-100 | Amino acid stock |
L-Lysine | Fisher | AAJ6222514 | Amino acid stock |
L-Methionine | Fisher | AAA1031822 | Amino acid stock |
Low endotoxin BSA | Sigma Aldrich | A1470-10G | |
L-Phenylalanine | Fisher | AAA1323814 | Amino acid stock |
L-Proline | Fisher | AAA1019922 | Amino acid stock |
L-Serine | Fisher | AC132660250 | Amino acid stock |
L-Threonine | Fisher | AC138930250 | Amino acid stock |
L-Tryptophan | Fisher | AAA1023014 | Amino acid stock |
L-Valine | Fisher | AAA1272014 | Amino acid stock |
Ly6C BV 605 | BD Bioscience | BDB563011 | Clone: AL-21 DF 1:300 |
Ly6G AF 488 | Biolegend | NC1102120 | Clone: IA8, DF 1:300 |
Madin-Darby Canine Kidney (MDCK) cells | American Type Culture Collection (ATCC) | CCL-34 | MDCK cell line for PFU analuysis |
Magnesium Sulfate 7-Hydrate | Fisher | 60-019-68 | CDM starter stock |
Manganese Sulfate | Fisher | M113-500 | Mix I stock |
MilQ water | Ultra-pure water | ||
Mouse Fc Block | BD Bioscience | BDB553142 | Clone: 2.4G2 DF 1:100 |
MWI VETERINARY PURALUBE VET OINTMENT | Fisher | NC1886507 | Eye lubricant for infection |
NCI-H292 mucoepidermoid carcinoma cell line | ATCC | CRL-1848 | H292 lung epithelial cell line for biofilm growth |
Niacinamide | Fisher | 18-604-792 | Vitamin stock |
NK 1.1 AF 700 | BD Bioscience | 50-112-4692 | Clone: PK136 DF 1:200 |
Oxyrase For Broth 50Ml Bottle 1/Pk | Fisher | 50-200-5299 | To remove oxygen from liquid cultures |
Paraformaldehyde 4% in PBS | Thermoscientific | J19932-K2 | |
Pivetal Isoflurane | Patterson Veterinary | 07-893-8440 | Isoflurane for anesthesia during infection |
Potassium Phosphate Dibasic | Fisher Chemical | P288-500 | Starter stock |
Potassium Phosphate Monobasic | Fisher Chemical | P285-500 | Starter stock |
Pyridoxal hydrochloride | Fisher | AC352710250 | Vitamin stock |
Pyridoxamine dihydrochloride | Fisher | AAJ6267906 | Mix I stock |
Riboflavin | Fisher | AC132350250 | Vitamin stock |
Sodium Acetate | VWR | 0530-500G | Starter stock |
Sodium Azide | Fisher Bioreagents | BP922I-500 | For FACS buffer |
Sodium Bicarbonate | Fisher Chemical | S233-500 | Starter stock and final supplement to CDM |
Sodium Phosphate Dibasic | Fisher Chemical | S374-500 | Starter stock |
Sodium Phosphate Monobasic | Fisher Chemical | S369-500 | Starter stock |
TCR APC | BD Bioscience | 50-112-8889 | Clone: GL-3 DF 1:200 |
TCRβ APC-Cy7 | BD Pharmigen | BDB560656 | Clone: H57-597 DF 1:200 |
Thermo Scientific Blood Agar with Gentamicin | Fisher | R01227 | Blood agar plates with the antibiotic gentamicin |
Thermo Scientific Trypsin, TPCK Treated | Fisher | PI20233 | |
Thiamine hydrochloride | Fisher | AC148991000 | Vitamin stock |
TIGR4 | ATCC | BAA-334 | Streptococcus pneumoniae strain |
Uracil | Fisher | AC157300250 | Mix II stock |
Worthington Biochemical Corporation Collagenase, Type 2, 1 g | Fisher | NC9693955 |