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OpenProt é um banco de dados livremente acessível que impõe um modelo policistrônico de genomas eucarióticos. Aqui, apresentamos um protocolo para o uso de bancos de dados OpenProt quando interrogando datasets de espectrometria de massa. Usando o OpenProt banco de dados para análise de experimentos de proteomic permite a descoberta do romance e proteínas anteriormente indetectáveis.