Здесь мы представляем протокол очистки пептидных комплексов MHC класса I и класса II от клеточных линий мыши и человека, обеспечивающий высококачественные данные иммунопептидомики. Протокол фокусируется на пробоподготовке с использованием коммерчески доступных антител.