Strukturbasert simulering og prøvetaking av transkripsjonsfaktorproteinbevegelser langs DNA fra atomskala stepping til grovkornet diffusjon

Målet med denne protokollen er å avdekke strukturell dynamikk i endimensjonal diffusjon av protein langs DNA, ved hjelp av en plantetranskripsjonsfaktor WRKY-domeneprotein som et eksemplarisk system. For å gjøre dette er både atomistiske og grovkornede molekylære dynamikksimuleringer sammen med omfattende beregningsprøver implementert.