Das übergeordnete Ziel dieses Verfahrens besteht darin, mittels Hochdurchsatz-PCR genomweite Einzelgen-Deletionen in Streptococcus sanguinis durchzuführen. Dies wird erreicht, indem zunächst drei Amplifikate mittels Hochdurchsatz-PCR-Amplifikation gewonnen werden, darunter das Antibiotikaresistenzgen sowie die upstream und downstream gelegenen DNA-Sequenzen des Zielgens. Der zweite Schritt besteht darin, das lineare rekombinante PCR-Amplifikat unter Verwendung der drei PCR-Amplifikate als Matrizen zu erhalten.
Anschließend werden die kompetenten s sanguine-Zellen vorbereitet. Im letzten Schritt wird der lineare rekombinante PCR-Amplicon in kompetente s sanguineous-Zellen transformiert. Schließlich dienen Kolonie-A-PCR-Amplifikation und DNA-Sequenzierung der Bestätigung der korrekten Mutanten.
Der Hauptvorteil dieser Technik gegenüber erschöpfenden anderen Methoden wie dem Suizid-Plasmid-Knockout besteht darin, dass mit dieser Methode direkt genomweite Deletionsmutanten im Hochdurchsatzverfahren erzeugt werden können. PCR-Primer können wie in dem schriftlichen Protokoll beschrieben unter Verwendung von hauseigenen Skripten, die auf der Streptococcus sanguinis SK36-Genomsequenz basiere