Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

Это видео документов небольшого объема (~ 1 л) фильтрации микробной биомассы из толщи воды.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Рабочий процесс начинается со сбора прибрежные морские воды ниже по течению микробного сообщества, питательных веществ и следов анализ газа. Для демонстрации сегодня с образцы были собраны с палубы HMS Джон Стрикленд, работающих в Саанич входе. Это видео документов небольшого объема (~ 1 л) фильтрации микробной биомассы из толщи воды. Протокол является продолжением большой протокол объема выборки, описанных выше, с одним основным отличием: здесь нет никакой предварительной фильтрации шаг, поэтому все классы размеров биомассы собираются до 0,22 мкм среза фильтра. Пробы, взятые таким образом, идеально подходит для анализа нуклеиновых кислот. Настройки, фильтрации и очистки шагов каждая займет около 20-30 минут. Если с помощью двух перистальтических насосов одновременно до 8 проб могут быть отфильтрованы в то же время. Чтобы предотвратить образование биопленки между выборки поездки, все оборудование для фильтрации следует промыть разбавленным HCl и деионизированной воды и автоклавного сразу после использования.

Protocol

  1. Настройка фильтрации аппарата
    1. Перед фильтрации, во-первых стереть конденсат из полных бутылок и взвесьте
    2. Место автоклаве бен на одной стороне насоса и отходов колбу с другой.
    3. Затем положите полную бутылку образца в автоклаве бен, однако, не снимайте крышку бутылки еще.
    4. Пропустите через трубки перистальтического насоса так, чтобы Луер конец трубки в колбу.
    5. С помощью пинцета удалите хлопка из стерильной пипетки 25 мл, и приложить пипеткой на другом конце трубки.
  2. Фильтрация морской воды
    1. Для начала фильтрации морской воды, открыть бутылку и вставьте пипетки. Включите насос и набор скорости потока 1. Смотреть, чтобы вода закачивается в правильном направлении.
    2. Разрешить ~ 100 мл воды, чтобы пройти через все трубки.
    3. Выключите насос и прикрепить фильтр Sterivex к мужскому Луер установку на свободный конец трубки.
    4. Продолжить фильтрации пока вода не осталось в бутылках.
  3. Хранение фильтры
    1. Чтобы сохранить фильтры, сначала изгнать всю оставшуюся воду с 30-60 мл шприца.
    2. Уплотнение нижней части Sterivex фильтр с парафильмом. Используя пипетку, добавьте 1.8ml буфера для лизиса на фильтр, сохраняя ~ 200 мкл пространства в фильтр для последующего добавления реагентов.
    3. Потом, уплотнение верхней части Sterivex фильтр с небольшой кусочек парафильмом, и этикетки фильтры с датой и образец идентификации.
    4. Магазин фильтров в предварительно меченных 50 мл пробирки сокола при -80 ° C
  4. Убирать
    1. Вставьте 25 мл пипетки в колбу, содержащую 0,1% соляной кислоты, и включить насос.
    2. После мытья HCl, промыть трубы с автоклавного воды.

      Наконец, измерения и учета массы теперь пустые бутылки 1л для расчета объема воды, пропущенной через фильтр.

Представитель Результаты: Каждый 1 л пробы воды дает одну Sterivix фильтр, который содержит биомассу более 0,22 мкм. Он сохраняется в буфере для лизиса для последующего выделения ДНК и анализа. Окончательный результат состоит из одного Sterivix фильтр в 1-литровую бутылку, хранящиеся в буфере для лизиса и готовы к экстракции ДНК. Фильтр содержит биомассу более 0,22 мкм. Фильтры могут храниться при температуре -80 ° C до извлечения EDNA.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Крайне важно, чтобы протереть скамейки и насосы с мокрым полотенцем после использования, чтобы удалить любые вялые следы соленой воды, которые могли бы коррозии оборудования. Хотя процедура проста, время требование может быть обширным в зависимости от концентрации биомассы или мусора в образце фильтруется.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

Мы хотели бы поблагодарить Канадский фонд инноваций, знаний британской Колумбии Фонд развития и Национального наукам и инженерным исследованиям Совета (NSERC) Канады за поддержку проводимых исследований на регионах с низким уровнем кислорода в прибрежных и открытых водах океана. ОУПЖ была поддержана стипендии NSERC, Киллам и ТУЛА основу финансируемого Центром микробного разнообразия и эволюции.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl For post-filtration rinse
Autoclaved water For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

2 Comments

  1. I'm interested about the video but unfortunately our school dŒs not have subscription for the JoVE. Is there any other way I can access the video?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 11, 2011 - 10:23 PM
  2. Dear Stephen, Please contact me at ward.parry@jove.com so that I can discuss your request with you. Best wishes,
    Ward Parry

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 12, 2011 - 4:46 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics