Volume Segmentation and Analysis of Biological Materials Using SuRVoS (Super-region Volume Segmentation) Workbench

Michele C. Darrow; Imanol Luengo; Mark Basham; Matthew C. Spink; Sarah Irvine; Andrew P. French; Alun W. Ashton; Elizabeth M.H. Duke

doi:10.3791/56162

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Volume di segmentazione e analisi dei materiali biologici utilizzando SuRVoS (Super regione Volume segmentazione) Workbench

Volume Segmentation and Analysis of Biological Materials Using SuRVoS (Super-region Volume Segmentation) Workbench

JoVE Journal
Biology

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JoVE Journal Biology

Volume Segmentation and Analysis of Biological Materials Using SuRVoS (Super-region Volume Segmentation) Workbench

Volume di segmentazione e analisi dei materiali biologici utilizzando SuRVoS (Super regione Volume segmentazione) Workbench

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11:38 min

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August 23, 2017

DOI:

10.3791/56162-v

DOI:

10.3791/56162-v

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11:38 min

August 23, 2017

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Michele C. Darrow¹, Imanol Luengo^1,2, Mark Basham¹, Matthew C. Spink¹, Sarah Irvine¹, Andrew P. French², Alun W. Ashton¹, Elizabeth M.H. Duke¹

¹Science Division, Harwell Science and Innovation Campus,Diamond Light Source ²School of Computer Science,University of Nottingham

Summary

La segmentazione di dati tridimensionali da molte tecniche di imaging è un serio ostacolo nell'analisi dei sistemi biologici complessi. Qui, descriviamo l'uso di SuRVoS Workbench per semi-automaticamente i dati volumetrici del segmento a varie scale di lunghezza utilizzando i set di dati di esempio da cryo-elettrone tomografia, tomografia a raggi x molle cryo e tecniche di tomografia a raggi x di fase contrasto.