इस प्रोटोकॉल में, हम वर्णन करते हैं कि व्यावसायिक रूप से उपलब्ध अभिकर्मकों और उपकरणों का उपयोग करके मास स्पेक्ट्रोमेट्री के माध्यम से एकल-सेल प्रोटिओमिक्स विश्लेषण के लिए स्तनधारी कोशिकाओं को कैसे तैयार किया जाए, जिसमें मैनुअल और स्वचालित दोनों पाइपिंग के विकल्प हैं।