Acanthamoeba türlerinin görüntülenmesi ve Amip Boyutu Analizi

Başlamak için, acanthamoeba suşlarını parlak bir alan mikroskobu altına yerleştirin. Amipi, arka planın açık gri göründüğü ve amipin koyu olduğu 4x büyütmede görselleştirin. Amiplerin katı koyu halkalar olarak görünmesini sağlamak için mikroskobun aydınlatmasını ve odağını ayarlayın.

Ardından görüntüleme yazılımını, doğru izleme için görüntüler arasında maksimum 30 saniye boşluk bırakarak düzenli aralıklarla kayıt yapacak şekilde yapılandırın. Amipleri birden fazla gün boyunca takip edin ve beş gün boyunca her 12 saatte bir saatlik segmentler halinde kayıt yapın. Mikroskop ve yazılım izin veriyorsa, tek bir oturumda birden fazla kuyu veya akış hücresi konumunu kaydetmek için XY koordinatlarını kullanın.

Gerekirse, 4x büyütmede genişletilmiş bir görünüm için tek bir kuyudan veya akış hücresinden birden çok bölümü birleştirin. Mikroskop dosyasını görüntüleme yazılımında açın. Biyografi formatının içe aktarma seçenekleri iletişim kutusu artık görülüyor.

Diyalog kutusu içinde, yığın görüntülemeyi etkinleştirin, görünümü ile seçim hiper yığını olarak ayarlayın. Ardından, bellek yönetimi altında sanal yığını kullan seçeneğini işaretleyin ve renk modunu varsayılan olarak ayarlayın. Şimdi bio format serisi seçeneklerini açın ve gerekli seriyi seçin.

Ardından Tamam’a basın. Görüntüye gidin, ardından yalnızca bir C kanalı ve bir Z kanalı seçerek yalnızca tek bir kuyunun görüntüsünü çoğaltmak için çoğalt’ı seçin. Daha fazla manipülasyon için yalnızca çoğaltılan görüntüyle çalışın. Görüntüyü dönüştürmek için resme ve ardından türe ve 8 bit’e tıklayın.

Ardından işlemi ve ardından arka planı çıkar’ı seçin. Yuvarlanan topu 10’a ayarlayın. Açık arka plan seçeneğini kontrol edin ve kayan paraboloidi seçin.

Şimdi prosese ve ardından gelişmiş kontrasta gidin. Doygun piksel ayarlarını tek tek trofozoitler için %0,1 veya hücre ve agrega grupları için %0,3 olarak ayarlayın. Varsayılan olarak siyah beyazdan daha büyük olacak şekilde görüntüye, ayarlamaya ve eşiğe sırayla tıklayın.

Bu, ikili işlem ayarlarını açacaktır. Varsayılanı seçin ve ikili maskelerin siyah arka planını kontrol edin. Her amipin kısmen görünür olmasını sağlarken arka plan gürültüsünü en aza indirmek için eşiği agresif bir şekilde ayarlayın.

Yazılım, arka planı beyaz ve amipleri siyah yapmak için renkleri tersine çevirdiyse, düzenlemeye gidin ve beyaz amip içeren siyah bir arka plana geçirmek için ters çevir’e tıklayın. Şimdi sırayla işleme tıklayın, ardından hücrelerin dış zarındaki hafif boşlukları bağlamak için ikili ve yakın tıklayın. İşlem, ikili ve doldurma deliklerine tıklayarak kalan delikleri doldurun.

Ardından şekil çizim aracını kullanın ve amip olmayan eserleri kaldırmak için düzenle’ye ve ardından doldur’a basın. Gerekirse, ikili gösterimi sonlandırmak için görüntüyü yeniden ters çevirin. Her amipin boyutunu kaydetmek için analiz et’e ve ardından parçacıkları analiz et’e tıklayın.

Ardından boyutu 10 sonsuz, sıfır ile bir arasındaki daireselliği ve gösteriyi hiçbir şeye ayarlayın. Analizi ek görseller olmadan almak için yalnızca sonuçları görüntüle ve özetle seçeneğini işaretleyin. Sonucu CSV dosyalarına kaydedin, ardından dosyaya tıklayın, ardından görüntüyü TIFF biçiminde kaydetmek için farklı kaydet ve TIFF’e tıklayın.

Adı gerektiği gibi düzenleyin.