Automatic Translation

This translation into Chinese was automatically generated through Google Translate.
English Version | Other Languages

 JoVE Bioengineering

固相Submonomer Peptoid聚合物及其自组装成高度有序的纳米片的合成

1, 1, 1, 1

1Molecular Foundry, Lawrence Berkeley National Laboratory

Article
    Downloads Comments Metrics Publish with JoVE
     

    Summary

    一个简单的和一般的手动peptoid涉及基本设备和市售试剂的合成方法概述,使peptoids可以很容易地在大多数实验室中合成。双亲peptoid 36mer的合成,纯化及表征的描述,以及其自组装成高度有序的纳米片。

    Date Published: 11/02/2011, Issue 57; doi: 10.3791/3373

    Cite this Article

    Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Solid-phase Submonomer Synthesis of Peptoid Polymers and their Self-Assembly into Highly-Ordered Nanosheets. J. Vis. Exp. (57), e3373, doi:10.3791/3373 (2011).

    Abstract

    Peptoids是类新型的仿生,非天然,序列特定的抵抗水解heteropolymers,表现出强有力的生物活性,和高阶的纳米结构倍。结构相似的多肽,peptoids聚甘氨酸,N -取代侧链连接到α-碳,而氮比。他们易于合成和结构的多样性,允许测试的基本设计原则来驱动全新设计和新的生物活性和纳米材料的工程。

    这里,一个简单的手动peptoid合成的协议,使长链polypeptoids的合成,在良好的收益(50mers)。只有基本设备,简单的技术(如液体输送,过滤),和市售试剂,使peptoids访问除了许多研究人员的工具包。 peptoid骨干生长在一个时间V单体IA的单体除了周期由两个步骤:酰化和位移submonomer方法。第一,溴乙酸激活就地与N,N' - diisopropylcarbodiimide acylates树脂绑定的二级胺。二,由伯胺的亲核取代的溴化如下引入侧链。两步循环迭代,直到达到所需的链长。这两步周期的耦合效率经常超过98%,使长50残留peptoids合成。高度可调,精确和化学不同的序列与submonomer方法实现,数百个现成的伯胺,可直接纳入。

    Peptoids正在成为一个多功能的仿生材料的纳米生物学的研究,因为他们合成的灵活性,健壮性,并在原子水平上的顺序。单链,双亲,信息折叠最近展示了丰富TION成高度有序的纳米片polypeptoid。这peptoid是一个36 - MER只有三个不同的市售单体组成:疏水,阳离子和阴离子。苯疏水性侧链都埋在纳米片的核心,而离子胺和羧基侧链亲水面临调整。 peptoid纳米片作为一个膜类似物,蛋白类似物,设备制造和传感器的潜在平台。 peptoid合成,表的形成,和显微成像方法进行了介绍,并提供一个简单的方法,以使未来的peptoid薄片设计。

    Protocol

    1。固相Polypeptoids Submonomer合成

    固相合成(SPS)是一种常见的技术,用于直接合成特定序列的生物大分子的一步,明智的惰性固体支持,如高分子树脂珠。高耦合的产量和缓解过剩的反应物去除的卫生和植物检疫措施的主要优点。耦合反应的树脂后,干脆倒掉多余的试剂和珠洗净,准备下一个反应步骤。最终合成反应后,全长低聚物树脂切割,可进一步研究和解决方案相材料。在这里,我们适应的卫生和植物检疫程序生成序列特异性peptoid聚合物。

    1. 设置:手​​动peptoid合成的所有步骤,就可以进行一次性,聚丙烯(PP)烧结墨盒或多孔玻璃反应釜配有3路阀。在通风橱中执行的所有操作。对于在G孵化姑娘的船只或塑料盒,连接一只手臂轻轻泡沫适当的混合解决方案的一个氮气供应。另外,对于反应孵化一次性墨盒,墨盒盖帽和旋转摇床两端密封。排反应混合物或清洗,连接真空房子通过废物陷阱。船只应与粗熔块烧结。硅化(siliconize)玻璃反应釜,以避免粘到玻璃容器壁珠。准备5%的二甲基二氯硅烷二氯乙烷(V / V)溶液。一个清洁,干燥的反应釜填充硅化解决方案,让我们坐了30分钟,然后沥干。在DCE洗一次船,然后一次用甲醇。硅化解决方案,可重复使用,因此它应该被保存。无论是空气干燥或摆脱任何多余的解决方案和烘烤干,直到取出后,活塞的玻璃器皿。酷之前加入树脂反应釜。
    2. 溜冰场酰胺重新加入100毫克(0.06毫摩尔)罪,以一个多孔的反应容器。加入2毫升二甲基甲酰胺(DMF)的膨胀的树脂。搅拌摇晃或10分钟冒泡。漏隔离膨胀的树脂真空解决方案。
    3. 加入1毫升20%的四甲基在DMF(V / V),以deprotect Fmoc基团。鼓动2分钟,漏。重复12分钟孵化。
    4. 加入2毫升的DMF,搅拌15秒,排水冲洗树脂。重复3倍。
    5. Bromoacetylation:加入1 ml 0.6 M溴乙酸(0.6毫摩尔)在DMF和86μL的N,N' - diisopropylcarbodiimide(相当于0.93,0.56毫摩尔)。孵育30分钟的温和的冒泡,然后与二甲基甲酰胺2毫升(重复4X)排水和冲洗。
    6. 排量:加入1毫升1-2米胺的N - methylpyrrolidinone。孵育30-120分钟冒泡,然后与DMF(4X 2毫升)排水和冲洗。
    7. 继续增长,重复submonomer周期,步骤1.5(bromoacetylation)和1.6(displacemen peptoid链T)。
    1. 后做最后的位移,二甲基甲酰胺2毫升(重复4X)冲洗,然后2 mL二氯甲烷(重复3倍)。第和存储,直到裂解反应釜。
    2. 暂停合成(可选):要在一个peptoid合成暂停,完成置换反应,并继续加强1.8。为了继续保持增长peptoid链,重新启动重新膨胀的干燥树脂(步骤1.2)和重复submonomer周期(1.5和1.6步)的合成。树脂可烘干和储存以外的任何第二位移的位移后因为树脂peptoid共轭可能形成一个循环diketopiperazine端产品。
    3. 对于多个同步合成,固相萃取真空多方面的建议,以最大限度地提高效率。 Peptoid合成也可以通过适当的编程方法,如在Aapptec APEX 396,CEM自由微波合成器和蛋白质TECHNO市售肽合成器自动logies公司前奏曲的集大成者。

    2。乳沟和侧链脱保护

    1. 干树脂转移到20毫升闪烁玻璃小瓶。
    2. 引擎盖内的工作,并使用适当的个人防护设备,添加4毫升三氟乙酸(TFA),裂解鸡尾酒(如95%AQ。TFA的,见讨论)闪烁的玻璃小瓶和第紧密。摇10分钟到2小时在室温下(见讨论)。
    3. 收集TFA的乳沟解决方案,通过一个一次性的,聚丙烯烧结滤芯过滤到一个新的,预先称重20毫升闪烁玻璃小瓶树脂。一次性PP吸管是方便转移裂解鸡尾酒解决方案。
    4. 加入1毫升的新鲜裂解鸡尾酒冲洗树脂和收集任何剩余peptoid。重复2倍。
    5. 吹温柔的氮流或通过使用一个Biotage V10蒸发器蒸发,反式脂肪酸。
    6. 在6毫升溶解原油乙腈/水1:1(V / V)为色谱。冷冻和冻干。重复。
    7. 记录的原油产品的重量。存储作为一个在-20 ° C干粉
    8. 可以执行的测试乳沟(可选):0.5%的树脂的测试裂解合成peptoid的纯度和质量迅速确定是否选择正确的裂解条件。测试分裂是特别有用监察合成的进展。

    3。表征及净化Polypeptoid

    1. 通过结合分析法,电的LC - MS和/或MALDI - TOF,确定的原油产品的纯度和所需的分子量是否存在。
    2. 准备一个〜5-10毫克/毫升的水peptoid粉干的解决方案,以最小的乙腈需要溶解度。筛选明确的解决办法,用0.45μm注射器过滤器去除灰尘和颗粒peptoid生产原油。
    3. 分析HPLC和电的LC - MS:准备好了〜20微克/毫升原油peptoid解决方案。过滤200μL0.45μm的过滤器,并注入20μL。
    4. MALDI:混合1〜20毫克/毫升与1μL的矩阵peptoidμL。 SPOT 1μL的MALDI板和风干。矩阵和采集模式是依赖于样品(图5)。
    5. 与反相制备高效液相色谱法净化原油peptoid混合。选择梯度和列(C4或C18)的基础上,polypeptoid疏水。结合纯化的组分,冻结,冻干,蓬松的白色粉末。记录最终产品的重量。
    6. 形成的盐酸盐(可选):溶解在100毫米盐酸(aq.)冻干粉,用最少的乙腈。转移到预先称重的玻璃小瓶。冻结和再冻干。重复2倍。 Reweigh确定peptoid粉的质量。

    4。 Peptoid薄片形成

    本节DEScribes协议形式从单链序列特异性,双亲的36 - mer peptoid(图1)张。后peptoid链合成,纯化,冻干如上所述,由此产生的白色粉末,溶于DMSO,使原液2毫米。

    1. 准备500μL20μM的peptoid表形成缓冲的解决方案(10毫米的Tris - HCl,100 mM氯化钠,在水中的pH值8.0)1 DRAM的玻璃小瓶。首先,添加445μL的Milli - Q水,50μL10X表形成缓冲,涡旋混合。然后,添加5μL2毫米peptoid原液,轻轻漩涡的解决方案。第玻璃小瓶。
    2. 轻轻摇动的淡化水peptoid解决方案所形成的表。慢慢地倾斜的玻璃小瓶从水平位置,在张的直立位置结果。轻轻摇动也产生张;但是,张倾向于体积更小,用较少的直边。一个更透彻的分析表形成机制是reporteð分开。
    3. 对于许多高品质的纸张,约横轴旋转的玻璃小瓶缓慢(<1 RPM)为一至三天。适当的技术资源RKVSD Rotamix管肩或一个定制的摇杆可以执行这个不断。
    4. 透析纳米片(可选):在某些应用中,它可能是必要的,以消除任何免费peptoid链或缓冲区/盐。浸泡一个Float - A -仪100 kD的膜在15分钟的缓冲区。装入样品室500μLpeptoid表解决方案。浸泡在500毫升所需的缓冲区,磁力搅拌棒在60 RPM搅拌。让张进行4小时的透析。每隔一小时,交流与缓冲溶液中的新鲜的股票。

    5。荧光显微镜的纳米片

    1. 尼罗红,环境敏感的染料,其荧光强度增加,当它在hydr本地化的薄片的荧光图像成像ophobic环境(图2)。
    2. 100μL的纳米片的解决方案,获得了尼罗河红1微米的终浓度添加1μL到100微米的尼罗红。
    3. 在热水中1%的琼脂糖溶液倒入一个塑料培养皿。确保琼脂糖溶液约1 / 8英寸厚,并让溶液冷却在一个平面上不受干扰。琼脂糖集后,用抹刀削减和转移1厘米× 1厘米正方形载玻片。
    4. 要收集在同一平面上,当场负债表上的一块琼脂糖溶液1μL的表。允许琼脂糖吸收2分钟的缓冲,留在纸张表面。在15分钟内的形象,否则琼脂糖将开始变形,由于脱水。
    5. 在溶液中的形象表,负载15μL,20毫米直径0.12毫米载玻片上的垫片内。盖上盖玻片。如果纸张根本没有垫片,载玻片和盖玻片之间夹着无线许多张将剪切和看似微小的蒸发将导致表经常移动。
    6. epifluorescence照明下的图像表(如奥林巴斯IX81倒置显微镜下安装与安道尔iXonEM +与得克萨斯州的红色过滤器的EMCCD光谱)。

    6。扫描电子显微镜(SEM)的纳米片

    1. 等离子体刻蚀硅衬底(可选):硅芯片等离子蚀刻,以帮助在张的吸附。放置在真空室的等离子清洁(如Harrick等离子清洗机/灭菌器PDC - 32G)中的硅芯片。泵下降到200毫托和18W(PDC - 32G的高设置)设置射频线圈。 2分钟蚀刻。
    2. 下降20μL一个等离子体处理的硅衬底上peptoid表解决方案。允许坐下来3分钟。删除的提示金正日多余的溶液擦拭。吸取20μL的水在表面上,并去除多余的解决方案,再次删除缓冲区和盐。重复4倍。
    3. 或者,请拨打YZE peptoid表对水的解决方案,以消除缓冲区和盐。下降等离子体处理硅衬底上20μL透析表的解决方案。空气干燥样品。
    4. 与扫描电镜(如蔡司双子座超55分析扫描电子显微镜)镜头探测器和1千伏及5千伏(图3)之间的束能量图片张。

    7。安全注意事项:

    1. 二甲基甲酰胺,二氯甲烷有理由怀疑致癌物。
    2. N,N - Diisopropylcarbodiimide,4 methylpiperdine和溴乙酸对皮肤,眼睛和呼吸道造成危害。他们应该用在引擎盖与护理。它可能是有毒的,如果吸入或经皮肤吸收,接触可能会导致在敏。空容器中保留产品残留物(液体/蒸气)从罩中取出之前,应彻底清洗。
    3. TFA是一种强酸,具有极大的破坏性,上呼吸道,眼睛和皮肤。 TFA是挥发性保持在任何时候都罩的TFA的集中解决方案,以避免呼吸系统损害。使用适当的个人防护装备,并谨慎处理的TFA的解决方案时。及时更换手套,如果他们来与TFA的接触,并立即清理任何泄漏。

    8。代表性的成果:

    本节介绍,序列特异的36 - mer peptoid链的合成,表征和净化,进入一个高度有序的纳米片(图1)3倍。

    peptoid的H - [NAE - NPE] 9 - [NCE - NPE] 9 - NH 2块负责100毫克Rink酰胺树脂合成。 2米胺溶液被用于所有的位移反应,其中残留1-18为60分钟和120分钟残留19-36。叔丁基β-丙氨酸盐酸转化为游离碱(见讨论),而苯乙胺和银乙二胺均使用directlY.树脂切割与TFA的95%,2.5%triispropylsilane,2.5%的水2小时。 TFA的蒸发和由此产生的稠油(〜180毫克)重新溶解于6 mL乙腈:水1:1(V / V)。产品纯度(图4)和产品质量的存在被证实由反相高效液相色谱分析(30-80%乙腈水梯度,都含有1毫升/分钟超过30分钟的0.1%(V / V)TFA的,在60 ° c用的C18,5微米,50 x 2毫米列)和MALDI(图5)。

    在Vydac C18柱(10微米,22毫米× 250毫米)反相高效液相色谱法分离纯化过程中,使用0.1%TFA超过60分钟,10毫升/分钟的30-60%乙腈水梯度。列装有60毫克粗品为每个色谱运行。纯化的组分结合的基础上从反相高效液相色谱法分析(图4)的纯度和冻干产生蓬松的白色粉末〜80毫克。

    净化块负责peptoid分子重量也证实了电离。 1μL100μM纯化乙腈peptoid:水1:1(V / V)混合1μL矩阵(5 mg / mL的α-氰基-4 - 羟基乙腈酸:水1:1 V / V和0.1%TFA)和1μL发现电离板。样品风干后,它被放置在应用生物系统/ MDS SCIEX 4800 MALDI TOF / TOF分析仪。采集和处理模式是线性的低质量。在有针对性的大规模进入自动调整延迟时间计算重量。激光的强度设置为3400。所观察到的质量,4981.2,与密切合作,以4981.74计算质量。

    纯化的冻干粉溶于DMSO,使2毫米原液,它可以存储在4 ° C。上述协议表和荧光光学显微镜和扫描电镜(图2和3)成像。各种形状与功能可达300微米大小的观察,并notabLY,直边突出。

    图1
    图1序列的块负责peptoid的H - [NAE - NPE] 9 - [NCE - NPE] 9 - NH 2。单链块负责,双亲polypeptoid的36 - mer自组装成高度有序的二维薄片 3 。计算分子量为4981.74。

    图2
    图2。peptoid薄片的荧光显微镜图像。形成了从20微米peptoid解决方案在10毫米,100毫米氯化钠,pH 8.0三表。琼脂糖1μM尼罗红的床单上成像。比例尺是100微米。

    图3
    图3扫描电子显微镜图像。peptoid薄片。形成了从20微米peptoid解决方案在10毫米,100毫米氯化钠,pH 8.0三表。比例尺是5微米。

    图4
    图4分析反相高效液相色谱法跟踪的H - [NAE - NPE] 9 - [NCE - NPE] 9 - NH 2。原油和纯化分析HPLC跟踪(30-80%的坡度超过30分钟1毫升/分钟,60 °的C18,5微米,50 x 2毫米列C)的原油和纯化块负责peptoid的H - [ NAE - NPE] 9 - [NCE - NPE] 9 - NH 2所示。

    图5
    图5的MALDI - TOF质谱跟踪的H - [NAE - NPE] 9 - [NCE - NPE] 9 - NH 2。所观察到的质量,4981.2,密切协议,以计算出的质量,4981.74。

    Discussion

    应用和意义

    此协议,描述了一个peptoid合成和水自组装成薄片的peptoids简单而有效的方法。大多数实验室很容易合成,因为廉价的材料,基本知识和简单的技术是利用 4 peptoids 。同样,超薄,高度有序的纳米片自组装仅仅需要反复倾斜稀水溶液peptoid解决方案2一小瓶。 Peptoids是有前途的生物医学和纳米研究材料,因为它们是强大和综合灵活且具有序列特异性和高度可调5。 Peptoids已经证明生物活性(6,7疗法,诊断8,细胞内交付9-10)和折叠成层次纳米结构3,11-14。由于其模块化的合成,组合peptoid溴化锂白羊座15-19可以很容易地合成了一系列广泛的活动或属性筛选。尤其是纳米片作为一个三维显示棚架,膜类似物,生物传感器,蛋白质类似物和设备制造的潜在平台。几乎取之不尽,用之不竭的的可能不同的序列,peptoid研究领域迅速扩大。

    在固相合成polypeptoids submonomer的变量

    由于选择的能力,从一个单体20的令人难以置信的庞大和多样化的的拼音,submonomer方法需要偶尔修改的情况下增加的每一个步骤的耦合效率将提高产品的整体收益率。不受保护的杂环侧链纳入需要使用氯乙酸, 乙酸21。扩展位移时间和更高的胺浓度通常采用长peptoid序列或较少的亲核胺后约20接头。反应容器中加热至35 ° C,水夹套反应釜使用,有助于推动反应。对于高挥发性胺,如异丙胺,必须小心,以避免蒸发。

    如叔丁基β-丙氨酸盐酸胺盐酸盐的形式,需要在位移反应之前自由为基础的。溶解或悬浮在DCM(〜5G amine/25毫升DCM)胺,并与摩尔的氢氧化钠水溶液在分液漏斗解决方案中和,这样就可以实现。 DCM层是收集和洗涤水层是额外的DCM。合并DCM层硫酸钠干燥和过滤到一个预先称重的圆底烧瓶中。旋转蒸发除去溶剂油产量,并记录产品的重量。

    Durin克裂解步骤,TFA的卵裂鸡尾酒和裂解时间是保护组使用的数量和品种上的依赖。裂解鸡尾酒的指导方针是类似传统的肽保护分裂1。一般来说,10分钟孵化所需的序列没有几个高酸不稳定保护团体(如银,三苯甲基)保护团体或序列。两个小时的孵化建议更难以保护团体(如T -丁酯,地铁,PBF)或与许多保护组序列的序列,以确保每一个链的全脱保护。原油peptoid产品一般会溶解在乙腈:水1:1(V / V),但更高的乙腈比例共同具有较高的整体疏水性侧链。

    Disclosures

    我们什么都没有透露。

    Acknowledgements

    作者想感谢Byoung哲李,菲利普财和塞缪尔何宝贵援助。在美国能源部劳伦斯伯克利国家实验室,这是科学办公室基础能源科学办公室支持这项工作是在分子铸造,根据合同号DE - AC02 - 05CH11231和国防威胁降低机构根据合约编号:IACRO - B0845281。

    Materials

    Name Company Catalog Number Comments
    Dimethylformamide EMD Millipore EM-DX1726P-1 99+%
    N-methylpyrrolidinone VWR BDH1141-4LP 99%
    Bromoacetic Acid Acros Organics 200000-106 99%
    4-Methylpiperidine Sigma-Aldrich M73206 96%
    N,N’-diisopropylcarbodiimide Chem-Impex International 001100 99.5%
    Dichloromethane EMD Millipore EMD-DX0835 ACS grade
    Acetonitrile EMD Millipore EM-AX0145P-1 99.8%
    Trifluoroacetic acid Sigma-Aldrich T6508 99%
    Triisopropylsilane Sigma-Aldrich 233781-10G For TFA cleavage
    1,2-Dichlor–thane JT Baker JTH076-33 For siliconization of glass reaction vessels
    Phenethylamine Sigma-Aldrich 407267-100ML >99.5% Hydrophobic side-chain amine
    Boc-ethylenediamine CNH Technologies C-1112 Cationic side-chain amine
    t-Butyl beta-alanine HCl Chem-Impex International 04407 Anionic side-chain amine
    α-Cyano-4-hydroxycinnamic acid Sigma-Aldrich C8982-10X10MG For MALDI matrix
    Nile Red Sigma-Aldrich 19123-10MG For fluorescence Imaging
    Dichlorodimethylsilane Sigma-Aldrich 80430-500G-F For siliconization of glass reaction vessels
    Disposable PP fritted cartridge Applied Separations 2416 6 mL polypropylene cartridge with 20 mm PE frit
    Disposable 3 way luer adapter Cole-Parmer 31200-80 Stopcock for disposable manual synthesis reaction vessel
    Luer Lock ring Cole-Parmer 45503-19 1/4" fitting for disposable manual synthesis reaction vessel
    Fittings Luer Cole-Parmer 45500-20 1/4" fitting for disposable manual synthesis reaction vessel
    Disposable PP pipets VWR international 16001-194 For TFA transfers
    Luer lock plastic syringe National Scientific S7515-5 6 mL syringes
    1 dram glass vial VWR international 66011-041 With phenolic molded screw cap with polyvinyl-faced pulp liner
    20 mL scintillation vial VWR international 66022-060 With attached PP cap and pulp foil liner
    Secure-Seal adhesive spacer Invitrogen S-24736 For fluorescence imaging
    Glass slides Electron Microscopy Sciences 63411 For fluorescence imaging
    Cover slip VWR international 48366-067 For fluorescence imaging
    4” Silicon wafer Ted Pella, Inc. 16007 Pre-dice in 5x7 mm chips
    0.45 filter VWR international 28143-924 For HPLC.
    PTFE membrane
    Agarose BD Biosciences 212272 For fluorescence imaging
    SPE Vacuum Manifold Sigma-Aldrich 57044 Example of SPE vacuum manifold
    Fritted glass vessel Ace glass 6402-12 Porosity C frit
    Plasma Cleaner/Sterilizer Harrick Scientific Products, Inc. PDC-32G Example of plasma cleaner to prepare silicon chips for SEM

    References

    1. King, D. S., Fields, C. G., Fields, G. B. A cleavage method which minimizes side reactions following Fmoc solid phase peptide synthesis. Int. J. Pept. Pro. Res. 36, 255-266 (1990).
    2. Sanii, B., Kudirka, R., Cho, A., Venkateswaran, N., Oliver, G. K., Olson, A. M., Tran, H., Harada, R. M., Tan, L., Zuckermann, R. N. Shaken, not stirred: Collapsing a peptoid monolayer to produce free-floating, stable nanosheets. J. Am. Chem. Soc. (2011).
    3. Kudirka, R., Tran, H., Sanii, B., Nam, K. T., Choi, P. H., Venkateswaran, N., Chen, R., Whitelam, S., Zuckermann, R. N. Folding of a single-chain, information-rich polypeptoid sequence into a highly-ordered nanosheet. Bioploymers: Peptide Science. 96, 586-595 (2011).
    4. Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Zuckermann, R., Pohl, N., Kirshenbaum, K. Rapid multistep synthesis of a bioactive peptidomimetic oligomer for the undergraduate laboratory. J. Chem. Ed. 87, 637-639 (2010).
    5. Fowler, S. A., Blackwell, H. E. Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function. Org. Biomol. Chem. 7, 1508-1524 (2009).
    6. Zuckermann, R. N., Kodadek, T. Peptoids as potential therapeutics. Curr. Op. Mol. Ther. 11, 299-307 (2009).
    7. Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. Peptoids that mimic the structure, function and mechanism of helical antimicrobial peptides. 105-2794 (2008).
    8. Yam, A. Y., Wang, X., Gao, C., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Bleua, T., Halla, J., Fedynyshyn, J., Allauzen, S., Peretz, D., Salisbury, C. M. A Universal method for detection of amyloidogenic misfolded proteins. Biochem. 50, 4322-4329 (2011).
    9. Huang, C. -Y., Uno, T., Murphy, J. E., Lee, S., Hamer, J. D., Escobedo, J. A., Cohen, F. E., Radhakrishnan, R., Dwarki, V., Zuckermann, R. N. Lipitoids - novel cationic lipids for cellular delivery of plasmid DNA in vitro. Chem. Biol. 5, 345-354 (1998).
    10. Schroeder, T., Niemeier, N., Afonin, S., Ulrich, A. S., Krug, H. F., Bräse, S. Peptoidic amino- and guanidinium-carrier systems: Targeted drug delivery into the cell cytosol or the nucleus. J. Med. Chem. 51, 376-379 (2008).
    11. Murnen, H. K., Rosales, A. M., Jaworski, J. N., Segalman, R. A., Zuckermann, R. N. Hierarchical self-assembly of a biomimetic diblock copolypeptoid into homochiral super helices. J. Am. Chem. Soc. 132, 16112-16119 (2010).
    12. Nam, K. T., Shelby, S. A., Marciel, A. B., Choi, P. H., Chen, R., Tan, L., Chu, T. K. Free-floating ultra-thin two-dimensional crystals from sequence-specific peptoid polymers. Nature. Mater. 9, 454-460 (2010).
    13. Burkoth, T. S., Beausoleil, E., Kaur, S., Tang, D., Cohen, F. E., Zuckermann, R. N. Toward the synthesis of artificial proteins: The Discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly. Chemistry & Biology. 9, 647-654 (2002).
    14. Murphy, J. E., Uno, T., Hamer, J. D., Cohen, F. E., Dwarki, V., Zuckermann, R. N. A Combinatorial approach to the discovery of efficient cationic peptoid reagents for gene delivery. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 95, 1517-1522 (1998).
    15. Mora, P. uig, Masip, I. sabel, Cortés, N. uria, Marquina, R. egina, Merino, R. amón, Merino, J. esús, Carbonell, T. eresa, Mingarro, I. smael, Messeguer, A. ngel, Pérez-Payá, E. nrique Identification from a positional scanning peptoid library of in vivo active compounds that neutralize bacterial endotoxins. J. Med. Chem. 48, 1265-1268 (2005).
    16. Zuckermann, R. N. Discovery of nanomolar ligands for 7-transmembrane G-protein coupled receptors from a diverse (N-substituted)glycine peptoid Library. J. Med. Chem. 37, 2678-2685 (1994).
    17. Alluri, P., Liu, B., Yu, P., Xiao, X., Kodadek, T. Isolation and characterization of coactivator-binding peptoids from a combinatorial library. Moleular Biosystems. 2, 568-579 (2006).
    18. Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. Synthesis of N-(substituted)glycine peptoid libraries. Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).
    19. Culf, A. S., Ouellette, R. J. Solid-phase synthesis of N-substituted glycine oligomers (α peptoids) and derivatives. Molecules. 15, 5282-5335 (2010).
    20. Burkoth, T. S., Fafarman, A. T., Charych, D. H., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Incorporation of unprotected heterocyclic side chains into peptoid oligomers via solid-phase submonomer synthesis. J. Am. Chem. Soc. 125, 8841-8845 (2003).

    Comments

    4 Comments

    hello.
    I need a video about identification amines with reaction with Benzene sulphonyl chloride.
    if you have it please leave a massage for me.
    thank u.
    Reply

    Posted by: AnonymousDecember 19, 2011, 2:52 PM

    I have tried to reproduce the synthesis but unfortunately i can not get red color upon cleavage due tot he TIPS presence. If i try to cleave with 95%TFA and 5% water then it works. So i was wondering if there is any order when making the cocktail, upon addition of the TFA , water and TIPS?

    thanks
    Reply

    Posted by: Biljana M.May 10, 2012, 10:40 AM

    You will see less red color when using scavengers in your cleavage cocktail such as TIPS. However, It is a good idea to add the scavengers to prevent the random addition of carbocations formed during cleavage. The amount of red color you observe will vary depending on the amount of scavengers you use and the batch of your resin. Typically we use (95% TFA, 5% water) or (95% TFA ².5% water, ².5% TIPS) as our cleavage cocktails. You should prepare the cocktail solution fresh prior to cleavage and add it to the resin.

    --Michael

    Michael D. Connolly
    Biological Nanostructures Facility
    The Molecular Foundry
    Lawrence Berkeley National Laboratory
    1 Cyclotron Rd.; MS 67-5110
    Berkeley, CA 947²0
    Phone:  (510)486-6388
    Fax:  (510)495-²376
    Email:  MDConnolly@lbl.gov

    Reply

    Posted by: michael c.May 31, 2012, 5:36 PM

    The explanation on how the peptoids are synthesized via submonomer approach is very helpful so thank you for that. However, can you please tell me the difference between the monomer vs submonomer approach? I'm taking a Drug Design class and these approaches were mentioned.
    Reply

    Posted by: DAPHNE J.October 20, 2012, 6:08 PM

    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Metrics

    Waiting
    simple hit counter