Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

İş akışı downstream mikrobiyal topluluk için kıyı deniz sularında, besin ve iz gaz analizleri toplanması ile başlar. Bugün s gösteri örnekleri için Saanich'dan Giriş HMS John Strickland işletim güverte toplanmıştır. Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon. Biyokütle tüm boyut sınıfları 0.22 mikron filtre cut-off toplanır, bu nedenle burada, herhangi bir ön filtrasyon adım vardır: protokolü, büyük hacimli örnekleme protokolü önemli bir fark, daha önce açıklanan bir uzantısı. Örnekler bu şekilde toplanan nükleik asit analizi için idealdir. Set-up, filtrasyon, ve temiz adımlarla, her biri 20-30 dakika sürer. 8 örnekleri aynı zamanda filtre olabilir, aynı anda iki peristaltik pompa kullanıyorsanız. Örnekleme gezileri arasında biyofilm oluşumunu önlemek için tüm filtrasyon ekipmanları seyreltik HCl ve deiyonize su ile durulanır ve kullanımdan hemen sonra otoklava olmalıdır.

Protocol

  1. Filtrasyon aparatı ayarlayın
    1. Filtreleme önce, herhangi bir yoğunlaşma ilk tam şişelerden uzak silin ve onları tartmak
    2. Pompanın bir tarafta diğer tarafta bir otoklav bin, ve atık şişesi koyun.
    3. Sonra tam bir örnek otoklav bin şişe yerleştirin; ancak, henüz şişe kapağını çıkarmayın.
    4. Boru luer ucundaki balon olduğunu peristaltik pompa ile boru iletin.
    5. 25 ml steril bir pipetle cımbız kullanarak, pamuk kaldırmak ve pipet Hortumun diğer ucunu takın.
  2. Deniz suyu filtre
    1. Deniz suyu filtreleme başlamak için, şişe ve pipet ekleyin. Pompa açın ve 1 akış hızını ayarlamak. Bu doğru yönde su pompalanan sağlamak için izleyin.
    2. ~ 100 ml su tüm boru geçmesine izin verin.
    3. Pompa kapatın ve boru ücretsiz sonunda erkek luer uydurma bir Sterivex filtre takmak.
    4. Hiç su şişeleri kalana kadar filtreleme devam edin.
  3. Filtrelerin Depolama
    1. Filtrelerin saklamak için, ilk defa 30-60 ml şırınga ile kalan suyu dışarı atmak.
    2. Parafilm Sterivex filtrenin alt Seal. Bir pipet kullanarak, daha sonra ek reaktifler filtre alanı yaklaşık 200 ül tutarak, filtre 1.8ml lizis tamponu ekleyin.
    3. Sonra, küçük bir parça ile Parafilm Sterivex filtre üst mühür ve tarih ve örnek tanımlama filtreleri etiket.
    4. Etiketli öncesi 50 ml şahin tüpler filtreler Mağaza -80 ° C
  4. Temizlemek
    1. % 0.1 HCl içeren bir balona 25 ml pipet yerleştirin ve pompa açın.
    2. HCl yıkama sonra tüp, otoklavlanmış su ile durulayın.

      Son olarak, ölçmek ve filtre geçen su hacmini hesaplamak için artık boş 1L şişeleri kitle kayıt.

Temsilcisi Sonuçlar: Her 1 L su numunesi 0.22 mm daha fazla biyokütle içeren bir Sterivix filtresi, elde edilebilir . Bu lizis tamponu sonraki DNA ekstraksiyonu ve analiz için saklanır. Nihai sonuç, bir Sterivix lizis tamponu saklanan 1 litrelik şişe başına filtre ve DNA ekstraksiyonu için hazır oluşur. Filtre 0.22 mm daha fazla biyokütle içerir. Filtreler, -80 ° C Edna çıkarma önce saklanabilir.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Tezgahları ve pompalar, aksi takdirde ekipman paslanmasına neden olur tuzlu su herhangi bir kalıcı izlerini kaldırmak için kullanımdan sonra nemli bir havlu ile temizlemek için şarttır. Işlem basit olmasına rağmen, zaman gereksinimi süzülen örnek biyokütle ya da enkaz konsantrasyonuna bağlı olarak geniş olabilir.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

Yenilik, British Columbia Bilgi Kalkınma Fonu ve Ulusal Bilimler ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC) Kanada Kanada Vakfı Biz, kıyı ve açık okyanus sularında düşük oksijen bölgelerde devam eden çalışmalar destek için teşekkür etmek istiyorum. DAW NSERC, Killam ve TULA vakıf Mikrobiyal Çeşitlilik ve Evrim finanse Merkezi burs tarafından desteklenmiştir.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl For post-filtration rinse
Autoclaved water For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

2 Comments

  1. I'm interested about the video but unfortunately our school dŒs not have subscription for the JoVE. Is there any other way I can access the video?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 11, 2011 - 10:23 PM
  2. Dear Stephen, Please contact me at ward.parry@jove.com so that I can discuss your request with you. Best wishes,
    Ward Parry

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 12, 2011 - 4:46 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics