Kortlægning i høj opløsning af protein-DNA-interaktioner i mus stamcelle-afledte neuroner ved hjælp af Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Præcis bestemmelse af proteinbindende steder på tværs af genomet er vigtig for forståelsen af genregulering. Her beskriver vi en genomisk kortlægningsmetode, der behandler chromatin-immunoprecipitated DNA med exonuklease fordøjelse (ChIP-exo) efterfulgt af højgennemstrømning sekventering. Denne metode registrerer protein-DNA-interaktioner med nær base-pair kortlægning opløsning og høj signal-til-støj-forholdet i pattedyr neuroner.