Drosophila vävnader innehåller ofta en heterogen blandning av celltyper. För att undersöka genuttryck i specifika celltyper från en viss vävnad, kan kärnan vara genetiskt taggade och därefter isoleras med hjälp av en affinitetsbaserad metod. Enstaka kärnor kan användas för tillämpningar efter exempelvis genuttryck analys och kromatin immunoprecipitation.