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La specificità della sequenza è fondamentale per la regolazione genica. Le proteine regolatorie che riconoscono sequenze specifiche sono importanti per la regolazione genica. La definizione di siti di legame funzionale per tali proteine è un problema biologico impegnativo. Un approccio iterativo per l'identificazione di un sito di legame per una proteina legante l'RNA è descritto qui ed è applicabile a tutte le proteine che legano l'RNA.
