Drosophila væv ofte indeholder en heterogen blanding af celletyper. For at undersøge genekspression i specifikke celletyper fra et bestemt væv, kan kerner genetisk mærkede og efterfølgende isoleret ved anvendelse af en affinitet tilgang. Isolerede kerner kan anvendes til efterfølgende anvendelser, såsom genekspression analyse og kromatin immunofældning.