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Aqui, apresentamos um protocolo para a análise comportamental de uma metodologia de aprendizagem baseada em projetos para estudantes de ciências da saúde (20-56 anos). O protocolo facilita a comparação do desempenho dos participantes em e-Learning versus blended-Learning (b-Learning) por meio de uma ferramenta de monitoramento. Os resultados são analisados por meio de Mineração de Dados Educacionais e técnicas qualitativas.