Name: Telomer G-çıkıntı Yapısı incelenmesi Trypanosoma brucei /em (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-01-26T17:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 25 s
Description: Keşfedin, Trypanosoma brucei'de telomer G-çıkıntı yapısını incelemek için jel içi hibridizasyon ve ligasyon aracılı primer uzatma yöntemlerini kullanarak kromozom stabilitesi ve telomeraz fonksiyonlarını nasıl analiz edebilirsiniz.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz bilimsel tartışmalar ve anlayışlı önerileri için Dr. Carolyn Fiyat teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma NIH hibe AI066095 (PI: Bibo Li) tarafından desteklenmektedir.

<ol><li>Munoz-Jordan, J. L., Cross, G. A., de Lange, T., Griffith, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((t-loops+at+trypanosome+telomeres%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">t-loops at trypanosome telomeres.</a> EMBO J. 20, 579-588 (2001).</li>
<li>Li, B., Espinal, A., Cross, G. A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trypanosome+telomeres+are+protected+by+a+homologue+of+mammalian+TRF2%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Trypanosome telomeres are protected by a homologue of mammalian TRF2.</a> Mol Cell Biol. 25, 5011-5021 (2005).</li>
<li>Wellinger, R. J., Wolf, A. J., Zakian, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Saccharomyces+telomeres+acquire+single-strand+TG1-3+tails+late+in+S+phase%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Saccharomyces telomeres acquire single-strand TG1-3 tails late in S phase.</a> Cell. 72, 51-60 (1993).</li>
<li>McElligott, R., Wellinger, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+terminal+DNA+structure+of+mammalian+chromosomes%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">The terminal DNA structure of mammalian chromosomes.</a> EMBO J. 16, 3705-3714 (1997).</li>
<li>Harrington, L. A., Greider, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Telomerase+primer+specificity+and+chromosome+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Telomerase primer specificity and chromosome healing.</a> Nature. 353, 451-454 (1991).</li>
<li>Jacob, N. K., Skopp, R., Price, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((G-overhang+dynamics+at+Tetrahymena+telomeres%5BTitle%5D)+AND+%22Embo+J%22%5BJournal%5D)">G-overhang dynamics at Tetrahymena telomeres.</a> Embo J. 20, 4299-4308 (2001).</li>
<li>Barry, J. D., McCulloch, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antigenic+variation+in+trypanosomes%3A+enhanced+phenotypic+variation+in+a+eukaryotic+parasite%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Antigenic variation in trypanosomes: enhanced phenotypic variation in a eukaryotic parasite.</a> Adv Parasitol. 49, 1-70 (2001).</li>
<li>Yang, X., Figueiredo, L. M., Espinal, A., Okubo, E., Li, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RAP1+is+essential+for+silencing+telomeric+variant+surface+glycoprotein+genes+in+Trypanosoma+brucei%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RAP1 is essential for silencing telomeric variant surface glycoprotein genes in Trypanosoma brucei.</a> Cell. 137, 99-109 (2009).</li>
</ol>

Trypanosoma brucei insanlarda hastalık uyku neden olur. Bu hastalık, tedavi edilmediği takdirde, kaçınılmaz olarak ölümcül T. memeli ev sahipliği brucei hücrelerin düzenli konağın bağışıklık saldırı 7 kaçınmak için antijenik değişim yaşanmadığını. Bu nedenle T. ortadan kaldırmak için çok zordur. brucei bir enfeksiyon kez hücreleri kurulmuştur. Biz son zamanlarda telomer T. ifade düzenlenmesinde önemli bir rol oynadığını göstermiştir brucei yüzey a...

<table><tbody><tr><td>SeaKem LE Agaroz</td><td>Lonza Inc.</td><td>50004</td><td></td></tr><tr><td>Agaroz Tip VII (düşük erime noktalı agaroz)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A4018</td><td></td></tr><tr><td>Proteinaz K, rekombinant, PCR kalite</td><td>Roche Group</td><td>03 115801001</td><td></td></tr><tr><td>Exo I</td><td>New England Biolabs</td><td>M0293</td><td></td></tr><tr><td>Exo T</td><td>New England Biolabs</td><td>M0265</td><td></td></tr><tr><td>T7 ekzonükleaz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0263</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA polimeraz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0203</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick nükleotid giderme kiti</td><td>Qiagen</td><td>28304</td><td></td></tr></tbody></table>

telomer g-çıkıntı yapısı incelenmesi trypanosoma brucei</em

Examination of the Telomere G-overhang Structure in Trypanosoma brucei

Maya, omurgalıların ve Trypanosoma brucei dahil olmak üzere pek çok ökaryotlarda telomer G-çıkıntı yapı tespit edilmiştir. Telomeraz için de novo telomer DNA sentezi için substrat olarak görür ve bu nedenle telomer bakımı için önemlidir. T. brucei sığır ve nagana insanlarda uyku hastalığa neden olan bir protozoa bir parazittir . Hastalığa yakalandıktan sonra konak memeli, T. brucei hücre yüzey antijeni konağın bağışıklık saldırı kaçınmak için düzenli geçer. Yakın zamanda göstermiştir ki T. brucei telomer yapısı T. için kritik yüzey antijeni gen ekspresyonu, düzenlenmesinde önemli bir rol oynar brucei patogenezinde. Ancak, T. brucei telomer yapısı bu özel yapının analizi için yöntemler sınırlaması nedeniyle yoğun çalışma yapılmamıştır. Şimdi başarıyla hibridizasyon ve telomer G-çıkıntı yapısının incelenmesi ve T. telomer terminal nükleotid belirlenmesi için bir adaptör ligasyonu yöntemi ligasyonu aracılı astar uzatma yöntemleri jel doğal kabul brucei hücreleri. Burada ayrıntılı olarak protokolleri anlatmak ve onların farklı avantajları ve sınırlamaları karşılaştırın.

Telomerler kromozom istikrar için çok önemlidir ve telomer G-çıkıntı yapısı, telomeraz aracılı telomer bakımı için önemlidir. Biz son zamanlarda telomer G-çıkıntı yapı tespit etmek için iki yöntem kabul<em&gt; Trypanosoma brucei</em&gt; Jel hibridizasyon ve açıklanacaktır ligasyonu aracılı astar uzantısı, yerli vardır.

Telomer G-çıkıntı Yapısı incelenmesi Trypanosoma brucei</em

Telomer G-uzantı yapısı; maya, omurgalılar ve Trypanosoma brucei dahil olmak üzere birçok ökaryotta tanımlanmıştır. Bu yapı, substrat olarak hizmet eder ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, trap brucey hücrelerindeki telomer G çıkıntı yapısını incelemektir. Native jel hibridizasyonu, telomerin tek zincirli bölgesine doğal koşullar altında hibridize olmak için diziye özgü bir oligo prob kullanır.Bu tek zincirli bölge telomer G çıkıntı bölgesidir ve bu nedenle hibridize olan oligo prob miktarı, onun uzunluk adaptörünü temsil eder. Benzersiz oligo işaretlendiğinde, ligasyon telomer G çıkıntısının uç dizisinin belirlenmesine olanak tanır. Bu yöntem, ligasyon aracılı primer uzatma analizi için, diziye özgü bir adaptörün telomer G çıkıntı yapısının ucuna ligasyonunu içerir.Kılavuz oligo, kromozom uçlarına ligasyonu yapılmadan önce uçtan etiketlenir ve benzersiz oligoya analdir. Ligasyonun ardından, T four DNA polimeraz kullanılarak birincil uzama gerçekleştirilir. G çıkıntısının uzunluğu daha sonra belirlenebilir; burada N adaptördeki kılavuz oligonun uzunluğunu temsil ederken, ürün gerçek G çıkıntısından n eksi altı nükleotid daha uzundur.Merhaba, ben Cleveland State Üniversitesi Biyolojik, Jeolojik ve Çevresel Bilimler Bölümü'nde yardımcı doçent olan bi Bo. Selam, ben Gio. Dr. Lee'nin laboratuvarında lisansüstü öğrencisiyim ve bugün size geo

examination-of-the-telomere-g-overhang-structure-in-trypanosoma-brucei

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Afrika tripanozomlarındaki glikozom dinamiklerinin, elektron ve floresan mikroskobu gibi geleneksel hücre biyolojisi teknikleriyle incelenmesi zordur.  Dinamik organel davranışını gözlemlemenin bir yolu olarak, canlı parazitlerde gerçek zamanlı glikozom dinamiklerini izlemek için akış sitometrisi ile birlikte bir floresan-organel raportör sistemi kullanılmıştır.

Floresan Proteinleri kullanarak Afrika tripanosom içinde Glycosome Dynamics Monitör

Tekrarlayan dizileri gözlemlemek ve ölçmek için Caenorhabditis elegans'ın gonadında ve embriyolarında kısa bir floresan in situ hibridizasyon (FISH) prosedürü rapor ediyoruz. Telomer tekrarları ve telomerlerin alternatif uzama şablonu (TALT) olmak üzere iki farklı tekrarlayan diziyi başarıyla gözlemledik ve ölçtük.

Gözlem ve telomer Niceleme ve Tekrarlayan Diziler kullanma Floresan<em&gt; In Situ</emPNA Sondalar&gt; ile hibridizasyon (FISH)<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Bir proteine bir etiket eklemek, onun işlevi hakkında fikir edinmenin güçlü bir yoludur. Burada, yüzlerce Trypanosoma brucei proteinini paralel olarak endojen olarak etiketlemek için bir protokol açıklıyoruz, böylece genom ölçeği etiketlemesi elde edilebilir.

Yüksek verimli Gen Etiketleme içinde<em&gt; Trypanosoma brucei</em

İn vitro olarak yetiştirilen Afrika tripanozomları, düşük bir oranda antijenik varyasyona uğrar, öyle ki popülasyonlar, baskın bir varyant yüzey glikoprotein (VSG) tipini ifade eden parazitlerden ve küçük bir "anahtarlamalı" varyant popülasyonundan oluşur.  Bu protokol, bu popülasyonları tespit etmek ve ölçmek için hızlı bir yöntemi tanımlar.

Algılama<em&gt; Trypanosoma brucei</emManyetik Aktif Hücre Sorting ve Akış Sitometrisi ile&gt; Varyant Yüzey Glikoprotein Değiştirme

Bu rapor, kalın biyolojik örneklerin taramalı transmisyon elektron tomografisini gerçekleştirmek için bir numune hazırlama protokolünü ve özel görüntüleme koşullarını açıklar.

Tarama Transmisyon Elektron Tomografi ile hazırlanması ve Kalın Biyolojik Örneklerinin Gözlem

Bu makalede, telomer uzunluğunun hızlı ve etkin bir şekilde doğrudan ölçülmesini sağlayan, modifiye edilmiş bir terminal kısıtlama fragmanı analizi kullanarak telomer uzunluğunun nicelleştirilmesi için ayrıntılı bir protokol tartışılmıştır. Bu teknik telomer uzunluğunu ölçmek için çeşitli DNA hücreleri kaynaklarına uygulanabilir.

Jel Hibridizasyonunu Kullanarak Telomer Uzunluğunu Nicellemek İçin Modifiye Terminal Restriction Fragment Analysis

Trypanosoma cruzi Ajan Chagas hastalığının klinik olarak tanınan patoloji aniden geliştirmek uzun ömürlü asemptomatik enfeksiyondan üretir. Aşağıdaki araştırma Protokolü cinsel üst nesneden döl için aktarılan T. cruzi enfeksiyon çözülmeye bir kısa vadede ailesi tabanlı epidemiyolojik çalışma açıklar.

Naive arkadaşları için kadın ve erkek üzerinden Amerikan Tripanozomlar cinsel iletim

Bu yöntem kan trypanosome ayrılma memeli kan hücreleri daha az negatif olmak onların yüzey şarj bağlı olarak değişir. Enfekte kan yerleştirilir ve bir anyon değiştirici sütun tedavi. Bu yöntem, en uygun teşhis için Afrika tripanozomiyasına, immünolojik, biyolojik, biyokimyasal, ilaç ve moleküler biyoloji İncelemeler için saflaştırılmış parazitler sağlar.

Afrika, anyon-değiştiriciler (Diethylaminoethyl-selüloz sütunlar) tarafından kandan da dahil olmak üzere hücre dışı Tripanozomlar arıtma

İnce Iğne aspirasyonu bir tekniktir, bu sayede hücreler ince bir iğne kullanarak bir lezyonun veya organdan elde edilir. Aspirated malzeme bulaşmış, lekelenmiş ve tanı için bir mikroskop altında incelenmiştir veya moleküler biyoloji, sitometri veya in vitro analiz için kullanılır. Ucuz, basit, hızlı ve minimal travma neden olur.

Ince Iğne aspirasyonu ile Ekstrasovasküler Trypanosoma parazitlerin tespiti

Bu çalışma, Chagas hastalığından sorumlu patojen olan Trypanosoma cruzi'nin üç in vitro yaşam döngüsü aşamasında ultrayapı genişletme mikroskobunu gerçekleştirmek için ayrıntılı bir protokol göstermektedir. Hücre iskeleti proteinleri ve pan-proteom etiketleme için optimize edilmiş tekniği dahil ediyoruz.

Ultrastrüktürel Genleşme Mikroskobu in Üç İn Vitro Yaşam Döngüsü Aşamaları Trypanosoma cruzi

Bu protokol, telomerik DNA bağlayıcı proteinler (Telomer Tekrar Bağlama Faktörü 1 [TRF1] ve TRF2) ile insan hücrelerinden ekstrakte edilen uzun telomerler arasındaki etkileşimleri incelemek için tek moleküllü manyetik cımbızların kullanılmasını göstermektedir. Telomerler ve telomerik tekrar bağlama faktörleri için hazırlık adımlarını, tek moleküllü deneylerin yürütülmesini ve veri toplama ve analiz yöntemlerini açıklar.

Tek Moleküllü Manyetik Cımbız Kullanarak Telomerik Protein-DNA Etkileşimlerinin İncelenmesi

Keşfedin, Trypanosoma brucei'de telomer G-çıkıntı yapısını incelemek için jel içi hibridizasyon ve ligasyon aracılı primer uzatma yöntemlerini kullanarak kromozom stabilitesi ve telomeraz fonksiyonlarını nasıl analiz edebilirsiniz.

Telomer G-çıkıntı Yapısı incelenmesi Trypanosoma brucei

Daha fazla video keşfet