Genetics
This content is Free Access.
The JoVE video player is compatible with HTML5 and Adobe Flash. Older browsers that do not support HTML5 and the H.264 video codec will still use a Flash-based video player. We recommend downloading the newest version of Flash here, but we support all versions 10 and above.
If that doesn't help, please let us know.
Rask isolering av ville nematoder av Baermann Funnel
Chapters
Summary January 31st, 2022
Please note that all translations are automatically generated.
Click here for the English version.
Denne protokollen skisserer en metode for effektivt å trekke ut levende nematoder fra naturlige substrater i feltet.
Transcript
Caenorhabditis nematoder er ekte dyr, som lever i naturen. Innsamling av ville nematoder, lar oss studere gener og genomer i deres naturlige kontekst avslørende funksjoner, som kan være skjult av laboratoriets kunstige forhold. Denne teknikken trekker ut ormer, fra bakterierike organiske substrater i feltet, og skaper rene kulturer på Petri-retter, fanger et øyeblikksbilde av hver befolkning, på det tidspunktet den ble samlet inn.
Disse populasjonene er godt egnet til økologi, populasjonsgenetikk eller metagenetikkspørsmål. Villstammekulturer er også verdifulle, for kvantitative genetiske studier. Denne teknikken er enkel og enkel å utføre, selv for en feltforskning nybegynner.
En vellykket innsamlingstur krever imidlertid gjennomtenkt forberedelse av materialer, før du reiser. Identifiser et bakterierikt substrat i feltet, for eksempel råtnende frukt, blomster, sopp, stammer av urteplanter, jord eller bladavfall. Legg et lite volum av substratet, i en merket plastpose.
Hvis rottingmateriale er sjeldent på feltsiden av interesse, legg litt frukt som agn. La den rocke, deretter hente den, og eventuelle ormer som har kolonisert den. Registrer prøve-IDen, breddegraden, lengdegraden, datoen og beskrivelsen av substratet.
Registrer eventuelle andre lokale miljømålinger som er relevante for eksperimentet, for eksempel omgivelses- og substrattemperatur, substrattilstand, innsamlingstidspunkt og tilstedeværelse av substratrelaterte makrovirvelløse dyr. Bruk saks til å kutte et segment på tre centimeter, av gummirør fra hver trakt. Monter slangen over enden av en plasttrakt.
Skyv en slangeklemme over gummislangen, og klem den fast. For å lage en traktholder, kutt sirkulære hull, i midten av en utfoldet pappfly sjofel skuff. Snu papp, brett sidene opp en gang, og tape dem sammen.
Dette vil skape ben, som løfter hullene over benken. Påse at slangeklemmene er i lukket stilling og plasser trakter i hullene. Hell sterilt vann i hver trakt, fyll det omtrent tre centimeter under kanten.
Trykk på trakten for å frigjøre eventuelle fanget luftbobler i slangen. Brett en lofri klut i halvparten, for å lage en firkant, og plasser den over trakten. Trykk deretter tørken ned for å senke den ned i vannet.
Bryt opp store faste stykker manuelt, av det naturlige substratet. Plasser forsiktig noe av prøven på kluten i trakten. Pass på at du ikke punkterer kluten, eller la noen prøve stikke ut over kanten.
Brett forsiktig hjørnene på tørken, over prøven, for å forhindre at vann transporterer ut, over kanten av trakten. Merk trakten med eksempel-IDen, som tilsvarer feltsamlingsnotater. Plukk ut eventuelle aktive insekter, eller andre dyr, som kan reise og krysskontaminere prøver.
Tilsett mer vann i hver trakt for å senke hele prøven. Mens du inkuberer ved romtemperatur over natten, vil aktive nematoder vifte gjennom vevet og synke til bunnen av trakten. Skriv prøve-IDen til en trakt, på bunnen av en seks centimeter NGM-ormplate, sittende med en flekk av OP50 E.coli-bakterier.
Fjern lokket fra platen, fjern trakten, som inneholder prøven fra traktstativet, og hold den oppreist, over den åpne ormeplaten, med en hånd. Slipp trykket på slangeklemmen med den andre hånden, og la en eller to dråper vann falle fra slangen, på ormeplaten ved siden av bakteriell plen. Så snart vannet faller fra trakten, må du raskt klemme det igjen for å forhindre oversvømmelse av NGM-platen.
For å rydde opp, kast ut innholdet i traktene, og vask dem med varmt vann, for etterfølgende gjenbruk. Vær oppmerksom på de isolerte nematodene under stereomikroskopet. I tillegg til nematoder vil det av og til være små, Oligo kit annelider, Tardigrades, rotiferer og små krepsdyr.
For å etablere ISO-hermafroditt, eller ISO kvinnelige linjer, overfør hver L4 hermafroditt eller parret voksen kvinne, til en separat 3,5 centimeter NGM-plate, sittende med OP50. Steriliser ormvalget før og etter hver overføring. Til slutt pakker du plater grundig for reise, med en parafinfilm.
På Barro Colorado-øya Panama, i 2018, ble 131 substrater behandlet med denne metoden. 99%av disse ga nematoder. 34% ga Caenorhabditis nematoder.
I Tsjernobyl-eksklusjonssonen i Ukraina, i 2019, ble 170 substrater behandlet ved denne metoden. 56%av dem ga nematoder, hvorav ingen var Caenorhabditis. Denne metoden fungerer fordi nematodene svømmer gjennom kluten.
men substratet og andre dyr holder seg på toppen. Mange aspekter ved en protokoll kan endres for å utnytte ressursene som er tilgjengelige i -feltet. Prøver samlet inn ved hjelp av denne metoden, gjør det mulig for forskere å ta opp et bredt spekter av befolkningsbiologiske spørsmål til etablerte kulturer for etterfølgende laboratoriestudier.
Related Videos
You might already have access to this content!
Please enter your Institution or Company email below to check.
has access to
Please create a free JoVE account to get access
Login to access JoVE
Please login to your JoVE account to get access
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Please enter your email address so we may send you a link to reset your password.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Your JoVE Unlimited Free Trial
Fill the form to request your free trial.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Thank You!
A JoVE representative will be in touch with you shortly.
Thank You!
You have already requested a trial and a JoVE representative will be in touch with you shortly. If you need immediate assistance, please email us at subscriptions@jove.com.
Thank You!
Please enjoy a free 2-hour trial. In order to begin, please login.
Thank You!
You have unlocked a 2-hour free trial now. All JoVE videos and articles can be accessed for free.
To get started, a verification email has been sent to email@institution.com. Please follow the link in the email to activate your free trial account. If you do not see the message in your inbox, please check your "Spam" folder.
